5BXTA

Lnbase in complex with lnb-nhacaus
Total Genus 238
100200300400500600050100150200250
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 238
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxtA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxtA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxtA01
1HKMA 3FJ9A 4BZYA 2YL5A 1BASA 4WKHA 5EFFA 3B9DA 3VIJA 4WBCA 4HZ7A 1UQZA 2G3JA 2BY1A 3T2OA 4ZE5A 5A94A 1HWNB 1CBGA 4L4OA 1TZ7A 3N13A 1IRPA 3HALA 1E0VA 2JIEA 3QHOA 4NF7A 1ABRB 3RMYA 1GNXA 5ABFA 2YJQA 3W6MA 5E70A 4D72A 1QOXA 2W63A 4AD1A 1M16A 1ISWA 2G3IA 2WCGA 2E0PA 3TTQA 3TA9A 3WNOA 1XYFA 3UJ4A 1QI5A 1J0KA 2KH2A 1SFSA 2WHJA 4X38A 4M8UA 3IJ8A 1GVIA 1MVYA 3VSZA 2R9KB 4LO1A 5I3DA 4UQDA 5I79A 4OBSA 4P7OA 3O2LA 1W91A 3A4XA 2QN4A 1IRAX 3WFLA 4OKDA 1XCWA 1ZS2A 2ZQNA 1EV2A 1FOBA 1DTUA 3I2XA 4WSJA 4QC4A 1Q4NX 2Q9XA 3VT1A 2Z1KA 1GW1A 4W85A 3L4YA 1NH6A 4JKMA 3WBEA 1NOUA 1K9FA 3WD2A 5E6ZA 3ARZA 5A8PA 1CENA 3ARSA 1ZBCA 2YBUA 4D6HA 3NBCA 4EFPA 4HTYA 1M04A 3CZGA 4L4PA 4II0A 4HR6C 4ZXOA 4I4XA 1AVAA 1YYNA 4IPLA 4GZIA 3FN9A 4PCTA 1W9DM 3W27A 2RGMA 1UD2A 2E4TA 5BRQA 3NSNA 8I1BA 1TVPA 2DDXA 2VSAA 1FHDA 3FFZA 4FF5A 2Y2WA 5HPOA 3WDPP 4LX4A 4XFSA 3PZTA 3O49A 3I3EA 2QV4A 4HA1A 2WK2A 2FO1A 3CBWA 1VBRA 3OA5A 2WXDM 3TTSA 3L4UA 2AXMA 1CLXA 3ALFA 5ABFB 1LJYA 3UDAA 2F2FC 1CECA 1JXKA 5D4YA 3EMQA 3S2CA 2P23A 4H8HA 3WNKA 4BF7A 4A3YA 3AH2A 1V0NA 4ZOTA 3CPUA 1E4MM 3I2AA 1J0JA 3CUIA 3E1F1 1EH9A 4DWSA 4HMEA 4YN5A 4MTVA 2FH6A 3BH4A 1CVSA 1IV8A 3MUAA 4AY1A 1W1TA 3BTAA 1G94A 1GUVA 4J3UA 4I4RA 1JYWA 5CXPA 4W86A 2DSKA 4ZLBB 1NWUA 3OG2A 5A6JA 3GDBA 5LYRA 5G00A 3HU7A 3AHZA 3OBAA 3WNLA 1UKTA 2WHLA 4G9MA 4OJYA 3ZJ8A 1ZJBA 1G5AA 4EFQA 1Z0HA 5CQ1A 1UD5A 7A3HA 3FJJA 2ZUMA 3WDIA 2DSZA 2V5DA 4LPCA 1E6ZA 4W8LA 2HZ9A 2J7HA 4I37A 4GOYA 3A6OA 2WBKA 1JYVA 1I1EA 3F5KA 5BXRA 4UOJA 5IHRA 4W7UA 1VCLA 3NDYA 1GQIA 1WP6A 4WF7A 1JTCA 1FGAA 4P7LA 4LO1C 4Y7EA 2XM2A 2VQTA 4A3HA 2BFHA 5JLVA 3IANA 1JI1A 4PUDA 4D6EA 1DWGM 2VZVA 4CVUA 4ZXLA 1KXQA 1V6VA 2E40A 1A3HA 3N7JA 1WE5A 1UZ4A 1FWVA 4P6AA 4P8XA 1E1FA 2YA2A 3W26A 1S0BA 4DUVA 4QBVA 2WKGA 2VCAA 4W5ZA 1CGYA 4HJJA 1JF5A 3AJ5A 2A3EA 3W25A 5DT5A 3WY1A 4KEKA 3L4WA 4FK9A 2UY5A 2X0HA 1QI0A 1V3LA 2B31A 4ZKTB 4HOWA 1AVAC 2WMFA 1E6QM 1V3MA 2GZBA 1UUQA 4ISRA 3AS2A 3PZVA 4JKQA 6I1BA 1XYZA 3VIMA 5BQUA 3RPMA 3SUVA 3F5LA 4PCSA 2ET2A 3HN3A 1WZAA 4AXNA 3KZSA 3SCQA 4UFKA 3L4ZA 3A4WA 4AIUA 4EB2B 3AIBA 5I0DA 1AXMA 1KGWA 4DENA 2XWEA 1AF9A 4DWSB 3AZWA 4OOUA 1BF2A 1VFFA 2DT0A 4TX6A 2ZXDA 4CD4A 1C3FA 1NOWA 3MSGA 2JFEX 4N0RA 5GAQA 4KGLA 2JIWA 3V0AA 1HJSA 3BAXA 1R87A 3UJ0A 1VJSA 2VC9A 3VPLA 3KEHA 4J3XA 1JY0A 1UH2A 2EPOA 1NWRA 3AZVA 3L4XA 3O4DA 4M56A 4MJ4A 3UCQA 1LWJA 2WVVA 2NTDA 3VGGA 1VBUA 3WNPA 1MWOA 1F31A 4DWSC 1XC6A 1QW9A 1XSIA 2NT1A 2ZUNA 3V0BB 1BGAA 2WWDA 5JUVA 1F4AA 1E43A 4AC1X 4J2YA 2RG9B 1K9TA 4QCEA 3VTRA 5BWFA 3ALGA 4D6DA 3BAIA 3F1RA 3AIQA 5GNXA 1WPCA 4NRSA 4GZJA 3VIGA 2WVUA 4D6JA 3FAWA 2NT0A 1EDQA 2CBIA 3OGGA 2V3EA 2WZIA 4G9NA 2K43A 1M53A 2MIBA 4CGTA 5JIPA 3U5UA 6A3HA 3J7HA 4WKFA 3RO8A 3L4VA 3VDHA 1SMDA 4W93A 5M17A 5DEZA 1TR1A 4EE9A 4XKIA 4TX8A 3S8KA 4UFJA 1OINA 1UKQA 2O9OA 3LLPA 3S6TA 2YOCA 2WMJA 2Y9FA 1N82A 1BQCA 4ZFUB 5BROA 3K8LA 4CUCA 5FIPA 2J8GA 3VINA 4XFTA 2C0HA 3LPPA 1Q03A 1NWTA 4JIEA 4U3AA 4BA0A 3PBGA 3N7KA 4LQ1A 2EPLX 1H1NA 2DH2A 3BAUA 3CU1B 2J47A 2BHZA 3CA5A 1JDDA 4U5KA 4HA2A 3WD1A 4ISQA 2CIPA 1EO7A 1YXWA 3VIHA 1Q1UA 3MANA 1QQKA 3KL5A 4I1EA 4XZWA 4KMQA 1X1NA 3AISA 5BQUC 2CKRA 1XH1A 5D9OA 3BRGC 1OGSA 4A7ZA 4CU7A 3PZNA 2ZUVA 3WQWA 4P7NA 5C70A 4OWLA 5BOWA 2BHYA 2ZOXA 2OLHA 4AZIA 3H6RB 4JP0A 2QMKA 1PEZA 1BVNP 4KWUA 2GFTA 3RMEA 4U3CA 1IILA 3D3AA 3JUTA 3WF0A 1WBAA 4MB3A 1YBIA 1CXLA 4BQ2A 2FGZA 4F8XA 3P6JA 5F8WA 4USOA 5FL0A 3VIPA 3BSGA 1GQJA 3AYSA 4TVDA 1BTCA 1CGXA 1UD4A 1XV8A 1G0CA 4AISA 4H41A 4OEFA 3BAQA 5FKYA 3QHNA 1MYRA 1H2JA 3FJEA 2MLLB 1E70M 1CTNA 2J4GA 1BFFA 3F4VA 4EFRA 1W3HA 3FY1A 1DQGA 2WMIA 4PMZA 1FFRA 3VD9A 1US2A 2DIJA 1PZZA 3AKIA 5HDRA 2CEQA 5EG6C 3VD3A 2VU9A 1RP8A 5JBDA 1QNPA 3TOPA 3AMGA 1VFUA 5DSSB 2J75A 2EXOA 2ESUA 1S0CA 2NM1A 3ARTA 2WSKA 4ZA3B 3FHAA 3VNYA 1DLLA 1YF8B 1FFQA 1SMAA 2VX7A 3HSMA 3W9TA 3ECQA 1HP5A 1CIUA 3D7WB 4KRUA 4UZSA 1HP4A 3U5YA 4D6IA 4JL2A 2PWHA 3CHCA 3WQVA 2W4XA 4UR9A 4FLOA 3POHA 3AXIA 1Q6GA 4LO2A 2F2HA 5A8OA 3QR5A 1T9FA 2BXYA 6TAAA 3VMPA 1C8XA 1R85A 3WMVA 3K4DA 3WENA 1K5VA 4BQ5A 1UR8A 2GVYA 5I2UA 1II4A 1G9BA 4WIWA 3ZC8A 5AY7A 3N15A 1UH4A 3FJ8A 1LWHA 2J77A 1HJQA 3BLPX 5E9AA 3BMVA 1OGBA 5A69A 1W2VA 2HW9A 1AFCA 2O9TA 4PMYA 1LL4A 4IQPA 3W0KA 4CKQA 1UWRA 2W67A 1NZKA 2IHOA 1OD8A 1WNOA 3HOMA 4OIFA 3GH5A 2XFFA 1PC8B 1MFVA 3PMEA 1LLOA 1WDQA 3I3DA 3UG3A 1MXDA 4ATWA 1JZ2A 2O9PA 3SCTA 4MNLA 2AQZA 3F62B 3AZSA 4EEEB 4QLLA 1EA9C 2W92A 3UD9A 4UCFA 4R5EA 4X9YA 3VGFA 2DSUA 4V27A 2D7IA 4I7IA 3EF2A 3VGEA 4EK7A 1NQ6A 1DZDA 2WMIB 2Y4SA 2ZXQA 4AYSA 4CCEA 1XD1A 5D9PA 3BRDA 3WN6A 1W3JA 1XCXA 4HZ6A 3QHMA 3EBVA 3AS0A 3VUOA 1JL8A 2VRQA 4W5UA 1ILR1 2BFGA 3IM7A 3RCNA 5DMYA 3L2LA 2WCSA 3II1A 3OBTA 3OGRA 1EOKA 3SCVA 1VB9A 2XVPA 5EB8A 3A07A 1A47A 1W9PA 1CDGA 1PX4A 2BVDA 5DF0A 1BYCA 4LYPA 2GJXA 1ISVA 3MO4A 4R27A 2MC2A 1HJUA 1J0ZA 1JIBA 4PMVA 1AQ0A 2CERA 4UQAA 1QBBA 3EDKA 4GKLA 4RE4A 3DC0A 4W8AA 1W9BM 4AWEA 3S8JA 4E8DA 2VX6A 4OUEA 1B9ZA 4NI3A 4DUXA 1TG7A 4FGFA 3A4AA 4F79A 1LQ0A 2UY2A 9ILBA 2FHBA 2X2TA 3OLIA 3AHVA 1CNVA 4PN2A 5M5DA 3AS3A 2G8ZA 3SCWA 2WMGA 1UD6A 1EO5A 3A3HA 3NDZA 3NIYA 4LO2C 1NP0A 4HZ8A 1MQPA 1G01A 2C7FA 3HJEA 4W89A 3WUFA 4PC4A 3N18A 5A6LA 4H04A 4V28A 1WZMA 4AZBA 1FH7A 3WFZA 2EPNA 2VZUA 2XVLA 1W9UA 2KI6B 3SUTA 1JG9A 1E6SM 3GZAA 4MDOA 7TAAA 3M7SA 4PEEA 4MAZA 1PZ2A 5BP5A 5EFDA 4GO8A 3PTQA 3WO2A 2ZXAA 3EDEA 3MMUA 2VXTI 2DT3A 4GI9A 5ABEA 1DWFM 1OD0A 1AVXB 1QHOA 2L5XA 4W8BA 3CZ8A 1KWGA 1J18A 3SCPA 3DHPA 3BAVA 3ZJ7A 2EEXA 2D1ZA 3CA1A 2M49A 3PN8A 1C7TA 1WZKA 1UR9A 1WD4A 4W84A 4QBCA 5IFPA 4GI8A 1M7XA 3AIWA 1JT3A 4WLCA 5BXTA 4H9WA 4CJMA 5GQBA 1E1EA 1J0IA 1FHLA 4LO3A 4GI6A 4U5IA 1G9HA 1BPLB 1WCGA 3BLKA 4UFIA 1EDGA 3WA1A 4UQ9A 1UWQA 3ARXA 2OYLA 2X09A 2J79A 2WMHA 2CPUA 4PYSA 3RJXA 4Q9GA 3VNZA 1G9AA 3CZJA 2CYGA 3AHTA 3FJHA 4QO3A 1U33A 1QI3A 3K46A 3RILA 4GP3A 1S0FA 2YL9A 3FHQA 1HWMB 4B9ZA 1HXJA 3ZQ9A 4JFUA 4ACZA 1C93A 1KCLA 1OBAA 4B15A 1R8LA 2VURA 4I4SA 3QOKA 2VCBA 3VT0A 1YTOA 3KL0A 4B16A 3NJ3A 2WHKA 4B3KA 3SCRA 2YA1A 4EKXB 4GIAA 3BB2A 1EQCA 3WH5A 3OZPA 1OWQA 1OGGA 4D6FA 4IONA 2G4FA 2QLYA 2UWFA 2XVGA 2VXRA 1BYBA 3VIIA 1K9EA 3OJMA 4LO7C 1TWEA 4OEGA 1XHGA 4UFLA 1W2PA 1JNDA 1JI2A 4TXEA 3CRIA 7CGTA 2VX5A 1WAWA 4CD6A 2EJ1A 4PTVA 1KBKA 4ATDA 3GBDA 1N4KA 1NUNA 3FJIA 1ITCA 1ITXA 2D44A 3W6LA 3WDQA 1HIBA 1B0IA 2J7CA 2W66A 4PMXA 3OLGA 5BYWA 5LA0A 3IJ7A 4Q91A 4MNJA 3VM5A 5A6MA 3WQ4A 3SCNA 3VO0A 5EC5A 3RM9A 2CCRA 2V38A 4W7WA 3ZR5A 1H0GA 1MW0A 3LMYA 4HA4A 1VIWA 2XVNA 4GZEA 3ZX7A 2YDSA 2ZUSA 1IJTA 3EDJA 3CHDA 3N04A 5BP5C 4JL1A 5DFAA 1E5JA 1B2YA 3ARRA 3ZR6A 2XYLA 2NP0A 1L2HA 2VO5A 2ZIDA 3MUZ1 4A7YA 1UWTA 2QPSA 4CCCA 4DM2A 5I23A 2DT1A 1UKOA 2OWXA 1Y7VA 3CUGA 3H6SE 2X2YA 5E0FA 4Z8SB 4MB1A 4FVVA 4ZFMA 1FA2A 5F90A 2PWFA 4IZXA 1K9DA 4GO9A 1BFBA 1JFXA 3Q7WA 4HMDA 5A8MA 5D8ZA 2J7GA 2VR5A 1D7FA 3F5JA 1HX0A 1WB0A 4OOZA 1R8OA 1OIMA 4LO3C 3BCFA 3CUJA 2DGAA 3WF1A 3GBEA 1UA3A 2A3BA 4OW4A 2WVTA 4MPKA 4RL3A 3WINA 2EPKX 2HWMA 1J0SA 5FZYA 3AMLA 2K8RA 2VRJA 1DWJM 3MALA 4UQBA 4C7GA 2Z1SA 1JDCA 3SNVA 4TTGA 1W1VA 2PWGA 2WC3A 3APGA 1Q6EA 2GUYA 4H2CA 1KR0A 2GJPA 2OWWA 1HVXA 3H6QA 4J3SA 1BSIA 3KWXA 1S0DA 2KI4A 1IOBA 1FP8A 1HT6A 3MMWA 3WF3A 1UPSA 2E8ZA 2PI6A 2QMJA 1BYDA 2I1BA 3GXDA 4EANA 2E8YA 2DSWA 1JAEA 3NSXA 1UOKA 4H7VA 3BSHA 1CWYA 4QLKA 1HCDA 5F7UA 1E6NA 5LA1A 3CZKA 1ONKB 3BX1C 1KNMA 4B9YA 1J01A 2HWAA 4OEEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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