4H04A

Lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2012-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4h04A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4h04A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4h04A01
1MXGA 4LO3A 3MANA 1AVAC 4WKAA 2WMIB 4CCCA 2AAIB 2W62A 1FP8A 3CBWA 4X0NA 1Z0HA 3BRDA 3OJVA 2BY2A 4Z2GA 3U5YA 3MV11 4PTWA 2KKIA 1HKJA 1KB3A 1JY0A 2BVYA 1XG6A 1JYXA 2WKLA 1K6AA 4ZE4A 3OZOA 5AYIA 1XHBA 1M7XA 3FHQA 3N7MA 3BAQA 3SUSA 1EV2A 6I1BA 2PC8A 4PMVA 1FFQA 2XSAA 1XSIA 3ZSTA 4PTMA 2X1IA 1NUNA 4ZKTB 3QGVA 4EEEB 4LO1C 5E70A 4QLJA 1M03A 2J3PA 3WDJA 3VD9A 4J3UA 2XOAA 2J78A 3T0BA 3FJFA 2QPSA 1M53A 2FHBA 3SURA 2FFUA 3DECA 5BROA 3VPLA 1OSEA 3WSUA 3LPPA 1Z4SA 2BV9A 3KZSA 4IM4A 3OJMA 1JFHA 4F79A 2HZ9A 4JKXB 1C91A 3GXFA 5A6KA 1XH0A 3BH4A 1PWAA 3AH4A 2DH2A 3H6RB 3A4AA 1CIUA 4OUEA 1CXKA 3W26A 2XWDA 5D8WA 1JQZA 1HWNB 3F5LA 2XIIA 4X0VA 4I7IA 5I6SA 3CA6A 3ARXA 2W66A 1HIBA 3IIRA 1ISWA 1GOIA 4I2SA 4ISRA 1HJWA 2VR5A 2IXVA 3IM7A 4UQEA 1CXLA 1LLOA 4RE4A 2GDUA 4AZ7A 4AXNA 1HN1A 1OT2A 1KR1A 3GNOA 5GPRA 2A3BA 4ZFWB 3WH7A 3K4AA 2ZR1B 4Y7EA 2D20A 1KXQA 3WUBA 4HZ7A 3AXHA 2FGLA 3VUOA 8A3HA 1FV3A 4PMOA 4P7OA 5E0CA 4GXPA 3VSZA 5BOWA 3CUFA 1EYLA 4FF5A 4HTYA 1UKTA 4DCKC 1SR0A 3GYCA 1F31A 4I0YA 2E9BA 3CHDA 2EJ1A 4HP5A 3DHPA 3SCPA 3QYDA 4D0TA 2VZUA 1HWOB 1FFRA 5A6MA 1OD0A 1UD5A 4JZ5A 2QF8A 5BWFA 4UQCA 1US2A 2VZSA 2XVLA 3WDRA 3S8JA 3UJ4A 1GQKA 4F8XA 1TTUA 2G3MA 1JZ7A 4LX4A 4CD6A 3CA3A 1E5JA 4ZE5A 1IZJA 1VEOA 2DIJA 2NT1A 2X0YA 3VIPA 1HNYA 1Y7VA 2F2FC 2XIBA 1PUUB 3NCOA 3WUGA 1PPIA 2VTFA 2YL8A 3MSDA 1FH8A 2XHYA 5F8YA 4D6DA 1H3GA 3QHNA 4QDMA 1XHGA 2VL4A 3ARTA 4D6EA 3BMWA 3M6DA 1EDQA 3EMQA 4GINA 2BXZA 3K8KA 4MJ4A 2DH3A 3VGFA 2EXOA 4JFUA 1QI3A 2WMFA 1DWGM 2VU9A 3U7BA 2WVTA 1NOUA 4PEEA 2VUAA 1L0PA 2Z48A 4C7FA 3UG3A 1MFUA 3K1XA 1RPKA 1N82A 2MANA 4N42A 2NYYA 1QNQA 2FHFA 4H8UA 3B8SA 4OWLA 3VMNA 31BIA 5CQ1A 1E4IA 1E6NA 1JT7A 1VEMA 3W37A 5JBDA 2HWMA 3AISA 3L2LA 3NDZA 4I4RA 1DWJM 3EDKA 1KWKA 4TTUA 4XUYA 1ODZA 3VVGA 1ONKB 1M04A 4FLRA 3W27A 4X9YA 5CJ5A 1Q1UA 3QOKA 3BAXA 5F8SA 3L4WA 4HMDA 3MO4A 1KFWA 1QI4A 3BADA 3RM9A 3W82A 1UUQA 4J2KA 2Q8XA 1W3LA 3VUPA 4AYSA 5A2BA 4ML4A 4LO2A 1QVBA 5AYBA 3N11A 4U3AA 5FCZA 3A07A 3PTKA 2IWTB 5JBEA 2CCRA 3HMCA 2GO2A 1PX3A 4U2ZA 4YOLA 3MS8A 3MMUA 3TTOA 1GOKA 2DIEA 4MAVA 1J0JA 1E4LA 3PTQA 1JIBA 5FZUA 4CJMA 2DRYA 1H4PA 1QQLA 2VQUA 2ZX5A 2Y24A 4WJXA 4H9WA 1RD6A 2X8RA 1OINA 3WDPP 1WBCA 3EMZA 1WZKA 2CKSA 3MUZ1 4ZENA 1G82A 2WC4A 1ZU8A 3FXYA 3N7LA 2ZUTA 3MUY1 3GZAA 5IHRA 4W5UA 1OD8A 3TP4A 3EMCA 2Y5EA 3ARZA 3F62B 4HOXA 3B9DA 3UDAA 1V02A 4UTFA 5I5RA 4A7ZA 3ARWA 4BQ5A 1HT6A 3L4TA 1WNOA 1JF6A 5E9AA 3UD7A 1BFFA 3WD3A 3AZRA 2WLZA 3M07A 4Z2HA 3AH1A 2YA1A 4AISA 5CXPA 3W38A 4UZSA 2XFRA 5CPQA 1Q4NX 5D61A 3E8LC 3WBEA 4Z2KA 1Q6CA 1S46A 4M82A 2J7FA 5D9OA 3BA5A 1B3YA 1QNSA 3O2LA 4S3KA 1E56A 2WW5A 5A6BA 1J9YA 4WSJA 5JUVA 1JZ6A 4GO9A 2OSXA 2ZUUA 4Q9PA 5I1BA 2YUGA 3JUGA 3FNDA 2BFGA 3CA1A 5A95A 4B9YA 1W9UA 3NBDA 2JEPA 4IYBA 1LQ0A 1UOKA 2W63A 3S6TA 1GQJA 3CUJA 3IK2A 2LIEA 2CHNA 3GTNA 4M24A 4MADA 4OBSA 4GI8A 1V6UA 2DSUA 1XSJA 1DLLA 4IPNB 3ZR5A 2G3JA 3SUUA 2CESA 1OCQA 4CN6A 1O6IA 2YLLA 4BQ3A 1QHPA 1HVQA 1PEZA 1VFFA 3WF3A 2DSVA 4CUCA 1JG9A 4KRUA 4AZIA 3GH4A 2ZX6A 3BAOA 2X2TA 4YHGA 4R6UB 3A3HA 1SMDA 3OZPA 2VJXA 1E1EA 3AFBA 3W4RA 4MB5A 1OIFA 1EHNA 3VD4A 3L4XA 3ALGA 1GORA 4I4YA 3FJHA 5DT7A 1QW8A 3WQWA 2QMKA 4JL2A 2ZUSA 2WCGA 3VMOA 2ESUA 1RP8A 4IQPA 3IAGC 1H0IA 3P6IA 4RE2A 2VMFA 4HMCA 4TVDA 1K5VA 1SR4C 3AS3A 3SUWA 3LTQA 4C91A 3WNKA 4D71A 3O4CA 3CRIA 1EGZA 1HJXA 2RG9B 3ALFA 1CXHA 2KH2A 1UZ1A 1V0MA 1TA3B 2G4FA 3RMEA 4UFIA 3DYMA 1E9LA 3C9ZA 1KGUA 3WIJA 3AZVA 3FJBA 1AF9A 2FH6A 1ODUA 1T4QA 1OWQA 4FVVA 1Q6GA 4AD4A 1ILR1 3VIFA 1WDPA 1JI1A 4GPNA 2VX5A 1UR1A 2XJ7A 1PIFA 2XUCA 1CXEA 3WD1A 4W8BA 5DVHA 1WZLA 1W9VA 3QOMA 1W3KA 3BXWA 3IAPA 3TC2A 4A7KA 1W2VA 4J28A 4Q91A 4IY8A 1WKYA 3AOFA 3GXMA 2Y9WC 1HKKA 3QHOA 1B3ZA 2QLYA 1DWHM 1NARA 4GZIA 4GZJA 1CECA 4W8LA 3BB2A 1IZKA 2FHCA 1DWFM 4J2YA 3AH2A 2BVTA 2WVVA 5E6ZA 2Y9XE 1BFBA 1D0HA 1EDGA 4UFMA 4X37A 3WFZA 3I29B 5BXRA 1C93A 4OEFA 4WLCA 4LO8B 2WCAA 2DPEA 1AVWB 4EK7A 5GQBA 2F8XC 2IUZA 3ZC9A 1CEOA 5A2AA 5BRPA 1W9PA 3OB8A 1HX0A 4H7VA 2WANA 3SCVA 5I2UA 1ZJBA 4HU0A 3W28A 4C90A 3IANA 2GSJA 4TVCA 4OOUA 3JRRA 4QLLA 1ABRB 4UQAA 3U5UA 3FJAA 3F1RA 2MIBA 2VX6A 1UYQA 5A6SA 2CIPA 2WC7A 3VIIA 5CGMA 1B2YA 1LF1A 4XZWA 3AROA 3K46A 4UQBA 1HJVA 1X1NA 3VIOA 4G1RA 3RM8A 4BA0A 4HA4A 1LJYA 1JF5A 4CU6A 3AIBA 1TZ7A 4KEKA 3AMGA 4PTXA 2YJQA 3W0KA 5C71A 3VGHA 1HWPB 4QD2B 1TVNA 4C7GA 3BAIA 4ZFYB 3N7KA 2XPKA 4P8VA 3N7JA 4LO3C 4LO7B 1E6QM 1JT5A 2OYMA 4GP0A 3PZGA 3ZSSA 4IZXA 2AFGA 3A47A 4P8WA 4Q22A 1YTOA 1E0XA 1YQ2A 3U7VA 3KL0A 3MALA 4L4HA 3AJ7A 5A6JA 2G8ZA 3CZKA 4PMZA 1QBAA 1NWTA 1AQ0A 1E6RA 1CLVA 1DZDA 4TX8A 4F34A 2D2OA 2WK2A 3UESA 3CZLA 1FHDA 3AIQA 3LLPA 4V27A 1WAWA 1EO7A 3WH8A 4Z8SB 1GHSA 3AMDA 3ZJKA 4DUWA 1JD7A 4CCEA 1SYTA 3CUIA 4W88A 1E6PA 4K68A 2HW9A 1E3ZA 3RILA 3EDEA 3AJ5A 4NZCA 3T2QA 4I4UA 3APGA 1B1YA 4P8XA 2CKRA 1GUVA 1RMLA 3AHTA 5ABHA 3WEZA 4D6GA 2BHUA 2IHOA 4TXEA 3UR8A 3HN3A 4I8MA 3CU1B 4D6CA 4OZOA 3H6QA 3SEPA 2E9MA 3SCTA 1CENA 4BF7A 3UCQA 3I2AA 3IM5A 2FGFA 1M16A 3MUAA 3PZQA 1CZ1A 1BHGA 2FFVA 3SIMA 4UQ9A 4CD8A 3WF2A 3CA0A 3P53A 2WMIA 2J77A 1ESWA 3MU7A 2VRJA 2AQZA 4TVUA 5CPTA 1HP4A 2OYLA 2J79A 4F9DA 1LWJA 4A3HA 9ILBA 2VCAA 3WINA 4GP3A 3WH6A 2W91A 4GIAA 3VIMA 3WQ6A 3WA1A 1HVXA 2CYGA 4I3NA 1WP6A 3BMVA 1VBRA 1B3WA 5GNZA 4ACYA 3WEMA 1WDRA 5A3HA 1QNPA 1GHRA 3EBVA 4AIUA 3CGTA 1QNOA 3WNLA 1OT1A 4AIEA 2V3DA 5A8OA 3T8SA 1AXMA 1UR2A 3WDIA 1JTCA 3OGSA 4X39A 3OBTA 3WD0A 2GDVA 1V3HA 2WNWA 2C7FA 5DO8A 1E73M 2GK1B 3OLDA 4CD4A 5GAQA 2J7GA 3E1F1 4D6HA 2PI6A 5BYWA 5ABFB 1MW2A 1S0GA 2BHZA 3S2CA 1VEPA 1JXJA 1H1NA 1UD4A 3AHZA 1V3KA 5A6AA 4AZCB 4DWSB 1E6XM 3FJ8A 3GNRA 4MNMA 2XYLA 1ZBKA 3N0KA 2GUYA 4OKDA 4KWUA 3WMUA 4L4PA 1HKIA 1MXDA 2GJRA 7CGTA 5HOSA 3W24A 4USPA 1CXIA 1FMMS 1J10A 4ZFUB 1E5NA 2JALA 2WAGA 2XFYA 4JFTA 4F66A 1QI5A 3EDDA 3HMYA 4JP0A 1PX8A 1ITCA 5HPZA 1E71M 1E15A 4G6JA 4EANA 1YF8B 3ZT7A 2WZEA 2Y8VA 2PBGA 1UD3A 4OEGA 3AMLA 1MW1A 4DWSD 3VX1A 4BZYA 3BC9A 5LYRA 3BAJA 1QI2A 3W29A 5JIPA 3GBDA 2DGAA 1UA3A 3CZEA 4HU8A 3BSHA 1T9FA 1BPLB 5F8WA 2QN4A 2DSZA 4AD3A 1UQZA 5GNYA 5D9MA 1JDAA 1KWGA 4W8AA 1UD6A 1QNRA 5D9PA 1E1FA 4UFHA 2RQ9A 2VX7A 1JNEA 4QO3A 2Y8KA 5EHAA 1I1XA 4MNKA 1CYGA 4I4XA 1OB0A 4QCEA 3WFLA 2A3CA 3AIVA 5B2HA 1UZ4A 1W3AA 1G9AA 2DT2A 3BSGA 4LO2C 4J3VA 1C8QA 2WMHA 2Z1KA 3V0AA 3AMKA 1UR8A 2WWDA 1E0WA 1Q6DA 1YXWA 2BHYA 3LMYA 1R8LA 1XD0A 4PRWA 1PUMB 1C7TA 3KL5A 3FUQA 4UZUA 4GOYA 3VT1A 3AZSA 1DWIM 1W9XA 3O4AA 5A8NA 1V6XA 2EO7A 3WDQA 3RTIB 1J18A 1RG8A 3F5KA 4TTGA 3SCRA 2NZ9A 2YL6A 4AN6A 3VKKA 3I2XA 3SCUA 4L4OA 4UOJA 5IXEA 3CTTA 1MW0A 2JIEA 3F4VA 3OGFA 4GQQA 1ITBA 4M81A 2CXGA 2XM1A 1JAKA 2CPUA 3TOPA 5DF0A 3CHCA 1FGAA 3VNYA 2NTDA 3BAKA 5ABGA 1H2JA 21BIA 2BY1A 3BTAA 1J0YA 2E3ZA 1EH9A 4IPLA 2ZXBA 1XYZA 2J7EA 1E72M 2JFEX 2P39A 3BAWA 1YHTA 4XKIA 4E8DA 4PMRA 4HA1A 5DT5A 3HSMA 3WMBA 1DFQA 2UY5A 5I0DA 2QHAA 4LGXA 1GNXA 1PC8B 4UFLA 3IM6A 1CGYA 1H5VA 3AKFA 1RH9A 4GQRA 1PZZA 3PZOA 3FGMA 4B16A 2ZWZA 3VGEA 1ZBVA 3ZQ9A 3ZXGA 4ACZA 1G9CA 2VUYA 4CVUA 1VRXA 3SUVA 4XX6A 4LXFA 1QQKA 4M29A 3W53A 4HZ6A 5BP5A 3N9KA 1BA7A 2A3EA 2E8YA 2D0GA 1JAEA 3ARVA 3O4OA 1V03A 5HNNA 3VTRA 3NSMA 3VM7A 2WYSA 3CIVA 3PHAA 3FN9A 2F61A 1BYBA 4A3YA 4JL1A 4YPJA 2YLAA 4KRTA 1G94A 2ZWYA 3EDJA 2OWWA 3WNPA 4HOWA 4QBCA 1CDGA 1HF6A 4MB1A 4RE3A 2X05A 2RGMA 3GH5A 4CKQA 1W2PA 2ZQNA 2GZBA 4B3LA 1VB9A 5F7UA 3ZC8A 1ISZA 4URIA 1CGXA 4AD5A 1HIZA 1W9DM 6CGTA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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