1V6WA

Crystal structure of xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86 complexed with 2(2)-4-o-methyl-alpha-d-glucuronosyl-xylobiose
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
436
structure length
436
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVNEAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGSSTPPPSGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of decorated xylooligosaccharides bound to a family 10 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 163
structure length 436
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2003-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1v6wA01
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v6wA02
5FZZA 2BY2A 2WHLA 3AMDA 4J2SA 4NRRA 4IISA 1JFHA 4GXPA 1E0VA 4OJYA 4M82A 1J11A 3BXWA 3CZEA 2YLAA 2YIHA 1W9BM 2WM0A 4H04A 4W8AA 2CBVA 3VSZA 4LYQA 3AHZA 3O4BA 1V6WA 1OIMA 3PHZA 1CXHA 2E4TA 4D6HA 4U5IA 5M5DA 2AXMA 3CTTA 5A2BA 5BQUA 2KI4A 1R85A 3WQ8A 4AZBA 4QALA 3SCWA 4AXNA 1XG6A 1BVNP 4I2SA 1E4MM 3UD8A 4DEPA 2VTFA 2IUZA 3VKKA 1E0OA 1BLDA 2BXYA 4V2XA 3FJHA 2DRYA 1S0DA 5DEZA 1OINA 2WCSA 2E8YA 1Q4NX 3PN8A 4MTVA 4CN4A 1GHSA 4CCEA 3F5LA 2K4AB 1BAGA 3M6DA 4AW7A 4LO8B 3POHA 3WUEA 4HR6C 2DREA 1WD3A 5HPCA 1V6YA 1ODZA 4F9DA 3JRRA 1QNOA 1JI2A 1KR0A 4TVUA 3EDJA 2ZUVA 1QI2A 1JQZA 1G9AA 3L4XA 1Z4SA 5LA1A 1JZ7A 1UR0A 3ZO9A 4Z2LA 2VVSA 4MDOA 4XFSA 1UR1A 1VJZA 4UFHA 3W81A 1TIEA 1V3HA 1JI1A 1SFSA 2NYYA 1OIFA 1HVQA 1Q1UA 1DWAM 1PX3A 3QOMA 4MNMA 2XVLA 4ZFUB 3CMJA 4LPCA 1MQRA 5BXTA 1MW0A 3QR3A 2NP0A 1Q6GA 3HMCA 5HDRA 3HSMA 1GONA 4J3VA 3BB2A 3ILAA 4TUFA 3VIPA 4M1RA 5CSUA 1NQ6A 3UDAA 4X39A 3DHUA 3WEOA 1CVSA 1EDTA 4RE4A 4UQBA 2NM1A 2AAAA 1YXWA 1OGSA 3OG2A 3N9KA 2CETA 3ZSTA 4G9NA 3W0KA 3IK2A 1OD0A 4UQAA 4C7DA 4ZXOA 2PC8A 4GI8A 3IM6A 5F8WA 4ACYA 4MPKA 41BIA 3CU1B 2NSXA 4CCDA 1W3JA 1JT5A 3VGBA 4UQDA 1UKOA 2WHMA 2GSJA 1OB0A 2V5CA 1KWKA 2PWHA 5HOSA 4DWSB 3W6LA 2YJQA 3CZLA 1E0WA 5BWFA 3RDKA 5DO8A 1V02E 4EFPA 3L2LA 3MANA 1CGVA 2VVNA 1JAEA 3K8KA 3T0AA 4CVWA 3MO4A 3CZKA 1EO7A 3POCA 5CSYA 5A95A 3AH4A 1GORA 2YKKA 3WDIA 2GK1A 4WK9A 2XGBA 4JFVA 4QLKA 2VQUA 3M7SA 2VCBA 3AIWA 3AIUA 3PZOA 4URIA 1XHBA 3K1DA 4W88A 1EH9A 3OGFA 4LO2C 1B2YA 5A6MA 3AZRA 5A6KA 3VGFA 4UFLA 2BEAA 2D0GA 1UD3A 3AH2A 3K8MA 4P6AA 1LLOA 2J4GA 3DECA 3I3DA 2A3BA 2D0HA 1KCKA 2FGLA 1EDGA 4P0LA 3WNMA 4Q91A 4GINA 4CKQA 1JXJA 2O92A 2WB5A 5DMYA 2KI6B 4EE9A 4GI9A 4AD1A 3NBDA 3WF2A 1B90A 3WUGA 2CYGA 1JT4A 1PAMA 4XFUA 4MNLA 3PTKA 1QQKA 4D0ZA 1GQKA 3NSMA 2F61A 3U5UA 9ILBA 1M03A 2Y9FA 1AXMA 3CA3A 1KGUA 4UTFA 4HOWA 1B30A 5M03A 3AS3A 1FP8A 3RM8A 1BLAA 2UY3A 1SYTA 2J7CA 5FNWA 4WIWA 5LA0A 1R7OA 4LQ1A 3NCOA 2RG9B 2CESA 4OZOA 3VPLA 2ZQNA 4PCTA 2G41A 4QFUA 4D8HA 3BMWA 1LG1A 4LYRA 4PMQA 3WNNA 2WZIA 2E9MA 5JIWA 2CEQA 2GUYA 3UD7A 3WNOA 1R8NA 3BCDA 1K5VA 1HWNB 4L4IA 1VIWA 3CLWA 2X1IA 5D9OA 2ZXBA 1UD6A 3SEPA 1WCGA 2F8QA 3HMYA 1D2KA 3L4ZA 3AQUA 1ZJAA 1GUVA 3FHAA 4CUCA 3N7KA 3O49A 1BQCA 2E3ZA 3FNDA 3PZUA 3ZQ9A 2CBIA 3VIIA 3WIJA 1PX4A 5JUVA 3OA5A 1LJYA 3AYRA 1JYXA 3GDBA 3AH1A 3W26A 4QDMA 4QCEA 4ZOTA 2UWFA 4F9JA 3EF2A 4A7ZA 4F83A 3SCRA 4AD2A 4CD6A 1OT2A 4W5UA 3WN6A 5I77A 1CGWA 1VENA 2HWAA 1W9UA 2YDSA 5E70A 1DWIM 2C8NA 1FWUA 3L4TA 2WWCA 4MB1A 1EO5A 1CE7B 1TWEA 2QN4A 3I29B 3FY1A 2D24A 1IILA 2Y24A 4PMXA 4DWSD 4FGFA 1O7AA 4ACZA 3CRIA 1UWQA 2W67A 1UR9A 3SCTA 3BTAA 2G3JA 1XHGA 2BHUA 4AZ6A 1OQLB 4IY8A 2WLZA 4MJ4A 3JUTA 1ILR1 2CCRA 3UG3A 3LPPA 1UR4A 4W87A 1NWSA 3TTOA 2YA0A 2LIQA 3GXIA 3SCNA 4H8VA 3VM7A 3UETA 1J9YA 1KQYA 2DT3A 4J27A 1BG4A 3WMSA 3AMKA 2O9TA 4HU0A 2YUGA 3LTQA 3KZSA 1NOWA 7CGTA 4HU8A 3WDPP 4CJMA 1MD6A 4J2YA 1EGZA 3N12A 4QC4A 5FNXA 4UFJA 5D63A 1AVXB 5CXPA 3CUFA 4JKLA 2YLLA 3CHDA 3ZT7A 4P0KA 2VC9A 2JEQA 1US3A 3FJEA 3WINC 4PTVA 1WDRA 1FWVA 1JDCA 1T4QA 4TVDA 3D3AA 1CGYA 4GQQA 1MC9A 3AKIA 4OUEA 4OKDA 2CHOA 2J7EA 4MB5A 3AICA 1ZU8A 5JBEA 1SR0A 4JKKA 1W2PA 1VEOA 4IZEA 2CKRA 5E0CA 4L4HA 3BA4A 2ZXDA 3LPGA 3IJ9A 4QKSA 3HN3A 3N0KA 3THDA 3SCOA 3TOPA 2J79A 1HN1A 4I8MA 4XKIA 1HJUA 3UR8A 3VT1A 2EO7A 2J25A 1UWIA 2OYLA 4D72A 4H7VA 3HU7A 2DSVA 4K68A 3UESA 4EB2B 3S8JA 1FA2A 3O3QA 4GZIA 4ZE5A 1JT3A 4G1RA 4AZ5A 1S0FA 2WMHA 1MFVA 1BG9A 1QI4A 3GXDA 1C91A 1WZKA 2WXDM 5LA2A 1E4IA 4AZIA 4IM4A 2JEPA 4IZXA 2EPLX 4TX8A 3LMYA 3WELA 1V0LA 3PG0A 4J7RA 1CXEA 5JLVA 1QVBA 3A6OA 4YPJA 4JCMA 3Q7WA 2WAGA 5EC5A 3FUOA 1DTUA 2J62A 1SR4C 3BRGC 1QI0A 3SUSA 1TMQA 1XZZA 3ZIZA 3WKZA 3AMGA 3RO8A 2XIIA 3VSFA 1LQ0A 2QLYA 5E9AA 1NOFA 4AZCB 5E6ZA 2F2FA 4J3TA 4GKLA 3CUHA 3O4OA 1H1NA 1AQMA 1EDQA 4D1IA 5JMCA 4OEGA 2ZOXA 4BQ2A 1AF9A 3AKFA 1J10A 1KCLA 4CGTA 1TWMA 3UD9A 3WBEA 4CD4A 2GK1B 4UZUA 4GI6A 3MV11 5CG0A 3RPMA 3HBWA 1CGUA 2X09A 3VOCA 1LWHA 1HIZA 2LIEA 1YHTA 4LX4A 7TAAA 1FN0A 2W61A 2BVYA 2XFFA 3H6RA 4LXFA 1JD9A 3GBDA 3T2QA 5ABHA 1SZ6B 2UY2A 3SIMA 4EKXB 2ZICA 2Z48A 1E4LA 3F62B 3AHYA 4HZ6A 3ZC8A 3AHVA 4KEJA 1ZL1A 3ARQA 1C7SA 2DSZA 2VJXA 4PBGA 4AC1X 3RMXA 1QBBA 3W4RA 4KH2A 3FJ8A 2ET2A 1JG9A 3PUBA 1GVIA 5A6JA 1DWJM 8I1BA 1W91A 2JF7A 3WSUA 5BCAA 3MMUA 2BVTA 3U57A 4KBBA 4OWLA 1VCLA 2BY3A 3L2MA 2VT0A 5D9MA 3CA0A 5F8SA 4G6JA 3AXIA 5DVHA 4I4UA 1E9LA 1AVAC 2FHCA 4TTGA 2J78A 3VVGA 2EQDA 3ZMRA 2HISA 3TC2A 1MW3A 4I0YA 3SCVA 1NP0A 1Q04A 4J3SA 3MUIA 5I23A 4BQ4A 2YDQA 2KH2A 3WQWA 1UWUA 5A69A 5HXMA 4TLPA 1ONKB 3VGHA 2V3FA 4KGLA 4W89A 1J0IA 2HWMA 4QKRA 2GVYA 3O4DA 4AIEA 1JZ3A 3BAKA 4B9YA 2XFRA 4WBCA 2E4MA 1WO2A 4W5ZA 1XV8A 1H09A 4OEFA 3ALGA 2JFEX 1CIUA 3AIQA 1QW9A 1BGAA 1KNMA 1W3LA 1JYVA 3UERA 4NZCA 3II1A 3CUGA 4AYSA 3B9DA 3MMDA 4UQEA 2O9PA 3WD4A 4ZLBB 1II4A 4HJJA 1DWHM 4ZBVB 4IHZA 1DZCA 1FHDA 5BXPA 1F4HA 1HKKA 2PWFA 1B31A 3CUIA 1M2TB 4F79A 1XD1A 3BAJA 3Q7XA 3U7VA 3A3HA 4V27A 2XGIA 1YQ2A 3T8SA 3VO0A 2VXRA 3B9EA 4DENA 2ZUTA 1GPFA 4I4VA 3WY1A 3F1RA 1JFXA 4KEIA 1EQCA 1MFUA 3A4WA 2Y5EA 1UWTA 4HPHA 2EPKX 1WPCA 4B15A 3EDDA 1YBIA 1V3IA 5C71A 5BYWA 3CH9A 3VDBA 1C8QA 2WCAA 5DT7A 2PI6A 5F8YA 4ISRA 2ZUMA 3G6LA 3T2PA 3CZ8A 3CZGA 3W27A 1BARA 2WHJA 3AXHA 1JZ6A 3AMLA 4ACZB 3BA5A 4XZWA 1UHVA 2W91A 2PBGA 2YOCA 3SUWA 3WDQA 1ODUA 4LO3C 3GBEA 3DHPA 1HJVA 1FHLA 2QPUA 1K9EA 3BAQA 1JF5A 1T9FA 1BSIA 1PIFA 3VT0A 4OIFA 3PZGA 2YBTA 4FMVA 4FLSA 4J23B 2VR4A 4HMEA 4J28A 3K1XA 31BIA 1GOIA 2J7BA 4AD3A 2WNWA 3BAOA 1NWTA 2D0FA 4UNIA 1RY7A 1VJSA 1J0YA 1N82A 2Y8VA 1A8DA 1MYRA 3EDEA 4I96A 2IWTB 1V3LA 3WMCA 1EOMA 1OCQA 1I1XA 3A4XA 3VIFA 3VWCA 2WMIA 3AHTA 2XG9A 8A3HA 1MXGA 3E8LC 1W3KA 3O9NA 3BSGA 3PTQA 1ZB5A 4Q9GA 3MUZ1 4EEEB 1IZKA 3A47A 4QCFA 3VUPA 4PC4A 1ZJBA 1Q6CA 1V0KA 4RE2A 1UR8A 2YA1A 1WD4A 1JL8A 5F90A 3FJJA 4LO0C 3OJ2A 2BHYA 2DRZA 4AN6A 1BYBA 1CTNA 2VZUA 3OLGA 3V0AA 2DS0A 3F5JA 4NI3A 5E0FA 1G5AA 3AKGA 1Z0HA 1UPSA 1UUQA 4W7VA 4TXEA 1PC8B 2C7FA 2ZE0A 3KWXA 4ATLA 2HZ9A 3IANA 1ISVA 1W3GA 1SMDA 3OGGA 2A3EA 4I4RA 1PJ9A 5IFPA 3OBRA 4UQ9A 4WKFA 1J0HA 3QHOA 4GPNA 4P0JA 4G6MA 4ML4A 4IY9A 1O6IA 3BRDA 2G3NA 3ZJ7A 1H2JA 2EEXA 3WDRA 4HP5A 4Z2KA 3B8SA 3WEMA 2VR5A 3PZNA 2GJRA 2WKLA 2FH6A 3W37A 1WP6A 2X2SA 4R6UB 4JCLA 3GM8A 1KFWA 1E1FA 3GNRA 5TD4A 2L5XA 2VZSA 3M46A 3O4CA 1E5JA 1WAWA 3UEQA 1PZZA 3FJKA 3WO2A 3W25A 3WNLA 4AN7B 4KC3A 4D6JA 4PMNA 3S6TA 2TAAA 4J3UA 1X6NA 1CEOA 1OWQA 1E43A 3CGTA 1RG8A 1LL7A 3EYPA 2OWCA 1E71M 2VX7A 3IJ8A 3GH4A 1CXKA 2MC2A 3SNVA 4PYSA 3WL0A 2QMJA 2QHAA 3ZX7A 4KRTA 1JGIA 3CMGA 3HOMA 3M07A 4HMCA 3CIVA 3OZOA 1UD4A 4CU7A 4I6IA 2OYMA 3CHCA 1Y7VA 1QNRA 1JIBA 4I3NA 3RIKA 3WH8A 4D6EA 2OSWA 4MAZA 1KXTA 4F34A 5IFTA 4E8CA 3BAYA 3I3BA 4KGJA 1TUXA 1E56A 1QPKA 3ZR6A 1H0GA 1VBRA 3N04A 5DT5A 1JTCA 2DIEA 5A2CA 3RMEA 3EMCA 1E3ZA 5EMYA 3WNPA 4GP0A 2NT0A 4GAFA 4S3KA 2V3DA 3EMQA 3WFLA 2AMGA 2CBJA 1YF8B 3WDHA 3O4AA 2VX6A 4I4OA 4D6IA 5BXRA 1DFCA 1B3ZA 1GW1A 1PEZA 3CO4A 4BQ3A 2VL4A 5BP5C 1RZOB 4FK9A 1Q6FA 1UKPA 4AD0A 1FGAA 1B0IA 1W3AA 1HJXA 3VGDA 1JDAA 3SUTA 3U7BA 5FL0A 5IHRA 2X0YA 4LO1C 4P7RA 4DWSC 2Z49A 3OLDA 4D1JA 2RGMA 4QAWA 4CN1A 2CXGA 3BC9A 4PMVA 3AIVA 4LO7B 1V03A 1BFBA 2EBNA 4WKHA 1VEPA 4Y7EA 2VZTA 3ARWA 1ISWA 3FJFA 4HA4A 1DJSB 5D9NA 1E1EA 1ZBCA 3PZ9A 1HX0A 1DIWA 1KGWA 2W63A 4JPZA 3BH4A 1QNSA 2F2FC 1H5VA 1V3KA 3W29A 4UQCA 5D9PA 3VMOA 1AVWB 1HKMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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