2D23A

Crystal structure of ep complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
total genus 166
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d23A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d23A01
3GXFA 3SCUA 3FJJA 2OYLA 4KRTA 2ZUTA 2YJQA 1A47A 4GI9A 4GZJA 3WMUA 1UWSA 3MUZ1 4BQ2A 3AHTA 4P8UA 3U7VA 4CN1A 1Q6DA 5E0FA 2ZX5A 2YKKA 3RMEA 3VTRA 1EDTA 4JFSA 4J3XA 2WMIB 1IILA 4NI3A 1G9HA 3UR8A 1FMZA 5E9AA 3VIMA 4DWSA 1R8OA 3IAGC 4N42A 3GNOA 1VIWA 1DWJM 4DUWA 1DQOA 3D3AA 3GH4A 1JZ8A 3RM9A 4AN6A 4CVWA 4J3SA 3G6LA 1MD6A 1B3YA 4JCMA 1QXMA 5A6SA 1YF8B 2J7BA 1VJSA 3KL0A 4PMDA 4I4VA 1E6SM 1KXQA 2D7IA 2CBJA 1B9ZA 2RSTA 4AD2A 1EHNA 2ZWZA 3ZJ7A 5I78A 1MVYA 5DFAA 3O2LA 4TLPA 4P8VA 1J0YA 1EQPA 5EC5A 4XFTA 1BYDA 1SR0A 1S0DA 2VVSA 4GAIA 4U5KA 3VILA 2WMGA 3SUVA 3VD9A 1G94A 2VRJA 4II0A 1XZZA 1JYWA 1F4AA 3A23A 3WDJA 1MQPA 4MNLA 5D8ZA 4MJ4A 4QDMA 1BFBA 3WN6A 1PPIA 4I4SA 2ZUVA 1VFOA 4P0KA 4JRAA 3PZIA 4MAZA 4GPNA 5F7UA 4ACYA 2PWHA 4UQ9A 4H7VA 5DVHA 2DRYA 3UD8A 2WHMA 2WZEA 1V02E 4KGLA 3PMEA 3CRHA 4WIWA 1UWRA 1S0GA 2BHZA 5BVPI 4ZENA 5DZUA 3CA6A 1B90A 1JAEA 1V0MA 1DIWA 4X3AA 1WDQA 2RGMA 2FH6A 2WRYA 3WA1A 4XB3A 2VOTA 3ARWA 3W4RA 1MC9A 1E6NA 2C0HA 1VRXA 3TTQA 2MIBA 2YBUA 1WZMA 1ISWA 1BYCA 3WD0A 3V0AA 2PWEA 5HXMA 4Q91A 3MMWA 4DWSC 4Z2IA 3WIJA 5JIWA 2C7FA 1YYNA 5A95A 2XTKA 4TX6A 3WNOA 1V6YA 2WBKA 1HKKA 3QR3A 3P6IA 1R7AA 3ZM8A 3NYDA 2Q8XA 3OJ2A 3AMGA 3CGTA 4AY1A 1K5VA 4GKLA 2CNCA 4CD5A 1FHDA 3WF4A 4Q9PA 4L4PA 1US2A 3AS2A 3D7WB 1EH9A 3M6DA 3M07A 1KWGA 1HF6A 2WSKA 4D6CA 1OBAA 4LGXA 4EFRA 5GQBA 2ZXAA 3OLDA 2OWWA 1TR1A 5DF0A 3CIVA 4ZFUB 3AXXA 2G41A 2DSKA 1ISYA 1QBBA 4MB4A 3ZXGA 1UZ4A 3VGGA 2FH8A 3ZJ6A 4PTMA 1FH8A 4MDPA 3GM8A 1FGAA 3VPLA 1FV3A 3AIVA 1KQZA 4CUCA 4UFLA 1GQJA 4Z2HA 1PWAA 2WCGA 3N11A 4HR6C 3BRDA 1IRAX 4CN6A 3WO2A 4A7YA 2XM2A 2GO2A 5E6YA 2F8XC 1AVAA 3WY1A 3OGVA 1TA3A 5GNYA 3CH9A 3WFZA 1DFQA 1NP2A 1FMMS 4LO2A 4ZOTA 2PWFA 3POCA 1UR1A 1U30A 4AD5A 5IFTA 1FV2A 3KEHA 3CHDA 4I4UA 4I3NA 5AYBA 1S0CA 1W3LA 2XIBA 4LO0C 2O92A 2MANA 3AHXA 2CHOA 3B9DA 4FLOA 4GQQA 1UZ1A 4LYQA 1HJXA 4LO7B 3LPPA 4BQ3A 5A69A 1D7FA 4WF7A 3PN8A 2J74A 2W5FA 3GXIA 4U3AA 5F8SA 5A6LA 2VZVA 1VEMA 2LIQA 4G9MA 1E70M 3FJEA 3V0BB 5EMYA 3VGDA 1ISVA 1UD4A 1JG9A 2EPMX 2Y5EA 4AD4A 3WSUA 4I4OA 1JI1A 5A6JA 1HKMA 2CKRA 1LG2A 2W91A 3V79C 1DWHM 4NRRA 4Z8SB 2WVVB 2DPEA 1DHKA 1JLYA 1UWQA 1Z2VA 5HOSA 3N17A 3W26A 2ZE0A 2K4AB 4I96A 3ZR5A 2WMKA 4UOJA 3BB2A 1V3MA 3N15A 2DH3A 4UR9A 3WQ4A 4D6EA 4Z2GA 1X6NA 2J25A 1JT4A 4F83A 1HN1A 4HMCA 4MNMA 1J9YA 3OBRA 5FZZA 4U2ZA 4PUEA 3CZEA 4D6DA 4TTGA 3FJCA 4UNIA 4M29A 4AXNA 3O49A 1G9DA 2EPKX 1ZJBA 1KXTA 4UFIA 4OWKA 2VRQA 1V3JA 2PF0A 4N0RA 4Q22A 8A3HA 3FJAA 4I4XA 1H41A 4L4HA 5FOOA 3TP4A 1VCLA 3SCOA 4I37A 2DT2A 3UR7A 4UQEA 2WLZA 2W4XA 3FY1A 2QN4A 2HVMA 3F5KA 3BMWA 1QNSA 1W9DM 1MFUA 1JI2A 1OGGA 1JTCA 1LG1A 1NOUA 2WZHA 3WEZA 5CZKA 1RP8A 3U5YA 3VMPA 3VNZA 2XOAA 1DLLA 4IQPA 4MNJA 2DSZA 3WMBA 3BCFA 1E43A 1OIMA 3CUJA 2CESA 1NOWA 3IK2A 3NSXA 4BF7A 4AC1X 4HPHA 1F4HA 3RILA 3PZUA 3TA9A 4BQ5A 2GDVA 3JRRA 4HTYA 1E6RA 1V0NA 3N9KA 3VIGA 4KRUA 2X09A 3II1A 3WMCA 2D0FA 1WDSA 5KEZA 1FQ9A 1TFVA 2VUAA 5AY7A 3VSZA 2ZICA 4D1IA 3W81A 1UH4A 5FCZA 4IHZA 1UG6A 4V2XA 4JFUA 3WF1A 3NIYA 2LIEA 1Z32X 1CTNA 3FJFA 1WB0A 5I6SA 3AIUA 3O9NA 1B1YA 5GNXA 1EVTA 3WF0A 3WBEA 4D6HA 3OGFA 4PUDA 3WD4A 1TP0A 1XD1A 4QBVA 2XSBA 3AZVA 3BAKA 4ZXOA 3GH7A 3ZT6A 3BAIA 2DDXA 4ZLBB 5A1AA 4J7RA 1V02A 1WDRA 2V3EA 2YA2A 1V3LA 4P7RA 4AIEA 3ZO9A 4AYSA 3WQWA 3RSJA 1UH3A 4ZFMA 1XH1A 1LLOA 2G3JA 2WANA 2G3NA 1JDCA 3FAWA 4MNKA 4UTFA 1LL7A 1UH2A 5EFDA 3LMYA 3BH4A 4DM1A 3CAHA 4IONA 3UCQA 3QOMA 3VT1A 1C7TA 4W88A 1ZS2A 2Z48A 1TCMA 3OBAA 1U2YA 3U5UA 1AFCA 5E09A 1K9FA 4OOZA 1K9EA 1JYXA 2DS0A 3W25A 3UG5A 2GJXA 7A3HA 3WH5A 4B9ZA 1EOMA 4WK9A 1BPLB 2J75A 2WC7A 1H11A 2D7RA 1HXJA 3EMZA 1HL9A 4D6JA 1UKTA 5CJ5A 2W66A 3P6JA 5IDIA 2J7HA 2VR4A 1WO2A 3OIHA 1QNQA 1RMLA 2VNCA 4CVUA 1MW3A 1UR2A 2VQUA 1OSEA 3THDA 3WUGA 3SNVA 2HZ9A 5LA1A 2X8RA 2GZBA 1Z0HA 1CGUA 1CGWA 3CZKA 3CA1A 4IZEA 3SIMA 1Z4SA 5I24A 1AQMA 5FKYA 2OLHA 4X0VA 1X1NA 5FD0A 2VRKA 4PMNA 3W82A 3FHAA 1B31A 4TVUA 2CETA 3VIHA 4NZCA 3FGMA 3VX1A 3DHUA 3AKIA 1PX4A 3AZTA 3MSDA 1DWAM 4P0JA 4X38A 1XCXA 2XVKA 4CN4A 2WCAA 3K1XA 1UD8A 3M46A 3JUTA 4YPJA 4PMUA 5BRPA 1E4LA 3OG2A 1QI5A 3AXHA 2ZQNA 2VCCA 1WP6A 1JF6A 3WDRA 4BA0A 1XC6A 5BP5A 4FF5A 4Z2LA 2W67A 1JYNA 5D61A 4F9JA 5JMCA 1BFNA 4S3JA 1HJUA 4UZSA 2VL4A 3I3DA 3OGSA 4HA2A 1EPWA 2YA1A 1UPSA 1E6PA 2VC9A 8CGTA 3SCPA 3EF2A 1HKJA 1ZBWA 3EDEA 1X6LA 2VO5A 4JFWA 5CSUA 1UYQA 3K8KA 4E4PA 3CPUA 1W9XA 2DQXA 2ZXQA 3I2AA 3ARRA 1OGSA 1QI2A 2X0HA 3W0KA 4BQ4A 1KFWA 3FUQA 4JFVA 3VIJA 1AMYA 1VFUA 3QHOA 4H04A 5ECUA 3ZJ8A 5IHRA 2GSJA 1G9CA 2XFYA 3U57A 4GIAA 5E24E 1VB9A 2J7DA 3B9AA 2O9RA 4ZFWB 3SUTA 1CBGA 4Y7EA 4JAWA 1E3ZA 2VXTI 4EEEB 4OUEA 3B9UA 3WEOA 3FNDA 3FJIA 4JFTA 4J2KA 1F31A 1R8NA 3TTSA 1II4A 4A7ZA 1JT3A 1CXHA 2FHFA 2Q3NB 2YDSA 5FZUA 2CBVA 4J3WA 2EO7A 3OA5A 4OOUA 5C8BB 2WKGA 1AXMA 1VBRA 4PSRA 4NRSA 2RGLA 3WQ5A 1US3A 1K9TA 2NT1A 4UZUA 1I1EA 2VZSA 1EDGA 1XCWA 3MUY1 3P53A 5BCAA 2F8QA 2E9MA 5I5RA 3WUFA 4PTVA 2DRZA 5GPRA 3OGRA 1H49A 1XGZA 5I0DA 4I4YA 1QOXA 5IXEA 4XV0A 3MU7A 5IFPA 1G01A 4K68A 2NSXA 2PWGA 2YL9A 3VGBA 4AEEA 4W8AA 1G0CA 3CHFA 4I7IA 4D0ZA 1JIBA 1CENA 3VT2A 1OM0A 1BYBA 4YHGA 5DUYA 1QQKA 2J7GA 2UY2A 1J11A 2NTDA 31BIA 2VI0A 2XVGA 3ECQA 1CEOA 1JDDA 4EFQA 2WKLA 1V0LA 4XUYA 3CUHA 1VBUA 3MPPG 2E40A 2JF7A 3UETA 1KBKA 3NUKA 4QLLA 1QI4A 3BLPX 5A8QA 4D71A 3CU1B 1NWTA 5KZ6A 1S0EA 4J27A 2Y2WA 3AI0A 3WH6A 3WDIA 3NSNA 1BVNP 1C91A 1UD3A 3CHEA 2UY5A 1TWMA 1S0BA 3BCDA 1W91A 1XSIA 3VMNA 1W32A 3T0AA 3BA5A 5EB8A 5A6AA 2OSXA 3GZAA 1TMQA 2JFEX 6TAAA 7TAAA 1KWKA 3O5WB 3NDYA 3ALGA 3VIKA 2VZOA 1H0IA 1OGBA 3NDZA 3ZX7A 1PZZA 5CSYA 6CGTA 3IIRA 1C93A 3VINA 1UD6A 3FXYA 3O4CA 3EDJA 1E0VA 1QVBA 3AJ5A 4C7GA 4A3HA 1UR0A 3NJ3A 1VAHA 1PEZA 4FMVA 3PUBA 5A8MA 3G6MA 1EXPA 2YDRA 2F2FA 1M04A 3FJKA 1VEOA 1VFFA 1FN0A 2VJXA 2P23A 2WAGA 3WD3A 3RPMA 2VR5A 1PC8B 2BXZA 3A47A 4JHOA 1AQ0A 5ABFA 5FNXA 1J0SA 2V5CA 2NZ9A 2IHOA 1RP9A 4PN2A 2WPGA 1WZAA 2OSWA 4W86A 2NVHA 1IT0A 1K5UA 3A22A 2C8NA 3S6TA 3KE0A 4X0NA 3LPGA 3A07A 4LYPA 4S3KA 3WDHA 1HVQA 3FUOA 3FJHA 4D72A 5BQUA 2CEQA 3O4BA 3B8SA 2CBIA 2YBTA 1GORA 2ZUWA 1E56A 1QNRA 3SCVA 4HZ6A 3DYPA 5AC4A 3OGGA 1SR4A 3SCNA 4TX8A 5DT5A 1HWOB 1WCGA 2YL6A 1ZBVA 1HJWA 1ONKB 4KMQA 4FLSA 3EMCA 2ZUNA 4QD2C 5BXPA 1G1YA 1PUUB 3QGVA 3AHZA 3IM5A 1W3JA 3UJ4A 1U33A 1EV2A 1M16A 3QYDA 1QHPA 2Z49A 2VXRA 1E71M 2A3HA 3MO4A 3GXMA 2Y9FA 2XUCA 2CHNA 3E8LC 4OWJA 1HWNB 1YXWA 5EFFA 1BVZA 3PZVA 1CGVA 3Q7WA 5CGTA 1HJQA 1QI0A 4JZ5A 3OZOA 4W5ZA 1JT7A 1DJSB 1K9DA 1GPFA 4EB2B 2VZTA 4W8BA 2XIIA 2J7EA 2KH2A 1ESWA 1VEPA 3K4DA 7I1BA 5A6MA 4P6AA 3AXIA 1FP8A 1HJSA 3IAPA 4JQ0A 4LO3A 1YHTA 2AAAA 3WUBA 3N13A 4U3CA 3MUAA 1J0ZA 4OEGA 2W62A 3A3HA 4EAMA 3CO4A 3BGAA 1E4MM 1VF8A 4JKKA 2XG9A 4M56A 3TTOA 1TTUA 4HMDA 2W92A 5ABGA 3HOMA 1JZ2A 3N12A 4AMCA 1E0OA 1CGYA 3UG3A 2OYMA 4ISQA 1G5AA 4MB1A 4MB3A 4KBBA 3A6OA 1S0LA 3VD5A 4HZ7A 2E9BA 4ZGRB 4W7VA 5ABEA 3RCNA 1DZDA 3CZ8A 2HW9A 1BTCA 3BA4A 4ACZB 2Y9XE 4F9DA 4DUXA 4LO8B 2BHUA 2X2YA 3GYCA 1WZKA 3F4VA 4HMEA 2VCBA 1Q6EA 1D2KA 3F1RA 1QNOA 1SZ6B 4M81A 3PBGA 4DM2A 3ZXDA 1KR1A 5CXPA 3RJYA 2A3BA 1HWMB 1KQYA 1XV8A 2DSVA 1MW0A 5C71A 2OYKA 2ZR1B 3D5HA 2NP0A 2DSUA 4USOA 1DWGM 3IJ9A 3IAQA 3L2MA 5CQ1A 4IYBA 1QNPA 1PX8A 3BTAA 1DEDA 1VENA 3VWCA 2F61A 1KB3A 1NP0A 5CGMA 2Y4SA 1E9LA 2YL8A 1KCLA 2D22A 4NF7A 3VIIA 3ZSSA 4UOZA 4QFUA 2G3MA 1E72M 3WD2A 2CPUA 1IJTA 4USPA 1Q1UA 1CXIA 4W8LA 1FWUA 3WH7A 1CLVA 3CMGA 2DIEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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