4AZ6 | Genus

Total Genus 175

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	175
sequence length	435
structure length	435
Chain Sequence	SHNEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__361177517027509__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__361177517027509__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4AZ6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__361177517027509__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"361177517027509","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4AZ6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__361177517027509__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0389259124529dc5a24cf0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0389259124529dc5a24cf0/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	175
structure length	435
sequence length	435
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2012-06-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	4az6A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4az6A01

3S2CA 3U5UA 1AQ0A 3WIJA 3BAIA 1QW8A 2OSYA 2EPMX 1HNYA 2WZEA 4FZPA 4PMQA 1E6QM 5DT5A 1EH9A 3MSGA 4GZIA 3QOKA 1CLXA 2VZUA 2JF7A 1NOFA 4WK9A 1KXHA 3AI0A 4X9YA 1VFUA 4PMOA 3CLWA 1BVNP 3CH9A 4OZOA 2OZNB 1GUVA 3VILA 2O9TA 1J18A 1W1YA 4UQBA 4B15A 3MS8A 1KXVA 2W61A 2WHMA 4JL2A 2FHFA 1HL8A 1D7FA 3WNPA 1JDDA 1LG1A 1JAEA 2D2OA 3HJEA 3A4WA 3L4XA 3CZEA 1BYCA 4ACZA 3W38A 2CHOA 2GJXB 4AD2A 4NRRA 5JBDA 2CERA 3SCUA 2GSJA 1G9HA 4UQ9A 1QNQA 3ARXA 1B9ZA 3T2QA 3AROA 1HIZA 3VD9A 3VINA 5A6SA 1VENA 1UWUA 3WEMA 1V6VA 1FHDA 1W3KA 2YL8A 4AZ5A 2VQUA 2G41A 1K6AA 2ZX5A 1FOBA 1ITCA 2DGAA 2DQXA 5BRPA 2V3DA 3LPFA 1W9VA 3VVGA 4DUVA 1KGUA 3NUKA 1KFWA 2UWFA 3VDBA 1JI2A 1OIMA 3OBAA 3FNDA 5I0DA 1FFQA 2WMHA 5LYRA 4OJYA 3KEHA 4TVCA 1QHZA 1M7XA 3WQ5A 1HN1A 2OYKA 1E3ZA 2G3JA 5HBFA 4OUEA 2VR4A 4UOZA 1TCMA 2CKRA 1OIFA 1ZBCA 3J7HA 3L2MA 1CNVA 5A2AA 3PZVA 3MUZ1 4UQDA 3ZM8A 4PEEA 1J0ZA 4E4PA 2WBGA 1VBRA 3TONA 3EYPA 2GDUA 3K8MA 2FHBA 1WDRA 5E0FA 3WF2A 4TTUA 2J62A 3UG5A 3QHNA 2ZX6A 3OGRA 1JYNA 4QFUA 1MW2A 4L4OA 1V0NA 3SCVA 4CUCA 3EDKA 3GZAA 3N1AA 5CXPA 1ESWA 1CXKA 2XSAA 1VRXA 2V3GA 3CO4A 2Y8VA 3AHTA 3L4WA 3VGHA 3AMLA 2XUCA 5DF0A 4JKLA 3WNLA 2EPLX 1NARA 2C7FA 1G94A 3SUVA 4HPHA 3B8SA 1LQ0A 4LGXA 1XSKA 3WUEA 4CD5A 2VQTA 1BPLB 4ACZB 3LPPA 1H0GA 1VFFA 3IANA 3ARTA 3WH9A 1PBGA 2GK1A 4MAZA 3AZTA 2O9PA 2DSVA 1E1FA 3VM5A 4UFJA 1A3HA 3OZOA 5BXPA 3DYMA 1JD9A 7CGTA 1UWQA 2HVMA 1UD4A 1DWHM 4QCEA 5I24A 2QMKA 1OGSA 3CMGA 3I3BA 4M56A 1HP4A 4UFLA 3WFZA 1XSJA 4BA0A 1NM9A 1J0IA 2BHYA 1MFUA 3WF1A 1QI3A 2DH3A 5DEZA 1WZLA 4P7RA 3OG2A 4AZCA 4ZXLA 4UTFA 3L4YA 5IFTA 5FCZA 2WHJA 2YDSA 1ZBVA 1DWJM 1CGYA 2WCSA 1XCWA 3TA9A 3RM8A 2W66A 1QNSA 1L8NA 2VX5A 1CGXA 4H8UA 1UR1A 2J7EA 5A8NA 1V3LA 1E5JA 3UG4A 3T09A 2WVVB 1G5AA 4RE2A 1UA7A 5M17A 1UZ4A 2XVKA 3BCDA 2VVNA 1J11A 4HMEA 3T08A 4E2OA 5A6KA 4ZEPA 1NWRA 4HPGA 1IZJA 2ZIDA 2WW5A 4F8XA 3VX1A 2VRKA 5LA0A 1B90A 1UKPA 2A3EA 1X1NA 2VX6A 4JFWA 2FHCA 4ATDA 5D9MA 4ML4A 3OLDA 5HPOA 4EK7A 1JZ4A 1US2A 4J3TA 3ZJKA 5TD4A 3AJ7A 2DT0A 4H2CA 4UNIA 2D23A 1C92A 3BC9A 3UEQA 3WQ8A 2ZX8A 2YBTA 3ARPA 4PUEA 5CPTA 1NOUA 1W9XA 3VIIA 3WSUA 4W8AA 3SCRA 2WZIA 1EHNA 1GVIA 3THDA 2DSZA 1ZU8A 4HMDA 5GQBA 4AZGA 1TG7A 2ZUSA 1M01A 2ZE0A 1KQYA 2EO7A 4OKDA 2XSBA 4P7NA 4ZXOA 3O6AA 1O6IA 3TP4A 2GK1B 3DYPA 4CVUA 1KQZA 1ZJAA 4W5ZA 5GNYA 1XD1A 3AYSA 3DYOA 3VGEA 1RP9A 4MJ2A 1UH4A 3N12A 1VEPA 4PTMA 1BG9A 5DFAA 1WZMA 2WB5A 4UFMA 1N82A 3WMSA 1V0KA 5M03A 4S3JA 1ZL1A 4N42A 2VRJA 4J27A 5A2CA 2PWHA 2WANA 1E4LA 1F4AA 4PSRA 4PCTA 4A3HA 3W53A 2WBKA 3VIMA 3GXIA 1GQIA 2E9BA 5BXTA 4U5IA 3AQUA 3BMVA 3WDRA 3WBEA 3CBWA 3EMZA 3QHOA 4AZCB 2EXOA 2J8GA 3GXMA 3RDKA 4DM1A 1V3IA 1Q6CA 4GI6A 3T0BA 4EKJA 1QHOA 1EDTA 2VR5A 1DEDA 4W8BA 1EIBA 4B9ZA 2YDRA 4MNMA 4PBGA 1JYXA 3KE0A 1NWTA 2EJ1A 5FL0A 3CUGA 4HA4A 2BS9A 3WKZA 1XH1A 3WFLA 3FAXA 1OGBA 4MB1A 1J0HA 4P8UA 3CUIA 1GONA 2JEPA 1TA3A 2J47A 4H8VA 5ABEA 4FF5A 1H2JA 4D1JA 3PBGA 3M46A 3WL0A 3OLEA 4CN4A 3RJXA 2GUYA 4J3UA 3GXFA 1ODUA 4H7VA 6TAAA 2PF0A 4UCFA 2BXYA 3CZ8A 1MXGA 2JALA 4F9DA 2ZUUA 2ZICA 2D22A 1C90A 1UR2A 4UOQA 5EFDA 1W3LA 4DUXA 3MO4A 1Y7VA 2FH6A 3BAKA 4M24A 4PMRA 4BQ4A 1OSEA 4BCEA 2IXUA 1E4NA 3APGA 1CGWA 1XYZA 1HJSA 1J9YA 4WKFA 5A8PA 2O9RA 2XVLA 3CPUA 1JZ6A 4U5KA 5E9AA 2ZOXA 1BQCA 2ESCA 3VIFA 4V28A 5D8WA 3HN3A 1JNDA 1CEOA 4PTXA 1JDCA 3K8KA 2D1ZA 4ZENA 2J4GA 4TXEA 5A8OA 1OCQA 3IJ9A 3WL1A 3W27A 1MW1A 2VX4A 3N13A 3AICA 3ARWA 4MDPA 4D6EA 3EDDA 2J75A 3BLPX 5A8QA 2BHUA 3WNOA 2C8NA 5FIPA 4BQ3A 2Z1SA 4KRUA 5CZKA 4P7OA 5ECUA 3K46A 2GDVA 3KZSA 4A3YA 3GXDA 3MV11 2CYGA 2PWGA 5JBFA 1QPKA 4GXPA 1B31A 2VL4A 4IPLA 1MWOA 1LL4A 4B3KA 5I3DA 2QPSA 4H8HA 2X0HA 3AS1A 3B9DA 2GJPA 4WJXA 2WPGA 1JFXA 2ZWZA 1WNOA 1OINA 1JZ7A 3WD4A 1PX8A 3WUGA 3VD5A 4NRSA 3TTSA 4GPNA 1BFNA 2V5CA 4D72A 2WMIB 5HPCA 4CCEA 1J0YA 1JAKA 4W7VA 3AXHA 4IM4A 4HMCA 1EDQA 1UG6A 5A6MA 1E6RA 1E5NA 3CGTA 1MXDA 2WNWA 3VMNA 2WHKA 5A94A 2D0GA 1W9DM 2PBOA 1UWSA 1DWAM 3M6DA 4CN6A 4AIEA 3ZSTA 3UERA 1LWJA 2ZUMA 1QW9A 2XWDA 3MUY1 2MANA 4PMUA 4A4AA 3VMOA 1BVZA 3OZPA 4JFVA 1HVQA 3VD7A 3VDAA 2CEQA 3L4TA 3PTMA 3GBEA 4M1RA 3NDYA 2JE8A 2UY3A 2E9LA 1FP9A 5IHSA 1C8QA 1ZB5A 2A3CA 2YOCA 5A95A 1JI1A 1HL9A 2ZX9A 1LL6A 4W7WA 4QLKA 2J77A 1RP8A 4JHZA 4GQQA 4XX6A 5GNXA 3LMYA 5E6ZA 3AFBA 4U3CA 1PX3A 3EDEA 3AISA 1LL7A 1BG4A 2W5FA 1DWGM 2J7HA 5LA1A 2ZWYA 3CHCA 3RIKA 3W28A 1UR4A 1XCXA 1XYFA 3PHAA 1GJWA 2OWCA 3BXWA 4RE4A 2VVSA 5I2UA 4PMYA 4Z2LA 4U2ZA 4HA3A 3I3DA 3MMDA 2XPKA 2XM1A 1NWSA 1M04A 5M5DA 4AD3A 4ATLA 1CWYA 5KEZA 1B3ZA 4YHGA 5CGTA 1E0WA 1E56A 2WMKA 1CLVA 2B31A 2A3BA 2VZSA 2E4TA 4XV0A 2RGMA 4BS0A 3SUUA 2F61A 4CD8A 1UD8A 1Z32X 2RGLA 1UD2A 4HZ8A 2VRQA 5A6AA 4MDOA 4KRTA 4B3LA 3BSHA 4CU7A 3ARYA 2OWXA 3L4VA 3ZT6A 1SMDA 3VKKA 1P6WA 1V02E 2X2YA 3BSGA 5IXEA 1CYGA 4JL1A 1R8LA 4AZBA 4WF7A 4AYSA 1E4MM 1JYVA 3BH4A 3ZJ6A 1E3XA 2BV9A 1I1XA 3WDQA 1W3JA 1K9TA 2F8QA 4JFTA 2PI6A 2WC4A 5HNNA 1EA9C 5BRQA 4MTVA 3VUPA 5FKYA 4AWEA 2EPKX 3OB8A 4R5EA 1TVPA 4IUGA 4D6JA 1HJVA 4X0VA 1UR0A 3PZQA 4DWSB 2IXVA 1ISYA 3EDFA 4LXFA 4GO9A 4D6CA 3WQWA 2OYMA 3AHXA 3THCA 4C7GA 4D6GA 1Q6FA 2PB1A 1AVAA 2DDXA 2VT0A 3NCOA 2O92A 4P7QA 4L4PA 1WKYA 3AIWA 5JBEA 3BAWA 2GJRA 1EOMA 3SUTA 1V6YA 1KCKA 4K68A 1WO2A 1B3XA 2XTKA 3VIGA 2YA1A 4J28A 4CD6A 4LYQA 2Y2WA 3NIYA 2Y5EA 2ZUWA 4HZ7A 5CPSA 3EBVA 4IISA 4BZYA 2D3NA 1W9UA 3WF4A 3BCFA 3SCTA 1HF6A 2WAGA 3RPMA 5C71A 3LPOA 3VNYA 1JZ3A 5GNZA 1VEMA 1CXEA 1GOQA 3KL5A 3HU7A 3PZIA 4AEEA 1NOWA 1NWUA 2QHAA 5I6SA 1J10A 2PWEA 5IDIA 3CUJA 4TVDA 3VTRA 3U57A 2Y4SA 1OWQA 2OLHA 5BCAA 1XD0A 4QAWA 1W3HA 2BY2A 1QBBA 3GH5A 4D1IA 1YHTA 1D2KA 3FY1A 1UD6A 3VGGA 5AYIA 4FLRA 5A3HA 4P8VA 3CMJA 2VOTA 2JFEX 2J7CA 3PN8A 1E6XM 3WQVA 1OT1A 3PZNA 4PMXA 2Q8XA 1HKMA 4W93A 2CBVA 2AAAA 2FDMA 1QI2A 3GH7A 4UR9A 3N04A 4JFUA 3WUBA 2CHNA 3IJ7A 2ZXQA 3ZJ7A 4NSBA 3ZJ8A 4AY1A 1KWKA 2VZVA 1WZAA 4JHOA 1ISXA 4MB4A 2BNJA 4P8WA 1RH9A 4GO8A 4MNKA 4DM2A 2XGIA 5I23A 1IZKA 3SUSA 1DWFM 2BY1A 1FH9A 1V3MA 1X6NA 3MKKA 3VNZA 4Z2HA 1MQQA 1WZKA 2ZXBA 3ARSA 4NF7A 4C7FA 4Z2KA 1KWGA 4H41A 3ZQ9A 2VTFA 1E71M 4URIA 3BAJA 4UFHA 2OWWA 2YA0A 4ZE4A 4HU0A 5D9NA 4Z2GA 1K9EA 1EQPA 1TMQA 1LF1A 2C0HA 2VZTA 5A1AA 1VB9A 2E40A 3VPLA 1QNRA 4NI3A 4W89A 2WMJA 3RO8A 1NP2A 1OD0A 4EE9A 2G8ZA 3QHMA 1E4IA 4AZIA 3AIEA 4EANA 1QNOA 4PRWA 4GZJA 3AZSA 4U31A 1JYWA 1KBBA 4J7RA 3GBDA 4GKLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4AZ6A

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