2D20A

Crystal structure of michaelis complex of catalytic-site mutant xylanase from streptomyces olivaceoviridis e-86
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
436
structure length
427
Chain Sequence
AESTLGAAAAQSGRYFGTAIASGKLGDSAYTTIASREFNMVTAENEMKIDATEPQRGQFNFSAGDRVYNWAVQNGKQVRGHTLAWHSQQPGWMQSLSGSTLRQAMIDHINGVMGHYKGKIAQWDVVSHAFSDDGSGGRRDSNLQRTGNDWIEVAFRTARAADPAAKLCYNDYNIENWTWAKTQGVYNMVRDFKQRGVPIDCVGFQSHFNSGSPYNSNFRTTLQNFAALGVDVAITELDIQGASSSTYAAVTNDCLAVSRCLGITVWGVRDTDSWRSGDTPLLFNGDGSKKAAYTAVLNALNGGGQIKGVGSGRCLDVPNASTTDGTQVQLYDCHSATNQQWTYTDAGELRVYGDKCLDAAGTGNGTKVQIYSCWGGDNQKWRLNSDGSIVGVQSGLCLDAVGGGTANGTLIQLYSCSNGSNQRWTRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic snapshots of an entire reaction cycle for a retaining xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces olivaceoviridis
molecule keywords ENDO-1,4-BETA-D-XYLANASE
total genus 164
structure length 427
sequence length 436
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2005-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d20A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2d20A01
3AKHA 2FFUA 2AFGA 1GQIA 2BY0A 2XSAA 3AHYA 4GINA 4PTMA 4UQAA 5B2HA 2VQTA 1BGAA 4IISA 5TD4A 2OYMA 2QPSA 3WUFA 41BIA 4U5IA 1PEZA 2VR4A 2XOAA 1I75A 4WSKA 3OB8A 1BARA 3SUUA 2D24A 3BRDA 2DT3A 1WDQA 3PZNA 3T2QA 2DPEA 2XYLA 2D0HA 3GH7A 1VB9A 1C91A 2ZUMA 1OM0A 4WKAA 5EB8A 3OLGA 1DWAM 1AVWB 4EANA 2EO7A 1FWUA 3UJ4A 4GXPA 4EE9A 2CHOA 4A3YA 1TZ7A 3WA1A 4I4OA 4GQRA 2Z48A 3D3AA 4HA1A 3F62B 4TXEA 3EYPA 1V3IA 2G8ZA 2X2SA 2WW5A 5CGTA 1FMZA 4I3NA 2E9BA 1QI0A 3AS0A 3WD3A 5E6ZA 4H7VA 3WF0A 4B9ZA 2WBKA 2NT0A 4LX4A 3SCWA 2GFTA 1C7SA 2E9MA 2CEQA 1ECEA 3WDRA 2WVTA 5EFDA 3SEPA 3UG4A 3IAQA 3EDEA 1E6QM 1OB0A 4JKXB 4H8UA 3FJAA 4I2SA 2Y8VA 3VDHA 1C93A 1GOKA 2J3PA 1UWIA 1UR4A 3MUY1 1UKPA 3W0KA 1BYAA 3WD2A 4D6CA 3EMZA 3T08A 3AKGA 2CCRA 5A8QA 3ZR6A 1TMQA 1WBCA 1J0IA 3AIBA 2DRYA 4PN2A 3FJ8A 1E3XA 4UCFA 4KC3A 1OIFA 4AIOA 4TX6A 3VVGA 3KE0A 1JY0A 1WNOA 2YA2A 3SCQA 3BADA 4UFIA 1H11A 4BF7A 3HBWA 1ZS2A 4J28A 4X0NA 1SZ6B 1DEDA 4F9JA 4WSJA 3MPPG 4QKRA 1XG6A 4PEEA 4QAWA 1V03A 1NM9A 2VQUA 1D3CA 4R27A 2UY3A 4EEEB 2DSZA 4D8HA 1J0YA 5GNYA 4BCEA 3BCDA 4PCSA 3KL3A 2W5FA 3L4XA 1TCMA 4CD7A 1RP9A 3FJDA 3MALA 4XUYA 1QHPA 3VX1A 1CEOA 1QI2A 1Q6FA 1JLYA 2WBGA 1MWOA 3AZVA 4HOXA 1UQZA 4NI3A 1R85A 1PUMB 1UYQA 1UWUA 5BCAA 5BP5C 5DVHA 3LLPA 4P8XA 3AFBA 4ENDA 1UD3A 1R86A 3WD4A 5CJ5A 1HWOB 2VJXA 3AQUA 5AC4A 4U2YA 3UG3A 2WMIA 2Y4SA 3VGDA 2J8FA 4DWSB 1HKMA 1B3WA 4LO8B 1TFVA 3NJ5A 1AXMA 4URIA 4CD4A 1S0EA 3NBNA 2J25A 3ZOAA 1E4MM 2WMJA 2CBJA 1E6PA 5EHAA 1S0LA 4FLRA 1W3KA 2VL4A 2F2HA 4AWEA 3V0AA 4EFPA 3GXIA 1UKTA 3ZJ6A 2BXZA 2D3LA 1WDPA 1E1FA 2PBGA 4D71A 3VNYA 1NUNA 3AH4A 4P0KA 4M81A 1MD6A 3K4AA 4NRSA 2XSBA 2Y9XE 1VCLA 1HJVA 1IOBA 4I4XA 1W9PA 3SCNA 3FJEA 3WL0A 3FJFA 5GNXA 2V3DA 1CDGA 4ZFMA 4AZ5A 2KKIA 1V6XA 3TC2A 2WCSA 3BA4A 7TAAA 1LL7A 1JG9A 1H4PA 1JXJA 3VGHA 1G9DA 3A4XA 4BQ3A 4CVWA 3W28A 3PZQA 6I1BA 5CXPA 5JUVA 3GH4A 1US2A 5D8WA 1UZ4A 5FL1A 1C90A 5M03A 3WKZA 1BQCA 8I1BA 1W9BM 3VMNA 1VF8A 4U5KA 1D0HA 1VFMA 2ZUTA 2VCCA 1GOQA 1GHRA 1II4A 3B9AA 4P8UA 3WEZA 4XFTA 2ZUUA 2J7FA 3ARTA 4QBCA 4U33A 3APGA 3ARWA 2OWCA 1T9FA 2E8YA 1WB0A 3SCTA 5JMCA 3BLPX 4MNJA 1B9ZA 1JZ7A 3H6RB 2WHLA 4KH2A 1I1BA 4DUVA 4E8DA 2ESCA 3WN6A 8A3HA 4M82A 2W67A 2PF0A 5BWFA 3GDBA 2XFFA 2VSEA 3AZRA 4XFUA 3CA1A 3A47A 5I77A 2NZ9A 3AI0A 4W86A 2ZIDA 4P8WA 4AY1A 1ZBKA 1TG7A 3A07A 3OJVA 3K8MA 2D2OA 5ECUA 1LL4A 1VEPA 3OJMA 3L4WA 1FA2A 3AYSA 3FNDA 3K46A 4I7IA 3WF4A 4X38A 4CJMA 4UQDA 1TA3A 4FLOA 2J7HA 1XH1A 3BAKA 2A3HA 1JI1A 2PWFA 1HN1A 3VUOA 1K9FA 2VLCA 1E4LA 4J2XA 3VINA 3VT1A 1R8LA 3SCSA 4FLQA 2ERMA 3AIUA 2W61A 3GZAA 1W9XA 2DT2A 4KWUA 2DS0A 5EMYA 2OWXA 4CD8A 4YHGA 1IILA 1OD0A 1YHTA 2AQZA 4HOWA 2Y9WC 2IXVA 1DHKA 4QCEA 1UG6A 1CGUA 1DWIM 1B2YA 4WKHA 4LQ1A 1MW1A 3VOCA 5D9MA 1K5UA 1H49A 1V6YA 3ARSA 2C8NA 1J18A 1XH0A 3CMJA 4CVUA 3VD3A 3N11A 4WF7A 1MW3A 1L2HA 1BLDA 3NDYA 4DWSA 1W9UA 4M80A 1DTUA 3W38A 1DP0A 1UKSA 4M24A 5D9OA 4PMQA 2V3EA 4ZFYB 5D62A 4ACYA 6TAAA 3PG0A 4G9MA 4JFTA 4IONA 4ATLA 1BHGA 3BGAA 5A8PA 3MUIA 4CCDA 5IFTA 3O2LA 4Q9GA 4XFSA 1XYFA 1MQPA 2GK1B 4D1JA 2X2TA 2JIWA 3DYMA 4P7NA 4D6DA 5F8SA 1JNEA 3OBTA 3RMEA 1S46A 2CBUA 4X3AA 1XCWA 2XVNA 1R7OA 5A2CA 1GW1A 4U3AA 3VIKA 3ARUA 5E0CA 2EBNA 2C7FA 4S3KA 2J4GA 2IXUA 2VMFA 4EAMA 4OOZA 2WWDA 2WHKA 1E43A 3KL5A 1KXQA 3WMUA 3OLEA 1QBAA 3THCA 1HWMB 1NARA 1B3YA 5JBDA 1FP9A 4W85A 1E72M 4PMNA 3WH6A 5I6SA 2WPGA 3I29B 3BAHA 2G41A 4LGXA 4GAFA 1Q04A 3V0BA 2E4MA 3W24A 1M03A 2RGLA 2Y5EA 4W7VA 4WJXA 1JD9A 2WCGA 4GO8A 3MMWA 2WK2A 2FHCA 5I23A 1S0DA 2UWFA 1IV8A 4AD4A 3AS3A 3O4DA 3IJ8A 1A47A 3SUSA 4OWJA 4R6UB 2J77A 4II0A 1ITXA 1VIWA 3GYCA 1WPCA 3LMYA 4U31A 4QLKA 1H09A 3CU1B 5F7UA 3H6RA 3AZSA 2ZX7A 3VNZA 1MYRA 2XGIA 3K8KA 4P7OA 3TTSA 5D9PA 5D61A 4D6EA 3NJ3A 1BF2A 5AY7A 3DYPA 1AVAA 2EXOA 4ZBVB 2VCAA 1OCQA 3I3EA 1YBIA 2L5XA 2LIEA 3ZIZA 3M6DA 4TTGA 2BVDA 2HWAA 3AXHA 5A1AA 1BYDA 3W9TA 4QBVA 4YOLA 1G01A 4D6FA 5BQUA 5A6KA 4I4RA 3WINA 2VXRA 3NSNA 3CA3A 1G9BA 4LO7B 1QHZA 5HPZA 4ZXLA 4OUJA 2XTKA 2BY3A 2ZX9A 2JALA 4ZEPA 2NVHA 3CZ8A 1OQLB 5D9NA 3UCQA 3TA9A 2VZVA 4OZOA 1BLAA 2ZWYA 3WNNA 4IYBA 5DEZA 1J11A 4JHOA 2WVVB 4IY9A 1SMDA 2YL5A 3TOPA 1EA9C 2QMKA 1SFSA 3CZJA 4CN1A 3L2LA 4P6AA 3N13A 2E9LA 3ZO9A 1HJWA 2DREA 1VFUA 2VUAA 2YLLA 1ODZA 2WYSA 1S0FA 1TE1A 2Y24A 4PCTA 3OIHA 2Q8XA 5IDIA 4GI6A 4HJJA 1GVIA 4S3JA 4BQ5A 3U7VA 2IUZA 4IZXA 4OEGA 1QQLA 3AHTA 4HTYA 4W5ZA 2VT0A 1CNVA 1EIBA 1UR0A 3QGVA 3TONA 1FN0A 1W3AA 5GAQA 4AW7A 2QF8A 1VBUA 9ILBA 4ZFUB 4X9YA 1X1NA 1XH2A 3MANA 4LO0C 4AZCA 4KMQA 4GZJA 4RE3A 2MLLB 1W1VA 5CPSA 1GHSA 3CUGA 3RM8A 2R9KB 5BXSA 2D23A 1US3A 4A4AA 4P8VA 2WLZA 2JEPA 5A2AA 4J3WA 3ZSTA 1CGXA 2ZOXA 2VX5A 1X6NA 4JL2A 2VI0A 3FAWA 3TP4A 2NP0A 2G3MA 5I78A 5C71A 2GK1A 3EDFA 2J62A 3BSGA 2X1IA 4AXNA 3II1A 4JHZA 2D1ZA 3VSFA 3ZSSA 1BG9A 4LO2A 4IY8A 1CIUA 4DUXA 2DIEA 2E8ZA 1QNOA 2ZUWA 1FMMS 3CAHA 1GNXA 1MXGA 5JBFA 1VJSA 3ZJ7A 4G9NA 5A6BA 2MIBA 3VMPA 4DWSD 4GIAA 5A6AA 1PUUB 2A3AA 5GNZA 1KFWA 1T4QA 3VM7A 3WSUA 7CGTA 2FHFA 1JZ3A 4JL1A 3RJYA 4AISA 1MXDA 2WANA 3CBWA 1Q6DA 3F4VA 4H8VA 2FHBA 1S0BA 1LL6A 3BAYA 2Y9FA 1HP5A 3AIWA 4OEFA 2DH2A 1XD1A 5DT5A 4CN4A 1FP8A 1PIGA 3WEMA 1U2YA 3SUTA 2KLLA 5CSYA 3UR8A 4J23B 4B3LA 3O49A 2VURA 3TTYA 3CUIA 3BC9A 1W1TA 1UR2A 5HXMA 5HOSA 1K9DA 1BLIA 2J7BA 2GJXB 3HOMA 2W66A 1EHAA 4AZBA 3CO4A 4I4YA 4USPA 2QYIB 4PUDA 2NSXA 3I3DA 4ISQA 3WF3A 1CVSA 4QC4A 5CLTA 4QD2C 1HKIA 1W3JA 1WZMA 2OSXA 1XYZA 1S0CA 8CGTA 3EDJA 1RMLA 1W91A 3W82A 5A3HA 1HX0A 3LPFA 4DEPA 4JFVA 1TR1A 1NP0A 4P7LA 4OIFA 2ZE0A 3AS1A 3WENA 1SR4A 3FHQA 4W88A 1XHGA 4J2SA 4UNIA 1PX3A 4PRWA 5I3DA 5A6MA 1RZOB 3T0DA 3F5KA 2V5DA 5HDRA 3Q7XA 1HJSA 3VPLA 1G5AA 2WMKA 4JAWA 4TX8A 3CPUA 4WIWA 2FFVA 4JFUA 2KI4A 4C7GA 1V6UA 3ZX7A 3WMCA 2BY1A 1JFXA 3MSDA 3WQ4A 2JE8A 4AIUA 1AQMA 2EEXA 5IFPA 4OUEA 3S2CA 4HA3A 4HMCA 4HU8A 2V3FA 1E0XA 1JDDA 4MADA 4E2OA 1FH7A 2NW0A 4D6JA 3CUJA 3BCFA 3WDIA 3FJHA 5DZUA 4MNKA 4PBGA 2G3NA 4E8CA 1IRPA 1MFVA 4UFHA 1JZ5A 2VZTA 3VT0A 3I3BA 1P63A 3FUQA 3ZM8A 4CCCA 4HR6C 4OWLA 1PJ9A 4TVCA 4GP0A 1QVBA 1Z2VA 5DUYA 4J7RA 4W8LA 1A3HA 4CCEA 1JYWA 3ILAA 1ZBVA 3WEOA 3OGFA 1M7XA 4G6MA 2VUYA 4MB5A 1GJWA 2J7DA 2BHZA 3ZT6A 3F5LA 4G1RA 4QP0A 1V08A 1B90A 1E6ZA 1J0KA 4D72A 3VUPA 3CA4A 1E6NA 2NYYA 3T09A 4BZYA 3ZC9A 2K4AB 2ZICA 3WELA 1JD7A 1S0GA 2JIEA 3JUGA 2ZX5A 1BAGA 2E40A 3AROA 1CXLA 1XSJA 1UR9A 4PMVA 1HWPB 3KMVA 5F90A 1HJQA 2AMGA 4H41A 3A4WA 4W8AA 4XV0A 1HF6A 1OWQA 1L0PA 3D5HA 4JKMA 5D4YA 2ZQOA 1XRVA 1IJTA 1HKKA 4AD3A 4GI9A 1VAHA 1JYVA 1K6AA 5FZZA 4BS0A 4CD6A 5I5RA 3WO3A 2WKGA 3NDZA 4KEKA 3CIVA 4UQBA 4RL3A 3VGEA 1C3FA 4CD5A 3KEHA 3VIPA 3BMWA 2PI6A 1RPKA 3IK2A 3GNRA 4HZ6A 1H1NA 3I2XA 3FAXA 5CLWA 2VU9A 1Z0HA 2WXDM 4CU6A 4UOQA 3AZWA 1WDSA 3AH1A 5ABFB 3WQ6A 4HMEA 1D7FA 1H2JA 4NF7A 5A6BD 2XIIA 3A3HA 1W32A 1LJYA 2G3IA 1RY7A 1NP2A 1PX8A 2XVPA 3FJ9A 3BRFA 1FHLA 3CRGA 3N04A 1BSIA 1J0JA 2UY2A 4ATDA 2BEBA 1DWGM 2QMJA 1X6LA 2CERA 2YUGA 5EFFA 2Y2WA 3D7WB 1W3HA 4FF5A 3BAXA 3HN3A 5E0FA 3W4RA 1ITBA 3WF1A 4PMRA 3OGVA 1BYBA 1JF6A 1WCGA 4AC1X 4I4UA 4W7UA 1M2TB 4W84A 3OBAA 5I2UA 1W2PA 1MQRA 2G3JA 3AXXA 2F61A 4PTWA 3GBDA 1KWGA 4Z2KA 3UD8A 4I1EA 1J01A 3QHNA 3F1RA 3BMVA 3A22A 3O3QA 1LLOA 2FDMA 1UWQA 3QR3A 3VIGA 5GQBA 1HVXA 3CH9A 1XSIA 4W8BA 4GQQA 3WQVA 4BQ4A 4Y7EA 1CPUA 1E1EA 2CESA 4LYQA 4U2ZA 3L4VA 3MV01 1Z32X 3WMVA 3U7BA 1UA7A 1XHBA 3T0BA 4Z2GA 3MUAA 1JZ2A 3W27A 2MC2A 3UEQA 1ILR1 4L4HA 1SR0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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