2D20A

Crystal structure of michaelis complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 164
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d20A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d20A01
3P53A 1C3FA 4OEEA 1C90A 3VWCA 3PTKA 3OGVA 4GXPA 1W3FA 2JIWA 3OBTA 3QGVA 1E5NA 3PG0A 1Q6EA 2E9MA 4S3KA 2WVTA 4W7UA 1HIZA 1WZKA 3IANA 1EYLA 1NOUA 3N15A 3CUJA 1V3LA 3AIWA 3EMCA 4TTUA 1R7AA 1Q6CA 3F5LA 1V6UA 1AMYA 1NOFA 1E0VA 1XSJA 3T2PA 5BYWA 1JI2A 3WENA 2XYLA 3TTYA 5CPTA 4P8WA 3GH7A 2V3FA 2J7CA 1BSIA 2WRYA 1QW8A 1EGZA 2WHJA 1JD7A 4F9DA 3PZNA 2BS9A 3W9TA 1UKTA 1OINA 2EPMX 1V6YA 2VZUA 1CVSA 2VL4A 4UTFA 3T0DA 3RJXA 2ZUSA 3RM4A 4UFKA 2J7GA 1XD0A 2A3CA 1IOBA 4PTVA 2D22A 1D3CA 3ZC8A 5D61A 1P63A 1NH6A 1NWUA 3B9EA 4MNJA 1CGUA 6A3HA 3L4VA 2BHUA 1W3AA 1SR4A 8I1BA 3IK2A 1V6XA 1AVWB 2VSEA 3ARSA 1E6NA 3L4YA 3D3AA 2G3IA 4GI8A 4F79A 3VGFA 3BMVA 4DUWA 1WO2A 3OLIA 4W7VA 3CA5A 1HJVA 4H8VA 3N13A 1NP0A 2OYKA 3UD8A 3SNVA 2Z49A 1BLIA 1VBRA 2J75A 4I4UA 2FH8A 2WHKA 3AZSA 6TAAA 1KCKA 3AIBA 2WMIB 4Q22A 4QDMA 1G9HA 1NZKA 3MUAA 2BV9A 2YL8A 4Z2LA 2WZHA 4LYRA 1WB0A 1O6IA 1UWIA 1ZBWA 4IISA 3CZKA 4KBBA 1EOKA 2WCAA 4L4PA 1XCWA 5HPCA 4AXNA 3K4DA 3RILA 5CG0A 1UG6A 5JBEA 2A3HA 4AZ7A 3TTOA 4X9YA 4ISQA 1KWKA 2YIHA 4B16A 2WVVB 3B9UA 4LGXA 2J7EA 1JZ2A 2YDSA 1W9UA 1K5UA 5I78A 3O4DA 1H11A 1E4NA 3EYPA 2KH2A 5A6BA 2Y8VA 1TIEA 4CKQA 1JL8A 4J27A 4MB5A 2Y5EA 2DREA 4D6JA 4IY8A 1ABRB 2Z1SA 2BHYA 2J3PA 3K8LA 3QOKA 4CD6A 1EIBA 1OM0A 3IAGC 4ZENA 5FNXA 4F34A 4AD0A 5BOWA 4JZ5A 1E72M 3ARXA 3BLPX 4HPHA 1V3HA 1BASA 2G41A 2W66A 3ZJKA 1R87A 3VD9A 3VDAA 1XSIA 2WWCA 4URIA 2IXVA 2X1IA 3CU1B 3N18A 4D6FA 3CHEA 2VVNA 4KEIA 4ATWA 1CLVA 4PTWA 3VTRA 4FVVA 1H2JA 5M03A 5DT5A 3W28A 4W85A 3JRRA 2ZUNA 1H3GA 3MALA 1GHSA 2DH2A 2ZXDA 2HW9A 3RTIB 1UD5A 3KMVA 4P7NA 4C7DA 1HKNA 3O49A 1G9DA 3MKKA 1E1FA 5AY7A 4AC1X 2VZVA 2KLLA 1BYBA 4LO2C 1CTNA 1BLAA 2DRYA 4OOUA 1HJWA 1HIBA 4AZBA 2DSZA 1GCYA 1Q04A 2VO5A 1MQQA 2HZ9A 2GDUA 3SUWA 3NUKA 2ZUVA 1FHLA 2W61A 4IQPA 3WF3A 1IZJA 4Q9PA 1BYAA 3ZT5A 5AC5A 2WC7A 3ZR6A 4NI3A 1IRPA 4P6AA 3CRIA 1HKIA 3VEQA 4I2SA 1AVXB 1QNPA 4U5KA 1CDGA 2D3LA 3WO3A 1QHZA 3CA3A 2E4MA 4DWSB 5IDIA 4A4AA 1V08A 3POKA 3A22A 1LWJA 3IJ9A 3WD2A 3AMCA 2ZQNA 2VJXA 3SUSA 1F4AA 1AFCA 4ACZA 4WLCA 2GJRA 1GQJA 3PHAA 1WPCA 1TA3B 4D0TA 4H8UA 1RY7A 3IM7A 1UQZA 1CZ1A 1OGGA 3AMGA 3WELA 4ZBVB 2AXMA 1DWFM 1QQLA 1Q6DA 3QHOA 1SYTA 4ZE4A 4YN5A 3W29A 2F8XC 2BNJA 2CERA 2JFEX 1EDQA 5LYRA 4TLPA 1DP0A 2VZTA 2OYMA 4YHEA 2DIEA 1V3MA 3AXXA 4HP5A 3PZ9A 1TE1A 1ESWA 1BVNP 5DF0A 4JFUA 1MQRA 1X6LA 3NYDA 2WVVA 1KBKA 4NRRA 5IFTA 3WFZA 3HU7A 1V3KA 4J23B 5E9AA 1DWAM 2KKIA 3DYMA 3AYRA 4XUYA 2XM1A 4WKFA 4QLJA 5E70A 2RGLA 3OZPA 1YBIA 4HU8A 3NIYA 3TONA 2RGMA 2QHAA 3MUZ1 1JFXA 2VRJA 4B9YA 3AHZA 2DT2A 3WF4A 2D20A 5A6BD 1Q4NX 3O4CA 4W86A 1M7XA 2WZEA 5EHAA 3K1DA 3RMYA 2VOTA 4M56A 1AVAA 3O4BA 1E43A 1XYZA 2PWDA 1LG2A 3CTTA 4PMZA 5A8OA 4UQ9A 2O9RA 5FL0A 3WNOA 3L2MA 2JEPA 3IAQA 1EHNA 4I7IA 4HZ6A 2VXTI 3WBEA 3CQAA 1MWOA 5IXEA 2EPKX 5FZUA 2MANA 3VGHA 4OWJA 3WDIA 3AZTA 4D6EA 4IPNB 4QLKA 3VIJA 1XH0A 3UCQA 3A47A 5JUVA 3SCSA 3AIVA 3BAHA 1GHRA 2WBCA 4GI6A 3DHUA 1JT5A 4I4RA 2DT1A 4PMDA 4U5IA 3WD4A 4A7KA 3THDA 2PF0A 4RE3A 1ZBVA 4JP0A 3OB8A 1AQHA 2VCAA 4LO0C 1JZ3A 1LG1A 2J78A 1UZ1A 4ZKTB 3N0KA 4LO1A 1JF5A 3T0AA 1V02A 1J0KA 4WJXA 1V03A 5BP5C 4OEFA 3GXDA 2WANA 3WH7A 5I5RA 1GJWA 1W91A 3QHNA 4OKDA 1XZZA 3FJKA 5I6SA 1WDQA 5DVHA 1JZ4A 3SEPA 1KQZA 4X0VA 2JIEA 3AKFA 2J7DA 1QHPA 2V3EA 1UWRA 1UUQA 2OYLA 3ZC9A 2RG9B 3BCFA 1W3LA 2X09A 3VT2A 3G6MA 4W8AA 3VIFA 3VSFA 5LA0A 3CZ8A 2VT0A 4DWSA 4CN1A 1M53A 3ARYA 2FFUA 4W84A 2VRQA 1UQYA 3PTQA 1E1EA 1M01A 1PZZA 1W2VA 2NTDA 4KWUA 2YKKA 3IM5A 1G0CA 1GOIA 2EPOA 1JZ7A 3CUIA 4OWKA 4PMYA 1G9BA 1A3HA 7CGTA 2Q3NB 3MMUA 5A2AA 1WAWA 1UH2A 1W2PA 2GSJA 4OBRA 4I96A 1VEMA 1RMLA 2X2YA 4DM1A 2BEAA 5DEZA 2G3NA 2ZUUA 2JEQA 2AAAA 2F2FC 4P8VA 2QYIB 4P0JA 3ZJ6A 1J0YA 4FF5A 2EO7A 1K5VA 4A7YA 1TMQA 5FIPA 1OB0A 5BCAA 3CH9A 4IHZA 4P7RA 2WCGA 1E15A 2XIBA 3CZLA 3UG5A 4B3LA 4I4QA 1EHAA 5C70A 1BQCA 3ECQA 3L4UA 2VX6A 3WL0A 1VEOA 2BVTA 1VB9A 2CETA 3OLEA 1EVTA 3ZJ8A 4JFSA 2GZBA 1JTCA 4P8XA 5E6YA 2ESUA 1US3A 3G6LA 3NBCA 1DIWA 3H6RB 3WO4A 2DIJA 5JBDA 4TXEA 1VIWA 2TAAA 3ZM8A 1X6NA 4I4PA 4WKAA 1V0LA 3CO4A 5A3HA 1ODZA 2Y9GA 1UA3A 3L4XA 1XD1A 4JCMA 1QBBA 5EB8A 1NWTA 3VMOA 2XGBA 2YLAA 2NZ9A 3FGMA 2XM2A 4CU8A 2X05A 3VIPA 2MC2A 1E4MM 4RE4A 3POHA 3UG3A 5I0DA 1JYNA 3SCTA 3PUBA 1MW0A 4ZFUB 1CGTA 3A4XA 3BAIA 3ZR5A 1CXFA 1HKKA 1ZB5A 3AMKA 1K9DA 1MW1A 5B2HA 4WSJA 3WQVA 4ZFWB 2UY5A 2P39A 3EMZA 2MIBA 1UKSA 3DECA 3OIHA 1IILA 2GK1B 4J28A 1HJSA 2Y8KA 3AIQA 4XB3A 2WBGA 1XC6A 4U33A 4JL2A 3B8SA 4GPNA 1EQPA 2WYSA 3BCDA 1EXPA 3EDEA 5FD0A 2VR5A 4L4HA 1KXQA 1XH1A 3A4WA 1D0HA 1CLXA 3FUOA 1W3KA 1E4LA 3WMBA 5AC4A 6I1BA 1TVPA 1J11A 3ZIZA 5ECUA 1TTUA 2D0HA 1DZDA 1KB3A 4DM2A 1VFOA 2X2SA 1I1WA 1KGWA 1JLYA 1CXEA 1ZU8A 3VUOA 3I3EA 2P23A 3VGBA 3CUHA 5DT7A 2QLYA 3BA4A 1V6VA 1ECEA 1GJUA 4A3YA 1WZAA 1QNOA 1RP9A 3S8JA 1E0OA 2YDRA 3PN8A 4A7ZA 1DWJM 3NDYA 1JYXA 1KXHA 4UOJA 2GJXB 4DWSD 2PC8A 1A8DA 5CQ1A 1VENA 4X0NA 3NSXA 5CPSA 5D63A 1BGAA 3PZUA 3WF2A 3M46A 1JYWA 1W3JA 2ZUMA 3N11A 3GNRA 3AKIA 3II1A 5JBFA 3CA1A 2WHMA 2YL9A 3FJ9A 1NWRA 1GUVA 1EA9C 2RQ9A 1CGXA 4W93A 3VIGA 1GW1A 1R8NA 5C8BB 4LXFA 4HOWA 3VDCA 1UKPA 4P8UA 3S2CA 4TX6A 2OSXA 2D0FA 4AISA 4BZYA 2M49A 2FGFA 2IUZA 1FA2A 1FMMS 4J2SA 1CECA 1W1YA 4NRSA 4CD5A 5TD4A 3OA5A 2W63A 1BAGA 4M8UA 3OJ2A 3Q7WA 5DO8A 3W6LA 2G3JA 2WKLA 3CZJA 2LIQA 3BAOA 4ZOTA 4R27A 1S0GA 4BQ3A 3ALFA 1PZ3A 1IT0A 5ABHA 1UR2A 1J10A 1HJUA 1BYDA 2LIEA 3UD7A 1EO5A 4U31A 5GPRA 3WNKA 3TTQA 3ARRA 2WB5A 4W8BA 3BAXA 4PMVA 3SCUA 1GPFA 2VX4A 1XSKA 4GQQA 2VCBA 1N4KA 4YOLA 2XG9A 2DS0A 3OGGA 4JFTA 4XX6A 2W5FA 3L4ZA 1JY0A 3UR8A 4QALA 4CGTA 5FOOA 1BLDA 4I3NA 4JHOA 1JLXA 3BB2A 1M04A 1DWHM 3WUGA 2VVSA 3SUUA 1H0IA 2E9LA 2Q9XA 1WD4A 1I1XA 1KCLA 1JAKA 3EDDA 1C8XA 4MB4A 4CCCA 3J7HA 1QI4A 3SCQA 1EQCA 2XSAA 1FFQA 3I3BA 2CPUA 4V27A 1IZKA 1FH8A 3Q7XA 1CXHA 2XVGA 2DT0A 4QD2C 1LJYA 2XFFA 1MFVA 4TTGA 4G9NA 4GQRA 2ZX5A 1GGPB 1S0CA 1WDRA 1HWOB 2GVYA 1I1BA 3AIEA 4AW7A 2NYYA 1UKQA 5JMCA 1J9YA 3CLWA 5A6KA 1BFNA 3GM8A 1EO7A 3WA1A 1QHOA 2WVUA 1JNEA 2WPGA 3HALA 5EG6C 1OSEA 2BHZA 4FGFA 4II0A 1PX3A 4FLOA 1U33A 3WUEA 3VOCA 1A47A 3APGA 1XHGA 3VDHA 3A3HA 4EK7A 3AXIA 3CHFA 2WMHA 5I79A 4WF7A 2ZR1B 4C7FA 1GOOA 4KEJA 3WDPP 4RL3A 3FJDA 1UYQA 1PEZA 1GOQA 4LO2A 3FW6A 1UWUA 1FMZA 1RP8A 1XHBA 3TC2A 4D6GA 1DFQA 2WWDA 3ARUA 4MNKA 3ARZA 4B3KA 2GJXA 5DUYA 5EFDA 1D2KA 3O4OA 1BARA 1DQGA 3PZIA 5DZUA 1S0BA 1LLOA 4OUJA 3BSHA 1FQ9A 2D43A 4OEGA 4P0LA 1XV8A 1SR0A 1PC8B 3TOPA 2WK2A 3V0BB 5E0CA 2PBGA 1FH9A 4AYSA 3AKHA 2A3EA 4CUCA 2XVKA 4EE9A 4L4IA 3B9AA 4GZIA 4YHGA 3GXMA 4W5UA 4BS0A 4HPGA 3W37A 1JT4A 3POCA 5CZKA 1W32A 3R4SA 5E6ZA 1UPSA 3VD3A 4CJMA 1B2YA 1ISVA 3BAGA 4W5ZA 2GDVA 1VCLA 3RIKA 4TOQA 4PTXA 2V38A 2K4AB 4HTYA 1BG9A 3ARVA 5JIWA 2FDBM 1ISZA 3WFLA 5BRQA 2Z48A 3CZEA 3MMWA 1BFGA 2QMKA 4UOZA 1CGVA 3FHAA 4I8MA 31BIA 3CIVA 1WD3A 3AHVA 4HA2A 4U3CA 1UH3A 2EXOA 4F83A 4X37A 3O2LA 3LPOA 4LX4A 3N7LA 4M80A 2UY4A 3DYPA 1C8QA 4E8CA 4AZCB 2D7IA 3V0AB 1E3XA 3FJHA 3PZQA 4DCKC 4Z2GA 3LMYA 3O44A 1S0LA 1B30A 3C9ZA 3OJVA 3BAYA 1B3VA 4UQBA 2OSYA 4LO8B 4JKMA 1PBGA 3VGEA 2BFHA 4IUGA 3JUTA 5HDRA 4AN6A 4QCEA 1PX8A 2E8ZA 2VI0A 4PUEA 1R8OA 1MFUA 1JXJA 2PWGA 2YL6A 3WDRA 2D7RA 3SUTA 3GDBA 1CPUA 4IZXA 1QW9A 1CXLA 1CXIA 1ITCA 1OGBA 2G3MA 2PWHA 3GNOA 2G4FA 1KNMA 2ZIDA 2NT0A 1ONKB 1JG9A 4QBVA 1C7TA 2J8FA 4WBCA 4G1RA 4H9WA 1UD6A 1DJSB 2VU9A 1SFSA 2IXUA 3AZRA 1NM9A 2WBKA 4TVUA 4G6MA 3NJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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