1V6UA

Crystal structure of xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86 complexed with 2(2)-alpha-l-arabinofuranosyl-xylobiose
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
436
structure length
436
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVNEAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGSSTPPPSGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of decorated xylooligosaccharides bound to a family 10 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords endo-1,4-beta-D-xylanase
total genus 168
structure length 436
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2003-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1v6uA01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v6uA02
2YL6A 4W86A 5D61A 3ARRA 3K8LA 2VUAA 1Q6DA 2CBVA 3GH7A 3ZO9A 1NWRA 2WANA 4M29A 4QDMA 4H9WA 1CLXA 4I8MA 3VM7A 4CU8A 1E6ZA 4QP0A 3AS2A 4W5ZA 2WAGA 4KC3A 1HWNB 4J2KA 3CA5A 5BCAA 1NZKA 4UFKA 4ZE5A 4ISQA 4KGJA 4AW7A 2CXGA 3UJ0A 2DS0A 4X37A 1KCLA 4JQ0A 3FJCA 1BTCA 1W9XA 4QD2C 3FJEA 4OKDA 2X0YA 2EJ1A 4QC4A 1AVAA 1UKSA 1PIGA 1OSEA 3RO8A 5B2HA 3FJDA 4MNJA 1XHGA 2VZTA 3SCWA 3ARWA 1A3HA 2XM2A 4F66A 4HZ6A 3VEQA 1WZLA 3SUVA 4DUVA 5DEZA 2PWDA 4LO2A 1II4A 4GAIA 1GOMA 4D1JA 2YA2A 5FOOA 3OBAA 5CLTA 4PYSA 4HMCA 3VIGA 4ISRA 2DPEA 1C93A 3WF4A 5EFFA 1L0PA 4I37A 1QQLA 1RG8A 4HOWA 1MQPA 1LG1A 4PUDA 3POHA 1BLIA 1VAHA 2DRYA 2AQZA 1G1YA 3TP4A 4AXNA 2W91A 4GI6A 1QQKA 4TVDA 1OM0A 1BLDA 5BXRA 1HL8A 4JHZA 1K9EA 4LPCA 1DFQA 4S3JA 1GGPB 5A6MA 4UFIA 1HKIA 3G6MA 2E8YA 1UD4A 4ZGRB 1E5NA 5FNWA 1T9FA 3I3DA 2FH6A 3SCRA 4FF5A 3CMGA 1J01A 2QN4A 4W7WA 5E0FA 2X09A 3W37A 1FGAA 2Z49A 4JKLA 2V5DA 2NM1A 1BGAA 1V0NA 1TIEA 4N0RA 3HMCA 1XSIA 3CPUA 3MSDA 3V0AB 5ABFB 3WENA 3ARTA 3BAGA 2W62A 1GQLA 3AIQA 4ZFMA 4IQPA 3CA6A 2W63A 5I79A 2VMFA 1V6UA 4PUEA 1GOOA 4OEEA 1DQGA 3CA1A 3F62B 1AQMA 5C70A 2E9LA 4UQCA 3AYRA 2EEXA 1S0CA 7I1BA 1W1TA 3LPFA 4ACZA 3L4WA 1JZ4A 1BSIA 4EAMA 1KCKA 5I78A 4UQ9A 3O9NA 4B9ZA 3VMPA 4GQQA 3LMYA 3WMUA 2O9RA 2DT2A 41BIA 4UOQA 1QW8A 3A4AA 4RL3A 2MLLB 2OWCA 4B15A 3EMZA 2WLZA 2IHOA 3WKZA 2LIQA 3SCVA 1E4MM 5IFTA 4IYBA 4K68A 2P23A 4OUEA 2QV4A 2YBTA 1E72M 3Q7YA 4JKKA 3AROA 4BA0A 1W3AA 1UZ1A 1BFGA 2XPKA 5FKYA 1VEOA 1HJQA 4U5IA 1ODZA 3WNPA 1H09A 3VSFA 1HJSA 4J3TA 1FN0A 5C71A 3OBRA 1ECEA 1UUQA 4RE4A 1CDGA 2PWEA 1IZKA 1S0GA 5M03A 3AISA 2YLAA 3MV01 3HJEA 2J79A 9CGTA 3CRIA 2DQXA 2UY2A 3AMLA 4X38A 1BFNA 2ZX7A 2RG9B 1LJYA 3VGDA 1F4AA 1S0DA 1W3KA 3WNOA 5GNYA 3AIUA 3O3QA 1NQ6A 3VGFA 1W2VA 1Z2VA 2OYLA 1QI0A 1E0XA 1KXQA 5M17A 3NIYA 3ZMRA 2XIIA 1LL4A 2ZX9A 1WE5A 4WSKA 4OWKA 3PZOA 1R7OA 5DF0A 2WBGA 5E9AA 5D62A 5EBAA 3AZWA 4D0TA 4L4IA 5KZ6A 2CITA 2C8NA 1GOQA 4P8UA 2M49A 4NF7A 2AMGA 4I4XA 3QGVA 2EPOA 1QHZA 1UKOA 2ZICA 3PZUA 3MUAA 1UWTA 4ZLBB 1CIUA 4DEPA 3SNVA 2GK1A 5I77A 2VO5A 3Q7XA 3AIEA 2CBIA 4LO3A 3CMJA 3L4YA 2IWTB 3WDHA 3TA9A 4IZEA 2AFGA 4CCEA 1Q03A 4Q9GA 1CLVA 2EPLX 1HL9A 4F9DA 3N7KA 4ZEPA 3W82A 2Y9FA 1OD0A 2F2HA 4M81A 3AXIA 1WCGA 2E40A 1BFFA 4IY9A 1WO2A 3MUY1 3ZOAA 4LO0A 4ZA3B 3OGSA 2Y8VA 5HPZA 1UKQA 2J7CA 1QXMA 1MW1A 1FWUA 3EMQA 5I2UA 2WMHA 3VDAA 4AY1A 2WVVB 1GPFA 4BQ5A 3GBEA 3RPMA 4D6CA 3ZIZA 3ZR5A 4Z2IA 4AIOA 3PZNA 4XB3A 4NRSA 4PMNA 2EPKX 1OQLB 3VIOA 1GOKA 1RP9A 4FK9A 1MVYA 3FUQA 3AHVA 4AIUA 3VM5A 5DUYA 1CXLA 1EH9A 4JKQA 1RPKA 2J7GA 1PX8A 2BHUA 4FLRA 2RGLA 2XVGA 2KI4A 4J23B 5A6LA 5A6BA 1KR1A 3D5HA 1QOXA 5CJ5A 1TWMA 1B90A 2QMJA 4M24A 1CENA 2GVYA 2EXOA 5CGTA 1ZBCA 2WMFA 1Q6FA 4YN5A 3BC9A 1DHKA 1UH3A 1ITXA 2G4FA 4X9YA 4JL1A 3VT0A 4RE3A 4PSRA 3NJ3A 3RILA 3W25A 4JP0A 3HALA 1RMLA 2WKLA 1HWMB 3BXWA 1PIFA 2DSWA 1JZ7A 2PI6A 2EQDA 5AYIA 2NSXA 3WO2A 1KGWA 2UWFA 5BXSA 2WVSA 4YHGA 5LA1A 3WUGA 1NARA 5A69A 1WP6A 5HPCA 4GOYA 3O4OA 4Z9WB 1R8OA 2DT0A 1R7AA 3VD3A 1V3KA 2VURA 2WMGA 2CNCA 5A2BA 3PN8A 3BRFA 5E6YA 4NRRA 4PMXA 3F5LA 2BVYA 2YUGA 1YXWA 3BLPX 2XUCA 3ARYA 5JBEA 2XWDA 3I2AA 3OZOA 2PWHA 3M6DA 1UR4A 1W1PA 2BVDA 4ZFUB 3CUIA 1TA3B 2FH8A 1W3JA 4M80A 2QPUA 4LQ1A 4D6FA 3BAHA 2YDQA 3WH8A 5BYWA 3L4XA 2WHKA 1EOMA 4PMZA 1HKJA 4KRTA 3R4UA 4LX4A 1ISZA 4AN6A 5HBFA 4CN1A 2E9BA 4H04A 4BF7A 4HPHA 4R6UB 1PAMA 2Y9GA 1TZ7A 3PHAA 3U7VA 3U57A 1B3XA 4WLCA 4LO7C 3PTQA 4AD5A 2FO1A 5E0CA 4BS0A 3T0AA 3S8JA 1LWHA 2D1ZA 1VFUA 2ZE0A 3SUUA 4J3VA 1HP5A 4CU6A 5LA2A 2BVTA 2A3HA 1NUNA 3FJ8A 3WQVA 4P0KA 2A3AA 4JL2A 1M01A 1ILR1 4QD2B 4I1EA 1J0HA 3S2CA 1GNXA 3SCQA 3WMSA 1OT1A 3WDIA 6I1BA 2BS9A 2OSXA 4AD2A 2V3DA 3VIMA 1DFCA 4G9NA 3IJ8A 3CHCA 2VLCA 3CUFA 3KL5A 2Y2WA 1TTUA 1KXTA 3RM9A 1RZOB 1ZBKA 1WD3A 2XFRA 3ZSSA 1GUVA 2D44A 5JMCA 1RP8A 1MW0A 2K43A 3F4VA 4OBRA 1CE7B 2BHYA 1H2JA 3GXMA 4A3YA 3OLIA 4P7NA 1N82A 2WBCA 3IAQA 3ZC9A 1E70M 1R86A 3SIMA 1UD3A 1TOOA 4TXEA 1CGWA 3OJMA 2Q8XA 3AI0A 4PMVA 1B0IA 1JAEA 5BWFA 1WKYA 1GONA 1PUMB 5BP5C 2IUZA 2J47A 3FJBA 2WMIB 5FIPA 3I2XA 3AS1A 2FHCA 2XHYA 3W29A 3V0BB 1KQYA 3VIKA 3AFBA 3OG2A 4W7UA 4UQEA 1V6WA 1GHRA 2WNWA 2ZWZA 1VFOA 2VOTA 4EKJA 2WVTA 3SEPA 2EBNA 2C7FA 3ZXDA 2E8ZA 4BQ4A 4UQBA 3MANA 2VQUA 2DSZA 4P0LA 1JL8A 2VZVA 1B3WA 5EG6C 2BY2A 1SR4C 1VBRA 1BYAA 1WDPA 3NCOA 1J11A 4J2SA 2FGFA 3AIWA 2WHJA 1BYBA 1UHVA 2WYSA 1QNPA 4G6MA 2YA0A 1KGUA 5A8QA 1CGUA 1TFMB 1EDTA 3GZAA 1Z0HA 3RTIB 3AIBA 3VD9A 3AKHA 4DWSD 1E0OA 3SCPA 2Y5EA 3WUBA 2J77A 1NP2A 1PJ9A 3CA0A 2JEQA 1NWTA 2D22A 4IUGA 2BEAA 5BXPA 1E6QM 3L4ZA 1JZ2A 1XSJA 4AMCA 5IHRA 1K9FA 3UDAA 1CYGA 4WSJA 3N18A 4UFHA 3N17A 2GJRA 5G00A 1JIBA 2GFTA 3KWXA 1A8DA 1JT3A 3UD9A 4ATDA 3NSMA 3VILA 2W67A 4R5EA 5F8WA 4LYPA 3AHYA 3VNYA 3WL1A 1TP0A 4D6IA 5ECUA 2E4MC 2DDXA 4AC1X 2BY1A 4CD4A 3RIKA 4MDOA 4A7ZA 2X05A 1BFCA 1UQYA 3D3AA 1LG2A 2WMJA 1KQZA 1JAKA 1TVPA 3OGVA 2AOSA 2J78A 3IIRA 4DWSB 2OSWA 3AKIA 4WF7A 2ZUNA 2MIBA 1JYNA 2XM1A 2QMKA 1FFQA 1D2KA 2J7BA 3F5KA 5JUVA 5BXTA 2VCBA 2WZIA 4GAFA 4TOQA 2ZIDA 2D0GA 1O7AA 1IZJA 4JCLA 1JZ6A 3GH5A 3FJ9A 1E56A 3EDJA 3HSMA 3PZVA 5CZKA 4J3SA 3W26A 5IHSA 2NT0A 1KNMA 1WZAA 1J0ZA 4FLQA 3VGHA 2VR5A 2KLLA 3ARQA 1I75A 4UFJA 4UOJA 1XV8A 3GXDA 3PZMA 5D4YA 3TTOA 4C7DA 3TTQA 1EOKA 5A1AA 2Q9XA 1E3ZA 1W1VA 3UR8A 2FGZA 2WRYA 1BVNP 2VRQA 2JE8A 1CBGA 5FD0A 3VDCA 5CG0A 3EMCA 4YOLA 1PX4A 4I6IA 3VUPA 3TTSA 1BASA 2OSYA 3CO4A 1C7TA 4E8DA 1V02A 4OOUA 3WQWA 4DM2A 2WWCA 4QALA 4CD7A 5I0DA 4JZ5A 1Q6GA 2AAAA 1LF1A 1ZS2A 3OGFA 1E55A 1E9LA 4W93A 4QFUA 3VGEA 8I1BA 4PTWA 5A8OA 2ZUSA 1N4KA 1QPKA 4PMQA 3WN6A 4F79A 4QLKA 4LO1C 1EA9C 1XYZA 3CAHA 3BCFA 2WKGA 2DSVA 3CUJA 4UZUA 1V0MA 3DYOA 4KGLA 3OIHA 3SUTA 4JKXB 2VRJA 3IANA 1VRXA 1IHKA 3WNLA 1OWQA 2V38A 1XH1A 2JALA 1WZKA 4AD3A 3VD5A 2VSAA 2BY0A 3WDRA 5CSYA 2ESCA 3BX1C 3E1F1 1V0KA 2WB5A 1PZ3A 4AN7B 1ZU8A 4GPNA 3AH1A 4R27A 1TG7A 3T09A 4EE9A 1IJTA 2ZX5A 1ZB5A 1XD0A 3VDHA 2F8XC 1CTNA 3UESA 4KH2A 5JLVA 1P63A 4OEGA 4XV0A 3BAVA 3H6QA 1QBAA 1FP9A 3PZQA 1PPIA 3O6AA 2HISA 3O44A 4LO8B 1DTUA 5CXPA 2NVHA 1MD6A 3JUGA 3T8SA 2R9KB 5D63A 5DFAA 2X1IA 4G6JA 3N7LA 5JBDA 3I3BA 4B3LA 4URIA 1FMMS 2E4TA 3VMOA 3DC0A 1JI2A 1EDQA 2HWMA 1HVQA 4PSPA 2WC4A 2XYLA 5FZUA 3N9KA 3WEZA 5AY7A 1XD1A 1ISXA 3BAIA 3V0AA 1ISVA 5ABFA 3CZJA 3BA4A 1UWIA 1HN1A 3AOFA 3IK2A 2JEPA 4P0JA 3UG5A 4CN4A 2E9MA 2XJ7A 2JF7A 7CGTA 4OJYA 3CGTA 4PTMA 3S8KA 5F90A 1UA7A 1D0HA 1G94A 3EDEA 2A3CA 3MMUA 5E6ZA 4QBVA 1QI2A 2QPSA 4II0A 1BPLB 3EF2A 1BGGA 4L4OA 5DT5A 4MPKA 3H6RB 1TCMA 5CLWA 3ALFA 3L4UA 3WMVA 3CUHA 4Q91A 3FFZA 5E24E 3IAGC 1VBUA 5HNNA 4PTVA 4CCCA 4P6AA 4QKSA 3K4AA 4PN2A 2VI0A 3WH9A 1QVBA 2CCRA 2ET2A 1HJVA 1IILA 1X6LA 2X2YA 5HPOA 2VU9A 1UWUA 5IXEA 1EHAA 2I1BA 4JKMA 5CPTA 3BSGA 1DQOA 4LO7B 2XVPA 2CESA 3AICA 4C7FA 3MU7A 2G3NA 3T2PA 3ZXGA 1S46A 1EHNA 1HIZA 1JXKA 2JFEX 3WQ4A 3WF1A 2DH3A 1CXEA 5FL0A 1ZBWA 1VIWA 1K9DA 2DSUA 3AHZA 2QHAA 3TTYA 1BF2A 4JCMA 4PEEA 1C8YA 3WQ8A 4YPJA 2D7RA 4ACYA 3DECA 1KGXA 1HKNA 4W8BA 4X0NA 4PRWA 3TOPA 4DWSC 5EFDA 3AZVA 1MQQA 2V3GA 4ATWA 4PMYA 3CUGA 3W0KA 2F8QA 3ZQ9A 4A3HA 2IXVA 2JIWA 5LA0A 3WIJA 1VB9A 3GNPA 4HP5A 2VJXA 3PMEA 3KEHA 1VEMA 4MAVA 2OLHA 1BG9A 3VWCA 4WK9A 2YDRA 3CZ8A 3R4SA 2NT1A 3NUKA 3U5YA 3ECQA 3CLWA 4GKLA 3O4AA 3MS8A 4I4UA 4TLPA 3IJ7A 2J7HA 4OOZA 1UD6A 7TAAA 2DEPA 1GORA 3FY1A 3HN3A 1WDSA 4WIWA 1R85A 1K6AA 4KEIA 4CKQA 2FFVA 5EMYA 2YBUA 3P6JA 4W88A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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