5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
1V02E 4BQ4A 1EVTA 1C90A 2C0HA 5C71A 3FHQA 1GGPB 2G3MA 5A8PA 1PZZA 2MANA 2WVTA 1F4AA 1FGAA 1E15A 3VIIA 1H2JA 1OD0A 1RY7A 3CA4A 4U5KA 1AQHA 4QKSA 2A3EA 1PUMB 1UOKA 4FLQA 1ZJBA 3DYMA 1EGZA 2Y8KA 4W7WA 2FHBA 3RCNA 3TONA 2W61A 1E1FA 5JBFA 3MU7A 1CZ1A 3FY1A 2ZUSA 3DECA 3VX1A 3AMLA 1SMDA 4E8CA 1BFCA 3NBNA 4D72A 4W5ZA 3U5UA 2J7CA 2W92A 2XGIA 2WBKA 3F62B 2VZTA 3N17A 1E6QM 2OSYA 3IM6A 1BYDA 1CGYA 1FH8A 3H6RB 1BFNA 2XG9A 3WBEA 3IJ8A 4QD2C 1HWMB 4WSKA 4MJ4A 1B0IA 3CUGA 2VT0A 3F5JA 3GNOA 1ITBA 1K9DA 1O6IA 1WKYA 4IPNB 4BA0A 1R7AA 2WYSA 1W9VA 1LG1A 3KL3A 4IZEA 3FFZA 5BROA 3ZX7A 1HT6A 3ZO9A 4ZXLA 3IANA 2O9OA 4DCKC 5IXEA 1W3FA 4OWLA 1ZBKA 5E09A 3T8SA 3RMXA 4EFQA 1QI2A 2Y2WA 3BADA 1Q6DA 1E73M 3HN3A 3ZJ8A 3AXXA 4PMQA 1V3MA 3QYDA 1LJYA 4CD6A 2J7HA 3N04A 2FDMA 6CGTA 4HR6C 4H41A 4JKKA 1XGZA 2X1IA 3EMZA 4USPA 3IAPA 1MVYA 1CE7B 2YL8A 5EFDA 3AKFA 2BXZA 2BY0A 3FUOA 1FH9A 4J3SA 5GPRA 1W9BM 2FHFA 5B2HA 4I6IA 5GNXA 5FZUA 3UG4A 3CO4A 3AZWA 3RJYA 5JIPA 3O49A 4AD1A 1J0HA 1U33A 4PYSA 3AH4A 1V3HA 3T2QA 4AMCA 3WF0A 2J7FA 1CVSA 2DSKA 1IJTA 4F9DA 1X6LA 2XWDA 1E5JA 2EQDA 3AHYA 3ECQA 2W62A 3BXWA 1OBAA 3CIVA 2IUZA 5D8WA 1A3HA 3SUWA 3AKIA 3ZM8A 5LYRA 3VT2A 3AJ5A 3OLDA 1PIGA 4HA1A 4LGXA 4P7NA 5EHAA 2XGBA 3I29B 4KEIA 1CGWA 2K8RA 3BB2A 4A4AA 3U7BA 3AKHA 1MW3A 1W1YA 1S0DA 1UD2A 3VDCA 1E4IA 1GW1A 2V3DA 3OBRA 1HN1A 4Q9GA 2WNWA 4W93A 1YYNA 4I4OA 2ZX7A 3WBAA 5CLTA 3FJ9A 5CLWA 1I1EA 1DJSB 2VRQA 1RP9A 2PBOA 4GP0A 2D3NA 3AMGA 2Z48A 3ZXDA 4P7LA 1U2YA 5EBAA 4ACZA 4MDPA 1K9TA 4GI8A 3SUVA 1DFCA 4DWSA 3VGBA 1L8NA 1E0OA 1XRVA 4IPLA 1ITXA 1XH0A 5FZZA 3AIEA 4V28A 1E0WA 1HVQA 4H2CA 1QNPA 2XIIA 2WLZA 1C8XA 1QHZA 4S3JA 3AISA 4AC1X 3Q7XA 5DT7A 4D8HA 1HWNB 1R7OA 1ISYA 1QBBA 1UD8A 4LO8B 4QLKA 2WSKA 1QQKA 3BA4A 4QALA 3VUOA 2BVYA 1H3GA 2VCCA 2D43A 1PEZA 5A8MA 1MW0A 1OT2A 3V0AB 3HALA 4HMEA 2V38A 1Q6GA 1M04A 3AZTA 3WUGA 1KXVA 3WQ6A 1S0EA 3BAIA 4TTGA 4IONA 4XZBA 1KGUA 1KBKA 2WC4A 1PBGA 4H7VA 1IZJA 5ABEA 5AC4A 2A3CA 2QMKA 1V02A 1KBBA 2VCAA 1GCYA 1GHSA 3HBWA 1HXJA 1XC6A 2VSEA 3RM9A 5BXSA 2WRYA 2J7BA 2O9PA 1MQPA 2BVDA 3ZQ9A 4FLSA 4AD3A 2J25A 3H6RA 3CA5A 3PHAA 4OUJA 3PTQA 3UD7A 1HNYA 4HP5A 1JI2A 3P6IA 4I3NA 4J2KA 1KB3A 2E8YA 4I96A 1V6VA 1L0PA 1V3LA 1VEMA 3BAWA 2D0HA 4QP0A 4B3KA 4AEFA 3VPLA 4QLLA 2VMFA 2ZQNA 4JPZA 1GOWA 1MQRA 3VMOA 3MKKA 4W8BA 4Z2LA 2WCGA 4ZFMA 3GH7A 3HU7A 1FMMS 4GO8A 1W3GA 5F90A 3BRDA 3E8LC 5CJ5A 1DZDA 2WMJA 4UCFA 3WMVA 3WY1A 1W3JA 2WWDA 4PMDA 1JZ8A 1JT7A 3BAVA 2YBUA 3AIRA 3WNOA 2DS0A 1WZKA 2X8RA 4PSRA 5CXPA 1BYBA 4XX6A 2VLCA 4W85A 5IHRA 1YBIA 1ZJAA 4U2ZA 3ARQA 3ZJ7A 3VIPA 2DH3A 5FZYA 5I24A 1J9YA 3G6LA 1ISZA 1GQJA 4CD4A 1AFCA 2V5CA 1VCLA 1B3XA 1KQZA 1TFVA 2NVHA 2W5FA 1TFMB 3WD0A 5A6LA 2IHOA 1E9LA 4W84A 4M29A 4P6AA 2VNCA 4W87A 1UWTA 2CIPA 3AICA 1BASA 1LL4A 4I0YA 1EV2A 1E3ZA 1W1PA 2MC2A 1QNQA 1QXMA 3FUQA 1KXHA 5E24E 2CXGA 1HJQA 1K9FA 1PZ2A 2IXUA 3AMCA 3LPGA 1PAMA 2G3JA 3FJDA 5LA2A 1GOIA 1ZU8A 4U3CA 4USOA 5D61A 2X05A 3BC9A 4HZ6A 5DMYA 4G6JA 1GORA 1WDSA 1ISWA 1H49A 2ZOXA 3RMEA 4EAMA 1R86A 1DWGM 5A6BA 3SCWA 1K9EA 1MD6A 3QGVA 2JEPA 4GOVA 4TVCA 1C91A 1IZKA 3WH6A 3A21A 1E4NA 3O2LA 3WUBA 4N0RA 4GO9A 3N9KA 3BAGA 1QI0A 1JYNA 3O4OA 1ZBCA 5FL1A 5A94A 2BHUA 3T0DA 4GI9A 4M80A 4ZFUB 2J47A 3NCOA 3WDQA 1GPFA 4ZFYB 1WBAA 3PZOA 3KL5A 5GAQA 4AZIA 2PWFA 4JFWA 1R8NA 2VZUA 3CHEA 1BLAA 3F5LA 3Q7WA 4PN2A 1OM0A 3WELA 2XVNA 1UWIA 4E4PA 2E4TA 2J62A 3KMVA 3LTQA 5A2AA 3ZIZA 3ZC9A 4J2XA 2WSPA 2BEAA 3T2PA 4UFKA 5FNWA 5GQBA 1UR4A 4UQEA 4QD2B 1Z0HA 5EFFA 1UD6A 1I1BA 2AOSA 4E8DA 4C90A 2QHAA 1J12A 3RTJB 1KFWA 4TTUA 4P7OA 2MIBA 4P7QA 1VENA 1CWYA 5F8WA 1NWSA 2E4MC 1JAKA 1HJSA 4PCTA 3WF2A 3PZUA 4PC4A 1D2KA 1XZZA 7CGTA 1C92A 1JNDA 1SR0A 3BSGA 3AOFA 2Q9XA 1IT0A 5A8QA 3G6MA 4AZCA 3MMWA 1PIFA 3V0AA 3AYRA 2XOAA 1ECEA 4AZ7A 4X37A 1OQLB 3TTQA 3SUSA 3FJJA 1Q6FA 1JLYA 1E1EA 3OGGA 4HPGA 2CKRA 3N7LA 3GXMA 1EH9A 5JUVA 4PSPA 1JZ7A 3O9NA 3A4WA 1OIFA 1WBCA 1H0GA 4XUYA 2ZX6A 1S0GA 2BV9A 2ZE0A 1WDRA 1NM9A 4BS0A 4JKXB 3FJKA 4GQQA 3BAYA 2BXYA 2YLLA 3PZQA 4PMVA 2J7DA 4MTVA 1M16A 1B3WA 5A6SA 3WN6A 1CDGA 3N13A 1M01A 3QHOA 1MW1A 2WW5A 1XD1A 3WO2A 41BIA 2HISA 2Y9FA 1JLXA 1S0CA 2GDVA 4J7RA 1TVPA 2WXDM 1E40A 2ZX8A 1C8YA 2CHNA 3WL1A 1BHGA 1E3XA 4AZ5A 3V0BB 4EANA 2ZXDA 3MMDA 4ZBVB 3PZNA 1DLLA 4LO2C 1PPIA 3VD9A 1P6WA 2BHYA 4LO7C 1JF5A 2BHZA 3W4RA 4LQ1A 1KQYA 5HXMA 2WZIA 3K1XA 3I3EA 2E0PA 3VIMA 4MNLA 5HDRA 1JTCA 4BQ5A 3T2OA 1FP9A 1N82A 3D5HA 1MFUA 3OGVA 1LLOA 2YA0A 3OLEA 3VO0A 21BIA 4D1JA 1C7TA 1J18A 4CD8A 4IY8A 3WDHA 1XHGA 3OIHA 1UD4A 3SNVA 1TA3B 4I2SA 1XSJA 3CHDA 3GNPA 4XV0A 1HWOB 3ARXA 4LO3C 4JCMA 5BXPA 3LMYA 3BX1C 2J4GA 3WMUA 1CLXA 2X0HA 5JBDA 4WLCA 3A6OA 4B9YA 3WQVA 5DF0A 1QI4A 1BQCA 3A23A 1V03A 4MDOA 2CEQA 4W7UA 2RSTA 4ISQA 5I3DA 4JP0A 2F2FA 2OWXA 4AIUA 1TMQA 4F9JA 3CRIA 3RM8A 1V3KA 2F8XC 3WQ4A 4AD5A 3W38A 4U5IA 3EDFA 5BQUA 5C70A 1KR1A 3ALGA 3SCNA 3VIOA 1W9DM 1IILA 4A7ZA 4WSJA 2RG9B 2O9TA 3ARUA 5FKYA 5A6KA 3AIVA 4NRSA 4D6GA 2DT2A 4A3HA 4OJYA 2V3GA 5AYBA 4AN7B 3FGMA 1NH6A 3CZEA 2Q8XA 3GDBA 3OA5A 4D6CA 2QV4A 1ISXA 3O4DA 4I7IA 1CIUA 1JFXA 5FCZA 4QKRA 1JFHA 1R8LA 4P8UA 2RQ9A 1JIBA 5E6YA 5A8NA 2B31A 2PWEA 4GPNA 5C8BB 2D7IA 4ACZB 5JLVA 4CVUA 3RSJA 2WMGA 1B30A 4DWSB 2FGZA 1D0HA 2M49A 5CQ1A 5DT5A 1JG9A 3UETA 2ZR1B 1C7SA 1T9FA 1W9PA 3CA6A 5BQUC 3M07A 1CTNA 4CN1A 4W8LA 3W37A 3THCA 3ARVA 1LWHA 3AXHA 3VUPA 1JDCA 3AS1A 1FFRA 2BEBA 1XH2A 4QBCA 2VZSA 4IUGA 4L4OA 4GP3A 4WKFA 1QW9A 4KBBA 1G9BA 2CBJA 3DYPA 3GXDA 3VGHA 4CU7A 1CEOA 1UHVA 4P8XA 2EXOA 3BAQA 5CPSA 3O4AA 2JIWA 1E5NA 3T0AA 4RE4A 1DWHM 2WMHA 5DUYA 4URIA 5BXRA 2PF0A 4ZE4A 1NQ6A 1S46A 4MAVA 3VD7A 1JZ4A 2V3EA 1TCMA 1IRAX 3O6AA 2BY3A 1IOBA 3L4ZA 4D0ZA 1NUNA 4YHGA 4JKLA 2K4AB 3EDJA 5M5DA 2VSAA 1WCGA 1OSEA 1JI1A 2OYKA 1TTUA 3TTYA 2JFEX 1XG6A 4PMZA 1H5VA 4OEFA 4QBVA 2CITA 5FNXA 2WZEA 3QHNA 5I77A 2X0YA 1KNMA 2PI6A 2X2YA 2G4FA 4M81A 4Z2JA 4P7RA 3AFBA 4AW7A 2D1ZA 3FJEA 3UD8A 2AQZA 4PTWA 4CD5A 1HCDA 5CZKA 1VFOA 3VDBA 5HPCA 2JF6A 1W9UA 4Q91A 3ARTA 3GBDA 2NZ9A 3U57A 2WK2A 1EYLA 2Y9XE 1M7XA 1CBGA 2YDRA 1GNXA 4J28A 2GJRA 4UFLA 4EKXB 2CNCA 4XZWA 3ARWA 1BF2A 1YQ2A 4JIEA 5FOOA 1HKKA 1UH2A 4ZENA 3GH5A 4FK9A 4W88A 3VD5A 9ILBA 3W0KA 1OINA 4JKMA 3K8MA 1UZ4A 1N4KA 2Z1SA 2DH2A 1JZ2A 1QVBA 3LLPA 5A2CA 3V0BA 1VEPA 4ACYA 1J01A 2C7FA 4P0JA 4KH2A 2XPKA 3ZJ6A 2EJ1A 2GK1B 1T4QA 1US3A 4CCCA 2DRYA 1CXKA 2WHJA 3W6LA 3AXIA 4ZEPA 4M82A 3MS8A 1TR1A 5A6AA 2L5XA 2EPLX 3BAKA 2FFUA 3R4UA 1JF6A 2GDUA 5HPOA 3OLGA 4HJJA 4ATLA 1BFBA 3MANA 3CUFA 5M17A 3NYDA 3NJ3A 4J3UA 1PC8B 4QCFA 2WVVA 4G6MA 4MB5A 4TVUA 8CGTA 5HOSA 1UWQA 3WO4A 2PWGA 1H09A 1BARA 4AZ6A 2DQXA 1TA3A 3HMYA 3GM8A 5GNZA 2VUAA 2YIHA 3WENA 3WQWA 1JD9A 3MSDA 1J10A 2RGLA 4IZXA 2YLAA 3RMYA 3BTAA 3VIFA 4R6UB 2AFGA 3KE0A 5I79A 4KGLA 2KI6B 3OJ2A 3VMNA 1DIWA 1VRXA 1CECA 3AJ7A 3HJEA 3AYSA 1TG7A 1G9DA 2OSWA 5BVPI 4TXEA 1XSKA 3APGA 1PUUB 2XTKA 3RILA 2WWCA 3ZR6A 4DWSD 1G0CA 4AXNA 4BQ3A 2JALA 3MUZ1 3UD9A 2WBGA 1JNEA 2D44A 4XB3A 4P8VA 3NBCA 4CD7A 1K5UA 3CRGA 4UFMA 3CMGA 2WKLA 4UTFA 2E9MA 3CQAA 3AKGA 1VJZA 3N18A 4KRTA 3LPOA 2WC7A 4FMVA 1AVAC 4P0LA 2WVSA 1JYWA 1XH1A 3AH1A 3CBWA 2IXVA 4H8HA 1UR2A 3MV11 1TWEA 1W3LA 5IFPA 3FJ8A 5DFAA 5I6SA 1C93A 3EYPA 1KGWA 2FGLA 3NBDA 3QR5A 1ZL1A 1FQ9A 3UCQA 2E9BA 5A3HA 1UWUA 3M6DA 2CERA 2CHOA 1AF9A 4UZUA 1L2HA 3UJ0A 4AD0A 3TTSA 4FLRA 2DSVA 3CHFA 4I1EA 3AZRA 4AZCB 2MLLB 1JQZA 3A22A 1E6ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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