2D20A

Crystal structure of michaelis complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 164
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d20A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d20A01
3Q7YA 3AIRA 2VVSA 2AFGA 1WDPA 1UUQA 1EHAA 3VOCA 2VO5A 4TTUA 1VJZA 3HU7A 1V6YA 2X2YA 2YDRA 1GORA 2WZHA 1CVSA 2GDVA 2OSYA 2O9OA 1BG4A 4F34A 3GXFA 4ZFYB 2AAIB 3QYDA 3ARXA 4MNLA 6I1BA 1GVIA 1BTCA 4ZBVB 4DEPA 1KQZA 1V0MA 2F61A 5LA1A 3CA4A 7CGTA 3UERA 4D1IA 2VNCA 4GQRA 4IISA 4L4OA 3PMEA 3SUVA 4PRWA 3W25A 4OBSA 1S46A 3WO2A 8CGTA 3ZIZA 5I0DA 4EKXB 1W91A 1V0LA 5IFPA 4U5IA 4J7RA 2J78A 3VSFA 1PX4A 2FGFA 5EG6C 2P23A 4D0ZA 3PZIA 2G3MA 4CD4A 2NT1A 5B2HA 2XSAA 3WSUA 3RSJA 3WEZA 4CGTA 2MLLB 3HALA 1QNSA 1UR9A 2KI6B 4GOVA 3CRGA 4K68A 3VD5A 1PZ3A 4AN7B 3T2PA 2XYLA 3UESA 5ECUA 4Z2JA 2ERMA 3N0KA 2HWMA 4AC1X 3BX1C 1DFCA 4AZ7A 3WMBA 2VCBA 5D9NA 2KI4A 1CXKA 4TVCA 3WDQA 2EO7A 1XG6A 1UD8A 4G1RA 4J3TA 1UZ4A 3BMWA 2WKLA 1JYNA 2ZICA 4W5UA 4Q9PA 2D24A 3CGTA 3PHAA 1E55A 1E0WA 1MFUA 1GQKA 3OGGA 1XH0A 4EANA 3TTQA 4GAFA 5BROA 2YUGA 2DSWA 1UR4A 1MXDA 3VIOA 1ISVA 3BLPX 3OGRA 4KBBA 4NZCA 4A3YA 1E4IA 1G0CA 3VVGA 4MAZA 4EK7A 2KLLA 5A6JA 3MS8A 3OLIA 3GXDA 2FHFA 5EMYA 4U33A 3OIHA 2Y9FA 1UQZA 5A2BA 2PWGA 3APGA 1DWAM 1Q4NX 1UHVA 2J47A 3GNOA 5D62A 5E6YA 1RG8A 1XV8A 2A3EA 4DENA 3GZAA 4EFPA 3S8JA 1JDDA 3MKKA 1DJSB 5FL1A 3L2MA 2BHZA 1JI2A 1XD1A 2VU9A 1FV2A 2K4AB 3GH4A 1CNVA 1Q6FA 4H04A 4PSRA 3BAIA 4B3LA 4GO8A 1J11A 3ZR5A 4CJMA 2J77A 1KWKA 4UOQA 3NJ3A 2J25A 4E4PA 5HPZA 1JZ6A 3FJKA 21BIA 1XCWA 4QLJA 5TD4A 4TOQA 2F8QA 2DH3A 3POKA 4GI6A 5F90A 4RE4A 1FFQA 3WQVA 4Z9WB 3RCNA 1AMYA 3ILAA 1V3KA 2ZXBA 2WVVA 3WMSA 1C8YA 1B3ZA 4ZE4A 1CE7B 2BY0A 1B3VA 1C7SA 3ZJ6A 3IAQA 3WQWA 1CGTA 3ARTA 1I1XA 3H6QA 3SCSA 2NM1A 3O3QA 1NWUA 1TWMA 3DYPA 5A2CA 2JALA 1IV8A 1GQLA 3BAUA 3V79C 3ZQ9A 3VGDA 2VSAA 5A6BD 1IZJA 4X0VA 4AISA 3LPFA 3EBVA 3VM5A 1XD0A 3UDAA 3VM7A 1FH9A 7TAAA 1ODUA 2FHCA 3CRIA 1E1FA 3W6LA 4KWUA 1HKNA 3AIQA 2ZQOA 3SCVA 3CUGA 3ZJ7A 3AHZA 2GDUA 2DIJA 3BAYA 3QHMA 4UR9A 3VIIA 2UY3A 1HWMB 5CPQA 5I3DA 1KWGA 3AICA 3O6AA 2I1BA 4AW7A 4U5KA 4YN5A 2ESUA 3GXMA 1UD4A 4P6AA 2F8XC 1TR1A 1ECEA 1DP0A 2QYIB 2J7HA 3PTKA 1JAEA 3CZ8A 5HDRA 4QALA 3NBEA 4QKRA 1WCGA 2XHYA 3HN3A 1JT7A 1K9EA 3SCNA 1DWFM 5CQ1A 2VR5A 3WA1A 2WBKA 2AMGA 4HP5A 3M6DA 2VZTA 4FGFA 4LO3A 4WJXA 1QHOA 4UFLA 1JD9A 5BWFA 1MWOA 1VFMA 4MPKA 4QBVA 3VO0A 1TVPA 4EE9A 3K4DA 5GPRA 9CGTA 1W9PA 3K4AA 2WMKA 1J0JA 3AJ7A 1HIZA 3GM8A 4OWJA 3CQAA 1FN0A 1I1EA 4D6CA 4ACZB 4AEFA 4OJYA 1KBBA 2ZWYA 2FDBM 2V3GA 4OIFA 1E43A 4J3SA 1YXWA 1GUVA 3CUIA 1KXTA 1FWVA 3VIKA 4A3HA 1JI1A 1BVNP 1V3LA 1M16A 4J2KA 1DWJM 4A7ZA 3WINA 4HPGA 4PMOA 2DH2A 3FJ9A 1S0BA 3VUPA 4AD4A 2DRZA 2VZVA 1NP0A 1HVXA 2VTFA 1AQHA 2K43A 4HR6C 3C9ZA 4W8LA 1RPKA 4WKAA 4WKFA 1BLAA 1ZJAA 5IHSA 1JDAA 2ZUUA 2ZUWA 2CKSA 2MC2A 3EDEA 3WUEA 1H3GA 4I6IA 2BVDA 2ESCA 1CGVA 2IHOA 4G6JA 3ZMRA 3WNKA 1QBBA 2YBTA 4XV0A 3BB2A 1TVNA 4HOWA 4Q7NA 1E6ZA 1UH4A 3N7JA 4PN2A 3WD4A 3OZOA 4AD2A 1ZB5A 1EYLA 3HSMA 1ZBWA 4U2YA 1GOKA 4I4SA 4HPHA 4I1EA 3VNYA 3RTIB 3AI0A 2D0FA 1AFCA 1W2VA 2OWCA 2D20A 5E24E 3RMYA 3VGHA 5E0CA 2QPUA 3CUFA 1DWHM 3P6IA 2J8GA 3WDRA 4M80A 2BY3A 2WC7A 3MUY1 2G8ZA 4GZIA 5AY7A 4Z2LA 4UOJA 1E9LA 2QHAA 4OBRA 1DLLA 1GGPB 2W66A 1GQJA 1LL6A 4AEEA 3AIEA 1BLDA 1GOIA 4HMDA 2Q9XA 1Q04A 1YQ2A 1JXJA 3AXXA 1E5JA 2G3NA 2X0YA 5CSYA 4GOYA 4WIWA 1ZJBA 2XIIA 4ISRA 41BIA 3N15A 2WPGA 3WNNA 2G41A 2CHNA 5GNXA 3AMDA 2WXDM 3VWCA 2D7IA 3OGVA 2VLCA 3AZVA 5M3WA 1QI4A 1VFUA 3S8KA 4NF7A 2CYGA 3N7KA 2F2FA 5CG0A 2BFGA 1B3WA 2QF8A 1E6NA 3F1RA 1W1YA 2CERA 4B9ZA 4PTMA 3R4SA 5M17A 4P7RA 4D6GA 4IPNB 2J3PA 1C8XA 2OSWA 1E56A 4I4RA 1PUUB 3Q7WA 2QMKA 3WO3A 2YJQA 1QQKA 1G5AA 3WL0A 1Z4SA 4USOA 3WD1A 2XIBA 3B9DA 3VDAA 1UR0A 1IOBA 2UY5A 2X0HA 3ZJKA 3VX0A 3IM7A 2FDMA 2YL5A 3BCDA 1V6XA 3N13A 3WNLA 2WM0A 3M46A 4PMZA 3VKKA 4CU8A 4OWKA 1UR1A 2VX4A 2WLYA 4W88A 1JYVA 4D71A 1HF6A 4GI8A 1YYNA 4I4YA 2W5FA 1VRXA 3ZJ8A 4BQ4A 1Q6GA 3BAWA 5FKYA 1IHKA 1U2YA 2ZX6A 2ZX9A 3ZO9A 2AQZA 4JP0A 1DQGA 1MW2A 1XH2A 1I1WA 2YLAA 2ET2A 3PZOA 1AF9A 4GI9A 1WO2A 2Z48A 3BAKA 4QCEA 5M03A 3NJ5A 4F9DA 1F4AA 4CVUA 5A6LA 5I78A 1V3HA 3A4XA 4CD7A 3ARUA 1TCMA 4R27A 3VTRA 1TFVA 1SZ6B 2WBGA 3QHNA 4JRAA 5AC5A 1B3YA 2Y9GA 4USPA 4QKSA 2NTDA 3VT2A 3AXIA 3MUZ1 1M01A 4LO2A 3OGFA 4OUEA 3BA7A 4JFSA 3KMVA 2PWHA 4MB5A 1OCQA 2V38A 4RE3A 1BQCA 1BG9A 1OT1A 3WMUA 2NP0A 3BRGC 4JHOA 1RH9A 4EFRA 1K5UA 1OBAA 3ZX7A 3BXWA 2W91A 5CPTA 1HCEA 1JXKA 3WDHA 4OWLA 3HMCA 3L4TA 5BXRA 4MB3A 4OZOA 1HWOB 1OSEA 1LWHA 1TIEA 4PYSA 5KEZA 3E8LC 4H41A 5ABFA 4P0KA 1PX3A 4LPCA 4D6DA 3L4UA 1V6VA 4LO3C 1V6WA 1VF8A 2X1IA 3NIYA 5DEZA 3U5YA 2D7RA 2Y24A 4TX8A 1S0GA 3VDCA 2WHKA 3MV11 3AH2A 5I1BA 1G9CA 1JGIA 4NI3A 4AD5A 1IRAX 4AWEA 2BHYA 1YBIA 1W32A 1V02A 2M49A 3IAPA 4W8AA 4EB2B 5FCZA 4X9YA 4DUVA 4ZXLA 1A8DA 1HJVA 1WB0A 2ZX8A 3CUHA 3VU2A 5DT7A 4JFWA 5IHRA 3WINC 1UWQA 1BAGA 3WD3A 4GP3A 3HOMA 3GH7A 4PEEA 4LO1A 5DF0A 1ONKB 3VD3A 6A3HA 3PTQA 2WVVB 3EDKA 4J3VA 4EFQA 1R85A 3BAOA 3RIKA 1QI2A 4J27A 1IILA 2WHMA 2WCSA 4C7GA 4PUEA 3MU7A 1XHGA 1SR4A 1RZOB 2JEQA 1F4HA 2VX7A 3OBAA 1MW3A 2XGBA 4CN6A 2J7FA 5I79A 2PF0A 2QV4A 5BCAA 5E70A 1AVUA 3AJ5A 4MNKA 1UOKA 1JFHA 3O4BA 1UWUA 1T4QA 3WF1A 5CJ5A 1D0HA 1WDQA 3WQ4A 1LF1A 1WD3A 3A23A 2WLZA 4WLCA 2XPKA 3JUGA 1W1TA 4F66A 4UFIA 3FFZA 4Q22A 3WMCA 1OB0A 4JFTA 4JFUA 7A3HA 3CHDA 5JIWA 1V0KA 4OKDA 4URIA 3CZGA 2G4FA 3ARYA 3WD2A 5BXTA 2YDSA 2VJXA 3CAHA 1EXPA 1F31A 1CGYA 1E71M 3U5UA 4D6FA 3POHA 1JAKA 4UNIA 3FJAA 1PZ2A 5HBFA 4I8MA 1LG1A 1JT5A 1CIUA 5LA0A 2W4XA 3IM6A 1CXIA 2FGLA 3IK2A 4I0YA 1TZ7A 1BVZA 4H8VA 5DZUA 1QNQA 2F2FC 3W37A 3CHEA 4MJ4A 3K8MA 1EOKA 2HWAA 1FWUA 2WKGA 1W2PA 2CBJA 2EQDA 3PZVA 4HZ7A 2LIQA 2WC3A 3VINA 4ZKTB 3SNVA 4HOXA 3KL5A 1V3MA 4RE2A 5BOWA 1CPUA 4IYBA 3ZT5A 2VMFA 3A4WA 3DHPA 3W28A 4IY9A 2D0HA 4CU7A 5CLTA 4W93A 4GIAA 1QOXA 3GDBA 1G9HA 2MANA 3K8KA 5A6SA 3BGAA 4H8HA 4JFVA 3L4WA 3FUOA 4PMVA 3ZOAA 1WDRA 1P6WA 4IONA 2WZIA 2QMJA 4ZEPA 3NBDA 4P8VA 4XUYA 4UQBA 1UKPA 3NSXA 1HL8A 1W3FA 1HJQA 4AZBA 2FFUA 4H2CA 2J74A 3EMQA 1JY0A 3AIVA 3U57A 4D6EA 1UKOA 2J79A 2WZEA 2QLYA 2WMJA 3WF3A 4CD5A 6CGTA 4P8WA 4F83A 3HBWA 3ZC8A 2XJ7A 4N0RA 4X38A 1PUMB 3AJ6A 5EC5A 3UCQA 4DUWA 4A7YA 2ZUTA 3WUBA 1FA2A 4AXNA 4I37A 4M1RA 2ZWZA 4LO2C 1VFOA 1OGGA 2WRYA 1A3HA 2J7CA 2CITA 3MUAA 2LIEA 1PPIA 3ARQA 4WSJA 2YL9A 3VMNA 1Z2VA 1UD2A 1BYDA 4W5ZA 4CD6A 3RPMA 2XWEA 1EV2A 4IY8A 4W86A 1TP0A 1SMDA 5A2AA 2WC4A 2DSUA 2CCRA 4EAMA 4ACYA 4II0A 2FO1A 1T9FA 3VD7A 3MMUA 3KZSA 1NUNA 3QGVA 5F8WA 1UD5A 4LGXA 2EPNA 4J3XA 1ZBKA 3RM8A 3ZXDA 2O9PA 2J75A 1BA7A 3VDBA 4D6JA 4AZGA 1XSKA 1GZJA 4J2XA 2XTKA 1HKIA 1M2TB 1BFFA 1MW0A 2VI0A 3RMEA 2YA0A 3VNZA 1Z32X 2VUYA 3UD7A 1KCKA 3CMGA 1HP5A 1MQQA 3WBEA 5FZYA 3SCTA 2XM1A 1ILR1 1NARA 1H41A 4P8XA 1X1NA 1J0IA 4M82A 3J7HA 5D9OA 3OG2A 1OIMA 4M81A 4B16A 1KR1A 4A4AA 3NDZA 1J0SA 1VEPA 2BVYA 3TTSA 1DEDA 3VD4A 2R9KB 4KGLA 3BCFA 2XVLA 3N18A 4UFMA 4D0TA 3IANA 3MUIA 4ZENA 1MW1A 5CGTA 3WF4A 3BSHA 4E8CA 3UJ0A 4AD1A 1UWIA 2FGZA 1CECA 1PZZA 4ZOTA 2EBNA 2J62A 1G01A 3L2LA 2E9BA 2OYLA 3F5KA 5EFFA 2A3AA 5CPSA 1UWTA 4LO1C 3MANA 3AROA 1EGZA 1CEOA 3A6OA 3SUTA 3MV01 1TA3A 4UFHA 9ILBA 1UH3A 3ARSA 1XZZA 1PBGA 2G3IA 3D5HA 2VCCA 3W6MA 4G9NA 5A8NA 3FHAA 1R86A 1A47A 2Y4SA 1E72M 3CMJA 3LPGA 1SR4C 1MXGA 2ZIDA 2WNWA 4AMCA 1L2HA 7I1BA 4KRTA 2PWEA 2VRKA 4DWSA 1EH9A 2QPSA 2VQUA 4YOLA 1G9DA 5A6MA 2DREA 1IRPA 4W8BA 2EJ1A 2O92A 1XHBA 3CA5A 1EVTA 2ZUMA 4IQPA 2J7DA 1B9ZA 3FJCA 5E0FA 2VXRA 1C8QA 4I7IA 1NP2A 1Y7VA 3PN8A 2WVSA 3U7BA 4CD8A 3LPOA 1HX0A 1Z0HA 3NUKA 3QHOA 5BP5A 4WK9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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