4AZ5 | Genus

Total Genus 172

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	172
sequence length	434
structure length	434
Chain Sequence	NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGWYNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDLNRYTAESVTAVKEAEKAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQETVNNLTLTP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	172
structure length	434
sequence length	434
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2012-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	4az5A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4az5A01

3GXFA 3AFBA 4ATDA 4D6JA 1AQ0A 5D8ZA 4DM1A 5DEZA 5CGTA 3D3AA 1UKPA 2XPKA 3TA9A 3WF1A 1OD0A 1R85A 3ARQA 3EMCA 2XGBA 3VVGA 3HU7A 4P7NA 3K4DA 4GI9A 4W87A 4AY1A 1HL8A 1V02E 5M5DA 4OOUA 1KWKA 3OG2A 3MV01 1EDQA 3I3DA 3S6TA 5ABEA 2VUYA 2WSPA 3PZQA 2OYKA 5A6LA 4UZSA 2JNKA 4PMVA 4NZCA 1UA3A 1W9UA 4GO8A 2XVLA 3WF3A 2D0HA 1OGBA 2CBJA 3VD9A 4HOXA 1E72M 3U5YA 2YDRA 1IV8A 1VBUA 1E3ZA 3U57A 3THCA 1J0JA 1ISYA 4M80A 5TD4A 1W2PA 1V3JA 2V38A 2OZNB 2DDXA 3ARSA 5I6SA 3AS3A 1GQIA 2WHJA 1SMAA 3U7BA 3W25A 4XZBA 1JI1A 4F8XA 2WMKA 3PZOA 2EPLX 4U3CA 5JIWA 3FXYA 4CVUA 4JKMA 1JYVA 1E6ZA 1JNDA 1F4HA 3MSGA 4F79A 4M24A 2GJXA 1BGAA 1ODZA 1Q4NX 2NT1A 1XC6A 2UWFA 1BAGA 4JCMA 3L2LA 1W9PA 1ISZA 3SCRA 2EPNA 4HMEA 2FGZA 3O2LA 5I3DA 1KB3A 1RP9A 1OM0A 3FW6A 4U5KA 1XGZA 5AYIA 3WNOA 3T09A 1NWTA 2X1IA 3FAXA 2VTFA 3WDPP 1MQPA 3VIOA 1VAHA 3W38A 2VJXA 4MNLA 1MQRA 1UR4A 3D5HA 2FGLA 4UQ9A 3BAYA 1KGUA 3AQUA 2X2YA 2ZUNA 2DT1A 4OBRA 2MANA 2ZXAA 4MB3A 2OO2A 4URIA 3CZEA 5IFPA 4L4PA 1V6VA 2VR5A 1HXJA 4AZGA 2BVTA 2Q8XA 4RE3A 1OT1A 1B3ZA 1UQZA 4RE4A 3MUIA 1EOMA 4Z2KA 2ZUVA 4UQEA 3CTTA 4UFIA 1ESWA 3NIYA 2UY4A 3MANA 2J25A 3PZVA 2PWEA 4GI6A 1VF8A 2FHFA 4PMRA 1UR8A 2FHCA 2J7HA 3AS2A 2UY3A 5A6JA 2W66A 1J0IA 1UD8A 3VDHA 4DUXA 2QMJA 4ZE5A 4OZOA 5FOOA 6CGTA 2O9OA 3MKKA 2VNCA 2VURA 5A1AA 4D6GA 4AD4A 2X0YA 4S3KA 1PX8A 1D3CA 3B9EA 1EHAA 3PBGA 3HMCA 2EXOA 1FP8A 1M03A 3PZTA 3VGFA 4W7UA 3A4WA 4BS0A 1B0IA 1H3GA 1NOWA 4AXNA 3L4UA 4AISA 3N15A 1ISVA 4PCSA 1BYBA 1IT0A 2XSBA 4TVDA 4EKJA 3WDHA 2YJQA 3POHA 4FZPA 2CIPA 4JKKA 5BRQA 4ATLA 4Z2JA 3GXIA 2ESCA 3WH9A 3RM8A 3W53A 1V0NA 1CNVA 4AD3A 1KCLA 2GDUA 3VTRA 1J01A 1VJSA 4DWSB 3A47A 3RILA 1GOOA 5JBFA 2YA1A 2XIIA 2X05A 2VRKA 2V3DA 1XSKA 1PIFA 5ECUA 5D9OA 5IHRA 1UHVA 3DC0A 3UETA 4OKDA 2CBUA 1PIGA 2JEPA 2HVMA 1HL9A 2GSJA 3GDBA 4N0RA 1UUQA 3WBEA 1GQJA 3SCVA 2ZUUA 1E6XM 5DT5A 3L4VA 2VX5A 2FH8A 1TG7A 3AJ7A 2G3NA 3I3EA 2V5CA 4PMYA 3ZJ6A 5JUVA 2WMGA 2CXGA 3SCPA 4AZBA 4P8UA 3BCFA 2OYMA 1BGGA 4U33A 4HU0A 1MFVA 3K46A 4HZ8A 4CD4A 4D6IA 5D4YA 4KMQA 1C3FA 3ZQ9A 4GZEA 1FFQA 1LL7A 3F4VA 4HPGA 1HP4A 1UZ1A 5DT7A 3GNOA 3TTOA 5KZ6A 4ACYA 1ZU8A 4W8LA 5E9AA 3GTNA 4M56A 5DMYA 1CPUA 2VCAA 2ZWYA 1B3YA 3AZSA 2J78A 5ABFB 1DWAM 3VGBA 3AS0A 1XYZA 1CGTA 1US2A 4J3TA 2B31A 1K9DA 4J28A 2JFEX 1BTCA 3MMWA 2IXVA 3WQ5A 2J7GA 3OZPA 3MSDA 1Q6FA 3SCWA 3U5UA 6A3HA 1I1XA 1W9DM 2DIEA 5LYRA 1K9TA 1E5NA 2JE8A 4LPCA 1UOKA 1GOQA 1UKQA 1AQMA 1VB9A 1JDAA 2D0GA 4GKLA 1OD8A 2J7BA 4FLOA 3ECQA 5BROA 1JZ7A 4KGJA 2ZUSA 4W85A 4QCFA 3WH5A 3U7VA 1H4PA 3N13A 1WPCA 1BYAA 3ZMRA 3FHAA 2ZUMA 5M03A 1W1YA 3VNYA 4C7GA 2J7EA 1EQPA 3WDJA 1SFSA 3GNRA 4TTGA 3WUGA 1CDGA 1V3KA 1ITXA 2WBGA 3WQ8A 2C0HA 3W24A 1GOKA 2F8QA 3AHZA 3ZT6A 4XZWA 4JKLA 2UY5A 5ABFA 2E8ZA 3AZTA 4TX8A 3AIVA 4M81A 4TVUA 4YHEA 3ZT7A 1WZAA 1MFUA 2WMHA 1E0WA 3RCNA 1Q6CA 1JZ5A 2WNWA 4PN2A 1WZLA 1NP0A 2EPOA 1V02A 5A6BA 1W2VA 2C8NA 3UG5A 4NI3A 2WMIB 3WFLA 5C70A 1JAEA 3RIKA 3WSUA 4HMCA 3AS1A 2BXZA 4JIEA 2YA0A 4J3VA 3IJ9A 3W0KA 1UYQA 2BY1A 3CZGA 5CG0A 2WK2A 3RO8A 3A4AA 3SUVA 1ECEA 5A94A 2PMRA 4H2CA 1PPIA 1H49A 3VD7A 1WDQA 2XM2A 3CHCA 1GVIA 1HKJA 1VFFA 2VZOA 2WZIA 1B9ZA 5A6AA 3UG4A 1I75A 1BYDA 4Z2HA 4HOZA 3CUGA 4ZENA 3T2OA 1LJYA 2BV9A 2J47A 2Y24A 5HNNA 1Q6EA 4MAZA 3AMKA 3VD4A 1X6LA 1UR1A 1XCXA 2PI6A 2ZX9A 2YKKA 1XRVA 2Y4SA 3UCQA 3OLGA 1E73M 1G0CA 1QHZA 4AD1A 1V0KA 1K6AA 1NWRA 1B3XA 3GNPA 1JIBA 1HVXA 4MADA 2GK1A 4C7FA 3EMQA 3T0BA 2X09A 3AXIA 4V27A 3AYSA 3BXWA 3SCUA 2WMIA 2CNCA 5E6YA 2J8FA 2BS9A 1E6SM 3UESA 3ARPA 1VFUA 5FL1A 1UKOA 1WNOA 3WNPA 3WMBA 3ZO9A 1JXKA 3BMVA 4BQ3A 1W3JA 5FCZA 4J3WA 4ZE4A 2XIBA 3W4RA 3FN9A 2DSKA 3LPPA 5A6KA 1EO5A 4PMXA 4AZ6A 2V3FA 1KXVA 3PZMA 4U5IA 4E4PA 1JXJA 1BHGA 5CSUA 4JAWA 4AD0A 1V6YA 3IJ7A 5IXEA 4WK9A 1WZMA 3ARXA 4RE2A 2QF8A 1CGVA 1E1EA 2ZXQA 2BY3A 2JIEA 4JFUA 3W28A 3WD2A 3VINA 3W26A 2DT3A 1D7FA 3DHUA 4WJXA 1JAKA 1W1PA 1WCGA 1DEDA 1KXQA 4W8AA 2WYSA 3WD1A 1HJWA 3KZSA 3VMOA 2A3AA 1EOKA 2QMKA 1UZ4A 2WKGA 2CESA 4GZJA 3UEQA 2YBTA 4BZYA 1BVZA 3K8MA 2XHYA 3MUY1 1JF5A 1FHDA 4AIEA 3MU7A 4W89A 5AYBA 5E0FA 3ZT5A 9CGTA 5HXMA 4UQCA 2DIJA 4LX4A 3PZGA 4GXPA 3N11A 5BXSA 4A3HA 2OSYA 1KR0A 4PRWA 2D23A 1EGZA 1GQKA 1QBBA 4QP0A 1BYCA 2GVYA 3PHAA 4FLQA 1Q6DA 4JFTA 3WNLA 4YHGA 4MAVA 4HOWA 1CXEA 5D9MA 1SR0A 3TOPA 1BG4A 1WO2A 1LQ0A 5HDRA 3SUSA 3SCNA 1V3HA 4HPHA 1B3WA 4IISA 4CU8A 3GYCA 2Y8KA 4P7RA 1B3VA 2VRJA 1QHOA 3WQWA 3WELA 1C92A 3SCSA 5A8QA 3DYPA 3TONA 5I79A 1NWSA 3AXXA 3OGRA 8A3HA 3KEHA 4D6FA 5A8NA 3KL0A 3AHXA 4L4OA 1JZ4A 4H04A 3SIMA 5I77A 5GQBA 1AVAA 1DWGM 2WHMA 2EEXA 1QNQA 2G41A 1UQYA 3K8KA 4Q7NA 3ZR5A 1MW3A 1KBBA 4OJYA 1CGUA 1XH2A 4MDPA 2E8YA 4JHOA 4UNIA 3WENA 2E40A 1W91A 1EQCA 2CETA 4UQBA 3ALGA 1GOWA 1UD3A 5A8OA 2YOCA 4BQ4A 3AXHA 5AC5A 2AAAA 2ZIDA 2GJRA 2GUYA 4MJ4A 2PWFA 3WD3A 1XD0A 3OLDA 2XFRA 3IJ8A 1CZ1A 2VCCA 2XM1A 4QFUA 1NOFA 4DUVA 1JYWA 2DPEA 3SEPA 1NQ6A 2VMFA 3GM8A 1G01A 3T2QA 5LA0A 1NM9A 2WXDM 1VFMA 4XX6A 2G3JA 1UH2A 2Y5EA 1U2YA 3GH4A 2WVVB 2VO5A 2DSVA 3QGVA 3IANA 4GINA 2BFGA 3GZAA 5ABGA 1CGXA 1KFWA 2OYLA 5A2CA 1V0LA 4JL2A 3CUHA 2CHNA 1E5JA 4NRSA 5A8PA 3W6MA 4OUEA 2XWDA 3DYMA 1ZL1A 3MMDA 1VEPA 3K1DA 4UFMA 2VZTA 1TVPA 1LWHA 4BF7A 2WB5A 5I24A 2WVUA 1HP5A 1DTUA 1NH6A 1FOBA 1AQHA 2XWEA 3BSHA 1QI0A 5GNXA 1OB0A 1WZKA 1IZJA 1CXLA 1HKMA 1QPKA 1GZJA 2NW0A 2X8RA 2O92A 4D6DA 1CLVA 1RD6A 1BLIA 5CSYA 2XGIA 1U33A 3WEOA 3VMNA 2DH2A 2YL5A 2XVGA 1K9FA 5HPCA 1FH9A 3ARUA 4IPNB 2A3HA 4M29A 5D9PA 3APGA 4KRUA 1YHTA 1N82A 1ODUA 2WVVA 3L4TA 4E8DA 3VPLA 4KWUA 2D3LA 4RL3A 3VU2A 1HJVA 2WCGA 1GJUA 1OIFA 3NJ3A 1VRXA 1E9LA 2A3BA 4WSJA 2XYLA 3EDFA 4Z2LA 1WP6A 1EHNA 1ISWA 2VX6A 4PMNA 1J9YA 2X0HA 1QOXA 1HJXA 3WQ6A 2W4XA 1V3MA 4MNMA 5I78A 2W67A 4MNKA 5CJ5A 4J3UA 2VX7A 1GQLA 2NT0A 4PYSA 1MW0A 1OWQA 4UQDA 4M8UA 1H5VA 3QOKA 3FNDA 2CKSA 1DWHM 2VL4A 1KXHA 3N18A 1JDCA 3IK2A 4J3XA 5CLWA 3CZLA 1V0MA 1E43A 1C7TA 5FKYA 4HA1A 4JFVA 5F7UA 4GQRA 3WUFA 2OWXA 1DWFM 3BCDA 2Z1SA 2G4FA 1BPLB 4CKQA 4KRTA 1KQZA 2V3EA 2CITA 1BFNA 4X0VA 1G94A 1JI2A 3CHEA 1MQQA 2WHKA 2D20A 1EDTA 1KCKA 1UD4A 3LPGA 4JFSA 4D6EA 4U2YA 1CXIA 1JD7A 4ZEPA 5CZKA 1EDGA 1R7AA 2CKRA 1H1NA 2XVNA 3L4WA 2V5DA 1QNOA 3BSGA 1W9VA 3MUZ1 4P7OA 1DWJM 2VZVA 2CPUA 5E70A 2ZWZA 5BYWA 1V3LA 3A4XA 5C71A 7TAAA 3WL0A 1XH1A 3RM4A 5A6SA 2YBUA 1HN1A 1UKTA 1FA2A 3T2PA 4QAWA 2J8GA 4AIUA 5BWFA 2VQTA 2WSKA 1LF1A 3ZR6A 4MPKA 3B9AA 2Y8VA 2EQDA 3WEZA 3WQVA 3AHVA 4W8BA 4AMCA 2WWCA 4DWSA 1JNEA 2O9PA 2HISA 2XFFA 2RGLA 4CCEA 1M7XA 3VDBA 5BXRA 1J11A 1DHKA 5A8MA 2ZXBA 5E09A 3VIGA 3N17A 4PCTA 2J75A 3ZIZA 1OIMA 2PF0A 5DFAA 3L2MA 3L4YA 1OSEA 4OBSA 2AMGA 5C8BB 4ZFMA 4AZIA 1CLXA 3AIUA 4TOQA 1E3XA 1GORA 1UWRA 1E0XA 4XB3A 1MXDA 1V03A 1UR9A 3L4XA 3UG3A 1HT6A 3BMWA 5FIPA 3CGTA 4UCFA 2J62A 4M1RA 2ZICA 3VKKA 5IDIA 3MV11 4W84A 1X6NA 3ARVA 5BCAA 3TTYA 4CN1A 4TXEA 4XV0A 1EH9A 5GPRA 1M53A 1JYNA 1FH8A 4F9DA 3OB8A 4UOJA 3WDQA 1CYGA 3GXMA 4GPNA 3WDIA 2OWCA 2FHBA 2O9TA 1QW9A 3OBAA 3ARZA 1B31A 4NF7A 2IUZA 1LWJA 2GDVA 3WY1A 4WKHA 2QV4A 2JF7A 1PBGA 3CIVA 3GH5A 1J0HA 3CUJA 1QW8A 1U30A 4LYRA 2WW5A 1W3KA 2JALA 1F4AA 4CCCA 1L8NA 3W29A 2DH3A 1O7AA 2W63A 4ACZB 3VIIA 1H41A 1KQYA 1HIZA 2NSXA 4C7DA 4B9YA 1W9BM 2D24A 3F5LA 3ARYA 2BY2A 1J0ZA 4CGTA 4YN5A 1VBRA 2PC8A 3BLPX 1J0KA 1S46A 4E8CA 2BHUA 5IFTA 1M04A 5CPTA 3WH8A 2J7CA 3WH6A 4TTUA 1JGIA 1MXGA 1QNSA 4F66A 1UH4A 1EO7A 3UR7A 1OT2A 5D8WA 1E70M 2E4TA 4UFJA 2J77A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3W7M A;  1D2K A;  1OFB A;  4YXG A;  4GIA A;  3C2F A;  1JCY A;  3R2G A;  1PX4 A;  4JYD A;  4QAI A;  3P14 A;  5HWM A;  5A2B A;  1Q85 A;  1Y0E A;  2V3G A;  4MB1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4AZ5A

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