5BXRA

Lnbase in complex with lnb-nhacdnj
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 234
structure length 634
sequence length 634
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxrA01
1ESWA 3N18A 4UZUA 1RH9A 1R8NA 1AVXB 4LYRA 4LO7B 2WVUA 4R5EA 3I3EA 1HWNB 1M2TB 4AN7B 2CBJA 3O5WB 1E4IA 3F5JA 5D9OA 4OEEA 2CKRA 3DYPA 4I0YA 3A07A 3AJ5A 1JYXA 1BYCA 4X38A 5I0DA 2ZXBA 1XH1A 3OGFA 2VCCA 4ZOTA 1V0MA 2W63A 3CU1B 4EK7A 2VX6A 4DWSA 3AHTA 2ZUWA 2HWMA 2VMFA 1HIZA 4Z2LA 2WYSA 4U3AA 3VWCA 1UWTA 3ZSTA 2F2FA 4UQDA 3FXYA 1YQ2A 3BX1C 3MMDA 4JKKA 2FFVA 1CXIA 1QQKA 3RTJB 1C92A 1XC6A 4L4HA 4ML4A 4IPLA 4CD8A 1PC8B 1W1YA 3CZKA 3W53A 3QHOA 2Y9WC 4XV0A 4PN2A 3AS3A 3WKZA 1NOFA 5AYIA 4QKRA 1UWQA 5ABEA 1FA2A 1BYBA 2XIIA 4P8XA 4NF7A 4EAMA 3N13A 3VDBA 3CA1A 3VDHA 21BIA 2WB5A 3ARSA 2W92A 1HJUA 2RG9B 3VX0A 1H4PA 1CEOA 4GIAA 5KZ6A 1F4HA 1UQYA 4HU0A 1QI2A 1XYFA 4BS0A 5GNYA 2VSAA 2DT2A 4F66A 3GH4A 1AQ0A 5GAQA 2J7CA 1CLXA 4AMCA 1MW0A 4J28A 5A6BA 1UHVA 1OGGA 3VGFA 2AAIB 3WBAA 3ZT7A 3FJAA 1CGTA 4IM4A 3L4TA 1C93A 4GQRA 3WN6A 5GQBA 2TAAA 3CGTA 3SCVA 1B3WA 3ARXA 3VIKA 3QR5A 3V0AA 1E70M 4PUDA 3B8SA 3IJ9A 2KKIA 2E9MA 2FGLA 1XCWA 1YYNA 4OBSA 2B31A 1WPCA 1J0KA 4CCEA 1J0JA 2YL8A 2ZUNA 1TA3B 4MB1A 3NBEA 2VUYA 4LX4A 2G4FA 1EDQA 3DYMA 4HTYA 3DECA 3EMQA 1DZDA 4ZBVB 1GQKA 2DRYA 3VT2A 2W62A 4HZ6A 2DSVA 4PTXA 3TTQA 1JFHA 5IXEA 4C90A 2WHLA 3EDJA 3WF2A 2XSBA 4W8AA 5HDRA 4LO8B 4UZSA 4QCEA 4L4PA 4WSJA 3FHAA 4JP0A 1WB0A 3AKFA 2WVVA 1ITCA 2EEXA 5TD4A 3AJ7A 5FNXA 1JDCA 2LIQA 5LA2A 3SEPA 3WDQA 2Z1SA 4HOZA 4BZYA 4WLCA 1HKMA 1JNDA 1MQQA 2ZXDA 3A4WA 1BYAA 3SCOA 1UD4A 2WVSA 3OBRA 2V3FA 1LWJA 3UJ0A 3T0AA 4Q7NA 4BQ2A 4H2CA 2HZ9A 4ZE5A 2DDXA 2JIWA 4KGJA 3VGDA 1H2JA 3CA0A 3PUBA 1GQLA 3RM9A 1LJYA 3CRIA 4MAVA 1DZCA 4BF7A 1IRAX 1JGIA 3NIYA 1ODUA 4GO8A 5GNZA 5BRPA 3FJHA 3I3BA 1PX8A 1GOQA 4ZXLA 1GVYA 3M6DA 2J7BA 2XVLA 3MUY1 1CE7B 2ESUA 1HVXA 4CVUA 1W3FA 5F8SA 3WH8A 3WD0A 4TLPA 1IRPA 3WQVA 1BA7A 1B3ZA 3MU7A 1QI0A 5D9PA 1UH4A 1VF8A 1BFFA 1EIBA 1OD8A 3FJCA 1W3AA 1E40A 4QBVA 3HJEA 3HALA 3WMCA 3VSZA 4DUVA 1B2YA 3IM7A 1IHKA 3TTYA 1UQZA 1UR8A 3I29B 3AKHA 4I4PA 3FUOA 1Q04A 1UR4A 4UQAA 1Q6DA 5IDIA 2YDQA 4I4UA 3EDEA 4ATWA 1JZ8A 3H6RB 4C7GA 3DYOA 1P63A 3VUPA 5BXPA 4GP0A 5FNWA 2CBIA 2A3EA 4BA0A 1AQHA 4G1RA 3VD4A 1JDAA 4XB3A 1J18A 5I79A 3NBNA 1H11A 2WKLA 3SUVA 3EYPA 1OWQA 4ZLBB 2V5CA 2WCAA 1JIBA 4H9WA 2BHYA 1MVYA 4D6EA 1WZMA 3QHMA 5D9MA 2XJ7A 1JYVA 2E8ZA 1DJSB 4M81A 3WD1A 1UWSA 4DCKC 1E56A 3FJDA 2EPNA 2W91A 3AMLA 3NCOA 2ZUSA 5CSYA 3SCPA 2WMIA 1HKJA 3PTQA 2PI6A 4ZXOA 1B90A 2CPUA 2DT3A 7CGTA 3UG3A 3VD7A 2YL6A 2YA0A 3AMDA 5BP5A 4OWKA 3WBEA 3BAQA 2X2TA 1V6UA 1CENA 2CHOA 3BTAA 3PBGA 2A3CA 2OYLA 2YLAA 2QHAA 1BAGA 3PZNA 1C7SA 5DSSB 4ZFUB 2O9RA 2VR4A 4UFHA 1AMYA 2UWFA 1UYQA 3AIVA 4XX6A 2GJXB 4HMDA 4D6JA 5I3DA 4IZEA 1WDPA 3WDJA 3MALA 2A3HA 1JG9A 4JL1A 1KBBA 2J47A 1ZS2A 5D63A 5A6BD 1W91A 1G9DA 5A2BA 3VSFA 1OB0A 1KB3A 2HVMA 3FJKA 2X0YA 3SURA 1T4QA 3SCNA 2D3LA 3GXDA 4P6AA 3L4YA 3AIBA 4AD5A 3OJMA 4AWEA 2JF6A 3BSGA 3QGVA 1DFQA 3O6AA 1V08A 4PMYA 2NM1A 3WNKA 3UD8A 3ARYA 4EB2B 2LIEA 3W28A 2E0PA 4Z8SB 5A94A 5HPZA 1BASA 4UFMA 2PBGA 3WH7A 3AXHA 4I8MA 3FUQA 3CRGA 1Q6EA 2NT0A 2UY4A 3AISA 4QDMA 3ZC9A 1JI2A 4X0NA 2PWEA 3IM6A 1MFUA 3BA4A 4GKLA 1FFRA 1QI5A 4GAIA 4H04A 1MXDA 1G9CA 3LPGA 1G1YA 4U5IA 3BRGC 3WH5A 2DSWA 9CGTA 3ZT6A 1B0IA 3AZSA 4J7RA 4J23B 4P7NA 4II0A 1CXEA 4AEFA 3OZPA 4TTGA 3M46A 2WHJA 3W24A 4MB4A 3RDKA 3W29A 4HR6C 1O6IA 3OLGA 3WDHA 2WLZA 2NVHA 2GJPA 3SUWA 1EOMA 1LG1A 1CXLA 4KBBA 5EC5A 3AI0A 3VGEA 1ISWA 3WEMA 2CEQA 2JE8A 1VCLA 1TVNA 1JZ3A 1RP8A 1ZJBA 4HA4A 4FVVA 1GOMA 1QVBA 3AROA 4TVCA 4Z9WB 3TC2A 3O49A 3PN8A 2K8RA 3VT0A 1V0NA 2G3IA 2A3BA 2XWDA 3II1A 1G82A 2X2YA 5BOWA 2QPSA 4YPJA 3NBDA 2WHMA 2WSPA 4MDOA 2XVKA 3CHCA 3A6OA 5FZYA 2GJRA 4QFUA 2GSJA 3W6LA 3BSHA 1WDSA 1GOKA 2JEPA 1H0GA 2DSUA 1US2A 4JKLA 3WO4A 2GFTA 1IILA 1PZ2A 4OW4A 1XSJA 4LO0C 3V0BB 3AKGA 3L4WA 2BNJA 3AOFA 4QD2B 4HMCA 5CPSA 3BAUA 1TWEA 3SCWA 2CBVA 4JFSA 2VJXA 4BQ3A 4A3HA 3ZO9A 2FH6A 2JF7A 4D1JA 3FJ9A 3AIWA 7A3HA 5IHSA 1EA9C 1H3GA 3K8KA 2P39A 1TP0A 1K5UA 1CGVA 3WF4A 5A8NA 1SMDA 3WEOA 2FHFA 4KEKA 1SZ6B 4CD4A 4CD5A 3AYSA 5M03A 2VZTA 4HA3A 4JFUA 4ZGRB 3AQUA 1K6AA 1S0BA 1E6PA 3ALGA 2AMGA 3HMCA 2FGFA 4PMVA 4AD0A 3SCUA 4N42A 3K46A 3PZTA 4J2SA 4MNMA 2E9BA 1WZKA 3NUKA 4I4VA 3MMUA 1W1PA 3SCQA 3WQ8A 3RMXA 2DIJA 1WKYA 3ARTA 8I1BA 2J7GA 4HP5A 4W8LA 5BRQA 4FLQA 1YBIA 3PZVA 1JYNA 5A1AA 1ISXA 1G9HA 1JD7A 2XG9A 3VPLA 4E8CA 3WMVA 2V3DA 4DEPA 2XFRA 1CGXA 3CHFA 5JIPA 4KMQA 2ZX6A 3BCFA 1CGYA 1C8XA 1WD3A 1YTOA 5KEZA 4PCSA 4W93A 4UQ9A 3WDRA 3TTSA 3VIPA 4D6CA 4L4OA 3MUIA 3BGAA 1UD6A 4AZCA 2KLLA 3G6LA 4P7OA 1BLDA 2ZUVA 1Q4NX 2UY2A 3CA5A 4AYSA 4N0RA 2E3ZA 1JDDA 1JXKA 1E4MM 3EMCA 3VM7A 6TAAA 4UFLA 1Q6CA 3AHXA 3WQWA 3Q7YA 4DM1A 1ZBKA 4K68A 1CLVA 1ISYA 2MIBA 4EKXB 1BF2A 3F4VA 3VT1A 4UQEA 3AHYA 2C7FA 4PRWA 3BRFA 1WBCA 1V02A 1EDGA 2VVNA 2WMKA 4EEEB 4IISA 3BH4A 1UKPA 3D5HA 1W9BM 2WWCA 3AIRA 3PZQA 1E6XM 4W88A 5ABFA 4XZWA 2WXDM 4CUCA 1M03A 4OEFA 2ZX5A 2VRQA 1XHBA 5HXMA 3BB2A 2D3NA 2GUYA 1JQZA 2WLYA 4LGXA 3AICA 3T8SA 1V3HA 1L0PA 2D7RA 3HN1A 4M56A 3W38A 3SCTA 5I24A 1E71M 2YA1A 1BSIA 1AVWB 2PB1A 1Q6FA 3CMJA 3OGGA 3K1DA 4HZ8A 4JFWA 2Y2WA 1BFNA 4IZXA 4C91A 4IYBA 4PMZA 1JZ6A 1OT1A 3MV01 3OLDA 1WO2A 3CZEA 3MUZ1 5E9AA 1E5JA 3W4RA 2XFFA 4A7YA 1V3KA 1UKSA 1E4LA 1F4AA 4M80A 1BHGA 2XM2A 1PX4A 1KGXA 1CIUA 2YA2A 3L4VA 41BIA 4LYPA 2W5FA 4P0JA 2VNCA 3N04A 2DPEA 3H6SE 4UOZA 1R86A 2X0HA 4JKQA 1FMZA 3P53A 1H5VA 1KWGA 3AMCA 4C7DA 1E1FA 4A7ZA 2NYYA 1OBAA 5FD0A 4TVDA 4OZOA 5CQ1A 3L4ZA 3N7JA 1E6QM 4QO3A 3OGVA 2VQTA 1VB9A 4IY9A 1DWAM 3WUEA 4PTWA 4V28A 4URIA 1AQMA 3N7MA 2YKKA 1F31A 3SIMA 4P8WA 4H41A 4CCCA 3BAIA 4GOVA 2D7IA 1JT3A 5JBEA 2DIEA 4H8HA 3BAOA 4KH2A 2G8ZA 4QLJA 3WDPP 4ISQA 3GZAA 1VFMA 3ZR5A 1XSKA 2UY5A 3DHUA 2DT1A 3WL0A 4NRRA 3BAYA 2WM0A 1JZ7A 2AQZA 3CIVA 1V3MA 4DWSB 3MANA 5AYBA 2HW9A 3BAGA 1KXTA 2XOAA 2XTKA 3OJ2A 5HPCA 5BXRA 2XUCA 5I2UA 1GJUA 4RL3A 2E4TA 4AIEA 2EO7A 5E0CA 1GHRA 1KFWA 1ZB5A 1DQOA 4AXNA 3FFZA 1RY7A 4F83A 1QNPA 4UOQA 1UZ1A 2VRJA 3F5KA 1DLLA 4LQ1A 1S46A 3IIRA 1D7FA 1D2KA 4Z2HA 2WZHA 1SFSA 1WZLA 4ZEPA 3T2QA 4P7QA 2DGAA 4ATDA 1NUNA 1W9XA 2VX7A 3AYRA 1TFMB 1EHAA 3IJ8A 4JRAA 2MANA 3CPUA 2XPKA 2WANA 3E1F1 2V5DA 3A47A 5M5DA 2GO2A 4AEEA 5FOOA 1H1NA 4KEJA 2ZE0A 1LQ0A 1X6LA 1UR2A 1PIFA 1YXWA 2Q9XA 1W3JA 3WUBA 4LO0A 1RG8A 2BVDA 1Y7VA 1PAMA 3AMKA 3AS1A 4U31A 1Z4SA 4HOWA 3K4AA 2VRKA 2K4AB 3V0AB 1E3ZA 1UKTA 2YL5A 2EQDA 3L4XA 1II4A 3A3HA 3WD3A 4USPA 4Z2GA 2GDUA 5I1BA 3WFLA 5JBFA 2WAGA 3WD4A 2QPUA 3CMGA 1EYLA 3N9KA 3CA4A 2VXTI 3GBDA 1DIWA 2VR5A 1HJXA 4NRSA 1UG6A 3ZX7A 5A6KA 3VGHA 1WP6A 1E6ZA 1JAKA 2ZX8A 4PSPA 4QBCA 5BQUC 3ARZA 4FGFA 1CXKA 2PWFA 1TCMA 3F1RA 1HVQA 2BS9A 5A8PA 2VXRA 3GNRA 1W32A 4QCFA 2VQUA 5EFDA 4Q22A 2WVVB 1SR4C 4F34A 2E9LA 1FFQA 3AS2A 1E55A 2XHYA 4X0VA 1JT5A 1S0GA 1UR0A 1QXMA 3CZJA 2F61A 4J27A 2ZICA 2V3EA 5EHAA 1V3IA 5D8WA 2EPLX 3BMWA 3M7SA 4UTFA 3IK2A 1FGAA 3T2OA 3FAWA 4W84A 5EG6C 1YF8B 3BRDA 1H49A 1UA7A 2ZX9A 5AC5A 1EHNA 1N82A 1QNSA 1PZZA 4D1IA 3FJIA 3P6JA 1XGZA 1KWKA 5JUVA 4W7UA 4I1EA 4F9JA 2PF0A 1MD6A 2HISA 5BWFA 1VJZA 1KXQA 1FHLA 3U7BA 1GZJA 3VVGA 5DT5A 2CXGA 3K1XA 4P8VA 2BVTA 4OUJA 2UUSA 3CA3A 1WDRA 3KL5A 1E0WA 1HT6A 2D2OA 4AIOA 2JALA 3QR3A 2D20A 4M29A 3WENA 4J2YA 3VTRA 1MYRA 3AZVA 3ARVA 3THCA 3VUOA 4HPHA 3UCQA 3TONA 2FHCA 3GM8A 1V3JA 4J3TA 1G0CA 1QI3A 1KR1A 1QNQA 1H0IA 2CBUA 4CVWA 1QHZA 3S2CA 1CXFA 1I1EA 3PG0A 1PIGA 4GXPA 4GOYA 4NSBA 4S3JA 4TXEA 4LYQA 3R4SA 4OKDA 2D1ZA 4I4YA 2WMIB 4R6UB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1ESW A;  3N18 A;  4UZU A;  1RH9 A;  1R8N A;  1AVX B;  4LYR A;  4LO7 B;  2WVU A;  4R5E A;  3I3E A;  1HWN B;  1M2T B;  4AN7 B;  2CBJ A;  3O5W B;  1E4I A;  3F5J A;  5D9O A;  4OEE A;  2CKR A;  3DYP A;  4I0Y A;  3A07 A;  3AJ5 A;  1JYX A;  1BYC A;  4X38 A;  5I0D A;  2ZXB A;  1XH1 A;  3OGF A;  2VCC A;  4ZOT A;  1V0M A;  2W63 A;  3CU1 B;  4EK7 A;  2VX6 A;  4DWS A;  3AHT A;  2ZUW A;  2HWM A;  2VMF A;  1HIZ A;  4Z2L A;  2WYS A;  4U3A A;  3VWC A;  1UWT A;  3ZST A;  2F2F A;  4UQD A;  3FXY A;  1YQ2 A;  3BX1 C;  3MMD A;  4JKK A;  2FFV A;  1CXI A;  1QQK A;  3RTJ B;  1C92 A;  1XC6 A;  4L4H A;  4ML4 A;  4IPL A;  4CD8 A;  1PC8 B;  1W1Y A;  3CZK A;  3W53 A;  3QHO A;  2Y9W C;  4XV0 A;  4PN2 A;  3AS3 A;  3WKZ A;  1NOF A;  5AYI A;  4QKR A;  1UWQ A;  5ABE A;  1FA2 A;  1BYB A;  2XII A;  4P8X A;  4NF7 A;  4EAM A;  3N13 A;  3VDB A;  3CA1 A;  3VDH A;  21BI A;  2WB5 A;  3ARS A;  2W92 A;  1HJU A;  2RG9 B;  3VX0 A;  1H4P A;  1CEO A;  4GIA A;  5KZ6 A;  1F4H A;  1UQY A;  4HU0 A;  1QI2 A;  1XYF A;  4BS0 A;  5GNY A;  2VSA A; 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