4JAWA

Crystal structure of lacto-n-biosidase from bifidobacterium bifidum complexed with lnb-thiazoline
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of a glycoside hydrolase family 20 lacto-N-biosidase from Bifidobacterium bifidum
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 241
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2013-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4jawA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4jawA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4jawA01
1BYBA 1GONA 3CMJA 3S6TA 3BAQA 1DWHM 3VSZA 4Z8SB 1WD3A 3VOCA 1AQMA 3AYRA 1XH0A 3AH4A 2WWCA 4TX6A 2NYYA 1EO7A 5ABEA 2ERMA 5JBEA 4GKLA 4YN5A 3VM7A 4ZKTB 5E6YA 4E2OA 1RP9A 1V02A 4PMNA 4KGLA 1FMZA 5F90A 4UQAA 2X09A 3PZTA 2VUYA 3ZT5A 2ZOXA 3K4AA 3GH4A 1U30A 5I5RA 1JTCA 4QD2B 4HA4A 3OJ2A 3T08A 4J28A 4QCEA 1H0GA 3NYDA 4MAZA 4D6CA 4PRWA 4Z2HA 1D2KA 4MNJA 3TTOA 2ZUMA 1S0DA 3MSGA 4P6AA 4GP0A 4D6FA 1PWAA 4QALA 5A3HA 1IZKA 1JF5A 3CPUA 4U2YA 4F66A 3F1RA 4ZOTA 3ZX7A 2YLLA 3JUTA 1KXTA 1Z4SA 4K68A 1WE5A 4CU6A 2J8FA 3AMKA 3ARXA 3RO8A 3WH8A 3CUFA 2ZUWA 3L4WA 1V6YA 3VGFA 5I77A 3MV11 3P6IA 1GJUA 1CXHA 4L4HA 3ZXGA 5BQUA 2XYLA 2VXRA 2WZIA 1E73M 4AC1X 2WHMA 1M04A 3MV01 3MMDA 1JT4A 2O92A 3OIHA 1JAKA 3CTTA 1UUQA 2DIJA 1E6XM 1GUVA 4RL3A 1R7AA 5A6BD 2BFHA 2PWFA 4I6IA 6TAAA 1FH8A 3VEQA 1CYGA 2ZUNA 3APGA 1PPIA 2BS9A 2J7CA 3WQVA 3WO3A 3OLEA 3WNLA 3WEMA 2WVTA 4D6DA 2GUYA 3GXIA 3AIQA 4M80A 3HMYA 2DSUA 3MMUA 4DCKC 1OD0A 3B9EA 1NQ6A 1Q6FA 4WJXA 1IHKA 4P0KA 2J78A 2XFYA 3ZIZA 1W1YA 3T0DA 4KH2A 5HNNA 3BAOA 2GO2A 1JD9A 3HN1A 1UZ1A 5I24A 4M1RA 1U33A 4FK9A 2EO7A 2A3CA 2WMIB 3W28A 4CN4A 21BIA 1HVXA 2YUGA 5I78A 3AOFA 3GXFA 1W1PA 2WSKA 4KC3A 1S0CA 3KEHA 1DWAM 1JZ7A 4W88A 3VVGA 1I1EA 1BG4A 5DUYA 2G4FA 3S8KA 2JIWA 1UWRA 4P0LA 4YPJA 3VMOA 1EV2A 3WQ4A 4PCSA 4WSJA 1B3VA 5A6BA 4EAMA 1ZL1A 3BAGA 4P7OA 4OUEA 3QOKA 4UOZA 1QNRA 3ZJ7A 1ODUA 4HMEA 1D0HA 1W3AA 2Y8KA 4ZFMA 3VT0A 3RPMA 1GNXA 4PMYA 4PMZA 2HZ9A 2ZE0A 1JF6A 2XSBA 1JI1A 2XVLA 3C9ZA 1J0IA 3CA5A 2NM1A 4LO3C 2PBOA 4R27A 1ZBWA 3R4SA 5IFPA 3DYOA 3VINA 3AIEA 1ITCA 2WMIA 3VTRA 4D6HA 3BAKA 1SZ6B 3B9AA 5DZUA 2KI4A 3MPPG 4I4UA 1BQCA 1QI2A 4LQ1A 1JXKA 5BCAA 2WKLA 5ABFB 1NARA 2K43A 3A07A 1FHDA 2BEBA 1W3JA 2J74A 4FLSA 2ET2A 1R87A 3WMVA 1E0VA 1C8YA 4PTMA 3VDAA 2FGZA 1TMQA 1CE7B 2E9BA 1II4A 5BVPI 4HOZA 2F8QA 2DRZA 4A4AA 4J7RA 1E4IA 4A7ZA 1UR9A 3M46A 3AS1A 1HF6A 4BZYA 3RMYA 1E6ZA 3WEZA 3ILAA 1MYRA 3SCPA 1JQZA 4X0NA 1EPWA 5EHAA 1G82A 2PF0A 3FAXA 3O9NA 1TP0A 3FJJA 3NIYA 1V3KA 2MC2A 3VPLA 1CDGA 3U5YA 3K8LA 4U33A 4F9JA 2FFVA 5ABFA 3VIGA 3AIWA 3UG5A 3SUVA 3J7HA 4X37A 4G1RA 4X38A 4HPHA 1QW9A 3M6DA 1PUUB 1W9PA 2A3EA 2CERA 2DREA 2PWDA 3Q7WA 1IV8A 4W85A 2WZHA 1P6WA 3H6QA 2WPGA 2F61A 2D0HA 5F8SA 5F8YA 1O7AA 4W84A 4HOWA 4R6UB 4LO0A 3WNMA 1XG6A 2EPKX 3MANA 2OWWA 3NBEA 1BFCA 4OUJA 4HZ8A 1BSIA 5FZUA 1W3HA 4UQDA 1KWGA 1W9VA 1CTNA 1WO2A 5LA2A 2E4MC 3FJIA 1PIFA 2WMJA 3ZMRA 1G01A 4QKSA 3GYCA 3RIKA 2MLLB 1BFFA 3V0BB 3VMPA 4CVWA 1XRVA 1BTCA 4AZCB 3I3DA 2E0PA 5HOSA 2KLLA 1G9CA 2JE8A 3IJ9A 3O2LA 3L4ZA 1R85A 1UZ4A 1H41A 2J47A 9CGTA 4LO7C 5BXTA 1JZ2A 4I4PA 1GJWA 1K9DA 4X3AA 4D0ZA 2WW5A 3WA1A 3VGDA 1OBAA 1V0KA 4ISQA 1BARA 4R5EA 2JALA 1C91A 2VRJA 1LLOA 3T2OA 4P7NA 1CXKA 2YBTA 2DIEA 2VCAA 4IQPA 1K9EA 4ZLBB 4JKXB 2QYIB 3V0BA 1CXEA 1MW3A 4I4RA 1JG9A 4N0RA 1K5VA 3ZJKA 4AZCA 1GOWA 2Y8VA 4JP0A 2WB5A 3BXWA 1WDPA 4AIOA 3AMLA 2V5DA 3CA1A 4DUXA 3IJ8A 1XCWA 3CUHA 3RM4A 4FVVA 4AD1A 2GDUA 4PSPA 2WCAA 5ECUA 3UETA 3WUEA 2IWTB 2R9KB 5BXRA 5GNXA 4I3NA 3AJ6A 3PZ9A 4LYQA 4UFMA 2OLHA 3PG0A 2PB1A 4X0VA 2ZXDA 5EMYA 4ZEPA 4ACZA 1UD8A 2DSKA 3POCA 1KGXA 3N7JA 1VB9A 5M03A 4JAWA 1QI4A 4AD5A 4Z2LA 2M49A 2UY4A 3KWXA 1HIBA 1RY7A 1CIUA 3OZOA 3WSUA 1G0CA 1UH3A 1XZZA 2XJ7A 4KWUA 1E0OA 1B3YA 1FFRA 4QBCA 2HWAA 2V3FA 3T8SA 4C7GA 4I7IA 1CGXA 1EIBA 3QR3A 2J7EA 4EE9A 3IAPA 4W7UA 4GQRA 1HJUA 2UWFA 4I1BA 4J2KA 2WCSA 4OJYA 4Z2IA 4JL2A 4IYBA 4W7WA 4LYRA 1GZJA 2W63A 1QBBA 2GJPA 3AISA 3QHOA 4QAWA 1UR0A 3O4BA 4D71A 4KEKA 3ALFA 4V28A 4JFUA 1W3KA 1OQLB 2OYLA 4BS0A 3MS8A 4OOZA 4AWEA 4QLLA 4PEEA 2G3NA 3MALA 2K8RA 4I4YA 1XYZA 2QPUA 5I6SA 3LLPA 3PN8A 4GXPA 4AXNA 2PC8A 1BFBA 3BAJA 5DT7A 2F2FA 4TVUA 1Z32X 3RSJA 1DTUA 2WMHA 4UFJA 4M24A 1UR2A 1DJSB 1C7SA 1BF2A 1NWSA 2RG9B 3IIRA 4ZGRB 1UD5A 4NI3A 1CLXA 1E70M 2QV4A 2VTFA 4QLKA 1UPSA 1KB3A 3ZR5A 4GI8A 3RMXA 1IZJA 3CU1B 2CNCA 3LPPA 1E0WA 1QHPA 2ZR1B 1GPFA 1FV3A 3CAHA 2WHJA 1V6UA 4DWSD 4PMRA 3RTJB 4FGFA 1UQYA 3VIKA 1B3XA 3W37A 3VD5A 3H6SE 4RE3A 1S0EA 4FLQA 5KEZA 5E24E 4LO8B 3PTQA 2FGLA 2ZXBA 5FNWA 1AF9A 3OB8A 3PHAA 5A8OA 4LO1C 4AZBA 1B3ZA 4EANA 1SMAA 1TFMB 3WH6A 3MO4A 4MTVA 2GDVA 1EDGA 2VQUA 1S0GA 3RJYA 4D6GA 4Q91A 1UR8A 3IM7A 2XHYA 1UG6A 2DT2A 3VMNA 5IDIA 4DWSB 4PUEA 3CZGA 2VCBA 1UH4A 4UCFA 3UR7A 3OBRA 3CIVA 3W81A 2XM2A 1YXWA 1QOXA 1TOOA 1WZMA 4JFSA 2QMKA 5CZKA 2CKSA 4EK7A 5FIPA 3LMYA 3O5WB 7I1BA 3TA9A 3CHEA 2B31A 2DSWA 2UY2A 1TE1A 1UD4A 3U7VA 1VBRA 4UNIA 1OB0A 5ABGA 1D7FA 4MPKA 3A22A 4A7YA 2XGIA 3H6RB 4MB5A 2WKGA 3SCOA 2CETA 3MU7A 1TR1A 3POKA 3CGTA 2VSAA 4I96A 4J3TA 3IANA 1BAGA 4W8LA 4DWSA 3S2CA 2JIEA 1B1YA 1I75A 2G3JA 1HT6A 5EFFA 5BP5C 2VC9A 1Q6EA 1SYTA 1CXFA 2ZWYA 3O4OA 4KGJA 1ITXA 4P7RA 2P23A 5JMCA 4WKHA 1VCLA 4GAIA 5DO8A 1VIWA 1M01A 3NSMA 1EHAA 3WINC 3HALA 1CEOA 1PAMA 1E3ZA 1ECEA 2A3AA 3L2LA 3DC0A 2E8ZA 4PCTA 4LX4A 4D6EA 4JCMA 3R4UA 3WF1A 3BCFA 1OGGA 1UQZA 1CPUA 3NCOA 3ARWA 3BAHA 1MFUA 1PX4A 1WP6A 2J7DA 1PZ2A 4A7KA 1VEMA 1NM9A 4XZBA 2W62A 3A23A 2J75A 1SR0A 2YA2A 3BAYA 1V03A 3FJ9A 3O49A 1E56A 3AS0A 3D7WB 5I2UA 2OSWA 2L5XA 2FO1A 1UA3A 2RGLA 1F4AA 4UTFA 3UJ0A 1OGSA 1JYXA 1JAEA 1E6SM 1NWRA 1J0JA 3LPGA 2ZXAA 4IPNB 1ZB5A 1AVWB 2BVYA 1JY0A 2DT3A 1VJSA 3D5HA 1J0YA 3ECQA 2NZ9A 1JDCA 1CGTA 1ISWA 4GAFA 1QW8A 2ZX8A 2FHFA 3BMWA 3KL3A 5EFDA 1W3FA 4OEGA 3OLGA 2G3MA 1VFFA 2YL6A 1VFUA 4M81A 4QP0A 2BHYA 4RE4A 4U3AA 5C70A 2NW0A 4GO8A 2WHKA 1H11A 3N7KA 1JFHA 3I3EA 1HKNA 3CRIA 1AFCA 1E6RA 3CZJA 3VU2A 3SCWA 2Y2WA 2WBKA 3IAQA 4FMVA 1ZS2A 1HXJA 1HNYA 2DQXA 3OLDA 1QQLA 3GNRA 1EGZA 1QQKA 1LWJA 3G6MA 1RG8A 3CA3A 3WO4A 5D9NA 3CHFA 2Y9XE 1TUXA 1PEZA 2VI0A 4CD8A 5I23A 1AVXB 3VIHA 1CGWA 3GNPA 2Y9WC 4KMQA 2C8NA 4F79A 3BLPX 1XCXA 4AISA 4LO3A 4GOVA 1DWJM 1HKIA 3FJHA 3O3QA 2MANA 3ARYA 1W9XA 1ISZA 3WFZA 3SNVA 3AZVA 5GNZA 4FF5A 1KGWA 1HL8A 1W9DM 1WDRA 2J77A 4QBVA 4TVDA 4DUVA 3GTNA 1IRAX 3TTYA 1NP0A 1EA9C 3HU7A 2CIPA 3I2XA 3ARQA 3WD1A 2EPOA 3NBDA 4UFLA 1TG7A 3CH9A 5HPCA 5A6LA 1DWGM 3E1F1 1JLYA 4OOUA 2XTKA 2VNCA 3AI0A 1MWOA 4B16A 3FJCA 2X8RA 4M8UA 4CD7A 7TAAA 1F4HA 4UZUA 4ENDA 2EEXA 3QYDA 1H09A 1HJVA 4GQQA 3WF3A 5B2HA 3DYPA 3L4YA 6CGTA 3ZM8A 5I1BA 2XSAA 5D63A 3CBWA 4MAVA 2D2OA 3JUGA 2D3LA 2JF7A 1ISXA 3AMCA 3AJ5A 4II0A 3AMGA 1PUMB 4KBBA 4CUCA 1KBKA 2AFGA 3UESA 2WRYA 1ESWA 1E4LA 2D22A 1Q03A 2VZOA 5BOWA 2EQDA 2ZQNA 4P8UA 2VZTA 2NSXA 1O6IA 4NRRA 1B90A 2CHOA 3A4WA 5FZYA 2ZUVA 2YL9A 4A3HA 1VF8A 2XVNA 1HIZA 3VX0A 1MXGA 2BNJA 5A1AA 4USPA 4U5KA 2Z48A 4M29A 1OINA 1GQJA 1FOBA 4LO7B 4F34A 1W32A 1YQ2A 1BASA 4HMCA 1KCLA 1DP0A 2A3HA 3DHUA 3WUFA 2UUSA 3WQWA 1BA7A 1Q6GA 1S46A 3WDIA 2KKIA 1VAHA 2F2HA 1VFMA 1UWQA 2E4MA 1F31A 3QHNA 1BPLB 3NUKA 3BRFA 3BADA 4I4SA 1AVUA 5A2AA 4JFVA 3VIIA 4D6IA 4GZIA 4NRSA 3W27A 3WUBA 4WBCA 1HJXA 2NTDA 1YBIA 1E5JA 1LG1A 5E6ZA 3VIOA 1HCEA 5D9OA 3K1XA 2YDQA 4NZCA 1HKJA 5DFAA 2AAIB 3CZKA 1R8LA 2VCCA 4ZFUB 1XSJA 1HP5A 2E3ZA 1FV2A 1Q04A 3HN3A 1MQQA 1J12A 1CVSA 3FGMA 3N17A 1LL7A 1EQCA 2WMKA 3VDBA 3BX1C 3SCSA 3THDA 5DF0A 2E9LA 1GHSA 2W4XA 2ZUUA 3RJXA 4QKRA 1RPKA 3WD4A 4JFWA 3ZQ9A 3BRGC 4Q7NA 3BRDA 2YDRA 1Q1UA 1B2YA 1A3HA 3V79C 1V6WA 3TP4A 1WZAA 4AD3A 2CKRA 3S8JA 2Z49A 3CLWA 3VGHA 3WH9A 2K4AB 4XFUA 3HBWA 3OGGA 4C7DA 2UY3A 2V3DA 1VEOA 2AAAA 3VM5A 1XSIA 1ILR1 1WD4A 3NDZA 4OWKA 1ITBA 3FJKA 2F8XC 3EF2A 2YLAA 4P7QA 2VR4A 2VMFA 1XD0A 2GK1B 1YF8B 4AY1A 3TC2A 1JYNA 1QHOA 3CMGA 1LJYA 3WD0A 3VUOA 4PN2A 4ZBVB 3PTMA 1GQKA 1AMYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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