4JAWA

Crystal structure of lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum complexed with lnb-thiazoline
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
total genus 241
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2013-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4jawA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jawA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4jawA01
3POCA 3FJCA 3WNLA 2ZXBA 4FGFA 3AHZA 1FFQA 2JFEX 3MSGA 1ZU8A 1WP6A 5FZYA 2DRYA 4TX8A 5BP5C 2PBOA 5BP5A 1R7AA 1K6AA 1XCXA 1YYNA 4MAZA 5C8BB 3VWCA 2W67A 4I1BA 2ZQNA 3S2CA 4P7QA 4GP3A 4UQBA 1E3XA 3WINA 1V3KA 4GOVA 2W62A 2WC3A 1ILR1 1WAWA 1H0IA 2ZX8A 2WWDA 3MANA 1W1VA 1LQ0A 3SCOA 4LO2A 4AZ7A 1JZ3A 3BADA 5DMYA 4GOYA 3CHEA 1W9DM 2MANA 1QNQA 4Z2IA 1PAMA 2ZUMA 4LO7B 3NDYA 4PMDA 1W3LA 4E8CA 1CWYA 1C8XA 3WELA 2KLLA 5EHAA 3CMGA 4DENA 4WIWA 4ZE5A 3D7WB 4AIEA 4H8VA 1NOFA 1BGGA 3TA9A 1QNRA 1TMQA 1NP0A 4HPGA 4K68A 4N42A 3WY1A 5A2BA 2UUSA 5ABGA 1AMYA 4I4QA 3BMWA 5TD4A 5JBEA 4DWSA 2X2YA 1IT0A 2AAIB 1BAGA 3A6OA 1BVNP 3KZSA 4X38A 4PTXA 2YDQA 3HN1A 4QCEA 5E0FA 1UD8A 3F1RA 2F2FA 1NOUA 2XVPA 3OLIA 4OW4A 1E4NA 5E9AA 3CUIA 1E4MM 3RJYA 2X0HA 3WF4A 4IUGA 5A1AA 5AY7A 2Q9XA 3QR5A 1ZJBA 5DO8A 3AMGA 4Z2LA 2DSUA 3CA0A 5CXPA 4V27A 3SIMA 2V5DA 4A4AA 2XWDA 1ODUA 4M1RA 4C90A 1U2YA 3VGEA 3VU2A 3AIEA 2I1BA 1WNOA 3BH4A 5D4YA 2W63A 2IXVA 5JIWA 1OBAA 2GK1A 1JD7A 4WKAA 3N1AA 2DEPA 5BROA 4JP0A 1B3VA 4P0LA 4EKJA 2X0YA 4RE3A 2Z49A 2X05A 4Y7EA 2JIEA 5BXSA 4M81A 2XFRA 1H49A 4Z2HA 4MADA 2NVHA 3N17A 4L4PA 1OQLB 4FLQA 1HWMB 3THCA 5A8MA 4QD2B 4A7ZA 4W7UA 5F8SA 2ZICA 1SMDA 4AN7B 4ML4A 4XZWA 1E0VA 1O6IA 2VQUA 3BAHA 2WSPA 4AD4A 2J7DA 1UH4A 2YIHA 1Q6DA 2EJ1A 2BFGA 3PZ9A 4PEEA 1CGUA 3JRRA 3GZAA 3WH5A 4X37A 2BY2A 5HPOA 5LA0A 1CTNA 2E4MC 3RM9A 1QHOA 1ZS2A 2GJXA 2E4MA 2YLAA 1HWOB 2J8GA 1XHBA 1WZKA 3UJ4A 3WO3A 4GI8A 5M3WA 3ZJ8A 1ABRB 1TVNA 3NUKA 1H2JA 1UA3A 2E4TA 1NZKA 3TTQA 4W87A 2O9RA 2C8NA 5EFDA 3POHA 4KGLA 5E09A 1I1BA 1TA3B 3OGVA 3CAHA 1PX4A 3WF1A 3WDIA 1E72M 2YL9A 3RIKA 3F5LA 2VI0A 4IY8A 4I37A 3AZTA 3H6RB 1RPKA 2VZUA 2Y9XE 2Y5EA 4IYBA 3UCQA 4BQ3A 2EPMX 2WKGA 4TVCA 1S0GA 1IHKA 3LMYA 2J62A 3RILA 4AD0A 4PMZA 2DGAA 4H2CA 4TTGA 1A3HA 2DSWA 2A3AA 1CE7B 7A3HA 5CG0A 5CPTA 2WMGA 2HISA 2OYLA 2BHZA 4KRTA 3MKKA 21BIA 2WMKA 3AIBA 1H3GA 4CVWA 1R86A 1VJZA 2XVNA 3MMDA 3F5KA 3NDZA 4AZ5A 3LPFA 1AVAC 4S3KA 3AJ7A 1YQ2A 2VCBA 3VD4A 2VUYA 1JXKA 1KQYA 3EDFA 4EFQA 4KRUA 2BFHA 4RE4A 3AJ5A 1F4AA 3WBAA 3D3AA 1BFFA 1BFGA 2YA2A 4B3KA 2VCCA 4HMCA 4J3WA 3A47A 4JAWA 1JF6A 1DWAM 2B31A 1W9PA 1UQYA 1M03A 1UD6A 3BAJA 3FXYA 1VEOA 2BY1A 3O3QA 4ZXOA 2QF8A 5BXTA 4PBGA 1UR1A 5LYRA 4HZ7A 5IFPA 1UQZA 1M04A 2WC7A 1C92A 3ARRA 4YHEA 2GJPA 1CIUA 3DC0A 1JDCA 1OINA 1HKIA 1ZBKA 2EPLX 1B3YA 3QYDA 2VTFA 4HA4A 1S0CA 1JAEA 4NSBA 2DT3A 1CXHA 3AIRA 4PMOA 1TWEA 3WQWA 1FGAA 1LL6A 2ZX9A 1UR9A 1OGGA 3AMCA 3WF3A 2V3FA 4UTFA 3UR8A 1LWHA 2A3HA 4GZJA 5A8NA 3F5JA 2D7RA 1C7TA 3AICA 1E70M 2GO2A 4I8MA 2JF7A 5EB8A 4E2OA 1E3ZA 2CBVA 3GH5A 5A6MA 1ZBWA 2DRZA 1XCWA 1EPWA 3NSMA 4OIFA 3N0KA 3C9ZA 1FHLA 2UY4A 1IJTA 4AXNA 1P63A 1BGAA 1UYQA 5F8WA 3VX1A 2NYYA 2XWEA 4D1JA 3EBVA 1UWSA 4OBSA 5DVHA 5BRPA 4TVUA 4D0ZA 4QC4A 3CZ8A 3VGGA 3UD9A 1JF5A 1CLXA 3NSNA 1GHSA 4Z9WB 4YN5A 1NARA 1V08A 1EO5A 2EBNA 3MU7A 3B9DA 5FNWA 2Y9GA 4RE2A 3L4WA 2BXZA 1V0MA 3AYRA 4PMUA 1BYBA 1G94A 4M82A 4M8UA 4Z2JA 1KBBA 4EEEB 1M7XA 1AVUA 3PN8A 5I5RA 1JYVA 3IJ7A 2VRQA 3ZT5A 1E6RA 4CGTA 3HJEA 4FLSA 1HJVA 1GCYA 1JYXA 4UQDA 1QOXA 1AVXB 4FVVA 3QGVA 4YHGA 4HU8A 2WLYA 3BRGC 1UKTA 3W0KA 4J27A 3HN3A 4P0KA 1WDRA 2YL5A 4XV0A 1KNMA 1VFOA 3QOKA 2AXMA 1H5VA 2VU9A 2QYIB 1CXKA 4DWSB 2E8ZA 4I4OA 2J7EA 1W9BM 3BAWA 4JFVA 5D9NA 3VMPA 3M6DA 3CTTA 1BLIA 1C90A 3WH9A 4ZFMA 1HWNB 1XSJA 4Z2KA 4LO0C 1HP5A 3G6LA 4CUCA 4LXFA 4URIA 3W6LA 4V28A 4FF5A 1OGBA 1PX3A 5GNZA 1S0DA 1CGYA 3P53A 4UZUA 4IY9A 3CZLA 2CESA 4LYQA 3FUOA 3FAXA 3VNYA 4W8LA 2Q8XA 3AROA 5A6AA 5E6ZA 1QNSA 1EDGA 3BGAA 3O6AA 3K46A 3DYMA 1UOKA 4HJJA 3AMKA 3LTQA 5I78A 2YBTA 1OT2A 3A4WA 2IUZA 2XFYA 1VEMA 1V3HA 4R5EA 3VGDA 3CA5A 2E9BA 4C7GA 2KI4A 1J10A 4WK9A 1WZMA 3T2QA 3UD7A 1WZLA 3PG0A 2VCAA 4PMVA 1XH1A 1JG9A 1PIFA 4D6GA 1UR8A 4NZCA 3VOCA 2Y2WA 1VFFA 4U33A 2RG9B 1SYTA 1OCQA 1L0PA 1I1XA 1GQKA 2XG9A 3WEOA 5D62A 4XZBA 4JKXB 1DTUA 3WEMA 2WSKA 1IZKA 4U5KA 3O9NA 3U5UA 1C93A 5AYBA 4PN2A 3CQAA 4MB4A 3UG3A 3U7VA 1BG9A 3I3BA 1TA3A 2D3NA 4PC4A 5JBDA 1DIWA 2EPKX 1V0LA 4J3TA 7TAAA 4C91A 2OSYA 3H6RA 1KCLA 2WVVB 2V3DA 3WNMA 4D72A 2YDRA 2OSWA 3VIHA 5A8OA 1GONA 3CMJA 1G1YA 1E6XM 5A6KA 1ISZA 3W27A 1IOBA 8CGTA 4HPHA 1V3LA 3RMEA 3WUGA 4B15A 1JT7A 3WQ8A 4C7DA 3VM5A 1XHGA 1M53A 1IV8A 2Z1SA 1ZB5A 1Q6EA 1V0NA 3CHCA 2X1IA 5LA2A 1RD6A 4D6FA 1C3FA 3NBEA 3V0BB 1WDSA 2UY2A 1KGXA 2EPOA 3O5WB 2WCGA 1RG8A 1VENA 2CNCA 3WIJA 1B2YA 4L4HA 2VXRA 2NM1A 3BRDA 4LO3A 2CERA 3RMYA 1US2A 4B9YA 4W85A 3BAQA 3ZSSA 4GP0A 1MXDA 2CIPA 4UR9A 1MW3A 2P23A 1JQZA 4D0TA 1GW1A 2J7FA 3CUJA 3SCSA 1JLYA 3BLKA 4QBVA 1MYRA 2BVYA 2X09A 4YPJA 1T9FA 1RMLA 3MV01 1Z4SA 4UQCA 1WD4A 1BASA 3SCWA 4ISRA 4UCFA 2OSXA 4AWEA 3ZQ9A 1JZ2A 3VDCA 4W8BA 1ITBA 3M46A 2FFUA 1TWMA 4AW7A 3BAXA 3SUVA 1HCDA 2JE8A 4HZ6A 2NP0A 3OGFA 2XFFA 1IZJA 4CCEA 3BA5A 1UKSA 4ZKTB 1H11A 4W88A 5HDRA 4NRRA 1S0LA 1W1TA 2VR4A 3EMZA 1V6XA 3W82A 3IAGC 4KGJA 1FP9A 5GQBA 3VIKA 3ALFA 1NWSA 4KMQA 4HR6C 3ZSTA 3V79C 3PTKA 4J3SA 3CZEA 3OIHA 2ZUNA 1N82A 4XFSA 3WQ6A 1QHPA 5ABFA 1E6SM 2QMKA 5A6BA 4OZOA 3KL0A 1EYLA 2YKKA 4P8XA 5F90A 1EXPA 2XJ7A 2BY3A 1KWGA 2CPUA 2VL4A 1G9AA 3OZPA 4OKDA 1HVXA 4M80A 1JFHA 4CN4A 1BLAA 1E0XA 1XV8A 1JAKA 4HA1A 1E6PA 2NTDA 1E5NA 4IQPA 1JI1A 3WINC 2DPEA 2OYKA 3HMCA 3T0DA 2PWHA 2FGFA 2V38A 1C8YA 1B9ZA 4AY1A 2XPKA 4LO2C 4GQQA 2C0HA 1CXLA 3OJVA 3OBRA 2XIIA 4CU6A 4NF7A 3W9TA 1Q4NX 2WHLA 4J7RA 1J18A 2D2OA 1V02E 3IK2A 2WZHA 4ATDA 4LYRA 4W84A 3ZC9A 5C71A 1PJ9A 3OG2A 2D1ZA 3ZO9A 1NM9A 3L4TA 3ALGA 2XUCA 4D71A 3AS1A 1W3KA 4OEFA 3PTMA 5DUYA 1JIBA 3GNOA 4PUDA 4Q91A 3IIRA 3CHDA 2K4AB 1GOIA 1QNPA 3BB2A 1ESWA 4JFTA 3GH4A 4GINA 3RPMA 4J3XA 3UDAA 4L4IA 4DWSC 1CZ1A 2P39A 4XUYA 1HNYA 1B30A 1ONKB 4D8HA 4JZ5A 2X8RA 1G82A 4B3LA 4LO1A 1M2TB 2F2FC 4A7YA 2OWCA 1W9UA 1J01A 1R8LA 5FNXA 2JIWA 3PZOA 3VT0A 3SCNA 5DFAA 4JFSA 3MO4A 2CBJA 2QPUA 3RSJA 4LO8B 4F9JA 3N7LA 3DYPA 4MPKA 1TUXA 1ITCA 4USOA 1MVYA 1NWTA 1IILA 4AD3A 1H41A 2Z48A 1AFCA 1JDAA 7I1BA 1V3IA 3W25A 1W3AA 3FHAA 3VIFA 4ZGRB 3WH8A 1EQCA 1HJWA 3BAKA 4GIAA 3FJ8A 2WMHA 1VFMA 5CJ5A 2VR5A 1CVSA 3A3HA 2GZBA 4W89A 6A3HA 1UZ4A 2YLLA 1EH9A 4EAMA 2WZIA 3AIWA 5I77A 4PYSA 4JKQA 1W1PA 1R85A 5A6JA 1WDPA 4PMQA 1NP2A 3L4UA 3WEZA 1W9VA 1Q03A 4GKLA 1OT1A 3BX1C 4B16A 1UD3A 5CLTA 5FIPA 7CGTA 3ECQA 5M5DA 1BHGA 3DHPA 3QOMA 1FOBA 1V3JA 4LGXA 2HVMA 3CRIA 5EBAA 3HALA 1W2PA 1IRAX 5DZUA 4A7KA 4UQ9A 3ZM8A 3WMVA 1DFQA 3N15A 2VX4A 4G9NA 2BHUA 4TLPA 3WMCA 2XOAA 2WCSA 3WQ4A 4EFPA 3WMBA 5FCZA 4AISA 2DQXA 4CN6A 5HPCA 4A3YA 2E0PA 3ARXA 3THDA 3ARVA 2VO5A 4HMEA 2G3JA 3AHXA 1E1EA 3GH7A 1KXVA 3OA5A 4USPA 3WD2A 2ET2A 4H7VA 4GI9A 3RO8A 4M56A 3WDQA 2R9KB 3L4ZA 5A6LA 1UWRA 1WZAA 1CXIA 5IHRA 5CGMA 2WVVA 1HJSA 3WENA 4X39A 2WLZA 2WPGA 2DT0A 5FKYA 1WBCA 4G1RA 5HBFA 1PZ3A 3OBTA 4QCFA 4U5IA 2J25A 3FJIA 3N7JA 2D3LA 2W91A 4JHOA 4CD7A 2EXOA 5JBFA 2V3EA 2D24A 2VMFA 3VSZA 1FWVA 2Y9WC 5CPSA 4HA3A 2HWAA 3ZT6A 3CZKA 2PC8A 3TTOA 4YOLA 3GXFA 3FAWA 1BPLB 4CD5A 3ZX7A 3AS2A 1PEZA 3WQVA 1JI2A 2WANA 1HL8A 3CIVA 3V0BA 3CLWA 1HIBA 1KCKA 2Y8KA 3WUBA 3NYDA 1KXHA 1DJSB 2OYMA 1MXGA 1FQ9A 4JRAA 1MFUA 4F66A 1QI2A 3WNOA 4AN6A 3ZOAA 5M17A 4A3HA 1K9FA 1QPKA 1Q6FA 1EGZA 1QQLA 4I6IA 3LLPA 3W6MA 2YA0A 4PTWA 1ECEA 1TFVA 1NWUA 4W8AA 3RM4A 1RY7A 3FJDA 2CKRA 2CEQA 1GORA 1LF1A 2XM1A 1DWFM 1II4A 3VGBA 4UZSA 3BXWA 3PHAA 5CZKA 3NBCA 2XM2A 2ZXDA 4ZFYB 3K4AA 2L5XA 1JLXA 5GNXA 1TZ7A 3IJ8A 4Q9GA 3CA1A 1CXFA 3E1F1 4ZXLA 2OWXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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