2D23A

Crystal structure of ep complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 166
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d23A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d23A01
1VCLA 1OGGA 2EPMX 3VT2A 1W9XA 2VX4A 1ECEA 1TA3B 3W26A 2WC4A 5IHSA 3O4CA 3PG0A 4JKXB 3BMWA 3WUEA 3ZR5A 2WVUA 2WW5A 2EEXA 1V6XA 1C93A 4GIAA 1HIBA 4I4VA 4J3UA 3BH4A 1Q04A 1HL9A 3VDCA 4GXPA 3FXYA 3PHAA 3BAJA 4YPJA 4AEFA 2PB1A 2E4MA 4A3YA 5IXEA 1HJSA 4LO3C 1C91A 1GQJA 1LJYA 1Z0HA 2VU9A 1G9HA 4HOZA 1EO7A 4QC4A 1QHZA 4CD6A 4H9WA 5GNYA 4DCKC 1L0PA 1IZKA 1H3GA 1E0XA 4DEPA 4B9ZA 3II1A 1MQRA 4PTMA 1Y7VA 3WQ6A 3AH1A 1BYCA 1VIWA 1UR8A 1XZZA 2G41A 1US2A 2A3CA 3BA4A 3SCNA 3SCOA 2VXTI 4AW7A 2XYLA 1NQ6A 4DM2A 4L4HA 1WDRA 2CKSA 1OIMA 2BVDA 1E72M 2MLLB 1QW9A 4JKLA 3W82A 1EDGA 2VCAA 1G5AA 4M56A 5FZUA 4QKRA 4CN6A 3PMEA 4TXEA 3LLPA 1WBCA 3SNVA 2FGLA 6TAAA 1BFFA 2CIPA 1HKMA 4AIUA 1TVNA 5D9NA 1V3LA 4I37A 3F5JA 4X0NA 2Q8XA 4F83A 3OGVA 4X0VA 4V2XA 3VT0A 1HVQA 3RJYA 4I4PA 4WKHA 1ZL1A 2G3NA 1VF8A 4ISQA 2CNCA 2ZUSA 1XH0A 2Y9WC 4LYRA 4D6HA 1WE5A 3WMSA 1EIBA 4E8DA 2VXRA 3ALGA 2VNCA 1WB0A 1H0IA 1AQ0A 1JZ6A 1SZ6B 4G6JA 4PMXA 3OLDA 5JBFA 2YOCA 4YOLA 3EBVA 3WD2A 1ZJBA 1I1XA 5A69A 2WLYA 4EAMA 1YTOA 2CBJA 1DQGA 2XIBA 4PMZA 2DRYA 3V79C 2NZ9A 1H2JA 2J62A 3A4XA 5IFTA 1EYLA 2EBNA 1FV2A 1MXDA 2ZUMA 7I1BA 2WCAA 1EVTA 1KBKA 3CMGA 1IRAX 1BG9A 2CBIA 2DPEA 4LPCA 1PEZA 3B9AA 4GO8A 4KBBA 4H2CA 2YIHA 1K9EA 3BADA 2Y4SA 2KI6B 1JTCA 5DT5A 3VGFA 4AMCA 1MW3A 3EDEA 4PN2A 1QI5A 3CAHA 2DSZA 5KEZA 2ZUVA 1GVYA 1NM9A 3WNKA 4J3VA 2E9BA 3FJDA 1S46A 1EHAA 1E6ZA 3NBNA 5F8WA 1C7TA 3NBDA 2CESA 1E6NA 2BY2A 3FJIA 1XCWA 5HPOA 7TAAA 2XIIA 3LTQA 2BS9A 1US3A 4OZOA 2K43A 4GAIA 1BAGA 1GHSA 3CRGA 2AOSA 1H5VA 3OA5A 4PTWA 3CA3A 3WNNA 3WQ8A 3BA7A 1ISWA 1KQYA 1JF6A 1E9LA 1QHPA 2GDVA 4GO9A 1LL7A 2ZX9A 3A22A 4IZEA 4D71A 3K8KA 3TTOA 1NWRA 2EXOA 3AIRA 4OOZA 1V0NA 1C8YA 3AZTA 4I6IA 1GOMA 5E0FA 4NI3A 4MNJA 3AZRA 3CHFA 3PN8A 1ODUA 5D9OA 2J7BA 5HBFA 3V0AB 2HW9A 4WLCA 3PZOA 2LIQA 3AJ5A 3CTTA 3VIJA 2YL6A 1CLXA 1JY0A 4J2XA 1EQCA 3FAXA 2W66A 1S0CA 3V0AA 3IJ8A 4N0RA 1HN1A 4W84A 1QI0A 3VKKA 4IISA 5JIPA 3BRDA 4AN7B 5AYIA 3VIOA 2YKKA 3T8SA 3WDHA 1JT3A 1M53A 2X2TA 3GBDA 4TTGA 3WO3A 3ECQA 3UCQA 5E6ZA 2WMHA 1TWEA 4ZKTB 1FH7A 5E70A 4AD4A 3APGA 3AS0A 1GZJA 3PTQA 4P7RA 4G9NA 2BHZA 1EHNA 1J9YA 2YJQA 3CUIA 2J7DA 2PI6A 2BVYA 1ISZA 1CIUA 3SURA 1E43A 1E70M 2E3ZA 2X05A 1UR2A 4J23B 3IM7A 3H6SE 4IY8A 2EPKX 3VOCA 4E8CA 2BNJA 1XG6A 3CO4A 2XOAA 2IUZA 1QI3A 1IHKA 1J18A 3CZEA 2D43A 4AN6A 2V3DA 4AWEA 1B3YA 4AD0A 1W3JA 2E8YA 3CIVA 1V3KA 3R4UA 3OJ2A 3SUVA 4EFRA 1ISVA 2DSWA 3V0BB 1G0CA 4PTVA 3CUFA 4TOQA 2QMKA 3WEZA 2VCBA 3BB2A 5E9AA 2EPNA 3PBGA 1UYQA 2RGMA 4PMQA 1K5UA 3V0BA 3DHUA 3WEMA 4MB3A 1MW1A 4P6AA 1B2YA 1QQLA 1UD3A 3CRHA 4LO7B 2HWAA 4II0A 4HZ6A 1FGAA 1OB0A 1OGBA 1UKTA 2Y9XE 1WZKA 4AD2A 5A6BA 3WENA 1QXMA 2YBTA 4M82A 1Q6CA 4I4YA 3SCRA 4JPZA 4H41A 3N18A 2VC9A 4LQ1A 4ZGRB 3BAGA 2JIWA 3VD4A 3T08A 3OJVA 1KFWA 2D7RA 3NYDA 1HWPB 2VVSA 5I3DA 3VGHA 1TMQA 2O9OA 5M5DA 1Z2VA 1R8NA 1WBAA 4P8WA 4HA2A 4GOYA 5CPQA 3CA0A 2ZWZA 4KRUA 1CDGA 4MTVA 3F4VA 4HMDA 2VVNA 3WF4A 1BLAA 3I2XA 4FVVA 1IT0A 4WKFA 5FZZA 5FOOA 5BXPA 1S0EA 3GH7A 4CCDA 2F8XC 1JDCA 1FP9A 1UWIA 2D44A 2QV4A 3MANA 1HKJA 4UFJA 3I3DA 4WJXA 1CVSA 3AROA 1FMMS 4OIFA 1Z32X 3A07A 1XH1A 3LPFA 4UOJA 2YL5A 1Q6DA 4YN5A 4OBRA 4AZHA 3VD3A 1M2TB 3FJCA 3WQWA 2V38A 4S3JA 4CKQA 2OYKA 3DECA 4P8UA 2XVKA 5D9MA 4AEEA 3VIGA 1JFXA 3LPOA 3W0KA 2NP0A 8CGTA 2J25A 3D5HA 5EFDA 3Q7WA 4HZ8A 3NUKA 5I77A 1CECA 3T0AA 3HSMA 4WKAA 2CERA 1BLIA 3KZSA 1B3ZA 5EB8A 3SCQA 5C70A 3G6MA 4HP5A 1H11A 3ZC9A 2WCSA 3CPUA 4MB1A 5D62A 1FWVA 2F2FC 3PZIA 4W5ZA 1XYFA 2ZIDA 3R4SA 1L8NA 2QHAA 4IONA 3SIMA 1G01A 2O9PA 3SCPA 1HJXA 3K8MA 1OT2A 3MS8A 4UQCA 2DGAA 2YDRA 5CLWA 3CGTA 4AZ6A 3VIMA 1VFOA 2F8QA 3ARZA 5HPCA 1OQLB 4PMDA 3OBAA 3FJJA 2O9TA 4TLPA 3VDHA 3SUWA 1LF1A 3IJ7A 3O4AA 2UY3A 3AHZA 1UZ4A 4QLLA 3PHZA 3DYPA 3OLIA 1V6WA 1DWIM 3ZJKA 4UNIA 1OT1A 3I29B 3WH9A 4D0ZA 1II4A 3ZXGA 4AD3A 1WDPA 5BROA 3P6JA 2KKIA 1M7XA 4BQ3A 2F61A 3OZOA 2WKLA 1UOKA 4EANA 2XWEA 4W93A 2RSTA 3L2MA 4D72A 3MUY1 2XGIA 5JBDA 2Z48A 1CXKA 2WZIA 5A8QA 2UUSA 4A7ZA 4USPA 3WH8A 2CCRA 2DRZA 2P23A 1SYTA 2ZOXA 1UPSA 2FFVA 3WQVA 3TTSA 4CUCA 3BLKA 4AIOA 5EFFA 3CA5A 1IRPA 1PX3A 4JKQA 4ZE5A 1MVYA 1LQ0A 2BXZA 1PZZA 3AISA 5IHRA 4FLSA 4PTXA 2YDSA 5FD0A 4U2YA 1D7FA 3ZX7A 4WSJA 3Q7YA 1FHDA 1XV8A 1MFUA 3OJMA 1A8DA 4JCLA 3H6RB 3BCDA 1HCEA 2CBUA 4LYQA 2K4AB 3UD7A 2FHFA 3HN3A 2BVTA 3GBEA 4TX8A 5FIPA 3HBWA 3ZJ8A 4G9MA 1GORA 4LO3A 1GCYA 1GJWA 4ZFWB 1MWOA 3WA1A 4HU0A 2L5XA 4KEJA 1XD1A 2IHOA 2ZXBA 3EDDA 4D0TA 1G82A 5KZ6A 3BMVA 1HKIA 2Y8VA 2JIEA 1AVUA 3WF3A 4URIA 1U2YA 2MANA 3DYMA 3GNPA 1CXIA 3DYOA 1FQ9A 4H8VA 4Z2HA 5HXMA 2NT1A 3CZ8A 3SCWA 4WSKA 3K46A 2XVLA 4JFWA 2J7EA 2UWFA 3AMDA 3MO4A 3W6LA 2NM1A 3AKFA 4M1RA 5I2UA 3FGMA 1UKSA 3A47A 2I1BA 3GH5A 2Y9FA 3CH9A 1QBAA 1RY7A 4CU6A 4HOWA 2DSUA 2XWDA 4P0JA 3HMCA 4KEIA 5LYRA 1F4AA 1ZBKA 4CN4A 1PZ2A 4PMNA 4JAWA 1P63A 3U5UA 3RMYA 3AKHA 4I1EA 1J0KA 2CBVA 3FJFA 1WD4A 4EE9A 2OLHA 2GVYA 4UQBA 2ZX5A 1UKQA 3MUIA 1G94A 4I2SA 2NW0A 4Q22A 5A8MA 5M03A 2VUAA 1C7SA 2WM0A 3GH4A 5AC5A 1GOQA 3WEOA 3N7KA 2OSWA 5CXPA 1CNVA 4Z2LA 3EMQA 4LO0A 4X37A 4IM4A 1EV2A 4F79A 3QYDA 3OIHA 2JFEX 3ZIZA 4EKJA 5BQUC 3AS1A 1NWSA 2ERMA 3AQUA 3UEQA 3WL0A 3EMCA 2FHBA 3AIWA 3NSNA 4CJMA 2Z1KA 5FL0A 5AY7A 2C7FA 3DHPA 1V6YA 4MNMA 2ZE0A 1ODZA 1E4MM 3NSXA 1K6AA 1PPIA 4KEKA 1UH2A 2BHUA 2G3MA 2F2HA 2DT0A 3N04A 2VX7A 1QNPA 3CA1A 1O7AA 4HA1A 1XHGA 2FHCA 3AHVA 1BSIA 4H7VA 4KGLA 3VGBA 3AXXA 2J7GA 5A2AA 3S8JA 1AVXB 2RG9B 3VSFA 4XX6A 2D7IA 1E6PA 4E2OA 4BCEA 2ESCA 5EBAA 1V03A 3U7BA 1WKYA 1ONKB 3WUGA 1E6RA 2PWDA 4I1BA 4M24A 3ZJ7A 1KR0A 1QW8A 4C7GA 5E6YA 1I1EA 1JLYA 2WZHA 1R8LA 4V28A 5CGMA 1JXKA 2WAGA 3VNZA 4M8UA 3WNLA 1C8QA 2NVHA 4AIEA 1TE1A 1CGVA 2CHNA 4HJJA 1WP6A 4GZIA 2QN4A 4JFVA 3ZM8A 2WWDA 1UUQA 4B16A 4ATDA 5AC4A 5I6SA 4YHEA 5IDIA 3FNDA 4B3LA 2XPKA 2WBCA 3N11A 3CMJA 4X3AA 1TA3A 4QD2B 1BHGA 3N9KA 1ZU8A 3W4RA 5ABHA 1UZ1A 3QHNA 4K68A 3BCFA 5A94A 4ATWA 4EEEB 1B1YA 8A3HA 1UR4A 3N7JA 1UWUA 3N13A 4HA4A 3G6LA 3NDYA 2WMFA 5CPSA 4JFSA 3WF0A 3OGFA 1FOBA 2DH3A 1G9BA 5C71A 4OUEA 1KGUA 4JFUA 3TC2A 3CZLA 4XFUA 1UQZA 2XHYA 1R8OA 1JAKA 1GGPB 1Q03A 4G1RA 4GQQA 3MPPG 1XCXA 5DVHA 2WBKA 4JHZA 3L4UA 1VB9A 1FH9A 1TFVA 3B9UA 3D7WB 5F90A 1TR1A 2CEQA 2DDXA 1P6WA 3FFZA 3I3EA 1E0WA 4UR9A 3WDIA 3CZKA 2KI4A 3JUTA 2VSAA 41BIA 3UD9A 6A3HA 1UWQA 5A6LA 1M01A 1CTNA 1SFSA 4A3HA 1D2KA 1QOXA 1ZBVA 5DZUA 1DZDA 1X6LA 2W62A 1B3VA 4P7NA 2YLAA 1SR4C 1FA2A 1AFCA 3WNPA 4IZXA 1BGAA 4P8VA 3O3QA 4QDMA 4W87A 4AC1X 5CG0A 1MFVA 4H04A 3IIRA 1KNMA 4TVCA 1UD4A 2JEPA 3NSMA 1HWMB 3WIJA 4AD5A 3CHDA 3N0KA 3VPLA 1HJVA 1NH6A 3AYSA 1KBBA 1KXVA 1T4QA 1R7OA 1W91A 1C90A 4EFQA 4I4OA 1W2VA 2BV9A 1BYBA 2GFTA 1ITCA 1V6VA 2FGZA 1ITBA 4LYPA 4OEEA 5BCAA 2VTFA 2WLZA 4F9DA 1BFGA 3BAUA 1FP8A 3FJKA 5F8YA 4LO2C 2E40A 2ZX7A 3AIQA 3WINA 1V02E 3VDAA 3VGEA 4B15A 4J2KA 4DUXA 2CXGA 1TOOA 1CBGA 4PYSA 1K5VA 4PMVA 2VR4A 1UA3A 4QLKA 2DT1A 4MADA 1OGSA 3HU7A 3L2LA 2E0PA 1V08A 3M07A 2XFRA 3ZT7A 4QLJA 2WK2A 2ZQNA 1ABRB 5JLVA 1E6XM 5JUVA 3VM7A 2V5DA 1XSIA 5DEZA 2CKRA 3J7HA 1BPLB 3WUBA 4M81A 3MV01 2VRJA 2Y2WA 4GI6A 1O6IA 2UY5A 5A8PA 1UD6A 1JZ7A 3GM8A 3SCSA 4FLQA 4ZLBB 4PRWA 1PX8A 1QPKA 2VZUA 1KXHA 2GJPA 3EDFA 1EXPA 1GUVA 1BF2A 5JIWA 3W6MA 4R5EA 1D0HA 3IK2A 4AZGA 5BVPI 2V3EA 4R27A 4H8HA 3P6IA 4I0YA 1J0JA 4KH2A 2BY0A 3ZSTA 2MC2A 2B31A 5F7UA 4HZ7A 1V0MA 1B31A 4JIEA 1MC9A 1EH9A 4QFUA 2O9RA 4UOQA 3ZO9A 3UG5A 1YXWA 2VQUA 1CENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VCL A;  1OGG A;  2EPM X;  3VT2 A;  1W9X A;  2VX4 A;  1ECE A;  1TA3 B;  3W26 A;  2WC4 A;  5IHS A;  3O4C A;  3PG0 A;  4JKX B;  3BMW A;  3WUE A;  3ZR5 A;  2WVU A;  2WW5 A;  2EEX A;  1V6X A;  1C93 A;  4GIA A;  1HIB A;  4I4V A;  4J3U A;  3BH4 A;  1Q04 A;  1HL9 A;  3VDC A;  4GXP A;  3FXY A;  3PHA A;  3BAJ A;  4YPJ A;  4AEF A;  2PB1 A;  2E4M A;  4A3Y A;  5IXE A;  1HJS A;  4LO3 C;  1C91 A;  1GQJ A;  1LJY A;  1Z0H A;  2VU9 A;  1G9H A;  4HOZ A;  1EO7 A;  4QC4 A;  1QHZ A;  4CD6 A;  4H9W A;  5GNY A;  4DCK C;  1L0P A;  1IZK A;  1H3G A;  1E0X A;  4DEP A;  4B9Z A;  3II1 A;  1MQR A;  4PTM A;  1Y7V A;  3WQ6 A;  3AH1 A;  1BYC A;  1VIW A;  1UR8 A;  1XZZ A;  2G41 A;  1US2 A;  2A3C A;  3BA4 A;  3SCN A;  3SCO A;  2VXT I;  4AW7 A;  2XYL A;  1NQ6 A;  4DM2 A;  4L4H A;  1WDR A;  2CKS A;  1OIM A;  2BVD A;  1E72 M;  2MLL B;  1QW9 A;  4JKL A;  3W82 A;  1EDG A;  2VCA A;  1G5A A;  4M56 A;  5FZU A;  4QKR A;  4CN6 A;  3PME A;  4TXE A;  3LLP A;  1WBC A;  3SNV A;  2FGL A;  6TAA A;  1BFF A;  2CIP A;  1HKM A;  4AIU A;  1TVN A; 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