4H04A

Lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2012-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4h04A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4h04A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4h04A01
1CXIA 3GXFA 3D3AA 4OBRA 1G94A 4TTGA 2YA0A 1XHBA 1HL8A 1YBIA 3OLDA 5E70A 4L4IA 2ZX8A 1KNMA 3W0KA 1JQZA 1UWRA 5D61A 4L4PA 3PZTA 2X2YA 1GCYA 1PUMB 1E72M 4UQDA 2OSYA 1XSIA 3VT1A 3UEQA 4PMDA 2E9MA 1EQPA 2W63A 2ZX5A 2FO1A 1ODUA 2CBUA 2P39A 3A23A 1BSIA 3AH2A 3AZRA 4DENA 4I0YA 2KKIA 3WDHA 5A2AA 2AAIB 3AS1A 4ENDA 4FLQA 3VDCA 3HSMA 2JFEX 3WD4A 1CNVA 2J7FA 4QO3A 3AICA 1JZ6A 3H6QA 1W3AA 3BB2A 4WIWA 1BAGA 2HZ9A 3L4YA 4A3HA 5A6SA 1UH4A 4HPGA 1O6IA 4FLOA 1QXMA 1M04A 1BFFA 4I4RA 1CXFA 4Q9GA 5E09A 2PWGA 1TWEA 4TXEA 1JZ5A 4AIOA 1WE5A 4AD4A 2DH2A 1UG6A 4D8HA 5BXPA 2E8ZA 4W7UA 5GNXA 1OWQA 1WO2A 2ZUSA 1DWHM 1YQ2A 1L2HA 3VUPA 3D7WB 1UPSA 1OT2A 3WNOA 1UHVA 3QHMA 4IONA 2RG9B 3KZSA 4USOA 4XV0A 4HPHA 1LWHA 1BG4A 3AIRA 2HWMA 3W25A 1NM9A 3WA1A 1BVNP 3VGBA 4CU8A 3M46A 1XYZA 2VZUA 1W9VA 3OGGA 2BVDA 1TFVA 3MMUA 3M6DA 1LJYA 3SUVA 1H41A 2EPLX 3L4WA 3BTAA 2WMFA 2ZX6A 2CCRA 4CD5A 1V6WA 2WSPA 4YOLA 2WMGA 3DHPA 2G3NA 3CA4A 4IY8A 3WH8A 1C8YA 2VX5A 5EC5A 3BRDA 2J4GA 1FMZA 1W1PA 4AN6A 2ESCA 5JMCA 3PG0A 2ZIDA 4HTYA 3AIVA 4W5UA 1HJXA 2BS9A 1H09A 4D1JA 2BEBA 2IHOA 3T2OA 4UR9A 1V3LA 2G41A 4QCFA 1W3KA 1EYLA 2CITA 4JAWA 1FFRA 3FY1A 2XVKA 3GBEA 3CU1B 3L4UA 5FL0A 1WZAA 3R4UA 1KB3A 4IPNB 4QLLA 1B30A 2CNCA 3AZWA 4TVUA 4G6MA 2W91A 3MV01 4HA3A 1TP0A 2D0GA 4MB1A 2VX6A 2TAAA 1C3FA 1X1NA 2XYLA 4QP0A 1RH9A 1KXQA 1LQ0A 5TD4A 3SCUA 4IZXA 1JF6A 3W4RA 1IRPA 1SFSA 1HJVA 3AMCA 4V27A 3WY1A 4DM1A 3PTQA 2VC9A 1M03A 1W3JA 3OJVA 2MANA 4PSRA 1UKOA 2BFHA 1Y7VA 3EDKA 3MALA 1KBBA 4KEIA 4IPLA 1NQ6A 5D9MA 3FJEA 4KGJA 3ZXGA 4PMUA 3WL0A 5M5DA 2X0YA 1F4HA 3ILAA 1TG7A 1PAMA 1UKPA 1GHSA 4OBSA 1GHRA 5A95A 1E71M 4CD4A 2J3PA 1XRVA 4YHEA 1XZZA 1IZJA 4FGFA 1UKSA 4WKHA 1R7AA 1IJTA 1ZJAA 4CN4A 3FJIA 2VNCA 3H6SE 4AZGA 1WP6A 3WEMA 1FHDA 1XD1A 4M24A 1FV3A 4PTXA 5EFFA 3WD3A 4JKXB 1B3VA 3CUIA 3WUFA 1VIWA 4JFVA 3Q7YA 2XPKA 2Z1KA 4D6GA 4CVWA 4CVUA 1JTCA 1NP0A 1TA3B 4H8UA 3LPPA 4LO0A 2X8RA 1DFQA 5DZUA 1R8NA 3OBRA 4EK7A 1L0PA 4XX6A 3MANA 3W28A 1Z2VA 1J0ZA 2BVTA 2Q9XA 3VTRA 3WFLA 3AJ6A 1EV2A 3FAXA 3IAGC 4CKQA 4LO2A 3WQ4A 3FJCA 2FH8A 1P63A 4KEJA 4P8XA 21BIA 1HWPB 2DQXA 3AS2A 1VEOA 3N17A 2NT1A 3CGTA 2D2OA 2KI6B 1E55A 4LO7B 4JCLA 4I1EA 3CRHA 3RMEA 3WDIA 2DT1A 3ZSTA 1R85A 3PZGA 1KQYA 1UR4A 4Z2GA 2WLYA 2EPKX 3A6OA 4JKMA 1FP9A 4NI3A 1K5UA 5DUYA 1BVZA 1HP5A 2Y2WA 3UR8A 4Q9PA 3CRIA 4W8LA 2KI4A 3EMCA 3EF2A 4I96A 1M01A 4ATDA 4N42A 3UDAA 2Z48A 3HU7A 5DFAA 5FOOA 1H49A 3VPLA 2YL8A 3L4TA 1BGGA 1JD9A 2VRKA 1MFUA 2YKKA 2YA2A 1ITCA 1JI1A 4C7GA 1LWJA 2WVVA 4BQ2A 3O3QA 1CVSA 4G6JA 1H2JA 4DWSD 4LO3A 3N04A 3NIYA 2X05A 2CIPA 4GOYA 1N4KA 2FGFA 1YXWA 4P8WA 3SUWA 2Y4SA 1B3WA 2G8ZA 3ARSA 3FUOA 1CLVA 3IM7A 1K9DA 1PWAA 3AI0A 7A3HA 4KMQA 4UQAA 4AZBA 1XCWA 2BY1A 4HMDA 1QQLA 1OD0A 5LA0A 1AFCA 2HVMA 3VD5A 3SUSA 5A69A 3WUGA 4EKJA 1XH2A 1MQPA 2VURA 3G6MA 2F2FC 4X0VA 4I4UA 3BXWA 3BGAA 1E4NA 1V3HA 1JL8A 1PPIA 2ZXQA 1PX4A 4AXNA 4F83A 4PMXA 3GYCA 1Z4SA 2PBOA 4C91A 4EKXB 1E73M 1X6LA 2EPMX 3OGRA 2WWDA 4PUEA 1E0OA 5CG0A 1C8XA 2VOTA 1IV8A 4HOWA 1JFHA 3HN1A 2WWCA 1V02E 4GQQA 4FF5A 2VUAA 4LO1C 1WZMA 4J28A 4UFMA 4MB4A 1I1XA 3GH7A 1TFMB 3FJDA 2F8QA 3MMWA 3AS3A 2J7CA 2XGIA 1KXHA 3S8JA 2XG9A 2PBGA 4P7RA 3EDFA 3AXXA 4I7IA 1ZU8A 4FMVA 4M8UA 1ODZA 3VSZA 3RJXA 3CA6A 1EDGA 2OYKA 1K6AA 1MC9A 4ACZB 3CUJA 1FGAA 1SYTA 4R27A 4XB3A 4U3CA 4CGTA 1E0WA 3WUBA 3ZOAA 3SNVA 2JEQA 1DEDA 5I3DA 1OT1A 3EYPA 3PTMA 3MKKA 1OCQA 1DZDA 4HJJA 1TR1A 2X2SA 1JAKA 2M49A 1WZKA 1EIBA 4LX4A 3AMGA 1JZ7A 4OEFA 1UD2A 5HPZA 1TZ7A 3H6RA 2VVSA 4IHZA 1KXTA 1V3JA 5A94A 3AIWA 3CUFA 2CEQA 3WEZA 4CN6A 3VD4A 2VUYA 1B9ZA 3ARWA 1IRAX 4H8VA 4WKFA 2BY2A 4G1RA 2VVNA 4ZEPA 4HA4A 3R4SA 3ARYA 1UR2A 3TTOA 5DVHA 1AQHA 3SURA 2QHAA 4E8DA 1ZS2A 4B3KA 2Y5EA 2EXOA 1Q03A 2GO2A 3VNZA 2WYSA 2VRJA 3AOFA 2YBTA 1LL4A 2AAAA 3ZO9A 3ZC8A 1BYDA 1VFFA 1KQZA 1MYRA 2WBGA 3CO4A 2Y9XE 5HPCA 2A3AA 3F4VA 3MS8A 5A8MA 3T2PA 5ABFB 4B15A 2L5XA 1JT4A 1RD6A 2W61A 3WNKA 5C71A 3T0DA 4ZFMA 2VMFA 2C0HA 5LA2A 1EQCA 2E40A 3MUZ1 4J3XA 5G00A 3BAGA 2WBKA 3WH6A 1GOQA 3N9KA 2CYGA 2ZR1B 4V2XA 4P0JA 3U7VA 3M7SA 2WVSA 3WN6A 3WELA 5ABFA 3PZQA 5BVPI 4BZYA 3DECA 1K9EA 1HT6A 4LQ1A 3WNLA 3VILA 4GI9A 3W6MA 1Z32X 1TUXA 1CWYA 4W93A 1E56A 3FJJA 2XFFA 4GOVA 4I6IA 1HIBA 2K43A 1EO7A 1UYQA 4W7WA 5A2CA 1E3XA 2PWHA 5DT5A 3ZJ7A 5HXMA 3BRGC 2ZUTA 1UD8A 4QLKA 4UFKA 1S0FA 3AXHA 1YHTA 2VR5A 1K9TA 1KGUA 4D0TA 4CCCA 1K5VA 1OGBA 3PTKA 2DT3A 1PC8B 4K68A 3FAWA 4R6UB 4D6CA 2V5DA 2ZE0A 2O92A 4NSBA 4FLSA 4PC4A 4LPCA 5GNYA 3W6LA 2GDVA 3CLWA 2BY0A 1XC6A 3KWXA 3OIHA 3A4AA 2D3LA 1J0SA 3RDKA 4H41A 4D6FA 1S0LA 5FIPA 4W5ZA 1YYNA 1CGWA 4HZ7A 3AKGA 3O4OA 3K1DA 2XVLA 5CQ1A 3S8KA 5M3WA 1RZOB 1E1EA 4J2KA 1CENA 2DS0A 4ZBVB 3L2LA 8A3HA 2V3EA 1BFNA 2IWTB 4P0LA 5LA1A 3APGA 4UCFA 4PTMA 3FXYA 1TMQA 1QW9A 4W86A 2BY3A 4DUWA 3DC0A 4J7RA 1HWMB 3MUIA 4F79A 3VIFA 3WF4A 3J7HA 3B8SA 5E9AA 5EHAA 2DGAA 4Z2LA 1GQJA 2WHLA 4W8AA 3RPMA 5ABEA 4U5KA 2EEXA 3CHDA 1J9YA 1ECEA 1Q6DA 2VO5A 4I4VA 3D5HA 3BAOA 3N7KA 4LO7C 1W9PA 1J10A 2NZ9A 2ZOXA 3O2LA 5CPSA 3BAUA 1H0GA 3O49A 2WC3A 1JT7A 1T9FA 4HU8A 5M03A 3CRGA 4HMEA 2XWDA 3BSGA 5ABHA 1CECA 3LLPA 1HCEA 1HJSA 5AC5A 1DWIM 2E8YA 4DUXA 4MNJA 4C7FA 1FWUA 4PMRA 1S0CA 1CBGA 2VU9A 2PWDA 4P7NA 3PHZA 3VM7A 1FH8A 2ZWZA 1V03A 1U30A 2F8XC 5BRPA 2WC4A 4PCSA 4U5IA 1AVUA 2AXMA 1EDTA 3OLEA 4Q91A 4J23B 4PMQA 4H04A 5AYIA 3W26A 3F5JA 2G4FA 3B9DA 3LPFA 5CZKA 2WAGA 1M2TB 4RE3A 1VCLA 1GOIA 2EJ1A 1JZ2A 3WIJA 2OWCA 1BGAA 3JRRA 3GNOA 2WPGA 2B31A 3M07A 3UCQA 3TOPA 1JZ3A 6A3HA 3AS0A 4BA0A 4D6EA 1S46A 5HPOA 5A3HA 3W24A 1E9LA 1Q4NX 2J7HA 3POHA 4JP0A 4QKRA 3VGEA 3WH5A 3OBTA 2A3BA 3W82A 5GAQA 5BCAA 3T0AA 2D0FA 2QPUA 3ARZA 3GXMA 3K4DA 4D72A 3KL0A 4MNKA 2WHJA 1ESWA 1NWRA 3DYMA 2CERA 3AKIA 1U2YA 4AZHA 1E4MM 1E70M 1ISYA 3WDPP 3V79C 2JF7A 1KFWA 5E6ZA 2BV9A 2GSJA 4UFLA 3FNDA 1I1BA 3VT0A 1QOXA 3BAIA 5DT7A 3EMZA 1E6PA 4JHOA 2F2FA 1OB0A 4U33A 4URIA 4GI8A 1CXKA 4ZGRB 4GZEA 3ZJKA 4LGXA 3CMJA 1G9CA 2XFYA 4I8MA 1DZCA 3VIHA 1WB0A 2DREA 41BIA 5M17A 4WF7A 2AMGA 3HN3A 5FD0A 3QOMA 3CZGA 1GNXA 4NRRA 1UOKA 3VMNA 1FQ9A 2VR4A 5D8ZA 2NM1A 1VFUA 2BHYA 5CXPA 4HMCA 3AIUA 1B90A 3IIRA 1VRXA 1V3KA 2E4TA 4LO1A 1PUUB 3UG4A 5HDRA 4L4OA 1TVPA 3PBGA 1SR4C 4QALA 3W81A 3UJ4A 4PMNA 3VINA 3BA4A 2FHFA 3ARTA 1DTUA 3JUTA 4E4PA 2VZSA 1WKYA 1MXGA 4H9WA 4IYBA 2LIQA 4UOQA 1E43A 1R86A 2W5FA 4RE4A 1G5AA 4IISA 1KR0A 1WNOA 1ISZA 3MSGA 3L2MA 4AMCA 4R5EA 1BFCA 1NARA 3WSUA 4ZFWB 1TVNA 2ZX7A 3CZLA 4UOZA 1GVIA 2WHKA 3AYSA 2PC8A 4MADA 1Q6FA 2ZQNA 3ZC9A 3CPUA 2J7BA 2V3GA 2ZXBA 1JT5A 3O44A 3G6LA 4M81A 2D7RA 1CXLA 5GPRA 1R87A 3PN8A 4XUYA 1DIWA 4F34A 4I4XA 2E4MC 2VL4A 4WJXA 5D9NA 1KGWA 3CQAA 3UG3A 1QNSA 1W3HA 3HMYA 1VB9A 1QPKA 2D23A 4A7KA 3TTSA 1WZLA 3WKZA 4AEFA 2GJPA 3UETA 2DIEA 2BHUA 4J2YA 3LMYA 5A6JA 2WC7A 3PZIA 1AQMA 3P6IA 3HOMA 1V08A 2GVYA 3ALFA 3VD9A 4AD2A 1W1TA 3VDAA 1I1WA 3ZT7A 2XOAA 4USPA 3HALA 5HOSA 3BAKA 2W66A 1H4PA 1JXJA 5IHSA 4LO8B 2VCBA 2YBUA 3AJ7A 3ZR5A 3AIQA 2DRYA 2XM1A 3VIIA 3BAXA 4AC1X 3NUKA 1TE1A 3K8LA 2JIEA 2QLYA 1XHGA 4GZIA 1TIEA 1UD3A 1ZBKA 3A3HA 5C70A 1XH1A 4TUFA 1RG8A 4PTVA 1BTCA 4KGLA 1EDQA 1E5JA 1GQKA 3W27A 1FWVA 1UD6A 3VSFA 3VGDA 1CGTA 1HWOB 5A6BA 2J7EA 3ZX7A 2J47A 4P8UA 1UR9A 4AZ7A 1H11A 1AVWB 1G9BA 3BAYA 4YHGA 4D6DA 3WDRA 4HP5A 5I5RA 2I1BA 3AH4A 1B3ZA 1NUNA 4PMVA 4M80A 1VJSA 4BQ5A 3NBDA 1DWGM 1TCMA 3FJ8A 1OGSA 2XGBA 9CGTA 1G9AA 5EFDA 4AZ5A 1JT3A 3VMOA 3BAQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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