1V6WA

Crystal structure of xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86 complexed with 2(2)-4-o-methyl-alpha-d-glucuronosyl-xylobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
436
structure length
436
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVNEAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGSSTPPPSGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of decorated xylooligosaccharides bound to a family 10 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 163
structure length 436
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2003-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1v6wA01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v6wA02
2WBKA 3WFLA 3I3EA 2HISA 4P8WA 1EYLA 1H49A 4P0JA 5GAQA 1QI4A 2FFVA 5I79A 1NP2A 4LQ1A 1HJSA 5A8NA 3GXDA 4DCKC 3AOFA 4PMOA 2VURA 1J9YA 1FMZA 2VRJA 4D1JA 4LO7C 1H5VA 2O9TA 1XRVA 1TZ7A 4AZ5A 2YOCA 5A6KA 2ESUA 3ARTA 1FGAA 1FFRA 3ZT7A 5EG6C 3DHPA 2WHKA 5A6JA 4Y7EA 1Z2VA 4CD5A 1KR0A 4ISRA 1TVNA 2Y8VA 5D8WA 1E70M 1BLIA 3AZWA 3PZMA 3WF2A 4QD2B 5GNZA 1GOQA 1QNOA 1HXJA 2QMJA 1FFQA 1CXLA 2TAAA 3BCDA 4IZXA 3WFZA 4AZCA 5IHSA 1DIWA 4BQ4A 5CPQA 2MIBA 1R8OA 3AHTA 5FKYA 1J10A 4FGFA 3FY1A 2DREA 3AIVA 4J28A 3SCSA 4FK9A 4D6GA 3M6DA 1E40A 2NVHA 1UD6A 4AD3A 1GVIA 5DSSB 3AYSA 1HCDA 5E9AA 3BAKA 5FL0A 4E4PA 4XFSA 1JI1A 3FJEA 2VXRA 3OGFA 4ZFUB 1JDDA 4UQEA 1JYVA 3ARYA 3DYOA 3N12A 1DWGM 2E40A 4CVUA 2Y4SA 2CESA 2J77A 3TA9A 4NF7A 3MMUA 2GZBA 1PIFA 1MW0A 3WD2A 4LO8B 4C7GA 3CQAA 1OCQA 1WZAA 3B8SA 1Q1UA 1E71M 4U3AA 1TG7A 4JKKA 4AN6A 4JHZA 1VJZA 4USPA 1MW2A 2VVNA 3W28A 2VU9A 1GQKA 2E4TA 2G3JA 3A07A 3PZIA 3CUHA 4I4UA 5BXSA 3EDEA 4P7LA 4OW4A 1KCLA 2ZIDA 1BF2A 1C90A 1HKNA 2XYLA 1MWOA 5JMCA 4D6IA 1EPWA 1BTCA 2EPMX 2DH2A 3CZEA 4D72A 4OWJA 3T0AA 2OSXA 4B3KA 3O49A 4V27A 2Y9GA 3FJJA 2XVPA 4D6JA 2VR4A 3SCQA 1EQCA 4W5ZA 3WNLA 5FL1A 1HJUA 2GFTA 1MW3A 2XVLA 4NRRA 4U5IA 4Z8SB 2RQ9A 4W7WA 4UOQA 4D6HA 1HKIA 3PBGA 1E15A 1B3XA 4QLKA 4TVUA 4HA1A 2DT3A 2W92A 2UY3A 1JT3A 1HWOB 1HWMB 5BP5A 2LIEA 3AJ7A 4OUEA 1VFUA 3TTOA 4F79A 1N82A 1Q6CA 4JPZA 4HPHA 3WMBA 1CXFA 5ABHA 5BXTA 4QDMA 3RDKA 2F8XC 2XSAA 3VVGA 3PZVA 4XZBA 3P6IA 3W0KA 1LLOA 3SCUA 4AZ7A 2ZX9A 3ARPA 2EXOA 1GJWA 7CGTA 1TA3B 1V0NA 3VGFA 4F66A 2VTFA 3VD4A 4AC1X 3VIFA 4DEPA 1JDAA 1PWAA 4IQPA 1E0OA 3QR3A 3P6JA 4LO0C 1CGTA 1BFCA 1YYNA 1K9FA 4RE4A 2Q3NB 3AMCA 1WAWA 5ABFB 3A23A 3CA0A 4IHZA 3NYDA 5ECUA 3FAWA 3WDHA 1DFCA 2JIWA 3D7WB 2GDVA 4LX4A 4Z2GA 1CNVA 3ALFA 4ZENA 2NT0A 2HWAA 2VQTA 3EMCA 4GZJA 4D6FA 4W86A 3B9UA 3WF3A 2DIJA 1E6QM 4WLCA 4V2XA 4UFLA 3CZKA 4HA4A 1BHGA 1HF6A 3BAQA 2OWCA 3WY1A 6CGTA 3HU7A 2HZ9A 4OIFA 2FH8A 1RMLA 1ZU8A 3BMVA 4Q22A 2X2TA 1M2TB 2DDXA 3NUKA 4YPJA 3VIPA 2ET2A 1ODZA 4ZXLA 5IFPA 1UWTA 4X0NA 1OIFA 3B9DA 4JFTA 2Y9WC 4PYSA 2Y9FA 4PMQA 2ZUNA 1AVAC 3AROA 2FDMA 3WH8A 1W9PA 2FGFA 3MSDA 3PMEA 2ESCA 1KFWA 2AFGA 3AKIA 1OIMA 5GPRA 4KH2A 3HALA 1GQJA 3OLGA 1JLXA 4AW7A 8A3HA 1RG8A 1V3JA 2YLAA 5DO8A 4OEEA 4CCEA 3VDBA 4KC3A 3MUIA 3Q7XA 3CH9A 4FMVA 2RG9B 1JT4A 1JAEA 1E5JA 2XM1A 3AKFA 1JT5A 4J3WA 2UY5A 3BCFA 1WDQA 2W5FA 4FLOA 1QVBA 2VNCA 1W9VA 3TONA 1FV3A 2XHYA 4BS0A 2WVTA 3WBAA 2WZIA 1CE7B 4QLLA 5CSYA 3AS2A 3EDKA 1BASA 2J62A 4QCEA 2W66A 2J3PA 3OZOA 5DF0A 1UWRA 1US2A 4B16A 5HNNA 1XSJA 4E8DA 3ZJ8A 1ISXA 5EFDA 4HOWA 4QLJA 1EDTA 4PSPA 4OUJA 2DSKA 3FJHA 2W63A 4TVDA 3VILA 2WZHA 1MD6A 1XZZA 3EYPA 2E3ZA 2J4GA 1QNRA 1V3LA 2VX4A 4C7DA 3WF4A 1SYTA 3CO4A 3W37A 1BFGA 3T8SA 3FJBA 4FVVA 2GO2A 3WKZA 4EKJA 2D2OA 4I4PA 5EC5A 1XCWA 2F2FA 4U33A 3TTSA 4ZEPA 5JBDA 3CUGA 4LYRA 8I1BA 2YBTA 2VX7A 3B9AA 4UNIA 5CZKA 3RM8A 1C8YA 2PWDA 3CZJA 1CECA 5AC4A 4EB2B 4F34A 4U3CA 1GJUA 1G01A 2CEQA 3ARZA 2A3CA 3WH9A 5BRPA 2DSWA 3BX1C 5D9PA 3WMSA 3WEOA 4CU8A 3CUFA 1HP4A 1S0EA 3OLDA 1QQLA 4ML4A 4EFQA 6A3HA 3PHZA 4M80A 3W29A 5DT7A 4D6CA 4EKXB 4PBGA 3WF0A 4PMZA 4II0A 1TWEA 4PUDA 3RSJA 1TA3A 2K4AB 1MQRA 3SNVA 2J7FA 3BAGA 4AN7B 1Z4SA 3IJ9A 4LO1A 4HZ7A 3BXWA 3ALGA 1T4QA 3O44A 4P0LA 1WDPA 1GGPB 2BEAA 3MS8A 4AIUA 4YN5A 5ABFA 1E4NA 4X3AA 1QW9A 3BMWA 1QBAA 1XSKA 1D3CA 1LJYA 2VZVA 1LG1A 3KZSA 3WD1A 2J7BA 1OSEA 3MV11 2UWFA 1W3JA 3PZNA 1W9UA 3VKKA 4CU7A 4UQ9A 4H04A 1JFXA 2QPSA 2YL6A 1ONKB 4I4QA 3HSMA 2B31A 3ZM8A 4D1IA 3GNRA 4I4RA 1E43A 1EGZA 4I4YA 4W85A 3PTKA 3AJ5A 2O9PA 3VGHA 4ZE5A 4QKRA 3L4VA 1KWGA 3NBDA 1GONA 4H7VA 1RPKA 3M46A 3WUBA 1UD2A 4KEJA 4LO7B 2DT1A 3AMGA 2IWTB 1M01A 4PTXA 3GXIA 3WF1A 4XFTA 3THCA 3EDFA 1NUNA 5GNXA 1JLYA 4IPLA 2X1IA 3UR8A 3RO8A 1LWHA 4J2SA 3WO4A 4W7UA 1WD3A 3AXIA 3WMUA 4HU0A 3BRDA 1EIBA 3A21A 4JAWA 1OGBA 2J75A 2ZUSA 2I1BA 3A3HA 5A2BA 3NSXA 2VZSA 1PX4A 2OSWA 3CZGA 1ODUA 3CHFA 4CN4A 1G9HA 3AI0A 1UWSA 3NBNA 2G41A 3BA4A 1UQYA 1QW8A 3IAQA 2ZWZA 1V6YA 3UG3A 3WD4A 3SURA 4IY8A 4ZXOA 1HJXA 1I1XA 3V0BB 1E0VA 5D9NA 2R9KB 4ENDA 1KWKA 1B0IA 1HVXA 1WNOA 2D3LA 4GAIA 3I3DA 3OA5A 1W9XA 3FHQA 1LL7A 2DSVA 2FGZA 1ZJBA 1XD1A 3W26A 2DGAA 3UD9A 3VT2A 4HA3A 1CTNA 1XH1A 2WMGA 1KGWA 1UWIA 2O92A 4ATDA 1OD0A 2V3EA 4QBCA 1J0SA 3SCOA 3CPUA 4J3VA 1WZMA 3LPGA 4G6JA 3VMPA 1UKPA 3FJCA 2VT0A 3RCNA 1SMDA 5M5DA 1QI5A 5LA2A 5LA0A 1UUQA 3OBTA 3AMDA 3VMNA 1UQZA 4CCCA 1NARA 2RGLA 3AIUA 2CCRA 1CGUA 9ILBA 3W6MA 3GXMA 3GTNA 4P7RA 3ZR6A 1FHDA 1Q4NX 4NZCA 4A7YA 1LWJA 5D62A 3TOPA 4GP0A 3CTTA 1DEDA 2WRYA 1OB0A 5FZUA 1J0HA 3ZX7A 2XJ7A 2YL9A 3AS0A 3ZIZA 2CKSA 1W3GA 3VIHA 3S6TA 1JXKA 3S8JA 2A3BA 3A22A 1D7FA 5E24E 5DMYA 1QOXA 3EMZA 41BIA 4E2OA 2PWFA 3UJ4A 1LL4A 3SCPA 3H6SE 1WKYA 2W91A 1EVTA 4QC4A 1CXEA 4H8HA 5D4YA 4L4HA 4MB4A 5F8SA 5I77A 1BLAA 1Y7VA 3U57A 3AIEA 3SUUA 1MYRA 1PIGA 2W67A 1BFFA 1E4IA 1NWTA 4WKAA 3HJEA 3W82A 1V08A 2BFHA 5I0DA 3EF2A 5E6YA 4PMVA 1ISYA 4ZKTB 4BQ3A 1ZS2A 4QFUA 3WEZA 5GNYA 3ZT5A 1UG6A 3WH7A 4IZEA 3RM9A 4YHEA 1B9ZA 1DWHM 1PZ3A 4MB1A 2PWEA 2W4XA 4JL2A 5KEZA 1V0KA 2NZ9A 4G9MA 3FW6A 4MDPA 5HPZA 1L0PA 21BIA 4TTGA 1P63A 3IM6A 5DVHA 3IAGC 4AEEA 4CVWA 2D22A 4X38A 4XKIA 2CNCA 3O4AA 4GINA 4WKFA 2JEPA 3AIRA 3CMJA 3MPPG 3VGDA 3C9ZA 1JY0A 3WINC 1J0YA 1UH2A 3FXYA 4W7VA 2VO5A 4HTYA 1SR4C 1KGXA 1B90A 3MALA 3SIMA 4MADA 2WMIB 3CLWA 1KNMA 4P6AA 3L4ZA 4UFMA 3RM4A 2EEXA 1DQGA 3BAJA 4OEGA 1C91A 1F4AA 1H41A 2WHMA 1AVXB 3WO2A 4PMDA 2K43A 3ZSTA 2W62A 2O9OA 4HR6C 2QHAA 3LPPA 5IFTA 1K6AA 3V0BA 1G82A 5E09A 1G9DA 2NT1A 5D61A 2J7EA 5A8QA 3DYMA 4X9YA 2CYGA 5A2CA 4AYSA 1IOBA 2YBUA 3WUGA 2WC4A 5BRQA 5FNXA 3VGBA 4G9NA 4AD2A 3ZQ9A 3N11A 3IAPA 2YA1A 3VMOA 3GH7A 3CA5A 3OBAA 5CPSA 4XX6A 5F90A 4USOA 2PBOA 4J2YA 1HJQA 2FHFA 4B9YA 1UA7A 4W89A 4PTWA 1YHTA 2F2HA 1CGYA 5CGMA 5C8BB 1YTOA 3ZC9A 2XGBA 1BFNA 2Y24A 4D6DA 1QNSA 1WZKA 4JP0A 4FLQA 4IUGA 2Y2WA 4XUYA 2EPNA 1FWUA 3VUOA 2BHZA 4PCTA 1O7AA 1E5NA 4YHGA 1DQOA 2J79A 1PUUB 1SR0A 4DM2A 1WBAA 3BRFA 2GVYA 1JNDA 3WNKA 5FIPA 3QR5A 3NBEA 1NOWA 1ZB5A 1VFMA 1V6VA 4KRUA 3LPFA 1H4PA 2A3HA 3BAUA 4PUEA 3WNNA 3SUTA 5F7UA 4ATLA 4Z2IA 2WCGA 2WWCA 3ZC8A 1BSIA 4BQ2A 1G9AA 4JKQA 3GM8A 3N0KA 1E6XM 5E6ZA 3VIKA 1NOUA 1V6XA 5CG0A 3ARVA 2UY4A 1TOOA 2YIHA 4JCMA 2FFUA 2GK1B 4LO3C 1JZ3A 1TE1A 1XGZA 4LYQA 3L4WA 1GZJA 1U2YA 3FHAA 1XG6A 3BADA 1TP0A 2WANA 2D43A 3ZSSA 3AS1A 3ZXDA 3BTAA 1QHZA 4J2XA 1UR8A 5HDRA 3VWCA 3AHVA 5D63A 5HOSA 3PTMA 4RE3A 1EHNA 3VGGA 2YDQA 3BH4A 1CDGA 1OGGA 2NP0A 2G3NA 2WSKA 6TAAA 4FLRA 2BY2A 5CXPA 2QV4A 1KXVA 3T2QA 3W24A 4EE9A 1ZBWA 3UJ0A 1I1WA 4J3UA 3PZ9A 5E0CA 5A6SA 3ZR5A 1TFMB 4I4SA 4CD4A 5HPOA 4LO0A 1AQHA 2OWWA 1E3XA 2ZX5A 4V28A 3CZLA 2WLZA 4CGTA 3W53A 5JIWA 4ZLBB 4EFRA 1GQLA 5GQBA 1D2KA 2EPKX 4AIOA 3AYRA 1W3HA 4I96A 3I2XA 2ZQOA 1LL6A 1DZDA 5F8YA 5IHRA 1W1VA 2BV9A 1O6IA 2X0HA 2Q9XA 4HZ6A 1XYFA 4H41A 3WH5A 3VNYA 4GPNA 5BWFA 3MUY1 4W87A 4J27A 3VNZA 4AZ6A 4AMCA 2WMIA 4D6EA 2OYKA 1CPUA 2Y5EA 4HP5A 4QCFA 1AVAA 3HN1A 4URIA 1UZ1A 4JCLA 3CHCA 1R7OA 2X2SA 4MJ4A 2PI6A 5CPTA 2WVSA 1W32A 4KEKA 3BC9A 3CGTA 3MU7A 5A69A 3BAOA 1BG9A 1E6ZA 2CBJA 4UQBA 3AJ6A 4BA0A 4TX6A 1BYCA 2DH3A 2OSYA 4I4XA 2RGMA 3CMGA 2WCAA 2DQXA 2J7GA 2WM0A 4AD5A 3SUVA 2V3DA 1A47A 3K8MA 2FGLA 2XUCA 2EPLX 5A95A 2BEBA 3W25A 4E8CA 4L4PA 4AY1A 2CBVA 3RJYA 5CLWA 1TWMA 4GO8A 1TCMA 1NWUA 5EMYA 1W3AA 4LO2C 3PZQA 1EXPA 3BSHA 1JZ8A 3KE0A 1FH8A 4CD7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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