4H04A

Lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
total genus 237
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2012-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4h04A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4h04A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4h04A01
1J11A 2F2HA 4PMQA 2FH6A 1GVYA 1JTCA 3IK2A 1CXFA 3EYPA 3AISA 1G9BA 2J8FA 3NDZA 4AIOA 1Q6DA 2R9KB 1UKOA 2X2TA 3GH4A 3BB2A 2B31A 3IM7A 4HOXA 1HWNB 2W63A 4ZKTB 1HCEA 1PX8A 1L0PA 2WPGA 1UR9A 1VFUA 4P8VA 1DWFM 3AROA 3CHFA 1E55A 3WUFA 3AXXA 4AD4A 1VEOA 3WF1A 1MYRA 3AZTA 2Q8XA 3ECQA 1RP8A 1W3GA 4JCMA 2PWHA 2VXTI 1RG8A 1E5JA 1O6IA 1C8YA 3AIUA 1EQPA 5A1AA 3GBEA 3VX0A 2DT2A 2WRYA 4CUCA 1H4PA 1WZAA 4M29A 2CXGA 2GK1B 1WDRA 3O3QA 2O92A 1V3HA 3WELA 3T08A 3THCA 2HW9A 4QFUA 1MQRA 2WC7A 1C90A 3RO8A 5I1BA 1HVXA 2J7CA 3IJ9A 4HA4A 3ZC9A 4BQ2A 2WYSA 1GZJA 1E6NA 3WIJA 4TX8A 4ZGRB 4D6IA 1E6QM 4P8XA 3ZX7A 3AZRA 4JFWA 4JQ0A 3HALA 3FW6A 3AYSA 2F2FC 3AS2A 5A2BA 3CZGA 4ZXOA 3AKHA 2DSVA 3HN3A 5F90A 3UCQA 2Y9GA 2GSJA 1M04A 5A6LA 1VB9A 3LPPA 1JDDA 3T0DA 2WSKA 5HPCA 3I2XA 1HJSA 5E70A 4AYSA 2J3PA 1E4NA 3ARXA 1IZKA 1GJWA 4PRWA 3KE0A 1IOBA 2EQDA 4HU0A 1W1TA 2IXVA 5DFAA 1TMQA 2HWMA 5I2UA 1FFRA 1E40A 2YKKA 4EFPA 2E0PA 3DYMA 3RM9A 4MTVA 4OWJA 5AC5A 3LLPA 3FXYA 3TTOA 3SUWA 3WDRA 4UQEA 4AD2A 2VZOA 1HKKA 2Y9FA 3WDIA 4AEFA 3EMCA 1KR1A 5CQ1A 5CPQA 4ZENA 1E6SM 4EFQA 2OLHA 4LXFA 1OCQA 5AYIA 2WZHA 4MDPA 4QD2C 2RQ9A 1DIWA 2Y24A 1Z4SA 3FAWA 2W62A 2PF0A 3VM5A 4X0VA 1E15A 5A6MA 3AIWA 3PZMA 3AS3A 4DWSA 4M82A 1E6XM 2XFFA 4OUJA 3AH2A 1QW8A 5JBFA 4BQ4A 4PYSA 2W67A 4HZ8A 1UKQA 4HOZA 3MSDA 1ZU8A 1UWQA 2WC3A 1UD3A 2D43A 3OLDA 2F8QA 2BXZA 3L4XA 3WMSA 1MD6A 2YL5A 1AXMA 5EG6C 1L8NA 5CPSA 7I1BA 4H8VA 2RGMA 21BIA 4DUVA 3B9UA 3V0BB 3JRRA 1GOOA 1W91A 3NJ3A 3ARYA 4GZEA 3WN6A 5IHSA 1BLDA 3TOPA 3FHQA 3UD7A 3VT1A 1XSJA 5FL0A 1SR4C 1FHDA 3T8SA 1S46A 4CGTA 3MO4A 2ZE0A 4LO7C 4LO3C 2YBTA 3IJ7A 3SUUA 4LQ1A 5ECUA 2OYKA 2VZSA 3VGDA 4LO0C 1KXTA 3SUSA 3VIIA 4IPLA 2XPKA 4ZBVB 1EA9C 1GPFA 2WC4A 4F9JA 4BF7A 5A6JA 3NSXA 2A3EA 3WL1A 3IAPA 4I4XA 3ARSA 2WMGA 4I4SA 1HKNA 1GNXA 3A4AA 1EHAA 3NBCA 5IDIA 2OSYA 3ZT6A 5M03A 4B9YA 1UH3A 4LYRA 4ATLA 1X6NA 3FJAA 3FJHA 2VVSA 3GXMA 1CWYA 3NUKA 1CVSA 4JFVA 4Q9PA 3CRGA 4N42A 2I1BA 3AHYA 5E24E 4CKQA 4UFJA 3SCRA 4Z2LA 1GQLA 1CXHA 1E1EA 4K68A 3GXDA 4W8BA 1BFCA 4UNIA 2CPUA 3OLIA 4W85A 3ZOAA 2BFGA 3PZVA 1NP2A 5A6BD 1QVBA 2WW5A 1S0GA 5C70A 4W5UA 4QD2B 3OIHA 2GFTA 2DSZA 4OEEA 4UFMA 3ZM8A 4OZOA 4FF5A 1RD6A 3CMGA 1ODZA 1P6WA 1FGAA 5JUVA 2WMFA 2CEQA 2VCBA 3W6LA 1W9PA 8CGTA 4J23B 3C9ZA 4ZE5A 2GDVA 1E72M 1B1YA 3MPPG 3WD1A 3RM4A 3QHNA 3WA1A 1Q4NX 2J7DA 2Y8VA 4IZEA 2F2FA 3OZOA 1OGGA 5B2HA 2CKRA 3A3HA 2E3ZA 5AC4A 1D2KA 2UY4A 1AF9A 1TWEA 4W7VA 5DSSB 3VIGA 2BFHA 4C90A 1FWVA 4PTMA 4WLCA 3WMVA 2TAAA 4CD7A 1HF6A 4FLRA 1TZ7A 1K9TA 3UJ4A 1E43A 3BTAA 2UY5A 3S8KA 2G41A 1JGIA 5BRPA 3W27A 5F8SA 2EEXA 3VILA 1HJWA 5I24A 2VCCA 1JFXA 4EANA 3NSMA 1PEZA 4FLSA 3QOMA 1QI4A 3VIOA 2E40A 3ARWA 3VOCA 1CXEA 1H41A 1QNQA 1OIFA 2J74A 4AN7B 3WUBA 1T4QA 3CA0A 4GO9A 4AD0A 1BG4A 1LWHA 4FK9A 3D7WB 1IV8A 4MB3A 2WBKA 1W3FA 2CHNA 2DDXA 3AIQA 3UDAA 3WFLA 4C7GA 2QN4A 1WD4A 2WSPA 2J8GA 5CLWA 3N7LA 1E6ZA 1OWQA 4HMEA 5GQBA 4GZJA 1HVQA 2ZXBA 1WDPA 1JD7A 3AIEA 1WDSA 2HWAA 4E8DA 4P0LA 1JD9A 2ZUWA 3WO3A 4NSBA 1B3YA 1HJQA 2GDUA 2O9OA 2XOAA 3CO4A 4OW4A 1WKYA 4WIWA 3VVGA 2ZIDA 2WBCA 4CD8A 1ISYA 1CDGA 4IY9A 3ARPA 1OBAA 4AWEA 3GXIA 3FHAA 2VZUA 3L4VA 2BHZA 1KFWA 4USOA 1W9VA 2O9RA 2ZX5A 4KWUA 3MS8A 1SR4A 3ALFA 4XKIA 1AQ0A 4UFKA 3LPFA 4PN2A 2IWTB 1DWIM 5EFFA 4WSKA 1JT5A 4Z2GA 4KEKA 4OOUA 1BPLB 1G94A 3BCFA 3GZAA 3WD4A 1CXLA 4I2SA 3VGFA 3VDHA 1UQZA 1W2PA 1XG6A 1QHZA 2UY3A 1XD0A 3WQWA 1AFCA 5AY7A 1FWUA 2O9PA 4PSPA 3WINC 1OIMA 2J62A 2XWDA 1AVAC 3WMUA 3T0AA 2BHUA 1WZMA 5IFTA 1H0GA 4CCDA 1FOBA 3GH5A 1AVXB 1MQPA 2YLAA 3EDKA 7CGTA 3II1A 3SCTA 3WQ4A 1MC9A 4I37A 2ZUVA 3UESA 3L2MA 5ABFA 3UR8A 2ZX6A 4DM1A 1E1FA 3RM8A 4UQBA 1CLXA 1BFNA 2UWFA 1M01A 4AIEA 4TLPA 3CZEA 1JYVA 3CQAA 4IQPA 1KXHA 3POCA 2VOTA 1E3XA 2VJXA 4WSJA 2WCGA 4XB3A 3SCVA 1JZ2A 1G9HA 4GQRA 3T09A 3N11A 5GPRA 1G9AA 5A2AA 3R4SA 1N82A 3AMCA 3OGVA 4AC1X 2K8RA 5JBDA 4KBBA 1WZKA 1KGUA 1W9DM 1V6VA 4GO8A 2YDRA 5DZUA 1XD1A 2F8XC 2G4FA 2XGIA 3TP4A 3ZJ8A 1HIZA 1PZ3A 1C92A 2HVMA 3VIFA 1FN0A 1J0SA 2WVVA 3CU1B 3MV01 2OWXA 3FJKA 5JMCA 1H5VA 3BMVA 1EHNA 4QDMA 3CHCA 1VF8A 2VT0A 3UETA 2ET2A 1ONKB 2AFGA 4GI8A 4AZCA 3BX1C 5EMYA 5FNXA 2BY3A 3QGVA 4PUEA 1UQYA 3W37A 1NUNA 1TVPA 4OBRA 3MMUA 4KRUA 1GW1A 1ITXA 2AAAA 7TAAA 1V0MA 4PMVA 1V6UA 1E4LA 5A8PA 3WDHA 2WBGA 1DFCA 3WF0A 1TFMB 1J0IA 2PC8A 1MXDA 1MW1A 2DIJA 2X0YA 4KEJA 1EGZA 3TC2A 1MW3A 1HL8A 4YOLA 3BAKA 1BFBA 3K8MA 5A6AA 5DEZA 1AQHA 1FH8A 2CBUA 1UR1A 3OGRA 2DS0A 3FNDA 1VBUA 4UQAA 3WEMA 4C7FA 1BVNP 3ZJ7A 2XHYA 1ILR1 3FJEA 4URIA 3AOFA 4QLKA 3FN9A 5I79A 4UZSA 3DYOA 2D7IA 3CAHA 3VTRA 1JNEA 5CSYA 5DT5A 7A3HA 4J2SA 5JBEA 3U7BA 6CGTA 2XYLA 1ISWA 2ZICA 3S8JA 4ZXLA 4J2XA 1UWRA 4UCFA 3AS0A 5CZKA 2QV4A 4MDOA 3GNPA 2IXUA 2J75A 5CLTA 1Q04A 1UOKA 4JHZA 4CU8A 3AJ5A 1V3JA 2J7GA 4ISRA 3VIHA 1B3ZA 3T2QA 3HMYA 3MKKA 4D1IA 4CD5A 5BXPA 1V03A 4CJMA 5BYWA 3AXHA 1JYNA 4RE3A 1P63A 3OBAA 1R86A 4ZFYB 4HZ7A 1BASA 3WF2A 3JUGA 1IHKA 1H09A 3H6RA 3VD9A 3OZPA 4JHOA 3EDEA 4NF7A 3P53A 3HSMA 5I3DA 1PX4A 3CA1A 3WO4A 1WBCA 4R27A 3GXFA 4USPA 1TA3A 3MMWA 2BY0A 4MAZA 4D71A 1UD2A 4PMNA 3N9KA 1QNRA 2DSKA 3DC0A 3OBTA 4V2XA 1JL8A 4W87A 3P6IA 1XCWA 4P8WA 2M49A 3WINA 1GHSA 1YQ2A 3FUQA 3AH4A 5DMYA 2QMKA 4XFTA 1HWPB 1J0KA 1AVAA 1BFFA 4J28A 2JF7A 2YOCA 1VFMA 1K5VA 4W7WA 2KKIA 4YHGA 2D44A 1C8XA 5E09A 4PTVA 2ZX9A 3Q7YA 4WF7A 4GI9A 1J10A 1B31A 3CA5A 1CGYA 2DT3A 4FLQA 2DEPA 5CJ5A 5LYRA 3UR7A 1XSKA 3AZVA 3CUIA 1EQCA 1CGUA 5BXSA 1ZS2A 4F66A 1IRAX 2ZXAA 1GOIA 2J25A 4A7KA 3NSNA 1D7FA 2G3MA 4M8UA 3FJDA 1GOWA 4ACZB 4XFSA 5E6YA 1XHGA 5A95A 5CGMA 1WD3A 2CERA 1QI0A 2FGZA 3BLKA 3D5HA 1WB0A 1VRXA 2VU9A 3AH1A 3WNPA 1AQMA 3WEOA 3BAGA 3RSJA 4G9MA 5LA1A 1HNYA 1KQZA 4FGFA 4HP5A 3ZR5A 5BP5C 3QHOA 5ABGA 3UG5A 3OGGA 2VMFA 1V6XA 3KL3A 3N12A 1UZ1A 3U5UA 4RE2A 3OLEA 3ZXGA 4OOZA 3EDDA 4X38A 2C8NA 1HKMA 1VBRA 3GBDA 1EO5A 2QHAA 2VI0A 3ZMRA 2WAGA 3NCOA 2J7FA 4AZ5A 1JZ7A 4M56A 4GINA 3WDJA 2W4XA 3WKZA 2WMIB 3M7SA 3BAHA 1UA7A 3B8SA 2YIHA 1J0YA 2ZXDA 3A47A 5C8BB 4MNJA 3OLGA 2D0FA 4I8MA 1PIGA 1JZ8A 3FJFA 1GORA 4AD5A 1E9LA 4KMQA 4KRTA 2FDMA 3BAYA 3OJVA 4JFTA 3WMCA 1WNOA 2A3BA 2G3NA 1NH6A 1BYCA 4LO1A 1GONA 3ALGA 4MPKA 3BH4A 4GP0A 5I23A 3FJ9A 4OEFA 9ILBA 1I1EA 4F9DA 2XM2A 1LG1A 4E4PA 1JT3A 1NOUA 1HWOB 3FJBA 4LGXA 4P7OA 3HMCA 3IIRA 1MW2A 1V3KA 4LPCA 1W3AA 2WWDA 4WKHA 2KLLA 5TD4A 5BROA 2MLLB 1QNPA 4U2YA 2GO2A 1IJTA 4B9ZA 2K4AB 2GK1A 1U33A 5FKYA 3ZSTA 1JT7A 2QPUA 2WLZA 1W1VA 3TTSA 2VCAA 1VFOA 4QCEA 1YHTA 1DQOA 2E8ZA 1EH9A 1G9CA 2YUGA 2W5FA 3DHUA 4BQ3A 1K5UA 4D0TA 3AKFA 4GI6A 1M53A 5BVPI 1X6LA 3BSGA 2D3LA 4F83A 4A3YA 1UD5A 2BY1A 5E0CA 3BAUA 3WNKA 4H8UA 1V0NA 3AFBA 4D1JA 2BEAA 4XZBA 3SEPA 9CGTA 2GZBA 1GQIA 2OWWA 3NDYA 3K8KA 4NI3A 2J7EA 2ZR1B 4AZGA 2OYMA 1LLOA 5CSUA 1GCYA 2J77A 2FFVA 3WNLA 3N1AA 1XSIA 4PBGA 3ZXDA 1KCKA 2JF6A 4X3AA 4GQQA 1NQ6A 4F79A 1VEPA 2VX5A 4JCLA 2KH2A 5JIPA 4P7LA 4X9YA 1JT4A 1BG9A 2G3JA 1C7TA 2J4GA 3FY1A 3K4AA 5D8WA 4HPHA 3I2AA 5A6SA 2EXOA 5DO8A 4Z2KA 2O9TA 5A8NA 3O5WB 4FLOA 1KWKA 2Q3NB 2XSAA 2Y4SA 4ZE4A 1VENA 5EB8A 2YA1A 4NRSA 1K9EA 1GOKA 1ZBCA 3WQVA 3A21A 4EE9A 1E0WA 2JEPA 1FA2A 1CBGA 2D2OA 2XM1A 3O9NA 3LPGA 4D6EA 5GNYA 1K9FA 5FZZA 3SCOA 3H6SE 1F31A 2J7HA 4S3JA 1UYQA 4W88A 1BLIA 4JFUA 3AJ6A 4Z8SB 1XC6A 4Y7EA 1JZ5A 4CD6A 1QI3A 5DF0A 4GKLA 2WANA 1N4KA 4X0NA 3AXIA 3BAJA 5LA0A 1C8QA 4AZ6A 3CUGA 3EF2A 3J7HA 1HT6A 1NZKA 4QCFA 5JIWA 4TX6A 5A8OA 1EDGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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