1V6XA

Crystal structure of xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86 complexed with 3(3)-4-o-methyl-alpha-d-glucuronosyl-xylotriose
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
436
structure length
436
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVNEAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGSSTPPPSGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of decorated xylooligosaccharides bound to a family 10 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 170
structure length 436
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2003-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1v6xA01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v6xA02
5IFTA 1ODZA 2WWCA 4J2SA 5M3WA 1AMYA 1EQCA 1NWSA 2IXVA 2J8GA 1SMAA 2E9MA 4U2ZA 5A6MA 5A6KA 1I1WA 3ZJ7A 1SZ6B 4GINA 4RE4A 1AVWB 4FLSA 1GGPB 2FDMA 2ERMA 1G9BA 1BFGA 5AY7A 3WH5A 3WBEA 2IUZA 4WJXA 4TLPA 1CYGA 3NJ3A 3TC2A 1V0NA 5BVPI 1UD8A 3U57A 3D3AA 3WQ8A 2GJRA 2ZE0A 1H5VA 2XVNA 3ALGA 3BLKA 4AD1A 1XRVA 3WL0A 1VENA 1PIFA 4KC3A 2ZXQA 2VOTA 4WF7A 4LO3C 1WZKA 3VIPA 1BLDA 2VX4A 1HJXA 1MQQA 4QO3A 2D0GA 2YBTA 2L5XA 5CPQA 4EANA 3VNYA 3T0BA 3RPMA 1FP9A 4XX6A 1OINA 3ARQA 3NIYA 4ML4A 1C8XA 7TAAA 1HF6A 3WIJA 3VMNA 3CZKA 5KZ6A 1KGWA 1BLIA 3O3QA 4EAMA 3T09A 3WUFA 3D7WB 1AQ0A 1MVYA 2GZBA 4M1RA 4HMEA 2VMFA 1G82A 4LQ1A 3WFZA 4P6AA 1BHGA 4G6MA 3WF4A 4GKLA 1FFRA 1B3YA 1W9PA 4G1RA 2WKLA 3U5UA 1RPKA 2FDBM 4JCMA 4JZ5A 3QR5A 3CA0A 3RTIB 3VUPA 2AAAA 3AH4A 2PWFA 1V3MA 3AKIA 2VQUA 4B3KA 1UWIA 3E8LC 1GW1A 3WD3A 5CG0A 2W92A 2D1ZA 3OJVA 1E4NA 2E3ZA 4Z8SB 4LO2C 5AYIA 2WM0A 1FWVA 4IISA 4P8UA 5HNNA 4WIWA 2EO7A 1BG4A 4QCEA 1UKPA 3ARWA 1BA7A 2MLLB 2TAAA 1TP0A 4Y7EA 3KL0A 3SCPA 3U7BA 4ATWA 3FJFA 1KR0A 1E6PA 1XYZA 2OYKA 4A4AA 3L4YA 1TTUA 3AMKA 2QHAA 4AD0A 3L4TA 3SCTA 4DM2A 1V6VA 3MSDA 1E43A 4WKAA 2X05A 1X6LA 4S3KA 3CHCA 2RQ9A 4CVUA 1WBAA 1E0XA 3O4AA 3BTAA 3EF2A 2D7RA 4QKSA 4KBBA 3AIWA 3BXWA 1UD5A 1AFCA 4HJJA 4JKXB 4X37A 2AOSA 4HZ7A 3WH7A 2VR5A 1HJVA 2BEAA 5FZZA 1FMMS 2EQDA 3T8SA 5ABHA 3WQ4A 3FJIA 2ZQOA 1TVPA 2ZUSA 3AIUA 4IY8A 1Q6CA 4H9WA 1Q6EA 1HJQA 2WANA 3VDAA 3PBGA 2WXDM 2WMIA 3CQAA 1CGVA 2J75A 3PTMA 3AIRA 1QW9A 3KZSA 3D5HA 1QI3A 3OIHA 5A8MA 3ZJ6A 2EXOA 1JYNA 3QOKA 3BRFA 3FXYA 4NF7A 1UR1A 3MPPG 2F8XC 1W91A 2DRYA 4GZIA 4W86A 4ZFMA 4AZGA 4AZ7A 5BXTA 5HPZA 2VTFA 4Z2KA 3L2LA 2BHZA 1H1NA 2XSAA 3VSZA 4I96A 1EXPA 4Q9GA 3R4UA 5BXPA 1ODUA 3CUFA 2DEPA 4D1IA 1V6XA 3FJAA 3RDKA 1UKQA 3PZNA 2UY3A 1T4QA 3WD4A 2EPKX 1ISZA 4LPCA 3FW6A 4LO8B 1WO2A 3AMCA 1V3IA 1BARA 2ZX7A 3GNPA 2IHOA 1V0KA 4E2OA 2FHCA 2IXUA 3GNOA 3WQWA 3NSXA 3VIGA 3WMBA 4ZXOA 4ISRA 3N15A 4AZCA 5M5DA 2RGLA 6I1BA 2A3HA 3Q7YA 1E70M 4ATLA 2OWWA 2WLZA 2Z1SA 1CDGA 4MNMA 2DH2A 1E40A 3EMQA 3AIBA 3T2QA 4CU8A 9CGTA 3BA4A 3OGFA 3VVGA 3CHDA 3N1AA 1PZ3A 3ZSSA 4UQCA 2CHOA 3AHYA 1IRPA 2BFHA 3FN9A 3UETA 1MWOA 3AKHA 1V3HA 1JGIA 1ZBCA 4UOZA 4EKXB 4WBCA 3M7SA 4QDMA 1B3WA 5F8WA 1WZMA 4TOQA 1D2KA 2JEQA 1HN1A 3F1RA 1B0IA 3TA9A 3CA4A 3BLPX 1TFVA 3CIVA 1EPWA 1NWUA 1R86A 3ARSA 3VDBA 3SCVA 4AD3A 3V0AA 1FHLA 2A3BA 1IJTA 3OBAA 1OGBA 4D0TA 1DFCA 1HKIA 2ZUNA 2O92A 4PUDA 3EDKA 1C91A 2CBJA 4DUXA 4IZXA 1HT6A 1QNRA 3SCQA 3VT0A 3BAVA 2X8RA 1HKNA 4PCSA 3CO4A 3WH8A 3WINC 1MW3A 4JL2A 1E6XM 1WDPA 2J7HA 3AQUA 2VVNA 1WCGA 1PZ2A 3I3BA 4FF5A 3HN3A 2VXTI 2WVUA 3ARZA 1Q6DA 3HALA 1QI5A 3IAQA 1ZJBA 5BYWA 2XFFA 3ZMRA 2VZUA 1QXMA 3A21A 2NSXA 4EEEB 5D9NA 2O9OA 2QN4A 1CVSA 4JFTA 3RILA 1DIWA 3WMVA 4MB3A 3PZOA 1B2YA 4UFKA 3N7LA 3LPGA 2ZUWA 5FCZA 1DQGA 2XG9A 4GI6A 3OZOA 5JIPA 1Q1UA 1ISVA 3PZQA 1W3JA 3WBAA 3VD9A 1Z4SA 2G4FA 2VUYA 2D43A 1H11A 2QYIB 4X3AA 4B3LA 3BAOA 5DF0A 4MB4A 1JIBA 2G3NA 5I24A 3GH4A 4P8XA 3RM4A 1UD3A 4WKHA 1A47A 4PMVA 2GDUA 4W8LA 3P6JA 4PUEA 2Y9XE 1FHDA 3L4VA 5CQ1A 3A22A 1UHVA 2YLLA 2PWHA 1UWUA 1NH6A 1MD6A 1EIBA 4J2KA 1FH8A 4HA3A 3MANA 1G9HA 2ZX9A 4AN6A 3GH5A 4GO8A 1OB0A 4UQ9A 4PCTA 3BRDA 2FGFA 4AYSA 3WDHA 1J12A 2WMGA 4AZIA 4X38A 3W53A 5E24E 4P0JA 1HJWA 1Q03A 3AROA 3WFLA 1JY0A 4UFMA 1PC8B 2PBOA 1UR8A 2J7CA 3ZX7A 2JE8A 3DECA 2K43A 1JF5A 3POHA 4XUYA 4RE2A 3AYSA 4OEEA 1BLAA 2OSXA 4RE3A 2IWTB 2O9RA 2J7FA 1QI2A 3U5YA 2Y8KA 1MQRA 2WCSA 3T08A 1GQIA 4TVCA 2EPLX 3K8MA 1Q6GA 1P63A 4YHEA 1LQ0A 1S0DA 4WKFA 3BAGA 3AIQA 3SURA 3THCA 3GXDA 3W27A 3AMLA 3V0BA 3AXHA 3KWXA 3LLPA 1XH1A 4J27A 4E8DA 2WHMA 3IAGC 3APGA 1C8QA 2KH2A 1UWSA 2D44A 2YIHA 5TD4A 5F8YA 3WD0A 1LG1A 3VGGA 3BA5A 3HSMA 4GOYA 4TTGA 4DWSD 3WNOA 2YBUA 1GHSA 4LO7C 3NUKA 1PAMA 1UWTA 1ONKB 3CRIA 3WY1A 4W5ZA 1BAGA 4OOUA 1WE5A 3N17A 4OWKA 3B9AA 1KXQA 3BAJA 1RMLA 3QYDA 2BY0A 4FGFA 1JD9A 5CPSA 1V3KA 1JLYA 3L2MA 1EVTA 2XIBA 1UD4A 2VC9A 5A1AA 2X0YA 5CSYA 2W66A 1L0PA 3VINA 2YA2A 3AS1A 1DFQA 2ZX5A 3DHPA 5M17A 2CYGA 1G9AA 2GVYA 1RY7A 4OUEA 3IIRA 4KRUA 4CD8A 3W28A 4I4OA 1WZAA 3HOMA 3WMCA 1AVUA 5GNXA 4ZKTB 2NT0A 1MC9A 1MQPA 4AD5A 2WVVB 1K9FA 3NBCA 3HBWA 1PEZA 4CVWA 3CZGA 1SR4C 4D0ZA 4AC1X 2E4MC 1ZJAA 1SMDA 4B16A 4KMQA 1E4IA 1XGZA 3VDHA 4DWSB 5FZYA 1OGSA 1V08A 4CUCA 2P39A 3MS8A 3MU7A 1AVAC 4OJYA 4AIUA 3RSJA 4NSBA 4USPA 3WEMA 4V2XA 1TA3B 2E0PA 4MNLA 4LGXA 1Q6FA 4OKDA 4YOLA 5FD0A 4J3WA 1T9FA 1CLVA 3BGAA 5GPRA 3W0KA 4FLRA 4HZ8A 4AN7B 3OJMA 4IUGA 4II0A 3BB2A 5FOOA 3VX0A 1GVYA 3WL1A 3N0KA 1DEDA 1Z2VA 1UZ4A 1LL4A 1YYNA 3FY1A 3VX1A 1HIZA 4ACZB 3QHMA 4D6EA 1M2TB 4D1JA 5A6LA 1HXJA 2DSUA 4EFRA 3HMYA 1H0GA 3PUBA 3GXFA 1ILR1 3BAIA 1RZOB 2EBNA 2G3MA 3UR8A 1G5AA 3VIFA 1MFVA 1Z0HA 2VXRA 1HJUA 5I79A 2V5DA 4I37A 3ARVA 1FH9A 2CETA 3O49A 1DZCA 2NW0A 5IHRA 1CENA 3FJBA 3ZIZA 1JYVA 1PUMB 5BOWA 2DSVA 3CMGA 1CXKA 3LMYA 1P6WA 5D62A 4HU8A 2WCAA 3S2CA 3EDEA 4DENA 1BFNA 3VIHA 2WZEA 3NDZA 2NVHA 4M81A 3CTTA 3IM7A 1JI2A 2DSWA 2GUYA 3GZAA 3ILAA 4W84A 1E3XA 1UR4A 2FHBA 4I4YA 2V5CA 1TZ7A 1ZBVA 3ALFA 2ESUA 1OBAA 1D0HA 5DT5A 1J11A 2YA1A 5FNWA 4XFSA 3RIKA 3N9KA 2X09A 3FNDA 3A3HA 2FHFA 3ARYA 3W81A 4QALA 1MW1A 1EOKA 2BV9A 3CUJA 3TTQA 2Y2WA 1IT0A 1CXIA 3FUQA 3DYMA 1E9LA 1TFMB 1CNVA 2E9LA 4AIEA 4OZOA 4GIAA 1EA9C 3I2AA 1XCWA 1XD0A 2WHKA 3BAQA 4H8UA 1RH9A 2W63A 1QOXA 1JDDA 2HZ9A 4FLOA 1G01A 1E5NA 5HXMA 2AQZA 1F4AA 1E3ZA 2VJXA 3MKKA 3RJXA 2R9KB 2AMGA 2VX6A 4I4XA 3AS3A 4ZGRB 1DWIM 4A7ZA 4NRRA 4XFUA 4CD6A 2DIJA 1J01A 3BAUA 3THDA 4C7FA 3VNZA 3L4UA 4QBCA 1HWNB 1OIMA 3AIVA 3AYRA 4ZEPA 2QPSA 5JBFA 4ZFWB 1I1BA 2JIWA 3II1A 3BX1C 2X2TA 3CHFA 3CUHA 1E56A 1QNPA 1TMQA 1UQZA 3FJKA 1UWQA 1K9TA 1TE1A 2VZSA 3W82A 2DPEA 1UA3A 3CRHA 1XSIA 5E0CA 4W7VA 4LXFA 1UD6A 1XH0A 2NT1A 5CXPA 2XYLA 3GH7A 5CZKA 3SCWA 4JRAA 1J0JA 3WUBA 4Q7NA 2Y24A 1VBRA 4H04A 1GHRA 1DZDA 3AZWA 4EFPA 1KGUA 1CE7B 2VX7A 4OBSA 2DT2A 1KCKA 1WPCA 1KNMA 3PTKA 4L4OA 4UFLA 2YOCA 3WN6A 3WDIA 4P7RA 1CEOA 21BIA 4P8WA 4LYPA 2DSZA 1Y7VA 1VEOA 2WC7A 3WDJA 5FNXA 1V3JA 5A8QA 3AFBA 5BRPA 2MC2A 5FIPA 1FN0A 1X1NA 5CJ5A 1TWMA 3F5LA 3OGSA 3CH9A 2E8ZA 3MALA 3TTOA 3AHZA 1UG6A 1HVQA 3S6TA 1DQOA 3SIMA 3WQ6A 1V0MA 1EYLA 2DDXA 4CD5A 4NRSA 4BF7A 1BFCA 2VQTA 3EBVA 1E4LA 2YDQA 4H8VA 4H41A 1EO5A 1BYAA 1BVNP 1FP8A 5E09A 3O9NA 4I4SA 2W91A 1GOKA 3HU7A 4PMYA 3ZXGA 1ITBA 3SUSA 1VCLA 2J79A 1V6YA 2RGMA 4QLLA 1IZJA 4KRTA 1WNOA 2VNCA 3GYCA 4ZBVB 1W3LA 4JKLA 2CBVA 2EJ1A 4D6DA 3ZC8A 2GJPA 2X2SA 1JAEA 4QD2C 1WB0A 3I3DA 4J3VA 1NOWA 1VB9A 2OSWA 2OLHA 3Q7XA 1E6QM 4PTXA 2JFEX 1K6AA 3B9EA 3AZTA 4GP0A 3AZSA 2DS0A 1UKOA 4XV0A 1EGZA 3MO4A 7CGTA 1PX8A 5DT7A 3F5JA 3AHTA 1GOMA 5E70A 3CA3A 4KEIA 2BFGA 2CXGA 4MDOA 4UQAA 2BXYA 4GZJA 2D20A 2DRZA 3MUAA 8A3HA 3OLDA 2OYLA 3K4AA 2HWAA 1CGWA 2VZTA 2G3JA 5AYBA 1DWFM 2XFYA 5A6AA 3KMVA 5GQBA 1DWAM 3CZLA 2HWMA 1JLXA 1NWTA 5JMCA 2OWXA 4XB3A 4BQ4A 3UESA 3A23A 4J2XA 1ZU8A 4U33A 1Q4NX 5EHAA 3VO0A 5HPCA 4KEKA 4A7KA 2JIEA 1QHZA 2D3LA 1I1XA 4QD2B 3FUOA 3VIIA 4H8HA 2BHUA 1KR1A 2AFGA 3WDPP 4IYBA 2FFUA 4DEPA 3VUOA 1NP2A 2CESA 2E9BA 1W3HA 2WZHA 2XPKA 2Z1KA 3VM5A 6CGTA 3PZVA 1K9EA 3VDCA 2PBGA 5DSSB 3POCA 4GZEA 1C93A 3OA5A 1LWHA 2WMHA 1BFFA 3M07A 2NM1A 1LL6A 1BGGA 3PZTA 5C70A 4I1BA 4I4VA 1R87A 4X0VA 3WNNA 1V02A 1PIGA 4W87A 4HOZA 5E6YA 3FAWA 2YL6A 1JNEA 2VR4A 3HMCA 1UA7A 4I4RA 2P23A 5BP5A 1VJZA 3LPFA 4A3HA 1RG8A 1XD1A 2WK2A 5B2HA 5CPTA 2YJQA 1TCMA 1B30A 2WPGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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