4JAWA

Crystal structure of lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum complexed with lnb-thiazoline
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 241
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2013-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4jawA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jawA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4jawA01
1JFHA 4XKIA 1NARA 1PX8A 4PMQA 1TZ7A 1HL8A 3TTOA 4UOQA 3HOMA 2DDXA 5TD4A 3PZVA 2BFGA 4GQQA 1PIFA 4GP3A 4PC4A 2V5DA 1AVXB 1L0PA 1TFVA 5BP5C 5I0DA 1DWGM 3CUFA 1XSIA 1VEPA 3BRFA 3BH4A 3CHCA 3OZOA 5GAQA 2QYIB 1EVTA 4JKQA 4CN4A 1HJXA 2J79A 4BQ2A 3LPFA 2BY1A 1W9VA 2CESA 3O3QA 1JI2A 1JXJA 1PAMA 2DEPA 2QMJA 3BAUA 1E6RA 4UQ9A 4B3LA 3BC9A 4TX6A 1QNQA 4ZOTA 3ARWA 2CKSA 2BFHA 4F66A 3AJ5A 3L4VA 1CDGA 2WSPA 5EFDA 3OLIA 4MNLA 4OWKA 3A4AA 3B9DA 3VD5A 4AN6A 4JFUA 4UNIA 4M29A 1FOBA 2EXOA 3UG4A 4JFSA 3VT0A 1GW1A 3W27A 1KR0A 1M7XA 3CUIA 4A7ZA 1NP2A 1E0XA 1BPLB 3AJ6A 4PMOA 3SCVA 1R8LA 2VZTA 1ZU8A 1TE1A 1WDRA 1V3LA 3V0BA 1ZBCA 3CUHA 1W1VA 3P53A 1V6YA 4Q9PA 4OBSA 3WBAA 1JFXA 3VSFA 4MB4A 1BVNP 1QVBA 4P8WA 2BHZA 2G3MA 5GNZA 4YHGA 3U57A 1E6QM 3TTYA 1JAKA 1ITCA 5ABGA 1TFMB 1TOOA 3AROA 1JT3A 3VPLA 1JQZA 1FWVA 3DHUA 3VIKA 1HKIA 1EIBA 1UQYA 5CXPA 3SCSA 2HWMA 3DYOA 4ZXLA 4JQ0A 3VGFA 1E9LA 1Y7VA 3WD3A 4E8CA 5KZ6A 2ZUTA 4CD4A 4CN1A 3VINA 6TAAA 1UG6A 1UD8A 1ITXA 5EFFA 1R87A 3CUGA 5AYBA 3KL0A 5IHSA 3AKFA 4GPNA 2V3FA 5D9MA 3BADA 3WELA 4KWUA 3VU2A 4G6MA 4P0KA 2VJXA 4JKLA 4QCFA 9ILBA 4EEEB 3AHXA 2R9KB 1BSIA 1QI4A 3SCQA 3D3AA 3ZT7A 2WHJA 5C8BB 1QW9A 2WMIB 3WY1A 3AZTA 2EPOA 4KEIA 4J3VA 2HWAA 3WEMA 1GNXA 3F5JA 3BAWA 3EBVA 5DSSB 4II0A 3RPMA 1C8QA 3S8JA 4KEJA 4TVCA 3BRGC 1MWOA 2XJ7A 3IM5A 4P8VA 3N7KA 4UTFA 1N4KA 1W3KA 3ILAA 2Y5EA 1JNEA 1E55A 4QO3A 4NRRA 3EDKA 4I4VA 1B3YA 2XGBA 4XZBA 3A47A 1S46A 5ABEA 3SUUA 2X8RA 4S3JA 3PTKA 2FDBM 4LYRA 3AS1A 2D1ZA 1CWYA 2VRKA 2GJXB 3WH5A 3H6QA 2BY2A 3PTMA 4P0LA 5CG0A 1GGPB 2YJQA 1Q4NX 2X2YA 1J0HA 4KH2A 4D6CA 3WUEA 1CE7B 5A94A 2RGMA 3W29A 5I3DA 4ZEPA 4KRUA 5FNXA 4PTWA 1E0OA 4XFTA 3AH2A 5A6MA 1E5NA 3ARSA 4FMVA 1JT5A 5F8SA 1GJWA 4EKXB 5JLVA 2XVKA 2J7FA 1W1TA 1Q6CA 2ET2A 3EDDA 4F9DA 1W3LA 4B15A 1RD6A 1FFQA 3N9KA 1JF5A 3V79C 1VJSA 3A23A 3CMGA 3KE0A 5BXTA 1G9BA 4EFRA 3WD1A 3D7WB 4LO2C 3RTIB 4PUEA 3ZR6A 1WZKA 1JLXA 1ZJAA 1HVXA 3AI0A 1HCEA 4CN6A 1EV2A 1PZ2A 4U33A 1F4AA 3WMSA 3OJ2A 2JE8A 5JBEA 3GBDA 2D0GA 3AIUA 2NP0A 1M53A 3UD9A 1Z0HA 1PPIA 1I1WA 4JFWA 1CXHA 3SCPA 5FZYA 1CTNA 1OB0A 2XG9A 4XUYA 1HL9A 4HU8A 3BA7A 1JDAA 3PTQA 1JZ7A 1EOMA 1WB0A 2PI6A 2ZOXA 3CTTA 3UCQA 1Z4SA 1I1EA 4AZ7A 2K43A 4X37A 3UG5A 2JALA 1J0YA 4KRTA 1JYVA 3ZOAA 4KGJA 4LO0C 5CQ1A 1P6WA 2Y8VA 2DQXA 3O44A 1UR2A 3SCRA 1MC9A 4W5ZA 4URIA 1OIFA 1H2JA 3U5YA 1EHAA 4Z9WB 2W63A 2VLCA 3GH4A 4OBRA 1CXEA 3WIJA 3L2MA 2D2OA 4FF5A 2J7CA 2VUAA 2WW5A 3ZT5A 3BMWA 3BAJA 1C3FA 2W91A 3EMQA 4TLPA 4USPA 4KBBA 3MV01 3ZJKA 3L2LA 4D6FA 1TR1A 1J18A 3UEQA 1JDDA 2A3BA 4J28A 3E8LC 4FLSA 2A3HA 1FP8A 1E1EA 3AOFA 7I1BA 5BQUC 5ECUA 4Z2IA 3MMUA 3P6IA 1V6UA 4A7YA 1WDQA 4UQAA 2HZ9A 2YOCA 5A8PA 4J7RA 2ZWZA 4WSKA 1W9DM 4CU6A 1AVWB 1MVYA 1QI2A 3CA4A 2JIEA 3RMXA 5E0CA 1FGAA 2Z48A 2Y4SA 4IYBA 3MS8A 4JIEA 3ZR5A 1CIUA 3G6LA 2RQ9A 4UR9A 3W9TA 3T0AA 5FCZA 2E9BA 5GPRA 4TVUA 4HA2A 3NYDA 3WH7A 2VCBA 4I4YA 2VZSA 3GDBA 1QNSA 5AC5A 4P7NA 2ESCA 2Y9XE 5A8QA 1IOBA 2WM0A 3MUIA 2AAIB 2CHNA 4W87A 3WH9A 3BLPX 3WKZA 2DREA 3ZC8A 1FQ9A 2UY4A 5D63A 3PZTA 3V0AA 3GYCA 5A6KA 3U7BA 1V08A 2XM2A 4D6GA 1S0EA 2NT0A 5FL0A 1KXVA 5CPSA 4FGFA 1JZ3A 1HWMB 1QPKA 1C8YA 1SYTA 2UY5A 4PN2A 5B2HA 2Y9FA 3AZSA 2RGLA 1CEOA 4B3KA 2YA1A 1XD1A 3UDAA 1V3IA 4QKSA 4TXEA 2VSEA 1ZS2A 2W66A 1G9DA 3VTRA 3WMCA 2GUYA 4OUJA 4H41A 3W26A 2W5FA 3MALA 3P6JA 4W5UA 4W7WA 1V3KA 4EANA 3RCNA 4JHOA 1LWJA 4KMQA 3U5UA 1CNVA 2BXZA 1DWFM 3WNMA 2BNJA 1V02A 1W2PA 4PBGA 2DPEA 2WKGA 2Q3NB 4D6IA 2VQTA 1YF8B 1A47A 5FL1A 3N7MA 3BAIA 1V0MA 1BFGA 2FHBA 1UR8A 5LYRA 4J27A 1TG7A 5G00A 2QHAA 4X39A 3POHA 2C8NA 3NCOA 3QHNA 1W3AA 5DEZA 1E6XM 3ARYA 3O49A 4FLOA 3WQ4A 1IV8A 7CGTA 1XYZA 1TVPA 5E70A 1XSKA 1XZZA 4D71A 1NUNA 4W8BA 3AIVA 1PJ9A 4YPJA 2EEXA 3MV11 1E15A 3EDJA 1XH0A 4EB2B 4UCFA 2QN4A 2WXDM 3O5WB 1B3XA 2ZXAA 4JHZA 2AXMA 2J7BA 1LL6A 1EA9C 4D0TA 2E8YA 1PZ3A 3WDHA 3V0BB 5EHAA 2Z49A 3A07A 3LMYA 1JI1A 4J3UA 2OSWA 3VMPA 4AN7B 4B9YA 3RM9A 2O9OA 5CGTA 4HR6C 1CXFA 4LX4A 4HMDA 3PZOA 1OGBA 3ARQA 1UUQA 5IFPA 3AHZA 3WF3A 3VD4A 4UQDA 1H0IA 1NOFA 1PEZA 1XSJA 3LPGA 2J7GA 4LPCA 1FA2A 3T2OA 1AMYA 4XV0A 5E0FA 4IHZA 4DWSC 2DSUA 4J2XA 1UD4A 1ONKB 2ERMA 3KZSA 1JXKA 4JCMA 1GQLA 3W37A 2DGAA 2IWTB 2YDQA 2OWCA 3GXDA 2WBGA 1V6VA 1WDSA 3NBEA 3WINC 3L4ZA 4UQCA 1BFCA 3VIGA 4CU7A 2VZUA 4B9ZA 2V3GA 2JIWA 4UZUA 4N0RA 2LIQA 1UKOA 4AY1A 3W24A 1OBAA 3IAPA 1GVIA 4MB5A 4JL1A 1BLAA 2ESUA 3EDFA 4X9YA 3WL1A 3L4TA 4LO7B 5A6BA 3CBWA 1TUXA 3T0BA 4W8AA 4J2KA 3MPPG 4NZCA 3M6DA 3AYRA 3AIEA 2GJPA 4AZ6A 3N18A 1BG4A 3AZVA 3FJIA 1VEMA 3CIVA 1ITBA 1C8XA 3AMKA 1H49A 4EK7A 1JLYA 31BIA 1HF6A 5EMYA 1CGUA 3KL5A 3BX1C 1BTCA 4P8XA 3IM7A 1DLLA 4IZXA 2AAAA 4PMVA 4M8UA 4MNJA 3OGVA 3RJYA 8CGTA 3DECA 3VT1A 3MMDA 5D8ZA 1O7AA 1JT4A 3AQUA 2EPLX 2WLYA 2O9RA 1QNPA 4GINA 4MTVA 4OW4A 3WNLA 1XH2A 2LIEA 1OIMA 3TTSA 4Z2LA 8A3HA 4JRAA 3THDA 3CA0A 2GDVA 2W67A 4CUCA 4LYQA 3GH5A 4MB1A 1WDPA 1JD7A 3HU7A 5BXSA 3SCWA 3WNPA 3K1XA 3CRHA 4MDOA 4WJXA 4G6JA 4IM4A 3BCDA 4C90A 2EPKX 1NWUA 3PZGA 1LG1A 2Y9GA 2PB1A 1ESWA 3SCUA 4JFVA 1ABRB 4LYPA 2D7RA 2WCGA 4YOLA 4RE2A 3W82A 3VDBA 1G9AA 2W4XA 1GQIA 3NIYA 1AVAC 3MUAA 4QKRA 3AZRA 2Y24A 4F79A 1DFCA 1KBBA 3NUKA 2UY3A 1H1NA 3VUPA 2WRYA 3L4YA 5DVHA 2CEQA 2WMHA 1CBGA 3JUGA 4LO2A 2ZQNA 5FZZA 3VO0A 4NSBA 5HDRA 2XFRA 9CGTA 4N42A 1O6IA 4XFUA 2C7FA 2XVNA 4A7KA 4HP5A 4GAIA 1RH9A 5HPOA 5EB8A 3AXHA 2Y2WA 3CLWA 2XWDA 4HA4A 2XVLA 4W85A 3ARVA 1W2VA 3GNRA 4QFUA 2O9TA 1BVZA 4TTUA 1E4MM 1W91A 1US2A 2UY2A 2ZWYA 4I4UA 1B2YA 3OBAA 4HOZA 3ARPA 1GUVA 5GQBA 1HP5A 3MSDA 3MUY1 2WWCA 1QOXA 4CCEA 1ISYA 3CH9A 2W92A 2X2SA 1E71M 4UFIA 5A2AA 1QHZA 4A3YA 5FD0A 1A8DA 3UR8A 4LO0A 1WD3A 4AD2A 4IPNB 2DIEA 1JGIA 2FGFA 4OKDA 1U30A 1S0LA 2VNCA 3WO3A 1EPWA 1OT2A 3VX1A 3FJFA 4RE3A 4UFHA 2VL4A 1WBAA 3WUBA 3VILA 1TP0A 4D0ZA 1QI3A 3NBDA 1CXIA 1X6NA 2WKLA 3WQ5A 1UH2A 3BLKA 1I1BA 4UZSA 2YL9A 5BRQA 1G0CA 3TA9A 1JZ2A 4HPGA 4GI9A 4ZENA 3AFBA 3CHFA 1PBGA 2WHLA 1SZ6B 4AD0A 1DIWA 4FLRA 5BQUA 3N04A 1DP0A 1XC6A 3PZMA 2XSBA 4Q22A 2WMFA 2ZX9A 5AYIA 3WH6A 1YHTA 4A4AA 4JAWA 1NM9A 1R85A 3VKKA 1RMLA 5CJ5A 1B31A 2WC7A 2XHYA 4I3NA 1H11A 2VRJA 1FH8A 1KGUA 1MW3A 2J25A 1QW8A 3NDZA 1CLXA 2D7IA 4PSRA 3FJAA 1V6WA 3VIOA 1K6AA 3IM6A 1K9EA 3PG0A 3C9ZA 3Q7XA 5FKYA 2KH2A 1NWRA 1BAGA 1BYCA 4HA3A 2XVPA 3GH7A 5DMYA 41BIA 4MPKA 2WSKA 3LPOA 3ZMRA 3RMYA 3VNZA 1DQOA 4S3KA 2ZR1B 3V0AB 3TC2A 2F2FC 5A6SA 3I2AA 4UFMA 1V03A 3ARRA 2OSYA 3FJ9A 3MO4A 4HTYA 2CERA 2VMFA 5E09A 4AZHA 4LQ1A 2E4TA 3GXIA 1HP4A 1E6PA 4I6IA 1SR4C 4ZFWB 2XVGA 3VOCA 5A6JA 4PMZA 5I6SA 3BAGA 2M49A 1J01A 2W61A 3GBEA 1CECA 1BHGA 4EE9A 4CVWA 4W7UA 1V02E 3ZXDA 1XRVA 4R27A 2D44A 4OWJA 1LL4A 5DF0A 2ZXQA 4HJJA 1AF9A 2KI6B 5HXMA 2XIIA 2HISA 3ZJ7A 4MAZA 4GZEA 1GOMA 3OJVA 3PHAA 4BQ4A 3EYPA 1UR9A 3T09A 3BA5A 3A4XA 3W28A 3SUWA 1MYRA 5CLWA 3CRIA 1FMMS 2E4MC 2D22A 3WNKA 1HIBA 2G3NA 4UOZA 3FW6A 4V27A 1W3FA 4J3TA 1QBBA 1FWUA 1SR0A 1J9YA 3OIHA 1IT0A 2FGLA 1E6ZA 3IJ8A 3Q7WA 1GQJA 2V3EA 4XX6A 1HJUA 3WDPP 2ZXBA 3AMLA 5M17A 3QGVA 1QHOA 4HU0A 3FGMA 1NWSA 4U5IA 4I4SA 1E4IA 1AVUA 4D6HA 2EPMX 1CVSA 1ZL1A 5A3HA 3ARTA 4F9JA 5DT7A 1UHVA 2VX5A 1Q6FA 2FHCA 3AKHA 2L5XA 2WPGA 5IDIA 1SMDA 4PCSA 5FZUA 4DM1A 3AYSA 4ACZA 3BAKA 5C70A 3OA5A 2YDRA 4CD6A 3WO4A 1W9BM 1HJVA 4I4XA 4C7FA 4Q7NA 4M56A 1TCMA 3N7JA 5JMCA 1GOWA 3UR7A 3VNYA 2PWDA 2J7DA 6I1BA 3IAQA 1M2TB 1TMQA 2VR5A 2VURA 2WVSA 4AD1A 4GQRA 5E24E 3UESA 1UH3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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