2D1ZA

Crystal structure of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 163
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d1zA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d1zA01
1XG6A 2GJRA 4WKAA 1M2TB 2HWAA 1QHZA 4RL3A 3EDFA 1BSIA 5IXEA 4CN4A 1FV2A 3CA3A 4AZ6A 3VIHA 1R8LA 3L4ZA 1HN1A 3NUKA 4HMCA 1HJQA 1CXKA 4BF7A 3FFZA 1CDGA 2WB5A 5FKYA 1NWSA 4D71A 2WBKA 4JP0A 3U5UA 3PHAA 3FJCA 4V27A 1PUMB 1BFFA 2EO7A 2W91A 3ARSA 2CXGA 1DWIM 1E6XM 4NSBA 2XIBA 4UZSA 1DQGA 1EVTA 2QLYA 4ZENA 2NVHA 5HOSA 4G9NA 1BG4A 1J0IA 1UH4A 5FNWA 3A07A 4XUYA 4X39A 2QMJA 1WD4A 2VCBA 1VFFA 4K68A 2VRQA 3AFBA 1UKPA 3MKKA 3S8JA 2CERA 3MMWA 2XGIA 4I96A 4LYQA 4TX8A 1WB0A 1Q6CA 1W1YA 2E4MC 4D1IA 3O5WB 2JEQA 1JY0A 4PCTA 1JD7A 2XIIA 2Y8VA 3ZIZA 4UFLA 1TVPA 4PN2A 1QW9A 1YHTA 4J2XA 1H0GA 1W3GA 3NBCA 3FAWA 3MSGA 1KGXA 4F83A 4JL1A 3P53A 4W85A 3N04A 1DEDA 1MW2A 1E55A 2P39A 1JAEA 1TR1A 2BEAA 3OLDA 2XPKA 4LQ1A 3WH5A 5I79A 3VDBA 2GVYA 1TFVA 3L4VA 3VVGA 3T09A 1TWEA 4IYBA 4Q91A 3FXYA 5JIWA 4DUVA 3K1DA 3CA6A 1FH7A 2J7CA 3N18A 4DUWA 5A6KA 1SFSA 3TC2A 3N1AA 2D43A 5BXSA 4MB1A 1QNOA 2OWXA 3NIYA 3CA5A 4W8LA 2J3PA 2X8RA 3CA1A 5BRQA 1W1PA 1CYGA 2UY4A 4X3AA 3C9ZA 2CBJA 3QHNA 1M04A 5ABFA 5A6AA 4HTYA 2WMFA 2FH6A 2WCSA 4PMOA 4QDMA 4PMYA 1UWQA 1V6VA 2WBGA 1CBGA 4YHEA 1OD0A 5KEZA 5ECUA 5FL1A 3OJ2A 3QHMA 1TA3B 3PHZA 2DIEA 4MJ4A 3AJ6A 2WVTA 5EHAA 4CU6A 3N7JA 1CTNA 1EDGA 3QOMA 1W9PA 1G0CA 2FGLA 1AVUA 5F8SA 2O92A 4LO2A 4HMEA 3UEQA 4Z9WB 4W7WA 4KC3A 1KGWA 4USOA 3HN1A 3N13A 2D24A 3H6RA 3MMUA 1B3WA 3KWXA 4MADA 1TOOA 1VFOA 4ZFYB 4RE3A 5CSYA 2WVVB 3FJ9A 1Q1UA 1UOKA 5GNXA 3AIEA 1E72M 3Q7WA 4JCMA 2OLHA 2OSXA 3N7LA 2WC4A 4V2XA 4J2KA 2K8RA 1Q6EA 1WD3A 1AQMA 1K9TA 1KXVA 5GAQA 5FIPA 1QXMA 3VNYA 3MV11 1WDQA 2VTFA 1JL8A 1OWQA 1WPCA 4OUEA 5HPOA 1BLDA 3RO8A 1JLYA 3WF0A 4TTGA 2D0HA 3VIIA 2F8QA 1B0IA 2NYYA 3CLWA 2FH8A 3ARQA 1XHGA 3VGEA 3L2LA 3WDHA 1IRAX 4CJMA 2ZUNA 2O9PA 5JBFA 2YLLA 5D63A 3PTQA 5DUYA 3K4AA 3EMQA 3BCDA 1WE5A 3PZGA 2OSYA 1C91A 4OOUA 1VBRA 2VX6A 3CQAA 1IJTA 1HNYA 3B9UA 3HALA 3VIGA 3NCOA 3WUEA 3ZSSA 2FFUA 3BA5A 3ARUA 1V0MA 1QPKA 5BROA 5FCZA 3BA7A 3AZWA 4WLCA 1XH1A 3ZT7A 4MAVA 4DWSC 2HVMA 4AZCA 4XFUA 3AH2A 2O9OA 2VZVA 4D6IA 4I4QA 2CBUA 4EANA 3AIBA 2VI0A 3FJ8A 5BYWA 1SZ6B 2YL9A 2XUCA 1VEOA 3VOCA 3AXIA 3PUBA 3FW6A 1XSKA 1KB3A 1MFVA 1VFMA 2VJXA 1NOFA 4EEEB 3ALFA 3IM6A 2KI4A 1XHBA 4I0YA 4Q22A 1AMYA 3DYMA 5D62A 1QI0A 1QI5A 4GKLA 2X0YA 5CLWA 1EHAA 3CMGA 3WIJA 4CD4A 5GNYA 1JXJA 2EJ1A 4I7IA 4GOVA 1W3FA 1XD0A 4MPKA 2X05A 1AXMA 3AZVA 3RSJA 1ZBCA 1EQCA 1FP9A 4W93A 5BCAA 3VMNA 4I37A 2WMJA 1SR4A 2Z48A 3VX0A 1E3ZA 3SUVA 3AJ7A 4G6MA 2WKGA 1Z0HA 4R5EA 3AZRA 4AZHA 2XHYA 2PWEA 5AC5A 2DQXA 2G8ZA 4AD1A 4FLSA 1YBIA 1VENA 2CCRA 2ZQOA 1VRXA 3ZJKA 9CGTA 3WEZA 3CIVA 1RH9A 2CBVA 4D6EA 4P0JA 1U30A 3GXIA 3GXMA 2HWMA 3BCFA 4ZXOA 4BQ2A 3TTOA 4J7RA 1FHLA 3SCWA 2RQ9A 2WCAA 1V6WA 2JEPA 3W37A 2DSKA 1E4LA 4WJXA 5A8QA 5FNXA 4IZEA 3NDZA 1NWRA 2CKSA 4QCFA 4CD6A 5F8YA 1L0PA 3DYOA 1JI2A 4W7VA 4J3SA 2DSWA 3W24A 1H5VA 8A3HA 5IHRA 2CNCA 1W1VA 1HP4A 2WMKA 3PZNA 3N7KA 1UR8A 2VR4A 1LL7A 5A95A 1WZMA 2AAAA 1H1NA 3GBDA 3OG2A 4JPZA 1KGUA 1E5NA 1MQPA 1FN0A 3DECA 1RMLA 5BWFA 4ATWA 4W7UA 4QBVA 4ENDA 1E4IA 1D0HA 2BVDA 5HPCA 1JF6A 2PWHA 1W9VA 3ZJ8A 4U5KA 1CXEA 41BIA 2VZOA 3ZX7A 1K5VA 1V6XA 1BTCA 4OW4A 3AI0A 4CKQA 3BB2A 4WBCA 1CGVA 1V03A 3S6TA 1XC6A 3AKGA 4UQAA 3EDJA 4AIEA 5GQBA 2ZIDA 1VCLA 3VD4A 1KXHA 4P7QA 3CH9A 3WBAA 2WRYA 5ABHA 1R86A 2BFGA 1QHOA 4ZFWB 4MTVA 2FHCA 5DT5A 5HPZA 3K4DA 2XSBA 4UZUA 4GI8A 4PEEA 1EGZA 3LPOA 4LX4A 4R27A 1NP0A 3CZJA 4PMXA 1IT0A 1NWUA 1GGPB 3VMPA 1G9DA 5HBFA 3AKHA 3AMGA 2DT3A 3RM4A 3WMBA 3MUZ1 4NZCA 1EDQA 3OGSA 3WEOA 3POHA 3BSHA 4QKSA 1JXKA 1PZ2A 3GH5A 4X37A 1SR4C 4LO0C 1T4QA 1W1TA 2K43A 1FWVA 1UR0A 2CKRA 2UY3A 2EPKX 4GINA 1HIBA 3SUWA 2DS0A 1CXFA 3MANA 5D8ZA 3VKKA 1GNXA 2OYMA 2WVVA 4HU0A 3A4AA 4P7RA 4CD7A 2W92A 4OWJA 1W9XA 3BMWA 4KGLA 4WSJA 1ZJAA 4X38A 2CITA 1LF1A 1UWSA 2GK1A 1B3XA 5C70A 3V79C 2CBIA 3WF3A 4M81A 1S46A 4U2ZA 1HJSA 3RM9A 3K8MA 3FJJA 1EA9C 1VJZA 1U2YA 5D9MA 3W27A 3CHEA 1AVAA 4PMRA 2XGBA 1WZLA 4G9MA 1LLOA 4TLPA 3N15A 4USPA 3N11A 2MIBA 3PN8A 1LL6A 1PBGA 2WLYA 2J25A 3WO4A 1GHSA 1US3A 3F4VA 4W5ZA 4CN1A 2VT0A 3RCNA 2EPMX 2VX7A 4A3HA 2JF7A 1EO5A 1VAHA 2DGAA 5AYIA 1DFQA 1EHNA 3AIRA 3NJ3A 1QQLA 1UKOA 4UR9A 5CZKA 2A3HA 4UQ9A 3UG5A 1YTOA 3VGDA 1XGZA 4EAMA 4PMVA 4CUCA 1H49A 3HJEA 4JAWA 4GO9A 4LGXA 5BQUA 2HW9A 1CXHA 4EFQA 4RE2A 5HDRA 1D7FA 1C8XA 2GO2A 4KBBA 5JMCA 5A6LA 1GOIA 3AHXA 1ESWA 1CGXA 1W3KA 2DT0A 2PF0A 1S0DA 2IXUA 3AMDA 5D9PA 4OEEA 1GOKA 4P8VA 3ZJ6A 1XCWA 4UQEA 4W88A 3H6RB 1JZ2A 5DT7A 1P6WA 2A3BA 2OYLA 3RMEA 1B3YA 3W28A 3WUGA 1JD9A 3NSMA 2WWCA 5F8WA 1EYLA 1S0GA 4P7LA 3CRHA 1DJSB 4QCEA 1E43A 4KRUA 2NT0A 2GDVA 1CWYA 5M3WA 2XOAA 3WEMA 3BADA 1ODZA 1KXQA 2DT1A 4M1RA 1NP2A 3WQ4A 3VDCA 4Z2LA 1WKYA 4XV0A 2D7IA 2A3AA 3O4DA 1MD6A 3O4BA 5I23A 4UFJA 4I4SA 4F79A 1GCYA 4B3LA 2BFHA 3QOKA 1WDPA 1NQ6A 1R7AA 1PUUB 2D1ZA 1H11A 3QYDA 4PUEA 5I1BA 4UOZA 3WL1A 1HKJA 1AQHA 1E56A 3VM5A 3WF1A 4HA2A 4F66A 3ZR5A 2YA1A 2Q3NB 2DRYA 3A47A 5BXTA 1ZBWA 3EF2A 4A7KA 4AZ7A 8I1BA 1AVAC 3T8SA 3HMCA 4LO8B 1JT4A 1E3XA 1CLXA 1PX3A 1WCGA 1D2KA 2NW0A 4H8UA 2BVTA 3KL5A 5HNNA 3WNOA 2XFFA 3CZLA 4PSPA 3NYDA 3IM5A 2Y9XE 1MXDA 3OGVA 4H7VA 2E0PA 3DYPA 2YDRA 3A22A 1UHVA 1HJUA 2ZUWA 4HMDA 4D6DA 1J0SA 1S0EA 2YL5A 3AROA 1O6IA 3WH6A 3N9KA 1KR0A 4UQDA 2J4GA 3QR3A 4J3WA 2J79A 2RGLA 3OIHA 1HP5A 3W4RA 4LO3A 7A3HA 2RG9B 2VXRA 4KWUA 3WD0A 3HOMA 4AZIA 2X2SA 1R7OA 1HXJA 1AFCA 3BAQA 4GP3A 5AY7A 4I8MA 2C7FA 3H6QA 3W6LA 5ABGA 4HU8A 1EIBA 3IAPA 4HPHA 1JT5A 1V3KA 2VSAA 1FH8A 4CGTA 3NJ5A 2G3JA 3SCOA 4F8XA 2DSVA 2K4AB 2F8XC 1EPWA 3EBVA 3W6MA 3ZO9A 5DSSB 5D4YA 31BIA 5A1AA 1CE7B 3PZUA 5EMYA 3NBDA 1SMDA 2EXOA 1SYTA 4PYSA 4BQ3A 3ECQA 3BRDA 1UKSA 2VLCA 2DSZA 2GJXA 2ZXAA 3WH9A 3ZSTA 3VEQA 5LA0A 1TZ7A 2VX4A 1ISZA 4PTXA 1HJWA 4H8VA 3BH4A 1M16A 4QLKA 4UFIA 3FJFA 5E9AA 2ZWYA 4M80A 2XWEA 1HCDA 4ZEPA 7CGTA 1VJSA 3AYRA 1QHPA 1OBAA 3BRGC 4JKQA 3T2PA 1BYBA 3OZOA 2Y9FA 5E0FA 3GNPA 4U33A 2FDBM 2JF6A 3OB8A 1Y7VA 3VIJA 4KEKA 2VU9A 3WSUA 4WF7A 4QO3A 2YL8A 4GQQA 4EE9A 2BHUA 3I29B 2WSKA 1UR9A 2VC9A 3ZT6A 4MDOA 7TAAA 4A3YA 4JFTA 4IONA 4D0ZA 4LO7B 1PIFA 2DSUA 1W3LA 2O9TA 1V3LA 3OBRA 3CGTA 3FJIA 2ZX8A 3ARVA 1DIWA 2CEQA 2J7FA 4JFWA 4Z2JA 4ZA3B 3BSGA 2D2OA 1JQZA 1DZDA 2KI6B 1HVQA 1NOWA 3CZEA 1BFGA 2XM2A 1K9FA 2XVGA 1HL8A 4C7FA 4QP0A 4E4PA 2ZX5A 1UH2A 1UA3A 2Y5EA 4M29A 3MALA 3U7BA 2VUAA 1KWKA 1CVSA 4Q9GA 3AS1A 4YN5A 4TVCA 3LPPA 3AQUA 5A6JA 3TTYA 3AZTA 4LO3C 1ZB5A 3PZIA 3FUOA 2Q8XA 1TMQA 1MFUA 3T2OA 2F61A 4AISA 3EDDA 1JTCA 3EDEA 4M24A 1BASA 1X6NA 4GZJA 1UG6A 4PTMA 1BFBA 1W3HA 5BRPA 5I3DA 1MXGA 4W89A 4CU7A 1B1YA 2X2YA 1W3AA 2WC3A 1GJWA 1H0IA 4U3AA 4FGFA 2YA0A 2AAIB 5E70A 1VIWA 3O9NA 4ZLBB 2AQZA 2FDMA 1UD6A 3VIFA 3BAIA 2UUSA 1XD1A 3HBWA 4FF5A 3AIQA 4LPCA 4OBSA 3V0BA 4JL2A 1H4PA 2A3CA 1TP0A 2F2HA 1QBBA 2GK1B 2FO1A 3VX1A 3SCUA 1V0KA 5DEZA 5F90A 3WMUA 4B15A 2JIWA 3PTMA 2Y2WA 4FVVA 3JRRA 2WM0A 3U5YA 4D6GA 2J8GA 1FOBA 3CA0A 2A3EA 2I1BA 3G6LA 1E6ZA 3F62B 1JYXA 1DWHM 3A3HA 4IZXA 3A21A 1OT1A 3PG0A 1IV8A 3WNPA 2VO5A 1FV3A 4EKXB 4QFUA 1RY7A 1R8OA 1G82A 3IIRA 1HWMB 5A8MA 1NM9A 5E24E 1KBBA 3ILAA 2MANA 2J7BA 1R87A 2X0HA 3W25A 2WZHA 4B16A 4QKRA 2G4FA 3WENA 3WMCA 4QBCA 2WW5A 2ZE0A 4L4PA 4FK9A 2DREA 2DRZA 5JLVA 4ZE5A 4TUFA 4W86A 4XB3A 1B30A 1KBKA 1JZ6A 4P8XA 5I5RA 2O9RA 1GHRA 4AXNA 4YPJA 4NI3A 4LO1A 1JDAA 1E70M 1E1FA 3JUTA 2J77A 2D3NA 3WELA 5FZZA 2DDXA 3NBNA 2QN4A 3RTJB 2E4TA 2ZR1B 4CCEA 2IWTB 1UWUA 2DH3A 8CGTA 5BP5A 1BQCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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