4AZIA

Differential inhibition of the tandem gh20 catalytic modules in the pneumococcal exo-beta-d-n-acetylglucosaminidase, strh
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
415
structure length
410
Chain Sequence
GSHMEKLAKNKVISIDAGRKYFTLNQLKRIVDKASELGYSDVHLLLGNDGLRFLLDDMTITANGKTYASDDVKKAIIEGTKAYYDDPNGTALTQAEVTELIEYAKSKDIGLIPAINSPGHMDAMLVAMEKLGIKNPQAHFDKVSKTTMDLKNEEAMNFVKALIGKYMDFFAGKTKIFNFGTDEYANDATSAQGWYYLKWYQLYGKFAEYANTLAAMAKERGLQPMAFNDGFYYEDKDDVQFDKDVLISYWSKGWWGYNLASPQYLASKGYKFLNTNGDWYYILGQKPEDGWYFLKKAIENTGKTPFNQLASTKYPEVDLPTVGSMLSIWADRPSAEYKEEEIFELMTAFADHNKDYFRANYNALREELAKIPYSKESLEALDAAKTALNYNLNRNKQAELDTLVANLKAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of the Family 20 Glycoside Hydrolase Catalytic Modules in the Streptococcus Pneumoniae Exo-Beta-D-N-Acetylglucosaminidase, Strh.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus 164
structure length 410
sequence length 415
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2012-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.90 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 AF1782-like 4aziA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4aziA01
1F4HA 2CKSA 3NDZA 3MANA 2WSKA 3FN9A 1OGGA 1US3A 2IXVA 3WSUA 3VGBA 1KGXA 3WDRA 5FL1A 2CITA 2YBTA 1VBRA 3IJ7A 4U31A 2OSYA 1HJQA 2J7BA 1L8NA 1X6NA 3FNDA 1W3HA 1JZ8A 1CWYA 2VC9A 3PZIA 3TP4A 1BVNP 2XGBA 2G3MA 1CTNA 1VRXA 4R27A 1OM0A 5CLWA 4UQ9A 3SEPA 1HL8A 1B3VA 1NP2A 3K8MA 4HZ7A 2YL5A 1US2A 2A3EA 2VR5A 2ZUMA 2ZXAA 1PZ2A 2CERA 3AMCA 2OLHA 2EPKX 3GH4A 3D3AA 2PWHA 7A3HA 2ZXDA 3OZOA 5DF0A 1G5AA 1V3HA 4PMDA 2DSZA 1QHZA 1UR8A 2QPUA 3MMDA 3CZLA 3RJYA 1J9YA 1V6XA 4MNJA 4JCMA 2D23A 3AIWA 4X0NA 1BYAA 1DWJM 1Z32X 1HL9A 3VKKA 3VM7A 1C90A 5EBAA 2GVYA 3LPGA 3N17A 3VDHA 1AQ0A 1V6VA 1UHVA 1VEMA 4AIUA 1QVBA 1UR0A 3MMWA 3I3EA 3L4YA 1A3HA 2PWFA 4UCFA 3WENA 5LA0A 1FH7A 4A3YA 1GQKA 4TX8A 2BHYA 2ZIDA 2VZOA 2J74A 4TVDA 3K1DA 3PTMA 3W26A 5CSUA 1MFUA 1XSJA 1D2KA 2O9TA 5CPQA 4WSJA 4UQDA 2CHNA 2PWGA 4PTVA 1PPIA 2E9MA 4W5UA 1V0NA 5A8PA 1LL7A 2BY3A 1NP0A 2RGLA 2WSPA 2XFYA 4NF7A 4LYRA 5AYBA 1FH9A 4U5KA 4D6DA 2EEXA 1E4IA 4LXFA 4W89A 3WDHA 4H2CA 2HVMA 5DT5A 1W2VA 1BSIA 1KBBA 4FZOA 2ZX5A 3FXYA 2VX5A 3BAYA 3RM8A 1W9VA 3WNLA 4OUEA 1BTCA 1MQRA 4W86A 1X1NA 4P8XA 2O9RA 1EA9C 1JZ2A 5IXEA 3AOFA 3AZTA 5A2AA 1CXLA 4D6GA 3NJ3A 3AHYA 1ISXA 4AWEA 5BXSA 4W8LA 5A94A 3AMDA 4PEEA 4H8UA 3VGEA 4EAMA 2YL6A 2GJXB 1OGSA 1UH4A 1H2JA 1TA3A 1VEOA 2C8NA 2VOTA 1V08A 4AD5A 4UQEA 1M01A 5CG0A 3BGAA 4MNLA 1EH9A 3VMNA 1JDCA 5A6BD 1C8YA 4B3LA 2JEQA 1HVXA 2J47A 5EFFA 3CTTA 5D9PA 1E73M 4PMOA 1SMDA 4M29A 3G6MA 3CZGA 1W9PA 2E9LA 2VCCA 3CGTA 1UD2A 2UY2A 3OLDA 5D9NA 1WDRA 4GZIA 1WP6A 3ARPA 1CPUA 3FHAA 1CGYA 2D3NA 2FGLA 2X2YA 3OIHA 4CN1A 3GYCA 1GOMA 3PN8A 3CUIA 4JCLA 1J0IA 1DHKA 4S3JA 5A1AA 5IDIA 1E6SM 3DYPA 1KXTA 3ZOAA 4ACYA 2VO5A 1GOQA 2YBUA 1Y7VA 4B15A 2YJQA 4BQ3A 2V5CA 2F2HA 4KGLA 3WQ4A 3L4ZA 1W1TA 1H09A 4PTMA 3CUJA 4NI3A 3MMUA 4D71A 2JALA 1KWKA 2WHMA 3CZEA 1MFVA 4PMRA 4AIEA 2G3JA 3EBVA 1NWUA 3RDKA 5M17A 3WD2A 3SCOA 3F4VA 2J77A 3ARYA 1PAMA 3EDKA 4BCEA 2ZX9A 2OYLA 1KQYA 4AW7A 1EDGA 2GSJA 3WNPA 1W9UA 4GPNA 3B8SA 1M03A 2XWDA 2VR4A 2EPNA 1JDAA 4A4AA 1ZJBA 4EK7A 5AC5A 3AXHA 3EMCA 1CEOA 4BQ5A 5JBDA 1E1FA 1MXGA 1GORA 4LQ1A 1XHGA 3G6LA 1JYXA 1CGWA 3AZRA 3WF2A 1HN1A 3ZT7A 3RILA 4GXPA 1KCLA 3WKZA 2WW5A 1E15A 2WVUA 1CGUA 5CPSA 3U7BA 3W28A 2G41A 2WC3A 1E43A 2DQXA 1TMQA 3WD4A 1V02A 3BLKA 2OWXA 5D4YA 3L2MA 1ITCA 3WD1A 3MSGA 3DHPA 3AHTA 3BCDA 1H5VA 3UG5A 3VIMA 4P7LA 3TOPA 3KWXA 4N0RA 4JL1A 4MAZA 4PMXA 1VF8A 2EPMX 4DUWA 3QHNA 5I0DA 3EDDA 2JE8A 3A4WA 4TTGA 1VJZA 5HNNA 1XH1A 3K4DA 1JDDA 2WXDM 1XYZA 1KB3A 2QLYA 1J0JA 2WM0A 2DIEA 4M81A 1P6WA 2W63A 1OSEA 2GJRA 1H0IA 4IPNB 1GQJA 3SCPA 2FH8A 3ZQ9A 1GVYA 5BYWA 3AIUA 2E3ZA 1VB9A 1XD0A 2ZUVA 3T0AA 3GXMA 1W91A 2CEQA 1HXJA 1V6UA 1PX8A 3GXFA 4J28A 1I1WA 3VD4A 4PRWA 3WFLA 2UY4A 3ZMRA 4CD4A 3PTQA 5IHSA 3ALFA 4WK9A 1UA7A 5JIWA 1D7FA 2D0GA 4AD4A 4H8VA 4JKLA 1BPLB 2ZX6A 5A8OA 4F9DA 1C7TA 2WHJA 1JYNA 3RPMA 1PX4A 1QNOA 2ZUSA 4AYSA 3JUGA 2XYLA 1KR0A 1JNDA 3CMGA 1E4NA 5E70A 1GZJA 3VOCA 2XG9A 1EDTA 2W66A 4LGXA 3ARTA 3VX1A 3PZQA 4AZCA 3N04A 3BAXA 1CIUA 2D22A 1B3YA 2WAGA 1DEDA 4JFVA 1GUVA 1E5NA 1TA3B 1GPFA 2WZIA 1KXVA 3W27A 5AY7A 4FMVA 3WDQA 1QI0A 3VILA 1XH2A 1J11A 2QPSA 2UWFA 2XVNA 3VDBA 4D6EA 5E6YA 3N18A 1W3KA 2OWWA 5C70A 4MNMA 5JBEA 2X8RA 3CIVA 1XSKA 3VPLA 3IAQA 1E56A 4YPJA 1BGAA 3WH8A 4CU7A 3SCSA 1XCWA 4CD5A 1V0MA 1UWSA 3VX0A 4PTWA 2VMFA 1DWFM 1W9XA 1JZ6A 1JZ3A 1VEPA 1GW1A 3PZMA 1V03A 3WFZA 1TE1A 4AZGA 1OT2A 3KL5A 3BCFA 5F7UA 3FAWA 3LPFA 3AS3A 3UESA 5GQBA 4GO8A 5DO8A 3ZIZA 1ZBCA 3OA5A 1ZS2A 2WC4A 4U3CA 3AHZA 4FLQA 3ALGA 1HX0A 4V28A 1XRVA 2WMGA 4BA0A 3BC9A 4F8XA 1OBAA 1UZ1A 4EKJA 5A8NA 1HVQA 1GQLA 2XVGA 2VZUA 1UH3A 2DGAA 2ZXBA 1MVYA 4E4PA 2ZUWA 3GTNA 5A6LA 4Z2HA 2WMHA 4BS0A 2GDUA 1R7OA 1UD3A 2DSWA 1H3GA 4IPLA 4UQBA 4AMCA 3L4XA 3SCRA 1UQZA 4HOWA 1C93A 3MV11 2VQUA 1OD8A 3VNYA 2AMGA 5GPRA 1HP5A 1C3FA 1FH8A 1QHOA 1GVIA 3BLPX 2V3FA 2QHAA 2PWDA 2J8FA 3WY1A 4IISA 3GZAA 3VMPA 4KRTA 2EXOA 4KGJA 3T2OA 4UR9A 1OWQA 5E9AA 2WVSA 1XC6A 2J25A 4AIOA 4XB3A 1E6PA 3IANA 3HN3A 1UWQA 3ZR5A 1ODZA 4CGTA 1MYRA 1W9DM 1EQPA 2VUYA 3E1F1 1EHAA 4JFWA 2J7HA 1B90A 3TTOA 3CHDA 2GUYA 1BYBA 1NOFA 1UUQA 3CZ8A 3F5JA 2XM1A 2VVNA 3UETA 1F4AA 1J18A 1JYVA 2D3LA 4H04A 4OKDA 3N12A 2WC7A 2W92A 1HF6A 1V3IA 2CBIA 3PZ9A 5EMYA 2X1IA 1EXPA 1CECA 1UD4A 2YLLA 4DUVA 1OGBA 2GK1A 4NRRA 1CDGA 2V5DA 1JI1A 5CLTA 3T0DA 2CIPA 4M24A 5LYRA 1WPCA 5I2UA 3K46A 2FDMA 1H41A 2CYGA 3VMOA 1E55A 1CZ1A 1E4LA 1BGGA 3MO4A 5A6MA 4Z2IA 5BCAA 5GNXA 3PZGA 3ARVA 2NT0A 1FFQA 3AXXA 1KFWA 3ZJKA 1LWHA 2DSUA 4W93A 3SURA 2A3HA 2QF8A 3SUWA 1PIGA 2J79A 5HPCA 5GNYA 4HTYA 3QR3A 3CZJA 1ODUA 1J0HA 1C7SA 1JNEA 2DT3A 4E8CA 3TTQA 2Z1SA 5A6KA 3MUZ1 4WLCA 1VJSA 2Y24A 3LMYA 2OWCA 4URIA 3LPPA 2XJ7A 1I75A 3TONA 4FF5A 1J01A 4DM1A 4UFKA 3A4AA 3VIKA 4XZWA 2XFFA 7CGTA 1ESWA 3AJ7A 5I5RA 2XVLA 2A3AA 2HISA 3ZSTA 2CESA 4UFJA 4TOQA 3THDA 1B3WA 4ZENA 4AZCB 3U5YA 3FY1A 3VD3A 4QFUA 5A69A 3VGHA 1WZMA 4W87A 2XTKA 1H4PA 4M82A 2VRJA 1PX3A 3DYOA 2CKRA 1VBUA 1R86A 1VFUA 3WNOA 1JXJA 1MW2A 5JIPA 1ZBKA 4YN5A 1D3CA 4NZCA 3TA9A 5A2BA 2YKKA 1E6NA 2WCAA 1W1VA 2C0HA 3WNMA 4D6JA 1LG2A 1LF1A 4CVWA 3WF4A 4IM4A 2VCAA 4ATDA 3NCOA 1BF2A 4MDPA 1G0CA 4GQRA 2WVTA 3WH7A 6TAAA 1OB0A 2DPEA 3AYRA 1FP9A 4TUFA 2PB1A 4TX6A 1H49A 2PC8A 2WVVB 3WMSA 4NRSA 1JD9A 3WMCA 2EPLX 1GQIA 1DWAM 1EO7A 4FZPA 4D6FA 4KMQA 1E72M 2G4FA 3OGRA 3OBAA 1KXQA 2WWDA 5M03A 2YL9A 1BG4A 2VURA 1ZL1A 2BXZA 1WAWA 3VD5A 3DC0A 4LYQA 3S2CA 2WK2A 1H0GA 4MPKA 5DT7A 1SYTA 3L4UA 2NT1A 2VX6A 2J75A 2XFRA 4J3VA 2WYSA 4TXEA 4L4OA 1TFVA 4HA3A 4GZEA 3WL0A 1XSIA 3VD7A 1CXIA 2WB5A 4ZE4A 4PSPA 4OBSA 2VVSA 5CZKA 3EMZA 3CO4A 4N42A 2ZICA 4PMUA 4D6HA 4CD6A 2W4XA 4MJ2A 1QHPA 1UA3A 3TTSA 3SCUA 4J3WA 5D8ZA 3MU7A 4W8AA 3U5UA 2WCGA 4AZBA 2PMRA 2YDRA 5M3WA 4CN4A 4ACZA 1XH0A 2DEPA 1FA2A 2PF0A 3II1A 1U2YA 1VENA 1EHNA 2WLZA 5HDRA 2D20A 4ZE5A 2DH2A 1W2PA 4UTFA 2CBUA 5BRPA 6CGTA 3KEHA 4CUCA 1UOKA 3ARSA 2A3CA 1W3LA 3SUTA 1KBKA 1FOBA 4W5ZA 3RMEA 3W53A 2WZEA 3IJ9A 3KE0A 2XWEA 5IFPA 1QI5A 3WIJA 3W6MA 2CPUA 4MTVA 4X9YA 3WF1A 4GO9A 2V3DA 2C7FA 5ABEA 3WDIA 3GXIA 1V6YA 2Y8KA 3ARRA 3WF0A 1OIMA 3VIOA 1AMYA 3T2PA 1Q6DA 3K4AA 4BQ4A 1O7AA 4C7FA 1B31A 1DP0A 1BFNA 2VTFA 1PZ3A 6A3HA 2CBJA 4MB4A 3ZT5A 2VCBA 4OIFA 3WF3A 3J7HA 3UG4A 4AD1A 3B9EA 5M5DA 4HMCA 3ARUA 2V3EA 1HJVA 1PJ9A 2CHOA 3PZUA 4YHEA 1QI2A 3BMVA 1K9FA 2E40A 1HIZA 4H41A 4GKLA 1QI4A 2GK1B 2J7DA 2YLAA 4PCTA 4GIAA 4U5IA 1E5JA 4HZ6A 4WKAA 3CHCA 1B9ZA 3EDEA 1JZ5A 1NH6A 4AC1X 4HZ8A 1V0KA 5FOOA 3EDFA 2VZTA 1Q6CA 2XIIA 4JL2A 2VZVA 3NUKA 1JZ7A 3IK2A 2WMJA 1GOIA 1HKMA 1R7AA 2BVTA 1CGXA 5BXTA 1B3XA 3AIRA 3I3DA 2BV9A 4MAVA 1W1YA 2BFGA 4CCEA 2OO2A 5C71A 1QOXA 3WD0A 2J78A 2D24A 2XM2A 4GINA 5BROA 4HOZA 3ZJ7A 4B3KA 1JFXA 7TAAA 4GI6A 2EO7A 2ZUUA 1OIFA 3AROA 3VDCA 4AEFA 2ZE0A 3BAKA 4OBRA 3RM4A 1TUXA 2BY1A 5E0FA 4UFHA 3VIHA 4S3KA 3WUGA 1PBGA 2X09A 3BAJA 5A8MA 3RM9A 3W82A 5I24A 5JBFA 4MB5A 4P7QA 3IAPA 4TVUA 4CVUA 5FCZA 4PUDA 2OSWA 4F79A 1ZJAA 4BQ2A 1QBBA 1JF5A 3AS1A 4JZ5A 3UG3A 1JIBA 1UH2A 3VIJA 2W5FA 2QMKA 2FHCA 4P7NA 1KWGA 1NQ6A 3D5HA 1Q6EA 1UKPA 4CU6A 4B16A 2WHLA 3K8LA 2JF6A 2VT0A 2PWEA 1J0ZA 1E6XM 2IUZA 3A3HA 3AIVA 4PMNA 2WZHA 1KGWA 4H8HA 4ATLA 3QHMA 4DUXA 3W29A 2BVDA 4HMEA 1FHLA 1MQQA 3L4VA 1I1XA 4J3UA 1ITXA 4QP0A 1SR0A 3MV01 3TTYA 5D9OA 3OG2A 3CUGA 3OB8A 2NSXA 3CH9A 3QOKA 1VAHA 2CBVA 2BY2A 3CZKA 5HXMA 2BNJA 3W37A 4PMYA 3SCWA 1BG9A 1G94A 5LA2A 4CD8A 1EIBA 2YA0A 5HPOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DID A;  3HGS A;  2OX1 A;  2VGI A;  2IXV A;  2CIT A;  1A5M C;  1QOQ A;  4XD5 A;  4QIT A;  3B8T A;  3WLH A;  1L8N A;  1X6N A;  2Y61 A;  3NVT A;  1W3H A;  3UCC A;  1VGA A;  3WYZ A;  3PZI A;  4I9T A;  5EMJ A;  1BVN P;  3PUG A;  2G3M A;  1CTN A;  2HPM A;  2YFO A;  3LLF A;  4UQ9 A;  3W1X A;  1B3V A;  1ICQ A;  1NP2 A;  2ZRX A;  1V6T A;  3VOI A;  1US2 A;  2A3E A;  4ZST A;  1PZ2 A;  3BMX A;  1CB7 B;  3D3A A;  1A3W A;  1EJV C;  3RND A;  2HBX A;  3S9Z A;  3JU2 A;  3CK5 A;  2VC5 A;  2SFP A;  3HJZ A;  5DF0 A;  2EHH A;  1EEP A;  4MKN A;  1F05 A;  2NLY A;  2QCE A;  1NDZ A;  3OU8 A;  1V6X A;  4JY8 A;  1BYA A;  1DWJ M;  3UU0 A;  2ZRW A;  4K8E A;  2OU4 A;  3IAC A;  3W86 A;  3B0V C;  3CQK A;  1W5P A;  3R10 A;  4S3A A;  4B5T A;  1TX0 A;  4V1X A;  3BOL A;  1BVW A;  4H9T A;  4OUI A;  4I7W A;  3MMW A;  3W7Q A;  1J96 A;  3WEN A;  4CNS A;  2Y1H A;  2CWX A;  4DXX A;  1XF0 A;  1XLH A;  5CPQ A;  4ZQM A;  3TN4 A;  2CHN A;  4WUI A;  4W5U A;  1KTC A;  5A8P A;  1W1A 1;  3IJD A;  1WA3 A;  3GI7 A;  3RLG A;  3QZA A;  4LXF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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