5BXRA

Lnbase in complex with lnb-nhacdnj
Total Genus 234

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 234
structure length 634
sequence length 634
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxrA01
1FGAA 3A4XA 3M6DA 2AMGA 5A95A 2JF7A 3KEHA 1X6LA 4PBGA 3N17A 1MXGA 1Q6CA 2DSZA 4P7RA 2Y24A 4AEFA 3WO4A 4JRAA 5JBDA 4J2YA 1CGYA 3ZSTA 4UFHA 1FHDA 1UR2A 3CUJA 1P6WA 3GH5A 4PTMA 2J7BA 2YBTA 2NW0A 1KNMA 4DENA 4OOUA 1ITBA 4PMYA 1GNXA 1XCXA 5FD0A 4HPHA 3VTRA 3VSZA 4KC3A 4GIAA 3OA5A 1QPKA 1BA7A 3O4BA 3QHMA 1KR0A 1UOKA 1JGIA 3WMUA 2A3HA 3MV11 1K5UA 2NTDA 4I4UA 2XGBA 1V0LA 4G1RA 1JY0A 4I3NA 2ZIDA 1W9XA 3VGFA 3FJCA 4GAIA 1YBIA 4S3JA 4ACYA 2XVKA 2P39A 1UZ1A 1BFCA 3V0BB 3UG5A 2VU9A 1WDQA 2E8ZA 3TP4A 5HOSA 1DWAM 1J18A 1BFBA 3Q7YA 4ZXLA 1UKQA 1AXMA 1HKIA 1Y7VA 1IHKA 3WKZA 4AD2A 2YJQA 1CGTA 1AVXB 1BYBA 1XC6A 2PI6A 4N0RA 3NDZA 4KGJA 5IFPA 1SZ6B 3PBGA 4QO3A 4IPLA 2FGLA 2DT0A 2E0PA 2DSUA 4P8WA 2QPSA 3VD5A 6TAAA 2DT2A 4F83A 3WL0A 4PMVA 2AAIB 1DTUA 1EQCA 3BAGA 1DP0A 1V6UA 3EDEA 3RDKA 3OIHA 3MUAA 1BARA 2VX5A 1E72M 5FZUA 1E5NA 1JZ4A 3LMYA 1HJUA 1RP9A 1UWSA 2AOSA 1GHRA 2D2OA 3AFBA 3CA6A 3AXIA 4XFTA 3PZUA 3A4WA 4P0LA 4QC4A 1V6VA 1BAGA 1CECA 1CXHA 4FLOA 4KH2A 2PBOA 3SCQA 4PCTA 5HPCA 4HMEA 4MB5A 2WCGA 2D0FA 4ZFUB 3BADA 1TWMA 2C8NA 1JAEA 4OWKA 1VCLA 3PZMA 4RE4A 4F34A 5JIPA 1QVBA 3D5HA 1MQRA 3I3BA 4B9ZA 1H41A 4DEPA 3IIRA 2F2HA 4D71A 2WAGA 1DZCA 1D3CA 2E9BA 4W7VA 3MO4A 3OBTA 1CYGA 2BV9A 2J3PA 1E3ZA 3AMLA 4W8AA 5A6JA 5A1AA 3NIYA 2OYMA 2FGFA 3L2LA 1QHOA 1PX8A 2D43A 2DSWA 3ZXGA 4JHZA 2W4XA 4P8UA 1Z2VA 1L8NA 1YTOA 3CO4A 3WQ6A 2Q3NB 3HSMA 3S2CA 2CBVA 3AISA 3BMVA 1V6XA 1V3IA 2WHJA 4OKDA 3RMEA 3EMQA 4Z2GA 1E6QM 1BTCA 1GCYA 4MB1A 1I1BA 3OJVA 4ZGRB 3VIOA 4J3XA 3POKA 4FVVA 1XSIA 3VU2A 2WZIA 1TMQA 4ZBVB 2DIEA 2D24A 4E4PA 1RZOB 3LLPA 2J79A 2E4MA 2X0YA 4M82A 2VXTI 4PMOA 4CU8A 1WDRA 1X6NA 1RD6A 2ZX5A 4D8HA 4GKLA 3VNZA 3B8SA 4U33A 1J0HA 1DIWA 4OZOA 1VFOA 4U2YA 3MSDA 1WO2A 2WC7A 1MW2A 1RPKA 1RY7A 4F9JA 1WE5A 3BA4A 3CBWA 3FN9A 1CGVA 2ZX7A 2YL8A 3RM4A 4DUXA 4OEEA 1BYAA 2VZTA 2UY2A 3L2MA 3U5UA 4TOQA 1BF2A 4QD2C 4IHZA 5D9OA 2FHCA 2J77A 4ZA3B 4MNJA 5I24A 4D0ZA 4OEGA 3BRFA 1OM0A 1HF6A 4Q91A 1H0IA 5E6ZA 4Z2LA 5D9MA 5JUVA 4NRRA 1OIFA 2WSPA 2GJXA 1OINA 3SUWA 2XOAA 1XH2A 4GQQA 1H09A 1ZU8A 4LO7C 5FZZA 1SR4C 1HVQA 3MUIA 7A3HA 3NDYA 2GDVA 2PBGA 1LL6A 2GDUA 4ISRA 3WENA 4C7FA 3BXWA 1C8QA 4M80A 4HR6C 4I4QA 1PIGA 2GVYA 1JNDA 3CTTA 2F8QA 4U2ZA 4KRUA 1HWNB 4IZXA 2WRYA 1WZMA 3MMUA 1E0VA 1MC9A 1PJ9A 2VR5A 3R4UA 4I37A 2O92A 2G3JA 3GBDA 1C93A 4K68A 1FH7A 3CAHA 4G6JA 3RJXA 2UY4A 1PC8B 4LO0C 4CN1A 4L4IA 3RTJB 1WB0A 3F5JA 2QF8A 1WZKA 4UFJA 2VJXA 1E5JA 3CZEA 4A7KA 4W7WA 1Q6FA 3RILA 1E4LA 1HL8A 2E4TA 1IRAX 4BQ5A 3VGGA 3CA4A 1KXQA 4LO1A 4I1BA 4XZBA 1B90A 3V0AA 3WO3A 3TTSA 1R8OA 3UR7A 5I78A 1FV2A 2WVVB 3ARUA 4HZ8A 4OBSA 4J3UA 3ZJKA 4LGXA 2CESA 3AXXA 5E70A 3AZRA 1PIFA 2J74A 1JT5A 4PMRA 1TA3A 2XIBA 2MLLB 3JUTA 1EVTA 2MIBA 2YL9A 4AIOA 3AI0A 2ZUVA 1CENA 1FA2A 1XCWA 4AIEA 4C91A 2EPMX 4D6FA 3IM7A 1DWGM 4X37A 1MQQA 3KL0A 4Z2IA 5CJ5A 1VIWA 2ZX9A 1QBAA 4HMCA 1W3AA 1OGSA 3SUSA 1PEZA 2WZEA 4QAWA 1LL7A 1EOKA 3AMKA 3CMGA 4U3AA 5HBFA 5EB8A 4GI8A 1PX4A 3RCNA 1HCDA 1VF8A 2K43A 1ISYA 4Q9PA 4F79A 4CD8A 3A22A 3W25A 3OGGA 5C8BB 9ILBA 4J2KA 2CIPA 3M46A 1JT4A 3UG3A 3EBVA 3AJ5A 5E24E 1XH0A 1XHGA 4LQ1A 1RH9A 2FDBM 1UWIA 3CA0A 5DMYA 2ZUNA 4MDPA 2ZR1B 3WN6A 3MKKA 2W63A 1E1FA 2QYIB 5D61A 4GOVA 2PWDA 2GJPA 1HIZA 1EHNA 2PB1A 1YQ2A 2HZ9A 3CRHA 1HKMA 2WMKA 3WF4A 3N11A 2D3NA 1BGGA 4GZIA 1LJYA 3W38A 5DSSB 4DCKC 2PWFA 4KRTA 3MV01 1JXJA 2CCRA 5EFDA 2CERA 3ZT5A 4IUGA 2WC3A 3DYOA 3CA5A 2X0HA 1FH9A 4UCFA 5EHAA 1HJVA 1LLOA 1E4NA 4HOXA 4JPZA 3UJ4A 1EV2A 4H7VA 4MJ2A 4HOWA 5D9PA 4EKJA 1J0KA 4M1RA 4UR9A 2IHOA 4WSJA 4CD5A 1CEOA 2J78A 2XYLA 2A3BA 2VX4A 2WVTA 1C8XA 1A47A 4OEFA 4AZ7A 3AH1A 4CD7A 3BRDA 1QI4A 1XRVA 4IONA 4IM4A 2XGIA 5A2AA 1E1EA 2KI4A 1H1NA 5GQBA 2CKRA 5A8PA 3FJBA 1B3VA 1FQ9A 1BYDA 3GXMA 1W3FA 1GOQA 1W9DM 3AQUA 3QHNA 3NBEA 2XWDA 4JFWA 1JT3A 1J0ZA 2W5FA 5CPQA 3VWCA 3GNPA 4OW4A 4KEIA 3DECA 3PTQA 4P8XA 1ODZA 2J7GA 4R6UB 1ISVA 2WC4A 4DM1A 4AIUA 5I77A 5EFFA 2DIJA 1JDCA 5BRQA 4LO3C 5M03A 4J3SA 5BXSA 1BLDA 1UH2A 5A6AA 4CVUA 2CBIA 1V0MA 4AWEA 4FLSA 1JF5A 3BTAA 3AS3A 3SCOA 4X38A 5HPZA 2X8RA 5C71A 3VDBA 2XVLA 2WLZA 2OWXA 3WUBA 3O5WB 1BVZA 3FNDA 1BHGA 1FOBA 4L4PA 1GJWA 4J2XA 3PN8A 2D44A 2WHMA 3B9DA 1TUXA 1QNSA 2PWHA 8A3HA 2BVTA 4XB3A 1JFHA 3T0AA 3MU7A 2Z49A 4CVWA 3NUKA 3RMXA 3ARPA 3BA7A 5LA1A 3GNOA 4JKXB 4KEJA 1J0YA 4GO9A 5HDRA 5DT7A 3IK2A 3ARQA 4JFVA 3OLGA 1B9ZA 3N0KA 2XUCA 2GUYA 2XM2A 1NQ6A 4JKKA 1D0HA 3BC9A 4JZ5A 1JT7A 3I3EA 3CGTA 2WKGA 2J7DA 2VCAA 1CGWA 2XFYA 2ZWZA 4FLRA 1DQGA 1H2JA 1CE7B 1WPCA 4WKFA 31BIA 1MWOA 1NP0A 3NCOA 3W81A 5HXMA 3I2AA 2GZBA 3L4XA 2YIHA 1W9UA 4Z2JA 4R5EA 4PMZA 1ZJBA 3GH4A 1H49A 2OSXA 1KBKA 3WF1A 4OUJA 2O9PA 1GQLA 3BAIA 2EQDA 3BMWA 4PSPA 1UD5A 1HVXA 3N7MA 2BY1A 4H41A 3W28A 1SYTA 3VILA 1XZZA 1JDAA 4ZKTB 1W32A 5E9AA 3VKKA 3VGBA 3W6MA 1UH3A 2ZXQA 3OLDA 3SCWA 1KCLA 1BFGA 4BS0A 3LTQA 2HVMA 3AKHA 1MW1A 2PWEA 3FHQA 4HU0A 2BS9A 3N7LA 1AFCA 4USPA 4H8VA 3A23A 2VT0A 4AD1A 3W53A 1E40A 5CSUA 4CN6A 4UZUA 1DWFM 1WDPA 3BH4A 3E1F1 1PZZA 4H8UA 2V5DA 5KEZA 3T0DA 3IM6A 4P0KA 3CUIA 3DHUA 4IY8A 3EF2A 2AFGA 1HX0A 2J8FA 3WD2A 1BGAA 2EBNA 2XIIA 1UYQA 1BG4A 1EXPA 1NOWA 1W2PA 2CYGA 3HU7A 3O49A 3RTIB 1Q6EA 3LPFA 4UQ9A 2ZUUA 4X0NA 3FGMA 1ZBKA 3WQWA 3AHTA 2L5XA 3OGFA 1W1PA 4I4SA 5DZUA 3POCA 4P7NA 4PMQA 2ZUWA 1ZBVA 1EDQA 4QCEA 1E4IA 3BAHA 2FHFA 3VDAA 3SCPA 1YXWA 1H11A 4IISA 4QLJA 1NZKA 2DSKA 4HZ7A 4WF7A 2WBGA 3THCA 1K6AA 1IJTA 2WHLA 1KWGA 4AXNA 3A4AA 1JYNA 1C92A 2K8RA 3QOMA 4I7IA 3A07A 5A8MA 1V02E 2YL5A 5A2CA 2O9TA 4J28A 5GPRA 2XFRA 4ATDA 3PMEA 1U33A 1W3JA 2TAAA 2WMGA 3HMCA 4LO0A 4I0YA 4ACZA 3W82A 4JHOA 3UD9A 1XHBA 1UA7A 5BXRA 2VZUA 1UR1A 4UNIA 4PRWA 4AD4A 5ABGA 4CN4A 1UD6A 3H6QA 3AMDA 1E6NA 1ZB5A 2FFUA 4QP0A 1NP2A 2DRYA 4UQCA 2J7FA 3WDPP 4GP0A 1JG9A 3AYSA 4OBRA 2LIEA 4BF7A 2LIQA 1UKOA 5GAQA 1F31A 4JCMA 1GORA 5GNYA 1WBAA 5CPTA 3ZXDA 2ERMA 1HXJA 3UDAA 3EDFA 4AZCB 1UHVA 1JZ7A 3WQ4A 1EO5A 1OBAA 2DH3A 5F8SA 3NYDA 2YUGA 1CPUA 3OBRA 2G4FA 3QOKA 2X09A 1V03A 3V0AB 1ECEA 4YHGA 2OSWA 2Y9WC 4EB2B 1HT6A 3K1XA 1G94A 3IJ8A 1UR8A 1PZ2A 3FJJA 2XFFA 2CNCA 5HPOA 2YA1A 1PPIA 1OGGA 3FAWA 1MW3A 1TA3B 1CVSA 3ZMRA 1VFMA 4PYSA 1GPFA 1OT2A 3BAUA 2VO5A 3WD3A 4EFQA 1JNEA 1KBBA 4LYQA 1W3GA 4FK9A 4L4HA 4ZLBB 4LO2C 3H6RA 2JEQA 5JIWA 3U7BA 7TAAA 3FJFA 1MXDA 2YDQA 2WMJA 3AS1A 3W6LA 5M5DA 1AQHA 5BWFA 4ZFMA 1S0DA 3VD3A 1HN1A 4S3KA 4WIWA 4I1EA 1I1EA 3QYDA 2VZOA 4P8VA 4AZBA 4DM2A 3OG2A 1V0NA 2W67A 3VSFA 4WLCA 5BP5C 4GO8A 4UQAA 4PEEA 3BAKA 3HN1A 1JDDA 4N42A 4MNMA 3ZT6A 2DS0A 3ZM8A 1E71M 2WVUA 4JKMA 1G1YA 2ZQOA 3F1RA 3OBAA 4P6AA 3L4VA 1HKNA 5DEZA 4ISQA 4MPKA 1G9CA 2BXZA 1JZ2A 2XJ7A 4WSKA 5CZKA 3CZLA 1JLYA 1HKKA 1GGPB 1HP4A 3VPLA 2FGZA 2E8YA 2QV4A 2RGMA 4HOZA 3AIRA 4Z2HA 1EGZA 1UWQA 1Z32X 5LYRA 1QW8A 3CUFA 3GXFA 1TP0A 3BSGA 5A6BD 1DFQA 3CHCA 2VCBA 3T08A 3J7HA 4DWSA 3U5YA 2ET2A 2A3CA 3ZSSA 3GZAA 4QLLA 2PC8A 4I4PA 2WK2A 4WJXA 4M8UA 4AEEA 3PZVA 1J0SA 3K8MA 1FHLA 5A8NA 3UG4A 4ML4A 5F8YA 2VMFA 3DHPA 1NOFA 4AZ6A 1EQPA 1ONKB 5I1BA 3PZOA 1FMZA 1CIUA 4EK7A 2WVSA 3ZJ7A 1WCGA 1MD6A 1W9PA 4A7ZA 1BPLB 1JIBA 3VIIA 3VIJA 2DREA 3RPMA 3THDA 1JYVA 4MJ4A 1KQYA 4B3LA 4JFSA 1C3FA 4AN6A 6CGTA 2VC9A 3WNLA 4M29A 1VEOA 5AY7A 2Y9FA 4V2XA 1C7SA 2CETA 5D4YA 3IM5A 4JQ0A 3WMSA 4Z2KA 4E8CA 3OGSA 2WMIA 1E0OA 5CXPA 1VEPA 2EJ1A 3BRGC 5BOWA 3MS8A 9CGTA 1JLXA 4LO3A 1FWUA 2VX6A 4HA3A 2Y5EA 1JAKA 4GINA 5ECUA 4W87A 4IQPA 3NBDA 1NWSA 1UR9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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