4AZ5 | Genus

Total Genus 172

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	172
sequence length	434
structure length	434
Chain Sequence	NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__221797783526669__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__221797783526669__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4AZ5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__221797783526669__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"221797783526669","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4AZ5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__221797783526669__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	172
structure length	434
sequence length	434
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2012-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	4az5A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4az5A01

3WF3A 3ARPA 1HL9A 4FZOA 4E8DA 5HPCA 1BYAA 1E40A 4C7DA 3TONA 1QW9A 1UD3A 3ARSA 4GI9A 3VGDA 3GH5A 1WDPA 8CGTA 3LMYA 3UG4A 3VGHA 4AZIA 2J47A 1UA3A 1NH6A 4D6IA 4MDOA 4MNLA 2V38A 1V3HA 4HOZA 4W8AA 4UFJA 1KWKA 4HTYA 3BCDA 3WENA 2EPLX 3I3BA 1Y7VA 3T09A 4DWSC 1QBAA 4AD1A 5HDRA 2VT0A 3VIKA 3AOFA 3QR3A 4ACYA 1VEPA 4U2YA 2AAAA 1MWOA 5I6SA 2BHZA 4WKHA 1H1NA 3ARTA 3BMVA 2G8ZA 1GVIA 4PMRA 3AZSA 2DSUA 3MS8A 2OLHA 3NDZA 2GJXA 2J7FA 1UWQA 4F8XA 5CJ5A 4NZCA 3WD0A 1CZ1A 5LA2A 1Q6CA 2CBUA 2IUZA 2J8FA 4ZENA 3UESA 1WNOA 3RPMA 1AQ0A 3WDQA 1GONA 1JZ2A 2VQUA 4TTGA 1E71M 4JCMA 3B9DA 2ZUWA 3VGFA 1MQPA 5A69A 3ALFA 1M03A 1B3YA 1H0IA 1W1VA 3OZPA 1E6SM 5ECUA 4W89A 3WH9A 2FHBA 4ATWA 1E4LA 1VB9A 4LGXA 4XUYA 5A6BA 4IM4A 1EIBA 3FHAA 1H4PA 3SCTA 4MJ2A 5A2BA 4UNIA 5HOSA 3L4VA 4HZ6A 4JAWA 2DT3A 3AIWA 4P8WA 4PTXA 1M04A 2J77A 1PX8A 4CUCA 4LYRA 2J7EA 1QNSA 3WUFA 4PCSA 5CLTA 1UR4A 1V0LA 4LXFA 1MW3A 2OWXA 1ISVA 4AEFA 1H09A 3WUGA 1UWRA 1J9YA 2XM1A 4AZBA 5CGTA 3F5KA 3UG3A 5KEZA 4J7RA 3POHA 3A4XA 3EMQA 4ZEPA 4FZPA 4B3KA 4Z2HA 4AZHA 1O7AA 5A8OA 1KGXA 4EAMA 3VD5A 1L0PA 2XFFA 5CPSA 1BYBA 4PMXA 1KR1A 1JDCA 1UWTA 3PBGA 3OG2A 2W63A 4WIWA 2W5FA 2Y8KA 4D1JA 3VO0A 1HNYA 4UZUA 5CG0A 5A94A 4OJYA 1R7OA 1B0IA 3RM8A 3WMBA 1CENA 1HVQA 2ZX9A 5FKYA 4DUVA 3CZLA 5E9AA 3POCA 5DMYA 5JBDA 5EFFA 4GO8A 1AQHA 5EB8A 5A6KA 1HIZA 3CMJA 3CTTA 1HJVA 4P7NA 2ZWZA 3U5UA 3UCQA 6A3HA 1X1NA 1J0JA 3L2LA 4E8CA 1KGUA 3LPPA 4OUEA 5IDIA 3HN3A 3UG5A 1FA2A 4IUGA 1WZMA 4FLSA 4JL1A 1OT2A 5CQ1A 3OGSA 4X0NA 3ARUA 2PF0A 1GNXA 1GQJA 1EH9A 4W5ZA 2JALA 2ZUUA 2F2HA 1ISZA 5JIPA 3MKKA 3ZR5A 3VM5A 2BHYA 2J25A 2YKKA 2CCRA 2D23A 1O6IA 2CIPA 3WNOA 1VIWA 1AQMA 3ZJKA 6TAAA 1U2YA 1GOWA 1C92A 4WSJA 1NWUA 4DUWA 4J27A 1OD8A 2O9TA 4XZWA 4W86A 3G6LA 3VIFA 1EDGA 4AZ7A 4GINA 1FH8A 2AOSA 2QMKA 1EDQA 3HU7A 3RDKA 1HF6A 4RE2A 1LG1A 3CIVA 4W7WA 3PZOA 2PWDA 3TTQA 3NSXA 3VUPA 1VRXA 1H11A 1ITXA 6CGTA 2GJXB 4DWSD 1J0ZA 2VURA 1CXFA 1R87A 4UQ9A 5CSYA 3EYPA 2YL8A 1ZL1A 3WUBA 3TOPA 5GNZA 1JZ6A 1GZJA 5CPTA 2PWFA 8A3HA 4AD5A 2CHOA 2VI0A 4XB3A 1W32A 2V3DA 4U3CA 2OSYA 3WH5A 2QV4A 3VU2A 3CUFA 3RM9A 3K8MA 1K9DA 1K9EA 4CD5A 4CU6A 1B3ZA 2Q8XA 2W67A 2X1IA 3L4UA 1EA9C 2BVYA 1ISXA 1DTUA 2WW5A 1RP9A 3W53A 1ZS2A 4AEEA 1PIGA 1PEZA 1OINA 2EEXA 1BF2A 3ZT5A 3AMDA 5CSUA 3N1AA 4D72A 4E4PA 4KRTA 1OIMA 1YQ2A 1GOQA 3BMWA 1HJWA 2ZOXA 3ZT6A 4AD0A 2VZTA 4UQDA 2HISA 2NSXA 2D1ZA 3LPFA 1ZU8A 2CPUA 4FLQA 1N82A 1BVNP 3AMCA 4B16A 1GORA 3W24A 3ARZA 4CU8A 4CCDA 5A8PA 3W29A 4U3AA 2VVNA 1CLVA 1EHAA 4UFLA 2VUYA 3NIYA 4Z2KA 1UD6A 4UCFA 3GNRA 1R86A 2GSJA 4CU7A 4WF7A 1CGYA 1J0HA 3TTSA 1BVZA 3IAQA 2ZXQA 1K6AA 1QI4A 1F4HA 1BYCA 1ECEA 3GXIA 4D1IA 1ZJBA 2XIIA 2OSWA 1XCWA 1XC6A 2E8YA 3MV01 2BNJA 3A4WA 3NJ3A 2WHJA 4BQ3A 4CD7A 2WBGA 1CGWA 2ZIDA 4AIOA 1JZ7A 1WCGA 4AZ5A 3AMLA 2ZUSA 1Q6DA 1BPLB 1OWQA 3VVGA 1J11A 3B9EA 4C7FA 5EMYA 2F8QA 4GXPA 1BG4A 1UWSA 1LWJA 4UQEA 1XH2A 1JNEA 1XYZA 4OBRA 2D20A 5IHRA 1ZJAA 3B8SA 1EGZA 1J01A 2ZE0A 3CHEA 3SCQA 1S46A 4XX6A 3VDCA 3L4TA 5A2CA 3M07A 2YOCA 4NF7A 4AYSA 2YA2A 3NDYA 1VEOA 4LX4A 3VIMA 3QGVA 5I24A 4MAVA 1W3KA 1EOKA 5BCAA 2XM2A 2J7HA 4H04A 5FCZA 3BC9A 1TMQA 3TA9A 3WF4A 5ABEA 4R5EA 2ZWYA 3SIMA 3W37A 3KE0A 2VVSA 4AD4A 3M46A 3KWXA 2VL4A 2XVGA 4D6CA 2CBJA 3VDAA 2Y4SA 2ZXAA 1QI0A 3BAKA 4DWSA 1W2VA 1VJSA 4W85A 7CGTA 2VRQA 2D3LA 3VIOA 1XH1A 2EJ1A 3WNMA 2QHAA 7TAAA 1VENA 5BROA 1UH4A 1PAMA 1U30A 3ZR6A 3AHXA 4AZCA 1KB3A 1X6NA 1CXHA 4JFUA 4PTMA 1GVYA 5HNNA 2PC8A 5A6MA 1SFSA 2GDUA 5IFPA 3CUHA 1VJZA 1OM0A 1UR1A 2WVVA 5CXPA 2BVTA 2J7BA 4X0VA 4ML4A 2GJRA 3ZSSA 1HKMA 1WB0A 4URIA 3WN6A 1QW8A 2WKGA 4CN4A 5GNXA 1VEMA 3WY1A 4F9JA 1V08A 2DQXA 2WHMA 3WD1A 3CLWA 3W82A 1FHDA 1CXEA 3OLDA 3OBAA 1GW1A 1Q6GA 3VX0A 2J78A 3BSHA 3RO8A 3AS1A 4LPCA 3WQ4A 4PCTA 3GTNA 4MNKA 3AZRA 2W4XA 4PEEA 4FLRA 3TTOA 1GHRA 3BLPX 2YJQA 4JL2A 4UR9A 2WZHA 3UERA 4ATDA 3II1A 3WL1A 1UUQA 1SR0A 5A6JA 2BFGA 5A6LA 4MTVA 1JYVA 1XYFA 2XTKA 4WK9A 4M8UA 4A4AA 4AC1X 2YA0A 2V5DA 1KCKA 3VILA 4NRRA 2D0FA 3CO4A 4Z2JA 2NW0A 1Q4NX 3SCUA 1C3FA 4KMQA 3SUSA 4L4PA 4TUFA 3GM8A 3WQ8A 3CMGA 3MU7A 4XV0A 1QI2A 4CD8A 3ZJ7A 1UD5A 4B9ZA 2D22A 1ZBCA 3T0BA 1WDRA 1B90A 1PJ9A 2WC7A 2C8NA 4U33A 4CGTA 1V6YA 3AYRA 4Q7NA 5BXTA 1KFWA 2V5CA 3DYPA 3GXFA 5CPQA 1HJQA 1HX0A 2EO7A 2J8GA 2E40A 1E56A 4S3JA 1OIFA 4HZ8A 2WAGA 3FW6A 2WVSA 5BYWA 1C93A 5I2UA 4P8XA 1J12A 4Z2LA 3ALGA 5BXRA 3EMCA 1LJYA 4H2CA 4CVUA 1VF8A 4JFSA 4WKAA 2CKRA 3IJ9A 5C8BB 1JIBA 4OOUA 1MXGA 5LA0A 1ZBKA 2VZUA 4ATLA 5BXPA 5I78A 1NOFA 2BS9A 3AXHA 4V28A 5E09A 3A6OA 1UYQA 1CLXA 5EBAA 2CERA 2VZSA 1B30A 2J4GA 3K8KA 4BQ2A 2D3NA 3CUGA 3CHFA 3GZAA 4QLJA 3VMPA 2WCAA 2DSVA 4Q22A 1H49A 5M3WA 1B2YA 1NP0A 1BYDA 1BGAA 4KRUA 4P7OA 4UZSA 1JAEA 3JUGA 1FH9A 1A3HA 2UY4A 3O6AA 1E3XA 2ZICA 2BXYA 4P7RA 1SMDA 1XD0A 3AMGA 4J3SA 4LYQA 3U7BA 1J10A 3CZEA 4JKKA 4E2OA 2EPNA 3PZVA 2V3FA 2NT1A 4AZCB 1VFUA 3AROA 1HJSA 5AC4A 4HA1A 4W88A 2W92A 3ARXA 1V6UA 1ODZA 3FN9A 4R27A 4WJXA 2BHUA 2UY5A 2ZUNA 4MJ4A 3SCRA 1JDDA 2ZUMA 2WVVB 3AS2A 5DT5A 4TX8A 3WD3A 4GIAA 1UD2A 5CZKA 4PMUA 5HBFA 2VX6A 2VCCA 1CXLA 4D6GA 1TFVA 1UQZA 1E5NA 3NCOA 2FH6A 3PZUA 3BAXA 4EE9A 2WMKA 3FAXA 1JYNA 4LQ1A 1KQZA 3EDDA 2OO2A 4PBGA 3AHTA 5HPOA 4HMDA 2WC4A 3WIJA 1KXVA 4GZEA 4GO9A 4N42A 2CXGA 4JFVA 4HOWA 1H2JA 4TX6A 2DH3A 1B3WA 4M24A 1UHVA 2JF7A 4D6JA 3WFZA 4TTUA 1V03A 1GCYA 1B1YA 2ZXBA 4J3TA 1H5VA 3OLEA 2CBVA 3WH8A 5EFDA 1MYRA 5ABGA 1W1YA 1EXPA 3CPUA 1JG9A 2Z1SA 4QCFA 4J28A 1NOUA 2VO5A 4RE3A 4H41A 2CYGA 1EDTA 4FF5A 4J3XA 3SUWA 1E0WA 2IXUA 3MUZ1 1DWIM 3N13A 3ZOAA 4JFTA 1HL8A 2VQTA 3VNZA 2OSXA 1UWUA 4BCEA 1I1WA 4F9DA 3ARRA 1W9XA 5I77A 2XVNA 4AISA 3ARYA 1QBBA 4PTWA 3SUTA 2PBOA 1US3A 1ESWA 3SCWA 4W8LA 4W5UA 3QHMA 2YBTA 4CVWA 2D24A 2WMIA 4KGLA 5BRQA 3RJYA 5I0DA 2JFEX 2QLYA 3WUEA 2GDVA 9CGTA 2QPSA 2DIJA 1BG9A 5D9NA 4FMVA 1DWFM 2PWGA 1QNOA 3PZNA 5I5RA 1BHGA 2JIWA 2ESCA 3WBEA 1MFVA 2CKSA 2WBKA 3K8LA 3W6MA 3WEOA 2VR4A 3EDJA 5FL0A 1JNDA 2W61A 1JZ3A 3IANA 4JHZA 1PZ2A 4AWEA 1G1YA 3WSUA 3M6DA 2DSZA 1OCQA 3PTMA 2CBIA 3DYOA 3OLGA 3B9AA 4AY1A 3RMEA 3W81A 3M7SA 3FXYA 3DYMA 1Q6FA 1OBAA 3N9KA 4OZOA 1A47A 3BXWA 4S3KA 4PUDA 4W87A 2BY3A 1JF6A 4OOZA 3VD3A 3KL5A 4WSKA 1ZBWA 1VFFA 1IT0A 1FP8A 4HA3A 5D8WA 1PBGA 1CGVA 3WQ6A 1C8QA 2WC3A 2XPKA 1VFOA 5KZ6A 1DWJM 5M17A 2XWEA 3WDRA 3F5LA 3U7VA 1WZKA 1G01A 5I23A 2VC9A 5E70A 2GVYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IX2 A;  4EK7 A;  1N55 A;  1F9C A;  4HA4 A;  1A5K C;  1EX1 A;  1OFO A;  2Y2W A;  3IUI A;  2OW7 A;  3ME3 A;  1RCQ A;  3NZ1 A;  1B31 A;  1P6B A;  4OKD A;  2PDY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3WF3 A;  3ARP A;  1HL9 A;  4FZO A;  4E8D A;  5HPC A;  1BYA A;  1E40 A;  4C7D A;  3TON A;  1QW9 A;  1UD3 A;  3ARS A;  4GI9 A;  3VGD A;  3GH5 A;  1WDP A;  8CGT A;  3LMY A;  3UG4 A;  3VGH A;  4AZI A;  2J47 A;  1UA3 A;  1NH6 A;  4D6I A;  4MDO A;  4MNL A;  2V38 A;  1V3H A;  4HOZ A;  4W8A A;  4UFJ A;  1KWK A;  4HTY A;  3BCD A;  3WEN A;  2EPL X;  3I3B A;  1Y7V A;  3T09 A;  4DWS C;  1QBA A;  4AD1 A;  5HDR A;  2VT0 A;  3VIK A;  3AOF A;  3QR3 A;  4ACY A;  1VEP A;  4U2Y A;  2AAA A;  1MWO A;  5I6S A;  2BHZ A;  4WKH A;  1H1N A;  3ART A;  3BMV A;  2G8Z A;  1GVI A;  4PMR A;  3AZS A;  2DSU A;  3MS8 A;  2OLH A;  3NDZ A;  2GJX A;  2J7F A;  1UWQ A;  4F8X A;  5CJ5 A;  4NZC A;  3WD0 A;  1CZ1 A;  5LA2 A;  1Q6C A;  2CBU A;  2IUZ A;  2J8F A;  4ZEN A;  3UES A;  1WNO A;  3RPM A;  1AQ0 A;  3WDQ A;  1GON A;  1JZ2 A;  2VQU A;  4TTG A;  1E71 M;  4JCM A;  3B9D A;  2ZUW A;  3VGF A;  1MQP A;  5A69 A;  3ALF A;  1M03 A;  1B3Y A;  1H0I A;  1W1V A;  3OZP A;  1E6S M;  5ECU A;  4W89 A;  3WH9 A;  2FHB A;  4ATW A;  1E4L A;  1VB9 A; 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4AZ5A

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