2D20A

Crystal structure of michaelis complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 164
50100150200250300350400020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 164
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d20A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d20A01
2J7BA 4MAZA 3MMDA 2ZXQA 2BEAA 2DGAA 5KEZA 3R4SA 2E0PA 1B3YA 1C92A 2QLYA 1W9DM 1H41A 1Y7VA 4J3TA 4DCKC 3ZM8A 2ZX8A 2X0YA 2X05A 3ZT5A 4Z2KA 2YUGA 2C8NA 5IHRA 1BFBA 1E6NA 5C71A 1XCWA 3W24A 3DC0A 4MPKA 1J18A 4Z2GA 1EIBA 2EXOA 4M56A 1XV8A 3BMVA 3AZWA 1UA3A 2RGMA 4B15A 3W37A 1EDGA 5E0CA 4IISA 1OQLB 1JF6A 3O6AA 1UR4A 4UZUA 4X0NA 3ZJKA 1B9ZA 1R7AA 2GSJA 1Q4NX 3VD5A 2WSPA 5E09A 9ILBA 4HA4A 3O4CA 2YKKA 5IHSA 3J7HA 3A6OA 3SIMA 1JXKA 3GXDA 2WCAA 3N9KA 3RILA 1HWOB 4QDMA 2QYIB 3OGSA 1R85A 1NUNA 5CZKA 3U57A 3S8JA 5FZUA 4ACZA 1KB3A 2JE8A 1KCLA 3VGGA 2ZQNA 4AZGA 2DIJA 4LXFA 1E9LA 4MB1A 1UZ1A 1JLYA 1FV3A 4GXPA 3AFBA 4HPHA 4ZE5A 2NT1A 2D43A 5AYIA 4QBCA 1JIBA 3AIUA 2E3ZA 4HMEA 2GFTA 1ILR1 3ZSSA 1TTUA 2BS9A 4TX8A 4IZXA 3TA9A 2YA0A 1HWPB 5FOOA 2WBCA 3VIJA 5IXEA 4ZLBB 3K1DA 1DJSB 3I2XA 3APGA 3WO2A 3RPMA 4AYSA 2D44A 1LJYA 1V3HA 3FAWA 4B9ZA 4DUWA 5JUVA 1QNSA 4G1RA 3I3BA 4V2XA 3TTYA 5A8OA 1V03A 4IONA 3AOFA 3BXWA 3O2LA 3TTSA 3OIHA 4E8DA 1XHBA 1WZAA 2A3AA 2JALA 2M49A 3WDQA 3CBWA 3WD1A 3BAOA 3Q7YA 3VT2A 3TC2A 2CBIA 1YXWA 1BPLB 4JZ5A 5JIWA 1TWMA 1R87A 3VX0A 3NYDA 2O9TA 1SYTA 1PEZA 1U33A 3CMGA 3OBAA 2NW0A 4RL3A 1IOBA 2WCSA 2VQUA 1FHDA 1S0GA 5EMYA 1M2TB 3I2AA 2WVTA 2J3PA 1CXIA 3B9DA 3ZX7A 1JFHA 4UQCA 3T09A 5CG0A 3F4VA 4GP0A 1W2PA 4PMQA 3PZMA 2ZQOA 3M6DA 3BADA 3N7JA 4ZXOA 1E4IA 2XFFA 4R5EA 5TD4A 2VMFA 2ZXAA 1GOOA 4IYBA 4U5IA 1GOIA 1FFRA 1Q6EA 3WN6A 4ZOTA 4JFUA 2OWWA 4XFUA 1EHAA 1UZ4A 3AHVA 3AIWA 3ZJ6A 3SCVA 5A8QA 3IM6A 4OW4A 4ZBVB 1XCXA 3THCA 3MUAA 3FHAA 5GNZA 3FJ8A 1D0HA 3V0AB 3OJVA 4A3YA 1GOQA 1AMYA 4WLCA 2XFYA 2XSBA 2IWTB 1K9FA 1JGIA 1W3AA 3CQAA 3G6LA 3KEHA 2VCAA 4P7NA 3WNMA 1HP5A 1JLXA 1JI1A 1ZBCA 3VU2A 2FFUA 3CZJA 1QPKA 3H6SE 2VJXA 1QXMA 1UKSA 4XX6A 3RTJB 1CTNA 3K1XA 1CLVA 5I5RA 3OGGA 3AZSA 1ZS2A 1O7AA 3ARQA 1WO2A 1UA7A 3MMWA 3BLKA 1UR9A 2WM0A 3EDJA 1F4AA 2J75A 1GQKA 2VSAA 1I1EA 4W85A 1JDDA 1FH7A 3BH4A 3K4AA 1U2YA 3MANA 4IZEA 4BQ5A 4GZJA 1GJUA 4AD3A 1BSIA 4U2YA 3BRFA 3UD9A 1U30A 1JZ8A 2WWCA 1CNVA 1VBRA 2DT3A 1BTCA 1BA7A 2Y9WC 3AHTA 5D8WA 2OSWA 3A4WA 2VX6A 1AVAA 2ZUVA 1R7OA 3W26A 5KZ6A 2WMIB 4QLJA 2KI4A 2YL6A 1AQ0A 1E5NA 3MV01 1OIFA 2WLYA 3DYOA 1V3JA 3F5KA 1M7XA 5CXPA 1Q6CA 1KXTA 4IPLA 4X9YA 3WMUA 3SUSA 2WMFA 1DQGA 1OT2A 5IFPA 2E4MC 2XIBA 3T2OA 1J0YA 3MMUA 4I37A 3D5HA 3WMVA 3WF3A 1BFCA 5F8SA 3BAJA 1E6XM 1KBKA 3OLIA 3W6LA 2JIWA 4YOLA 1GVYA 1LL7A 1UD3A 2WMGA 3CUFA 1VJZA 3L2MA 4AN7B 1EOMA 3ALGA 3AS3A 5LA1A 4Q22A 2XYLA 3VNYA 2PWDA 1WDQA 3P6JA 1ZBKA 4WSJA 3SUTA 1MW3A 3WDJA 4OUJA 3BCDA 3O4OA 1UD2A 4J27A 2PWFA 1E4LA 4DM2A 2WMHA 5BRQA 1WDPA 3UETA 5DMYA 4WF7A 1FHLA 1MXDA 3EDDA 3ZC8A 4TXEA 2BXZA 5I3DA 1VF8A 4LPCA 4F66A 2BFHA 3C9ZA 5EC5A 1QI2A 1WDSA 4LGXA 1W1TA 3BAIA 1WD3A 1US3A 4P0KA 3UJ0A 1HNYA 3CMJA 4GZEA 5DT7A 4CN1A 3MPPG 3U7VA 2CKSA 4F79A 5E9AA 3IJ7A 2DSZA 2VC9A 1IV8A 4AD5A 2YL8A 4JHOA 2UY2A 4HTYA 1PIFA 3EMQA 2J47A 4AD2A 1WPCA 2V5CA 5I79A 3BB2A 1DTUA 2UUSA 3AMGA 3CA3A 4D6CA 1LLOA 2WB5A 2VURA 3AKIA 1UKOA 1F31A 4W8AA 4G6JA 3FY1A 2AMGA 5JBFA 1TIEA 4IPNB 4EKJA 1UD5A 4Q9PA 2QV4A 2A3BA 3IAGC 1ABRB 5CSUA 3HSMA 5DUYA 1JF5A 2QMJA 4PEEA 3FUQA 5D8ZA 2YOCA 3UD8A 3WDRA 1PAMA 4CU8A 2QN4A 1EHNA 1UPSA 2CEQA 4AZHA 1I1WA 2EJ1A 3VMNA 4QKSA 4XFTA 3FAXA 2VSEA 1B90A 3V79C 4UR9A 1OGGA 3S2CA 1Q04A 1AFCA 1J9YA 1CDGA 4LO3C 2WHLA 4I4YA 4TLPA 1UHVA 2DSVA 1QBAA 3WQ8A 4MAVA 3ARTA 2A3HA 3PTMA 2CPUA 1C8XA 3WH5A 5D9MA 1OCQA 4P6AA 5A2BA 1OD8A 4KRUA 2GUYA 1EOKA 1P6WA 1G82A 3NBDA 2YA1A 3EMCA 1NWRA 2DQXA 2G3MA 4OBSA 4DWSD 3PZUA 2WYSA 5EG6C 2ZOXA 3K8LA 4KEJA 4AIOA 5A69A 3SCQA 3R4UA 1V6UA 2ZE0A 3NDZA 1DIWA 1QI4A 1FWUA 1JAKA 3QHMA 3GXIA 8I1BA 3IJ9A 1KCKA 4JKLA 2VLCA 3NUKA 1RY7A 3BAHA 3OLEA 2CITA 2UY3A 4W7UA 1GOKA 2WANA 3BTAA 4P8XA 4HZ8A 2FHFA 2J78A 2ZWYA 1C8QA 5A6SA 2BY3A 8CGTA 1MC9A 4Q7NA 1WZKA 1GUVA 2KH2A 2J62A 4PMOA 4AMCA 3WNOA 1TR1A 4DM1A 1UH3A 1Q6GA 3VIFA 4HA1A 1C91A 1NH6A 4U2ZA 1WD4A 4USPA 1L8NA 2WWDA 4USOA 1UR1A 1QNQA 2WVSA 3BRGC 3SUVA 3UG3A 2C7FA 5A95A 2VX4A 4ATWA 3PMEA 3T8SA 2QF8A 2GVYA 4OWKA 2D3LA 2DS0A 1K9EA 1E4MM 2VXRA 3AJ7A 3FFZA 5EBAA 3V0AA 5E6YA 4PSRA 2Q8XA 3N1AA 3MUZ1 1TCMA 2VTFA 3KZSA 3L4XA 4KGLA 4CVUA 1AF9A 4D71A 4JFWA 3N7MA 1MFUA 8A3HA 3UERA 5CGMA 3FXYA 3IIRA 1B3ZA 2EPNA 4YHGA 2Y9GA 1HJUA 1NP2A 3PHAA 1B30A 4QP0A 3AROA 3L4YA 4Y7EA 5A6KA 3NJ3A 1HJWA 3SCNA 4CUCA 4AZ7A 2HWMA 1S0CA 2FDMA 1DFQA 2ESCA 3WUBA 4S3JA 1DWIM 3PBGA 3EMZA 2NZ9A 2EPOA 2B31A 2NSXA 3W4RA 3RIKA 2CBVA 3P6IA 2XIIA 3CZ8A 4JQ0A 1Q1UA 3IM7A 1PZZA 3WFZA 2XVPA 2CHOA 1E6ZA 3CAHA 4GI9A 1GZJA 2Z49A 2CIPA 4B9YA 4ZA3B 2D7RA 3WQ5A 2EPKX 3BRDA 1GHRA 1DWFM 3CTTA 5E70A 4OOZA 3MSGA 2O9RA 3A4XA 2NYYA 1TE1A 2GJPA 4J3WA 4J3UA 1E1FA 2WMIA 1FP9A 1GVIA 4Z9WB 3OGFA 4KEKA 1QW8A 2PF0A 3GNRA 4E4PA 4JAWA 1XRVA 1XH1A 2VO5A 2IXUA 2KI6B 3SCOA 3M07A 3N18A 2WPGA 2X2TA 5DSSB 2GJRA 1N4KA 5HDRA 5BP5C 3VUOA 1UYQA 3FJAA 1W9PA 3EDKA 3B8SA 2CKRA 4HJJA 3W25A 4LYQA 3FW6A 3PTKA 1KGXA 4Z2LA 3TOPA 1Q03A 5DO8A 3WNLA 3P53A 3DHPA 4FF5A 4M24A 1AQHA 1CXFA 4JFSA 1MWOA 3WQVA 1KNMA 2E4MA 4MNMA 3VMPA 1VEOA 2D0HA 4J7RA 2YBTA 3AS0A 2VVNA 1HJVA 1OWQA 5M5DA 3LLPA 4LO8B 2BNJA 2CBUA 1F4HA 1Z0HA 1E73M 3AMCA 3F5LA 1NWUA 2YDSA 1HKMA 3CUGA 2BHUA 4IHZA 3S6TA 1R86A 1UWIA 2J77A 1IZJA 4LO2C 4W8LA 3UR8A 1JYWA 2FH6A 1E40A 3ZO9A 2GK1B 4GINA 4PMVA 3VO0A 3AS2A 3W38A 1JDAA 3FJCA 4I4VA 2J8FA 3WEMA 5CJ5A 4L4IA 2V3EA 1JT5A 3AH1A 2DT2A 1H2JA 3AISA 4XZWA 3VDBA 4M82A 4FLQA 3HOMA 1QHPA 1FP8A 1IHKA 3DECA 4HOWA 3F1RA 1ISZA 4I1EA 4G6MA 1GOMA 2PBGA 2OSXA 3NSXA 1JYXA 2YLAA 3WH7A 1J0ZA 2VR4A 1ISYA 3N11A 1UWSA 3VM7A 3LMYA 4A7KA 2PWHA 3FJKA 1OM0A 3WF0A 1X6NA 1XZZA 2OWXA 2GDVA 2WLZA 4QCEA 3ECQA 1XYZA 3W29A 1H3GA 4A4AA 4J28A 1W1VA 5EHAA 2F2FC 4NSBA 1JNEA 1B2YA 1FWVA 2Y9FA 1RP9A 1A47A 1J12A 1E3ZA 1V3KA 2R9KB 2P23A 1BLIA 3AZTA 1MQRA 4I4UA 3MUY1 4S3KA 4TOQA 3RO8A 4CU7A 1IILA 3NCOA 4EE9A 3FN9A 1WB0A 1DZCA 4H7VA 4W5UA 4RE3A 4C7GA 3WINC 1WCGA 1C7SA 1KGWA 2AFGA 1W1PA 1EYLA 4W7WA 5CSYA 1QW9A 1UG6A 2V3GA 4W5ZA 2WZIA 1JQZA 5FIPA 1NQ6A 5ABGA 3SURA 3RJXA 1MQQA 1BHGA 2BVDA 4I2SA 2DEPA 4C7DA 4PMNA 3OZOA 4LO1C 41BIA 2RGLA 3D7WB 1FMMS 4LO3A 1QHZA 2HZ9A 1G9AA 3SCUA 3QR3A 3UEQA 5A1AA 1WE5A 1E4NA 1HIBA 1W3FA 3GH4A 2BY1A 3EDEA 4BQ2A 3WEOA 1ZBWA 1UQYA 1HKNA 1TZ7A 4PCSA 4U31A 4QO3A 2OYMA 4I4PA 1OB0A 2CYGA 5CLTA 4CGTA 2D22A 1E43A 2AOSA 3PN8A 4GPNA 3AMLA 1BLDA 4X0VA 3E8LC 2E9BA 2AAIB 3WMCA 4EFRA 1WKYA 4LYPA 5DZUA 4OWJA 3PZQA 1MW0A 1W3GA 1H09A 4A7YA 3VIHA 4CCDA 3NSMA 1JZ7A 4AY1A 1B3XA 4CU6A 2VX7A 3VGBA 3GM8A 3F5JA 2E40A 4UFJA 1JL8A 2I1BA 4I4RA 2XVKA 1AVUA 3DHUA 5AC4A 1CGWA 3S8KA 5BYWA 4AD0A 1BYCA 1E6QM 2WMJA 3FHQA 4P7LA 5EB8A 1ITCA 3L4VA 2XOAA 1JY0A 2WBGA 5ABHA 5M03A 1LWJA 1YF8B 1B0IA 2W92A 4HMCA 2WNWA 1E5JA 2C0HA 1D2KA 1B1YA 1R8OA 2D3NA 2KLLA 5I24A 5FZYA 3CZKA 1VCLA 4PN2A 4ZFUB 2WKLA 4AZIA 3WNPA 4M29A 5E24E 2W5FA 1TP0A 3WSUA 1XG6A 3N13A 3POHA 4D6EA 4QBVA 2UWFA 2F8XC 1ZU8A 2WC7A 4FMVA 4JL2A 3I29B 3AJ5A 3QGVA 1PX3A 4LYRA 4FLRA 2J4GA 2AAAA 4GO9A 1GONA 4D0ZA 1J0IA 4PMZA 1JT3A 1UQZA 3ZR6A 1HIZA 1BARA 4KWUA 2DREA 3OZPA 2JF6A 3ZT6A 2G3JA 2PWGA 4J3VA 4UCFA 2Z1KA 2BY0A 3N04A 3BA4A 1GQJA 4JFTA 1E55A 4PTVA 4YN5A 1PBGA 1CVSA 1GORA 2X09A 3AMKA 1VFMA 2MLLB 1V3LA 4UOJA 3SNVA 1G94A 1XYFA 4D8HA 1W1YA 4NF7A 2HISA 3VILA 1PUUB 3K8KA 7TAAA 4JFVA 3ZC9A 4EANA 2XPKA 4Q9GA 1BASA 3RDKA 2ZUMA 5DF0A 3VGDA 3OBTA 1G9DA 4JIEA 4BCEA 4FK9A 1PPIA 1RP8A 1ESWA 3RMEA 4R27A 1WNOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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