The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
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sequence length |
450
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structure length |
450
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Chain Sequence |
GKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMSLASGKSLLHEVDKDISQLTQAIVKNHKNLLKIAQYAAQNRRGLDLLFWEQGGLCKALQEQCCFLNITNSHVSILQERPPLEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of human T cell leukemia virus type 1 gp21 ectodomain crystallized as a maltose-binding protein chimera reveals structural evolution of retroviral transmembrane proteins.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Viral protein
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source organism |
Human t-lymphotropic virus 1
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molecule keywords |
PROTEIN (HTLV-1 GP21 ECTODOMAIN/MALTOSE-BINDING PROTEIN CHIM
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total genus |
139
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structure length |
450
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sequence length |
450
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 1999-03-01 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF01547 | SBP_bac_1 | Bacterial extracellular solute-binding protein |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | Periplasmic binding protein-like II |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M5E A; 2HEU A; 4JPR A; 2P1S A; 4BDQ A; 3IR1 A; 3FXQ A; 2O51 A; 5HM4 B; 1YTV A; 2BJJ X; 1NH7 A; 4ZE8 A; 3UGW A; 1T0K A; 1UTH B; 4F2O A; 1QKA A; 3QSL A; 3TTN A; 3C4M A; 1FQF A; 2DXY A; 2VGQ A; 3QYT A; 3OSR A; 4LUB A; 3MUQ A; 2Y7K A; 3THI A; 1PB7 A; 2RCA A; 1ZTY A; 4G8M A; 2A5S A; 1PC3 A; 4OMB A; 3PPP A; 5CRY A; 1N3W A; 2DXR A; 2XXH A; 4BDL A; 1MY2 A; 2P6J A; 1YAE A; 3MPL A; 1O63 A; 4EXL A; 4ZS9 A; 2XD3 A; 2XXP A; 1PB8 A; 1SDX A; 2XX8 A; 5FHM A; 3JZJ A; 3MQ9 A; 4F31 B; 2NVU B; 5CMB A; 1SVX B; 4H1X A; 3Q25 A; 1VR5 A; 1B4Z A; 4U4X A; 1OIB A; 2O6A A; 1FW0 A; 1B58 A; 4HW8 A; 3TKD A; 4N23 A; 1WVJ A; 2HAU A; 3PMX A; 4NWD A; 3KN7 A; 1ZIU A; 2M8C A; 4BDM A; 4JDF A; 4IY6 A; 4DDD A; 2ZNS A; 3CFZ A; 1B4H A; 3OO8 A; 2VP1 A; 1D9V A; 4LZ7 A; 4NF8 B; 5JTY B; 3K4U A; 3S9N C; 4FEC A; 4IO7 A; 1B0L A; 4XKR A; 1B05 A; 2X7R B; 4G77 A; 3MHH C; 3O6H A; 3H6V A; 1R9L A; 1Y9U A; 2EZP A; 4ZDM A; 3MC2 A; 4KPT A; 2ZYO A; 3FAT A; 1POY 1; 4F18 A; 3TTM A; 2X7Q A; 4F39 A; 2UVJ A; 1B2H A; 4G8N A; 1BIY A; 3H7M A; 3TCG A; 3FJM A; 1JVX A; 3FXR A; 3CFX A; 3O66 A; 2FNC A; 3V8X B; 2RKM A; 4BDO A; 3A09 A; 5L8D A; 3K1P A; 4RPN A; 2LAO A; 1MH4 A; 1IXH A; 4G4P A; 4BDR A; 4QSD A; 4NED A; 4YKJ A; 3U92 A; 4Q30 B; 1TT1 A; 3H01 A; 1GTK A; 2O1L A; 3VXB A; 1MXV A; 3KBR A; 4R2B A; 1EZP A; 2GH9 A; 3JYR A; 3KN8 A; 4LA9 A; 4F1U A; 2E1S A; 1CE2 A; 3UIF A; 4GWO A; 4O3A A; 3FV2 A; 1MQH A; 4RK2 A; 4AB6 A; 3FUZ A; 3KJ7 A; 2EBO A; 1N84 A; 3PV0 E; 3MVZ A; 3CP1 A; 2VD2 A; 1MQG A; 4F3P A; 4I62 A; 4ZEC A; 1H44 A; 4EQB A; 3U8Q A; 1IIW A; 1SYH A; 3R26 A; 1FTJ A; 1Z7M E; 1EH3 A; 4YMB A; 3C34 A; 2QJE A; 2QMW A; 4XIG Q; 5I57 B; 4H0W A; 1B40 A; 1K34 A; 5I2N A; 5H8Q B; 4MBP A; 4NWC A; 3BBR A; 3K6X A; 1HSE A; 1QCE A; 1MS7 A; 2D3I A; 4QFK A; 2HCA A; 5CM6 A; 1MH3 A; 3HHG A; 2Q2A A; 3TDJ A; 2ZXT A; 3BFU A; 3CRB A; 2F6G A; 4FOR A; 4F1V A; 4OEN A; 4PFU A; 2PBW A; 2Q8J A; 3EN3 A; 4FAT A; 5AA1 A; 3I3V A; 3B77 A; 2XXQ A; 1I6A A; 2F36 A; 3WAE A; 4OQO A; 2A5T B; 5DEX A; 2B65 A; 2KLF A; 3O9P A; 1PEB A; 1A54 A; 4I8C A; 1D9Y A; 1LFI A; 2O7U A; 1SI0 A; 1ZBM A; 1H45 A; 3N94 A; 3VVE A; 4ELQ A; 1ATG A; 1ELJ A; 3IOU A; 4KYS A; 4ZEK A; 3IJO B; 2MK3 A; 3P30 A; 2QSX A; 4LZ5 A; 5AA2 D; 2ZNU A; 4GLI A; 2OJT A; 3CI8 A; 3K9A A; 2O84 X; 3RLF E; 3RPW A; 1A7L A; 4EUO A; 3N26 A; 4YAH X; 4YKI A; 4G68 A; 4MLV A; 2ZYN A; 4OZ9 A; 3IO6 A; 4NF4 A; 2I4B A; 1GGG A; 1LBC A; 3OEK A; 2DSF A; 4JSD A; 1LAH E; 1MDQ A; 1H3D A; 1XT8 A; 5TPA B; 4I9D A; 1SI1 A; 1JQ0 A; 3T96 B; 1HSJ A; 1N3X A; 1YCJ A; 3W15 C; 1FTO A; 1UTB A; 2UYF A; 1HSL A; 1US4 A; 1MRP A; 3ZSF A; 3KOS A; 4QFN A; 4R73 A; 3FVN A; 4GL8 A; 4K3F A; 3C33 A; 1B5I A; 1KWH A; 3VLW A; 2NXO A; 3IB2 A; 2ONR A; 3G3J A; 4N13 A; 1F23 A; 2O68 A; 4KCC A; 5B70 A; 5CMU A; 4NTL A; 3S9E A; 1DOT A; 4XKP A; 2I0B A; 4C1T A; 4R74 A; 1ENV A; 2GHB A; 1S9T A; 3USD A; 5I59 B; 4R75 A; 1H43 A; 4FAJ A; 2I4C A; 1PBP A; 2PT2 A; 1MPD A; 4H65 A; 4LQ2 A; 5CI5 A; 2AIX A; 5K2Y A; 2UVG A; 2F97 A; 1N7X A; 3SKP A; 3DP6 A; 2GHA A; 3FAS A; 5AA2 A; 3MZ9 A; 5ITO A; 3MVW A; 1IUD A; 1ANF A; 1I6B A; 4KFQ A; 1XOC A; 5L9S A; 2I48 A; 3H3G A; 2XXW A; 2R71 A; 1MXY A; 1EZO A; 4POX A; 2HFB A; 3K1M A; 3IL1 B; 4ZEF A; 2NWJ A; 3SER A; 2HZK A; 4UA8 A; 2EZO A; 1QUI A; 1MY1 A; 2F8D A; 4JWY A; 3G3K A; 3ODB A; 2QS3 A; 4LP2 B; 4MFI A; 2HXW A; 2ESN A; 3T9H B; 2Z23 A; 1IXI A; 5ITP A; 1Y20 A; 5DT6 A; 5H8S A; 2DWH A; 2GRV A; 2OZZ A; 4U4S A; 1URD A; 2P2A A; 3FIR A; 2ZMB A; 4HS7 A; 4GQO A; 3N6T A; 4MLQ A; 3E9X A; 2D5W A; 3ZKL A; 2QPQ A; 1D4N A; 3TQW A; 4F2Q A; 4ESX A; 1OLA A; 3PU5 A; 2M7W A; 5AA4 A; 1K33 A; 1IEJ A; 4JBZ A; 4U2R A; 4ZE9 A; 3EHT A; 2R9J A; 4G8H A; 5BUU A; 1FTL A; 3H6T A; 4IO4 A; 3N6U A; 2H99 A; 3M8U A; 3HCQ A; 3L6G A; 5DEX B; 1TWY A; 2DVZ A; 2REG A; 5J1D A; 5ELV A; 1QBZ A; 3PMV A; 5HFL A; 4QFP A; 4IO3 A; 5B7D A; 3Q26 A; 2RC9 A; 5EYF A; 4XXU A; 1SD3 A; 3C31 A; 2X26 A; 2YPN A; 4DZ1 A; 4Q5T A; 1PDA A; 4OVJ A; 3K1N A; 3T66 A; 2XXX A; 2E0S A; 2F6P A; 3VV5 A; 3PGF A; 1SBP A; 4OES A; 4NF6 A; 3QAX A; 4F19 A; 3TTL A; 4GXA A; 4RY1 A; 4XKQ A; 4G68 B; 5KDT A; 1JEV A; 1IXG A; 1JPX A; 4LON B; 3PMW A; 3T9X B; 3K0V A; 3UA8 A; 1Y3P A; 3IK6 B; 1B3E A; 5HFM A; 4WXJ A; 3U94 A; 3H06 B; 1JW5 A; 1Q35 A; 2RC8 A; 1OVT A; 5H8F B; 4DE8 A; 4ELO A; 2OCU A; 2XX7 A; 2DWA A; 3ILT B; 1SW4 A; 1LB8 A; 5FTH A; 1BLF A; 4H6D A; 1IIT A; 1Y3Q A; 3M3K A; 1JNF A; 5I58 B; 1R9Q A; 1PBQ A; 4RA1 A; 2F5X A; 3B7D A; 3SEU A; 4JGS A; 2Z22 A; 3ONM A; 3CFL A; 3H4Z A; 4GXS B; 2AL5 A; 3C9H A; 4G68 C; 5K2X A; 1P1Q A; 3MVY A; 1B1H A; 2I6E A; 1A8E A; 3KGC A; 3KEI A; 1QKB A; 3O29 A; 4IY5 A; 2OWT A; 4O3C A; 4F1Y A; 3L6H A; 4U1O A; 3QUF A; 3SEY A; 4EXK A; 4ZZA A; 1OMP A; 1XHY A; 2Y7I A; 4N6P A; 5I2K A; 3V5A A; 2HAV A; 4X9T A; 5EHM A; 5H9C A; 3KG2 A; 3H03 A; 2DWJ A; 4OFJ A; 1B5H A; 4RYA A; 2F7C A; 2I0C A; 3TEP A; 2OBG A; 5I56 A; 2GFE A; 5TU0 A; 3TYH A; 3W9V A; 2PMS A; 3T22 A; 1NMU A; 3VXC A; 2QS2 A; 4QRZ A; 2VOZ A; 4WED A; 3PUY E; 4FIM A; 3OXN A; 2Y84 A; 1MQJ A; 1JQF A; 5TP9 A; 1B0H A; 1JW1 A; 3P7I A; 4HCW A; 4PE5 B; 3PPQ A; 4PFY A; 5CBS A; 4JF3 A; 1NH8 A; 2Y7P A; 1XS5 A; 4QHQ A; 1P1N A; 1QVS A; 2ALU A; 5BWJ A; 1URS A; 3N5L A; 4JB7 A; 4KYD A; 4QF9 A; 4TOZ A; 3VLV A; 4Q8R A; 2LP7 A; 4NF5 B; 1RYX A; 2XXR A; 4JWO A; 3IJX B; 1D3K A; 2Q89 A; 1YPN A; 1B52 A; 1DTZ A; 4Q0C A; 4BDN A; 4H8J A; 4FIP C; 3FJG A; 3MP1 A; 3FGS A; 3IOW A; 5AA4 B; 5L9O A; 2V25 A; 4JXI A; 3B8N A; 3O28 A; 4GVO A; 3M3F A; 5H8H A; 2H4I A; 3TTR A; 4OEV A; 4YKK A; 3E3K A; 3SES A; 2H25 A; 2Z8F A; 4THI A; 5EHS A; 3CSB A; 4BLA A; 2DYX A; 2RC7 A; 4R9F A; 1AMF A; 2Y7R A; 3IOV A; 4KI0 E; 4POW A; 4DXU A; 5F7V A; 2ONS A; 3K2D A; 1IQ7 A; 1LFG A; 3VVD A; 3HPI A; 1DPE A; 3SEW A; 1BTJ A; 2ONK E; 2DE4 A; 3K02 A; 3EPE A; 1QUJ A; 4YMA A; 1EZ9 A; 2I3W A; 1P99 A; 3VE1 B; 1VE4 A; 3TEL A; 3RUM A; 2P0S A; 3QXM A; 4RPO A; 3VFJ A; 3R6U A; 3A3C A; 2NOO A; 5KDT B; 3WFV A; 4PFW A; 4IO5 A; 1FCK A; 3RT8 A; 1ZMG A; 3C35 A; 4ZED A; 1JEU A; 2DQV A; 4KCD A; 4OER A; 3RQT A; 3RNN A; 1I69 A; 4FJP A; 3K00 A; 3PUX E; 1NFT A; 3C36 A; 4H67 A; 3G3F A; 5KA5 A; 3CSG A; 4HCY A; 4F29 A; 5IKB A; 4RK9 A; 3CYO A; 1FTM A; 1Z7N E; 1J1N A; 3O6I A; 3LSX A; 4PQJ A; 3IO4 A; 4QFL A; 1Y4M A; 2PX1 A; 1CB6 A; 3D4C A; 4KD5 A; 3QIM A; 3IB1 A; 5FHO A; 1USY E; 1S7Y A; 4YZZ A; 4F3G A; 4TQU Q; 5CMC A; 1MM7 A; 1GV8 A; 3OOA A; 2OLB A; 1FQE A; 5F1Q A; 1N0T A; 3IAZ A; 3Q28 A; 3B8M A; 3EHU A; 3M3L A; 3TOD A; 3M99 B; 3KFM A; 4I1D A; 1Q1K A; 2NUV A; 2RF1 A; 4H8I A; 1ZU0 A; 2DVC A; 4IB2 A; 5I2K B; 3OMB A; 4WEP A; 4AB5 A; 2UVH A; 3KN3 A; 2DOJ A; 3GXA A; 4IGR A; 4QFO A; 2F78 A; 3EF7 A; 3VVF A; 3MZB A; 4KYE A; 4EDP A; 3IOT A; 1WDN A; 3LC8 A; 3B6Q A; 3A3U A; 5CMM A; 5HPQ A; 3PUZ E; 1B51 A; 1DLB A; 2W7Y A; 2XX9 A; 4NE4 A; 5ISU A; 4MH5 A; 5IAI A; 1SW2 A; 4RXL A; 1TFD A; 1RKM A; 1R6Z A; 3IX1 A; 3T9V A; 5LOM A; 2IA4 A; 1MPB A; 2X7P A; 4DXB A; 4EQ7 A; 2QRY A; 5M2V A; 4PFT A; 1IZ1 A; 3KOT A; 4E0W A; 4NF8 A; 4YB6 A; 4DCX A; 5JTY A; 2O1M A; 4QSC A; 5FHN A; 1LAF E; 3WAF A; 1LBB A; 1ZJL A; 3TFL A; 2QMX A; 3SET A; 2CZL A; 3LBS A; 2UYE A; 1NNF A; 1WOD A; 2H5Y A; 3E4R A; 4HTG A; 3T9U A; 3GBA A; 4YB7 A; 1MG1 A; 4LVQ A; 4ZEI A; 3RGY A; 1NL5 A; 5DVF A; 3EQ1 A; 3TPA A; 1EBO A; 2QS4 A; 2Y7W A; 2F34 A; 1O64 A; 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