2D20A

Crystal structure of michaelis complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 164
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d20A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d20A01
4AZGA 1ZJAA 4XFUA 2WYSA 1H3GA 1U33A 1PWAA 3GXFA 4W5UA 4ZXOA 4DUXA 2GK1B 1WDSA 3AQUA 3CRHA 1XYFA 4RE3A 1FQ9A 4LO1A 5FKYA 4AD1A 4ZXLA 3V0BB 2XVLA 3AZRA 3UD9A 4HMEA 1TOOA 2XIIA 5GNYA 1ESWA 4AZBA 4EAMA 3L4XA 2PF0A 1EQPA 1E6NA 1R86A 5AC4A 2J25A 1PZZA 3BRDA 1E70M 3VIMA 5D9PA 3CA5A 3ARYA 1RG8A 4J3WA 3N04A 3WQ8A 2Z1SA 3O9NA 2ZX7A 1G9BA 4WBCA 4ACZA 3CZEA 2XFFA 1JD7A 1Z4SA 1BGAA 3RM8A 3WUGA 3QYDA 3WD0A 1JL8A 1W3HA 5CGTA 3VDHA 4I4RA 3HN3A 4PBGA 3TP4A 3W37A 4V2XA 2D20A 4XV0A 1EPWA 4W5ZA 3CTTA 3ZOAA 4LO8B 4FGFA 5A95A 4OEFA 2D0FA 4W89A 2ESUA 3KEHA 4F8XA 4D6DA 3VSZA 1MXDA 4GP3A 2WMGA 3GXIA 4A3HA 3OA5A 2VX6A 3WH9A 2X2TA 2YDRA 1H0IA 1TUXA 3A07A 3I2XA 4LO0A 3A47A 3WNOA 2WLYA 3RTIB 4P0LA 1GOMA 3TOPA 1DP0A 1X6NA 4HZ7A 8A3HA 1CWYA 1W9UA 4J2XA 3LTQA 1H1NA 2EO7A 4ZE4A 1NH6A 3WMBA 1TIEA 1BQCA 3OLGA 2VCCA 5BXRA 1LJYA 4DUVA 2YLAA 3PZOA 3RCNA 1GHRA 1HWPB 3VUPA 1HVXA 4PMZA 3QHNA 3HALA 3SCUA 3VIPA 2E9MA 4PSRA 3Q7YA 1CECA 4HJJA 2RGLA 2VXRA 3CAHA 1BSIA 1QNSA 2XGBA 1YBIA 1GOKA 2WC7A 1G01A 3WSUA 3CUFA 3PHAA 2FGFA 3PZ9A 1H4PA 1FMMS 2F8XC 2AQZA 5CPQA 1QQLA 3AKGA 3F5LA 3RMYA 3MALA 1VJZA 2DT3A 1CLVA 3FJIA 2I1BA 4AC1X 2YA2A 1KR1A 1OIMA 4FLQA 4J27A 2CBJA 4B15A 1W91A 1GONA 1TE1A 1KCLA 3WENA 2BFGA 4Z2JA 1OT1A 2VSAA 3W9TA 3EDJA 1FH8A 3CH9A 2Z1KA 3SCSA 1CBGA 3BH4A 4D8HA 1EOKA 3WF1A 3Q7WA 1VCLA 4QD2B 1QQKA 1DWIM 4QD2C 1VEOA 4W7UA 4ACYA 2L5XA 2BHZA 1QI4A 2YOCA 4JCMA 4ZEPA 5A2AA 3GBEA 3WUEA 2Z49A 2P39A 1C8XA 2Y4SA 1MFVA 4OBRA 4AD5A 1E0XA 1CXEA 1XSIA 1S0BA 1CGWA 3OJVA 1R8NA 3O4AA 4GP0A 3VMOA 2O92A 2HVMA 4X3AA 2YDSA 4PEEA 3IAPA 3ZT6A 1E6XM 3MUIA 1B0IA 1LL4A 3A21A 3EMCA 2HW9A 3C9ZA 1W2PA 1JD9A 3OBAA 2X0YA 4UNIA 3L4YA 2XWEA 1G94A 4BF7A 3BXWA 2WMKA 3WKZA 4QALA 3R4UA 1MQRA 4I4QA 2DT2A 2WZHA 3UETA 1BLIA 4AMCA 3SUWA 3OGRA 1IOBA 1R8LA 2PB1A 4OW4A 4F79A 4FVVA 1KCKA 3DYOA 5ABFA 4AIOA 3KL0A 7I1BA 1M03A 2GDVA 4CD5A 4AZ6A 4R6UB 2DH3A 3CZLA 4UQDA 3GZAA 3VMNA 5BXPA 1GQIA 1KBBA 3GYCA 4PUDA 4W85A 5A3HA 2FGLA 1H2JA 4C7FA 3POHA 3BMVA 1XH1A 3IJ9A 3T0BA 1V6XA 3PZQA 2QN4A 2D44A 2VC9A 4TXEA 3O2LA 1C91A 3VT2A 4UZSA 5JUVA 5BCAA 4XFTA 1XH0A 1CYGA 1HJXA 1U2YA 2WBCA 3AHTA 3WNNA 1UPSA 4BQ5A 3WINC 1C7SA 1UR2A 3NSNA 3IJ8A 3ARWA 2NTDA 1TZ7A 3N0KA 2BY3A 4D6GA 2E4MC 1V03A 1UOKA 3MSDA 4BQ4A 5EG6C 4FMVA 4X9YA 3AS2A 4U3CA 4H8HA 5D9OA 2WVTA 4P7RA 4AZIA 4HPHA 5DZUA 3M46A 2W67A 2Q9XA 1KWKA 1WZMA 4EANA 2ZUMA 3WY1A 4Q91A 1FN0A 2Y9XE 3BCFA 2D7RA 3L4WA 3BAGA 1EO5A 3M7SA 1V08A 3SEPA 2XFYA 1UD4A 2VI0A 4HR6C 2VURA 4I4OA 1DHKA 1N4KA 3DC0A 1W9DM 4Z8SB 2FHBA 3POCA 1EIBA 1JZ6A 4NRRA 3ZJ6A 4BA0A 3RO8A 1HKNA 1F4HA 4N0RA 3RSJA 1D3CA 5CLWA 5A2CA 3OJ2A 3W25A 2XFRA 4LO3A 1HL9A 3NIYA 1DEDA 2W91A 3EF2A 1G5AA 1W3JA 3K1DA 3L4ZA 4USOA 4JL2A 2OYLA 4J2KA 1XHGA 3WDPP 1OIFA 3QGVA 1DWGM 2Y9WC 1NWSA 4D0TA 3GM8A 1JTCA 3CUIA 1XD0A 2VR5A 4MTVA 1IT0A 4NZCA 1TR1A 3VWCA 1V02A 3KZSA 1WBAA 2LIEA 2G3JA 2DH2A 1GNXA 3AMDA 3VIHA 1KXQA 2A3EA 2E4TA 4HOWA 2CESA 1QOXA 3NDZA 4FLOA 4DENA 4ZLBB 3CPUA 2OSWA 1EV2A 3N9KA 3VX1A 4DWSA 3NSXA 4OEEA 3B8SA 3BLPX 2XVPA 4DM2A 2VRJA 3OBRA 1E71M 5A6BD 2VL4A 1O6IA 1VFUA 1W1PA 2JIEA 3VUOA 3VD7A 1UQZA 6CGTA 1WBCA 5D4YA 3BAHA 3O3QA 1VAHA 3T2QA 3AYSA 4HPGA 4AZ7A 4J3TA 4KGLA 4WKAA 3WD4A 1E3ZA 1NOUA 1QI0A 4M82A 4UQCA 3PTKA 1UR1A 4YHGA 1Q4NX 3LPFA 4E8DA 1I1WA 3UG3A 3D3AA 3VT1A 4J7RA 1X6LA 1CXIA 2WRYA 2BS9A 3ARZA 1M53A 3BTAA 1I75A 2ZWYA 4W8LA 8I1BA 1BTCA 3WH5A 4G6JA 1XV8A 2WHKA 1ISWA 2VR4A 3W27A 4D1JA 3Q7XA 3VEQA 4E2OA 5BQUA 2WVVA 5CGMA 5IDIA 1YTOA 4G9MA 1QNOA 2D0HA 5KZ6A 3BADA 3ECQA 3UR7A 2VOTA 3WEZA 4LGXA 4A7YA 3CLWA 3U7BA 3SCOA 3ARUA 4HMCA 2G41A 2XM2A 4JHZA 3N7MA 4BS0A 1J0IA 4OIFA 2Y24A 3FJEA 1JAEA 1E55A 1NWUA 2WVUA 4UZUA 3VD4A 4UFKA 3RJXA 2QF8A 1H0GA 2JE8A 5HDRA 2VVSA 3A4XA 1WAWA 1ZB5A 2V3DA 1PEZA 4I3NA 2R9KB 1TFVA 1E6PA 1C90A 1CPUA 4GZEA 3W29A 3EYPA 1E40A 3L4UA 2WHJA 3JUGA 2GUYA 2J47A 4CN1A 4JCLA 1BYAA 1UUQA 2ZR1B 3AMLA 4AD4A 2WC3A 4EFQA 1XSJA 4UFIA 3VDBA 2GJXA 1GZJA 2A3AA 3U57A 1ITCA 3I29B 4PMVA 5BXTA 1FP9A 3S2CA 2ZXDA 2EJ1A 4MPKA 3O49A 4QKRA 5D62A 2F2HA 3AH1A 3VNYA 4D6HA 5JLVA 3D7WB 3VOCA 1GUVA 1TMQA 3HMCA 3ZMRA 3AMCA 2J79A 5FCZA 4GAFA 4AZCB 3WDHA 3IM5A 1JZ8A 1YQ2A 2QHAA 2XOAA 3DECA 1E6RA 3A23A 1UD6A 2DT0A 2KI6B 4AN6A 4JFVA 3AS3A 1MVYA 2EBNA 3P6IA 1B3WA 3OGSA 1HKMA 3A22A 3EDFA 3PZGA 3NJ5A 2G4FA 1ODUA 1BYCA 1JFHA 3WMUA 1IRAX 5LA0A 2BEBA 1UH2A 3TTYA 4OJYA 1ONKB 1DWAM 2PBGA 3WH8A 3L2LA 3W82A 4I2SA 3BCDA 1I1XA 3OGGA 2DQXA 5CLTA 4WKHA 5I2UA 2D3LA 5EHAA 1AXMA 2WSKA 1TA3B 2WHMA 4ZA3B 4J2YA 3N7LA 4I4SA 1OGGA 2V3FA 5A6LA 5M5DA 1EH9A 3ZXDA 1BG9A 2VZVA 5I5RA 5I77A 1PBGA 1YXWA 1S0EA 2A3BA 1V3JA 1J9YA 1SR4C 2BV9A 3GH7A 1HIZA 2V5CA 4IZXA 1CLXA 1AVWB 1HT6A 1UWTA 4JHOA 1UZ1A 2PWGA 3O4BA 1ISZA 3AMKA 3VGHA 2VZUA 2NT0A 3P53A 3FY1A 4M24A 3CRIA 5C70A 1KQZA 1PIGA 2E0PA 2KI4A 2XTKA 4TX6A 4YN5A 1FH7A 3THDA 4U33A 3UEQA 1E6SM 3HU7A 3CMGA 1JZ7A 1J11A 3AIQA 3FN9A 4D6JA 2X0HA 2WMIB 3QR3A 4PMYA 5JIWA 4PCSA 4CCDA 3WF2A 5A94A 4D72A 4KEIA 4W87A 2J7GA 3RILA 1NUNA 1CIUA 3QHMA 3IM6A 1FGAA 1EGZA 4JAWA 1E1EA 2WHLA 1JT3A 3BAYA 4GI6A 3WO2A 1ZU8A 5BWFA 1F31A 4LXFA 4MJ4A 2J75A 2Y9FA 1F4AA 1MFUA 4K68A 3HOMA 3WINA 2ZE0A 3R4SA 2WKGA 5E6ZA 1DWHM 3ARRA 1JI2A 3A4WA 2GZBA 1V3HA 3A3HA 1K6AA 1TTUA 3AFBA 4AIEA 2D24A 2E4MA 1L2HA 1UKQA 1HKKA 1WDQA 3QOKA 3VNZA 4GI8A 4F9JA 5D9MA 3UJ4A 3VGGA 2PWEA 2WANA 3K8MA 3F62B 1OGBA 1FHDA 2XSAA 1XRVA 4HTYA 1HCDA 2VRQA 3VM7A 4L4IA 1FA2A 5ABGA 4CGTA 4C7GA 4IYBA 4CU7A 1PX4A 1WP6A 3ARSA 1Z2VA 1V0NA 3SIMA 1AVXB 2HWAA 3TC2A 4PRWA 4MAZA 1HP4A 3FJAA 3BAQA 1NOFA 3F4VA 1G82A 3V0AA 1SMDA 4ATWA 2Q3NB 2O9TA 1B3YA 3WH7A 1E4LA 1JFXA 4I4YA 2ESCA 1PC8B 2G3IA 1T4QA 2JF6A 3RTJB 5A6MA 4MADA 4QP0A 2O9RA 3H6RB 2O9OA 3CU1B 1VBRA 3WO4A 1JYWA 2HISA 3K4DA 3ARXA 3HSMA 1DZDA 1M01A 5CG0A 2WWDA 3NYDA 3I3EA 1FMZA 4AYSA 5IFPA 1GOQA 4CD4A 3OLIA 1E56A 1ZS2A 2GFTA 2WM0A 3AISA 2VX4A 1KB3A 4GZIA 3GXDA 4JKLA 5F7UA 2XVGA 1R7AA 3FJHA 4J23B 5I1BA 1M7XA 3AIRA 1W1TA 1W3FA 1LG1A 1QHOA 1GQKA 1EYLA 1MW1A 3CHEA 4KEJA 2GDUA 4UTFA 4I4UA 4I1BA 2F8QA 2WLZA 1XSKA 4JPZA 1EHAA 5M3WA 1J0JA 5I79A 4JRAA 1DWJM 3MS8A 3B9DA 3ARPA 3EMZA 1C92A 3ZC8A 1QBAA 5JIPA 1KGXA 4A4AA 4P7OA 3TTOA 5FIPA 4CJMA 4Q9PA 1AVAC 1QVBA 3CQAA 1DZCA 1OD0A 2W61A 1JY0A 2KLLA 1MYRA 3FAXA 3JUTA 2OYMA 4LYPA 4CU8A 3ZT5A 4HP5A 1JT4A 2EQDA 5A6KA 1E4IA 2NZ9A 1MD6A 2NT1A 1Q6CA 5EC5A 4X38A 1IZKA 4LO7B 1PIFA 2VZSA 4LO7C 5LA1A 4CVWA 3PN8A 2J7HA 1XD1A 3B9AA 4GKLA 1EHNA 2ZX5A 1NWTA 4TUFA 4QBCA 2Y2WA 3IAGC 2XJ7A 2YL5A 4I4PA 4UQAA 2K4AB 4HA1A 4JFUA 2ZWZA 1BYBA 4GOVA 4HOZA 4XX6A 4M1RA 3VSFA 1KGWA 2IWTB 1FV3A 1GOOA 3EDKA 2YUGA 4GIAA 4WK9A 1N82A 4P0KA 4QO3A 1HWOB 1SMAA 2YLLA 5KEZA 3U5UA 1ZBCA 4MB5A 3CUGA 4EKJA 2FDMA 4C7DA 4DUWA 1ITBA 4D6CA 3FGMA 4ISRA 3OB8A 3TTSA 2XSBA 3FXYA 1IRPA 4G6MA 4KRUA 4MNKA 5IHSA 4R5EA 4AD3A 1LL7A 2QYIB 1NARA 1E15A 1EDTA 3NSMA 2CHOA 1V0LA 7CGTA 1OSEA 1B3VA 1JG9A 1V0KA 2DIJA 2YBUA 4LO2C 2PC8A 3UJ0A 4BQ2A 5I24A 3VIOA 4XUYA 4IQPA 1Q6DA 4GZJA 2WBKA 2QV4A 1IV8A 3N15A 2WCAA 3KMVA 4OKDA 5F90A 1NZKA 4EFPA 1L0PA 4ATDA 1M2TB 3PG0A 3WL0A 3BRFA 3F5JA 4OWKA 4HMDA 2ZQNA 4XKIA 4I4VA 4JKXB 4D6FA 3AHXA 1JZ3A 2EPLX 4IISA 3APGA 3VDCA 2DIEA 3GDBA 1OWQA 2AXMA 2BY1A 2OWCA 1JF5A 2CITA 1GVIA 1HCEA 3WDJA 3IJ7A 1UWQA 4Y7EA 1FWUA 2OWWA 2MLLB 4B16A 3O4CA 4PMQA 4GINA 2BNJA 2X2YA 2QLYA 4FK9A 5A8NA 3GBDA 3AJ6A 3CZGA 4P8XA 4I4XA 2J4GA 4W7VA 3CA4A 1TG7A 3VX0A 1KXHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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