4JAWA

Crystal structure of lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum complexed with lnb-thiazoline
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
total genus 241
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2013-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4jawA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jawA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4jawA01
3WL0A 4Q9GA 1UKSA 2VZOA 2YL6A 1D3CA 5D8ZA 3VT0A 5BYWA 4AZCB 4BZYA 3CMGA 3V79C 5E09A 1FHLA 4S3JA 4OIFA 4HA2A 2QN4A 1E56A 3N0KA 2EPKX 3BXWA 3CA0A 3VMPA 4AN6A 4MDPA 3O44A 1Z0HA 4UR9A 5F8SA 1B2YA 1VEPA 3AS0A 4QC4A 1EQPA 1OT2A 1J0ZA 2XGIA 4N42A 1AQ0A 2VO5A 1RPKA 4L4HA 4I37A 2XIBA 1RH9A 4D6EA 1BFGA 4B15A 2JALA 3AIEA 4I0YA 3QHNA 5BCAA 4AZ7A 1OBAA 5D9MA 1EDQA 1QNQA 1BLIA 4MADA 4AZIA 1I75A 3BAXA 3WUBA 4HJJA 3WO4A 1HNYA 5LA2A 1HCEA 1JIBA 4NSBA 1IILA 3AKHA 2F61A 3A23A 5HPOA 3IAGC 4ZBVB 3RSJA 4KEIA 3WDHA 5E6YA 3SCNA 2CBIA 1E6RA 3S8JA 4JFVA 2YBUA 3F5JA 5D9NA 4JAWA 4LO0C 4P0KA 2ESUA 2J77A 4L4PA 2FO1A 1JT3A 3BRDA 4W8LA 3BAUA 5C8BB 4RE3A 4FVVA 4EFPA 4GXPA 4HMCA 1XCWA 2DRYA 2WWCA 4B3LA 3R4UA 1U2YA 4J3TA 4NI3A 3S6TA 3WDIA 1VF8A 2F8XC 3VSFA 3RTIB 3CU1B 1DZCA 3CUJA 4KGJA 4H2CA 1AF9A 1HL8A 3MUAA 3N7KA 3SCUA 3SUSA 4EK7A 5FKYA 2NVHA 5EFFA 2DS0A 2XFFA 2VZUA 3EDDA 4LO7C 5BVPI 1WNOA 4DUVA 1UD4A 4AEEA 1KXTA 3HMYA 1JY0A 2D22A 4P8UA 4ZXOA 4P7QA 1E70M 1W91A 4G6MA 2WHKA 3RJXA 5BROA 3VDBA 3T0AA 1ZU8A 5JUVA 1BARA 1ZBCA 5CPSA 1B3XA 3AYRA 1PIGA 2JIWA 2ZUUA 3ARWA 2WMKA 1RG8A 3QOMA 4UFHA 1LL6A 2WMFA 2CBJA 2XTKA 1UG6A 5G00A 1DWJM 2K4AB 3WKZA 4EKJA 8CGTA 2BXZA 1ISWA 4NRSA 1IJTA 2D0HA 2DH2A 4NRRA 3VDCA 4HOXA 4YHEA 2VVSA 2WVTA 3NBNA 2HVMA 4QFUA 1JZ5A 1UR9A 1UD5A 1G9AA 3W29A 2CHNA 3HALA 3ZJKA 3AYSA 2Z1SA 1DFQA 2E4MC 5BXPA 5LYRA 5A8MA 3FHQA 1XV8A 1BF2A 3RM9A 3OBTA 5EG6C 3BH4A 2PWGA 1UKPA 3W53A 2WHJA 2FFUA 4QKRA 1DHKA 1KNMA 3AFBA 3BAOA 3AS3A 3GXFA 1QNOA 1KXQA 5HBFA 3LTQA 1BASA 5CJ5A 1B3ZA 3SCTA 2VXRA 2WHLA 1ZB5A 5E0CA 4B16A 5CZKA 4P0LA 3BMWA 1GONA 3NBDA 2RG9B 3RILA 2WSPA 3CUFA 1DLLA 3H6RB 2ERMA 2A3EA 4HA3A 1UWUA 5JBEA 1GHSA 1VJSA 2QV4A 4TOQA 4TXEA 1E6QM 1JXKA 3SUUA 1UUQA 3RDKA 1AQHA 3EMQA 3WMBA 2E4TA 1O6IA 4J3WA 5A94A 4H8HA 3A22A 1DWGM 4P7OA 2X05A 2DSUA 4EKXB 4JL1A 1H0IA 4FLSA 1FWUA 1F4AA 1S46A 4GPNA 2LIEA 4MB3A 1B31A 4IYBA 1JYVA 3ARSA 4P8WA 3UCQA 2J7DA 3UDAA 2J7EA 1UD2A 3U7BA 1AVUA 1KB3A 4LO0A 2VQUA 3A4WA 3BRGC 3UD7A 1W9BM 4II0A 4OEGA 5D62A 1E1EA 2V3DA 2WLZA 5FD0A 4J7RA 2D44A 1XHBA 3AIBA 1OINA 4JKQA 1V3KA 1PUMB 1B0IA 1CDGA 1OIFA 3FUQA 2Y8VA 4XB3A 5DF0A 2WVVA 3AZRA 1KWKA 1E4NA 1II4A 1BYCA 1Q6DA 4MAZA 2BVDA 2ZX9A 4CD7A 1AVWB 5JMCA 1NOUA 2XFYA 1W3KA 3BAGA 3B8SA 2DDXA 1D7FA 1DJSB 3WD2A 1N82A 2EPOA 4TX6A 4D1IA 2CCRA 4TX8A 5GNXA 4LGXA 4ACZA 1GQKA 4PEEA 4B9ZA 2RQ9A 3WO2A 2J7BA 1RZOB 2ET2A 4M81A 3RO8A 3WMCA 4Z2HA 2BXYA 2Y9XE 4AZBA 4UFIA 2YDQA 5HPCA 4LXFA 1CECA 1CXEA 2XSBA 3S2CA 4I2SA 4H04A 1ZL1A 3ARYA 2PWFA 4PTMA 2CBVA 2BY1A 1AMYA 2GK1A 3I2AA 2A3BA 4GAFA 4XFSA 1CTNA 2Z1KA 3O5WB 3APGA 1KFWA 1WPCA 4P6AA 1J18A 2GFTA 1QHZA 2NW0A 1LG2A 2E4MA 3ZC9A 2VRQA 1UR0A 2OLHA 1V0KA 4GQQA 4J23B 2D0FA 4HR6C 1CIUA 3DC0A 2F8QA 2XM1A 2FHCA 3QOKA 3BADA 3Q7WA 3C9ZA 3L4YA 3VIJA 3HMCA 3UETA 3F4VA 3ZMRA 1BHGA 4W8AA 4BQ2A 4W7WA 1UWTA 2OWWA 5FNXA 2JEPA 3ARVA 4ZE4A 1KXHA 4AZHA 1CXKA 2E3ZA 3AISA 3M7SA 4ZE5A 3RMXA 5IHSA 3SIMA 1EOKA 3PZOA 2E9MA 1UR1A 2J7FA 5A8NA 2UY4A 3VU2A 4D72A 3MSDA 1E15A 4PMXA 3K8MA 5BRQA 3OLIA 2WZEA 3OJMA 2PF0A 1KWGA 2BFGA 4ATWA 2DT0A 1WE5A 3AI0A 1IRAX 1KXVA 1BTCA 3AIVA 1CXFA 3CZGA 1ISYA 5FNWA 4HOWA 5JBDA 2AFGA 4H9WA 1ZJAA 31BIA 5I1BA 1QVBA 3GH4A 1OGBA 5CXPA 2X2SA 1LLOA 5I79A 1EO7A 3P6JA 3KEHA 1R85A 2YL5A 1K9DA 4W93A 2YDRA 1UH3A 1WD3A 2JFEX 2XM2A 1FQ9A 1TE1A 3ZIZA 1TIEA 4PMOA 3BC9A 3AHZA 2WKLA 2IXUA 1MQRA 1TCMA 3W6LA 3UG3A 4FGFA 1UZ1A 2PWHA 2YA0A 3WFZA 3N18A 3BCFA 3MUY1 3ZXGA 3PZTA 4QLLA 3THCA 3AH4A 3QR3A 4TVUA 1ITXA 2GJRA 4QAWA 3AHXA 1OM0A 1JAEA 4OBSA 4XZBA 3W25A 3BCDA 3Q7XA 3ZT5A 1S0EA 2VRKA 2D7RA 3GNOA 3KWXA 3N1AA 2WVVB 1C7TA 4USPA 2BY3A 3TTOA 3NSXA 1MW1A 1CBGA 2CKRA 3VIFA 4Z2JA 4CVWA 1C3FA 1I1XA 2IXVA 4J2YA 1ZJBA 5A2AA 5ABEA 1JYNA 3AIUA 3H6SE 1WAWA 3ARXA 3TA9A 1LWJA 3AZTA 4EB2B 1UZ4A 2ZXQA 4V27A 3ZSTA 5BXSA 3BA5A 1BQCA 2UY2A 3OZPA 4Q22A 4QD2C 4BQ5A 1G9CA 4M8UA 1JZ2A 1FFQA 5FZYA 4EFQA 1W1PA 1KQZA 1R7OA 5JLVA 3A07A 1QNRA 2DSVA 4A3YA 5FCZA 5BRPA 2GK1B 3WBAA 1E0VA 4D6FA 2W62A 3DYOA 1HIZA 3CHDA 3W4RA 5BQUC 4S3KA 2GJXA 2WZIA 1YYNA 1R8NA 3QHOA 3T2OA 4UZSA 4PMDA 4LQ1A 1QBBA 2EO7A 4WLCA 1WCGA 2E40A 4IM4A 3SCSA 1DQGA 4JKKA 5CGTA 1DWFM 1AXMA 1IRPA 4A3HA 3ZR6A 2VXTI 4CD8A 1FGAA 4CD5A 2D24A 3WUEA 2YA1A 5DFAA 1BG9A 1TMQA 1XD0A 3VX1A 2PC8A 1W3FA 3FJKA 2CITA 3CO4A 1V3JA 3MV01 1K5UA 1VFFA 1WP6A 1CLXA 4F83A 3SEPA 5LA1A 2VOTA 4JCMA 5I2UA 3WD0A 3PTKA 4HZ8A 3WNPA 4LO3C 4C7GA 4YOLA 1BSIA 5A6JA 1MW2A 2WMHA 2W61A 4RE4A 5FOOA 4R6UB 4PMYA 2Y8KA 8A3HA 4H8UA 4UQCA 3SCRA 3THDA 4LO1C 1Z4SA 3V0BB 5AC5A 3VNZA 1LWHA 1U33A 3WQWA 5FZUA 1H5VA 1ILR1 1HT6A 1M04A 3O49A 4H41A 5TD4A 4ISQA 1IHKA 4WIWA 4PMZA 3KL5A 1JFHA 1Y7VA 2VCCA 3T08A 3AQUA 1OGGA 1E0OA 2HZ9A 2J25A 3SCQA 4BA0A 4USOA 2ZUMA 1H0GA 3L2MA 3BAHA 1JDCA 2WWDA 1MFVA 1NARA 3MKKA 2ZUTA 4TTUA 4H8VA 3WF0A 4XFTA 1S0CA 5D61A 1UHVA 5CPQA 4LYQA 1HKNA 2GZBA 3WDJA 3BA4A 5DSSB 3OG2A 3N12A 1JAKA 3IJ8A 3QGVA 1OWQA 1UD6A 1GNXA 4DUXA 4HU0A 3VGFA 2Y5EA 1HWPB 3ZT7A 3ARQA 4MJ4A 4G9MA 4F9JA 1GOKA 3WNMA 2AMGA 1PPIA 3WQ5A 3CA1A 1X6NA 3O3QA 3OLEA 3WF3A 3UEQA 1JG9A 5IHRA 3L4ZA 4ZA3B 4ACYA 4MPKA 3VD3A 4QBVA 3ZJ7A 1PZ2A 1PBGA 2QMJA 2DT3A 3MMWA 1VCLA 3RMYA 1SR0A 4MB5A 4QCFA 1LJYA 4JQ0A 1JZ6A 1IZJA 1JT4A 4OEEA 2PWEA 3WQ8A 3VGBA 3WIJA 3VD4A 3AH2A 2OWXA 2ZIDA 1NOFA 3TP4A 1V02E 2HW9A 2QF8A 3WBEA 3FJ9A 2VLCA 3ILAA 2A3CA 3OLGA 1BA7A 5M5DA 1WKYA 3WF2A 3WQ4A 1W1YA 4X3AA 1QPKA 2C8NA 3PN8A 4CJMA 4JHOA 4JIEA 4PCSA 1W3AA 1QI3A 4B9YA 1Q6EA 1E0WA 3GXIA 2X2TA 1VEOA 2WHMA 1U30A 5I5RA 3E1F1 2JF6A 4JFSA 3NDZA 1HXJA 3AH1A 5I78A 2I1BA 2D7IA 5A3HA 4AISA 3V0AB 4U3CA 4GI8A 3F5KA 1JXJA 1MFUA 1D0HA 2GSJA 2AOSA 1LL4A 1GQLA 4YN5A 3UG5A 1W2PA 2Q9XA 2GJXB 1C92A 1E0XA 4LO3A 1B3YA 1ZBKA 1VBRA 4W5UA 3SCOA 2DT2A 4DUWA 2KI4A 2J79A 1E5NA 1FMZA 5BOWA 4D71A 1HKJA 3OIHA 4PN2A 4HA1A 2MC2A 1FMMS 4LO1A 4M82A 2XUCA 1IT0A 3U7VA 1PX3A 5GAQA 1B9ZA 1EDTA 1X1NA 4XV0A 1GW1A 3BX1C 5EB8A 2XVNA 1Q03A 3OBAA 3CPUA 3LPGA 4DWSD 4MNJA 5HXMA 1CEOA 1Q1UA 3EBVA 2ZX8A 2V3FA 1K9TA 1DTUA 1IZKA 7CGTA 2QHAA 2YLAA 3NBEA 1RP8A 3N9KA 3CHFA 4J28A 3SUWA 4JRAA 3L4UA 1J10A 3KL3A 3WNKA 5DT5A 4DCKC 4I4OA 2VURA 2CNCA 3WUFA 3VD9A 4KC3A 2XVPA 4U2ZA 3WF4A 1GQJA 1PX4A 4KBBA 1YTOA 1NWTA 1XYFA 2Y9WC 5CLWA 4LO8B 1BAGA 3HJEA 2DREA 3M46A 3HBWA 2VUYA 3VWCA 1KGUA 3DECA 4ZKTB 5A6AA 3IM6A 2KKIA 5M17A 4QP0A 4OUJA 4ZFYB 1H11A 2VR5A 3EDJA 4BS0A 1HCDA 2G3MA 1XH0A 5A2BA 1D2KA 5DZUA 2MIBA 1QI2A 1CYGA 1J0IA 2XOAA 3FJIA 4D6JA 2EPLX 3VUPA 3GXMA 3SNVA 3AMKA 3W27A 5CSYA 1FHDA 3HOMA 1CZ1A 1JI2A 2CESA 4KMQA 1EA9C 1EH9A 1VRXA 4AZ6A 3I29B 1BYDA 4P8VA 4J2SA 5IFPA 3W81A 1E3XA 5GNYA 1CGVA 1QW8A 3UD8A 1E3ZA 3ZJ8A 4C7FA 2W66A 2BY2A 4P7RA 2BEAA 1QI0A 3AHTA 4KH2A 1ISZA 4I4PA 2WPGA 1OQLB 4IUGA 3M6DA 1S0BA 1UWQA 3HN3A 5HPZA 2EXOA 1GOMA 4BQ3A 4DWSC 2CKSA 1SYTA 4AIEA 3W0KA 3AXIA 3NCOA 4TVDA 1EHAA 3WMSA 4EEEB 3WELA 1GVYA 1BPLB 2A3HA 4CCCA 1BYAA 2YUGA 1HJQA 2YOCA 5I0DA 4CN4A 2UWFA 3A6OA 2YKKA 1TVNA 4F8XA 3J7HA 1FFRA 5A8OA 3FGMA 4D6CA 4UCFA 4LPCA 3KZSA 3NSMA 2VQTA 3H6QA 1GVIA 4ZENA 3TTSA 3CA4A 3WMVA 2EPNA 4JZ5A 4RE2A 3ZM8A 1IOBA 2J7GA 3RIKA 1HIBA 3A21A 3PMEA 1ODZA 5ABGA 3IANA 4Z2IA 1E4MM 1WZAA 2J74A 5LA0A 1BGAA 3JUTA 2OSXA 4ZLBB 3CA6A 2WVUA 1EVTA 2VVNA 2CXGA 3CBWA 4URIA 5DUYA 4GOYA 4JKLA 3D5HA 4M80A 4LYPA 1TA3A 3FAWA 2VC9A 2CPUA 2O9OA 2ZQOA 3VIIA 6CGTA 3CQAA 2VI0A 1NZKA 3EF2A 1HKKA 1PAMA 1XSKA 3T2QA 1NQ6A 2PB1A 2NT0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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