4JAWA

Crystal structure of lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum complexed with lnb-thiazoline
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
total genus 241
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2013-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4jawA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jawA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4jawA01
1JD7A 1CEOA 4J3TA 4ML4A 5A6SA 1W9PA 3UERA 1R86A 3BAJA 1WKYA 2CBVA 5BVPI 2D23A 3V79C 3WNNA 3ILAA 1G9BA 3W4RA 3L4ZA 1VB9A 3ALGA 2WMFA 1NUNA 3A47A 3BTAA 3B9DA 3PN8A 3O2LA 4G6JA 4OBRA 2DSKA 3VDHA 1HP5A 1ECEA 1BYCA 3WUEA 3WH7A 2C8NA 3VILA 1KR0A 3PZGA 2YOCA 4BZYA 3MKKA 4OUJA 3R4SA 1GHSA 5JLVA 1CLXA 3BCDA 1JLYA 5DEZA 2BS9A 1SZ6B 4CD4A 1B1YA 1NARA 4DWSB 1HJSA 1Q6FA 3UG3A 4HR6C 2ZXBA 3N0KA 3THCA 5EFDA 3OZOA 1XYZA 3F62B 1S0EA 1GOKA 4WSJA 3KMVA 2WZHA 4H2CA 3WKZA 4ATDA 1W9XA 3JUGA 1WBCA 1HXJA 4PMNA 1VJZA 5C70A 1IZKA 4AW7A 5ABEA 1NOWA 1TTUA 2ZX5A 2P23A 4UOZA 4B3KA 3WQWA 1XCWA 2DRYA 1E56A 2QMJA 3B9EA 1G82A 4UCFA 5D8WA 2NTDA 3WN6A 5ABGA 4CU8A 1BLIA 1NWRA 5CQ1A 3O49A 4ZGRB 2G3NA 1EO5A 1QPKA 2EXOA 1QNPA 1BAGA 3VIHA 4PMYA 3W6LA 1JZ6A 1Q6GA 3OGGA 5DZUA 3CIVA 3HBWA 1RP9A 3L2MA 4CN6A 4PTMA 5I79A 4M82A 1UR1A 3ZT6A 1CTNA 5A6BD 4ZFMA 2G3JA 1UZ4A 5A6MA 4XB3A 4TTGA 1Y7VA 3NBDA 2Y4SA 3CZEA 1ISYA 4F66A 3CMJA 2BXZA 3WQ8A 3ARVA 4GAIA 1V6YA 4UQBA 1QI4A 1VFUA 4W86A 4HOZA 1EOMA 4A7KA 3CLWA 3SCOA 4OOZA 3N12A 3HOMA 1HWNB 4J23B 1PEZA 3PG0A 2X1IA 2NT1A 3VT1A 1G1YA 1PIGA 3AIBA 1OQLB 2BHYA 4C91A 3EDDA 3FJFA 4X3AA 3M07A 4ZXLA 5A8OA 4XZWA 2KI6B 1E72M 1N82A 2EPOA 5A69A 4U3AA 1DWFM 2BY2A 3AOFA 2ZUVA 1DJSB 1PJ9A 1XSKA 4OZOA 1XHBA 1CE7B 3IAPA 3S8JA 2WHJA 4JIEA 2NVHA 5FOOA 1B3WA 2F2FC 3AH4A 2EPNA 2QPSA 4GOVA 4BA0A 3KEHA 1E0OA 4D8HA 4GI9A 4C90A 1BSIA 1PX8A 1W1YA 4LQ1A 2BEAA 5LA0A 1EOKA 3GYCA 1BVNP 1QNSA 3NSNA 1E4MM 3RSJA 2ZR1B 5EBAA 3AI0A 4W8LA 4JKXB 3WINC 4M8UA 4WSKA 4W8AA 8CGTA 3FY1A 4GAFA 2Z1KA 3VGHA 3VDCA 1B9ZA 3BAGA 2BVDA 2PC8A 2GVYA 3BH4A 3W24A 1W3LA 3W25A 5AYIA 5BYWA 4DCKC 5HBFA 2WMIA 4X0VA 2NM1A 3AMGA 3BAOA 1LG2A 3WFZA 1XZZA 1EHNA 1SMDA 4D6EA 2X8RA 5DMYA 4CD5A 1WD3A 3BSGA 1ZL1A 5LA1A 4CU6A 2PWGA 5C8BB 1W9UA 2OWCA 4RE2A 4TVUA 3BAIA 2MLLB 1E6SM 2OWXA 4TTUA 2BVYA 4AD5A 4E8DA 1NQ6A 2VO5A 1E71M 4WKFA 5DT5A 1GOOA 4DENA 3OZPA 3ZT5A 4EK7A 4QLKA 2KH2A 4PCTA 5KEZA 3WMSA 1O6IA 1UOKA 1H11A 3MUY1 1F4AA 3ZJ6A 2W63A 4GO8A 1V6VA 3RM8A 1HVQA 2CETA 2GO2A 4ZE4A 1O7AA 4L4IA 3TTSA 1UQYA 3VNYA 1AFCA 5KZ6A 4U2ZA 4PMQA 5BRPA 4LO2A 2DIJA 1K5VA 1AVUA 3AHZA 1UD8A 3VGDA 5I5RA 2J77A 2BHUA 2O9OA 2XSAA 2AOSA 1GQKA 1WCGA 2J8FA 3FJBA 3A6OA 3UR8A 5I3DA 1R8OA 1QNRA 4W5ZA 4W88A 4UFJA 1B31A 2D0FA 1W3GA 3BSHA 2D0GA 1J0ZA 1C7SA 2NP0A 1LJYA 3S6TA 4MDPA 4PMVA 3ARRA 1UG6A 5ECUA 3AIUA 1U33A 1V3JA 3G6MA 1B3YA 2YUGA 1OBAA 2JIEA 1H1NA 4HA4A 4D72A 2CERA 3QOMA 3APGA 1DP0A 3GZAA 2QV4A 3AIEA 3SCQA 2XGIA 3DECA 4G9MA 1QNQA 4AIUA 4AIEA 2XYLA 4M56A 4A7ZA 4JCMA 1GVIA 4B3LA 1NWUA 5EHAA 1F31A 1SYTA 4BQ3A 3GNRA 4JHOA 5JBFA 1BYAA 1D2KA 2O92A 2VC9A 2J62A 3O44A 2V3EA 3A21A 4N42A 2LIQA 4ISRA 1Q6CA 3SEPA 4JKQA 3SCUA 1LLOA 4PEEA 3A22A 3A4XA 4XFUA 3AYSA 1FWUA 5E9AA 1PZ2A 1B0IA 1XGZA 2CBIA 3FUOA 4PMDA 3WDRA 4DM2A 4LO1A 4AN6A 5A2CA 1YXWA 1E3XA 3EMZA 1UPSA 5FCZA 1E1FA 3GBEA 2E9LA 2FO1A 1CGTA 3FJKA 1OGSA 4TLPA 2J4GA 4F9JA 5BQUA 3V0BB 3WQ6A 2WMKA 3VPLA 3B9AA 4WLCA 4AYSA 5BROA 3CZKA 3FJEA 4AZCA 4KC3A 4IPNB 1UUQA 2XFFA 1W3AA 3SCPA 2BHZA 2JF7A 1E4IA 4Z2JA 1UWTA 1JQZA 2VCBA 3W29A 2CXGA 2QPUA 3VSFA 5M3WA 2VQTA 1J0SA 3ARSA 6I1BA 4J3SA 1MW0A 2WVUA 2K4AB 5BXPA 3AMDA 3BRGC 1NWTA 1V03A 2CITA 1E6NA 1E6RA 1E6XM 1HJWA 2DPEA 1GGPB 1RPKA 1JXJA 3H6SE 2AAIB 1KCLA 1QQLA 1KR1A 3ZMRA 5JUVA 1ZBKA 3RTIB 3L4YA 4PMOA 2WVTA 5BWFA 3FHAA 3CAHA 5FZZA 3N1AA 3PZUA 3CA5A 4A7YA 4H7VA 3BMVA 3II1A 3J7HA 4J3VA 2IXUA 1H0IA 2WWCA 1T4QA 2IUZA 3AFBA 3RMYA 1L8NA 1J10A 2NSXA 1UR0A 2AFGA 1NP2A 2J25A 4EFRA 1A8DA 2W5FA 3Q7YA 5A3HA 1JNEA 1ONKB 2VJXA 4PUEA 3CHFA 3CHDA 1J0YA 2XVNA 1TOOA 3WIJA 2G3MA 4BCEA 1JYWA 1PC8B 2J7EA 2VX4A 4LYQA 5GAQA 2K43A 1FH8A 3T2QA 3WQVA 2VCCA 4IISA 3AHTA 3MUZ1 5F8WA 3PZOA 3A07A 3VM7A 1M53A 3R4UA 5A8QA 3WMBA 1XSIA 4FLSA 1HVXA 1OCQA 2HZ9A 2DT0A 4GOYA 3WFLA 2W4XA 1OWQA 1BG9A 4J28A 3K8LA 4N0RA 1UR9A 2VTFA 2ESCA 3VGFA 4P7RA 1H41A 2XPKA 3WSUA 4P0LA 3CZLA 2MIBA 1RP8A 3MMUA 3VMNA 1M03A 3CGTA 2OSXA 4NZCA 3UJ0A 3ARXA 1WP6A 3WELA 2WYSA 1C7TA 1SR0A 3HALA 2WSPA 1V3KA 2BXYA 4IZXA 3EDEA 4C7FA 1BVZA 3MMWA 1KXQA 4QKRA 1J0HA 2PI6A 1JDDA 1GNXA 2ZUSA 3CUFA 1E0WA 1KGWA 3WL1A 2J7BA 1CXHA 1KB3A 3F1RA 3SUSA 1JFHA 2X2YA 9CGTA 2WM0A 3VT0A 2O9TA 3AKFA 1UH2A 2ZQNA 3VX0A 2D0HA 4MJ4A 4NRRA 3CA3A 2AAAA 2W61A 1V08A 3VOCA 1D7FA 2YL8A 3FJDA 3N13A 1NH6A 4LXFA 1Z4SA 2FHBA 1BASA 4DUWA 3A4WA 4F8XA 4JKKA 3AS0A 2GJXA 5AY7A 3FW6A 1VBRA 4ATLA 1A3HA 3AQUA 4FLQA 1GCYA 4AY1A 3AZRA 5DFAA 3AIRA 4V28A 4W93A 2W66A 1XH2A 3ZSSA 1H5VA 1JDAA 3WENA 3VUOA 1UR4A 1S0FA 1TCMA 1FHDA 2PBGA 1XD1A 3OLEA 4OOUA 1KBKA 4J2XA 4OWJA 2VZSA 3WMUA 1ISVA 2EJ1A 1JYNA 1ILR1 4ZA3B 4PBGA 3OBRA 1UKOA 3JRRA 3EDFA 4J3XA 2VMFA 4OKDA 4HA2A 1HX0A 5IFPA 1JZ3A 4HA3A 2GZBA 4D6HA 3WO2A 2OYMA 1IJTA 1CVSA 1PZZA 7TAAA 1M04A 4TXEA 4DUXA 1LL6A 2W67A 3TTOA 1QQKA 4D6JA 5M17A 5EFFA 3VM5A 1E0VA 1EDQA 2ZUWA 2XTKA 2X0YA 3CUIA 3EMCA 1MQRA 1ODUA 3VD3A 2PWHA 6CGTA 3SCSA 2PBOA 3T0AA 5BOWA 1FOBA 2ZXDA 1P63A 2ZE0A 5A2BA 3WNMA 1EH9A 5AC4A 3FNDA 3GXDA 3T2PA 4ZEPA 2RGLA 1E55A 5EC5A 1QXMA 4EB2B 4QP0A 1Q03A 4HTYA 4KGLA 2WRYA 4HU8A 4OWKA 4GIAA 4ZE5A 1TP0A 2VURA 3CA1A 1U2YA 2BFHA 3O5WB 1ZU8A 3VDAA 1YTOA 2EO7A 5GNXA 3U57A 5CXPA 5CZKA 3ZR6A 4IM4A 1KQYA 1CXEA 4W7WA 1LF1A 1BPLB 1EYLA 1VEPA 1UZ1A 1RMLA 4W5UA 3MS8A 3BRFA 1FN0A 1XSJA 4B15A 3I3BA 3HMYA 1PPIA 3RILA 3AKHA 3CA0A 1W91A 3POKA 4RL3A 4D0TA 3O4AA 5A2AA 4L4HA 1C3FA 5DO8A 1K9DA 2VXTI 2HISA 3SUVA 3U7VA 3WNLA 4HJJA 4K68A 5FZYA 2WK2A 2YA1A 3WUFA 4I37A 1JZ8A 1NOFA 1R7OA 3WF4A 2P39A 1ZB5A 4HOWA 1BG4A 1BFBA 1C92A 3GXIA 1QHPA 1GPFA 4C7GA 4TVCA 5E6ZA 3K4AA 3T09A 1AVAC 3RMXA 1JF5A 2VX5A 5HOSA 1J9YA 4JRAA 1V6UA 1QI5A 1WDPA 5HPOA 3IM6A 4X38A 1KXTA 5C71A 1V0MA 3AKGA 3ZXGA 4FF5A 2XJ7A 2EPMX 1ITXA 3VGEA 2W62A 4BQ2A 3K4DA 4AZBA 2EQDA 1BTCA 2Q8XA 3GTNA 1US3A 1CGWA 3VD7A 4TVDA 4FLOA 1HIBA 2A3CA 2CBJA 4MNKA 1BHGA 5ABFA 3T0DA 1TR1A 4GI8A 2ERMA 3MUIA 4A3HA 2TAAA 4PTVA 2A3HA 2CKSA 1WB0A 3EMQA 3UEQA 5D62A 3N9KA 3VVGA 4OEEA 5I6SA 3N7JA 4LGXA 4DWSC 4I4QA 3K1DA 1Z0HA 4M80A 4Q7NA 5DT7A 2VX6A 4JFUA 1G9AA 1HNYA 1OGBA 4AD3A 1OD0A 4MAZA 1EIBA 1A47A 4M29A 2WXDM 1VFOA 3O4OA 1V0KA 4P7OA 3VX1A 4MB3A 5GNZA 4JHZA 1EDTA 3AIQA 5E09A 1J0KA 3OG2A 2WC7A 4UTFA 4QKSA 1XC6A 3POHA 2WKGA 5CLWA 4CCCA 4ZFYB 5D4YA 1LWHA 1XG6A 3FJCA 4WK9A 2VVSA 3O6AA 4IZEA 3C9ZA 4I4UA 4XKIA 4GP3A 1CGVA 2WW5A 9ILBA 5A6AA 3A23A 1IRPA 1EGZA 4EEEB 3K8MA 5BXTA 3DYPA 3GXMA 4LO0C 1OT1A 1JAKA 4CD7A 1FH9A 4D6GA 3HN3A 2O9PA 3BAUA 4I8MA 1XD0A 4U2YA 3BAVA 1K9EA 1EDGA 2Y8KA 1B90A 1KXHA 1WNOA 2GJPA 3ZC9A 2VXRA 2VVNA 3NJ3A 3OJVA 1XHGA 1JT5A 2WMIB 2XIBA 4P7NA 4DEPA 3RMEA 1J0JA 3M7SA 4ZKTB 3RJYA 1CLVA 2E0PA 4Z9WB 4Z8SB 1WPCA 2YDQA 1HKIA 1CXLA 4WBCA 1CWYA 4R5EA 4P8UA 2VRKA 3E1F1 4U5IA 4USPA 1JI1A 4GI6A 6TAAA 3SUTA 1X6LA 4D0ZA 1HKKA 1VFFA 1PBGA 4I7IA 1QW8A 2VUYA 2VOTA 1IRAX 1E5NA 2W91A 3PTQA 4YN5A 1ZBCA 1GONA 3WO4A 3BAWA 1S0DA 3ARQA 1XH1A 2F2FA 1IILA 3UD8A 2XGBA 4PTWA 4J2SA 1QBAA 3T8SA 4BS0A 3BA5A 1GOQA 4UFLA 4UQEA 4QD2B 2YIHA 4JKLA 2FGLA 3FAXA 1FP9A 3CUGA 2BNJA 3VUPA 3WH9A 1OSEA 3WINA 2GUYA 1I75A 5EMYA 3OGSA 1BLDA 1MFVA 3AYRA 5I23A 1UKSA 4UOJA 3WF1A 2WBGA 4LO8B 4JQ0A 3AICA 5B2HA 1HKNA 4QD2C 2D44A 2WC4A 3KL3A 1I1EA 3ARYA 1BYBA 1KNMA 1R7AA 3BA7A 41BIA 3AMKA 2XFRA 5CGTA 3CUJA 1W3JA 2FGFA 2V5DA 3FN9A 2O9RA 1G0CA 1H09A 1HL8A 3ARTA 2OSYA 4AXNA 1X1NA 3ARUA 1J0IA 1JYXA 1R8LA 3F5LA 4HMCA 3EBVA 3LTQA 4J27A 1T9FA 1W3KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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