5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
1U2YA 1WZLA 5BXRA 2YBTA 3UDAA 4W84A 2VI0A 1JZ5A 3CRGA 1AFCA 1WKYA 2GZBA 4LPCA 3T0DA 4IHZA 1KGWA 4CD5A 4CCCA 3BAJA 4GPNA 1J9YA 3FJBA 3DYOA 1V3JA 4HA1A 4PMDA 3VDBA 4LO1C 2BV9A 1JY0A 3VNZA 1M04A 3O2LA 4I4PA 1CBGA 3PG0A 1CYGA 4D1IA 1AVWB 4P8VA 4AEFA 1BLDA 4ATWA 2YL5A 1K5UA 4ZFYB 3MUIA 4UQBA 1KXTA 1E0WA 3BRDA 3N9KA 3VD3A 1TG7A 2ZX7A 3H6RA 1KCLA 1R7AA 4Z2IA 4J27A 2KI6B 3SCTA 1GQKA 3GH4A 1GNXA 4X3AA 3VUOA 3UEQA 1UHVA 4A4AA 4BS0A 5BXTA 3SCSA 4CU8A 1XRVA 1JT5A 2ZXBA 3VMPA 2WMGA 4M56A 4OOUA 2O9RA 1C7SA 5D63A 4PMQA 1NOUA 5EFDA 4Z2JA 1CXHA 1JZ4A 3VGGA 3IJ8A 2DSVA 1W3AA 3BAUA 3MV01 4YN5A 1R7OA 3VIGA 4W5UA 4PMZA 4B3KA 1LQ0A 1HKKA 1OM0A 2ZUTA 4Q7NA 1EPWA 2O9TA 4UNIA 4F79A 1HKNA 2OLHA 4UQCA 3UD8A 3LLPA 2WM0A 1BFBA 3WDJA 2G4FA 3FN9A 1JDAA 2D3LA 3NBNA 1LWJA 5E0FA 4Z9WB 3F5LA 1UR8A 2M49A 4QP0A 1HVQA 3O3QA 1CENA 4DUXA 3HN3A 3OGSA 1OIFA 3NCOA 2W61A 4ACZA 3WDQA 4C90A 1IZJA 3MUZ1 2RSTA 2GK1B 4P7RA 1F4AA 1UR2A 1V0NA 2E0PA 4AIOA 4EE9A 1TA3A 3GM8A 4IQPA 4GQQA 4LO7C 1ZU8A 3VMNA 3IAQA 1BFFA 1WBCA 1E0OA 4N42A 3AIRA 1JT3A 5A6BA 1EO5A 1HJSA 1DP0A 5D9MA 5FL0A 1V6YA 3LPGA 4LO3A 3CZKA 1L8NA 3NJ3A 4NRRA 4DUWA 1UWIA 1BFGA 4KGJA 4GQRA 4LYRA 3PMEA 4MB4A 1OSEA 1A47A 4BF7A 4AZCB 3RIKA 1HWMB 1NOFA 1EA9C 4P0KA 4JFUA 2RGMA 3AH4A 3U5UA 2WMIB 4MAVA 1UD5A 1XH0A 1MC9A 2FDBM 1XHBA 1QNPA 4U3AA 1H49A 4UQEA 2BHZA 5ABGA 3MUAA 1W3KA 1BFCA 3SUWA 3ZO9A 1ZJAA 5A6BD 2EPNA 3ARPA 4PN2A 3KMVA 1WAWA 2VR5A 1NH6A 2ZUVA 1M01A 1B30A 3WO3A 2WBKA 3BCFA 2VMFA 1TVNA 5E6YA 2WLZA 1S0CA 1QHOA 3I3DA 2OSXA 1N4KA 2DT3A 1B3WA 4J2KA 8I1BA 2WZIA 1H1NA 3IJ9A 1W9VA 1XSJA 3VIMA 3D5HA 4CUCA 3ZX7A 5JLVA 1GONA 3PUBA 4EFRA 1TUXA 4C7FA 2X2TA 4AZ6A 1BAGA 4HTYA 2J79A 3WNNA 2YA2A 5A2BA 1E9LA 1U33A 2DSWA 4W86A 4RL3A 1OBAA 2VC9A 2TAAA 3T2OA 3ZOAA 5CSUA 4UOZA 4MJ4A 2W67A 3O4DA 1E6RA 3CUGA 4HU8A 1HKJA 4X38A 3OGRA 4L4PA 3FY1A 2ZX9A 1GQJA 2ZUUA 2Y9GA 2V3GA 4TTUA 3BTAA 3H6QA 5CGTA 4BZYA 3GZAA 4HZ7A 5F8YA 3CHDA 3CH9A 2A3AA 3VO0A 3P53A 1S46A 2W4XA 3BADA 1Q6GA 4LX4A 4I4OA 4OKDA 2A3CA 2ZUNA 3ARUA 1UZ4A 3KWXA 2VCBA 3HJEA 4HA2A 3FXYA 4PSPA 3VGDA 1LLOA 3DECA 4V28A 1US2A 2ZX5A 3KEHA 4TVUA 4B15A 5BVPI 1H3GA 1ILR1 2ZE0A 3AKFA 3P6IA 1PX4A 1JLYA 4OW4A 2EPKX 1GJUA 4E8CA 5FZUA 3BC9A 5AC4A 4A7KA 4WJXA 4UZUA 1QOXA 4GOYA 1RG8A 2CKSA 4D71A 3BH4A 1HL9A 9ILBA 5EMYA 4AD4A 1UH3A 3II1A 1W9XA 3BA7A 4EFQA 3BAGA 3S6TA 1PEZA 4K68A 1GOQA 3FAXA 3SCVA 3K4AA 4PUDA 3SUUA 1Q4NX 1MWOA 5D4YA 4P7LA 31BIA 2WVVB 1AQHA 1KXQA 1R86A 1E40A 1NWUA 1HKMA 1GUVA 2GSJA 4H8VA 3SCQA 3TTQA 3O5WB 3L4TA 4BCEA 3BMVA 2OWWA 4CKQA 1O7AA 1XH1A 4RE3A 1W9PA 1BYCA 1QI5A 4R5EA 1CVSA 1QQKA 1T9FA 3ZT5A 3TONA 3FJEA 1DHKA 2AAIB 2LIEA 3JRRA 1WD3A 3PZMA 2WWDA 4CVUA 4MDOA 3AOFA 4D72A 1OWQA 2XVGA 2NP0A 3VINA 3UJ4A 1JI2A 2HW9A 2VUAA 1BYDA 2Z1KA 5FZZA 3SUTA 1HJXA 1IHKA 4D1JA 4F66A 2HWAA 2CXGA 4LXFA 2VZTA 2PWEA 3PHAA 3AXHA 1Q6DA 3WNKA 5E9AA 1DWIM 2DPEA 4E4PA 2PC8A 3VD9A 1AF9A 3GNPA 3RJYA 2X2YA 3GNOA 3MMDA 5KZ6A 3ZJKA 4H8UA 3GH7A 1YYNA 2FFUA 3V0BB 2BY3A 4X39A 3U5YA 5E70A 3BSHA 3CQAA 3OBTA 2Z49A 3PTMA 1B0IA 1EO7A 1XSKA 3IK2A 3FHAA 5A2AA 1HP5A 2E40A 4C7DA 2BEBA 2HWMA 5FCZA 4NRSA 3UETA 3AHVA 3CZ8A 4EK7A 3O4BA 3AHXA 4UQ9A 5CZKA 1LL7A 3CRHA 5ABFB 3ZT6A 1T4QA 1PUUB 4CCDA 21BIA 1JZ2A 1BYAA 4XFUA 4KEJA 3VSFA 3PZNA 3CHCA 4AZGA 3ZQ9A 2XYLA 2D3NA 1DQOA 4ML4A 3WF4A 4UZSA 4BQ2A 5CPTA 5TD4A 1QBAA 1GVYA 1S0BA 3AJ7A 1G9AA 3A07A 2VLCA 1ZBVA 2BHYA 3IM7A 2VX5A 3OJ2A 1SFSA 2GDVA 3ARWA 4KEKA 1CGVA 2WKLA 1W3FA 4ZXLA 3W37A 3VIHA 3W81A 5M3WA 2A3EA 1XZZA 4QBCA 5A6JA 2FDMA 3NSNA 4CD7A 4I4QA 1N82A 4LO2C 2Y4SA 2XFYA 3AZRA 4I4UA 3PZIA 4J7RA 1TP0A 4F83A 4USPA 2EQDA 2Z48A 2F61A 4BA0A 2YA0A 1K9FA 2WCGA 2PI6A 1UH4A 3ALGA 1CGYA 3BRFA 4D6HA 1G0CA 3OGFA 1V3IA 1BGAA 5A95A 4OWJA 1EOMA 1LJYA 3ZSTA 4EB2B 1QHZA 1FOBA 2NT0A 4URIA 3WDHA 1DJSB 1HJUA 4GOVA 2VZVA 4DM1A 1E15A 2GK1A 4KWUA 2Y2WA 3R4UA 1NUNA 2J78A 1R87A 2VO5A 3CZGA 3K46A 1HCEA 3IIRA 1QW9A 4M8UA 1UPSA 1UA3A 3ECQA 3W24A 4ZFWB 1JZ8A 1C7TA 1JXJA 1E4MM 4UOQA 4EKXB 1FH9A 2WMHA 3S2CA 4ATDA 4LO8B 6TAAA 2IUZA 4M29A 4G9MA 4P7NA 2AXMA 3AXXA 1GVIA 1ITBA 2PWFA 1CLVA 1E1EA 2XFRA 1DTUA 4F9JA 1MW0A 3AZSA 3RO8A 1UKTA 2E9MA 1QNOA 4W8LA 1MYRA 1NOWA 5D9OA 4FMVA 5HPCA 1OD0A 1W9DM 2CHOA 4U3CA 1VRXA 2J7HA 3M7SA 2UY3A 2C8NA 3QR3A 1R8LA 4X0NA 5DSSB 2UUSA 3TTYA 2WMIA 4I4YA 4JPZA 5CLWA 4UTFA 1JNEA 2QV4A 3TC2A 3MANA 4LO7B 1BLIA 2X0YA 4H8HA 2W66A 3U7BA 3AYSA 3A3HA 2NVHA 4I2SA 2J8GA 4BQ3A 1KWGA 4I3NA 1K9TA 2YBUA 3WO2A 1CDGA 3WF0A 4DWSD 4OUEA 5DZUA 1ISWA 3GDBA 4IUGA 1QW8A 4OIFA 5EBAA 1FQ9A 1XCWA 3L4WA 4UFMA 3CLWA 3TTOA 2XFFA 3WQVA 4EFPA 3BCDA 3B9DA 3UG4A 2QMJA 4J3TA 5CSYA 4QAWA 2X0HA 2PBGA 2EO7A 7A3HA 3FHQA 4PEEA 4PMYA 2XWEA 5JIPA 1C90A 4CN4A 1PZZA 5A8NA 3ZM8A 1NWTA 3WBEA 1GOWA 1K9DA 4M81A 3AMDA 3THCA 3I2XA 1GOOA 3VM5A 1GGPB 1A8DA 1H41A 5IHSA 3CRIA 2JF7A 3BLKA 2ERMA 3BX1C 1GQIA 2WHMA 1CE7B 1CLXA 1W9BM 4B9ZA 1FA2A 3CUFA 4FLOA 4OZOA 2ZICA 3RM4A 1LL6A 2EPOA 5D9NA 3BAQA 4HMEA 2XWDA 5DMYA 3WFLA 5G00A 3AISA 5D9PA 4I8MA 3K8MA 2IXVA 4LGXA 2HZ9A 4X0VA 4YOLA 1E0XA 3MALA 2D0GA 1WNOA 3L2MA 1IRPA 3PHZA 4JAWA 2XHYA 4OWLA 1SMDA 5BRQA 1BPLB 2E4MA 2VU9A 1FH7A 3OBAA 4J3UA 4CU6A 3WQ5A 3SCRA 3QGVA 1S0DA 4MADA 3BAVA 2WHLA 1MXDA 4DCKC 1VBRA 5CPQA 3W38A 3HU7A 1CTNA 1ODZA 2IHOA 1NP2A 1XG6A 1AQ0A 3FJIA 3VUPA 2WLYA 4I1EA 1M7XA 1DQGA 2WBCA 5A6SA 2WKGA 2JIEA 1GPFA 2PWHA 2CETA 2ZX8A 3JUTA 3A47A 1D0HA 3WH5A 4ZOTA 2E8YA 2W63A 1FP8A 5LA1A 3HMYA 4H04A 2G3IA 3RCNA 3WELA 4TTGA 5D61A 1LG1A 2OWCA 2Y5EA 4AMCA 1JD7A 4U2ZA 1EV2A 3FJAA 2CERA 2XIBA 1II4A 4QLKA 2YLLA 1PWAA 2WVVA 3F4VA 4MB3A 1GOKA 3SCUA 3QR5A 2JALA 2CCRA 2G8ZA 3FUQA 4GKLA 4F9DA 3WNPA 2QYIB 3EDFA 1GJWA 3VDCA 3LTQA 1OGGA 3RMXA 2PWGA 1BG4A 3K1XA 4IYBA 2WVTA 3POCA 2WVSA 2ZX6A 1W91A 1SR4A 1YBIA 3VGHA 2ZUMA 1VF8A 2I1BA 3EDDA 4AXNA 1KNMA 2VCCA 3PZGA 3A21A 1GCYA 5KEZA 5D8ZA 4LO3C 2Y9FA 4P8UA 2J77A 4WIWA 2UWFA 1JZ7A 1IZKA 2O92A 3WNMA 2KKIA 1JYXA 2D23A 5I23A 5EB8A 3Q7WA 1RD6A 3VGBA 4G6MA 3VKKA 1MFUA 3EBVA 3CTTA 3WUEA 2Y8KA 2CNCA 2XVLA 2VX6A 3JUGA 4EEEB 3SUVA 2O9PA 4FGFA 5DEZA 4UFHA 2PF0A 3FUOA 1NWSA 1C8QA 1X1NA 1JYNA 4PUEA 1RZOB 5HOSA 3V0BA 4HOWA 4AN6A 4R27A 1W1TA 3WMBA 3O49A 4MTVA 1P6WA 2YDQA 1E4NA 1JZ6A 2ZWZA 2WANA 3PTQA 4YPJA 5ABFA 1B3YA 4MNLA 4AY1A 1EQPA 4Z2HA 3ALFA 3MPPG 5D62A 2FHBA 2BY2A 5FNXA 3FJJA 4MAZA 4I6IA 3CBWA 3KL0A 4AW7A 5A8OA 3MS8A 3N1AA 4GP0A 2VOTA 3MMWA 3WD0A 1RP8A 1GZJA 4JIEA 2JEPA 4P7QA 1B3XA 3VT2A 2YUGA 3RMEA 1ZS2A 2ET2A 4P8WA 2DDXA 3WUBA 4A7YA 3IAPA 5A69A 5F90A 2BEAA 1XSIA 1VFUA 3RTIB 4W85A 1JYVA 5JUVA 1IT0A 1E72M 1EGZA 3IJ7A 3MSGA 3SCPA 2EEXA 1F31A 3KE0A 3WMVA 1VFFA 2YKKA 1X6LA 4GZJA 3UR7A 2XGIA 3BXWA 2BVDA 2K43A 3CA4A 2PBOA 1TZ7A 2ZXAA 1E4IA 2J75A 1BG9A 1QHPA 3QOMA 3FJCA 2GJXB 2XIIA 2VSAA 1J0YA 3UD9A 3WBAA 1FV2A 1ESWA 1GOIA 1JDCA 2WAGA 1OGSA 2QPSA 3CA6A 4W7VA 2KLLA 1KFWA 4I4XA 2YJQA 1EVTA 1BFNA 2E3ZA 3CA1A 3VIIA 1AQMA 2HISA 1W9UA 3NIYA 3O4CA 1QPKA 1DZCA 4IPLA 4I4SA 4JQ0A 4R6UB 1ONKB 3NDYA 5C71A 1SMAA 4W7WA 4CN6A 4D0TA 4ZFUB 3CUHA 1RMLA 2VTFA 4J3XA 2RQ9A 1KBBA 2Q9XA 2G41A 2WMJA 2BFHA 3OLDA 3Q7XA 5AYBA 5A6LA 1UWSA 3FAWA 2R9KB 1S0EA 4HP5A 4AYSA 4F8XA 1HJVA 4C91A 4JKXB 2RG9B 4DENA 3OBRA 1TVPA 2IXUA 4GO8A 4PRWA 1BGGA 1DZDA 4PTWA 1XD1A 3V0AB 2DH2A 1WBAA 2W5FA 1QXMA 1QI4A 1DLLA 3WQ8A 1DWJM 2X8RA 1W3HA 2KI4A 4AZHA 3EMQA 3A4AA 1AVAA 4TX6A 3AMCA 4AZBA 3N7JA 5A8QA 3ZR5A 3WH7A 1HXJA 4B9YA 3K8KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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