4AZC | Genus

Total Genus 162

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	162
sequence length	421
structure length	421
Chain Sequence	GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDEYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGGGFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPTNLEGYSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAALQGLKP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	162
structure length	421
sequence length	421
chains with identical sequence	C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2012-06-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	4azcB02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4azcB01

1J12A 4YHEA 1QI2A 1OWQA 4S3JA 3WF1A 1BYBA 5BXRA 5FD0A 3WUGA 4AZBA 3BAKA 1KCKA 2WMIB 1V3JA 2WWDA 1BYCA 1PX3A 1UD8A 4GI6A 4GZIA 2QLYA 4P7RA 4OUEA 5IXEA 4PMNA 3WEMA 3CZKA 4FLOA 1V3LA 1ITXA 4EE9A 3RJXA 2DT2A 3N15A 1V03A 2O9PA 3A4AA 2JF6A 4MADA 1OT1A 2UY2A 4MPKA 4AZIA 3RILA 3WSUA 3UCQA 4GPNA 1KR1A 5A95A 2BVTA 1VEOA 1BGGA 1D2KA 4LGXA 1HKIA 1CIUA 2WMFA 3WQ8A 1K9TA 1V02A 3GXFA 2IXVA 2XFFA 1MW0A 3KEHA 2E3ZA 3VILA 3D3AA 4Z2HA 3NJ3A 2ZX7A 3WKZA 5AC4A 3L4WA 5FL0A 2XVLA 1J9YA 5CJ5A 2GVYA 5A8OA 1PPIA 3CUJA 1H49A 2PWEA 3AMDA 2XTKA 2FHFA 1L0PA 2WMIA 2ZUUA 3CZ8A 4A3HA 3T2OA 3VINA 1W9VA 1OIFA 1QVBA 4UOJA 4ML4A 1MFUA 3WFZA 1CXFA 2VT0A 2WHJA 2G41A 4DUWA 4UQ9A 3RDKA 4A4AA 1BHGA 4KRUA 1GJUA 1NH6A 1QNOA 3VIJA 1K9DA 1UH3A 2WZEA 1W3JA 2XVPA 2J78A 4CD6A 1HKKA 4JFWA 1BG9A 2E9MA 1PBGA 3CTTA 2D22A 4LQ1A 5ABFA 2E9BA 5I78A 3SUUA 4GO9A 4M80A 3PHAA 3U7BA 1H1NA 3ZT5A 2O9RA 3ARZA 2CBVA 2WCAA 1CXEA 4Z2KA 2Y24A 1LF1A 1V6WA 3F5LA 3ZIZA 4AC1X 1V0LA 3NCOA 4MB5A 1CPUA 2VZTA 1H4PA 2JFEX 1UH2A 1V6UA 4PTWA 1BAGA 3WQ6A 4WIWA 1M7XA 5ECUA 1XH1A 4IM4A 1JDAA 5AYBA 1R87A 1R86A 4B3KA 1KFWA 1VBRA 4L4PA 3GXMA 1TUXA 1JZ6A 4JKLA 1UKPA 5CLWA 1JDDA 1JIBA 3GXIA 3T09A 3S6TA 5DO8A 3VIHA 1L8NA 5A6JA 3ZR5A 1ZU8A 3FY1A 5D9OA 4P7OA 4GZJA 3EMZA 1D7FA 1MXDA 3BGAA 4PYSA 2CITA 1HF6A 1V6YA 2WSPA 3WDJA 4P8WA 3WF2A 2ZIDA 3K8KA 3AMKA 2XFYA 4W93A 3PZOA 4D6EA 3VVGA 3CMJA 2CHOA 1NWUA 1JAKA 3D5HA 1EXPA 2D3LA 3L4UA 1UR1A 4QCEA 4DUXA 4JFTA 4TVDA 3T2PA 2BXYA 4CCEA 3SCWA 3QR3A 4CD7A 2WBKA 3VUPA 4OOZA 3W24A 1TA3B 5D9PA 1GNXA 1NQ6A 4XB3A 1LWJA 1PX4A 1X1NA 2DSVA 5HBFA 4P8VA 1UKOA 1JF6A 1TR1A 1SR0A 1E1FA 1E6XM 3PTQA 1QNPA 4CCDA 1W1YA 3CZLA 3MO4A 4DUVA 2W62A 4GINA 3G6MA 1ISYA 1FH7A 5LYRA 1UR8A 3CHDA 1NWSA 4P7LA 3AZTA 4Z2JA 1A47A 2OYMA 5GPRA 4Z2GA 1XGZA 4B15A 2Y4SA 3WIJA 3M07A 1QI5A 2XPKA 3WUBA 1GCYA 1C7TA 2WXDM 2B31A 1TFVA 4RE3A 3PTMA 1JAEA 1E0XA 1TE1A 4HTYA 3CIVA 3TTQA 1JZ3A 2JE8A 4WJXA 5JBFA 3T08A 4OKDA 1BVNP 2DSKA 2X09A 1FHDA 3EDKA 2PWDA 3M7SA 1E5JA 4LPCA 4MJ2A 1GW1A 4M24A 3UR7A 3PZUA 3O2LA 1H3GA 1E71M 5DT5A 5KZ6A 3PZNA 1XCWA 1E3XA 4DM2A 1GOMA 1UR9A 3GXDA 3BLKA 5BXTA 3A3HA 2VQUA 4PMYA 1NARA 3NDZA 2E4TA 1QBBA 6A3HA 2CPUA 4E8CA 2FGLA 3THDA 2XYLA 2G3JA 2VCAA 1RP8A 1JD7A 2YLLA 3VGEA 3WNLA 4GXPA 1LG2A 4FF5A 4AIOA 3AHVA 4W5UA 3FNDA 3NSNA 3N17A 3AJ7A 3SURA 2IXUA 4XV0A 3ZSTA 1E43A 3T0BA 1JG9A 3AFBA 1FP9A 4UQAA 1AQ0A 3A4WA 1DEDA 4HU0A 4JFUA 4V27A 5A6BD 2D1ZA 5A3HA 1U2YA 3AQUA 3HMCA 1O6IA 2X0YA 5EBAA 1UKTA 1QI0A 2BHZA 8A3HA 4J3TA 1CLVA 4UOZA 4WKAA 3KL3A 3ZJ6A 4MAVA 3K8LA 1ZBWA 1QHPA 1JFHA 1WZKA 4QDMA 2J7HA 1XSJA 4S3KA 3FW6A 1B3XA 2DT3A 3L4YA 3MUZ1 2WBGA 3VOCA 1HT6A 1LL6A 2CKSA 4UFKA 2OYKA 5A6MA 3WMSA 4AD2A 2WLYA 5FOOA 1UA3A 3AYSA 1HX0A 3HU7A 2GUYA 3WUFA 1EO7A 1RP9A 3ECQA 3ARXA 1W3LA 3RM8A 2XIIA 5D8ZA 2WWCA 2EQDA 4JFSA 2OSYA 2ZUWA 5D9MA 1OSEA 3VIMA 2AAAA 1X6LA 3WH5A 5I77A 5CSYA 2VVNA 1CEOA 1W9PA 3B8SA 2VRQA 3CHCA 1ZBKA 5DMYA 5A6AA 3NIYA 4AZCB 3PZIA 1DTUA 5A2CA 3L2MA 2DH2A 4MB1A 5BCAA 4CD4A 3BCDA 5AY7A 1CTNA 1CGUA 4D6CA 5KEZA 2ZXQA 1ISZA 3ARUA 3U7VA 5I6SA 4TTGA 1E6PA 4PN2A 4Y7EA 3OBAA 4R5EA 4F79A 3K8MA 5IHRA 5DF0A 3FXYA 4AISA 2VI0A 3T0AA 2D0FA 5A6LA 2WNWA 1KQZA 4UNIA 3AHYA 3AS3A 3GBEA 4AZCA 4MDOA 4HA4A 1EA9C 1CGWA 4C7DA 1VFOA 2VR5A 1EH9A 2W61A 4NF7A 4TVCA 3N18A 2VX4A 5ABGA 5EB8A 4OOUA 1BQCA 2YA0A 1MW2A 2GJPA 4BQ4A 3WMBA 4CD5A 1H0GA 2PWGA 5FCZA 5I0DA 1E4MM 1QHOA 1ISWA 5IFTA 1US2A 3VNYA 1W1PA 3AI0A 3AOFA 3UESA 1C92A 1NP2A 1M01A 4AXNA 3W37A 2ZX6A 2FGZA 1WDSA 2VJXA 3A4XA 6TAAA 2E8YA 1E0VA 2ZUVA 4ZEPA 1GVYA 4AZ7A 1OM0A 1V3HA 2QPUA 4D6FA 5M3WA 3WL1A 3VD9A 3W0KA 1ZB5A 3WY1A 5F7UA 3VD4A 1G9HA 3VMPA 2EBNA 4ATDA 4UFIA 2VMFA 2PC8A 1W1VA 4W84A 3JUGA 1LL7A 1H0IA 1SMDA 4KRTA 3POCA 1OD0A 3U57A 1JL8A 2AOSA 2DIEA 3BAIA 3OLDA 3VIGA 2XSBA 3TTYA 1W3KA 4E4PA 3ARPA 4PMVA 3WD3A 1WCGA 4DWSB 2DQXA 2XFRA 2W66A 3GNRA 3MS8A 2GDUA 3MUAA 3GM8A 3RJYA 2ZWZA 1WZLA 4P8UA 2V3FA 4LXFA 4PMOA 2W91A 3QHOA 4W8LA 2OZNB 1KB3A 1GQKA 3E1F1 1SYTA 2YOCA 3WF3A 4J28A 3ARTA 2D2OA 2V3GA 4GQRA 5HNNA 4GI8A 4U5IA 2PB1A 1AQMA 4TTUA 5JIWA 2IUZA 2PF0A 4A3YA 3B9DA 2OWXA 1BYAA 2PWHA 2ZICA 3WQWA 3CH9A 4HOZA 4DWSA 3CZGA 4HOWA 1HJSA 3GZAA 3UERA 1W32A 1AMYA 1Q6DA 2BXZA 2EPOA 5GNZA 5A94A 3AISA 4W5ZA 1J0IA 1XRVA 1BTCA 4D71A 1X6NA 1KQYA 1FH9A 3OG2A 4UZUA 2BVYA 1E6ZA 5A8PA 4Q7NA 1DWFM 1W9XA 1RD6A 2PBOA 2YBTA 5CZKA 1E15A 2BFGA 3IJ7A 5DFAA 2X2YA 2DSWA 1I1WA 3AS1A 4F9JA 1YQ2A 5HPOA 4P8XA 3RM4A 2VO5A 4XUYA 2A3CA 1NOFA 3VO0A 4PMUA 1V0KA 3MKKA 5CLTA 4H2CA 7TAAA 5ABHA 2XWEA 1EHNA 3DHPA 3LPFA 4M8UA 1FH8A 4J27A 3KE0A 5C70A 3WN6A 3VTRA 2YL8A 1WDQA 4CN4A 1GQIA 3AMGA 2VX5A 5ABFB 1UZ4A 1KGWA 2J7CA 3WELA 2CBIA 4HZ7A 2JALA 3ZQ9A 4H7VA 1CLXA 3MU7A 5EFDA 1HJXA 5IHSA 2VCCA 1WKYA 2O9OA 2XM2A 3VM5A 2YDQA 4NRRA 3AHZA 3DHUA 2YL5A 1MFVA 3MV01 1PEZA 1E72M 4D6IA 1HJUA 2QPSA 3K4DA 4LYQA 1GHRA 1C8QA 3ZJKA 3WQ5A 1GOQA 1WDPA 3U5UA 3WNOA 3PN8A 5DT7A 4M81A 1UYQA 4M56A 1C93A 4AD0A 2YDRA 1UWQA 4M29A 1GOOA 1SMAA 2CCRA 1QBAA 2VTFA 5CQ1A 1EO5A 2F61A 3AROA 1HJQA 2DIJA 2G4FA 4C7GA 5A2AA 3AIQA 3DC0A 2WHMA 3VPLA 3DYPA 3EMQA 1V3IA 1JNDA 2NT0A 4PSRA 3IAQA 3WMCA 1XC6A 2A3HA 4F8XA 2PBGA 1BLIA 3N13A 3WDQA 4MDPA 4P7NA 1K9EA 3ARYA 4J3XA 1MXGA 3O6AA 3HJEA 3AYRA 3UG5A 2D0GA 4IUGA 4X0NA 1KBBA 4PCTA 4WSJA 1GZJA 2CBUA 3CUHA 3VGDA 1E6SM 1BYDA 4OZOA 4HZ6A 1MW3A 4YN5A 1HJVA 5HOSA 4U2YA 4PMRA 1QI3A 2J7BA 3FAXA 2EPNA 2BY2A 3RCNA 3AXHA 4CN6A 1UG6A 1ODZA 1XHGA 4DWSC 2WVTA 3VIOA 3ZM8A 4H8HA 2Q8XA 4JCLA 1OIMA 1DWIM 3OIHA 1ZBVA 4JFVA 2E9LA 4JL2A 2BV9A 2XGBA 3UG4A 4NSBA 3PZQA 5LA1A 2JIWA 5A2BA 4PTMA 4AIEA 3OZPA 2WCSA 4W7WA 2ZX5A 1V6VA 3AIVA 1CYGA 1M03A 3T0DA 4EAMA 1EDTA 1M04A 1EDGA 1KCLA 4F9DA 1UWTA 3VX1A 5BRQA 3ARRA 1C90A 4AD4A 3WQ4A 1BG4A 3BAJA 4ZE5A 3TTOA 1XD1A 2EJ1A 4UQCA 3PZMA 5JUVA 4D6JA 1Q4NX 2FH6A 5GQBA 3IJ9A 4MNLA 3KWXA 3WUEA 4H04A 3VIKA 4QFUA 5A8MA 4CCCA 1US3A 4JKKA 4CD8A 3BSGA 1F4AA 2BNJA 4UFLA 4WKFA 4H8VA 2D3NA 4GO8A 2DSZA 4PSPA 3AICA 1J10A 1B3WA 1GOKA 1HKJA 1V0MA 4CVUA 5E70A 1B30A 1MYRA 3IANA 1VRXA 1OGSA 4Z2LA 3ZT7A 1LJYA 4BZYA 1W91A 4AZ6A 1W9DM 3AXXA 2YDSA 3CO4A 4BCEA 4MNMA 3SCSA 2WLZA 2QV4A 1JFXA 4QAWA 3L4VA 5HDRA 2ZXDA 2DT0A 2WZIA 1EDQA 4HMEA 1OINA 4QCFA 3ALFA 4AD5A 1CBGA 2BHUA 5CPSA 2X05A 3OA5A 1E9LA 4EANA 2DGAA 1UQZA 2WC7A 2DEPA 1FA2A 1KR0A 2WHLA 2ZUTA 4NI3A 4WSKA 3W6LA 4HZ8A 3NUKA 3PZ9A 1H09A 2YBUA 2ZUSA 3A47A 4W86A 5I24A 4D1IA 2MANA 2RGLA 4GKLA 4RE2A 3UR8A 3EBVA 4LX4A 1HN1A 1UUQA 3APGA 3OLEA 5A69A 1EOMA 4NRSA 3AIUA 1R85A 1G1YA 3GDBA 2EPMX 5FL1A 2J7DA 1PZ3A 4TOQA 3W29A 2C8NA 4KH2A 3ZR6A 1WNOA 1LLOA 4PMXA 4FMVA 4HMCA 2GJXB 3SUWA 1TZ7A 4UZSA 1UR4A 1ZL1A 2V38A 2WMKA 2BVDA 2HISA 2Y8VA 2XGIA 5A1AA 4E2OA 2E8ZA 3N9KA 4L4OA 1CWYA 4RE4A 5IFPA 5BRPA 3WH8A 5BXPA 3WDHA 5E09A 1MQRA 1H11A 1PIGA 4MAZA 1DHKA 1ESWA 1HP5A 1JGIA 4HMDA 2Y2WA 1UWIA 2CERA 1F4HA 1HL8A 2XVGA 1EQPA 1WAWA 1HP4A 2VRJA 2ZUNA 3EDFA 4W88A 1E4LA 1E73M 5ABEA 3EDJA 2Y8KA 3MMDA 2J7FA 3AIBA 4V2XA 3AIWA 1MWOA 3FAWA 2J79A 1MW1A 1JZ2A 1IZJA 1GVIA 3WENA 2GJXA 3BAWA 3IJ8A 3W26A 2WSKA 1JZ8A 4AZGA 3NSMA 1JYXA 1WZMA 2DT1A 2WCGA 4ZXLA 2QMKA 3OB8A 1GQLA 2XJ7A 3II1A 4Z2IA 3KZSA 4D72A 3TONA 2VCBA 2GFTA 4JKMA 3VIIA 4EKJA 1E70M 1PJ9A 1UWUA 1CZ1A 4J3VA 1CENA 1WB0A 2ZX9A 4R27A 3GYCA 2X8RA 2XWDA 2GDVA 4CN1A 2YKKA 4ZENA 1VJSA 4U33A 4B9YA 1V6XA 3WH7A 3B9AA 2RGMA 4JAWA 1MVYA 2XHYA 2G3NA 3PBGA 2EPKX 3TTSA 4WLCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5CJN A;  3E5B A;  5HXM A;  3AMC A;  3VFC A;  4AD1 A;  3P7Y A;  2Q02 A;  2XH0 A;  2VGG A;  3KS6 A;  2PA6 A;  1TR9 A;  2PTW A;  1ML1 A;  3VNI A;  3GG1 A;  3FN9 A;  2YJQ A;  1E56 A;  4LYR A;  3GNP A;  4IQE A;  2W5F A;  3QR0 A;  3DX1 A;  4DY1 A;  3QBU A;  5FEX A;  4ATL A;  1T96 A;  3SFK A;  3IK2 A;  1S2C A;  2OZ0 A;  2YIA A;  3W07 A;  4CGT A;  2WMH A;  1EWE A;  4UTI A;  5CBJ A;  1VFM A;  2XG9 A;  1K3U A;  4D6D A;  3ZLF A;  1EGV A;  3LOT A;  5AYZ A;  5DXY A;  4ACY A;  5AHM A;  4HCH A;  2AQV A;  2J77 A;  3WH6 A;  4BF7 A;  1FWA C;  1O7D B;  4DI9 A;  4EAC A;  3LA4 A;  3L0K A;  4D8L A;  1Q66 A;  3VM7 A;  4JTL A;  4L5Z A;  4XZH A;  2J4G A;  4QR6 A;  4BEQ A;  2NV1 A;  5D05 A;  4O13 A;  4DJF A;  3LYE A;  5A6B A;  1RJQ A;  3T07 A;  2OVL A;  4IFK A;  3A6O A;  5I2U A;  3BG3 A;  1ZJA A;  3ONB A;  1PTA A;  2AMG A;  1E0U A;  1S39 A;  3CUI A;  1BGA A;  3SEP A;  4BQ3 A;  3T0C A;  3DYM A;  2RKX A;  3NPW A;  3F5J A;  1SW3 A;  2RUS A;  3I3B A;  4OV9 A;  5LIK X;  3S6O A;  4ATW A;  2H90 A;  1KWG A;  1WBJ A;  2POT A;  4ZFM A;  1OZM A;  2PU1 A;  5HNR A;  3LHT A;  1OFE A;  3QGV A;  3OK8 A;  1B5T A;  2J13 A;  2YXG A;  3NUR A;  4W8B A;  3KUM A;  4E2B A;  2F38 A;  3KP0 A;  1PTG A;  1TPU A;  2VX6 A;  4NZF A;  1TZ9 A;  2YZR A;  4FLQ A;  1Z6K A;  1JYW A;  4KGL A;  1WP6 A;  1REQ B;  2GVG A;  1S1P A;  1B4E A;  2UY3 A;  3ISI X;  3CH0 A;  2QS8 A;  2NVA A;  4IFO A;  4PB3 A;  1TEL A;  2Q09 A;  2RAJ A;  2OQL A;  1HXK A;  3IUD A;  2VUY A;  3KL0 A;  1R33 A;  1JPH A;  4KPL A;  3TOP A;  2OKO A;  3R0D A;  3WD1 A;  3WEO A;  3CJP A;  1L2Q A;  3MSG A;  4YMZ A;  4A05 A;  1XD0 A;  3EXR A;  5DEL A;  3URA A;  1N82 A;  2PDU A;  4UQB A;  5D04 C;  2V5D A;  3OLI A;  1SO3 A;  4TVU A;  1U33 A;  2PDH A;  4UFJ A;  3VX0 A;  4YNG A;  1Y5W A;  2BY1 A;  3RX4 A;  1PKN A;  5MHB A;  3M47 A;  4C7F A;  1Y8B A;  4QXI A;  3EWD A;  2DIK A;  2ZBT A;  4Q22 A;  4HJW A;  1GTH A;  4LAN A;  3BLP X;  3P82 A;  4R7J A;  3W7G A;  2ZXA A;  1VS1 A;  1CXL A;  2PDK A;  2BTM A;  3HM7 A;  1EP1 A;  3RN6 A;  3XIM A;  2YR1 A;  3GB6 A;  5U4N A;  3P5Y A;  5FJP A;  3M16 A;  2PDG A;  3QH2 A;  1D8C A;  4CUC A;  4EF8 A;  1R7O A;  1S38 A;  2Z6I A;  3QFE A;  2D0H A;  4LEF A;  4JII X;  4AG0 A;  4XBJ A;  3C86 A;  3E9A A;  2G0W A;  2Y1H A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4AZCB

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