2D1ZA

Crystal structure of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 163
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d1zA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d1zA01
1S0GA 1E56A 3FN9A 4F9DA 2W62A 1FV3A 4ZFMA 1HJXA 2NT1A 2P39A 2VR5A 6I1BA 1FOBA 2XVPA 4P7QA 1OCQA 4H8HA 3CRHA 1GCYA 1VFUA 2YDRA 1ECEA 4JKXB 4Z8SB 4J2SA 3QGVA 1HJQA 5A2BA 4MB3A 1QHPA 1YBIA 1V3KA 1E0OA 4XFTA 2E8YA 1KQZA 1E73M 4XKIA 5GNZA 5EC5A 1IZKA 1JI2A 4AZGA 3RMEA 1Y7VA 3CO4A 4WKHA 2UY4A 4G1RA 1ZBCA 4QO3A 2Q8XA 1E4IA 3VIHA 1KGWA 1CXHA 1KGUA 1Q6DA 3VGHA 2OYKA 3NBDA 3ZOAA 3QR5A 1W3FA 4IUGA 5ABEA 3ECQA 3AKIA 4A4AA 3AH2A 4UFMA 3VDBA 2CETA 1AF9A 2V38A 2XVLA 3WQWA 3O3QA 3CZGA 3NSNA 3ZJ7A 5DT7A 2WBGA 3WF1A 6CGTA 4B15A 3PBGA 1TWMA 4P8UA 2ESCA 3ALFA 2FO1A 3DC0A 1JF6A 3UR8A 4CN4A 3I3BA 2NSXA 3E1F1 2EPLX 3MANA 4F34A 3GH7A 3QOKA 5GAQA 4R27A 1E4LA 2FHBA 5B2HA 1E6ZA 3FJAA 2E4TA 2WLYA 1PEZA 2JE8A 3ZIZA 3IJ7A 1PZZA 3OLDA 1BYAA 4BZYA 3MUAA 4PSPA 1JXKA 4TTUA 3UERA 2DREA 4X37A 3A07A 2AFGA 1TWEA 3ZXDA 1E0WA 1HP4A 1MC9A 3WF0A 2DIEA 2GJXB 1R87A 4JIEA 1XYFA 3RO8A 3FJBA 3W24A 2X2SA 3ARPA 2QPUA 5KEZA 1S0FA 1XH2A 21BIA 3DECA 5F8YA 3PHZA 5CSUA 1PBGA 4DEPA 2BXZA 2VCCA 3GBEA 4JL2A 3ZJKA 3RIKA 4GI6A 4TTGA 4RL3A 3SCQA 2QMKA 2WHMA 1NUNA 3BMWA 5F8WA 2XVNA 1M01A 3EDKA 3CA5A 3P6JA 3FUOA 1MW0A 2ZQNA 3GNPA 2XVKA 3RJXA 2WXDM 3AICA 1E6QM 5A69A 1DP0A 3DYMA 4I1EA 5FZZA 3CZ8A 1X6NA 1UWSA 2PF0A 3NBEA 3WQ5A 2BEAA 4EEEB 3BRFA 5A6LA 2WSKA 1JI1A 5AYBA 5ABFA 1BF2A 4I4QA 1MYRA 1F31A 4I7IA 1K6AA 3KL3A 5JBEA 2CXGA 5IDIA 4JFSA 1E6SM 4UZSA 4I4RA 1UR1A 3BLKA 3OLGA 2IXUA 2UY3A 1M04A 5CQ1A 5A3HA 2G3IA 2E8ZA 4L4OA 5CPTA 3W82A 2PI6A 1BARA 5A8QA 4QALA 3RSJA 4OBRA 2F8XC 1BHGA 2IUZA 3WDPP 4JCMA 2X0HA 3AYSA 1PJ9A 1TUXA 4LO1C 2VVNA 3ALGA 3WD3A 2ZX8A 1Z32X 2BS9A 3WQ4A 3WL1A 1TR1A 3GTNA 4EB2B 1OINA 1SR4C 2VU9A 1US3A 4P7OA 1WPCA 3THCA 4N42A 5EMYA 1JTCA 3BADA 2GDVA 4W7UA 4JKQA 3CA4A 1M03A 3W4RA 1DWGM 3RM9A 1UR4A 4R6UB 2VR4A 3T8SA 1J12A 1ABRB 2VQTA 1J0IA 2CBIA 1CECA 1JNDA 2PC8A 1G01A 3CHEA 5FIPA 5BXTA 3OBRA 4LYPA 4CD6A 3MSDA 3BA7A 5A6BA 3U7BA 2R9KB 5JIWA 4AZIA 4CU8A 1GUVA 1XRVA 4ZEPA 1KXQA 2WHKA 4MDPA 1V3JA 3T0AA 3UG3A 4F66A 7A3HA 1UHVA 4PMDA 3NSXA 1MXDA 4TX8A 1K5VA 3PG0A 4II0A 3CUGA 1DWAM 1TMQA 3CZEA 3D7WB 3BMVA 2MLLB 5D9NA 4CGTA 3NBNA 3V79C 2WANA 3G6LA 4PCTA 3SCSA 2Y9FA 1HVQA 2PBOA 2OSWA 4EKXB 1NP0A 3AHTA 3TA9A 1BAGA 3U7VA 1HP5A 1QNRA 1L2HA 5KZ6A 5GNYA 3WNPA 1IILA 5HXMA 3AZVA 3SEPA 1BPLB 3VSFA 2DSKA 4MNLA 3W38A 1PUUB 4OW4A 1WO2A 1ZBKA 2D2OA 4PMOA 2ZWZA 1EO5A 5BROA 1W9VA 1TA3A 1OSEA 1E4NA 3ZC9A 4AEEA 3QHOA 5CPSA 1R86A 3HJEA 3Q7WA 5I0DA 5FL0A 2D20A 3W25A 4GIAA 1TCMA 4PUEA 4HA2A 3VPLA 1DWJM 3DHUA 1ZL1A 1ZU8A 4D6IA 3WNLA 4LYRA 1JZ4A 1J11A 3AXIA 2BY2A 3NJ3A 4BQ3A 1LQ0A 2LIQA 4KBBA 1UD6A 1DFCA 2OWCA 3WH9A 3ZR5A 1QI5A 3IK2A 5BQUA 1EA9C 2FH8A 2GJRA 4AMCA 4W7WA 2EQDA 4V27A 1JYWA 1NM9A 1TFVA 2ZX5A 1LLOA 4W87A 2JIEA 3A22A 4GZEA 1BG9A 3SCWA 4GP3A 1AVWB 1OIFA 1MW1A 2AAAA 3MSGA 1FH8A 41BIA 1V08A 2J74A 4E2OA 1ZJAA 3SCVA 3BAOA 1GOMA 4W5ZA 1O7AA 3CZJA 5IHSA 1OBAA 3FFZA 4AZ7A 1X1NA 3WBEA 1UKPA 3V0AB 3VMOA 3FJHA 4H2CA 4PC4A 3H6RB 1QI0A 1JY0A 2GK1B 3ARSA 2W63A 3AXXA 3UEQA 3B9EA 1UH3A 2ZXQA 3VDCA 4D6JA 4WJXA 2G41A 1UA7A 4DENA 2OSXA 4XB3A 4YPJA 2BFHA 2WVUA 2BFGA 3CA3A 1I1XA 5BP5C 2O9OA 2YBUA 4HP5A 1JD9A 4QKRA 4W84A 3IJ8A 3TC2A 3K8MA 2PWEA 4EAMA 1B90A 3ARVA 2Y24A 2VZVA 5I23A 1K5UA 3ZO9A 4Z2GA 3M6DA 2XOAA 4UQCA 2DSWA 2VQUA 1VIWA 2GFTA 1FFRA 3IANA 1E5JA 4DUVA 1WD4A 1UOKA 3FAWA 2GO2A 5EHAA 1CDGA 2VX5A 1QNPA 2V5DA 2XM2A 1XV8A 2EEXA 1N4KA 5BQUC 1GGPB 2O92A 3QR3A 1HJVA 1BVZA 5DF0A 1JZ8A 1NH6A 4KGJA 2EBNA 3OGFA 1D7FA 4H8UA 4Z2JA 4YOLA 2W66A 2J25A 5FD0A 3CUIA 1FHLA 1LWHA 4D6DA 1R8NA 4LX4A 1QVBA 2WHJA 1J10A 5M3WA 1ODUA 1BASA 5AC4A 2GVYA 3T2PA 4HMEA 2G8ZA 3JRRA 1H0GA 1LG1A 3R4UA 1E43A 1W9DM 1GPFA 4OEGA 3KE0A 3R4SA 4IYBA 3SUVA 3WQ8A 3E8LC 2VUYA 1UQYA 3WD4A 3FXYA 3VIPA 3T0DA 2WKLA 2M49A 1MD6A 2YL6A 1DEDA 1BLIA 1JDAA 5CG0A 1ZBWA 4ACZA 5E70A 5ABHA 3MV01 1VFMA 2RGMA 1SFSA 3VINA 1EV2A 3BRGC 1H5VA 1LG2A 2HISA 2E4MA 2NW0A 1UQZA 2FHCA 3APGA 3LTQA 1E9LA 3VIIA 1W91A 4HOZA 2ZQOA 3WH8A 3WD2A 4D71A 1J9YA 1WBAA 3PZQA 1UWRA 3EDDA 1RG8A 3AQUA 2YL8A 1YXWA 1H2JA 3MV11 2DSUA 2ZIDA 3SUWA 4ML4A 1BLAA 4MAVA 2ZOXA 4U2YA 5FL1A 2ZXDA 4ZOTA 3NCOA 4HZ8A 4NSBA 4WSKA 2F2HA 1VF8A 2WMGA 1TP0A 3AIUA 2LIEA 2RSTA 4YN5A 4QBVA 3FY1A 4W88A 3MMWA 1BFFA 2CBUA 1HKMA 4PTMA 3UJ0A 4J3XA 2ZE0A 1WZMA 1HCEA 4P6AA 1H11A 1HL9A 4JL1A 2Q9XA 4MB4A 2JALA 2QLYA 5F90A 1S0DA 2EPOA 3AJ5A 4XFUA 3UG5A 3UR7A 4C7GA 1UZ1A 1XSKA 1TOOA 3N13A 3PZGA 2J79A 5E6YA 1E3XA 2FDBM 3GM8A 1KCLA 1EYLA 3POHA 4DWSA 3CUFA 1FWUA 1ZB5A 4FK9A 2TAAA 1XD0A 1ONKB 3UJ4A 1QW8A 5C71A 1TG7A 3F5JA 3L4WA 4I4XA 4QFUA 3BLPX 4CD7A 3RTJB 3W29A 4I96A 1QQKA 3RM8A 4UR9A 4RE4A 3VD4A 1PWAA 2VSAA 4Z2HA 4CVWA 4MADA 1HWOB 4ISRA 4QP0A 2XG9A 3BA4A 3FNDA 3RPMA 4HR6C 5A8OA 3U57A 3P6IA 3CHDA 3CBWA 3TONA 5G00A 3AHXA 3AOFA 5HPOA 1YF8B 1BTCA 3SIMA 3T2QA 5GQBA 2ZUTA 4AC1X 4F79A 5JMCA 3AIRA 1IRAX 2XFRA 3CMGA 5ECUA 1VEMA 3K1DA 1JZ7A 1SMDA 3BC9A 5A8NA 1WBCA 2JIWA 1JAEA 2FDMA 3VWCA 3VT1A 1M16A 2D7RA 1UD8A 5I24A 4ZA3B 5LA1A 3WDQA 1EPWA 3BRDA 1JFHA 1GNXA 1EDTA 1ITBA 1I1BA 2UWFA 3W0KA 2YL9A 2WM0A 4M1RA 3VTRA 1CGTA 4X3AA 3WY1A 1EO7A 2XWDA 4UQDA 1PAMA 4FVVA 4JFWA 4HMCA 1B1YA 2YLAA 3WL0A 4ATWA 4PMVA 4DWSC 4CVUA 1UPSA 5M17A 2Y9XE 3N11A 3AI0A 1VENA 4CUCA 2CBVA 1WKYA 3CTTA 1XSJA 3GBDA 2KKIA 1O6IA 1C8XA 4B16A 1EHAA 4D0TA 1JZ5A 1EVTA 2DH2A 1PZ3A 4ZFYB 3OZOA 1FP8A 5FZYA 1GJUA 2YIHA 4LYQA 4DM1A 2OLHA 2Y9WC 1C92A 3TTSA 3VUPA 3BX1C 1BFNA 4AD5A 4L4IA 2VUAA 3KL0A 1LL7A 3H6SE 4J3SA 2Y8VA 5DMYA 3W27A 3N7KA 4J27A 1QBAA 1WZLA 1CTNA 4WKFA 1K9TA 1G5AA 2F2FA 1OGBA 3IAPA 4AZ6A 4AZCB 3G6MA 2UY2A 8CGTA 4F8XA 3VEQA 3J7HA 3K4DA 3EMCA 4W8LA 3P53A 4GAIA 3CUHA 3JUTA 2VXTI 2VNCA 1ZJBA 1BGGA 1GZJA 2WYSA 2FGFA 3RM4A 4QC4A 1JXJA 1BQCA 5D9MA 4HPHA 2BV9A 2WLZA 4MB1A 1LJYA 1GVIA 4MPKA 3VDHA 2PB1A 2V3GA 1UD4A 2GUYA 4J28A 4BQ4A 2G3MA 3DHPA 3NYDA 4WSJA 3B9DA 1JT7A 4AD3A 3AKFA 1VRXA 1V0KA 3BAHA 4C7FA 2OYMA 2D24A 2A3HA 1JZ3A 1K9EA 3AH1A 4G6MA 4UNIA 1BSIA 1XSIA 3SCTA 1JIBA 4AIEA 1W1YA 2C0HA 1GQJA 3VD9A 1UH2A 4FF5A 1HJWA 4AN6A 1XHBA 4ZLBB 2NM1A 3BB2A 3O4CA 4LO7C 4UFJA 4OWKA 1E6PA 4USOA 3ZSTA 1HJUA 2MIBA 2PWDA 2D1ZA 1JT5A 1CXFA 2ESUA 2VTFA 1FWVA 2VC9A 2VOTA 1V6VA 1A47A 4I4UA 1Q1UA 3LLPA 4LO1A 1J0HA 1JYNA 3BAVA 5DSSB 2F2FC 1CLXA 3NIYA 1DLLA 4GQRA 3WNKA 1VBRA 4P8VA 1SR4A 4QLJA 3O4BA 3NDZA 3DYPA 1FQ9A 1W3HA 2X09A 5BRPA 1BLDA 3OBAA 3WMUA 2PWHA 1L8NA 4W85A 2DEPA 3T2OA 1LF1A 2WMHA 3GZAA 3BSGA 5CLWA 4GO8A 3WF4A 1SMAA 5FOOA 5AY7A 4CD5A 3BCDA 3HALA 1V3IA 1VBUA 2E0PA 3UD8A 5F8SA 1WCGA 4QBCA 3L4ZA 1NARA 4IY9A 3OGVA 4UTFA 2CERA 3WQ6A 1P63A 4R5EA 1CGUA 1V0NA 1C3FA 3WH5A 4J2YA 1D3CA 2WC7A 1CBGA 1M2TB 4HA4A 2AAIB 4RE3A 3AMDA 3AHVA 4B9YA 4OEEA 3ARQA 4L4PA 3WD1A 5CGTA 5A6SA 5CJ5A 1I1WA 4U3AA 3VGDA 4J7RA 3GXIA 4J3UA 3OJMA 3WUBA 3MMDA 1JDCA 3V0BA 3KZSA 3SCOA 5FCZA 2VL4A 4U5KA 1RY7A 1AVAA 3N7MA 1JL8A 1NP2A 5BXSA 2JEPA 2E3ZA 4H9WA 3BSHA 5IFPA 1QQLA 3PZMA 8I1BA 4M24A 2XSAA 3UG4A 3VIJA 5A8MA 5D8WA 4PTXA 3W37A 1QNQA 3VIKA 1Q4NX 4KEIA 2XJ7A 3GDBA 1MXGA 2XM1A 1C7TA 3QYDA 3F62B 1D2KA 4IHZA 5A6BD 2XGIA 4PMRA 4TUFA 4UOZA 1GVYA 1U2YA 1K9FA 4S3KA 2D23A 1B3WA 2FGLA 3W81A 1B3ZA 2IWTB 3WENA 1V3HA 3ARWA 2CBJA 3OB8A 3FW6A 1OIMA 5LA0A 2O9RA 3CPUA 4PSRA 3N7JA 3W9TA 5E9AA 1VJZA 3ZC8A 1KGXA 2V3EA 4F83A 3FHQA 4IPNB 5A6AA 1YHTA 3AMCA 3D5HA 4ATDA 2Y8KA 2CIPA 2WMJA 3VIMA 3CMJA 3EBVA 4I0YA 3CRIA 2EPNA 1QXMA 1RZOB 4HPGA 3T08A 1GOKA 1GOQA 3BAJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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