5BXPA

Lnbase in complex with lnb-lognac
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
636
structure length
636
Chain Sequence
HHSSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 237
structure length 636
sequence length 636
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxpA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxpA01
3PMEA 3WIJA 2EXOA 2MC2A 1TMQA 4KWUA 1VFUA 5JBEA 4ISQA 2NZ9A 4W7UA 1I1BA 3VIMA 3WDRA 2XWDA 4TOQA 4D1JA 4YPJA 1ZJAA 4A7KA 1PX8A 3WY1A 2FGFA 3A07A 1FFQA 1A3HA 2IUZA 1GOKA 1JZ7A 3VT2A 3IANA 3WL0A 4OWLA 1CEOA 4FVVA 2F8XC 2VQUA 2MIBA 2VI0A 4A3HA 4B15A 1UWUA 2BY0A 1R7AA 3FNDA 3SUTA 4MB5A 5I2UA 3A4XA 2OSYA 2IXUA 4P7OA 2VR5A 2MANA 3W4RA 5LA2A 2Y4SA 4F9JA 1QNOA 1FFRA 1GOMA 3OBAA 2XVNA 3FJIA 3VIOA 3CZLA 4JCMA 1W9UA 4ZGRB 3N18A 3AHXA 5A6MA 1B2YA 2A3BA 4GI9A 4PTXA 3DC0A 1WP6A 2D0HA 2X09A 3WQ6A 3WMCA 5I3DA 1WZMA 3FJAA 3UDAA 1CWYA 3NUKA 2WHJA 3EYPA 1XCWA 3OGRA 3VDBA 2PWEA 2WVUA 2YL6A 4XB3A 5DT7A 1JFHA 1W3GA 4AZ7A 2G3NA 1JZ5A 3MKKA 1HP4A 1AMYA 4PRWA 3O4BA 2DT1A 1EO7A 4JKMA 3VNYA 2ZE0A 4WF7A 1UD6A 2Y24A 4JKQA 2RSTA 3AIWA 2JIEA 3SUVA 3BCDA 2QF8A 2DSWA 3CMGA 3CUGA 1HWNB 3S6TA 4QBVA 4AMCA 3OBTA 3ARVA 4B9ZA 1B0IA 4PSRA 2J7BA 4AD3A 1V6UA 3VGGA 2FHBA 4ACYA 3ZJKA 2D22A 3CZJA 1NQ6A 1E70M 4D6JA 4UQAA 4HPGA 3VMNA 3AIRA 3EDJA 4W89A 1CZ1A 5HXMA 4CD7A 4I37A 1BYCA 3VMOA 1BARA 3PZOA 4HU0A 3VDCA 1WDSA 1JNEA 4I4OA 2CCRA 3WBAA 1UR9A 1PPIA 1V0LA 2BFGA 3O6AA 3T0AA 4WKFA 2VX6A 3VD5A 3P6IA 1FN0A 1FQ9A 3AKIA 2BEBA 1G94A 4Z2HA 3AI0A 4EFPA 3M6DA 2VT0A 3ARYA 3UR7A 3AICA 3CO4A 3AIEA 5BP5C 3WEZA 4PN2A 4KEIA 4KC3A 2V3GA 4QALA 1S0LA 3UD7A 1QI3A 2WK2A 3AS3A 1JGIA 3LPOA 5A6BD 1E6RA 3EMCA 2J8FA 1NM9A 3HOMA 1NH6A 1C8YA 4G9NA 4P0KA 2XVPA 4ATLA 1ISYA 1JAEA 4QLLA 4KRTA 4CVWA 4C7GA 3VO0A 3HALA 1JYVA 2NSXA 1VEMA 1PWAA 4LYQA 1N82A 3V0BB 4KBBA 3BTAA 2C7FA 3ZMRA 3MMWA 3CQAA 3MSDA 1V03A 3VGEA 2GJXA 1Y7VA 1JT5A 2AAAA 4OWJA 2DRZA 4JKKA 3BH4A 2CEQA 8CGTA 2EPLX 1KB3A 1C91A 1UKTA 3PZUA 4AZCB 1HKKA 4UFJA 1QHPA 3WEMA 4QD2B 4C91A 5I78A 3AH1A 4TLPA 3VUOA 2ZXAA 4CN4A 2NM1A 4HA2A 3WUBA 5A2BA 2WPGA 2A3AA 4H7VA 4K68A 1DQOA 2FGZA 3SCSA 2D43A 5I6SA 4J2SA 4I4SA 4ZFWB 2CNCA 6A3HA 4S3KA 1NZKA 4QO3A 2AFGA 1IV8A 3ECQA 1J18A 2GDVA 5BWFA 1HIBA 4LYRA 3OZPA 2CIPA 4XX6A 3SCOA 1J9YA 2O9PA 3MPPG 2WCSA 4LX4A 5BQUA 2AOSA 4U5IA 4P7NA 1JYNA 3CA0A 3O4CA 1VEOA 1UQZA 1HT6A 1VCLA 4Z9WB 3AIUA 5KZ6A 2XWEA 1RPKA 2CBIA 1HCDA 2ZQNA 5I24A 3GDBA 5JLVA 3RO8A 1QPKA 3QGVA 2VZSA 3CZEA 1V6VA 3CHCA 3S2CA 3K8LA 2CERA 1C3FA 2EPMX 1ZU8A 3F1RA 1C93A 5B2HA 1D7FA 2X2YA 1OM0A 3PBGA 4ZENA 5A2CA 3A47A 1SR4A 2DDXA 4LQ1A 4PUEA 1MFUA 1IZJA 3O4AA 4GO9A 1U33A 4BQ2A 2CITA 1W3KA 1FH9A 1C8XA 3JRRA 4GZJA 4IISA 2E40A 3ZIZA 3WL1A 1J0JA 2V5CA 4HOWA 1FGAA 1EQCA 4UTFA 3MUY1 3PZ9A 3N9KA 4P8UA 1H09A 1GQLA 4MDOA 4LO0A 3RM8A 2QV4A 2VX7A 1TVNA 2WVTA 4F34A 1IRPA 4F8XA 3KEHA 3L2LA 1TE1A 3IK2A 4AISA 4DCKC 2WKGA 2D7IA 3PZQA 2AAIB 4KEJA 1LLOA 4I2SA 3RMXA 2WBGA 2ZUWA 3CU1B 2KI6B 2WM0A 4TVDA 4J7RA 3A6OA 3CRGA 4GZIA 3N7KA 5D63A 4JHZA 4F66A 2G41A 3ZXGA 4WIWA 4UFHA 1TFVA 3VD9A 2YBUA 2D0GA 3PN8A 1DWAM 3AMGA 3PG0A 4I96A 1B3XA 3SURA 1ZBCA 4NRSA 5FZUA 3CA1A 4QDMA 1F4AA 1WDQA 1CECA 1O6IA 3LTQA 3BAYA 2BFHA 3AJ6A 2R9KB 1XH1A 4DUXA 3EMQA 3WD0A 4HA1A 3BRDA 1A47A 1NWSA 5ABEA 3VPLA 2ZX6A 4Z2JA 3BA5A 2WZHA 1EVTA 3WQ5A 2XFFA 4AN7B 3L4YA 3BMWA 3VDHA 4DWSC 5A6BA 5BXPA 1GOWA 1ITCA 1S46A 2XPKA 3T08A 2VX4A 4P8XA 1V0NA 1E5NA 4J2KA 1OIMA 1V6XA 3OIHA 3ARRA 1KQYA 4X0VA 1W2VA 3RTJB 1GW1A 1ZBVA 2VRKA 4IUGA 3CZGA 4PMOA 4IPLA 4WJXA 2X8RA 5D9OA 4AD1A 3TC2A 4NSBA 1Q1UA 1WDPA 1LL4A 4IYBA 3TTYA 1NP2A 3ARPA 2XM1A 3W26A 1PUUB 2WXDM 4II0A 4PCSA 1UH3A 3GH4A 4IHZA 1J10A 1CXKA 4J28A 2UY2A 4QKRA 1VFOA 3B9UA 2GK1B 4I3NA 4D72A 2J62A 1BQCA 1QXMA 4XV0A 4CU8A 3A3HA 1L0PA 3E8LC 4I6IA 3V0AB 1BGGA 4PCTA 4ATDA 1IRAX 4WBCA 2YBTA 3CA6A 2BV9A 4AW7A 2AQZA 1AVXB 4YOLA 4USPA 3NBCA 3MU7A 1MVYA 3W27A 4F79A 1CBGA 1EDQA 3OJ2A 5GPRA 3UERA 3O4OA 3R4SA 4PBGA 4PMDA 5M17A 4MPKA 3LPGA 5BRQA 4I4XA 5AYBA 4R5EA 2VRQA 2QPSA 3WH5A 3VD7A 1UWTA 4TX6A 4D6FA 2J74A 4QCFA 3POCA 1UR2A 3WD3A 4LXFA 5GNXA 3WF0A 4ZFUB 3AS2A 1X6NA 1K6AA 1ITBA 1JLYA 4QLKA 4MB4A 2HWAA 1LF1A 4J2XA 2UUSA 3CUJA 3ZSSA 5BVPI 2XFRA 3L4UA 4E8DA 5D8ZA 1V02E 5D61A 2YIHA 1FV2A 1HF6A 4WKHA 4X9YA 1TWMA 2BY3A 4CKQA 1JYWA 1CXLA 4QKSA 2Z1SA 4OOZA 2KI4A 2G3JA 4J2YA 1FWVA 2YA0A 4HPHA 5E24E 4WKAA 2GJRA 4GQRA 2E8YA 2VZTA 1UD5A 3TTSA 3D7WB 3AS0A 4N42A 1OD8A 2C8NA 3AHVA 2NP0A 5CSYA 3ZC8A 3CUIA 3NDYA 2V3FA 3VIIA 4H41A 3VOCA 1ZS2A 1L8NA 1S0FA 4MTVA 1EA9C 4UZUA 4Y7EA 2Z1KA 1EPWA 3NCOA 4E2OA 1RP9A 4U3AA 2DIJA 2D0FA 2ERMA 2J78A 5DF0A 1FOBA 2FGLA 3B9DA 1QI2A 3PTMA 4RE3A 1K9TA 4J27A 2EPKX 1J01A 1RMLA 1MQRA 5FD0A 3ZT7A 4HOZA 1MW0A 2X2TA 4ZE5A 3K8MA 4GAIA 1VEPA 1J0IA 3BAUA 1UPSA 1XCXA 3BMVA 4OEEA 4I4VA 2FDBM 1XHGA 1JZ3A 1UG6A 3WUGA 3F5KA 2G8ZA 3CGTA 5AC5A 4OEGA 2XVGA 1DEDA 1GQJA 2WZEA 4F9DA 2B31A 1VENA 1QHOA 5JMCA 2CKSA 1G9DA 4HMCA 5EBAA 3GNOA 1VJSA 4GINA 2JF7A 3AHZA 2CHNA 3O3QA 3CA3A 4GOVA 3WNKA 4CD6A 1YTOA 4JFTA 1IZKA 4AZ6A 5BRPA 1BTCA 2Q8XA 4U2YA 4Z2IA 4FLQA 3CZKA 5I0DA 3PZVA 1DP0A 2OWCA 4P0JA 3UD9A 3U5UA 4DUVA 5LA0A 3H6SE 4TVCA 1UKOA 3GNRA 1S0EA 4P0LA 2VU9A 4W85A 5F90A 4RL3A 1ODZA 3KMVA 5IHRA 3CHEA 1J0SA 1DWFM 3IM6A 4P8WA 4D71A 2K43A 4AZBA 4MJ2A 2J7HA 3M7SA 1DIWA 3AHYA 2XIIA 4ATWA 5A69A 3ZM8A 3N12A 2IHOA 2ZXBA 2EQDA 2P23A 3GZAA 5HPCA 4Z2LA 1JDCA 1H1NA 3IJ9A 1PX3A 2VJXA 4LO1A 5A2AA 2F2FA 4AEFA 2IWTB 3WF2A 4YHEA 1U30A 1TR1A 3PHAA 4X39A 2PI6A 1VBRA 4JPZA 1JG9A 5D8WA 4D6CA 3VIJA 2P39A 2QN4A 3WQ4A 4AZGA 1H11A 1E43A 1YF8B 1E72M 5FNXA 3NBEA 4A3YA 1NOUA 41BIA 4HJJA 4ZXLA 1HN1A 5EB8A 1JD7A 2KLLA 1RP8A 5GAQA 1J0YA 1XH2A 2RG9B 5CPTA 5HPZA 3O5WB 3UR8A 3WUFA 4RE2A 2HZ9A 1VB9A 2XSAA 1XSJA 3CHFA 1FWUA 1QNRA 2D7RA 3I3BA 3CLWA 1H2JA 2JF6A 3LMYA 3BAVA 1KCLA 5IHSA 4WLCA 2BXYA 1HVQA 4E4PA 5A8OA 3AZSA 2K4AB 2WHMA 1JT7A 3AJ5A 3LLPA 1KFWA 4GAFA 2VUAA 1UKQA 3BX1C 2WMIA 1R7OA 2XIBA 4QLJA 3JUTA 2WCAA 1PEZA 2FHCA 2UY3A 2GJPA 1LWJA 3K4AA 4AWEA 1WD4A 6I1BA 3AZVA 1I1EA 2CBUA 3EDEA 1MQQA 4HA3A 7CGTA 2DPEA 3W82A 3N04A 3C9ZA 4UOJA 3ARTA 5CGTA 3W6MA 1A8DA 5CG0A 4Q22A 4GPNA 3AIQA 1UWSA 4D6EA 4G6MA 2XVKA 4FK9A 4JCLA 4GI8A 1WO2A 1AVWB 4P7QA 2ZUTA 3CUFA 3VTRA 2GZBA 2BNJA 3TOPA 3PTQA 4U31A 1I1WA 1SR0A 3FJ9A 3HN1A 2VCCA 4W5UA 5C70A 1E40A 3OLDA 1ZB5A 2A3EA 1OQLB 1UH4A 1JI2A 1UD4A 3ZOAA 4EB2B 3JUGA 1BASA 1K9FA 5I5RA 2J7FA 1CNVA 5BXRA 3VEQA 3KL5A 4PMRA 1ISZA 1GJUA 1GORA 3ALFA 1WCGA 4DM1A 2VR4A 2XHYA 2VSAA 1UR1A 3VIKA 5I23A 3BA7A 4UFMA 2X05A 4QFUA 3CA4A 3BLKA 1DTUA 1UWQA 2G3MA 3ZJ6A 5JBFA 1LQ0A 3T0DA 4D6HA 1EDGA 2EPNA 3VIFA 4DM2A 1E1FA 3BAGA 3WF3A 1NARA 4ACZA 1V0KA 1KXVA 2EPOA 3FN9A 1CVSA 2D44A 3GBEA 3FGMA 4U33A 2F8QA 3K4DA 2AMGA 2WANA 3ZXDA 4PTVA 1SMDA 5E09A 4L4HA 3CA5A 1MFVA 4J3TA 1BFBA 3FJ8A 1JIBA 1MXGA 5C8BB 1WZAA 3QYDA 1C7TA 3AFBA 2WNWA 2WLYA 2KH2A 3ZR6A 3FJFA 4QP0A 2J4GA 2J3PA 3N7MA 1SFSA 7TAAA 1ILR1 4KMQA 3S8KA 3NIYA 1FHLA 2W67A 1E0VA 3WUEA 4QD2C 2FH8A 1XSKA 2OYMA 2OWWA 1UQYA 1J0KA 3W24A 2HVMA 1TWEA 1WNOA 3THCA 4PMNA 1W3LA 4Z2KA 1E15A 1EHAA 3BAIA 4HZ7A 2PWHA 3AIVA 2CXGA 2JE8A 4W8LA 1TG7A 4M56A 2O9RA 1QBBA 2ESCA 2UY5A 4JAWA 4TXEA 2I1BA 1TP0A 1VFMA 3OGSA 1UWRA 2HISA 4LGXA 2WKLA 3WNLA 1IOBA 5BROA 3WDPP 4ZE4A 5CXPA 4R27A 3MV01 3D3AA 4ENDA 1D3CA 1K9DA 3EDFA 1EO5A 3WDIA 5BQUC 3VILA 1GQKA 3WENA 3W38A 3WNNA 5FNWA 1YXWA 2QLYA 5IXEA 4CCCA 3N17A 3GH5A 1FV3A 1YHTA 3QOMA 5FKYA 5E70A 1JTCA 1R87A 4EANA 2VVNA 4GI6A 1XD1A 2GJXB 4Z8SB 1EIBA 5FIPA 3VSZA 1DWGM 1HWPB 3O49A 1CIUA 1QHZA 3T2QA 3NDZA 5A6LA 3FW6A 3RILA 2DRYA 3RPMA 3HJEA 2DT3A 4XFSA 4JFVA 4GZEA 1GOOA 3ARSA 1W3FA 4R6UB 3AZRA 1JZ6A 1Z0HA 5CQ1A 1W3JA 4B9YA 1XH0A 1BYBA 2QMJA 2C0HA 1HP5A 3PZNA 4OKDA 4CVUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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