5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
4RL3A 5CQ1A 3ZM8A 1Q6EA 2W66A 2EJ1A 2DSUA 2OYKA 1YF8B 3NDYA 1BGGA 4PMQA 3L4ZA 3O4BA 3OZPA 5ABHA 1M03A 41BIA 3WMSA 3NBEA 1HP4A 1DWHM 3UERA 3AIUA 9CGTA 5BYWA 1UKOA 3W0KA 5A2AA 4ISRA 1S0LA 1KCLA 3MU7A 1OSEA 1J0HA 3KWXA 4HOXA 3WF1A 1EHAA 1RP8A 3WNOA 4H9WA 3VD3A 3WQVA 1WDSA 1OCQA 3ZJ7A 1UA3A 3T2OA 3UEQA 4PMZA 3POCA 1BASA 1XD0A 3O3QA 3ZOAA 4PMUA 3OGVA 5A6MA 2OWCA 3W29A 3SUWA 3VGFA 3VILA 1FWUA 2FHCA 4KH2A 3EMQA 5GNXA 3QR5A 3T8SA 2F61A 3WF4A 3MUZ1 1E70M 1E5NA 2ESUA 1TVNA 3MPPG 1W9XA 5JBEA 1G82A 1GVIA 4U31A 4AC1X 2WVVB 2AAAA 2YUGA 4LO1C 1EO5A 1B3VA 3HMCA 2OWWA 3SIMA 2YL8A 4D6IA 4MADA 1Q6DA 5M3WA 2VVSA 4DCKC 5LA2A 4J7RA 1S0EA 2D24A 3UJ4A 4AD3A 1HJUA 3EDFA 5A1AA 2XPKA 3QGVA 2J74A 4D71A 1V02A 3MS8A 4CD6A 3MALA 3PTQA 2Q3NB 4HPGA 3THDA 4M24A 2XWDA 1CNVA 1CIUA 1JXJA 1EGZA 3VT0A 1NOWA 1W3GA 1E0OA 4R6UB 3AIWA 1HNYA 3CGTA 4NZCA 4DWSD 3NBDA 3FJFA 4W7WA 2CXGA 3WD0A 4FVVA 3VD9A 1XSKA 3CUFA 3BRFA 1EO7A 1E6QM 1S0DA 3UJ0A 1JFHA 2WZEA 3CQAA 4ZOTA 1HT6A 2OSXA 4CCDA 3O6AA 1E6PA 4EB2B 3VPLA 3RM4A 3S8KA 2E9MA 4UTFA 4Z2LA 4UNIA 1PWAA 3I3EA 4H04A 1DQOA 3IK2A 4HTYA 2E4TA 1BLIA 4R5EA 4M56A 8I1BA 3H6RB 4X9YA 4DWSC 1JI1A 1V3MA 1HJSA 1JNEA 1ABRB 1UD5A 5B2HA 3AIQA 1NUNA 1VRXA 1BA7A 5JLVA 1NQ6A 4GI9A 2YL6A 5CSYA 3VIHA 1PZ2A 2F2HA 2D23A 1O6IA 4E4PA 5A2BA 3I2XA 1W2PA 2W5FA 4AD0A 4GI8A 1IRAX 2WHJA 4Y7EA 1WZLA 3SCOA 2DREA 3APGA 5D9PA 4PRWA 4OWJA 3I29B 2JE8A 4PBGA 3ARZA 5HPCA 2GDVA 1C90A 2PBGA 5I78A 3VD5A 2E4MA 3ZQ9A 2DSWA 4H2CA 1AVXB 4L4PA 4D8HA 4I3NA 3I2AA 4AZGA 3P6IA 3V79C 1IJTA 2YKKA 2J7BA 1EXPA 3B9EA 3W26A 3WEOA 5FNWA 3OJ2A 5LA0A 3VGEA 1FOBA 3PZVA 4FF5A 5CXPA 5EHAA 2IXVA 3GBDA 3U7VA 1CGTA 3EYPA 1ZBKA 4GP0A 1Q6FA 2ZXDA 3RJYA 3BAGA 1SR0A 4J3XA 2ZWZA 1I75A 2CYGA 4C7DA 4G6JA 2W4XA 4L4HA 2EPMX 3L4VA 4HOWA 1US2A 4J2XA 1S0GA 1UHVA 3SCVA 1OD0A 1HL8A 1CEOA 1X6NA 3A47A 4W85A 4D6GA 3OJVA 3SCNA 3IJ8A 1WO2A 2VTFA 2WMIA 3D3AA 3HJEA 5FL1A 3WNLA 2Y9GA 3HSMA 3WL1A 4D1JA 3FJAA 4H41A 2JIWA 2IWTB 1E15A 1A47A 1U30A 1H41A 4UFMA 4GQQA 3SCWA 2ERMA 4BQ3A 2G3JA 4JKKA 2BEBA 3AZTA 3ARPA 3VDBA 2DRZA 2QPUA 2RGMA 3AZRA 3GXDA 4PMDA 3LLPA 4ZXLA 3OGRA 1V6XA 3ARYA 5GPRA 4JFUA 4JCLA 4QD2C 2V3FA 2VR4A 4PTMA 1QI2A 1J12A 1KGWA 2J7CA 4BQ2A 4B9YA 4KGLA 5CLWA 4XZWA 3CRHA 1KQZA 4W84A 4HZ7A 2D3NA 1QNSA 5CZKA 4TX8A 3RTJB 3DYPA 4CVUA 2VRKA 3A3HA 3WFLA 3WDJA 2WLZA 5BCAA 2GSJA 5M5DA 3CTTA 2DT1A 1ECEA 1CGVA 3WNNA 3DC0A 2ZUUA 3N17A 3CAHA 5I3DA 1ISVA 1W3LA 4CU8A 1J10A 2GVYA 1RG8A 5EC5A 1CBGA 3AROA 2ZX9A 3U5YA 1XHBA 3W4RA 2O92A 2OWXA 1M16A 2VCAA 4PSRA 5D9OA 1DWFM 1B31A 2X0HA 21BIA 3AKFA 3WIJA 5CPTA 1YHTA 1XD1A 3FN9A 3VIFA 1F4HA 1TZ7A 1GQJA 2IHOA 1MQPA 3CPUA 4J3UA 1KFWA 1KWGA 1LF1A 3P6JA 3SCUA 4JAWA 2MIBA 4LO2C 1PUMB 4EKJA 5I6SA 3ZJ8A 5A8NA 3CZGA 1JQZA 2Y8VA 2BFHA 4H8VA 2IXUA 1QNQA 2EPKX 2DT3A 4I37A 1PBGA 4P8XA 1J0SA 1PX4A 2DH3A 3FY1A 1UQZA 3THCA 5CGTA 2XFRA 2ZUWA 4QC4A 1M2TB 5BXSA 3FJEA 2A3AA 4ZKTB 1CVSA 2WZIA 3CMGA 3CUGA 5DZUA 1CXLA 4OIFA 3T2QA 1JI2A 2D20A 3WF0A 2NYYA 3KE0A 3ARRA 5LYRA 2J75A 1C7SA 2YJQA 4W8LA 2YL5A 1E4IA 2VC9A 3N7LA 3FHAA 2ZUSA 3WL0A 4AXNA 2JF7A 3CIVA 1WDPA 4HU8A 1QOXA 1LWHA 1AMYA 3WBAA 3CUIA 4F83A 4WF7A 2V3GA 2BY3A 4PYSA 2BHYA 2BY1A 4AY1A 3R4SA 4F66A 1FH9A 4QO3A 2WHLA 4AZIA 3D7WB 5DT7A 1DFQA 4F9JA 4CVWA 3PZIA 1MFUA 1HJWA 4TTGA 2XSAA 3EMZA 5BXPA 2EEXA 5BVPI 3FJIA 1H49A 1EH9A 1P6WA 4DM2A 3WNKA 3FHQA 3FAWA 1IZKA 1WD3A 1CXIA 4QLKA 2Y8KA 2V5CA 1MD6A 2JF6A 3PN8A 1V02E 1B90A 1QI5A 4ZE5A 1LL4A 3CZLA 1JT7A 4N42A 3HN1A 2VVNA 1GOIA 3G6LA 4ZFMA 5D62A 2XM1A 4TXEA 2FFVA 2ZUTA 4D72A 4D6DA 3M07A 1UR8A 2W61A 3IJ9A 2CERA 1ZJBA 4I4PA 1MXGA 1OT2A 3ZIZA 1V3KA 4CGTA 4AZ6A 2PWDA 2K43A 2GDUA 2WXDM 4MAZA 3FJ9A 1NOUA 1ODZA 1SMDA 2QPSA 1N82A 2YBUA 1UUQA 2VXTI 1DWIM 3W25A 1GQIA 1H11A 1ITCA 5DMYA 1ZBVA 5IFPA 2ZOXA 2WMIB 1BQCA 4D1IA 3T09A 4IZXA 3PTKA 3IAGC 2MANA 2RQ9A 3BAXA 31BIA 1JYVA 1FV2A 4J27A 1AQMA 4KRTA 2WAGA 5A6JA 2NZ9A 2BXYA 4DEPA 2Y2WA 3A22A 2J47A 3JUTA 1A8DA 2BNJA 1II4A 1HCEA 1QVBA 4J3WA 4PMRA 1J18A 3CMJA 4A7KA 1L2HA 1TWEA 1Q4NX 3M46A 2Z1KA 4GIAA 3SURA 4QKRA 3L2MA 7A3HA 4JRAA 3CHFA 3BA7A 3PBGA 1CZ1A 3GH5A 2VZOA 1UH2A 1QBBA 2UY3A 1VENA 1WZAA 2VI0A 3RM8A 3KZSA 1FHDA 1E6SM 1BYCA 2XGBA 5FNXA 5GNYA 4ACYA 4I6IA 2WWDA 1KXHA 2X1IA 1Q04A 3IM5A 4OW4A 3UG3A 3ZJ6A 1D0HA 2V3EA 4BA0A 1B30A 3GXIA 3BAHA 1QW9A 3N1AA 1FP9A 3TTYA 3TONA 2E8ZA 1QBAA 4A3YA 1RZOB 1W1VA 1BGAA 3CA3A 2QN4A 3AS1A 3PZQA 5FZZA 3N7KA 1E71M 2XG9A 3WDIA 3N13A 3PZOA 2OYMA 1K9TA 3AXHA 1UR4A 4WKAA 3K1DA 3AHYA 3AI0A 3K8KA 4TVDA 1G9AA 4IUGA 3AZVA 1MYRA 3KL0A 2UY2A 4HP5A 4GAIA 2WNWA 1HX0A 1VEMA 4IPLA 5E09A 2FDBM 2WM0A 3Q7WA 3L2LA 3VSFA 2VX4A 3N12A 2PF0A 2F8XC 4GZEA 3WNMA 5A6AA 2UUSA 3AMDA 3VEQA 4QBVA 1HJQA 2XSBA 3WQ5A 1W2VA 4LO2A 3TTSA 2E40A 4ZBVB 1MWOA 5E9AA 3UR8A 6I1BA 1JLXA 3O49A 1Q6GA 1QI3A 1GOWA 3FJ8A 1C93A 3WEZA 3WENA 4QAWA 1BFCA 4ZE4A 3PZNA 5BP5C 2M49A 1F4AA 1E72M 1GNXA 1PX3A 3BAQA 4FMVA 1PUUB 4Q91A 2GJRA 2G41A 2BVTA 4DM1A 2QF8A 1PIFA 2DT0A 3BC9A 5BXRA 1FWVA 2VRJA 4FLSA 3WD4A 3D5HA 4Z8SB 1UD2A 4A7ZA 1W9VA 2VX6A 2WCGA 3HU7A 3S6TA 2WYSA 2DGAA 1DEDA 3BSHA 2ZX7A 1E56A 4WSKA 1W3JA 1LWJA 2Y9XE 1HWPB 3WH9A 4YPJA 4GQRA 3Q7XA 1DZCA 2DEPA 4AD1A 4BCEA 4DWSB 4W89A 1UWSA 3WY1A 4LO7C 4H7VA 1MC9A 1BF2A 4BQ5A 5FCZA 2XFYA 4IYBA 3CH9A 3OZOA 4UQBA 4QALA 2WMGA 1TTUA 4EAMA 4JIEA 2VL4A 1OB0A 2DS0A 1GUVA 3VSZA 5DSSB 1AVWB 1Q1UA 3WUGA 2X8RA 4RE4A 1BYAA 3GXFA 2WMJA 1NARA 3ARTA 4K68A 3E1F1 3U5UA 1YTOA 1GOMA 2XGIA 4MNJA 4I4QA 1GW1A 5ABFA 1AVUA 3UG4A 2D43A 1J0KA 3O4CA 1QQKA 3QHMA 3AKHA 4IM4A 1E9LA 1WE5A 5D61A 1G9HA 5DVHA 1XSIA 3L4UA 3WUBA 1KWKA 2PWGA 3AKGA 1OINA 4LYPA 1V6WA 3BMWA 3RILA 1ZL1A 1OQLB 4Z2HA 1UD6A 3NBCA 1JZ4A 1DZDA 1DQGA 1OIMA 1W9BM 7TAAA 4LO8B 1LG1A 1PJ9A 3OBRA 3GBEA 1I1EA 3WN6A 2GJPA 4BZYA 3VDHA 3LTQA 1ZB5A 3BB2A 4I8MA 4DUWA 4F34A 4UCFA 3POHA 1J9YA 4AIOA 2Z1SA 3OLEA 4I1BA 2ESCA 3GM8A 3SCTA 1HKIA 3VIPA 3AZWA 2J7EA 1CGUA 1V0NA 2YA2A 4FLRA 3UR7A 1BSIA 1R8NA 4JKLA 1LG2A 4MB3A 2AMGA 2ZQNA 4HMCA 5BWFA 4FGFA 1MXDA 1XYZA 3K46A 3AHZA 3VUOA 2CEQA 3AMCA 4PEEA 5HPZA 1ILR1 2J7GA 1JL8A 2YA1A 2VJXA 3UD8A 3NJ3A 2VRQA 4CN1A 4S3KA 6A3HA 3PZTA 4JHZA 4QD2B 1BFFA 4PTVA 4RE3A 4JFSA 4W5UA 1E43A 1BARA 2NW0A 4U3CA 3SCRA 3SUUA 3NDZA 2C8NA 2BY0A 4MB1A 1NM9A 2QYIB 1JT5A 2ZX5A 1VFOA 1RP9A 3KL5A 1PZ3A 1EPWA 3NCOA 3MMDA 4TUFA 2LIEA 1BG9A 1TOOA 4PSPA 1GQKA 3V0BA 1UA7A 3EDEA 3ZX7A 5BRQA 3VD4A 1HIBA 4MDPA 2JEPA 1OGSA 1TWMA 5GQBA 1GJWA 1MW0A 4TOQA 3GDBA 1E1FA 2VT0A 4UQDA 1VEPA 3AMLA 1GGPB 3L4WA 2YA0A 2VXRA 2WANA 2VU9A 5AYIA 4OWLA 1NP2A 3AH2A 2VUAA 3PHAA 2WMHA 3WEMA 5EB8A 5HNNA 3ZR5A 3L4YA 3NUKA 1EDGA 2JFEX 1GVYA 3CZKA 1FMMS 5HPOA 1YBIA 1EOMA 1JAKA 2ZUVA 1ITXA 3A6OA 4J28A 4WKHA 2E9BA 4UQAA 1N4KA 3F62B 1J0YA 2YDQA 3N15A 1WDRA 2WPGA 1JIBA 1JZ2A 3MMWA 1KR0A 4IONA 1CXKA 2DSKA 3FFZA 4HJJA 2CKSA 4D6FA 1C7TA 4ISQA 3ZJKA 4UQEA 1R8LA 5D4YA 3W6MA 3POKA 1CLVA 3O2LA 4ZA3B 3IANA 4I4SA 2XWEA 3UG5A 2MLLB 3ZMRA 2HVMA 3RM9A 1FMZA 4ATWA 3HN3A 3B9AA 5BP5A 1XYFA 1E4LA 3OLIA 5EFDA 1NZKA 1HJVA 3U57A 2A3HA 4QLLA 3PUBA 4X39A 3WQ6A 5A8QA 2G8ZA 3VOCA 1BYBA 3FJKA 4OOUA 3WDQA 2WCSA 1XG6A 1B3ZA 2BHZA 1VJZA 1CWYA 1B0IA 1K9DA 1SFSA 4EKXB 1B3WA 1CE7B 3WKZA 4W5ZA 1EV2A 2CHOA 4W7UA 3WMCA 1M04A 4FK9A 3O4OA 4EFRA 3AMGA 1YXWA 3VGHA 3ZT7A 1JT3A 4OEGA 1JAEA 3VIIA 4CN6A 5JUVA 2YDRA 4N0RA 3ALFA 1EVTA 3AJ7A 1E0VA 1HWNB 2NTDA 4L4OA 1QNOA 5F90A 4GO9A 2WC7A 3VM7A 1KNMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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