4H04A

Lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2012-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4h04A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4h04A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4h04A01
4HP5A 1W3LA 4U33A 1Z4SA 5AY7A 3W37A 1D7FA 2YBTA 4F9DA 3CZGA 5IFTA 3ZJ8A 2YA1A 3PZIA 3QGVA 4UQBA 3N1AA 4J28A 1HWNB 2W62A 2VCBA 2VUAA 7A3HA 1QHPA 5ABEA 1H49A 2VL4A 4AY1A 1W1VA 2XSBA 4UCFA 3WQ8A 4N42A 1IRPA 1O6IA 1BFFA 3AH4A 1A3HA 3EMCA 3IM7A 2E9BA 3W4RA 3GDBA 3TTSA 1M16A 2E0PA 2D24A 1W9XA 4UFJA 2D20A 5G00A 4V28A 4WK9A 2WHKA 2LIQA 3KMVA 3TTYA 5CGTA 3WO4A 2VZUA 2ZQNA 2QMJA 2YJQA 1FH9A 3IAGC 2WWDA 1K9EA 1FH8A 4LXFA 4GINA 1WO2A 1Q6DA 3BCFA 2BHYA 4AD4A 1J0IA 3WMUA 3DHUA 1UWRA 3ALGA 3HJEA 2YDSA 3A21A 1EHNA 1S0EA 4B3KA 1UD5A 4M1RA 1CXEA 3N7KA 4AZ7A 1XRVA 1V3MA 3VDAA 2QMKA 1CDGA 3P6JA 4QC4A 2XTKA 3O4OA 1PBGA 3N18A 2QLYA 1NP2A 4I96A 1B3VA 1MW0A 1HWMB 1W3AA 3AJ6A 3UG5A 2D3NA 3RMXA 4DCKC 1E15A 3SNVA 1IHKA 3VVGA 1DP0A 3GM8A 4JKKA 3WUFA 1S0DA 3NJ3A 4H8UA 1QXMA 2YA0A 3WH9A 1S0FA 2VNCA 4I4SA 3MMUA 5DO8A 4PSPA 4I1EA 2NT1A 3VEQA 3PZVA 4HMEA 5CZKA 5HBFA 1VEPA 4QALA 4J3UA 1JT3A 1L0PA 3G6MA 4PUEA 1KXTA 2E8YA 4LO7C 3OZPA 4EKXB 1UZ1A 3UESA 5BVPI 3NIYA 2YL9A 1KGUA 2YDQA 3S2CA 4DWSC 5D9PA 4D6HA 1SYTA 3VMNA 3O49A 2F2HA 3I3EA 2ZQOA 1W9DM 2HW9A 3LPPA 4ZFUB 2UUSA 3CUGA 1MQQA 5EHAA 2WC7A 4URIA 1G9DA 3GXMA 4JAWA 2QYIB 4I4OA 3DC0A 5GNXA 1HNYA 1I1BA 4KEIA 3P53A 3SUVA 4ZA3B 1NP0A 3OGVA 1E3ZA 4CN6A 1JXKA 3VSZA 2KKIA 4W88A 2XWEA 1HIZA 4U2YA 4W86A 1C8XA 2EPOA 2XWDA 2UWFA 1NZKA 1EHAA 1PIFA 2ZXBA 4J3VA 2WXDM 3RJXA 2OYKA 3DECA 2G3IA 1ISXA 3LPOA 1SMAA 5DMYA 1CXLA 4LYPA 4PTVA 4I3NA 1WDPA 1MQPA 1SMDA 4C7FA 3NBDA 2NVHA 2ZUTA 3WUBA 2WCAA 1EPWA 3WNMA 4ACZA 5A8MA 5I23A 4Z2JA 5A6AA 5A8OA 3A6OA 5GQBA 4E2OA 1ZU8A 3IANA 3HN1A 2CKRA 2A3EA 3OGGA 1VF8A 4UZSA 1CZ1A 1EOMA 5CQ1A 1TE1A 3ZR5A 1XH1A 4JL2A 2VR5A 2CYGA 2QHAA 3BAJA 1Q1UA 1NOWA 3V0BA 2J7BA 2X0YA 4JFVA 1SZ6B 4HPGA 4NF7A 4PUDA 1MWOA 2HWAA 1BGAA 1R8NA 2FDMA 2FFUA 2NTDA 2VC9A 2VVSA 4JIEA 2UY3A 2L5XA 1RMLA 2DSWA 3ARQA 4D1JA 1ZBVA 1RH9A 1CLXA 6A3HA 1Q03A 2DRYA 2CETA 1H2JA 4ATLA 1ILR1 2WANA 2O9OA 2Z1SA 3BAXA 5BROA 2EPLX 4DWSD 3T2PA 1HL8A 3I3DA 1VJZA 4JP0A 1OSEA 2J7CA 4PC4A 3FJIA 3W28A 4UQ9A 5A6LA 4D6CA 5DSSB 3L4ZA 2MANA 3CIVA 2WMIA 2ZX7A 1ABRB 3AYRA 3AOFA 1E70M 2W66A 3U5UA 2DREA 4L4HA 1DHKA 1K5VA 4LPCA 3BAVA 4LGXA 3OJVA 2WYSA 3OGFA 3GNPA 1II4A 1V3JA 4F83A 2V3GA 2MC2A 1NOFA 4IPLA 1E0WA 3VGEA 1WAWA 4AZBA 1KGXA 2OSWA 2D0HA 4B9YA 3UD9A 1DWGM 3IAPA 4JCMA 21BIA 2CCRA 3AMCA 4W93A 3KL0A 3WSUA 1NQ6A 5DZUA 2E4TA 1W3FA 1J11A 2D2OA 4H8VA 3CMGA 2J77A 2WWCA 4GQQA 3AIUA 4EAMA 1V3KA 2PC8A 4ML4A 2WBGA 5D61A 2DSKA 1DZCA 4QDMA 3CHEA 3CPUA 3VDHA 3WBEA 4EANA 4ZENA 2WB5A 2Y9XE 1U30A 5FNWA 1XCWA 3ZR6A 4FMVA 4CKQA 3EMZA 3N04A 1WBCA 1BVNP 3O4DA 1E4LA 3VGDA 3UR8A 5M3WA 1NWUA 3GNOA 1GQJA 1ISVA 4GI8A 2XIIA 2BFGA 1E4NA 4WIWA 2O9PA 4WKAA 2EPNA 1LQ0A 2CNCA 1PWAA 3WEZA 1EXPA 1WKYA 2CBJA 3VKKA 1RPKA 1V03A 1JG9A 4XFTA 2J79A 3VNZA 1UKPA 5E09A 1UYQA 4IYBA 2VQUA 1BYBA 3HMCA 2XFRA 1BAGA 2X2TA 4C90A 2EBNA 2O92A 1IZJA 1J0KA 3Q7WA 3QHMA 2F8QA 3WH6A 3VSFA 3SCPA 1BFBA 3JUTA 1B3YA 1BYCA 1QNPA 4L4PA 2OLHA 2XM1A 4RE3A 1E71M 1W2PA 4P7LA 1IILA 2WVSA 2CBUA 3W38A 2XFYA 3V0BB 3IJ9A 4TTUA 1RG8A 1BFNA 4MADA 3B9AA 1TG7A 4JFWA 3NBEA 5ECUA 2BS9A 1JF6A 3FFZA 3O2LA 5HPCA 1FH7A 5FIPA 4JKLA 5I24A 1S0BA 2B31A 3ARUA 4WKHA 2VZSA 2YDRA 4MNJA 3O44A 3HBWA 1BYDA 2WKLA 4HOWA 3E1F1 1KNMA 2F61A 3BAHA 5F8WA 3POHA 5CPTA 3PHZA 4UTFA 2Z1KA 1GQLA 2BEAA 1DLLA 1QI3A 2ESUA 2WSPA 3NSMA 3ARPA 2E3ZA 3K1XA 3DYMA 5E70A 1UUQA 4F8XA 4A3YA 2WC3A 1E0OA 2DSUA 3FJJA 2WMIB 1E55A 1Q6EA 1D3CA 1WZKA 4HTYA 2CESA 3WO2A 1G9HA 3PTMA 4J2SA 4UOZA 2G3MA 1XSKA 4FLOA 5I3DA 1JZ5A 1NARA 3AKGA 3RO8A 1S46A 2WC4A 1V6YA 5BYWA 3CBWA 3AZVA 3CZ8A 3VX0A 3VMPA 3FJEA 2Y9WC 4HU8A 2JIWA 2AMGA 2VOTA 2ZX8A 1UR4A 5FKYA 3H6SE 3KWXA 3VINA 2W92A 3CA1A 1OBAA 3ZIZA 3SCRA 3AISA 1GGPB 1JZ8A 3L4UA 1ISYA 4NSBA 3WL1A 3RM8A 3CA0A 3VPLA 4FK9A 1CGXA 5A1AA 1CLVA 1KCLA 2BXZA 1JT5A 4HZ7A 1TMQA 5D9NA 2ZIDA 1JZ4A 4QCFA 3CMJA 1CBGA 4J3SA 3BRDA 2AAIB 3PUBA 2BY2A 2W4XA 4TX6A 1V6XA 2NYYA 4D0ZA 1E72M 1TIEA 3O4BA 4IM4A 1W3JA 1KCKA 1KXHA 1I1WA 3VNYA 3WD4A 3BA7A 3EDFA 5KEZA 3FW6A 1NWSA 2WNWA 4W7UA 3I2XA 4ZKTB 3LPFA 3B9DA 3F5KA 3JUGA 2Q9XA 3LMYA 4E8DA 3AZWA 1EOKA 3NDZA 4HMDA 4ATWA 5JUVA 1J0HA 1WDRA 1TOOA 5M17A 2WMFA 2YIHA 4AMCA 2QN4A 1QNSA 3K8KA 3K4DA 4JRAA 1S0CA 1DWHM 3VD4A 1W3HA 3NSXA 3OLGA 3AJ5A 1E9LA 3WQVA 3CU1B 1E73M 1GPFA 4J23B 4D72A 3ZOAA 4BQ3A 2YBUA 2ZX9A 1JAEA 4OEGA 4UZUA 1E1EA 2ZUSA 3GXFA 4Z2GA 4TVDA 3WNKA 4EB2B 3AI0A 2JEQA 2CHOA 5DT7A 2UY4A 1H0IA 1MW1A 1WPCA 4OOZA 5B2HA 3AIQA 1UG6A 2CPUA 2JE8A 1GZJA 1EIBA 1FP8A 1FFRA 4S3JA 4JKXB 3Q7YA 1GUVA 2J25A 1NM9A 3ARWA 3DYOA 3RM4A 3WQ6A 2BHZA 2P23A 1HCEA 4QKSA 4GO9A 2VLCA 2HISA 2BFHA 1JD9A 1UKQA 3TTQA 2MIBA 2YLAA 2XYLA 2YL8A 5AYBA 4Z2KA 4AN7B 3F5JA 5A69A 4U5KA 3WF3A 4OIFA 2JF7A 4P0KA 3APGA 3CRHA 3RSJA 1E6XM 1W32A 4GZJA 3HU7A 4LO0A 4I4XA 1IRAX 3WQWA 3K8LA 2Z48A 1TTUA 1UR8A 1HJVA 2DT2A 4DUVA 4AISA 2G4FA 1UD2A 4I4PA 5F8YA 3SEPA 3FHQA 3A4AA 5CSYA 4UFHA 1XHBA 1FV3A 3MANA 1W9PA 3GXIA 3VWCA 3AQUA 1JLYA 2BVTA 1JQZA 2D22A 1MXGA 4XZWA 3BAYA 4YN5A 2A3BA 4EEEB 4AWEA 1HJXA 1HCDA 1CGYA 2GSJA 1UD8A 2WLYA 4F66A 3HN3A 1LG2A 2Y2WA 4MJ4A 1AF9A 1WDSA 2XPKA 4WF7A 1NUNA 1EO5A 2FDBM 3WMCA 5ABFA 1UWUA 3ZXDA 1V3LA 3OGRA 3N9KA 5EB8A 1FFQA 3SUTA 5ABGA 3PTKA 1JDCA 2OYMA 1DTUA 1DQGA 3QHNA 4X0VA 3W27A 4I4YA 1SR4A 3NDYA 4UR9A 3W29A 1PX3A 1VEMA 1WB0A 3RMEA 2EPMX 2VRQA 1G9AA 2WAGA 4UQAA 3FAWA 1AFCA 1BF2A 4I8MA 3IJ8A 2XJ7A 3M7SA 2CERA 3GTNA 4PTWA 1GONA 3II1A 1XD1A 1DIWA 5FL0A 2D44A 1TFVA 2X0HA 1J01A 2VCCA 3SUWA 4BQ5A 5JMCA 3ZSTA 4OOUA 4DWSA 2CHNA 5CPSA 1K5UA 1TVNA 3WQ4A 4PEEA 1JYXA 1U2YA 4D6IA 3W26A 5BXRA 2J7DA 2VZVA 1HWPB 3I2AA 3NBNA 3W24A 3LPGA 4W87A 2EJ1A 4WSJA 3VT2A 5GNYA 3THDA 4CD8A 2WHJA 3U5YA 1G01A 4PBGA 4I4VA 5GNZA 4IHZA 5JBDA 3N7MA 4ISQA 1E0XA 1HF6A 1EGZA 3SIMA 1Q6CA 1AVAC 3WUGA 1DJSB 3QYDA 2A3CA 1BG4A 1EH9A 2W91A 1ISWA 4QBVA 3SURA 41BIA 2V5CA 1CENA 1JIBA 7TAAA 4DEPA 1RZOB 4Q7NA 4HMCA 1PC8B 4P8UA 1ISZA 3VIFA 3VU2A 2WK2A 4X3AA 5FCZA 2MLLB 7CGTA 3TP4A 3L4XA 4W89A 3HSMA 2EPKX 1H11A 3EF2A 3UR7A 1LL4A 3TC2A 1GOMA 4KEJA 1LJYA 3PZOA 2DEPA 3T2OA 4PCTA 1XHGA 1TCMA 1GORA 3WA1A 3WDJA 1GCYA 4BQ2A 3IIRA 3MUY1 5AYIA 3BAOA 1BFCA 4XX6A 1V08A 2WKGA 1OWQA 1T4QA 5I1BA 2PI6A 5HNNA 5DUYA 3VX1A 2G8ZA 1BARA 1B30A 5DF0A 5BXTA 3NUKA 1D0HA 2ZXQA 4LO0C 3AJ7A 4Y7EA 3RILA 4P0JA 3I29B 2FHBA 3BLPX 1QI5A 4UQCA 1HVXA 4NRRA 5F7UA 4TTGA 4M24A 2XSAA 1QHOA 4MJ2A 3WEOA 5DEZA 1AVUA 1N82A 5ABFB 5KZ6A 4X37A 1C8YA 3VM5A 3AHTA 3C9ZA 1VENA 2AXMA 3CUFA 3ILAA 1KB3A 6CGTA 1CWYA 5BRQA 1BFGA 4AW7A 5FZZA 1JFHA 2C0HA 4A7KA 3MV01 5A95A 4HJJA 1JXJA 1OGSA 4GP0A 1CXHA 4IZXA 2W5FA 1DEDA 4TX8A 5ABHA 4LO7B 2BY1A 1C91A 4GOYA 4LQ1A 1UA3A 4BF7A 4PMRA 3WH7A 2J7GA 1SR4C 3BGAA 3L4WA 3OBRA 4DWSB 1VEOA 2XIBA 1W1PA 1M04A 5CG0A 1AMYA 4PMOA 2G41A 2YL5A 3WH8A 3OG2A 1R8OA 5D8ZA 3D5HA 3MUAA 4WLCA 4ATDA 1NH6A 1JZ6A 3WNPA 4QBCA 4CCCA 4AZIA 1CEOA 2GVYA 1JI1A 2X09A 5E9AA 2VRKA 1GVYA 1UKTA 3AS0A 4UFMA 1V3IA 2KI6B 3QOMA 3O3QA 1BQCA 3BADA 3W9TA 2D7RA 1W1YA 1Q04A 4G6MA 4W84A 3U7VA 4Z8SB 2CIPA 5TD4A 3T2QA 2Q8XA 4UFKA 3OIHA 2ZICA 4IONA 2E40A 3B8SA 4AIOA 2ZX5A 3AHVA 1Q6FA 5EFFA 2FHFA 1UHVA 1ZBCA 5I79A 3NBCA 1K6AA 1QVBA 3KZSA 1BLIA 4AD3A 2ZR1B 1S0LA 1JYVA 1R87A 3WELA 1GW1A 2VZTA 2Y9GA 2D7IA 1E43A 3SCVA 2VXTI 4JZ5A 1X6LA 4DUXA 1HJUA 4IPNB 1HKIA 1WD3A 1PZ2A 3VIHA 5EC5A 1TFMB 1FOBA 3FN9A 4V27A 1H41A 1FMMS 4LO3A 1ZJAA 4D0TA 4NRSA 3H6QA 4PSRA 2YKKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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