5BXR | Genus

Total Genus 234

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	234
sequence length	634
structure length	634
Chain Sequence	SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__125916185381562__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__125916185381562__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5BXR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__125916185381562__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"125916185381562","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5BXR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__125916185381562__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bifidobacterium bifidum jcm 1254
publication title	Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lacto-N-biosidase
total genus	234
structure length	634
sequence length	634
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date	2015-06-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF14200	RicinB_lectin_2	Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	5bxrA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5bxrA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5bxrA01

1JI1A 1D7FA 4PTWA 2WKLA 1AQ0A 2WYSA 2OYMA 1C8XA 4IUGA 2ET2A 2PB1A 5FCZA 2DT1A 1DWIM 3PN8A 4JL1A 2MANA 1K5VA 5AYBA 4S3KA 1FN0A 5GNXA 1EDTA 3EDDA 4FVVA 3QYDA 1UKSA 4JKMA 4D6FA 2VC9A 2GDVA 1AVUA 1E4MM 2QMJA 1WD4A 3ZQ9A 3AI0A 4GIAA 3NDYA 3AROA 1C7SA 2Y2WA 4P7OA 1BTCA 1E73M 1U33A 2Z1SA 1JF6A 2WBCA 3L4XA 4UZUA 1WE5A 3GH5A 4DUVA 1UA3A 2VRQA 4P7LA 2X0YA 3ARUA 4W8BA 3A4WA 4IYBA 3BAKA 3HMCA 5GAQA 4J3UA 4QKRA 1I1EA 3WBEA 3LPPA 3GH4A 4AC1X 3VD7A 3SCWA 2WZIA 1PC8B 4UQBA 1CENA 3CMGA 3EF2A 1GCYA 1FP9A 3BRFA 2BY3A 1E3ZA 2KI4A 4A7YA 1GOQA 1W3KA 3BCDA 5JLVA 5A69A 3IJ9A 1DWHM 1WBAA 1H3GA 1W1VA 4G6JA 4H2CA 4OWJA 1JYVA 1EQCA 3OA5A 2HW9A 4CVWA 2VCBA 4LO2C 4WKFA 2WBGA 2YDQA 3V0AB 1J0SA 3MUY1 4BQ5A 3F1RA 3IJ7A 1H0IA 2OWWA 3SUWA 1CDGA 4U2YA 4AWEA 1HJXA 1PPIA 3VIMA 4Z2IA 5M17A 2CKRA 3WQ6A 1XGZA 1PUUB 1KQZA 1UWSA 3AZTA 5A8QA 5ABFA 3RCNA 5CJ5A 1JFXA 4PTMA 5D8ZA 3CA1A 3MS8A 4PUEA 3VIPA 4BA0A 1VEMA 2V3EA 2VRJA 4XV0A 1OGGA 3AS1A 4JCMA 1I1WA 3AHTA 3BRGC 4QBCA 3ZC8A 3BAVA 4MNKA 1E4NA 4I4QA 4H9WA 3RM9A 2WCSA 1ZBVA 1LL7A 4DWSB 1CXFA 1JZ5A 4AY1A 4X37A 2WVVA 3KL3A 3L4ZA 4U5IA 4KEIA 1OIMA 1UR0A 4J3SA 4GO8A 4DWSC 3PTQA 3VDAA 6TAAA 2XHYA 5IFPA 5GPRA 3GZAA 4EFQA 3MMWA 2VZTA 4JFTA 2ZX5A 4GOYA 2YLLA 3N9KA 4H7VA 1Y7VA 3VIFA 2DSZA 4YPJA 3FJKA 1EV2A 2Y9WC 3CRGA 3OGGA 3AKFA 1QW9A 2XM1A 3JUGA 1UH4A 3L4VA 6CGTA 1PEZA 2G3MA 2E9BA 5EFDA 3W4RA 3FHAA 5FKYA 5EB8A 2ZUNA 3WMUA 5C71A 5CLTA 1AQMA 1SR4C 3T0DA 1Z0HA 1FP8A 1EQPA 2L5XA 3AMLA 1V3HA 7TAAA 2J8GA 3BX1C 1PBGA 1HKIA 1GNXA 3BAUA 1G1YA 4KH2A 3CA3A 2F2HA 3L4WA 2YL9A 4DM1A 1BFNA 2ZQNA 4ENDA 5I23A 4D6HA 2WKGA 3ZM8A 4D1JA 1UR4A 1E6NA 3K8KA 5FZYA 2YBTA 4AIUA 1B1YA 2VSEA 3PMEA 2VZSA 4CU7A 1UD8A 4IY9A 2UUSA 4QC4A 2BEBA 5E24E 1CVSA 2J75A 2PWHA 2G8ZA 4PUDA 3RTIB 4UFLA 2ZWYA 2WW5A 4EFPA 1QNPA 4J23B 1ILR1 1DHKA 2B31A 3ZO9A 8CGTA 5E09A 4I2SA 2QPSA 4OW4A 2Y9GA 2WZEA 2YBUA 3O4OA 1RG8A 4KMQA 1PX4A 3CH9A 1OIFA 3W82A 2YA1A 1TA3A 4JP0A 4QO3A 1JZ4A 3ALGA 3U5YA 3AXXA 3VIHA 1BG9A 3UJ4A 2V3FA 3SUUA 4AZCB 1R7AA 4EB2B 3VMOA 2X2SA 1ODUA 1B3VA 5CGMA 4QDMA 3VD4A 4PMYA 4XUYA 1G0CA 1UWUA 1J11A 4V2XA 2D20A 1W3AA 3BSGA 4EAMA 1FHDA 2E8YA 4TTUA 4XZWA 3K4AA 5JBDA 1V03A 1VFMA 3BAXA 4J3XA 2K8RA 2Y9XE 2MC2A 3IANA 3CZEA 4TVUA 1UPSA 2W66A 3EMZA 2P23A 3MALA 3WMSA 2KKIA 1AMYA 4JAWA 5BXTA 1PIGA 1Q6EA 3AZWA 1HX0A 1S46A 2YA0A 4PN2A 4PMQA 3UDAA 1B3ZA 4K68A 2JALA 2WVTA 2OWCA 3AHXA 1HWOB 3Q7WA 1F4HA 3RSJA 3ARTA 3ZJ6A 2BVDA 1JZ7A 3BAJA 3UR7A 2ZXQA 1WP6A 3GXDA 3I2XA 3CZLA 1G9HA 1J0KA 1CBGA 3M6DA 4CN6A 4ZENA 3WEZA 4MB1A 2X0HA 4LO1C 1IZKA 1KXVA 2XOAA 1QI2A 4AD0A 3O9NA 4LPCA 1J18A 1II4A 1M04A 1J12A 1CLVA 2YKKA 3FN9A 2DIEA 3DHUA 5DUYA 3VINA 4ZFUB 1JZ2A 1V0NA 4Q7NA 2W5FA 4GQRA 4WKAA 1VEOA 1XCXA 1EOMA 1KGXA 1LF1A 1B2YA 3FJ9A 2VZOA 1BSIA 2VQUA 1UG6A 1UR1A 2ZUSA 1JFHA 4LO2A 1MXGA 5DT5A 2F8XC 4KRTA 1XH0A 4JCLA 1OB0A 1V6VA 2Z49A 2VT0A 1R8NA 3WFLA 1EO5A 4P6AA 3CGTA 3RJYA 4F79A 4F9JA 3VSZA 1HL8A 3DHPA 1WO2A 5IDIA 1DWAM 2J7EA 4QAWA 4NZCA 3WD2A 1ZJBA 3MSDA 2ZUMA 4JKXB 4J2KA 3WF2A 3N7JA 2DSUA 3JRRA 5CPTA 1OINA 2ZXAA 1E0VA 2CPUA 4JFWA 3HBWA 3BAQA 5E6ZA 1MXDA 1EHNA 4DWSA 4PCTA 1V6XA 1E0WA 1WB0A 3LMYA 1OBAA 3AQUA 2EPKX 3AH1A 1GVYA 3PZNA 3CHDA 3K8MA 2KH2A 1KXQA 4UNIA 7A3HA 2GUYA 4Q9PA 1JLXA 4IY8A 2A3CA 2QMKA 5E0FA 4L4IA 2AXMA 2QN4A 2ESUA 3UD9A 3VIJA 2BV9A 3WFZA 1E5NA 1GQKA 3SUSA 4AYSA 2RSTA 1SR4A 3ARZA 2UWFA 2D0FA 4XFSA 5I0DA 1UD4A 3BGAA 1O7AA 3RILA 4CCDA 2CIPA 3MKKA 1V6UA 3CZ8A 1VF8A 1JDAA 1V02A 2PWGA 1BG4A 2CBUA 1R8LA 2VUYA 3QHOA 5CSYA 3NBDA 4MADA 3POKA 4W87A 1FH9A 1FGAA 1IV8A 3KEHA 3RDKA 3WO4A 4P7RA 4CVUA 4MTVA 1KWGA 3NSNA 2ZIDA 2YL5A 5I24A 3VIOA 5ABGA 4UQEA 3I3BA 1W3HA 4OWKA 3V0BB 1KBKA 3VILA 4DUXA 4XKIA 2X8RA 3W38A 3KWXA 1UA7A 4KBBA 1AVWB 4OKDA 1UWQA 2J25A 5ABFB 3SCPA 1HCEA 1G94A 1E1FA 1S0GA 1EXPA 3B9UA 1QBBA 4HZ7A 2VTFA 5BWFA 3ARVA 3O3QA 4UFKA 1S0FA 1JT4A 3TOPA 1NZKA 1M03A 1YXWA 3AJ7A 1W9VA 5EG6C 2VO5A 1BGAA 1TR1A 1V3IA 4P7NA 1KR1A 2CBIA 3ZJ7A 1B9ZA 1UWIA 4AZ7A 3N17A 4NRRA 2YL6A 2WVVB 1ZL1A 4J7RA 3VEQA 3MSGA 1HT6A 1E4IA 1MW2A 4DEPA 5FZUA 5F8WA 4CD8A 4OOUA 1PZ2A 2YUGA 4OEFA 1JD7A 2BVTA 2GO2A 3IAGC 3A4AA 1VIWA 1OWQA 4AZCA 4CGTA 3WDRA 1R86A 1PZ3A 1D2KA 1UOKA 4H8UA 3VKKA 2JFEX 1JZ3A 2Y4SA 1QI4A 3FJJA 1B3XA 1X6NA 3QHNA 4EE9A 4QALA 1VBUA 4UOJA 3WL0A 5CGTA 3OZPA 1E3XA 3SCSA 1CNVA 2GJXB 4ATWA 1WNOA 1EA9C 1VRXA 1YYNA 2ZX8A 5D8WA 4I4XA 2WM0A 3MUZ1 1CGTA 2X05A 1HN1A 3TP4A 3M07A 5BP5C 2FFUA 1HJUA 2J4GA 2JIEA 1W9XA 4PMXA 1E6ZA 31BIA 2VNCA 5CLWA 2K4AB 3AIVA 1UKPA 3HN1A 1JYWA 2XVPA 3OLEA 1L2HA 1Q1UA 1WD3A 2EPOA 3CTTA 1OM0A 4ZFWB 3B9EA 2NTDA 2VURA 2D1ZA 1YTOA 2ZWZA 4ACYA 4AD5A 5CXPA 3A22A 4MPKA 3WH6A 4AZHA 2VL4A 3OJMA 2J74A 6I1BA 2WMHA 4ML4A 5JBEA 4C90A 4ZBVB 4HZ6A 5E9AA 5A6BA 4ZOTA 3EDJA 3I2AA 1XCWA 1HCDA 4HOZA 3OG2A 3AMGA 5CZKA 2TAAA 4R5EA 2VXTI 2NP0A 1N4KA 1V6WA 3WF1A 2E4MA 3GBEA 1WZMA 4UCFA 1ZS2A 1MW1A 5DSSB 3WINC 2XFRA 3L4UA 1UUQA 1VFUA 4FK9A 4TVDA 1WKYA 2ERMA 7CGTA 5DVHA 3PZOA 4FLSA 2OSWA 3ZOAA 3W26A 5BXPA 2D2OA 2VMFA 3WUGA 1RZOB 3BAWA 3K1DA 2QPUA 4AIOA 1I75A 1MYRA 5DO8A 1UKTA 3WQWA 3GXIA 3VOCA 1DFCA 1XV8A 3CA5A 3TA9A 3P6IA 3I3DA 4D8HA 1VFOA 3HJEA 3IAQA 2WC3A 2GK1B 2O9TA 4HTYA 3WUBA 3ARXA 4GAFA 2VX5A 5M3WA 1V02E 2J77A 4N0RA 3SCUA 3WF3A 2VXRA 1UH3A 1YQ2A 3GNPA 2IWTB 4AN6A 2PF0A 4DM2A 2DPEA 3ZIZA 4J3WA 4F83A 5FOOA 2Z1KA 2WMGA 1VCLA 3SCVA 3OB8A 3FUQA 2J7CA 4E4PA 4I1BA 4I4RA 2BHUA 3VD3A 4E8CA 1K9TA 5EMYA 5HPOA 1BASA 1GW1A 1UR9A 4MJ4A 4FF5A 3D5HA 1XRVA 3ARYA 1IZJA 4UQAA 2XSAA 3P53A 2NT1A 5FD0A 1E6XM 4EANA 1TOOA 5D9MA 1V6YA 3E8LC 3CZKA 4HR6C 1OQLB 3PHZA 1FH7A 2EXOA 3MMDA 2WHJA 3SCRA 3AZVA 1RP8A 1IHKA 4QKSA 4CN1A 2E9LA 3ARRA 4CD4A 4JPZA 3AKIA 1W3FA 3AYRA 4JFSA 4PTXA 2EQDA 2CHOA 2FDMA 1I1BA 3QGVA 4U33A 1S0DA 1E40A 1U2YA 3IM6A 3H6RA 1HIZA 1G9DA 2WZHA 1DIWA 4JHOA 1KXTA 3AH2A 4P7QA 2RQ9A 1BVNP 1ONKB 3IM7A 5FL0A 3VT1A 5AY7A 3SIMA 2A3AA 4I4UA 4X3AA 4OWLA 3WNNA 3NYDA 1FFQA 1S0BA 1XHGA 4QCEA 1BA7A 3DYOA 2AMGA 4PMRA 1JZ6A 1JAKA 2AOSA 3M7SA 1WZKA 4TUFA 2W4XA 2J78A 4TTGA 3NDZA 1GGPB 1H49A 3CIVA 3V0BA 2G4FA 2W62A 5HPCA 4R6UB 2G3NA 2O9PA 4IISA 3WO3A 3RM8A 1E43A 1KB3A 1TCMA 3WY1A 2GDUA 1G9AA 1G5AA 3GM8A 5D63A 4MNJA 4I4YA 1QQLA 2DSWA 4M1RA 3N1AA 4LYQA 4AISA 2DH3A 4MDOA 4JIEA 2WBKA 1HKNA 3MUIA 4YHGA 4CN4A 4PMVA 4I4VA 1VB9A 1MQQA 3VO0A 1XYFA 3F4VA 2FGFA 4HA4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1JI1 A;  1D7F A;  4PTW A;  2WKL A;  1AQ0 A;  2WYS A;  2OYM A;  1C8X A;  4IUG A;  2ET2 A;  2PB1 A;  5FCZ A;  2DT1 A;  1DWI M;  3PN8 A;  4JL1 A;  2MAN A;  1K5V A;  5AYB A;  4S3K A;  1FN0 A;  5GNX A;  1EDT A;  3EDD A;  4FVV A;  3QYD A;  1UKS A;  4JKM A;  4D6F A;  2VC9 A;  2GDV A;  1AVU A;  1E4M M;  2QMJ A;  1WD4 A;  3ZQ9 A;  3AI0 A;  4GIA A;  3NDY A;  3ARO A;  1C7S A;  2Y2W A;  4P7O A;  1BTC A;  1E73 M;  1U33 A;  2Z1S A;  1JF6 A;  2WBC A;  3L4X A;  4UZU A;  1WE5 A;  3GH5 A;  4DUV A;  1UA3 A;  2VRQ A;  4P7L A;  2X0Y A;  3ARU A;  4W8B A;  3A4W A;  4IYB A;  3BAK A;  3HMC A;  5GAQ A;  4J3U A;  4QKR A;  1I1E A;  3WBE A;  3LPP A;  3GH4 A;  4AC1 X;  3VD7 A;  3SCW A;  2WZI A;  1PC8 B;  4UQB A;  1CEN A;  3CMG A;  3EF2 A;  1GCY A;  1FP9 A;  3BRF A;  2BY3 A;  1E3Z A;  2KI4 A;  4A7Y A;  1GOQ A;  1W3K A;  3BCD A;  5JLV A;  5A69 A;  3IJ9 A;  1DWH M;  1WBA A;  1H3G A;  1W1V A;  4G6J A;  4H2C A;  4OWJ A;  1JYV A;  1EQC A;  3OA5 A;  2HW9 A;  4CVW A;  2VCB A;  4LO2 C;  4WKF A;  2WBG A;  2YDQ A;  3V0A B;  1J0S A; 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5BXRA

Total Genus

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Chain Sequence

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