The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
97
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sequence length |
287
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structure length |
287
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Chain Sequence |
YSWGELLGKWHSNLGARPKGLSTLVKSGVPEALRAEVWQLLAGCHDNQAMLDRYRILITKDSAQESVITRDIHRTFPAHDYFKDTGGDGQESLYKICKAYSVYDEDIGYCQGQSFLAAVLLLHMPEEQAFCVLVKIMYDYGLRDLYRNNFEDLHCKFYQLERLMQEQLPDLHSHFSDLNLEAHMYASQWFLTLFTAKFPLCMVFHIIDLLLCEGLNIIFHVALALLKTSKEDLLQADFEGALKFFRVQLPKRYRAEENARRLMEQACNIKVPTKKLKKYEKEYQTMR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Crystal structure of the RabGAP domain of the RABGAP1L protein
rcsb |
| molecule keywords |
RAB GTPase-activating protein 1-like
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| total genus |
97
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| structure length |
287
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| sequence length |
287
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00566 | RabGAP-TBC | Rab-GTPase-TBC domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | putative rabgap domain of human tbc1 domain family member 14 like domains | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cyclin A; domain 1 | Cyclin A; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QYE A; 5EJC A; 4Z6Y A; 4P17 A; 4HL4 A; 3QWL A; 4HLQ A; 2QFZ A; 3QYB A; 1FKM A; 2G77 A; 2QQ8 A; 4NC6 A; 3HZJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SFX A; 3ASN H; 3FM5 A; 2JUJ A; 3DWL E; 3K4M A; 2WZJ A; 1AKH A; 1UST A; 1DP7 P; 2C99 A; 1ZG1 A; 2O5R A; 4GEW A; 1POG A; 3GBG A; 3HSF A; 3AL0 B; 1VFC A; 3GLG A; 2P5V A; 5A2Q Z; 1LNW A; 2CHQ A; 4E7K A; 2FNA A; 2MFZ A; 2O3F A; 1F36 A; 4CGZ A; 3A42 A; 2Y75 A; 2I40 B; 3SHF A; 2M3A A; 2H09 A; 3JAM K; 2IA0 A; 3ZQL A; 4QOZ C; 2Y48 A; 4NC8 A; 4B44 A; 2J5O A; 1N36 M; 1KYI A; 4AI6 A; 3F92 A; 2OF7 A; 2JVH A; 4NBQ A; 4BAY A; 1MNE A; 3CCE I; 1NO1 A; 4KO8 A; 4ELL A; 4I02 A; 2CV0 A; 1MDM A; 1XC8 A; 1ZGA A; 3ISP A; 1A5J A; 2OBP A; 4QPO A; 3I01 M; 4NRV A; 4ESB A; 3T1B A; 4AWX B; 3B9P A; 5LEJ A; 2VQE M; 2VC0 A; 1WKM A; 2EV5 A; 1IV8 A; 4A0X A; 3BLY A; 1W5S A; 4F2L A; 2JXN A; 2K3F A; 3AG2 H; 5D6F A; 2XGN A; 5DEQ A; 2RAE A; 4XKC A; 5JVT A; 1UGR B; 5HBE B; 4MH0 E; 1PJR A; 3KOX E; 3ERE D; 2PMU A; 1Y39 A; 3PO3 J; 3I4N J; 1ZHF A; 2P5L C; 2GWR A; 4G7O F; 2DZL A; 3T38 A; 3H3Z A; 4XIC A; 1N32 M; 1E17 A; 4ZGJ B; 1L3L A; 1R2Z A; 3QU3 A; 3VYT B; 3JSP A; 5F6F A; 4CGY B; 2Y0Q A; 4JI1 M; 3CJN A; 3QPT A; 3J80 Z; 3HHZ A; 2DD5 B; 5DCM A; 1MNM C; 1K83 J; 2KIM A; 2KRF A; 2K9M A; 4C3H J; 1JTX A; 2HPI A; 4BCO B; 5EP2 A; 3H1C A; 2KHH A; 1ETV A; 2YU3 A; 4S0H B; 3DPL C; 3PM1 A; 2JWT A; 2WSE F; 2IBD A; 5DYM A; 1QUT A; 1YSY A; 3S32 A; 1OCR H; 4OGR B; 2WJ9 A; 4HYE A; 5CLS A; 4GKJ M; 2L4F A; 1OCZ H; 3LSR A; 1ETQ A; 2FBK A; 3JR9 A; 1YOV B; 2HR3 A; 2UUE B; 3A8M B; 1JUS A; 4YOO A; 1T95 A; 2XIG A; 4GYI A; 4XBF A; 2R5Z A; 3NWL A; 1R00 A; 2Y30 A; 1XN7 A; 4Z2Y A; 2E1M B; 4XLE A; 1VZ0 A; 1MJG M; 2JY7 A; 2WY8 Q; 3A02 A; 3KPH A; 3MEX A; 1IBL M; 1XS9 A; 3S17 J; 3MKY B; 1MKM A; 1WFX A; 1GJT A; 4IEJ A; 3TP3 A; 1L2D A; 2LH9 A; 2MR9 A; 2XRO A; 4B3A A; 4ITV A; 5DQV A; 3LA3 A; 5E6J A; 1QZY A; 1P6R A; 3X20 B; 5IZ7 D; 3GPP A; 4BXU A; 2EFW A; 5E3L A; 4B43 A; 1TH4 A; 3WU2 C; 4DIQ A; 2RDP A; 1YG2 A; 3C3W A; 1MMS A; 3L2V A; 2EZH A; 2MBF A; 1XMA A; 1G41 A; 2HFH A; 1MMG A; 5FTN A; 5L3C A; 2G7U A; 2FEZ A; 4BY1 J; 1GUX B; 2ZJQ F; 1IUY A; 1V55 H; 1F5Q B; 3MJ5 A; 3DF8 A; 4LFB M; 3E6B A; 4KN7 X; 1HOM A; 1H4L D; 4XLA A; 1EA3 A; 2MH9 A; 3Q0V A; 3Q9S A; 3HJS A; 5CPR B; 1TL8 A; 2R7T A; 3GLF A; 4BEH B; 1QAN A; 1E0E A; 2GXG A; 4BQN A; 2MH8 A; 2OZ6 A; 4AKG A; 3ESW B; 1NSF A; 4LZJ A; 3C2B A; 2IA1 A; 2RQQ A; 4XOT A; 4M74 A; 5JVG F; 3LAP A; 2Y2Z A; 4HX8 A; 1AD6 A; 2PX9 A; 5ITT A; 4CFM B; 5J4V A; 1UGP B; 1H9G A; 2M5W A; 2L02 A; 2RRU A; 2JN6 A; 3K4C A; 4HBL A; 2EUC A; 2YPR A; 1WRJ A; 2W84 A; 2A5Y B; 2VT3 A; 4N9H A; 2K9L A; 5LHI A; 1SAX A; 2J5Y A; 1D0X A; 2UZL B; 4BJT A; 1R5I D; 4W5W A; 2OUM A; 3E0J B; 2HXO A; 5IOY A; 4G6T B; 2X49 A; 3H9J A; 3RTR A; 2WV0 A; 4I81 A; 3SDG A; 1X58 A; 4CCN A; 4I98 B; 5E3M A; 2HWV A; 4REZ A; 3DKY A; 3KE2 A; 4A0Z A; 3IRQ A; 2BBY A; 4N0B A; 2H6B A; 5DD4 A; 4IMY B; 2NS0 A; 4JP0 A; 2KRU A; 1K79 A; 4CIS A; 1USS A; 3I3L A; 2KJB A; 3OOP A; 3OS0 A; 2DVW B; 1W5C C; 5CVJ A; 4ZYA A; 1XG1 A; 4DZJ A; 3DKX A; 2L4A A; 4WXC A; 1Q3C A; 4BE0 A; 1S3J A; 1K4T A; 3OYJ A; 3DOG B; 3QHR B; 2VJI A; 5GAH J; 3KS4 A; 3HUG B; 5HLI A; 2YR0 A; 1I3Q J; 2XUB A; 3I04 M; 4XM3 A; 2MD5 A; 1D0M A; 2C5R A; 4LIT A; 2WAQ N; 3G2B A; 4CRL B; 3T0Y A; 4MO7 A; 3DOA A; 1WJ5 A; 2C5V B; 2VI6 A; 2XZF A; 4ITQ A; 2FXA A; 2R7X A; 2K6B A; 1XCB A; 2C5O B; 2KEB A; 5FKL A; 3V8J A; 1U8R A; 3ASO H; 4ZDL A; 5TRD A; 4HX4 A; 1TWG J; 5HNF A; 4FVM A; 3QZ9 B; 1MBJ A; 2HOT A; 1AIS B; 3LQR A; 1TQI A; 4XLC A; 1R49 A; 5LMK B; 4Y3O A; 3I9V 2; 3M7G A; 3DDP B; 2ZTD A; 4FIS A; 3HWS A; 1HLV A; 1G59 A; 5D8K B; 1A6I A; 3K9T A; 4LJ5 A; 5CVU A; 4AIK A; 1X2N A; 1XNQ M; 1Z05 A; 3F23 A; 3S16 J; 1FTT A; 1XB2 B; 3HJ8 A; 1ETW A; 2KP6 A; 2BWE A; 4HZF A; 3M8J A; 1LFU P; 2VT2 A; 3H5N A; 7CAT A; 4X6A J; 4AM3 A; 4DBG B; 3DU5 A; 4IBB A; 4M6X A; 5J40 A; 3DP7 A; 5IP7 J; 4BCQ B; 2CGP A; 3MY1 B; 3KYC B; 3V7S A; 3WTS C; 1P9Q C; 3A01 B; 2PMZ A; 3NWT A; 1Z7U A; 5D5U B; 1BIA A; 4RA2 A; 3D5L A; 4BGD A; 4CIC A; 3T6P A; 3VK7 A; 2IW5 A; 1L2B A; 3RYP A; 1FYM A; 3BG7 A; 1HT1 E; 2LBF B; 5M5Y J; 5LGN A; 2XAU A; 5FLX K; 4RS8 A; 3R9X B; 1D0Y A; 3CTW B; 1NY5 A; 3E7L A; 3MVP A; 1W4M A; 2D1V A; 1VQ8 I; 4Y72 B; 2LYC A; 3OY9 A; 2KT0 A; 3BPX A; 3R6S A; 3U6L A; 5J1Y A; 2D7G A; 2QSF X; 1Z67 A; 2BXZ A; 1FX7 A; 1G8P A; 3R60 A; 3LSK A; 5L2W B; 3U60 A; 3W0L B; 4P9U A; 5LFA A; 1HBX G; 2F2C A; 2MW8 A; 3M0E A; 4EGZ A; 4RLQ A; 1IO2 A; 1G3W A; 2DT5 A; 1Z0X A; 5ITX E; 1RPW A; 3HPG A; 3UZU A; 4PCQ A; 2XPU A; 4P9F A; 1T43 A; 2X85 A; 3DTE A; 4CA0 A; 4CFV B; 3KS8 A; 1GXQ A; 2W1O A; 2V1C A; 1WJB A; 2DMU A; 2WSF F; 5J6X A; 4EOM B; 2WPA B; 2UXB M; 4MLO A; 5F1R A; 4PFP A; 2QQ8 A; 3OYD A; 4XON A; 4FWH A; 4JOM A; 2X9D A; 2EJR A; 2VBW A; 5F27 A; 1UM8 A; 1SMY F; 2Y20 A; 1FIA A; 6PAX A; 4FWG A; 2IGM A; 1Y1V J; 3W67 A; 3K1P A; 4DV3 M; 5D8L B; 2EUF A; 2KPM A; 1O3T A; 4JI0 M; 2Q2E B; 4QNR A; 3U6E A; 3HHG A; 3WTV C; 1E9R A; 3HXL A; 3HRU A; 1UHS A; 3OYL A; 3VFZ A; 2R5Y B; 3C18 A; 4EOP B; 4M73 A; 1P4W A; 1TC3 C; 4BJ6 C; 3NDQ A; 1Z5C A; 5HLG A; 3GTG J; 4LF5 M; 3RSN A; 3BR5 A; 3FTD A; 3L2A A; 3PSI A; 3LSG A; 5F0F A; 3FYD A; 1ENW A; 1BI3 A; 2AS5 F; 2Z5U A; 2ZXI A; 4ZGE B; 3L27 A; 2FUG 2; 3BG3 A; 4AIJ A; 1XSD A; 1YJW I; 4BB9 A; 2XAH A; 2VDB B; 3GLH B; 1PUF A; 1QYR A; 3ZC7 B; 3JRA A; 3HDD A; 3PO2 J; 3TNI B; 2DI0 A; 2WC2 A; 2LVP C; 4HF1 A; 2F48 A; 1OCO H; 3SBJ A; 2VE8 A; 4UVB A; 1R9T J; 2NVX J; 2PJP A; 2HVQ A; 3OMY A; 2H1L A; 3DPT A; 1D3U B; 4KRD B; 5ITR A; 3HC7 A; 3WOD F; 1GL6 A; 4KIT B; 1XGS A; 3CUQ A; 3OR2 C; 2ZJR F; 2ME0 A; 5IOZ A; 2W9F A; 2UXD M; 1XD7 A; 3JRI A; 3K4B A; 1VEJ A; 4D82 A; 4FE4 A; 2PMZ N; 2F5E A; 4XLF A; 1GY3 B; 2UXN A; 3V8L A; 3V7R A; 3EIH A; 2I53 A; 2M2E A; 2LDU A; 2M8E A; 1U9N A; 4IQ4 A; 5IPA A; 4XRS A; 1QHG A; 3KZZ A; 5FRN A; 4OB2 B; 1X3U A; 3BR0 A; 1J0R A; 1X1C A; 4KIS A; 4LMY A; 1ETY A; 3DFG A; 4HV5 A; 4PSX A; 1QU3 A; 2VBZ A; 1JKO C; 3QU6 A; 3SZT A; 2L5Q A; 1DGH B; 3GLH E; 3MMY B; 1JTY A; 4V2G A; 3G6E I; 2NVT J; 4RAY A; 4GHL A; 1HDD C; 3SJM A; 1ZLJ A; 3K0L A; 5HDG A; 4CUG A; 3FUX A; 2ZPF B; 3DKW A; 3PO3 S; 1KGS A; 4BS9 A; 1BW6 A; 3JTG A; 2D7H A; 2D5V A; 1J7K A; 3ZP5 A; 1IN5 A; 1OFC X; 2R7G A; 1VOL A; 1FSE A; 4LFU A; 2BS4 A; 4F91 B; 3J7Z I; 1YLF A; 1ZRF A; 4UHT A; 1MND A; 3CJT B; 1JKQ C; 2XHK A; 4JK1 X; 1HR0 M; 4YY3 M; 2FX0 A; 5IT9 K; 3A0B C; 1R1U A; 4DV7 M; 2PBI A; 3EDP A; 4CFX B; 3IHP A; 4ESJ A; 4KIG A; 1OI9 B; 2VOP A; 3WGH A; 1VQ1 A; 2MLK A; 4QWQ A; 2QFZ A; 4BHC A; 1N4M A; 1BR4 A; 4LJ7 A; 5FLM J; 3I4P A; 4LF6 M; 1RES A; 1DGW Y; 1JHH A; 4HEA 2; 4A2U A; 4LG2 A; 1MDM B; 2W99 A; 2B0L A; 1OMI A; 3NEU A; 2IJL A; 4MGR A; 2XLJ A; 2LF8 A; 2B9S A; 1HT2 E; 3QPS A; 2JPC A; 1KON A; 2WIH B; 2E60 A; 2JA8 J; 4FQG A; 1OLT A; 1ETO A; 5C44 J; 1BOB A; 1R4N B; 2GA2 A; 1YLA A; 2FJ1 A; 3AAF A; 3FK6 A; 4II3 A; 2R7W A; 3K6G A; 4N4O B; 2DPU A; 1R7J A; 2HGC A; 4IBE A; 1GH6 B; 3CC7 I; 1S7E A; 4YOZ A; 1SD4 A; 3FK7 A; 3KP1 E; 5DDG A; 1MZB A; 3RCO A; 4HNV A; 4XQF A; 2XGC A; 2XC7 A; 4HEO A; 1REP C; 3HX3 A; 2R92 J; 1WI3 A; 1NG7 A; 3H5A A; 3QYB A; 3KDS E; 4EVI A; 1RR7 A; 3HIF A; 4OOI A; 2QGS A; 2JRM A; 4C2T A; 3U6P A; 2VJ4 A; 4LGM A; 3I55 I; 2EBI A; 4BKX A; 1G3S A; 4ROD A; 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4GGG A; 3H3U A; 4AIH A; 4HLY A; 4AQY M; 2E5L M; 1QVT A; 1FNN A; 2CJJ A; 1OAI A; 2Q8K A; 5KPZ A; 5BR8 M; 4IIW A; 1QQW A; 1T08 B; 1R71 A; 1EH8 A; 1YRN A; 2BY3 A; 3W0F A; 1X19 A; 4G8X A; 3S2W A; 1WCM J; 4MQ9 F; 2AHQ A; 5FLX S; 3DCF A; 2XSD C; 5B1B H; 4GC5 A; 3LA7 A; 3GPU A; 1WGN A; 3OYM A; 1X3Z B; 2E36 A; 3OYB A; 4TV7 A; 2CG4 A; 4KDP A; 2LVN C; 1IRZ A; 2BWB A; 1UNH D; 5K1Y A; 3KP0 E; 2Q1Z B; 2QBY B; 1Q02 A; 3T8T A; 3K92 A; 3R4K A; 3W6J B; 4HW0 A; 3ABU A; 1TQM A; 2QA4 I; 3KEO A; 1JXS A; 1VQO I; 5CYV A; 2VBX A; 3E5Q A; 2GNO A; 3GQ5 A; 2XF6 A; 1WHC A; 1ENH A; 3B6A A; 3K2L A; 5E1X A; 4LGY A; 2DNA A; 1S3S A; 1Z5A A; 3BG9 A; 4OW0 A; 1E9S A; 4NNJ A; 2R4J A; 2AHJ B; 3RPU D; 2G9W A; 4A3C J; 4PZJ A; 2C5X B; 3MKZ A; 3DZD A; 2DBB A; 3BPV A; 4CJ6 A; 1OL2 B; 4ROC A; 5L3E A; 3TPZ A; 2BY2 A; 3VYH B; 2M1B A; 2DWN A; 2OAZ A; 4NOO B; 4HX7 A; 3Q5F A; 5F04 A; 2WEV B; 1WJA A; 2Y9Y A; 1OYI A; 2OD5 A; 1WR1 B; 5CQE A; 1FJL A; 3UKG A; 3KOW E; 3OYH A; 4NQW B; 3RZD J; 2EFQ A; 1VYW B; 2L4M A; 2P5K A; 2LBF A; 3BQZ A; 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