5BXP | Genus

Total Genus 237

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	237
sequence length	636
structure length	636
Chain Sequence	HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__08838742600144__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__08838742600144__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5BXP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__08838742600144__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"08838742600144","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5BXP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__08838742600144__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bifidobacterium bifidum jcm 1254
publication title	Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lacto-N-biosidase
total genus	237
structure length	636
sequence length	636
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date	2015-06-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF14200	RicinB_lectin_2	Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	5bxpA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5bxpA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5bxpA01

3U5UA 3DYMA 4JFUA 3ALGA 2BXZA 2CERA 5LA2A 4PMDA 4PUDA 4XZBA 2W92A 4I4QA 1JYVA 1GOKA 3MSDA 1MW1A 5F90A 1J10A 1JZ5A 3FY1A 3R4SA 4GOYA 4AD3A 4B3KA 5A8PA 3DYOA 4NSBA 1C7TA 3T08A 1JT7A 3A47A 4PBGA 2BY3A 1EVTA 3UJ0A 5CLWA 1WBCA 1Q6GA 3AXHA 1CECA 2YKKA 4PRWA 1QI0A 1AVAA 1BTCA 1E4IA 2D3LA 1W1YA 3AKGA 3W26A 4ATWA 1AVAC 4L4IA 3L4VA 1S0GA 2WSPA 1C91A 2GJXA 2HISA 3AFBA 3IAQA 2D1ZA 3BAKA 4GPNA 4YN5A 4D6EA 2J7FA 2E4TA 2VZVA 2YA2A 4P8WA 1FMZA 1VFFA 4A7ZA 1H11A 1KFWA 4ACZA 3CRGA 1BASA 1KBBA 4UFJA 4FLOA 4V2XA 3VDBA 1HJWA 1JYNA 5B2HA 3SURA 4UZUA 2J79A 1XZZA 3OBRA 3OLIA 2J8GA 2IWTB 1GQLA 3WA1A 1MVYA 3FJCA 3HJEA 3SCNA 3WD3A 2DT1A 4W8LA 1V0NA 2VQTA 3C9ZA 2NT0A 4PMZA 4Z8SB 1W9XA 2YA1A 2AFGA 2ZR1B 3L4XA 1S0EA 3F5KA 4HZ7A 4CCCA 4OUEA 2OWXA 2VR5A 3OGRA 4GI8A 1L8NA 1PX4A 3DHUA 3K8KA 4P0LA 4RE2A 2Y9GA 2XVGA 3A4AA 1T4QA 1JYWA 3UG3A 1DJSB 3WQVA 1G5AA 1PBGA 1PIFA 3ARRA 4EEEB 1J9YA 2PWHA 4XX6A 1D7FA 4PCTA 2D7IA 1Q03A 2WXDM 2ESCA 2E9BA 1US3A 2Y9FA 1KXHA 1QNPA 2ZUTA 3RSJA 2YBTA 3PG0A 2CPUA 3I3DA 2E8YA 2X2SA 1R8OA 3ARQA 2CBIA 5BXTA 2OWCA 3FJDA 1WP6A 3AZSA 2GK1B 4G6JA 1J0SA 2X09A 3CGTA 1XG6A 1HN1A 2J47A 3A07A 1HIZA 1B3VA 3ARVA 4OUJA 1TVNA 3BRDA 4EE9A 5A2CA 5JIPA 1PPIA 4JCMA 1HL9A 2C7FA 4F34A 2D23A 5BXSA 1JI1A 3FJIA 1X1NA 4LO7C 2X2TA 1JXKA 1H0IA 1BQCA 3WF4A 1H1NA 3WDRA 3V0BA 3NSMA 2O9TA 3FFZA 3PMEA 4DWSC 3OGSA 4XUYA 5GNZA 5FOOA 1FWVA 3IIRA 4JKMA 3OGFA 5CLTA 2VNCA 4PMQA 3CAHA 1WZKA 1XSIA 3FAXA 4WKAA 4QKRA 3AIQA 2DT2A 3O44A 4ACZB 6A3HA 1E6ZA 2VX4A 3WQ5A 4AZ5A 2WLZA 2JEPA 3EDFA 1LG2A 3EDJA 4LYQA 5GQBA 3WO4A 2KI4A 1WD4A 6I1BA 3ECQA 4D0TA 3M07A 3VMNA 1P63A 1UR0A 2V3GA 3WD1A 2O92A 4QD2C 5BXPA 4C91A 5BCAA 3VMPA 1BAGA 3WY1A 4Z2KA 1BFFA 3UG5A 5ABFB 5LYRA 4EFQA 4P0JA 3FXYA 3VTRA 4NI3A 2QPSA 3AIUA 2CBUA 1TZ7A 2BVDA 2BXYA 3GNRA 2VSAA 4EFPA 8I1BA 3UD9A 3OGVA 4D6JA 2YUGA 1ITXA 1KGXA 1EQPA 4CD7A 4L4OA 3TTSA 4J3TA 1LLOA 3VEQA 3VD4A 1ITBA 1XHBA 2HWMA 1W2VA 1CDGA 2AOSA 4Q9PA 1R86A 1V3JA 3JRRA 5E6YA 4GP3A 1HJUA 3POHA 2VT0A 5I5RA 5AC4A 3ZT6A 4IZEA 1NOFA 1NUNA 1NWTA 4M56A 2CEQA 3IJ9A 2WVSA 4AZGA 3K1XA 5F8YA 1U33A 3VIKA 2W91A 1KB3A 5EFDA 3JUTA 1GNXA 4P7RA 3VSFA 4BA0A 5CSUA 3BAGA 3Q7YA 31BIA 3O3QA 1ITCA 3MSGA 3N13A 2AQZA 1XH0A 2WMGA 4DEPA 3HU7A 1CE7B 3VNYA 3NUKA 4EKXB 1W2PA 1MYRA 1E6XM 1KR1A 4UTFA 3D5HA 1BYCA 4JPZA 2VRQA 4DWSB 7TAAA 3OLGA 1GHSA 3WMUA 1KQYA 2DH2A 2VU9A 3VD3A 2XFYA 2E3ZA 2WAGA 2DS0A 1J01A 1EYLA 2R9KB 5FIPA 1PC8B 1CENA 1ZU8A 3G6LA 1HWNB 4W88A 2DRZA 2PB1A 1E5NA 3M6DA 2A3CA 1B1YA 1IZJA 3OG2A 3UD8A 3B9UA 1H5VA 5GPRA 4LYRA 4HMCA 4WF7A 1J12A 5D9MA 3RM9A 3CZ8A 4ZGRB 3W6MA 3A23A 2NSXA 2DSKA 3BAOA 4LX4A 1E0WA 2XVNA 5EBAA 2ZXQA 3OGGA 2FFUA 1NQ6A 1VB9A 3VIHA 1BFNA 3PTMA 5AY7A 3F5LA 3NBCA 1DWGM 1QBAA 1WDPA 2EO7A 4W87A 3CA5A 5DZUA 3CO4A 1W1PA 2WW5A 4I4YA 3AS1A 1GW1A 4UQAA 1UKSA 1CGUA 3AKIA 1RMLA 1V3LA 4UFHA 4TTGA 4GQRA 3K4AA 4ZFYB 4I4XA 5DSSB 1IV8A 2FGZA 2Y24A 1G9CA 1SR4A 1E1EA 1H4PA 2YDRA 3FJHA 5D9PA 1HCDA 8A3HA 2VX6A 1HKNA 3BAQA 1TMQA 4N0RA 4JCLA 1UWRA 2IXUA 4N42A 3MUZ1 4OEEA 1CGVA 1WZAA 2J78A 2OSXA 4MTVA 3WBAA 1N4KA 1DZDA 2XOAA 3QOMA 1SZ6B 4B9YA 1QPKA 4F9JA 1JQZA 3ZSSA 4P7QA 4CU7A 2WC4A 2BHZA 5FKYA 1UHVA 2XSBA 4TVCA 4D6IA 1CGTA 1T9FA 3W37A 3BRGC 1M7XA 3VDCA 3O2LA 3WUEA 1FH9A 1DLLA 2VXTI 1E3ZA 2VRJA 3WEOA 3K8MA 5DMYA 1FQ9A 1YXWA 4E4PA 1WD3A 2ZUSA 2ZX6A 5A6MA 4QBVA 2X2YA 3PZTA 3VD7A 5A8OA 3IJ8A 2BHYA 4IUGA 3G6MA 2GJPA 3HN3A 4J3XA 3PZUA 1VENA 4GAFA 5E6ZA 4PMVA 1HP4A 5IDIA 4HMEA 3CHDA 1FMMS 2RG9B 2QMKA 3ARTA 4QDMA 1PZZA 2UWFA 4Q7NA 3WO2A 2XFRA 1JT4A 1Y7VA 1E4NA 4UNIA 4X9YA 1WO2A 2WHKA 4AWEA 2PWFA 3WENA 3LPGA 2XYLA 1JFHA 2VL4A 4DCKC 1UH2A 3WNKA 4ATDA 3ARPA 5HXMA 2VZOA 1ZS2A 4W7UA 3UJ4A 2BFHA 1XV8A 4KEIA 4X0VA 1ZBCA 3WEMA 2Z1SA 2DPEA 1XSKA 1MFVA 1G9BA 2GUYA 3AYSA 4DUXA 4M1RA 1GUVA 3PZNA 3WMSA 1JAEA 3ARSA 2G3JA 1U30A 4AZIA 2Z49A 4R5EA 3T0AA 3OIHA 1RH9A 1W1TA 4AZ6A 4G1RA 2F8XC 4LPCA 3KZSA 4HZ8A 5JMCA 1W1VA 4AEEA 2UY3A 1B30A 1VEOA 2WB5A 4KRTA 4W8BA 3AKFA 1IRPA 1KXVA 2WRYA 4M82A 1AQHA 1BGAA 2XJ7A 3WFLA 4JFTA 3WF2A 3W4RA 2QYIB 2QLYA 1ESWA 1XH2A 4QC4A 4UQDA 4H2CA 4GI6A 1C7SA 4R27A 5EFFA 1WE5A 1JLYA 4D1IA 1XGZA 4QLJA 1V3KA 3NSXA 3MV01 4I7IA 1BFGA 1JZ7A 2YL5A 3BSHA 4ACYA 3CHFA 5IFPA 3TONA 1QNOA 1TR1A 2RSTA 4BF7A 1Q1UA 1HJQA 1QQLA 3WDHA 4CKQA 4J2XA 2VC9A 3F62B 1QOXA 3F5JA 4E2OA 3O4CA 1JZ3A 3VUPA 2VCBA 2WBGA 3VWCA 3TC2A 4M8UA 3GH4A 4IY8A 1M03A 3ZM8A 3FJBA 5KEZA 1HJXA 2J7DA 3L2LA 2E9LA 5E0CA 4OWLA 1KR0A 3POKA 3F1RA 2FH8A 3OZPA 3ZSTA 2YLLA 4PMOA 3EF2A 1OGBA 1CPUA 3THCA 3O4DA 2WZEA 5A6BA 1EIBA 2VX7A 4JHOA 5BOWA 4QALA 1N82A 2YBUA 4GO9A 3GNOA 4JKQA 4MNLA 5JBDA 1ZBKA 1E70M 1K9DA 2X8RA 2V5CA 4EANA 4W7VA 1HX0A 1HF6A 1SMAA 5BRQA 1UA7A 3ARUA 2MANA 1H41A 2F8QA 2CNCA 1MD6A 3N12A 3CZEA 3KL0A 4WLCA 3WQ4A 1TG7A 3ZJ8A 4JP0A 4NZCA 4HU8A 1G9DA 3VKKA 2EBNA 2Y9XE 3AH1A 2ERMA 3H6RA 3AOFA 1XD0A 2K4AB 1UD4A 4AISA 1GORA 2PBGA 4D6FA 4EK7A 4CUCA 1WDRA 2Y5EA 2AXMA 3WN6A 5DEZA 4FGFA 1JIBA 3BAYA 2ET2A 2NZ9A 1CBGA 4D6CA 3LLPA 2IHOA 3GBEA 3VIFA 4OEFA 3CLWA 3VGFA 3LPFA 3DECA 4RE4A 3AMLA 5A2BA 1W3LA 4MNJA 5I6SA 3O5WB 2WVVB 3NDZA 5I0DA 1B3ZA 2XIIA 1GONA 4V28A 4L4HA 1XH1A 1HNYA 1E71M 3BH4A 1ZBWA 1W91A 5CZKA 5FCZA 3BA4A 4IISA 3IM7A 2WWCA 4I4VA 5LA0A 1OWQA 5A2AA 2MLLB 2WHMA 3CUIA 1K6AA 3SUUA 2F2HA 1HJVA 1JNDA 3ZOAA 1HL8A 4DENA 6CGTA 1UOKA 5FD0A 2NW0A 2BV9A 1LWJA 4WSJA 1Z2VA 1FN0A 3GXDA 3WNNA 1HXJA 9ILBA 3K4DA 3I2XA 2GZBA 5I23A 1B90A 4H7VA 2VUYA 2AAAA 3VILA 1XYFA 2NYYA 1ISYA 2VR4A 1NP0A 1BGGA 4J2KA 4AN7B 1WPCA 2CBJA 4W5UA 2YDSA 3MUIA 1H2JA 4I0YA 1KWKA 4C90A 4I4SA 3ZMRA 2K8RA 1E56A 3BAIA 3FJFA 3BSGA 3EDDA 1B31A 4R6UB 1C90A 1G94A 3AIBA 2D0FA 5C8BB 2ZX8A 3AMKA 4H8VA 2VJXA 4QLLA 1WKYA 4W89A 1SYTA 4WJXA 4JIEA 3VIJA 1JDDA 1M04A 1QNSA 2QHAA 3WELA 3OJMA 1RPKA 2VXRA 1EDTA 5D8ZA 3PZQA 5C71A 5CPQA 4CCDA 3SUSA 5A3HA 4KGJA 3RILA 3BMVA 3L4YA 1D3CA 4PEEA 1UKTA 1R85A 4DWSD 3V0AA 2ZE0A 2J7CA 3H6RB 3W28A 5TD4A 3VUOA 3WO3A 5IFTA 5IHSA 4Q9GA 4H8UA 4YHEA 5DF0A 1MWOA 1LF1A 3O49A 1YQ2A 2W67A 1VAHA 4TTUA 2J7HA 2DIEA 3CIVA 2ZUUA 3FHAA 2WC7A 1E5JA 2GFTA 5BP5A 1FWUA 1LWHA 2OYMA 4I3NA 9CGTA 3RCNA 1CZ1A 1R87A 1M2TB 3WF1A 5BP5C 4MB1A 3M7SA 4URIA 1UD2A 4OJYA 2CKSA 4J23B 3CHCA 1WB0A 1B2YA 1V6VA 4JHZA 1JT3A 4GP0A 1FHLA 1TA3A 2WCAA 3WQWA 3WBEA 3OJ2A 1DWHM 1HVQA 1UG6A 2BVYA 4U3AA 3CA6A 4JZ5A 1BFBA 1W9BM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5BXPA

Total Genus

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