The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
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sequence length |
317
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structure length |
317
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Chain Sequence |
DLLNKRLKLDYEEITPCLKEVTTVWEKMLSTPGRSKIKFDMEKMHSAVGQGVPRHHRGEIWKFLAEQFHLKHQFPSKQQPKDVPYKELLKQLTSQQHAILIDLGRTFPTHPYFSAQLGAGQLSLYNILKAYSLLDQEVGYCQGLSFVAGILLLHMSEEEAFKMLKFLMFDMGLRKQYRPDMIILQIQMYQLSRLLHDYHRDLYNHLEEHEIGPSLYAAPWFLTMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKVALSLLGSHKPLILQHENLETIVDFIKSTLPNLGLVQMEKTINQVFEMDIAKQLQAYEVEYHVLQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of human TBC1D1 and TBC1D4 (AS160) RabGTPase-activating protein (RabGAP) domains reveal critical elements for GLUT4 translocation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase activator
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
TBC1 domain family member 1
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| total genus |
115
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| structure length |
317
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| sequence length |
317
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-03-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00566 | RabGAP-TBC | Rab-GTPase-TBC domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | putative rabgap domain of human tbc1 domain family member 14 like domains | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Arc Repressor Mutant, subunit A | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cyclin A; domain 1 | Cyclin A; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NC6 A; 3HZJ A; 2QQ8 A; 4HLQ A; 1FKM A; 3QYE A; 3QWL A; 4P17 A; 2G77 A; 3QYB A; 5EJC A; 4Z6Y A; 4HL4 A; 2QFZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RVC A; 4EJW A; 1R5L A; 4RM3 A; 3ZN0 A; 5DM6 F; 4DBR A; 3L2C A; 3OR2 C; 1QZY A; 3H0D A; 1R1T A; 4Z6Y A; 4N4O B; 3OYB A; 2DD5 B; 4DOZ A; 4P55 A; 3DPT A; 4IHY A; 5L8R F; 3VDU A; 4EMS A; 3QOE A; 1XC5 A; 4M73 A; 2H6C A; 4ZYE A; 2JN6 A; 4HF1 A; 3MHV C; 2VQE M; 3DEE A; 2X51 A; 2IRF G; 4KLN A; 2RRE A; 3TED A; 1WGX A; 1VFC A; 3WTT C; 4CXF A; 2FFJ A; 2L0K A; 1Z6T A; 2PHG A; 3HSF A; 2JUG A; 1F9N A; 2BVL A; 2CU7 A; 1MH3 A; 3CJT B; 3GLI E; 3FTD A; 5KHD A; 3LAJ A; 2ZAM A; 3JTH A; 1MBG A; 2OPF A; 1D0L A; 1GLN A; 5E8G A; 2UZK A; 4DV2 M; 4ROD A; 4G4N A; 3IG5 A; 2ESH A; 4FCW A; 1FBU A; 5J8F A; 4WUR A; 4GHA A; 4TV7 A; 1G3N C; 2ZXI A; 2G5G X; 2M0M A; 4A0X A; 3CC2 I; 1Y0U A; 2DOE A; 2RGO A; 1X3W B; 4RA2 A; 5KAI C; 1VQ6 I; 3SC3 A; 5IF1 B; 3DTK A; 3BR5 A; 1DPR A; 3HU1 A; 1MBK A; 4KUM A; 2LY9 A; 2W2H A; 2IAI A; 1A6Q A; 1B8I B; 1JT6 A; 5K1Y A; 3EOC B; 3HX3 A; 2I10 A; 5EGO B; 3LCU A; 4HV6 A; 4RDU A; 1U8R A; 5EZH A; 2VL8 A; 1QHG A; 3GLX A; 1XN7 A; 3CME I; 2VBW A; 4UB8 C; 2XAG A; 2W85 A; 3ZQ7 A; 4AG6 A; 1GUU A; 2K4J A; 3Q9S A; 2DK5 A; 4X62 M; 1WH5 A; 2HYF A; 4F2L A; 1P6R A; 2DNA A; 1C0W A; 2KQR A; 3ZXS A; 2XF6 A; 2DAK A; 1QAM A; 4BBA A; 3DEU A; 3ZMD A; 4A5M A; 4LJA A; 2F5E A; 2DAM A; 2XAH A; 2XAJ A; 4AVP A; 4DYC A; 4K2E A; 4G7H F; 4LGM A; 1YX3 A; 1K4S A; 4P9F A; 2KT0 A; 3VDX A; 2DZL A; 1IDY A; 1FT9 A; 4BY1 J; 2JY6 B; 4QPO A; 3MK6 A; 1KU9 A; 2UXD M; 3T0Y A; 1JI8 A; 4G4Q A; 1DGB A; 2MSY A; 3HRS A; 4HEO A; 3Q3S A; 1QAQ A; 3BLY A; 3S3M A; 4OIN F; 3K2Z A; 2B9S A; 3K1M A; 2RNG A; 1G3I A; 4ESJ A; 4KFC A; 1EH7 A; 3L2A A; 3B9P A; 2XZU A; 2EFW A; 2C5R A; 3PM1 A; 2M2E A; 1E9H B; 2H1L A; 2YU9 J; 2HVS A; 2CW7 A; 3DWL E; 2CQN A; 1X2N A; 3E6D A; 1BOA A; 3M03 A; 5HOD A; 1UFZ A; 1H25 B; 4UV8 A; 2K9N A; 2WY7 Q; 4LF7 M; 1VQM I; 3I55 I; 3GTK J; 2VKD A; 4NNJ A; 1D5Y A; 1DU6 A; 4BL0 B; 4RLQ A; 5EEA A; 1PP7 U; 5BPV A; 5DCF A; 1FKM A; 1U5T A; 4L0Z B; 2PJQ A; 1W7P A; 1U2W A; 1SXJ D; 2XB0 X; 3I54 A; 5FTN A; 5LMK B; 3OSF A; 1POG A; 4HNU A; 2M7A A; 4MIM A; 4XON A; 1ZMW A; 2V1X A; 2R7O A; 4EC9 B; 3FM5 A; 5HLG A; 1JR3 E; 1X19 A; 5E1Z B; 2GAU A; 1IGN A; 3C58 A; 3C9P A; 4I81 A; 4QNR A; 2VDB B; 3TWL A; 2UUA M; 2KIU A; 3LOC A; 4I0B A; 4UV9 A; 3S2W A; 2RKH A; 2MRO B; 2WC2 A; 3G33 B; 3M8J A; 2GLO A; 4Z2Y A; 1QDT A; 2HAK A; 2R0I A; 4GKK M; 3A1Y A; 1E7P A; 2MFZ A; 2ZCF B; 4NST B; 3K4B A; 1AOY A; 2J7N A; 3JSP A; 3K70 C; 4GC5 A; 2OQ4 A; 1HT1 E; 3G3Z A; 4Q4Z F; 3VWB A; 4MNU A; 3VLF B; 1SMT A; 2JPC A; 1OAO C; 4RGU A; 3WTZ A; 2QPA A; 1XPX A; 2WJ9 A; 4OB1 B; 4ROE A; 1R4G A; 2RKO A; 1C1K A; 2XGX A; 1K78 A; 2COM A; 2NVX J; 1FSH A; 4EEF G; 1IQP A; 2WIP B; 4GIP A; 3OY9 A; 5GAG J; 4LFC M; 2JRM A; 4XSZ F; 1JSU B; 1Z0X A; 2DOF A; 2C4G B; 3B7Q A; 4BNC A; 1BC8 C; 3EYI A; 1EIJ A; 3GPX A; 1ZQ3 P; 3SEZ A; 5FRO A; 1HQC A; 2JY7 A; 2NQ8 C; 1V3F A; 3P9I A; 2WIH B; 4F7L B; 3HPH A; 2DQR A; 2FRH A; 2HYJ A; 4NQW B; 4UUV A; 3J7A Y; 1WWX A; 1LEB A; 1LFB A; 3B73 A; 4OIP F; 4BCP B; 4F1I A; 3ABU A; 2F5D A; 2ID6 A; 2OV7 A; 2LDU A; 3QU3 A; 3V42 A; 3KYC B; 3A01 A; 3HJ8 A; 1LKX A; 2YUS A; 2VOO A; 2QLZ A; 4LG3 A; 2Y0M A; 1EJ9 A; 3W3C A; 2MLG A; 3TNI B; 4JI0 M; 1VQ9 I; 5LMU M; 1IY0 A; 3RCO A; 2LNH C; 2X9D A; 3UR3 C; 3IH4 A; 3GLH E; 1WJD A; 4Q48 A; 4OIO F; 1WZ2 A; 4MO7 A; 3UZU A; 3KOX E; 1HKT A; 1H9G A; 3AOE C; 2NRA C; 1JB0 F; 1E94 E; 3U60 A; 1RKT A; 3K4N A; 5DYM A; 4YEJ A; 4X0G A; 2H09 A; 5L3F A; 2DT7 B; 3A03 A; 3X2Q H; 4Y52 J; 3TW7 A; 1ZH5 A; 1JKW A; 4PDG A; 3TWM A; 3OSG A; 3GLH B; 1O3R A; 2UUC M; 2KLO A; 2DVW B; 2M4K A; 2VBY A; 4LIV A; 3TDU C; 4RNA A; 4CIC A; 2CZ0 B; 5EJC A; 3OYG A; 2CUE A; 2O25 A; 1BC7 C; 4ZDL A; 3DOA A; 3WTW C; 2LWX A; 3X25 B; 2QM3 A; 4BH9 A; 2F5Q A; 2MBF A; 1EE8 A; 3QAH A; 2FSW A; 3JRB A; 4ENJ A; 4EOM B; 2E36 A; 5L3G A; 3I4M J; 4CZC A; 2M8E A; 3E5U A; 3GZN B; 2KDZ A; 3JR5 A; 1HR0 M; 2RQQ A; 4LG0 B; 3JRD A; 2KNV A; 2QUF A; 1L2B A; 5ICC A; 4BCK B; 2XPW A; 1OYY A; 3KEY A; 1UG0 A; 4UN0 A; 3KFW X; 1G4D A; 1PRB A; 3DEW A; 5L3C A; 5CVJ A; 4AYB A; 2LBF B; 1BA5 A; 3ZOB A; 1PJR A; 1ZMU A; 3KXE C; 3BTC A; 4GGG A; 2JNH A; 1UHS A; 5GTH C; 3QRF F; 2E2J J; 4PT5 A; 1SXJ E; 4CYC A; 3CCM I; 2MJ5 B; 4EGY A; 4BBS M; 2H5X A; 1ZV1 A; 4A3V B; 1GJT A; 1WJ7 A; 2CP8 A; 3FYC A; 2L7Z A; 4XLH A; 3FIS A; 2LNB A; 2K5C A; 5K7H A; 4FE4 A; 2CHG A; 5D5W B; 3QYE A; 4G7O F; 3SYL A; 3MFK A; 1OTR A; 2EO2 A; 5CQG A; 4BCQ D; 4FTH A; 2VLA A; 5KCM A; 5AON A; 2Z4R A; 3LVV A; 6PAX A; 3FDY A; 2BY2 A; 2D45 A; 1QUT A; 5A2Q Z; 2XKP A; 1FP2 A; 2HDW A; 2K4B A; 1SXJ B; 3LAP A; 1U8B A; 3U2R A; 1QZZ A; 5D6E A; 3L2W A; 2MH8 A; 5E3N A; 2R18 A; 3SFZ A; 1SVL A; 3VPR A; 2QVO A; 3F8M A; 2ZXJ A; 2UXN A; 2WV0 A; 3RPU D; 4QLC U; 5A2Q K; 4E7H A; 1DDN A; 1OFC X; 2ZBK B; 2M9H A; 4BCO B; 1S29 A; 1TWC J; 3HEF A; 4JYK A; 3OIO A; 2Q2E B; 1G8X A; 2DFI A; 2ZXH A; 4F6U B; 2M87 A; 4IJF A; 3QZ9 B; 3DF8 A; 2XFT A; 3GLF E; 4XNF A; 5CVU A; 4CUG A; 1FIA A; 2X0L A; 4BY7 X; 3RGF B; 4QHS A; 1MBH A; 3GUD A; 4IEJ A; 2BJV A; 2LR8 A; 4G4R A; 2HI3 A; 1HKQ A; 2H8R A; 3I5U A; 1OFI A; 1FEX A; 2Z1D A; 1UB9 A; 2A6E F; 1JKQ C; 3S2H J; 2W57 A; 3IV5 A; 3AL0 B; 2B3T A; 2Y31 A; 4MGZ E; 2JK3 A; 1QAN A; 3OR1 C; 5D4R A; 1U5T C; 3BP8 A; 4HLQ A; 3GPP A; 2JSC A; 2O8K A; 1IZ1 A; 3ABT A; 1GO5 A; 3H4C A; 3GCM A; 3KP5 A; 4V2F A; 3GME A; 5FGK B; 1VG5 A; 2EJR A; 2C98 A; 2CSO A; 2VQF M; 3CP8 A; 4BCF B; 3CO6 C; 2NVY J; 5EG0 B; 3C2G A; 4WXD A; 3LL7 A; 5C4J J; 2LH0 A; 3U6M A; 2MLK A; 3HUG A; 3DPU A; 4YEL A; 1FIN B; 4JX6 A; 3ZH9 B; 4ZZD A; 2WEV B; 3FYD A; 4BB9 A; 1TWF J; 4XLF A; 3J81 S; 3DDQ B; 3AJI B; 4JI1 M; 4HF0 A; 2AS5 F; 5E8I A; 2D0Q B; 5KAF C; 2P7C B; 4O6J A; 1K3W A; 1QMZ B; 1HNZ M; 2DEN A; 1P92 A; 1IXC A; 2OA4 A; 3NAR A; 3LA3 A; 2NS0 A; 3SAU A; 3H4J A; 4RGS A; 3A8O B; 1E32 A; 1WVR A; 4XLA A; 3WU1 B; 2D5V A; 3RSN A; 1FNN A; 3LQQ A; 1YG2 A; 1I4W A; 3HL2 A; 1NO1 A; 3JR9 A; 4WK8 F; 3IUO A; 4XLP F; 5E6J A; 1ETW A; 1VZ0 A; 2EZH A; 2HYG D; 4RAZ A; 3G6E I; 3MKY B; 1PJQ A; 4BCG B; 3TO7 A; 3J7Y J; 5JLW A; 1FSE A; 2XAF A; 2XUB A; 2X4H A; 4L5I A; 4CH7 A; 3HTU A; 3L26 A; 5K7Z A; 4XN0 A; 1R6B X; 3I01 M; 1OGU B; 2GZW A; 2A07 F; 4B4C A; 1T08 B; 2LMD A; 2MYS A; 1G41 A; 2JA2 A; 3GTL J; 5IYC J; 2DAG A; 2V7F A; 4RB0 A; 2ME6 A; 3GTG J; 4A93 J; 2HOS A; 4BXX X; 2UU9 M; 4G8X A; 3LA7 A; 3D1N I; 2DYR H; 2R7U A; 2Z5U A; 2M1B A; 4HQM A; 2H1K A; 3BBZ A; 4Q5S F; 2Z9O A; 1ETQ A; 2V6Z M; 2F6C A; 2P5V A; 1F4I A; 2X85 A; 4PJN A; 2UZL B; 1ZR2 A; 5LHI A; 2DWM A; 1D8J A; 3PUF A; 2LHG A; 2R46 A; 4KO8 A; 1IV8 A; 1WI3 A; 1EH6 A; 3BZK A; 2CCI B; 2LF8 A; 1Y8R B; 3JTG A; 3M1E A; 2GA2 A; 5KPZ A; 3JCU C; 4BJ6 C; 2D7H A; 4LZJ A; 1BN5 A; 1XNR M; 3P9K A; 3TMO A; 3GPU A; 3L2R A; 1IRE B; 5LGT A; 1FZP B; 1ZQ9 A; 3K4L A; 3W6K B; 2L7K A; 2LKP A; 4JP0 A; 2DKL A; 4YFX F; 4EON B; 4DNC A; 1C7Y A; 5F0H A; 2CQQ A; 2IN3 A; 1X3Z B; 2ZAN A; 4DV6 M; 2ZSI B; 4MQV A; 2A61 A; 4M3B A; 3SJM A; 2V1D A; 1N77 A; 4BCQ B; 3K7A J; 2W96 A; 1MDM A; 5FO5 A; 2CZ6 B; 2DTZ A; 4F7J B; 3CQZ J; 4KIS A; 2DFH A; 1SAX A; 1D1A A; 2YX4 A; 2A5W A; 3D8L A; 2UXX A; 2EZL A; 1DV0 A; 2LHC A; 1S7E A; 5DNY A; 3CCY A; 1XC8 A; 4F93 B; 3POM A; 2L9R A; 2Q8K A; 3KET A; 4OVZ A; 3QOD A; 5F1R A; 2R62 A; 1GAB A; 3JAM Z; 5HBE B; 3B89 A; 5FTJ A; 4TUW A; 1AU7 A; 5FRN A; 4CJ6 A; 3EJ1 B; 4FQG A; 2VXZ A; 1K61 A; 1J09 A; 1P4A A; 1H4L D; 2QA4 I; 4ANJ A; 2O3F A; 1JHF A; 3RI4 A; 1B9N A; 3JAM K; 3Q0U A; 1NY5 A; 4AVZ A; 1H27 B; 1RRJ A; 2W4S A; 3TO6 A; 1A04 A; 3DCF A; 1TD6 A; 4IBI A; 3BDD A; 4CIS A; 2JJ7 A; 3HM5 A; 1N4M A; 1BBY A; 4A3M J; 5LLQ A; 3VOE A; 1OCZ H; 4NBQ A; 2JZY A; 3F8B A; 3G1O A; 3QYG B; 2LY2 A; 4B3S M; 2FD5 A; 4XKB A; 5FD5 A; 1AD6 A; 2CMP A; 4X6A J; 1RR8 C; 1E17 A; 4L15 A; 5E1W A; 3RKX A; 2E2I J; 2CZ1 B; 2PI0 A; 4BXF A; 1T56 A; 5E3O A; 1X1D A; 4XKV A; 4AUX A; 4IJA A; 4MFE A; 3ZCB B; 3SDB A; 4YHH M; 3T1Y M; 2Y0S N; 2HZD A; 3I4N J; 4UXN A; 1QHH D; 1GUX B; 2WHB B; 1WJB A; 2A6H F; 3D5S C; 1Y1V J; 2ZFU A; 2H27 A; 5IDP B; 3DZD A; 4FX0 A; 2AHQ A; 1UHM A; 2XDV A; 1HT2 E; 4UUT A; 4DGW B; 2STT A; 4FVM A; 4JI3 M; 1LNW A; 2KJB A; 2XKO A; 2CHQ A; 4PD2 A; 2EV5 A; 2YFQ A; 4XK4 A; 4EV0 A; 4B7F A; 3L25 A; 1TP4 A; 4BEH A; 3CJQ B; 1TH2 A; 3K1P A; 2DDA A; 1L1T A; 1X1A A; 4A6D A; 5TGT A; 5JHU A; 2E1M C; 4C2M J; 1IAW A; 2JZ0 A; 2ZJQ F; 5L3D A; 3TOA A; 3FKJ A; 4LCB A; 4ZYD A; 2PFB A; 4XOR A; 3GQ4 A; 3L09 A; 3PQK A; 1XX5 A; 4U88 A; 4AZF A; 3KLO A; 4D5C A; 4D1Q A; 4BCM B; 2F5S A; 3BC8 A; 3HKZ A; 1R00 A; 5KQD A; 4L5E A; 4NUB A; 1N34 M; 2K3F A; 1ETO A; 3R61 A; 1O7L A; 4D82 A; 4JX4 A; 3WTY C; 2JA7 J; 3LSM A; 3K2L A; 5J3L A; 1IC8 A; 3ISP A; 5F08 A; 2EK5 A; 2VC1 A; 4H4K C; 2L4F A; 4LB6 B; 3GO5 A; 4CSW A; 2E7X A; 4F3Q A; 2R5Y B; 2I5U A; 2R65 A; 2LG4 A; 5LHG A; 4GH9 A; 4FWH A; 2PX9 A; 2CYY A; 4XID A; 1HDD C; 2K6B A; 1T33 A; 2ZME A; 2JZ1 A; 1TFB A; 2IEK A; 4XRS G; 1V29 B; 2KL4 A; 1B72 B; 1IM2 A; 1BR4 A; 3HHZ A; 3DLA A; 1PUF B; 1CF7 A; 3KEO A; 1P7I A; 2QCU A; 2EIM H; 5M3M J; 2HS5 A; 1KYZ A; 2D1V A; 4PDI A; 4WXH A; 1HXD A; 1S5L C; 5D5X B; 3FXQ A; 2ICW G; 4L9V A; 5IY5 H; 5FJ8 J; 3CCV I; 2X6Y A; 1LE8 B; 2KEB A; 2XF3 A; 1IUF A; 3KOY E; 1S7O A; 5B1A H; 1DGR M; 2EBI A; 3PNT A; 4PJM A; 4AWX B; 3GTM S; 3ASN H; 1XMA A; 2EQR A; 3IH2 A; 2K27 A; 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