1M7JA

Crystal structure of d-aminoacylase defines a novel subset of amidohydrolases
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
PFDYILSGGTVIDGTNAPGRLADVGVRGDRIAAVGDLSASSARRRIDVAGKVVSPGFIDSHTHDDNYLLKHRDMTPKISQGVTTVVTGNCGISLAPLAHANPPAPLDLLDEGGSFRFARFSDYLEALRAAPPAVNAACMVGHSTLRAAVMPDLRREATADEIQAMQALADDALASGAIGISTGAFYPPAAHASTEEIIEVCRPLITHGGVYATHMRDEGEHIVQALEETFRIGRELDVPVVISHHKVMGKLNFGRSKETLALIEAAMASQDVSLDAYPYVAGSTMLKQDRVLLAGRTLITWCKPYPELSGRDLEEIAAERGKSKYDVVPELQPAGAIYFMMDEPDVQRILAFGPTMIGSDGLPHDERPHPRLWGTFPRVLGHYSRDLGLFPLETAVWKMTGLTAAKFGLAERGQVQPGYYADLVVFDPATVADSATFEHPTERAAGIHSVYVNGAAVWEDQSFTGQHAGRVLNR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of D-Aminoacylase from Alcaligenes faecalis DA1. A NOVEL SUBSET OF AMIDOHYDROLASES AND INSIGHTS INTO THE ENZYME MECHANISM.
pubmed doi rcsb
molecule keywords D-aminoacylase
molecule tags Hydrolase
source organism Alcaligenes faecalis
total genus 172
structure length 474
sequence length 474
ec nomenclature ec 3.5.1.81: N-acyl-D-amino-acid deacylase.
pdb deposition date 2002-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 1m7jA01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 1m7jA02
3.30.1490.130 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Dna Ligase; domain 1 D-aminoacylase. Domain 3 1m7jA03
2DVTA 4NG3A 4TQTA 3PNZA 1V79A 3E0FA 2G3FA 2Z25A 3LS9A 3LGGA 3TN3A 4CNTA 4GY7A 3OODA 1GKPA 3RCMA 4C6EA 3AUOA 2FVMA 1HZYA 3SFWA 4PBFA 3LU2A 4E3TA 4B91A 2VC5A 4IG2B 4QS6A 1A5NC 2OOFA 1KRBC 4GBDA 3UBPC 4CEUC 1PTAA 1RAKA 1NDYA 3LSBA 4DO7A 1RA5A 2R1PA 4CNSA 3GRIA 3MVTA 3NEHA 3MDUA 2HQAA 4H9VA 3URBA 4KEZA 1ONWA 2OB3A 1E9ZB 3OOQA 2PUZA 2FTYA 2Z00A 1FWAC 1S3TC 4L6DA 2W9MA 1A5KC 4DLMA 1EYWA 4CEXC 1XGEA 3PANA 1UIPA 4DYKA 4GY1A 3T81A 4WGXA 3A3WA 1EJWC 3GG7A 3WYZA 3E2VA 1QW7A 3LSCA 2P9BA 3UR5A 4BJHA 1RJRA 4KIRA 4C5ZA 2PGFA 2AQVA 3S2NA 3TN4A 3GU1A 2DVUA 4HJWA 4EPKA 3AU2A 1YMYA 3S2LA 3V7PA 1BF6A 4LFYA 1KCXA 4ERAA 4HK5A 4KF1A 2OODA 2VC7A 1I0DA 2HPMA 2GSEA 3O7UA 4ZSTA 1R9ZA 2GOKA 2YZ5A 3RYSA 4F0SA 1I0BA 2Z7GA 3MDWA 4XD5A 3K4WA 1EJRC 4LALA 2F6KA 4CQBA 3TN6A 5FSEC 4F0LA 4H9ZA 3URAA 3F4DA 4GC3A 4NP7A 4KEUA 3GTHA 3IJ6A 1IE7C 1YNYA 2O4MA 1XRTA 1WXZA 4C6FA 3D6NA 1YBQA 4RDZA 5E5CA 4C65A 3EWCA 1EJUC 4H9XA 4RZBA 4ERIA 2D2JA 2IMRA 3QGKC 3MTWA 1A5MC 2PGRA 2AMXA 4EPEC 2D2GA 4LEFA 4GX8A 2GWNA 3LA4A 3F2CA 3O0FA 1FWCC 3OQEA 4HK6A 1FWBC 4RDYA 2EG7A 3F2DA 4DNMA 5LXXA 4DLFA 4XAGA 1POKA 1V7AA 4LCSA 4C6NA 4L9XA 4IH3A 3OVGA 4GZ7A 2D2HA 2Z2BA 4C6IA 1J79A 4C6BA 4RDWA 4AC7C 1ITUA 2UZ9A 4G7EB 1RK6A 4B92A 1A4LA 4J5NA 2WJEA 2CZVA 2R1LA 4G2DA 1EJXC 1O12A 4C6QA 1NDZA 3GTIA 3B40A 4C6DA 1RA0A 3IARA 3F2BA 3PAOA 2E25A 4KQNA 1K70A 1KRMA 3QY7A 2QT3A 4NI8A 2Z26A 3IACA 2AQOA 3WZ0E 1FWHC 1K1DA 2EG8A 1UBPC 3F4CA 4HK7A 3LGDA 3FDKA 2HPIA 1EZ2A 5G4HC 4EPDC 1V51A 3ORWA 1YRRA 3MVIA 1VFLA 2RAGA 1NFGA 4G7EA 2Z27A 2E1WA 4XD4A 3E74A 1P6BA 3K2GA 4RDVA 2BB0A 3GIPA 3KM8A 3HM7A 3TN5A 3AU6A 3DC8A 4H01A 4QRNA 4I6KA 4XAZA 2PAJA 2YB4A 4ERGA 4HA0A 2Q01A 3DUGA 1FKXA 3ISIX 4PE8A 4INFA 1M7JA 4EPBC 1PB0A 4WVXA 1XWYA 1GKQA 3QY6A 1YBQB 3TNBA 3IRSA 4C6LA 2YB1A 2GZXA 3SO7A 4J2MA 2WM1A 2WJFA 3CAKA 4LCQA 4XD6A 5HMDA 4LAOA 4ICMA 4MUPA 3URQA 1RK5A 2Z28A 4RE0A 4DI8A 2VM8A 1J6PA 4XD3A 2QS8A 2R1NA 3PBMA 2P53A 1JGMA 4IFKA 3UR2A 3FDGA 1FWFC 1E9YB 1WXYA 4D8LA 4C6CA 4V1YA 4DIAA 2UBPC 2R1KA 3LNPA 2EG6A 4H9UA 2ADAA 3S2JA 3MSRA 3HPAA 1A5OC 5A6TC 3NQBA 3E3HA 2XIOA 3MJMA 4QS5A 4PCPA 2GWGA 2ANUA 1GKRA 1ONXA 4Z42C 4CNUA 1P6CA 1V4YA 4PCNA 4R7WA 3ID7A 2QVNA 4C6KA 1K6WA 4R85A 1FWDC 1ITQA 4C6PA 1UIOA 2Z4GA 3FEQA 2HNHA 5HMEA 3S2MA 4QSFA 4DZHA 4J35A 3OJGA 3T8LA 1ZZMA 1EF2A 3IPWA 2R1MA 4P5UA 3QGAC 3URNA 4IF2A 4KEVA 3B0XA 3JZEA 4PBEA 4BKNA 1NDWA 4LCRA 1FKWA 4IGNA 1O5RA 5HMFA 2DVXA 3NURA 4OFCA 1QXLA 2FTWA 2A3LA 3ICJA 4IFRA 3GGMA 3A3XA 1M68A 4XAYA 3QY8A 4R88A 4GYFA 1FWEC 2VR2A 1DPMA 1R9YA 1V77A 1J5SA 2Q09A 4YIWA 1NDVA 2Y1HA 1RJPA 3CJPA 1FWIC 1PO9A 4UBPC 2WJDA 4GX9A 3GU9A 1J6OA 4BY3A 4DI9A 1XRFA 4WHBA 3E38A 3MKVA 4CQDA 3EGJA 1M65A 2Z2AA 2OQLA 2QPXA 3UF9A 4XAFA 1EJVC 4QROA 4I6VA 4C60A 4H9YA 4IFKB 3IV8A 4JOMA 4IG2A 3UPMA 3C86A 1R9XA 5CH9A 4C6OA 4LAMA 4C5YA 4IGMA 3GTFA 4GOAA 2BGNE 4CQCA 1KRCC 3PNUA 4GXWA 2VHLA 4M51A 4UB9A 4C6JA 4LANA 3WMLA 2FFIA 1P1MA 4GY0A 1A5LC 4IFOA 4LAKA 4AQLA 2P50A 3T1GA 1FWGC 2ICSA 3N2CA 1W1IE 3GTXA 4B90A 2HBVA 4H00A 1YIXA 4QTGA 4KERA 4V1XA 3GIQA 2I9UA 3DCPA 3IGHX 3K5XA 3OU8A 3B0YA 3S4TA 5FSDC 1EJTC 3GU2A 3R0DA 4KESA 2FVKA 1UMLA 3CS2A 4C6MA 1RJQA 5AKQA 1EJSC 2KAUC 3EWDA 4ZSUA 4H9TA 4IQJA 1POJA 3E0LA 4F0RA 3HTWA 3ITCA 3RHGA 1KRAC 3BE7A 2HBXA 2I5GA 1ADDA 1PSCA 3LY0A 4LH8A 2Z24A 3GUWA 2OGJA 4KETA 2Z29A 1FWJC 3G77A 3A4JA 4EP8C 4DZIA 3RN6A 2O4QA 4B3ZA 4H9MA 3MPGA 2VUNA 2ZC1A 2YXOA 4GK8A 2PLMA 1A4MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DVTA 3LMLA 1PBGA 1K9DA 4GGHA 4C6EA 1EXPA 3GIDA 4JHMA 1T6MA 3A4AA 3BQ0A 3CEUA 4PBFA 5K2MA 3LHTA 3YPIA 3U2ZA 5K9CA 2QCLA 2NUWA 3SB0A 2F9RA 4QISA 3SCTA 4HSOA 2D73A 1AQFA 4BFAA 3GV7B 3WMBA 2PDXA 3GAKA 3RLHA 4ED0A 1O7AA 1FH9A 1RSCA 3ITOA 4NNCA 1IEQA 1XDJA 3GUGA 3CLMA 3BLDA 4LU0A 4X9SA 5DMMA 3S1GA 2DW7A 2ZA2A 1ZTVA 1KM5A 4M3PA 3S9IA 1TV7A 5F9LA 4QM1A 4BEQA 2OH2A 4H8UA 3JZIA 1DQWA 1RUSA 3VX0A 3EWZA 1EYEA 1FOBA 1IT8A 2XN0A 1KM2A 4I9MA 4AVFA 3PN1A 5EPDA 3UQNA 1WZKA 2POZA 3E0WA 1NWRA 4NX0A 3VNZA 3W1QA 2CW6A 4GMEA 1KCXA 3MI6A 1U22A 4HK5A 1SUXA 5E09A 2ZRYA 2HPMA 4WJXA 1XGDA 3S46A 3QR1A 2QNEA 1EJRC 3W53A 2YLLA 3QF0A 2W9CB 5CAEB 2W0UA 2GDQA 3FS2A 2W5FA 5KT6A 1I60A 3ARWA 1UWQA 1YNYA 1XBXA 4GIYA 3HV8A 3JSLA 4Q33A 2IQDA 1Q7QA 4GC4A 1YBQA 2D22A 5FOOA 3TZNA 1HJXA 4MY8A 5H80A 2RJHA 2GGEA 1JI1A 5D2TA 5KFPA 3FNDA 4AZIA 1I94H 4Z0SA 4CQ9A 1XD0A 3B8SA 4L64A 3CZKA 1JPDX 4US5A 1ZBCA 3MR5A 3WLLA 4R9OA 1OCQA 4NZ4A 4WOZA 4R34A 1CWYA 3NJ3A 3KCJA 3P5ZA 2XN2A 1S2WA 5CBIA 3R4IA 3M6YA 2D2HA 3OHBA 4JL2A 2E5BA 4L1GA 1WCMA 4AWSA 4JI5H 1KBIA 4Y9NA 1ODUA 4J5NA 1RPXA 2WJEA 1LUCA 3W7HA 4AYBA 3PTKA 3BICA 3W7JA 3RIKA 3QYQA 4IQEA 2GGGA 5GVJA 1KRMA 3KS5A 2Z26A 3IACA 2HWGA 3CQZA 1PKMA 4UTWC 2IUZA 4POCA 3UY7A 1C9WA 3FDKA 5A8NA 2V5AA 1NP0A 1WOAA 1E6RA 3BLFA 2YXXA 4E8GA 2OKOA 3NG3A 1I50A 2O55A 4ONVA 3CZEA 3KBNA 3OZMA 4BI6A 3TR2A 2BQ3A 2CZFA 1BNCA 2WAQA 2A3HA 4RXFA 5FJTA 1XLJA 4QRNA 3DXIA 4BQ2A 3G3MA 4XAZA 1ZHQA 3WQ5A 3W81A 1QJWA 2VUMG 3ISIX 1H60A 4NXMH 2O9TA 4W8BA 4RAYA 1HW6A 5FL1A 1PKYA 1ELSA 1FXPA 3ARRA 4NVTA 1YBQB 1WKDA 3GC4A 3CAKA 3QEZA 4LCQA 3QV7A 4XD6A 5DCDA 4Z1CA 1QK2A 2Y7EA 5MHBA 2WXDM 1CGUA 1LBLA 5JU6A 2R1NA 2P53A 4PMNA 2DUAA 1W9VA 3WD3A 3FMAA 2CHRA 3TW7A 4DIAA 2E9MA 5J04A 3ETHA 3TOYA 1BTMA 4FS2A 1JDFA 5HUOA 4K39A 4S3AA 2WHMA 4Z2LA 3RNDA 3CQKA 4IMFA 4UTFA 3TONA 1BVWA 1OD0A 1UR2A 1LUCB 2AU0A 3W01A 3GTKA 3ID7A 1CCWB 3ABRA 1EX1A 4R85A 4C6PA 5KFYA 1LL4A 2V4QA 4AHOA 5CJ5A 3I12A 2ISWA 1HF6A 3OJGA 3THDA 2NLYA 3QPYA 1TMQA 3H7VA 5KINA 4PUWA 3B0XA 4NT0A 4BKNA 2RDWA 4Q7BA 5HMFA 3IJ9A 3W2KA 1QXLA 4YTRA 4CKQA 3PR4A 3M5YA 3W24A 1XHGA 1LRTA 1HJWA 4R88A 4W84A 4ZZ9A 3LV6A 3A22A 2XG9A 2HS6A 4ECTA 1HKWA 4EVZA 4HZMA 2Q09A 2FB9A 1RY8A 3AHYA 4QGCA 4ROQA 3L2IA 2X16A 3VK5A 4LBRA 3UJFA 4FHAA 1FWIC 1QU4A 4S3GA 3GIIA 1CXKA 4LY8A 8XIAA 3KWSA 1M65A 1VHNA 2Z2AA 1XDLA 1W3TA 1AH3A 1XQLA 1YTKA 1LBMA 4QROA 4UMCA 1OX4A 4WUIA 5GQBA 1GZ1A 4MA0A 3IV8A 1IWAA 4PRWA 4EE9A 3LN3A 2W7OA 3LENA 1KB3A 2J7CA 4C90A 3RBDA 5LA0A 6ENLA 4NX5A 2Y0SE 2J79A 2OLHA 1JKJB 3EX4A 1HL2A 4CQCA 3WH9A 1WOBA 1VEPA 3EYPA 1B33N 3MP3A 1Y1WG 3F7JA 3OEXA 3HIJA 4LAZA 3CUXA 4QWAA 5LNWA 1GSAA 1P1MA 4LAKA 1DIDA 3IN5A 4AYSA 5KG2A 2HBVA 1Q6GA 3PB2A 1L0PA 4F79A 4MV9A 3OU8A 3S4TA 3MUIA 7REQA 1GOWA 2DH3A 4AB4A 2R82A 4MNKA 2PODA 3NDOA 5L1LA 1Q7ZA 3EWDA 2ZX8A 2JGYA 4F4XA 2EJ1A 4L4OA 4DXKA 1YQ2A 2WZEA 2XCLA 2ZX9A 1SCUB 2VPQA 2DV0A 3LHVA 1Y1VG 2R91A 1EH9A 3UWQA 2ZTJA 2OGJA 4KRZA 4MJMA 5AFDA 1NF0A 1PPIA 3VDGA 4L80A 1SFTA 3GFYA 3UQ8A 2ACSA 2PDHA 1IR2A 1ZALA 5AC8A 1TE1A 3VD9A 2UUCH 3MPGA 2QF8A 4ECVA 2I5IA 3C2OA 4JL1A 3L65A 2WK2A 3EWXA 4GY7A 3GE7A 1GKPA 3AUOA 4YWSA 1M6VA 1ECEA 1OX4B 3MR2A 2YCHA 1AMKA 4GACA 4XZ3B 3N4FA 2HCVA 4DRSA 3UA4A 1JCYA 3HQ1A 4LY4A 3WQ8A 4ZQCA 3T2PA 4JEJA 4LQ1A 1VFFA 2DORA 4LSBA 1W8GA 3EDDA 3C3NA 3KVMA 4AVNA 3FKKA 4IJRA 3AC0A 3RGZA 3M6DA 4PCFA 3VCRA 1RXOB 2V69A 1UIPA 2D1ZA 5CGTA 2NZLA 1K77A 3PULA 5EB8A 1ICPA 4O4HF 3A3WA 1EJWC 4G3IA 1V3IA 3TTOA 1JZ4A 1Z6KA 1ZFJA 4M80A 4BJHA 3N2TA 3M43A 3TQVA 2QAFA 4Y7EA 5CCZA 3BJTA 5M1TA 4JIEA 4DY1A 1BGAA 3OBAA 2VC7A 1DV7A 3EEZA 2RUSA 1OEPA 5JVLA 2I8CA 3Q65A 1AQMA 1HX0A 4Z2KA 4X0VA 2F6KA 2PRHA 4OE7A 4RE4A 1V3HA 2IKIA 1KR0A 2XU2A 4MF4A 3W83A 4ZB0A 5EA9A 1IE7C 5EU9A 1WUEA 1KXVA 5AC6A 1AW1A 4YCPA 1VBJA 1P7TA 3KL3A 3R0KA 1GZJA 4XO7A 5C6MA 1S2AA 4ECSA 4QJ1A 1R30A 1A0IA 1OX5A 3CMJA 1TTPA 4JTTA 2E77A 5FD0A 2WMHA 2CLLA 5U4NA 2WHKA 1KFWA 5CZ0A 4F8XA 1O5KA 4DVOA 3SCWA 4W7VA 4OV9A 1MW0A 3KRZA 4GRSA 3GW3A 4C6NA 1TR1A 5KT5A 2PC4A 4RPPA 3AIUA 2Z2BA 2GL5A 3T42A 3WH7A 4C6BA 2B7QA 2FPVA 2WKJA 2C1GA 4XBKA 1TG7A 3HGSA 4JTHA 1O12A 2VUMA 1DV2A 4ZO9A 3TIIA 1S0OA 2J7FA 1Y65A 3A4WA 1SMAA 2BG5A 2QT3A 4JV1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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