5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
3T2QA 3FJDA 2DS0A 1IHKA 3WF0A 1UWUA 3AFBA 4QAWA 2WVTA 3WINA 2ZX7A 1W9XA 5EBAA 3VPLA 3RMYA 5BXRA 4NZCA 3F5LA 4Z2LA 1JYVA 3GBDA 4QKRA 4D0TA 3P53A 2E4MA 4I3NA 1C91A 4AIEA 2OWXA 1TP0A 3MUY1 4OBRA 1IV8A 3IIRA 1G9HA 2FHFA 5C71A 4OW4A 3WMBA 1B1YA 1BA7A 1JZ3A 4CU8A 5DMYA 5BWFA 1VEOA 7CGTA 1UWSA 5D8WA 4M80A 1QQKA 4W8AA 3ARWA 2JIWA 1UD3A 3BAJA 1XSKA 3PMEA 1KXVA 4CVWA 1OWQA 1HJXA 3CHEA 3AHZA 4KWUA 1T4QA 4I2SA 4HA3A 1XHBA 1DFQA 2BEBA 1CPUA 1QNPA 1QI5A 2D44A 2WCGA 5M5DA 3W38A 4U3AA 4EK7A 3ECQA 3MMDA 1PX8A 2F2FA 4U31A 3ZO9A 2CBJA 4WJXA 1YYNA 1I75A 3CHDA 4AW7A 4L4OA 5E6ZA 1DWGM 1OT2A 3AXXA 2ZXQA 1CVSA 3NSXA 4GO9A 3BSHA 3B9AA 4AEFA 3MANA 2CHOA 4CKQA 5JBEA 2MLLB 2BHYA 1RH9A 4G9NA 2VZVA 3W26A 1E9LA 4CU6A 3HMCA 5JBDA 1TVNA 4GINA 1BLDA 4ISQA 4D1IA 2V3FA 1E73M 4AD1A 1B31A 1FOBA 2WHJA 1GQLA 4JRAA 1KGWA 3B9EA 1XGZA 1GONA 1XCXA 1JDDA 2DSUA 4UFMA 2NP0A 2YL5A 3S2CA 4M8UA 2XTKA 3FJ9A 4D1JA 4CN6A 1DWJM 2VJXA 4D6DA 1JL8A 2FGLA 2XJ7A 3K8LA 2FDMA 3PG0A 5IFTA 2E9MA 4BCEA 2OYKA 5JIPA 4PMUA 1S0LA 3CBWA 1E6QM 1WZMA 2XM1A 4M82A 3FJEA 3VSZA 1HJVA 2ZOXA 3CUGA 3AH2A 2VCBA 4JQ0A 3EYPA 1TG7A 4UQDA 2EBNA 4QO3A 1WE5A 5A6BA 1PUUB 3GYCA 1NP0A 4KGJA 4OUEA 3PUBA 2EEXA 2VR5A 4N0RA 5IDIA 3WDQA 2K4AB 3NIYA 1GCYA 2F8QA 3RMEA 3RTIB 2BS9A 3MV01 3CA6A 3L4XA 3ZQ9A 3MUIA 1GPFA 1GUVA 5F8WA 3AIUA 1PX3A 1FFQA 2J7EA 3OGSA 1W2PA 2BV9A 3PTMA 2D43A 1UD8A 3CH9A 4GAIA 3E8LC 2O92A 2DREA 1CYGA 3VGBA 4GI8A 1MD6A 1U2YA 5CJ5A 3TA9A 1Q1UA 1UR2A 2ESUA 2D0HA 3RIKA 3ARSA 3NUKA 2ESCA 3L4WA 4DEPA 5GNYA 3AIBA 3ZIZA 1ILR1 1M04A 2QN4A 3POHA 3NDYA 3NJ5A 1AQ0A 4ZE4A 2VUAA 3SUTA 4PN2A 3UDAA 2ZX8A 3OJVA 2WCAA 2HVMA 2PBGA 2W61A 3UESA 2NT1A 3BB2A 4EEEB 5IHSA 3V0AA 3GTNA 4TTGA 3ARQA 6TAAA 2NYYA 3F62B 2V3GA 2O9TA 3IJ7A 3ZXDA 2VMFA 3I29B 5CPSA 1RD6A 3VINA 5HPOA 5LA1A 4HA4A 3VU2A 1L8NA 1WAWA 3CRHA 2WMJA 2RG9B 1GJUA 1CLVA 3OZPA 2XFFA 4DM2A 3W82A 4AZ7A 4F83A 4KC3A 1J01A 1NOUA 1JZ5A 4AN6A 1HN1A 2R9KB 1PZ2A 4Z2HA 5I1BA 4ZENA 3ZSTA 4XV0A 1GW1A 2W91A 2CETA 1YF8B 3BH4A 1MVYA 3VD5A 3BX1C 2D0GA 5BVPI 3WO2A 1TR1A 4W88A 3VO0A 2ZUSA 3ZOAA 3CUIA 3NSMA 2VX4A 3VX0A 1G1YA 2HZ9A 1OD8A 4LO2C 1JFXA 3CUFA 1Q6GA 3VILA 4K68A 1PWAA 3ZM8A 3AHYA 4L4HA 5CG0A 1HWOB 1JYNA 4OBSA 1BASA 1IZKA 3VOCA 1WPCA 4EAMA 5A6JA 2CIPA 3W9TA 4F34A 5KEZA 3FJAA 3I3BA 3CUHA 3VD9A 3IM5A 2G3IA 2XVPA 5I3DA 1HIZA 1V3HA 5FL1A 3VUPA 3AMKA 3AJ7A 4GOVA 1UH2A 3TTYA 1LWHA 2Y4SA 4QFUA 2G3JA 1QHOA 1ITXA 1EPWA 4CGTA 3AYSA 4QC4A 4M29A 4F79A 4E8DA 2WC3A 3POKA 2W62A 2AOSA 1E4NA 1U30A 3TTSA 2YL8A 4PCSA 2WBCA 1E0XA 1W2VA 1UD4A 4FVVA 4Q9PA 5D62A 5BP5C 1V3KA 5FNWA 1E6PA 1ZJBA 3BAQA 2J74A 3BAOA 1K5UA 1R8OA 2E4TA 1HKJA 2J7CA 3LPFA 3OA5A 1SZ6B 1R85A 1WP6A 1PC8B 4JHOA 1NH6A 4PMXA 4TVUA 1VJSA 1BG9A 1XG6A 4JKLA 3VKKA 1JNDA 3H6SE 4KRUA 3K4AA 4J3VA 3ZJ6A 1CNVA 2QMKA 2YBUA 3OB8A 5A2CA 3N9KA 4MNKA 1QNOA 4D72A 2E8YA 4E4PA 3BRFA 1WZAA 3NJ3A 2J4GA 1HJQA 1WDPA 1QHZA 1B3VA 2GJRA 3IJ9A 4WBCA 3VM5A 2WC4A 4I4VA 2ZIDA 1VBRA 3FJBA 4YOLA 1AVWB 1R8LA 3VD7A 3BSGA 3ZT5A 4F8XA 4H9WA 4PMVA 3WQ4A 5AY7A 3W27A 1QNSA 1UR9A 2WMGA 2DT2A 3W6MA 4EFQA 1PZZA 3RPMA 4OOZA 3A4WA 4RE3A 3MS8A 3VIKA 4V27A 1G0CA 5F8YA 4GZEA 5A1AA 1LQ0A 5A8QA 4Z2KA 4ZBVB 3H6RA 2CERA 1W9BM 1IJTA 2AAAA 1Q4NX 4B15A 4UQEA 2GUYA 3ARPA 3CU1B 1KXHA 4OKDA 1BFBA 4AZGA 3UG4A 5A6KA 1E4LA 4AWEA 2WMHA 2W63A 4H04A 2XFYA 4KEKA 1KQYA 1M01A 2DSWA 4HMCA 2XIIA 1C92A 4H41A 4BQ3A 1J0SA 1P63A 3N0KA 4V2XA 1DFCA 1DZCA 2FGZA 4TUFA 3FXYA 4TLPA 2IXVA 3FJKA 2PWDA 1QI2A 2O9PA 3PZQA 1KR0A 2PWHA 4HU8A 2XVKA 2YL9A 1UOKA 3OBTA 1E55A 2E9BA 2WANA 1CGYA 4AZHA 1W3GA 2GDUA 4A7KA 3KL5A 3EDJA 1GOMA 2K8RA 1CENA 3VNYA 2EPNA 21BIA 4LO0A 3ALFA 4MTVA 1M16A 5CGTA 5FZZA 1CXFA 1JD7A 1W9DM 1BPLB 3KEHA 4HU0A 5ABFB 3IK2A 1BYCA 2PF0A 1XH2A 4USPA 4Y7EA 1YQ2A 3G6MA 4ZFYB 1WZKA 4BZYA 2CYGA 2BY3A 2XPKA 2E0PA 2J7HA 1GQKA 2D2OA 3TONA 4Z9WB 1VFFA 3O6AA 3RILA 4U33A 4B9YA 2J8GA 5JIWA 1GOOA 1G94A 1V6XA 2WBGA 4D6CA 1DQOA 2LIQA 3L4TA 3O4CA 2WB5A 5GAQA 3BMWA 3WNMA 4GQRA 1JQZA 1JT3A 1E3XA 2VU9A 1B30A 1PIGA 2Y2WA 2ZUMA 3WUBA 3CA1A 3K1XA 2W67A 3TOPA 4B3KA 1J0KA 1Q6DA 2VURA 1L2HA 3CMGA 1E3ZA 2AQZA 2F61A 1CDGA 1VCLA 4X3AA 1BGAA 4RL3A 3ZX7A 3OGRA 3CMJA 3ARTA 3OLEA 1VENA 4L4PA 3OG2A 1UD5A 3AIRA 2HW9A 2JE8A 4MJ4A 1PBGA 4HMEA 4MJ2A 3WD2A 1GQJA 1H4PA 4UOJA 3BA4A 1HJSA 1X6LA 4PC4A 1S0FA 4J3SA 4F9DA 3MSGA 3VDBA 4QBCA 3POCA 3VGEA 3FJ8A 1SFSA 4I96A 3MUZ1 3T8SA 1J0ZA 3GBEA 1CGWA 3WH7A 1ZBWA 2C7FA 4ZA3B 4D6FA 4P7LA 3WDJA 1XC6A 1T9FA 4X38A 3WQ6A 2WW5A 2MIBA 2YL6A 2BY0A 3HMYA 3OLGA 3WDRA 1CE7B 1W3JA 3WBEA 1VEMA 1H09A 1IT0A 2PWEA 3WFLA 2WZIA 1ZJAA 2DPEA 1FH7A 5I79A 3PZMA 1A8DA 6CGTA 5LA2A 5D8ZA 2Y8KA 4UFKA 1OQLB 3VIPA 3H6QA 3A4XA 4IY9A 7I1BA 1UR4A 3GDBA 5E0FA 2ZE0A 2VC9A 4W7VA 3RDKA 2UY4A 4GPNA 2VRQA 2Y9FA 2ET2A 4EB2B 3CZGA 3SCNA 1JZ7A 3WEZA 3WMSA 3UG3A 4HJJA 1PIFA 2JIEA 3NYDA 3PZGA 2BXYA 2NSXA 5BROA 1UH3A 4LO8B 4Z2GA 1Y7VA 4ZEPA 4H8HA 3ZR6A 4UFIA 3AISA 5E70A 2CCRA 2VRJA 4WF7A 4PCTA 1GQIA 5D61A 4BQ2A 4MAZA 4UZSA 3T08A 4DM1A 5AYBA 1RY7A 1II4A 1NWRA 1UUQA 2FHBA 3GXIA 7A3HA 1HVQA 2DIJA 3ARYA 2J7BA 2PI6A 1QI3A 4IONA 1CTNA 5HPZA 3A21A 2GDVA 3NBEA 3AMDA 1BYDA 1YBIA 1X1NA 2D24A 1GHSA 1JXJA 3WDIA 4AXNA 3ARXA 4AZCA 4J3WA 1LF1A 3G6LA 3AMLA 3UERA 1KXQA 3BMVA 4C90A 4LGXA 4BS0A 3CRIA 2JFEX 1V6VA 2UY3A 2QF8A 2E9LA 1W1TA 1V3JA 3PZVA 3UR8A 4HZ8A 3PZTA 3WDHA 2VTFA 4D0ZA 3AZSA 1UPSA 3CAHA 1FV3A 1CXKA 1JDCA 2PB1A 3DYPA 1KGXA 1RG8A 4P7OA 2DSKA 2BVDA 3T2PA 2A3BA 3C9ZA 4KRTA 3APGA 2MC2A 1ZB5A 4P7QA 2ZWYA 2YUGA 4ZKTB 1OINA 3AKGA 1GZJA 3U57A 2XVNA 3BAUA 1BFCA 1P6WA 3P6IA 4FGFA 1UWRA 3WF4A 1F4AA 4KGLA 5FD0A 3AS2A 5DO8A 2WKGA 4V28A 4MB4A 3VIJA 5DUYA 1W9UA 3PZUA 5A8PA 4L4IA 2P39A 4NI3A 3L4VA 4DUXA 1DQGA 1V0NA 2DH3A 3NSNA 3UJ4A 2WZHA 3EMZA 4I4XA 1LLOA 1I1EA 4MB1A 5HBFA 2V5CA 2V38A 4GI6A 4AISA 4PMDA 2NTDA 3WNPA 4AY1A 3TTQA 5BP5A 2BXZA 4I4RA 1G01A 1TA3B 3N11A 1XV8A 3QOKA 4ZE5A 3LPPA 3OLIA 1VBUA 3T0AA 1H3GA 1UWIA 3V0BB 3VDHA 4J3UA 1GGPB 3EMQA 4TTUA 4PTXA 4D6EA 1G5AA 1SYTA 3GNPA 3S8KA 1MW2A 3U7VA 4WIWA 1VEPA 5I6SA 1FP9A 1UR0A 1SMAA 3BC9A 4M81A 2CEQA 1TZ7A 3IJ8A 2ZUVA 4JCLA 1HKMA 1VJZA 3SCQA 4QCEA 2WMIA 1TE1A 1WDRA 2VO5A 1K9DA 4U2YA 2BHUA 4W7UA 4URIA 2Z49A 5E9AA 1FV2A 3RJYA 1PX4A 3K8MA 2Y9WC 2YDQA 2VNCA 4J28A 2WZEA 1ISXA 1C93A 2QMJA 3LPGA 4DUVA 3CHFA 1FP8A 1RP9A 3AQUA 2G3MA 5CZKA 4HP5A 4OEEA 4G1RA 5DT7A 1JZ4A 3EBVA 3V0AB 1E71M 1WO2A 3W53A 2QPUA 1MXDA 4UFJA 4QALA 3PZIA 5G00A 1J0IA 2D22A 2FFVA 1W32A 4PMRA 4AD4A 4I4SA 4TVCA 3ILAA 2FFUA 2QPSA 4W5UA 3U5UA 1XZZA 4GQQA 1E0OA 2Y5EA 1E4IA 3GXFA 5E0CA 1DJSB 3VVGA 1AVAA 3FUOA 2J79A 2Z1SA 4QLJA 4EANA 2XIBA 4CD6A 1G9BA 2OLHA 4LX4A 3AMGA 3B8SA 4B16A 4UOQA 4TOQA 3WDPP 3UR7A 1MC9A 1GOIA 3HBWA 1FN0A 4KBBA 4CN4A 1GVYA 3FGMA 4G6JA 1DTUA 1QNQA 3BAYA 5BCAA 4DWSB 4P0KA 3KL3A 3N15A 4M1RA 4YPJA 2QHAA 1BLIA 4W84A 1TMQA 3R4SA 2VR4A 2OSYA 4XUYA 4XZBA 3VUOA 1BQCA 2DT1A 1ISWA 2UWFA 1KNMA 1LL6A 1DWAM 4A7YA 1E6XM 3SIMA 4MDPA 5EB8A 1Q03A 4G9MA 1Q6EA 1JG9A 3BCDA 3KL0A 1R86A 3K1DA 3SURA 1EA9C 3MALA 2W66A 3OBAA 4AZ5A 4IISA 2B31A 3GXMA 3I3DA 1JT5A 2GVYA 9ILBA 3WENA 2ZQNA 2D7IA 1B3ZA 1M2TB 3CRGA 3I2XA 1RMLA 2GJXA 1E1FA 1GHRA 3N13A 1ODZA 1HT6A 5BRPA 1UHVA 4KEJA 4P0LA 4HZ7A 1HKNA 4N42A 4UQCA 2A3CA 2A3HA 2VVSA 2BFHA 4BF7A 1SR0A 5FKYA 3VM7A 5IHRA 2ZUWA 4WSKA 1JD9A 1R8NA 5FL0A 4USOA 4MB5A 1BHGA 2Z48A 3AXHA 4JKMA 1HVXA 2WWCA 3VMPA 4PTVA 4JKKA 2G41A 5BRQA 4D8HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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