4H04A

Lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2012-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4h04A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4h04A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4h04A01
1G9HA 4WKAA 1H11A 4OW4A 5AYIA 2XG9A 3SCWA 4CD8A 5BQUA 1FHLA 1TOOA 2PI6A 3CRGA 1WDRA 2WVUA 4D1IA 2FHBA 2W66A 3MMDA 1CE7B 5A8PA 3OB8A 3MS8A 1V3MA 2EJ1A 4EFRA 4V27A 5CGTA 4H8VA 4GAIA 2YA0A 3IM6A 1EHNA 4YHEA 3A22A 3AH2A 4NRRA 1J0IA 1PBGA 3T0BA 5I24A 1FH7A 1B0IA 5C8BB 1NM9A 3BAKA 4J27A 4UQAA 2W61A 4GQRA 1JNDA 4HU8A 3TTQA 5EB8A 2WVTA 2VU9A 4QD2C 1Q4NX 3BCFA 1GW1A 4X38A 1PAMA 3F5JA 2Q9XA 3MU7A 4TVCA 3AHVA 2WHMA 2D1ZA 2KH2A 3PBGA 4QLLA 4UZSA 2RGLA 3Q7YA 2VR5A 4LO2A 2J7DA 3N12A 1IRPA 3WD3A 1PUMB 1V0MA 4IYBA 1CIUA 3I3BA 4URIA 2OWCA 4JFUA 3WINA 2WCSA 3ARRA 1ITXA 3WNMA 3AIEA 4GINA 4M8UA 4EAMA 5EFFA 5I77A 3FJFA 3EMZA 1UKTA 1J0KA 4GOYA 4I1BA 1CYGA 1KBBA 3FJAA 3U7VA 4XFSA 2J78A 1JT4A 3BLKA 3WF4A 2ZICA 1DZDA 1B3VA 1DHKA 5CSYA 4HOWA 4D1JA 1SZ6B 4EB2B 4GZIA 3SUUA 3VDHA 3MUZ1 3N7MA 2W5FA 1AXMA 1VBRA 4YHGA 4L4HA 2JE8A 1G94A 2YL6A 3BRDA 4PUDA 3T2QA 2WAGA 1QNPA 1FMZA 1QI4A 1KB3A 1L8NA 1J9YA 3CO4A 3HJEA 1D7FA 4HMEA 4MNKA 5DF0A 1FQ9A 1OINA 2WC7A 1JZ6A 1G9BA 4A3HA 4N0RA 5D8WA 3FJEA 2OSYA 1JYXA 4OOZA 4BZYA 3L4YA 4CVWA 3PZIA 4UQBA 1PIGA 1HKJA 4JKLA 1GJUA 2NT1A 3RMEA 3QOKA 4Q22A 4X3AA 1X6LA 4BQ4A 1UR9A 2FFVA 4I8MA 5JBFA 2VLCA 1UG6A 2WSPA 2K8RA 1BFFA 4EANA 4CJMA 2J25A 2PWHA 1K9EA 1S0EA 4QCEA 3EDKA 2O92A 3FJBA 4YPJA 3O2LA 1UR8A 3OLGA 4FLQA 1GQLA 2ZWYA 5HPCA 4JCMA 4DUVA 4CCEA 3BA4A 2RGMA 4CU6A 2YIHA 2HWAA 3BMWA 3W24A 1HIBA 4CU8A 3AMGA 1FV2A 4HP5A 1NWRA 3MUIA 8A3HA 1ZBWA 4CU7A 4WSJA 4H9WA 3QR5A 1MFVA 3ECQA 3WQWA 2HVMA 3AKHA 3WMSA 5D9PA 3OBAA 2BEBA 5HBFA 4QLKA 2QPSA 2CHNA 4HA1A 4U33A 3GNRA 4JL1A 4MTVA 5BOWA 3JUGA 5AC5A 1W1YA 2WMIA 4EKJA 1LG2A 3NCOA 2ZUNA 1DJSB 2OWWA 1FWVA 4G6JA 1ZL1A 1XH2A 2MANA 1CXLA 1UR1A 3SCTA 3MMWA 1V02E 3WEZA 3IJ8A 2XTKA 4UR9A 2VSAA 1E1EA 1V03A 1ISZA 1H49A 1XH1A 2F8XC 1TG7A 2BFHA 1UR2A 2FGLA 4DWSB 4NSBA 1JD7A 5FKYA 2YA2A 1GQIA 3LLPA 3V0BA 2FGZA 2YKKA 2D2OA 5A8MA 2HISA 4ZLBB 2MIBA 4WKFA 3S8JA 1HP5A 4AXNA 2B31A 2UWFA 3P6IA 3OIHA 2ZUMA 4RE3A 4QDMA 2GK1A 1E72M 4P0LA 1UWQA 2BHUA 4S3KA 4XV0A 2WBGA 3W0KA 1O7AA 4GO9A 3T0DA 4JHOA 1YYNA 4AZHA 2EQDA 5LA2A 4ZENA 4PN2A 4LO1A 4UFKA 1YBIA 4ZFUB 2GFTA 7A3HA 4JPZA 5D61A 2WMJA 4LPCA 4L4OA 4R27A 1WDPA 4PMZA 4OUEA 4X0NA 3PZNA 3PZMA 1WO2A 2E4TA 4KEIA 2QYIB 4BQ5A 3E1F1 2WC4A 1QVBA 1DWIM 3WSUA 3BTAA 2XHYA 2G41A 3OJ2A 1D0HA 3AICA 1ISWA 5BROA 1E4IA 4ZXOA 3WD4A 3VDBA 4D72A 1NZKA 5E24E 4TVUA 3A4XA 2E4MC 1UD5A 1GZJA 1ZJBA 4U2YA 1WZAA 1CECA 3AIQA 1FA2A 3VD4A 1ONKB 3VVGA 3P6JA 1B90A 2ZUVA 3WMBA 1CWYA 4P8WA 3T09A 2VCCA 1EPWA 2VRKA 3AI0A 3WY1A 4H04A 2LIQA 3PZQA 1U33A 1US2A 3FW6A 2WKGA 1H5VA 4QAWA 5A6KA 5ABFA 2CKSA 3N04A 5GPRA 1KCLA 3FNDA 3WF2A 1C8XA 2Y9WC 4W7UA 3ZJKA 4PBGA 5BQUC 3BSGA 1MYRA 1PX8A 2G3JA 4G1RA 1C90A 3K46A 2XGIA 1U2YA 7CGTA 4M82A 1OB0A 1V3JA 1HWMB 1OT2A 4YOLA 4UQ9A 4N42A 1SMAA 4I4PA 1E4LA 2UY3A 3GH5A 1UKSA 1YXWA 3HN3A 3W26A 1UZ4A 1KQYA 4AN6A 2A3AA 1PEZA 1I1BA 3AMLA 4W8BA 1CXFA 4U3CA 4UZUA 1P6WA 4MDOA 1JDCA 1Y7VA 2DIJA 3SCVA 3B9UA 2DT0A 2XVKA 1JF5A 4WSKA 6CGTA 3VGGA 2M49A 1E71M 1XD0A 3ZXDA 3VIIA 3TC2A 1BG9A 3WQ5A 3K4DA 1JT7A 3AH1A 1QNRA 1S0FA 2IXUA 3CGTA 2ESUA 4GXPA 2AQZA 1UKOA 1CDGA 2J3PA 3CBWA 4UOJA 3AS3A 2J8FA 1BFCA 1VEPA 5DT5A 1PWAA 1AVAC 4U31A 3M46A 2ZR1B 4KEKA 3FAWA 4ATWA 2YDRA 4CVUA 4GI8A 4J3SA 1SR4C 4D6DA 5F8YA 1ISVA 5IFPA 2Q3NB 3N11A 2ZWZA 3OLDA 1UZ1A 1UD4A 4LQ1A 2WMKA 1WCGA 3N13A 2UY4A 3DHPA 1JZ7A 1X1NA 3AIRA 5EMYA 5I3DA 1V02A 1Q6GA 4CD4A 2FFUA 1UKPA 2V3GA 1WDSA 3WMCA 4DM2A 2QLYA 2WVVB 1GONA 3MSGA 3W38A 4KRTA 2ZUUA 2VVSA 1Q03A 2FHCA 4CD7A 3ZQ9A 3BAQA 1H3GA 1BGGA 1B30A 5G00A 2QHAA 4CKQA 4UQDA 2VX4A 3O49A 2VZVA 2Z49A 5FNWA 3S8KA 2PC8A 2P39A 3KL0A 2WMHA 1CPUA 1I1WA 3WKZA 4C90A 1XGZA 4TLPA 2NP0A 3FXYA 1BYAA 1CVSA 1CGVA 3B9DA 1NOWA 1OIMA 2G3MA 1J12A 3O4CA 4MB4A 4I4SA 1E70M 4FK9A 2CKRA 4Z2JA 3I2AA 4JKKA 5A6SA 3AHTA 3AQUA 1Z32X 4TUFA 3VKKA 3AJ7A 2WHLA 4IQPA 4PC4A 1JLXA 3UD7A 5D62A 3W53A 3VIFA 3BAYA 1JIBA 3SCUA 4NF7A 1B31A 5A94A 3RSJA 1L2HA 4GI6A 5LA1A 5JBEA 2WW5A 3M6DA 1FHDA 4JZ5A 5HNNA 4UFIA 1BVNP 3BAJA 1JZ3A 2W62A 1AVWB 1OSEA 3K1XA 2VC9A 1G01A 1UWIA 3HSMA 3RDKA 1W3GA 2XYLA 3AZVA 2FDMA 3UG5A 4W89A 4KGJA 3VD5A 4MNMA 2WZEA 1S0CA 2IHOA 3QHMA 4OZOA 3H6RA 1DIWA 1EA9C 2LIEA 1C92A 3WBEA 3EDJA 3UD8A 3VSFA 4PTXA 3WF0A 3GTNA 4WLCA 2E9BA 4MNLA 3O9NA 1E0VA 1R86A 4B15A 3PN8A 2VZOA 2D44A 2VMFA 1II4A 1WD4A 1S0GA 4IY8A 5JUVA 2X1IA 4P8UA 3U7BA 3VMOA 3BX1C 4XUYA 5A8OA 1EDQA 1Z4SA 1BHGA 1HCDA 3DC0A 3POCA 2WLZA 1LL6A 2J75A 4JCLA 4TTGA 1B3XA 1XSIA 2ZXBA 1BTCA 4U2ZA 1JFHA 3U57A 4DENA 2WCAA 1DWJM 1TP0A 4GP3A 4A4AA 2WANA 3AMKA 3AH4A 4P7OA 5CZKA 4U3AA 1FH9A 1FP9A 4HU0A 1VBUA 2WXDM 2VXRA 4F79A 3NSNA 3VT0A 5GQBA 1XG6A 1BLDA 5JBDA 4YN5A 3IANA 1BGAA 2D22A 1TTUA 5I6SA 4Z8SB 1PJ9A 3RM8A 3BAGA 2VX6A 3SUTA 5A6JA 3OJVA 5M5DA 1RD6A 3WFLA 1V6XA 1CGUA 3A23A 2WMIB 3H6QA 3SCSA 2CBVA 3T8SA 1GOIA 2FDBM 5DMYA 2BVDA 3W28A 4AZCA 5HOSA 2WC3A 1MC9A 5CPTA 1G9DA 1BFGA 4PCTA 3SCRA 3ZIZA 4C7GA 2X0YA 3WD1A 4HPHA 3BH4A 3EMQA 1HF6A 2DS0A 3QR3A 1PZ3A 4KMQA 4TVDA 1L0PA 1HXJA 1W1VA 4KBBA 1DFCA 1ZBCA 9CGTA 2BV9A 2DREA 4GI9A 3BXWA 2D20A 3NBEA 4G9NA 1GNXA 4JFSA 3WH6A 1C8QA 2AAAA 2AMGA 4P6AA 1CNVA 1JL8A 4UTFA 2X0HA 2GK1B 3SNVA 1PUUB 2GVYA 1HKNA 1JXJA 2WB5A 2WBKA 3FJ8A 1OBAA 2E40A 1MQQA 1X6NA 3CH9A 1EIBA 3WO4A 3JUTA 2AAIB 3OA5A 4I0YA 2BY1A 4I37A 4AIEA 3FJ9A 1QNQA 2DRZA 4IY9A 5D9NA 3AZSA 3CA1A 1VRXA 1JQZA 1WBCA 3CUHA 1AQHA 1G9CA 1EHAA 1RP8A 5A6MA 2Y5EA 4GO8A 3VIJA 4TXEA 4ATLA 3OG2A 1H1NA 5M3WA 1OD8A 3VT2A 1OGGA 1PZ2A 1PIFA 4IM4A 1R7AA 3CRHA 3NSMA 2A3CA 2XUCA 2VQUA 2W92A 4PTVA 2DSUA 4TOQA 4H2CA 3CLWA 4BS0A 1A3HA 2J7CA 4ISRA 4HR6C 4ML4A 5LA0A 1JDDA 2WK2A 3EMCA 3N1AA 1KXTA 5A2CA 4LYQA 3VX0A 3MANA 1LWHA 4UCFA 1GJWA 1MQRA 2HZ9A 4LO8B 1SFSA 4LGXA 1MVYA 2JIWA 1AVAA 2VZSA 1IILA 1PPIA 1TFMB 4ZE5A 3QOMA 4U5IA 1SR4A 4AZBA 1HN1A 4LO0A 4Q9GA 1UA3A 1VENA 1BARA 1E6RA 1Q6DA 1QHPA 1DWFM 1XYFA 3IAPA 3I3EA 1ISXA 3ZO9A 1G1YA 1MFUA 1HX0A 3OLIA 4CGTA 4H8UA 3WF1A 4AW7A 5ABGA 3SURA 5FZUA 1VEOA 4PTMA 1FMMS 3PZTA 2G3IA 2DT3A 4EKXB 1KR0A 4AD2A 3BAHA 4BQ2A 2ZXAA 2Y9FA 4I4VA 1DWAM 5E6ZA 3AIWA 3EBVA 2W67A 1JY0A 3WUFA 1BYDA 1UA7A 2DT2A 3ZC8A 3VO0A 1OM0A 4AISA 3WBAA 4QD2B 4J2XA 4I4XA 3VNYA 1NOUA 5FD0A 3O5WB 4OBRA 1ITBA 1V6UA 2DPEA 2J77A 1PX4A 3WNKA 4J28A 4D71A 3CHCA 3AKGA 4LXFA 2BFGA 3F5KA 1DTUA 4MB1A 4GKLA 3ARWA 4ZA3B 3CA3A 1IT0A 1TWEA 1TVNA 1NP2A 2JFEX 5DSSB 2YA1A 5A6AA 4F9JA 4P0JA 9ILBA 1EQPA 1JI1A 4JL2A 31BIA 2EXOA 5KEZA 3KE0A 1S0DA 1JAEA 2TAAA 3U5UA 3FUQA 4AWEA 2VVNA 3RCNA 3RM4A 1V3HA 1E43A 3SUVA 4D6CA 1CEOA 3CMJA 2IUZA 1WDQA 2D43A 2I1BA 3ZT6A 1RZOB 4XZWA 2ZUWA 1G82A 3BA5A 5JMCA 1YF8B 1BVZA 1MWOA 4OEGA 2VL4A 4AD1A 1R8OA 4I2SA 3II1A 2DDXA 1W3JA 2VO5A 4BQ3A 2R9KB 2Y24A 3K8MA 5ABEA 2ZQOA 2J62A 3V0AB 4IPNB 1CLXA 5M17A 3T2OA 4II0A 1J0JA 3I2XA 3GNOA 3CTTA 3WF3A 4HZ8A 3AXXA 3ALGA 1AF9A 4PMOA 2E3ZA 3WL0A 1I1XA 2CCRA 1DZCA 3VD9A 1KGXA 5CPSA 5DVHA 1E6NA 1IV8A 4DCKC 2QPUA 4D6EA 1B3YA 1XH0A 4C7FA 2WWDA 3BB2A 5CLTA 1C91A 4AD3A 3CA5A 3WA1A 1QI5A 1OD0A 3IK2A 5FZZA 6TAAA 4J3WA 4P0KA 1IZJA 1DLLA 4JKQA 3SEPA 3VGBA 1HWOB 2VJXA 4W5UA 4J3XA 4R5EA 1CLVA 1WAWA 3AKIA 5BXRA 2Q8XA 4IISA 1K9TA 4B3LA 4MJ4A 3EDDA 1BA7A 4MJ2A 2WZIA 3W27A 1CZ1A 3W82A 4PTWA 3DYOA 1RH9A 1MXGA 3OGGA 3OGFA 1UOKA 1O6IA 5A2BA 1FGAA 2WNWA 1HKKA 3CA4A 3UJ0A 3S2CA 1T4QA 3DHUA 1E4NA 4W85A 5DFAA 1EDTA 1W3KA 4GIAA 3K4AA 4RE4A 4C91A 3W29A 1HCEA 2XGBA 5FNXA 2D0GA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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