1IT0A

Crystal structure of xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86 complexed with lactose
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVNEAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of the sugar complexes of Streptomyces olivaceoviridis E-86 xylanase: sugar binding structure of the family 13 carbohydrate binding module.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords endo-1,4-beta-D-xylanase
total genus 161
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2001-12-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1it0A01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1it0A02
1E56A 1CGXA 4JKMA 1I1EA 3A4AA 1Q6CA 4JQ0A 3B9EA 1CXFA 2DGAA 4YPJA 2WANA 1S0EA 1HT6A 1UR2A 3PTKA 3UEQA 4B16A 2J7GA 1J0ZA 5A6JA 2JEQA 1MD6A 3BAIA 5KEZA 3FUQA 3THDA 1RPKA 4ISQA 2IWTB 3OA5A 1B3XA 1AFCA 4UTFA 4I4QA 1C92A 3W0KA 1C3FA 4N42A 2AFGA 1E72M 1C91A 1R8OA 4I1BA 2VR4A 2FDBM 3HJEA 4YN5A 4AZCA 3CA1A 4HMCA 3VTRA 3AZWA 1ABRB 4UQ9A 4JFWA 2DT0A 4UZSA 1JZ3A 4FGFA 1E4MM 1PC8B 3ZJKA 3SNVA 1TG7A 4OUEA 3WQ6A 1TWMA 3VM7A 3BC9A 1PUUB 1MW1A 5D63A 3AIUA 3RM9A 4BQ3A 3W28A 4LO2A 2F61A 5EFDA 2DDXA 3WDIA 4QBVA 1JDAA 2BY3A 2XHYA 1WO2A 3FW6A 3T2PA 1HP5A 2W67A 3O9NA 1XZZA 2JIEA 1VJZA 1WAWA 3OLGA 3UETA 7TAAA 2XM1A 4LX4A 2CKRA 1ZJBA 3KMVA 4QCEA 1VBRA 2Y8VA 4P0KA 2IXVA 2QMKA 3UJ0A 5BWFA 3TC2A 1B1YA 1UZ1A 4G9MA 4MB4A 1JFHA 2DRZA 1JT3A 3CZEA 4Y7EA 2J7EA 1BGAA 3MUY1 2X0YA 4GP0A 2CBVA 3ZOAA 1I1WA 4D6EA 3HU7A 2FFUA 4JCMA 3AIWA 2J62A 4P7RA 2NM1A 1GOQA 2F8QA 3VIPA 4IY8A 2Q8XA 2R9KB 4PMXA 1E9LA 1ITCA 2CITA 3VX1A 2WRYA 4EB2B 1CXIA 2OLHA 5IFTA 2ZIDA 4M56A 3QOMA 4D6HA 2GVYA 1WZLA 1HJVA 3AKIA 4GAFA 3Q7YA 2J8FA 3EMZA 3G6MA 1C7SA 1V0MA 4HZ6A 5A69A 4D1JA 4OIFA 3Q7WA 3O4DA 4J23B 4EKXB 4W89A 3OIHA 6CGTA 5DEZA 5D61A 3BB2A 2WCSA 1HF6A 1KR1A 2XWEA 1MFVA 1ISWA 2DPEA 2CESA 5GQBA 4F79A 1JZ8A 3PZVA 1H4PA 3GH5A 1GOMA 1UOKA 2XFFA 2VSEA 3B9UA 2Y8KA 3GZAA 2BY1A 4B15A 1IZKA 2VL4A 4FLRA 3ARVA 1KWKA 1FWVA 1FH8A 4D6JA 4JPZA 2BFHA 2KLLA 1FGAA 1XGZA 3CUGA 3V0AA 4JKKA 1LJYA 3ZSSA 3F5LA 3SUTA 2AOSA 2VSAA 4U31A 4AD5A 5GNZA 4S3KA 4Q91A 3OGGA 3PZNA 2P39A 1R8NA 1VRXA 1D7FA 2HWAA 1FHLA 4UFIA 3VMPA 4Z2KA 3WNPA 3CRIA 5JUVA 3L4YA 1NUNA 2VZVA 5JBFA 1UWIA 4W8AA 4ZEPA 1J12A 1HX0A 4WJXA 4PTMA 4CCDA 3CGTA 3WF0A 2YLLA 4CGTA 2GJRA 2D3LA 1MW2A 4M29A 3VUPA 2GDVA 4ZKTB 4P8WA 1GONA 1W2PA 4CJMA 1G5AA 2VUAA 3AJ5A 4UFKA 4D6FA 8I1BA 5FIPA 5ECUA 3FJFA 3N7MA 5EG6C 3VUOA 1CIUA 3QGVA 3A6OA 3OBAA 3I3EA 4LYPA 1GVYA 2G4FA 2X2SA 2X1IA 4WK9A 4MNMA 5BOWA 4BQ4A 1GHRA 1BLDA 1UZ4A 2A3CA 1WZKA 3VM5A 4H04A 1E0XA 2ZXBA 3CZ8A 3N11A 1WDQA 3VILA 3ZJ6A 1CGYA 4D0ZA 1FWUA 1B31A 3GBEA 3SCRA 1MW0A 1TZ7A 4EFQA 3F1RA 1PJ9A 1E4NA 1HJQA 4JFVA 3EDKA 1V3MA 4E8CA 4XV0A 3AFBA 2YKKA 1PIFA 4FLOA 1TFVA 5JLVA 3MMDA 1HJSA 4EEEB 2PBGA 3VGGA 4OWJA 2CEQA 2C0HA 2VMFA 1BG9A 5CGTA 3PZGA 1V0NA 5DMYA 3W9TA 4F66A 3WN6A 3RMXA 2V3DA 4URIA 2WWDA 2UY2A 1SZ6B 3A22A 3UD9A 3W38A 4W5ZA 4J3XA 2EPKX 3LPFA 4XB3A 4OKDA 4W7VA 2NYYA 5CSUA 3ARQA 1B30A 3NSNA 2EPMX 3RIKA 1JNEA 5BXSA 1CEOA 3K1DA 1WZMA 5D8WA 2JEPA 5KZ6A 3BA7A 4X0VA 1C8QA 2FGLA 1W3HA 4GO8A 2VTFA 3MMWA 3AH1A 4HZ8A 2V5CA 2G3NA 4AD0A 4X37A 4AZHA 5AC4A 1AVAC 3AS3A 1Q4NX 4AD3A 3VDHA 2WNWA 2J74A 3SCVA 1XHBA 4H8UA 1W3FA 1TOOA 2J78A 3WH9A 5BXRA 1BFNA 1QI3A 1LL6A 3E8LC 1KBKA 2QYIB 3WO3A 1H3GA 4B3KA 4D72A 4BA0A 4F9JA 3IM5A 4G1RA 3TONA 3AHYA 5A8PA 5GNXA 2VZUA 4J3UA 2VXRA 4II0A 1BLAA 4GZIA 3WD2A 1AQ0A 4DEPA 3CMJA 3TP4A 3WQ4A 4NRRA 5AYBA 1E70M 2W91A 1W3GA 4OW4A 1BA7A 1GGPB 4ACZB 1JD7A 4GINA 4E2OA 4LO2C 2EPNA 1PX4A 2WMIA 2VOTA 3ECQA 4OEEA 4PTWA 1E15A 1OCQA 3NBEA 2E3ZA 1Z2VA 41BIA 1CLXA 2WSKA 2ZUUA 1HP4A 1HWPB 3AH2A 3O49A 1OWQA 4PTVA 3NCOA 4FF5A 1FA2A 1BYAA 2XGBA 5BVPI 1VF8A 4TVUA 4KMQA 4DM2A 1UD8A 3VIGA 3FJJA 3N15A 2XPKA 4MPKA 1U33A 4EFPA 3S6TA 4EAMA 4AIOA 2BVDA 4KBBA 3UD7A 1ITBA 1CVSA 1JAEA 1VEOA 3QHNA 3K8MA 1RZOB 3VDAA 2C8NA 3VOCA 1DQGA 4KH2A 4UFLA 5I0DA 1NOWA 3WQVA 4HJJA 1W3AA 3SCTA 3GXDA 1EOMA 4I4VA 3DECA 3QHOA 2KH2A 31BIA 1AMYA 5CGMA 3CPUA 2PBOA 2ZUVA 3BLPX 3RILA 4I4SA 4DWSA 2HZ9A 3D5HA 5E6ZA 3FJDA 4JRAA 4JFTA 3AS2A 4FMVA 4B3LA 3K4AA 4KWUA 3THCA 1UWTA 4A7KA 1US2A 3BAWA 1KQZA 2CERA 2VRQA 3VSFA 2YJQA 1FFRA 4N0RA 5AC5A 4LO3A 1NWSA 4X38A 1R8LA 4GQRA 3AMKA 4CVWA 2WXDM 1QI2A 2GJXB 4I4UA 3ZT5A 2JF7A 3K46A 1HNYA 1CBGA 2WMIB 2XSBA 2YDQA 4JFSA 3P6IA 1V6UA 4LO1C 4A7YA 1JT4A 3U7VA 1V3KA 2JE8A 1UKOA 2Y4SA 3LPOA 5M03A 1VFMA 1NP0A 2VVNA 3WMSA 1A8DA 3PHAA 1MW3A 1VFFA 1DP0A 1GORA 3AXXA 2L5XA 3HALA 1EDQA 1MQQA 2ZUWA 4CKQA 1G9CA 1U2YA 1K9FA 4LO8B 3WSUA 1BTCA 3GH4A 1F4AA 2VZTA 3VGBA 4QAWA 1TIEA 4J2XA 1E6XM 3WNKA 2QLYA 3RCNA 1E4IA 3LTQA 2OWCA 2E4MA 1GUVA 2G3IA 4OBSA 4PMUA 1NH6A 1Z0HA 1E3ZA 1V6XA 4LYQA 3N9KA 4C7FA 3W81A 4DWSB 3BRFA 4E8DA 2EBNA 1PEZA 3VINA 4U5KA 4CD6A 1M53A 1ZB5A 1XCWA 2WKLA 3OJMA 1QNQA 5A6BD 3PUBA 3S8JA 3EDJA 2NT1A 3O4AA 2CNCA 3AJ6A 9ILBA 1B0IA 5JMCA 2D0FA 4MB5A 4RE4A 4ZXOA 1CTNA 3CIVA 2XYLA 3IAQA 2F2FC 4D6CA 2ZX9A 1DHKA 2XIBA 3GM8A 6TAAA 1B3VA 3AS0A 4AYSA 2YA0A 1DWJM 1QVBA 4W85A 4PMZA 2DREA 4HR6C 1YQ2A 3GXIA 1XHGA 3W6MA 2ZX8A 1K9EA 3CLWA 5CQ1A 1TCMA 4JL1A 1BF2A 1OT1A 1OBAA 3P53A 1BG4A 3APGA 2G8ZA 3VT0A 3WUGA 1EPWA 2E40A 3HN1A 2J8GA 4CD4A 1O7AA 2VX5A 4ZA3B 3PZ9A 3UESA 3DHUA 3KL0A 2YDRA 3CZJA 3F62B 3ZQ9A 1BAGA 1V6VA 1V03A 4Z2GA 3WDHA 1QOXA 2J7HA 4AZ6A 1ZU8A 1WCGA 1AQMA 4PMVA 1FH7A 1D3CA 1H11A 3WKZA 2VX4A 3WL0A 4U3CA 4ATDA 3IJ7A 3T09A 1BHGA 3TTSA 1C90A 3OZOA 2O92A 5IDIA 2EO7A 1US3A 1JT7A 3WMUA 4UOQA 2BXZA 4OWLA 7A3HA 2OYLA 1ODUA 2CPUA 2IUZA 2YL8A 4OJYA 4TX8A 1BFGA 3AI0A 3WF3A 2ZQOA 3WBAA 4TVDA 2C7FA 1GJWA 5ABHA 4F9DA 3AYSA 3WMBA 3FHQA 3WNNA 3QYDA 4Q7NA 2DSKA 2O9TA 4JHZA 4W7UA 1XG6A 3TTYA 3WD3A 3AKFA 4ENDA 1SR0A 4UOJA 3LPPA 2G3JA 2WWCA 3SUWA 4HOZA 3A4WA 4C7DA 3M6DA 3IJ8A 3EYPA 2BEAA 1WDSA 1ODZA 2DSWA 2VX7A 2RGMA 3FJ9A 3EDEA 2WSPA 2A3HA 3WY1A 2FHBA 3A23A 5C70A 2XOAA 1HWMB 2GO2A 4D71A 3UERA 5IFPA 3CO4A 3N0KA 1SR4A 3RTIB 1VAHA 3CU1B 3DYMA 2YUGA 3RMYA 2WW5A 1UD2A 1UUQA 4AMCA 4LXFA 2CETA 3UD8A 1FV2A 4HOWA 5CSYA 3ZJ8A 1XD1A 1NARA 1WP6A 1GOOA 3AZSA 4ISRA 4WSKA 2FHCA 1AVAA 1LLOA 1W2VA 1K5UA 3AHVA 1EH9A 3WQ8A 1HJUA 1QHOA 3CBWA 2WBKA 3NDZA 4LO0C 1RP8A 4S3JA 1XYZA 1ZBVA 4GIAA 1V08A 2WMJA 3FFZA 2OWXA 1IRAX 3O44A 5DZUA 5A6SA 3RSJA 4R5EA 2RSTA 2XVPA 3FJAA 3KL3A 3ILAA 3EDFA 4M24A 2XVNA 2ZX7A 2D24A 4CU7A 1PX3A 3NSMA 5BQUC 3EF2A 1QBBA 2K4AB 2NP0A 4XX6A 4X0NA 1OINA 3VD7A 1GW1A 4GI6A 4LYRA 3GBDA 2AAAA 1ECEA 1MFUA 3AXHA 1VJSA 4UQEA 4DWSC 2DT3A 1KCLA 1XRVA 3WINC 1NOUA 4I0YA 2BS9A 3B9AA 3WBEA 3ZM8A 3VDBA 5CPQA 4UFJA 3BA4A 3ZX7A 1FHDA 3MSDA 1MXDA 1E40A 5A6BA 2D7RA 1VIWA 3II1A 4MJ4A 5F8SA 2DT2A 4BZYA 4QBCA 4QO3A 1OM0A 1XH0A 4LO3C 3NSXA 5BCAA 2D0GA 1KWGA 3WQWA 3GYCA 1C8YA 5EFFA 2Z48A 1GQKA 1W3KA 3EDDA 3N12A 2WZEA 2W62A 4P7OA 2J47A 3V0BA 3OG2A 5I1BA 1QI0A 1V3LA 4U33A 2CHOA 4KC3A 1WD3A 4H2CA 4TXEA 4XZWA 4WIWA 1CZ1A 1W3LA 4H9WA 3VD4A 1RG8A 4KGJA 3UDAA 4UQDA 1EDTA 2UY3A 1HL8A 3AZVA 2HW9A 4D8HA 4AY1A 5EMYA 1DFCA 1HKMA 2BEBA 4AD1A 3N7LA 4AEFA 1DWHM 1JF5A 4GAIA 3BGAA 2DQXA 1E5NA 2E4MC 2ZX5A 3HBWA 1XSJA 2WM0A 2ZICA 4MAVA 3WF1A 4PMDA 4LO1A 5DUYA 3CZGA 3WENA 2V3EA 1MC9A 2G3MA 3NYDA 4AZ5A 2FDMA 3L2MA 4JKXB 1S46A 1UR9A 1VEPA 3UG5A 3WDJA 3E1F1 1UH4A 5ABFA 1BYCA 1QNRA 2EJ1A 1C8XA 1L2HA 1CGWA 1BSIA 1WKYA 5A2BA 3VU2A 2V3GA 2J25A 3CZLA 4HA3A 4UZUA 5F7UA 4I96A 1R86A 2TAAA 4F8XA 2HWMA 3AIEA 5CG0A 3BXWA 5E0FA 4H7VA 1JXKA 1M2TB 1N4KA 1E55A 3W53A 3K8LA 5DT7A 4AW7A 3CAHA 3V0BB 4V28A 2QPUA 2WKGA 1TWEA 2M49A 4A3YA 2J7DA 2WVVB 1KXTA 2JF6A 5D9NA 4ZENA 1M01A 1UWRA 1C7TA 4I7IA 1LWJA 5BP5A 1J11A 1UA7A 3HN3A 5A8QA 5EHAA 5I77A 3RM4A 3PN8A 1CGTA 3WFLA 1S0GA 3KWXA 3BTAA 2XWDA 3CRGA 3CUIA 3NUKA 4NSBA 3O3QA 4ML4A 3BSGA 2V3FA 5JBEA 4G9NA 3PZMA 4JZ5A 4TUFA 1UD6A 1N82A 2F2FA 4U3AA 3IAGC 3BMVA 3SUSA 3J7HA 6A3HA 4GQQA 1BFBA 1DWAM 2WC3A 1UPSA 2F2HA 2Y24A 4M81A 4GOYA 3WF4A 4ZGRB 3T2OA 3VMOA 1VENA 3AOFA 2YLAA 4B9YA 3RTJB 4HZ7A 2VC9A 4AZ7A 4JL2A 1JLYA 4IZXA 1PIGA 3BAUA 1C93A 3KZSA 1VB9A 3WEOA 1W9PA 4W93A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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