5BXRA

Lnbase in complex with lnb-nhacdnj
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
molecule keywords Lacto-N-biosidase
total genus 234
structure length 634
sequence length 634
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxrA01
1GQJA 2VCAA 5BQUA 3VX1A 3BADA 3VD7A 4CGTA 4I1EA 1BLDA 3VT2A 1DQOA 4UQDA 4YHGA 1FMZA 3BA5A 1T9FA 1KNMA 5HOSA 1NWRA 2W92A 1JAEA 4RL3A 5HBFA 3BAWA 1QHOA 5BROA 2CNCA 1W3FA 1IILA 2J7DA 3ARZA 3A21A 1HKNA 1V3KA 4BQ2A 3VIOA 1QOXA 3AKGA 3B9UA 4CCDA 4GPNA 3IANA 3GZAA 1YQ2A 4EK7A 2AAIB 2MLLB 1JI2A 2GJRA 2G3NA 4PMVA 2WMFA 4NSBA 1KCKA 1HX0A 1EVTA 4UQ9A 4WKAA 5E6ZA 2WAGA 2WB5A 4UOZA 1NP2A 3NDYA 4Y7EA 2X2YA 3HOMA 5IFTA 1Z4SA 1CXIA 1E56A 2E9MA 4GI6A 2ZUVA 4X38A 5BXRA 1HP5A 1KGXA 1CEOA 1J18A 5LYRA 3AHTA 3A6OA 3OJMA 3ARQA 1H0IA 1CGWA 1HWOB 5A6SA 5ABFA 4I96A 1MXGA 4I4UA 3U5UA 3NSMA 4AISA 4PSPA 1BFNA 7TAAA 1E4LA 2UY2A 2ZXDA 1NQ6A 2DRYA 4I37A 1R8OA 1FV2A 2DSVA 4PMDA 3T2OA 4NZCA 3FJCA 4QKSA 2DH3A 4AD3A 3SCPA 4CCCA 3VT1A 1ZBVA 3WD2A 5KEZA 5FL0A 4LO8B 5G00A 4FLRA 2VUYA 5A8OA 3P6JA 4PMXA 5CLWA 4H9WA 3WD1A 2VXTI 1F4HA 2DGAA 1JY0A 1L0PA 4AZGA 1FQ9A 1AVUA 2WW5A 3WMVA 2WHKA 2K43A 3L4TA 1OB0A 5F7UA 4WSJA 3RJYA 4DUVA 4QCEA 1J11A 1Y7VA 3LLPA 3SNVA 4MNMA 1CZ1A 3EDFA 3Q7YA 1NH6A 4EE9A 1PUMB 2LIEA 4XFSA 1MVYA 3AICA 4BQ3A 1WDRA 1W1YA 1CLXA 4AZCA 1Q04A 3NJ5A 1N82A 1QI3A 4JFSA 2WMIA 1NOFA 2Y4SA 3IK2A 3WH9A 2VI0A 3H6RB 3RM9A 1ITXA 3WUGA 1ODUA 2CBUA 1UD2A 4X39A 2CYGA 2VX5A 3WQ8A 5M3WA 4CN6A 2DIEA 3LPPA 4CN4A 1FH7A 1DEDA 4LO1A 3NSXA 4GI9A 3O4OA 3WINC 4WK9A 2PWGA 3WDJA 2BXZA 2ZX9A 4PN2A 1PZZA 3VGFA 5JIWA 1JYXA 1UG6A 3CO4A 5CG0A 3CA3A 3NYDA 3W4RA 1JNDA 4NF7A 3CUIA 1VFMA 3WBAA 5IHSA 4EAMA 1M03A 1B1YA 3WFZA 1GQKA 3AHVA 3CHFA 1TG7A 4P0KA 2DT2A 4PMYA 3N0KA 1OGGA 2WC3A 3V0AA 2Y2WA 1UWUA 3ZR6A 3K46A 2G3JA 3O49A 4MNLA 5A8MA 2PWDA 4XZBA 4QD2C 2WHLA 3VIFA 31BIA 1B90A 1RMLA 3O9NA 4E2OA 5FCZA 3SCSA 2HZ9A 1TVNA 1JLYA 2VSEA 4CCEA 1CXEA 1CDGA 1TMQA 2KLLA 2BHZA 3GBEA 4UQAA 1W9UA 3FAWA 2O9RA 4GIAA 1C90A 1KWKA 4W85A 3BCFA 2F8QA 1OWQA 4ZFMA 3AH1A 3WD0A 1PEZA 4JKMA 4QKRA 3ZC8A 1XZZA 1V0MA 1BGAA 1LWJA 5AC4A 3BLPX 3GDBA 2CXGA 3AQUA 4PUEA 1ISXA 1W3JA 3BAYA 2VX7A 3AROA 3BB2A 3T08A 2VZOA 4IUGA 3IM7A 1XGZA 1E0WA 3S8KA 1JFHA 1V08A 5E70A 5HPZA 1K9EA 3S8JA 2VVSA 3AXHA 1KXQA 4F9DA 4P8WA 4QFUA 2XUCA 4I8MA 2WC7A 4W7WA 3CHEA 2F2HA 4AY1A 1GVIA 1UOKA 1VFOA 3N11A 1KXVA 2XM2A 3LPGA 1BYAA 3IAQA 3L2LA 4AMCA 1UWTA 4P8UA 3ZM8A 5IFPA 4K68A 4S3JA 3AKIA 3LMYA 5BP5A 3VGDA 1JZ8A 3I3DA 2XJ7A 3O4BA 3UEQA 2GUYA 1UHVA 3BRGC 1X6LA 4BQ5A 4JHOA 4YOLA 1GORA 5CSYA 3MALA 4H8UA 3W25A 4F83A 2HVMA 3ARVA 2VQUA 2YDQA 3VD9A 1K6AA 1UD5A 4JZ5A 3WN6A 4F66A 3OGRA 3SCUA 4J2XA 1GJWA 4QP0A 3FW6A 3SEPA 2YBUA 3AIQA 5BXPA 5BXSA 3PTQA 2BVYA 1MW1A 4AZHA 1U30A 1UQYA 4D6DA 3FGMA 1SR0A 2VMFA 1S0DA 1S0EA 3A4AA 4ACYA 2ZE0A 3VIJA 2YIHA 1KGWA 2Y5EA 1ZB5A 4G9NA 2VNCA 2GZBA 2P23A 2HISA 2A3HA 1ZBCA 5JBEA 1CPUA 2WRYA 4JKLA 2YLAA 2DEPA 1CGUA 4M1RA 1UH3A 3ZQ9A 4AZIA 2ZUNA 5CSUA 5GQBA 4ATLA 4OEFA 1C8XA 4QC4A 3VNYA 4GAIA 1NWUA 3BAKA 3HMCA 3CZKA 4AN6A 1E1FA 1WKYA 4P7QA 2ZQNA 4JCLA 4KMQA 1BPLB 3WQ5A 3VDCA 3E8LC 3Q7XA 1UR1A 1MFVA 1G9DA 3PZNA 4FLQA 1F4AA 4C7FA 1C7SA 3CZGA 4XUYA 1UA3A 2FHCA 3NJ3A 1JTCA 3VGEA 1NUNA 2CHNA 3AMDA 5FKYA 3WD3A 3W82A 3AYSA 1ZU8A 3BXWA 4HZ6A 1JYWA 3FJ8A 3W38A 1HKMA 3DHUA 5I24A 1GQIA 2NVHA 2CBIA 1XYFA 2Y8KA 4UQBA 3N17A 4PMQA 2QPUA 3D7WB 5BYWA 5I3DA 1BASA 1WDSA 1SMAA 3NUKA 4E8CA 3GM8A 1WD3A 4LO0A 2HWAA 4CKQA 2VX6A 1JYVA 2BY2A 1WZLA 4EEEB 1CWYA 1Q6FA 3AS3A 4OWJA 2EXOA 4AD5A 1FGAA 3AJ6A 1CECA 1CNVA 1CXLA 3T0BA 1R7AA 2XFRA 1HN1A 2YL6A 1SR4A 4OBSA 1W3LA 4LO3A 2VX4A 1EQPA 1J0JA 3OIHA 1RY7A 2CKRA 3G6LA 4B9YA 1KB3A 4HOXA 1V6XA 1JG9A 1O7AA 1DWFM 1KGUA 1KR1A 2OSXA 2ZUSA 4UOQA 2WBCA 3K4AA 4EFRA 4J3UA 3O44A 1B30A 4PCSA 1G9HA 3RCNA 4OJYA 1JF6A 1XCWA 5LA1A 5A6BA 2YA2A 4X0VA 1CGYA 4D6IA 3VINA 3F5LA 4UQEA 1WPCA 3WQVA 5A95A 1LWHA 2JF6A 5FD0A 2D0HA 2KI6B 4JKKA 1BA7A 1OM0A 3FY1A 3ECQA 3PG0A 1ILR1 1E40A 3MUIA 3V0BB 4Z9WB 4QLJA 1DWJM 3K8LA 2CETA 1NOWA 2VRKA 1VBUA 1AQHA 1WB0A 5CZKA 4IZEA 4H2CA 1J0IA 5D4YA 5DMYA 3WDRA 5B2HA 3WEZA 1BVZA 4H41A 1XSJA 5CLTA 2XYLA 2YBTA 3NBCA 5GNZA 3BA7A 3FJDA 1IV8A 1KXHA 3O6AA 4BZYA 3IAPA 4PMZA 3WNLA 4B3LA 2J7BA 5JMCA 1JZ7A 1WNOA 1JT5A 5A8PA 3WH7A 1BLIA 2FFVA 3BRFA 1GOOA 2BY3A 4LO2C 1VB9A 4U3CA 1B3XA 4I0YA 3RM8A 1E6ZA 2VUAA 2ZUWA 5E6YA 5A2CA 4N0RA 3OGGA 4JIEA 4A7KA 3O4CA 2G41A 2QN4A 1PJ9A 1Q6GA 2VTFA 2XGIA 4FMVA 5IDIA 1BLAA 1S0LA 4ATDA 2D0FA 4U3AA 1RP8A 2DQXA 1Q03A 2E9BA 1E73M 1UH2A 3TTQA 1PPIA 2BHUA 4I2SA 4U2YA 2J7GA 4DWSA 1V3LA 4M56A 3FJAA 3IAGC 2A3AA 1XG6A 3AI0A 1ISVA 3R4SA 1C3FA 3TC2A 3PBGA 3L4YA 3CUFA 4JKXB 1CIUA 1E0VA 4ZFYB 3BTAA 4RE2A 1GW1A 1YTOA 3PTKA 4WJXA 4PSRA 3WMBA 2Z1KA 1GPFA 3K4DA 1WDPA 2XVKA 4TVDA 4W93A 3W6LA 5HNNA 5CQ1A 3BX1C 3OLEA 2JEPA 1G82A 4HMCA 1OCQA 3CUHA 1V0LA 21BIA 4H04A 1B3YA 2BFGA 1MW2A 1LQ0A 1GUVA 1BFCA 4CD4A 5BXTA 3IIRA 1BTCA 2DPEA 1TUXA 4UCFA 3VO0A 1R87A 3WDPP 4CN1A 1HIBA 5CJ5A 3WMSA 1K9FA 1CYGA 3OLGA 3FFZA 2DSUA 2ZX8A 4KGLA 1WZKA 2ZUMA 3FNDA 3P53A 3ZX7A 2JALA 4GQQA 4OKDA 5M03A 1UD8A 1E6NA 1E6RA 3VDAA 1TA3B 4ACZB 2D43A 1E72M 3RILA 3ZT7A 1ITCA 1LL7A 5GPRA 3GNRA 3VNZA 3ARXA 4C7GA 3TOPA 1H3GA 4OZOA 4Z2HA 3AKHA 1QPKA 1NWTA 1MQPA 1R86A 3AIEA 3WMUA 1NARA 4KGJA 1G5AA 4ZENA 3WNNA 2CIPA 1OQLB 1SZ6B 1XC6A 1XH1A 2HWMA 1NM9A 3BMWA 4ZXLA 2IUZA 4J3SA 3CPUA 1GHSA 2C8NA 2XTKA 1GOQA 4PTXA 4YHEA 2BY1A 2P39A 3GNPA 4QBCA 1HWNB 4Q22A 2YDSA 2GDUA 4CU6A 4J3TA 1AVAA 5A94A 3CA6A 1ZJAA 4GQRA 2RGMA 5I5RA 1E6SM 3CZEA 1UWQA 4JFTA 2AAAA 3CUJA 3ARSA 4ISQA 1BGGA 3RMEA 4KEKA 2WMGA 2WKGA 5CPQA 3AZRA 2QMJA 3MSGA 3N1AA 4HMEA 2DS0A 1RZOB 4PYSA 1XRVA 1XH2A 3PZMA 1UKOA 1QNOA 1BYCA 5LA0A 1FHLA 3VD4A 2PBGA 1YBIA 2WC4A 4YN5A 3UJ0A 2YKKA 3LPOA 5IXEA 3AZWA 4N42A 4I4SA 3WEOA 1V3HA 4P7NA 4I4RA 3OGFA 2E9LA 1KBBA 2X2SA 1IT0A 3BA4A 3RIKA 4DCKC 4Q9PA 5CPTA 1YXWA 3A23A 3WH8A 1IZJA 1OGSA 1RD6A 2FDBM 2WCSA 2WZHA 3VM7A 4HA4A 4MPKA 3UD7A 5D62A 2KI4A 4G1RA 3AS2A 3A22A 4E4PA 2BFHA 4UFKA 1W2VA 4ZXOA 3EDKA 1FFQA 2W91A 1QI2A 1BFFA 3VDBA 5A6JA 4EFPA 4MAZA 2BEAA 1NWSA 4W8LA 1HNYA 5ABGA 5EFFA 1GOMA 3NDZA 4ZFWB 1MWOA 1QQKA 3OLDA 4LO0C 1TP0A 2CBVA 4ML4A 1UYQA 4BCEA 2VLCA 3DECA 3N7MA 2GJXA 2VZVA 2Z48A 1ISYA 1SFSA 3TP4A 3CQAA 1UKSA 3RMYA 1JD7A 1SR4C 1PIGA 4GXPA 5D9OA 3BMVA 2EPOA 2V3GA 4UZSA 4TVUA 4D1JA 5FNWA 3GBDA 1V0NA 3UJ4A 4HA2A 1HJQA 1QI4A 1AVXB 1XV8A 4EKXB 1HP4A 3NBEA 3PZ9A 2RG9B 1HKIA 3KMVA 4V27A 2DSWA 3FUQA 4QBVA 3FAXA 4MADA 4AZ5A 4TVCA 1QVBA 4LYRA 3B9EA 1D2KA 2MC2A 1OIMA 2WHJA 1ZJBA 2WVVA 5ABFB 1EXPA 1HCEA 4I1BA 1EOKA 1OGBA 1E5JA 3CHDA 1BSIA 1DHKA 4U2ZA 1V0KA 3SCVA 3I2XA 3HSMA 3OBRA 3MUY1 4GZJA 3RSJA 3MS8A 1IOBA 3EDJA 1J0SA 1L8NA 4AD2A 2XPKA 4B15A 1K5VA 1BG9A 4HU0A 1G1YA 1QNQA 1D3CA 3BGAA 1WE5A 1S0BA 2CEQA 3ZC9A 3OLIA 3THCA 2BVDA 2D0GA 2XSAA 3VIHA 3TTYA 2W62A 2ZX6A 3M07A 4TTGA 2W67A 1G9BA 1ISZA 4MJ2A 1E4MM 2GSJA 1K5UA 1M16A 4Z2JA 4OEEA 5GAQA 1TCMA 4GAFA 2VC9A 4C7DA 3BH4A 1C7TA 1FH9A 3AHZA 3CZJA 3MO4A 1ISWA 3OB8A 2A3CA 4AZCB 3UETA 4MAVA 1PZ2A 2WMIB 1OIFA 1MQQA 2AXMA 5E09A 1SYTA 4MNKA 1VBRA 1DP0A 4QO3A 2AOSA 1PX3A 3AJ5A 2VR4A 1RG8A 5FZUA 2ZOXA 4WSKA 4DWSC 3A4XA 4JAWA 4J3XA 3ZT5A 4DUWA 4PC4A 1LJYA 3W26A 1EYLA 1L2HA 5D63A 5DEZA 4CU8A 1I1BA 3ZSSA 2FFUA 1UWSA 3VILA 3I3BA 3OZPA 4HZ8A 3I3EA 3CZLA 1A8DA 4HR6C 2C7FA 4DM2A 1NZKA 2J47A 1E70M 3F1RA 1XCXA 1XSIA 3JUGA 1Q1UA 4HOWA 2WWCA 4L4IA 4WKHA 1XD0A 4AC1X 3HALA 2DRZA 1ZS2A 4JQ0A 1JZ5A 1AQ0A 1P6WA 5EFDA 3V0AB 2FGFA 1TWEA 2YUGA 1ODZA 1D0HA 1Q6EA 1QNPA 3K8MA 3OGVA 3BAOA 3W6MA 1OD0A 1B3WA 1W3HA 1MXDA 3OG2A 4ZA3B 3WF4A 3L4WA 1FOBA 2F2FA 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