2D22A

Crystal structure of covalent glycosyl-enzyme intermediate of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 166
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d22A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d22A01
4K68A 2VR5A 4IPLA 3SCNA 3SUUA 1JXKA 1GHSA 3WUFA 2FFUA 2XVPA 2WVVA 3UETA 2WXDM 1BFNA 4RE3A 3BLKA 4Q9PA 2ZX8A 2ZUUA 2J7FA 4JRAA 2GK1B 5JMCA 4ZFWB 2WMKA 1ISZA 1I1BA 3AMLA 4JKLA 1BYCA 1LG1A 5M5DA 4XUYA 2FHCA 4QCEA 5GNZA 5DMYA 3ZOAA 1NH6A 4FLQA 3O4OA 2JF7A 2JEPA 4P0KA 4BCEA 1US3A 1U2YA 1II4A 5HOSA 3KMVA 1SR4C 3QHMA 1SZ6B 7A3HA 1S0CA 4UFJA 3ARPA 3NBEA 1QQKA 2Y24A 2EPMX 2WW5A 2J47A 5F8WA 3VX0A 2NYYA 5HPZA 2WZHA 4JFSA 4W93A 1FP8A 3O6AA 5E0CA 4X9YA 3TP4A 4JCLA 1J0KA 3AZTA 2WBKA 2BHYA 3VX1A 4I96A 1GNXA 1CZ1A 3MUY1 4GI8A 1E1EA 1EHNA 2DIJA 5E0FA 4PRWA 1WDPA 3CZJA 2GDVA 1E0WA 3O3QA 1W3AA 3AHXA 4HOWA 1JL8A 3WBAA 5FNXA 2VLCA 3T0BA 3BRFA 1JZ3A 2GUYA 3FJFA 1GVIA 2WHKA 4IHZA 2X2YA 3PTKA 1JZ2A 1FGAA 3N18A 1YXWA 5I24A 4Q9GA 2XG9A 1PUMB 1NQ6A 4ZXLA 3WQ4A 1BFGA 3PUBA 1G9AA 1EQCA 5LA1A 4GZEA 4QD2C 4QP0A 1WBAA 2X2SA 3BAXA 3NJ5A 2VVSA 4JAWA 2BXYA 5DF0A 3BAJA 2C7FA 2IXUA 1FMZA 3EMQA 1S0GA 1ONKB 1ZL1A 1KWGA 1HWPB 1PIGA 4X0NA 4Z9WB 3ZM8A 3OBTA 3RDKA 4HZ6A 4AZIA 3PZQA 1MQQA 3QHNA 3RO8A 2VXTI 4CD7A 4MNLA 3II1A 2J3PA 1VJZA 3RMYA 1Z32X 3GH4A 2WLYA 2FGZA 3OG2A 2ESUA 1B2YA 1UKSA 3BAQA 1E6XM 2V38A 2UY3A 3RMXA 4WIWA 5FKYA 3K8MA 3AMGA 3LPGA 3ARYA 5FIPA 3WEOA 4HP5A 1TOOA 4CD4A 1J10A 2A3CA 3WF3A 2DIEA 4QALA 5A6BA 3K8LA 4LX4A 1B0IA 1JI2A 3AFBA 3ARVA 4MDOA 3B9AA 4MAVA 1C93A 1YF8B 3FJKA 3IJ8A 2ZQOA 1HP5A 3NSXA 2YBUA 2TAAA 4BQ2A 4AZBA 1BPLB 2FO1A 4E8DA 2ZE0A 1E40A 5EHAA 1HJQA 5D4YA 3WQ6A 5BVPI 1ZBVA 1V08A 2VRKA 2EPLX 4W85A 4MADA 3WFLA 4W89A 4I0YA 4PMRA 3EDJA 2DSWA 1V6YA 3N11A 3WO3A 3RCNA 1TA3A 4M29A 31BIA 3WNLA 1EHAA 4C7DA 4D72A 2FH6A 1EIBA 4OIFA 2C8NA 4DUWA 3N0KA 2ERMA 1JD9A 4D6IA 4URIA 1W2VA 5HPCA 4M8UA 4LO3A 5KZ6A 1E43A 2QHAA 3PG0A 2XSAA 5GQBA 1AMYA 5I23A 2YA0A 3SUWA 3VKKA 4J2KA 3VWCA 4I4VA 1GGPB 1MXDA 4WJXA 1JFXA 1NP0A 3V79C 1PAMA 1BF2A 4QLJA 2F2HA 3AZRA 3SCOA 3WKZA 5A6AA 1H1NA 1OSEA 3MSGA 3BLPX 1ZJBA 3WMCA 4P7LA 1NUNA 3WINA 1G9BA 1RMLA 4D0TA 1FHDA 2BXZA 5BP5A 2VL4A 3PZTA 1EO5A 4PMOA 4QBVA 4I4QA 1D2KA 4JIEA 3ZR6A 2XOAA 3RTJB 1TVNA 1B1YA 4I2SA 3BMVA 3VIJA 2HW9A 5EFFA 1JIBA 2VCAA 1VFFA 2WCGA 1I1XA 1HIZA 1NP2A 1CXKA 1E56A 5A8PA 1UZ1A 4OZOA 3DYPA 1IILA 3CUJA 4ZGRB 3AH4A 2E3ZA 2EO7A 2BEBA 3THCA 4E2OA 3FHQA 2PWDA 1KFWA 3RM8A 3HOMA 1BLIA 2D20A 1XHBA 4AZ6A 5FOOA 1E4NA 4J27A 4WF7A 1G9DA 1VBUA 2Q3NB 4ZKTB 2HISA 2QF8A 4PMZA 3EMCA 3FJ8A 2F8XC 4J2SA 3ARWA 3AXXA 4NZCA 2ZXAA 5AYBA 4X38A 1GOQA 1G9HA 5EG6C 2EJ1A 1UR1A 3PZOA 2OSYA 3MKKA 5A2BA 1ZBCA 4LO2A 3UESA 3WMSA 2NT0A 2Y2WA 1E4MM 3WUGA 3V0AB 5C70A 1V3JA 1W3KA 3VM5A 4JPZA 3HN1A 2AMGA 2JE8A 2YBTA 3L4TA 2BS9A 2Q9XA 5F8SA 4H8VA 4X0VA 4Y7EA 3RMEA 1BA7A 1E5JA 1Q6DA 2WWCA 3AYRA 2CIPA 4LO0C 4NRSA 4UR9A 4LO1C 1W9VA 2OWWA 5LA2A 1NOUA 4XFSA 2ZUMA 1PUUB 3CUHA 1TMQA 2F8QA 3O4CA 3BTAA 2O9RA 1FMMS 4GO8A 3VU2A 3GYCA 2J25A 2ZXDA 1NARA 2WM0A 1OGGA 1XD0A 3N7MA 4G9MA 4MDPA 2D44A 4WSJA 1ZJAA 2CEQA 4IZXA 3N17A 3VTRA 2VUYA 5DVHA 5D9MA 3UEQA 3VO0A 4JP0A 2GZBA 3ARSA 4H9WA 4BF7A 2KH2A 4UNIA 1CPUA 4W8BA 1NWSA 3WH8A 1EDQA 4AC1X 3OA5A 4QCFA 5LA0A 4ZENA 3H6RB 1DQOA 2V3DA 1FH9A 1KWKA 4DWSA 2DT1A 1BAGA 1LF1A 4UQDA 1YQ2A 1W9BM 2WVSA 4NSBA 4LO7B 5BRPA 3BADA 2EEXA 5HPOA 5D61A 1HVXA 1WZLA 1B3YA 2R9KB 1GQJA 1UD5A 1OB0A 2YL9A 4HPGA 2WPGA 4P8WA 4EB2B 4IONA 5JIPA 2KI4A 3W53A 3VPLA 1BFFA 1C7TA 2DH2A 3IANA 2OYLA 4OWLA 3P53A 2GO2A 4I4UA 2XVKA 3WELA 4LYQA 1G0CA 2HWMA 5DT5A 3FHAA 4EE9A 1HWNB 2XWEA 3KL3A 3PZUA 1XGZA 4IYBA 2VOTA 3VINA 1PZ2A 1UWSA 3G6MA 2XPKA 5EBAA 3WIJA 8CGTA 1XH1A 2VUAA 1KXHA 1V3KA 5CGTA 1HKKA 4JFUA 2D24A 4XFUA 2JIWA 2NSXA 1R8LA 3GBEA 2DSKA 2MANA 4QO3A 2P23A 2XFFA 1E5NA 2Y8KA 3IIRA 3CZGA 1DWHM 1MW1A 1V0MA 4U3CA 1KGXA 5CSUA 4GI6A 3BRGC 2ZWZA 4KEIA 1JYNA 1OCQA 3CA3A 3I2AA 2A3EA 2BHZA 2XFYA 3GXDA 3ARTA 4GI9A 2XYLA 3QOKA 4U5IA 2J79A 3PHZA 3POKA 3AMCA 3HJEA 4DEPA 2AAAA 2CBVA 1VFMA 3U5UA 2VCBA 4GAIA 4FLRA 4PUEA 2Y8VA 1QI0A 1PC8B 3BA5A 1M16A 3HBWA 3N7KA 1BG9A 2YA1A 4AWEA 1CIUA 4I7IA 2E8YA 4OUEA 4PEEA 1CBGA 3VSZA 1UWTA 1Z4SA 4W87A 3OLIA 4ISQA 3P6IA 2KI6B 2AFGA 3CZEA 3K4AA 4D71A 2WMFA 1D0HA 3O2LA 1EA9C 5D9OA 4LPCA 1DZDA 2YDSA 1WO2A 4W8LA 1CGVA 5A6SA 5JBFA 3AHZA 4A3YA 3ALGA 1S0DA 7I1BA 2W4XA 2E9LA 1PBGA 3J7HA 2WLZA 1B3VA 4W7VA 2WMGA 3MS8A 3W37A 2BY0A 2FGFA 5DUYA 2W5FA 5I2UA 2DEPA 1E1FA 3AZSA 1CGTA 1LL4A 2W66A 1UR4A 2RGLA 1VCLA 4MNJA 3AICA 4AN6A 2VR4A 3HMCA 1EVTA 4ZE4A 4ENDA 3W25A 4Z2JA 1J0SA 4GPNA 4G6MA 3DYMA 3L4XA 3BAKA 3GTNA 3WDIA 3THDA 1E6NA 4UFKA 3FGMA 2LIEA 4JHOA 4BA0A 1GORA 1E3XA 2BFHA 3W29A 3PTQA 3RTIB 1SR0A 3VGDA 2RSTA 8I1BA 4CCDA 1GQLA 4BQ3A 2XTKA 3IAPA 1W3JA 1ESWA 3W28A 1VEOA 21BIA 1HJXA 4PTMA 3T0AA 1HJUA 2O9TA 1M2TB 3WUEA 4AIOA 1AQHA 4J3WA 2X0YA 2VRJA 5DT7A 2WKGA 3UG3A 3BX1C 5F8YA 5GNXA 1HF6A 2YL6A 5IFTA 6TAAA 4KGJA 3ZMRA 3MSDA 4PMVA 1FOBA 3AQUA 1EV2A 3M46A 4IPNB 2BNJA 3AJ5A 1E6ZA 3TONA 4XB3A 2OYKA 3EMZA 3VIHA 1BYDA 2D0HA 2GVYA 1D7FA 1TIEA 1H49A 1MC9A 4JKMA 4HZ8A 1LQ0A 1OGBA 5DEZA 3AS0A 1QHZA 5CQ1A 1QBBA 3P6JA 3BXWA 3PZNA 1KB3A 3NSMA 3K1DA 3VDAA 3MO4A 1WZKA 5C8BB 3VIFA 2MIBA 1QW8A 3EBVA 1R8OA 4IY9A 1FH7A 3O49A 4PSRA 4W7UA 1KGUA 5AYIA 1MWOA 3AJ6A 3BMWA 1RP8A 1WPCA 2YUGA 1ODZA 5I6SA 3WH5A 3N13A 3HU7A 2W63A 5M17A 4PC4A 4KRTA 2P39A 2YL8A 3WUBA 3FJHA 4HA1A 1JI1A 3MUZ1 2DSZA 2WWDA 3PZ9A 5BQUA 2DT3A 3LMYA 4Z2LA 1BLDA 3SUTA 4E8CA 4EAMA 2J7EA 2J78A 5AC5A 4HA2A 1FWVA 1JT5A 4TX8A 4H8UA 2WK2A 1OIMA 5FNWA 4PCSA 3AH1A 2E8ZA 4CVUA 5CG0A 3FJCA 3WNOA 2J8GA 1HXJA 1UA7A 1E3ZA 1PEZA 4ACYA 2WYSA 1TWMA 1H0GA 4OWJA 3WD1A 3DHUA 4YOLA 3KWXA 4I4RA 3L4ZA 3WF2A 1E6PA 1F4HA 2DRYA 1G5AA 2YOCA 1S0EA 3EF2A 4D1IA 1WCGA 3WDQA 5BXPA 3MPPG 4DUVA 3MMWA 1JLXA 1UHVA 3ZXGA 4B15A 3LPPA 2ZICA 1ITBA 1RP9A 4PYSA 4OEGA 2ZXBA 2UY4A 2FFVA 3FW6A 1C8YA 3I3EA 3WD2A 1DIWA 3WO2A 1C92A 2IWTB 2QV4A 1J18A 4FLOA 1CEOA 3OLGA 4J3XA 3I3DA 4ISRA 2DDXA 3A4AA 4HMDA 3AROA 5A69A 1XSKA 2PWGA 3IK2A 3W27A 1UD6A 1HT6A 4EK7A 1XCWA 3WNPA 1GW1A 3VUOA 3GNPA 1HJSA 3U7BA 1V0NA 1E4LA 3IJ9A 4PCTA 3CH9A 3U5YA 2GFTA 3QR3A 5I1BA 4Q91A 1W32A 3GXIA 1QI3A 1PPIA 4Z2HA 3CMJA 1CYGA 2VZUA 2PBOA 1UQYA 4L4PA 2ZXQA 4P7RA 4QAWA 4ZEPA 5C71A 3AHYA 3K46A 1B3ZA 4I1EA 2ZUNA 3A4XA 3BAWA 4M56A 4ZXOA 2O9PA 3WDHA 2GJXA 1SFSA 1AVWB 1C90A 3VSFA 4ZE5A 3WNKA 4AD5A 2XIIA 1MFVA 4P0LA 2XM1A 2FH8A 4BQ4A 3ZO9A 1TFVA 4W84A 1CXEA 1HL8A 1H5VA 2QPUA 2G8ZA 4P8VA 1ISWA 1LLOA 1KXTA 3VIPA 4OKDA 3BCDA 2NW0A 1Z2VA 3BAYA 1IZJA 1CWYA 4D8HA 1OD0A 2F2FC 4XX6A 1MW0A 4J28A 1V0LA 1QNQA 2K8RA 4M1RA 3NJ3A 1S0FA 4JHZA 4UFIA 2YJQA 2WANA 4Z2GA 2J7CA 4F83A 3PTMA 1E6QM 1BGAA 1T4QA 1OINA 4UQ9A 4J23B 2MC2A 4A7ZA 3VD5A 3NYDA 1OGSA 2J7GA 5CZKA 5AY7A 1JZ8A 5CPSA 1DWFM 1DFCA 3WD4A 1T9FA 3FJAA 3FNDA 3CO4A 3SCWA 2JIEA 2ZUVA 1FV2A 1VEPA 4KRUA 1CXLA 1QPKA 1HKIA 5KEZA 2E4MC 4B3LA 4F9JA 3AIEA 1J0HA 3GH7A 4UFHA 4WKHA 1EXPA 2D2OA 3ZR5A 4P6AA 4A3HA 1PX8A 4MB3A 5BXTA 2WHJA 5JIWA 3NBDA 5JBEA 1Q04A 3BGAA 5E9AA 3MMUA 3FJIA 2VURA 4ACZA 5ABGA 1ODUA 3D3AA 3L2MA 3FJJA 2DRZA 1GHRA 3ZSTA 4ML4A 1KNMA 2CKRA 4M81A 4YHGA 3WN6A 3CRIA 1JZ5A 3O5WB 1ITCA 4G6JA 4UQAA 5F90A 7CGTA 3S8KA 1QNPA 3F4VA 1MD6A 1JDCA 2DSVA 3T08A 1W9PA 3ZT5A 5HXMA 1C8XA 2G41A 3A21A 3OZPA 2UY5A 1BHGA 4MPKA 3M6DA 1GOMA 2WC4A 5I78A 1TWEA 1G94A 4F8XA 5FCZA 1WE5A 2WHMA 4HOXA 2VI0A 2WVVB 1ITXA 5GPRA 1BFBA 1MQPA 3OZOA 3NUKA 4I4YA 5IXEA 2XJ7A 2J75A 2W92A 4GQRA 1UYQA 2W91A 3I29B 4NRRA 3JUTA 1JZ4A 2FGLA 1JT4A 1GJWA 4PTVA 5BYWA 1AVUA 4WKFA 1Q4NX 4W86A 4DWSD 1GQKA 1XD1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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