4AZB | Genus

Total Genus 154

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	154
sequence length	425
structure length	408
Chain Sequence	NEKLAKKKIVSIDAGRKYFSPEQLKEIIDKAKHYGYTDLHLLVGNDGLRFMLDDMSITANGKTYASDDVKRAIEKGTNDYYNDPNGNHLTESQMTDLINYAKDKGIGLIPTVNSPGHMDAILNAMKELGIQNPNFSYFGKKSARTVDLDNEQAVAFTKALIDKYAAYFAKKTEIFNIGLDEYANDATDAKGWSVLQADKYYPNEGYPVKGYEKFIAYANDLARIVKSHGLKPMAFNDGIYYNSDTSFGSFDKDIIVSMWTGGWGGYDVASSKLLAEKGHQILNTNDAWYYVLGRNADGQGGGNLDQGLNGIKNTPITSVPKTEGADIPIIGGMVAAWADTPSARYSPSRLFKLMRHFANANAEYFAADYESAEQALNEVPKDAIRSLDSNLSRAQQDTIDQAIAKLQE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__791819281743234__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__791819281743234__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4azb/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__791819281743234__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"791819281743234","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4azb/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__791819281743234__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
publication title	Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	154
structure length	408
sequence length	425
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2012-06-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1270.90	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2	AF1782-like	4azbA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4azbA01

1E71M 3WDQA 3FHQA 3K4DA 3I3BA 4E8CA 2UY4A 2QMKA 4URIA 1RP9A 1NWSA 4PUEA 2F2HA 4J3WA 4CVUA 1VFMA 1W3HA 4D6CA 1DEDA 2WMGA 1UWSA 4LYPA 4NZCA 3BXWA 3OBAA 1QI4A 1J18A 2J62A 2ZX6A 1K6AA 1ISXA 4A3HA 3MANA 4UTFA 4UOQA 3W28A 4ATWA 2D0GA 3GH7A 2ZXAA 3CUGA 1X1NA 2YLLA 4L4OA 4DWSB 3CO4A 3W4RA 1MW2A 1QW9A 2VI0A 1AQ0A 4D1IA 3AXIA 3SCVA 1CYGA 1R86A 4V2XA 2J7FA 2DH3A 2EPOA 2Y2WA 5A8OA 5A6BA 1UYQA 1E0XA 1H41A 1GOWA 1B30A 2OSYA 1W2PA 3MSGA 4W88A 2D0FA 3VIMA 2WSKA 1ZBKA 1CPUA 3AS3A 3QOMA 3VD4A 3U7BA 3WDJA 3BAJA 5FKYA 1GPFA 2EO7A 3MS8A 1QNRA 1HP4A 3VIGA 3AMKA 3RDKA 1BF2A 1JZ7A 3PZ9A 5FL0A 3BAIA 2WYSA 8CGTA 4AD4A 3F5LA 4TVCA 3FAWA 2FH6A 5JIPA 4HPGA 4NSBA 4QP0A 4WSKA 4R27A 3W24A 3B9AA 4TVDA 4AWEA 1OT2A 2ZUSA 2ZE0A 3WH6A 2QV4A 5IFPA 2YKKA 4BCEA 5HOSA 1NWTA 1E4IA 3ALFA 1HN1A 3AI0A 4D6JA 5D9PA 2GJXA 3O2LA 2WMJA 1X6NA 3TTYA 2ZX9A 3UG4A 2J7CA 3SCNA 3AMCA 4QLKA 2GJPA 1E6SM 1HJVA 2EBNA 1P6WA 2CBUA 4J3TA 1I1XA 1HJXA 4W84A 2G3IA 4CCCA 5CLWA 1KGWA 4P8XA 4IPLA 3N18A 3QR3A 3WEZA 1E43A 4PMOA 4W8LA 3VDBA 4HZ8A 4PMYA 3BLKA 4UOZA 5BXTA 2VZSA 3WNLA 1ECEA 3HJEA 3PZNA 4AEEA 5DF0A 4CD8A 1WZAA 4DM1A 4D6GA 1CLVA 5FIPA 4LYRA 1NOUA 4D1JA 2CIPA 2CYGA 4FF5A 4FLQA 2J79A 2WC7A 3VMNA 6A3HA 4W5UA 1VEPA 4QAWA 3OZOA 1OIFA 3N13A 3MSDA 2NT0A 1JNEA 5I23A 4HTYA 3WQ8A 3AIQA 1OGSA 1RP8A 4PCTA 4W86A 1XH2A 4UFMA 3WH5A 1RPKA 3GXIA 4PTXA 4JFSA 4Z2LA 3L4TA 1Y7VA 1UOKA 4CU6A 1FH7A 1J0JA 2E3ZA 5EB8A 1Q6FA 4P7NA 6TAAA 2VVSA 1ZL1A 1E56A 3NDYA 3K1DA 1M53A 3B9EA 4W8AA 1OGGA 2E8YA 1QI3A 2JF6A 4MAVA 3TOPA 1HKMA 2D20A 3T2QA 1KQYA 4CGTA 4RL3A 1LWHA 1CGWA 1E6NA 1BG9A 1ISZA 1H0GA 4Z2HA 5HPOA 1FHLA 3M7SA 4JKMA 3L2LA 1UR8A 4QLLA 5EFFA 1C8QA 2V5CA 1JYNA 1TA3B 3LPOA 7CGTA 5KZ6A 2WLZA 4QCEA 2YL5A 3OLDA 3AHVA 2GK1B 4AD0A 3RMEA 3L4WA 1QHPA 2ZUNA 3VNYA 5BXSA 4QFUA 4PBGA 1GJUA 5AC5A 1ZU8A 3RM8A 1WCGA 4PMZA 4JZ5A 2JEQA 5ABHA 1W1PA 1CXLA 6CGTA 2J47A 2QF8A 2DIEA 1HKKA 1AMYA 3VD5A 5BXPA 3BCDA 3WQ5A 4S3KA 3MMWA 2JIEA 4WK9A 1HT6A 2WVTA 3VD3A 4P8VA 2FHCA 3VGBA 4CD4A 3ZR6A 3EDJA 1JI1A 4B9ZA 4M24A 3W38A 1W9BM 2BS9A 4DM2A 1WKYA 2CKSA 2Y8VA 1UUQA 1ITCA 2J7EA 2XJ7A 4J7RA 2GSJA 2XVGA 2ZXQA 3GDBA 4BA0A 3AZRA 3AS0A 4F79A 2WVUA 3IJ7A 1C8YA 3SCTA 3BCFA 2J4GA 4P7QA 1N82A 4UQ9A 2EQDA 2GVYA 1XD0A 1CDGA 2VNCA 3SUSA 4BQ5A 5I3DA 1MXGA 1SFSA 3GH5A 1V6YA 1EHAA 1UD6A 4FZPA 1BVZA 3CBWA 4D6DA 4YPJA 3CZEA 2PF0A 2VC9A 4LXFA 5E6YA 1UKQA 4Z2JA 1D7FA 1US3A 1WDPA 4N42A 2WSPA 1CECA 3EBVA 3I3EA 5I2UA 4BF7A 1VFOA 3MV01 4H8HA 2V3GA 1PBGA 2G3NA 4WIWA 2YL6A 3MKKA 1HL8A 3WD0A 4HZ6A 4GO8A 4PMUA 1PIGA 1ZS2A 2WB5A 3IJ8A 3OGSA 4J27A 1H0IA 4D6HA 5DT7A 3PTQA 2DT0A 4GQQA 5E9AA 3VO0A 5LYRA 1K9EA 4OKDA 2BHZA 2IXVA 2G8ZA 1B31A 4UFKA 2WLYA 4CD5A 2ZUUA 4A3YA 3A4AA 2OYMA 4ZXLA 1FFRA 2E40A 3UETA 2JE8A 4U2YA 2O9RA 3NUKA 2VOTA 5I79A 1BFNA 3ARTA 1A3HA 5BRPA 1NARA 1XGZA 1J9YA 2XSAA 4F9DA 2DSZA 1JF6A 1JDAA 4AZHA 3CUFA 5M3WA 2XGBA 1G0CA 1XCXA 2NT1A 5GNYA 3BAWA 5A6MA 3VIJA 1GHRA 5IFTA 2VZVA 3UG5A 4ML4A 4FLSA 2WZIA 3IANA 4X9YA 1V0KA 1HNYA 2EPNA 3WDIA 1BAGA 2ZUMA 3VMPA 3LPFA 3MUZ1 3N04A 2O9TA 1WE5A 3UESA 3AHYA 1VBRA 2WM0A 2W62A 3WH8A 4Q22A 3WD4A 5CG0A 5E6ZA 1R85A 1BGAA 1E55A 1V3MA 2BNJA 3VGDA 4JCMA 2XG9A 1UD2A 3PZVA 5DFAA 2D3LA 1WDRA 4PMDA 4CN6A 4MB5A 1EXPA 3TA9A 4UFIA 1KBKA 1GQJA 3SUWA 1US2A 4DWSD 1UWQA 2ZWYA 3AHZA 2CPUA 2BFGA 3OIHA 2WCSA 4AZBA 2FHFA 1FOBA 3W37A 1AQMA 2CBIA 2WNWA 1HXJA 2AAAA 1JD7A 7A3HA 3II1A 4PTMA 4XV0A 2BV9A 1HJQA 1HJSA 4F9JA 3GXDA 1BVNP 5CZKA 2WMIB 1W2VA 3KL0A 2FH8A 5A6BD 1H4PA 1MW3A 2CXGA 4ZE4A 1ZJAA 5ECUA 3LPGA 5AYBA 4GZJA 3QOKA 1AQHA 4AD1A 1PZ2A 3SUVA 5F7UA 4XB3A 4WJXA 4GPNA 4HOZA 4W89A 4AISA 3ARXA 2OYLA 4PSRA 1KXQA 7TAAA 4EANA 1BG4A 3GNOA 1B3VA 1JD9A 2IXUA 4ZEPA 1ITXA 4TXEA 1V02E 2Y8KA 3PHAA 1UR0A 4EKJA 2ZUTA 1EO5A 1WPCA 1V3JA 3EYPA 5M03A 2A3BA 4ACZB 1ISVA 1JGIA 1MQPA 4AEFA 3WD3A 3SCQA 4PMRA 3AIUA 1PIFA 3WUFA 1RH9A 2WMFA 3EDDA 1GOQA 3NSMA 1LQ0A 1E3ZA 4JFTA 1LLOA 5M5DA 3ZIZA 3KL5A 4PMVA 5LA1A 3THDA 3PZTA 5CPSA 2WVVA 1E0WA 5BWFA 3ZT7A 3A4XA 3ZJ7A 3MUAA 4FZOA 3SUTA 5D9MA 2PB1A 3WY1A 2X05A 4X0VA 1OWQA 1B0IA 1UR9A 1WDQA 3BLPX 4Z2IA 3PN8A 3OG2A 2WVVB 4AMCA 1UWTA 2E9BA 5M17A 1O6IA 4JL1A 1FH9A 4DWSA 3SCOA 5E0FA 3WNKA 1UKOA 2PWHA 4NI3A 3KL3A 1GOKA 3GBEA 3AS2A 2YL9A 2CKRA 2XFFA 2V5DA 4XUYA 2WC3A 1OIMA 1WO2A 3AMDA 4E2OA 4MTVA 1E72M 2X2YA 1Q6GA 1UHVA 3VUPA 4AZ7A 4D6FA 4UQEA 3GH4A 2G3MA 5CPQA 1CTNA 3T08A 5ABEA 1CXFA 1JAEA 4LQ1A 1KCLA 4TTUA 1CGVA 3D3AA 2Y4SA 2J75A 4M80A 3AMLA 4V28A 1E6ZA 3SCSA 4JKKA 4J3XA 3RO8A 2JFEX 1GCYA 2CNCA 3BH4A 3SCUA 1M03A 3DYMA 5JUVA 3WN6A 4U31A 4P7OA 3WNNA 2J25A 2WMKA 1JIBA 5A3HA 2WBKA 2JNKA 1WZLA 3AIWA 3O6AA 3VINA 1VJZA 5ABFB 3GXFA 4BQ2A 1E5JA 1E4MM 5A95A 1UZ4A 4DWSC 3PZMA 3ZQ9A 1QNPA 3K8LA 5AY7A 1OSEA 3VX0A 3MU7A 2OWXA 1R7AA 2EPMX 3WEMA 1HVXA 1GHSA 4M81A 3AYRA 1L0PA 1CGYA 3VD7A 1HP5A 3SUUA 3NYDA 4MJ2A 3IK2A 5A94A 1WDSA 4WLCA 4F8XA 1E70M 2VQTA 4UQBA 1VEMA 1ISWA 1V0NA 1UH2A 1TE1A 1JYWA 2XSBA 1DWIM 1NM9A 2UY5A 4ACYA 2OWWA 2OSXA 4MADA 4EK7A 4D72A 2DH2A 3LPPA 1QNSA 4EE9A 1EDGA 3L4UA 4PSPA 2CHNA 3PZGA 4R5EA 1CGTA 1BGGA 2D24A 3EMQA 2UY3A 1JDCA 1BSIA 3ZR5A 1KGUA 2XFYA 4LX4A 2PMRA 1DHKA 5KEZA 1U33A 3I3DA 2J77A 2Z1SA 1G94A 4MB4A 3L4ZA 1IT0A 4NRRA 1G9HA 1V6XA 2FDMA 3WELA 3WMCA 5JIWA 3EMZA 1RD6A 2WHJA 1JZ6A 2ZX5A 3BMVA 2YDRA 5CSUA 2ESCA 1XHGA 3TONA 3A4WA 1PX8A 2E9LA 3U7VA 2J7DA 2HVMA 5LA2A 1XSIA 3CPUA 3EDFA 1JYVA 1OB0A 1GQLA 5DT5A 1UA7A 1K9TA 1EO7A 1JF5A 1UKTA 1NP2A 3KWXA 1E5NA 4KRUA 1TA3A 2WANA 4RE3A 1E4NA 3ARZA 3SCPA 2GK1A 4KGLA 5DMYA 2CESA 5CJ5A 1EHNA 3RM9A 4HOWA 5LA0A 1W3KA 3WF1A 4H2CA 4CN4A 1TR1A 2AOSA 3ZO9A 1GOOA 3OGVA 1V02A 4UNIA 3BC9A 3VGEA 5A6AA 4OUEA 5A2BA 1C3FA 1EGZA 4Z2KA 3L4XA 3AHTA 2X09A 4B16A 2HISA 2OO2A 1HL9A 1VEOA 1BYCA 1F4AA 1GVIA 3GM8A 3FAXA 4Y7EA 4GI8A 5IDIA 2OWCA 5A1AA 3BSGA 2VL4A 1E6PA 4YN5A 1XH1A 5I78A 4UCFA 1C93A 5CXPA 2VCAA 3AZSA 3N9KA 3BSHA 3T2PA 4PTVA 2WWDA 4HA3A 1FP8A 4S3JA 3FHAA 1H2JA 2A3CA 4MB1A 2DQXA 4HPHA 2E4TA 1KXTA 1U30A 4PRWA 2WBGA 3WUGA 1FFQA 2DIJA 2J8GA 4PMNA 2YBUA 1JNDA 2VMFA 2PWEA 3DYOA 1TFVA 3D5HA 4PCSA 2VRQA 1WZMA 5CSYA 1C8XA 1W1TA 4UQCA 4AIEA 1SMDA 4CVWA 4C7FA 2WXDM 3AIEA 2XIIA 2BVYA 3WH9A 4B3KA 4Q7NA 1OCQA 4GI6A 2YA0A 1HKIA 2DT3A 3WH7A 2YL8A 1E9LA 3B9DA 4V27A 4NRSA 3MMDA 3U5UA 3PZQA 2EXOA 2VR4A 1ESWA 3G6LA 5IHSA 1Q6CA 3AROA 2VTFA 4WKFA 1KWKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FLR A;  3H54 A;  1XIG A;  2J8T A;  1R5E A;  2XM2 A;  1CEN A;  4HOX A;  1KFK A;  1W91 A;  4GZI A;  3E2S A;  1C92 A;  4WSH A;  2PWG A;  4N7Q A;  5D04 C;  1DWF M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1E71 M;  3WDQ A;  3FHQ A;  3K4D A;  3I3B A;  4E8C A;  2UY4 A;  2QMK A;  4URI A;  1RP9 A;  1NWS A;  4PUE A;  2F2H A;  4J3W A;  4CVU A;  1VFM A;  1W3H A;  4D6C A;  1DED A;  2WMG A;  1UWS A;  4LYP A;  4NZC A;  3BXW A;  3OBA A;  1QI4 A;  1J18 A;  2J62 A;  2ZX6 A;  1K6A A;  1ISX A;  4A3H A;  3MAN A;  4UTF A;  4UOQ A;  3W28 A;  4ATW A;  2D0G A;  3GH7 A;  2ZXA A;  3CUG A;  1X1N A;  2YLL A;  4L4O A;  4DWS B;  3CO4 A;  3W4R A;  1MW2 A;  1QW9 A;  2VI0 A;  1AQ0 A;  4D1I A;  3AXI A;  3SCV A;  1CYG A;  1R86 A;  4V2X A;  2J7F A;  2DH3 A;  2EPO A;  2Y2W A;  5A8O A;  5A6B A;  1UYQ A;  1E0X A;  1H41 A;  1GOW A;  1B30 A;  2OSY A;  1W2P A;  3MSG A;  4W88 A;  2D0F A;  3VIM A;  2WSK A;  1ZBK A;  1CPU A;  3AS3 A;  3QOM A;  3VD4 A;  3U7B A;  3WDJ A;  3BAJ A;  5FKY A;  1GPF A;  2EO7 A;  3MS8 A;  1QNR A;  1HP4 A;  3VIG A;  3AMK A;  3RDK A;  1BF2 A;  1JZ7 A;  3PZ9 A;  5FL0 A;  3BAI A;  2WYS A;  8CGT A;  4AD4 A;  3F5L A;  4TVC A;  3FAW A;  2FH6 A;  5JIP A;  4HPG A;  4NSB A;  4QP0 A;  4WSK A;  4R27 A;  3W24 A;  3B9A A; 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4AZBA

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