1RJPA

Crystal structure of d-aminoacylase in complex with 100mm cucl2
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
PFDYILSGGTVIDGTNAPGRLADVGVRGDRIAAVGDLSASSARRRIDVAGKVVSPGFIDSHTHDDNYLLKHRDMTPKISQGVTTVVTGNCGISLAPLAHANPPAPLDLLDEGGSFRFARFSDYLEALRAAPPAVNAACMVGHSTLRAAVMPDLRREATADEIQAMQALADDALASGAIGISTGAFYPPAAHASTEEIIEVCRPLITHGGVYATHMRDEGEHIVQALEETFRIGRELDVPVVISHHKVMGKLNFGRSKETLALIEAAMASQDVSLDAYPYVAGSTMLKQDRVLLAGRTLITWCKPYPELSGRDLEEIAAERGKSKYDVVPELQPAGAIYFMMDEPDVQRILAFGPTMIGSDGLPHDERPHPRLWGTFPRVLGHYSRDLGLFPLETAVWKMTGLTAAKFGLAERGQVQPGYYADLVVFDPATVADSATFEHPTERAAGIHSVYVNGAAVWEDQSFTGQHAGRVLNR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Alcaligenes faecalis
publication title The functional role of the binuclear metal center in D-aminoacylase: one-metal activation and second-metal attenuation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords D-aminoacylase
total genus 171
structure length 474
sequence length 474
ec nomenclature ec 3.5.1.81: N-acyl-D-amino-acid deacylase.
pdb deposition date 2003-11-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 1rjpA01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 1rjpA02
3.30.1490.130 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Dna Ligase; domain 1 D-aminoacylase. Domain 3 1rjpA03
2Q01A 5HMEA 3S4TA 1A5LC 4XD3A 1XRFA 3G77A 2WJEA 5AKQA 3GU1A 1K1DA 1P1MA 1A5OC 3URQA 4C6KA 3UR2A 2Z2AA 3WZ0E 1GKPA 1K6WA 3B0YA 4DLFA 1FWJC 1FWDC 2ZC1A 2Z28A 4LCQA 3E74A 3QY8A 2P50A 3LSBA 4KEVA 3O0FA 3S2LA 3HTWA 3OOQA 4LH8A 2ICSA 3JZEA 3GTIA 3EWCA 4DI8A 1EJTC 1O5RA 3IRSA 5HMFA 1A5KC 4C6FA 2QVNA 1J6OA 1KRMA 1EJSC 3LGGA 4B90A 1YRRA 4OFCA 1POKA 3O7UA 4GK8A 3K4WA 3OODA 3MPGA 4LEFA 4H9ZA 2AQOA 4CNUA 4IF2A 4QRNA 4DLMA 4C6MA 3S2MA 1M65A 4CEUC 2WJDA 4XAGA 3AU2A 3IGHX 3GIPA 1VFLA 4DZHA 4L6DA 4LFYA 1A4LA 3RYSA 1FWFC 2P9BA 1P6CA 4PBEA 3T81A 1EYWA 3F2CA 2Z7GA 2AQVA 4R7WA 1RJRA 1YBQB 2R1NA 1RK6A 2FTWA 1V79A 3ID7A 4H9MA 3SFWA 3OQEA 4ERAA 3UR5A 3E0FA 1EJRC 2Z4GA 4E3TA 4QROA 3V7PA 2WJFA 3DCPA 3MVIA 4NG3A 4ERGA 4GX8A 4EPEC 4C5YA 4XAYA 3TN3A 2AMXA 1XWYA 4PCNA 2Y1HA 2QPXA 1E9YB 3LY0A 2QS8A 4BY3A 4IFOA 1YBQA 4J2MA 1FWCC 1R9XA 1J6PA 2KAUC 1V51A 4J5NA 2PLMA 4HK7A 1ITUA 4P5UA 4GXWA 4C6QA 2HNHA 5FSEC 4M51A 2HQAA 3WMLA 4IFKB 3A3WA 3AUOA 1HZYA 3GTXA 4H01A 4R85A 2VHLA 4GC3A 3F2DA 1PB0A 4ERIA 3GRIA 3FDKA 3MVTA 4HK5A 1KRCC 2PUZA 4LCSA 4F0SA 1UMLA 4INFA 1EJXC 1NDYA 3TNBA 3IARA 3F4CA 4H9YA 2D2JA 4RE0A 1IE7C 3LSCA 2Z29A 1GKRA 4EPKA 2HPIA 4IFKA 1FKWA 1R9ZA 1RJPA 3HM7A 4KEZA 3BE7A 3N2CA 4IH3A 2R1LA 3B40A 2Z27A 1NFGA 3UF9A 3E0LA 5E5CA 1FWAC 2Q09A 4LAMA 1I0BA 3QY7A 1PTAA 4V1YA 3WYZA 4CQDA 3GIQA 4LANA 3FDGA 4WGXA 4G2DA 2RAGA 4DNMA 3D6NA 3TN6A 3GTFA 1UIPA 5A6TC 1O12A 3FEQA 4GY1A 4NP7A 1V4YA 3ISIX 4IGNA 4LCRA 3GGMA 2E25A 4BKNA 1WXYA 1E9ZB 3MJMA 4QTGA 2YB1A 4EPDC 3B0XA 4PBFA 3AU6A 1RA5A 2GOKA 3RCMA 3S2JA 2VUNA 2UZ9A 2DVUA 1P6BA 3E2VA 4C6DA 3EWDA 3TN4A 4H9UA 2OQLA 1DPMA 4MUPA 2O4QA 1NDVA 4LAOA 1POJA 1V77A 1KCXA 4KIRA 4F0LA 2OOFA 2HPMA 2E1WA 1EF2A 4XAFA 4C60A 2OGJA 3GG7A 3DC8A 1J79A 3A4JA 2PAJA 2UBPC 4DO7A 3UPMA 1XGEA 4C6OA 1PSCA 3MKVA 4B3ZA 3QY6A 1UIOA 3RHGA 4DIAA 3OVGA 2GWGA 3LGDA 1ONWA 3KM8A 4L9XA 4GX9A 5LXXA 4H9TA 2IMRA 3RN6A 3UBPC 4TQTA 1EJWC 4DI9A 4RDVA 4GY7A 1ZZMA 3LU2A 2HBXA 2GSEA 1S3TC 1FWHC 4AQLA 1BF6A 2I5GA 4KERA 1YIXA 2EG6A 2VC7A 4C6IA 4UBPC 4C5ZA 4IGMA 1ONXA 1NDZA 1KRBC 2FFIA 2P53A 3T1GA 4QS5A 3OJGA 4IQJA 5HMDA 3A3XA 3CAKA 1EJVC 4RDYA 4H9VA 4D8LA 4IG2B 4WVXA 2ADAA 4GY0A 4PCPA 3QGKC 2D2HA 1FWEC 3CS2A 1V7AA 3LNPA 4EP8C 2WM1A 1FWGC 1K70A 4KQNA 2R1KA 1WXZA 4CNSA 4CQCA 3E38A 4JOMA 1RK5A 3K5XA 4RZBA 3T8LA 3PANA 3PNUA 1QW7A 5CH9A 5FSDC 2D2GA 4XD6A 2PGFA 1FKXA 1QXLA 2R1MA 4IG2A 2XIOA 1A5MC 3GU9A 1R9YA 3NURA 4EPBC 4PE8A 4CEXC 2O4MA 2DVXA 3HPAA 1JGMA 2A3LA 2Z2BA 4C65A 3IV8A 2Z25A 4C6EA 4XD4A 3ITCA 4GYFA 2HBVA 2Z00A 1PO9A 4DYKA 2DVTA 2OB3A 3CJPA 4CQBA 3LA4A 4CNTA 2CZVA 4GZ7A 4GOAA 4UB9A 4I6KA 4G7EB 2VR2A 3S2NA 1ADDA 2FVMA 4GBDA 4C6BA 4C6JA 2YB4A 1M7JA 3E3HA 3C86A 1A4MA 2Z26A 2FVKA 2PGRA 3OU8A 2F6KA 1EJUC 1W1IE 2QT3A 4C6CA 1M68A 2GWNA 2R1PA 3MDUA 2VC5A 4XAZA 3PAOA 4B92A 2YXOA 4RDZA 2G3FA 4NI8A 2BB0A 3EGJA 4G7EA 4F0RA 3MSRA 4C6NA 4ZSUA 3URBA 4QSFA 4ICMA 4BJHA 3NQBA 3LS9A 2EG8A 2W9MA 3F2BA 1FWBC 3QGAC 1XRTA 1RA0A 2FTYA 4C6LA 2BGNE 2YZ5A 3IACA 3MDWA 1J5SA 2ANUA 4H00A 1NDWA 3ORWA 3SO7A 3F4DA 4YIWA 2VM8A 3URNA 2I9UA 3IPWA 4KF1A 4KEUA 3TN5A 1RAKA 1UBPC 4R88A 4ZSTA 3MTWA 3PNZA 3PBMA 1YMYA 2Z24A 4XD5A 4KESA 4IFRA 4LALA 2GZXA 3ICJA 3GUWA 3IJ6A 3DUGA 1I0DA 5G4HC 4J35A 4AC7C 4QS6A 1FWIC 3NEHA 4DZIA 4Z42C 4WHBA 3R0DA 4I6VA 4C6PA 1KRAC 1EZ2A 4H9XA 3URAA 3K2GA 3GTHA 1ITQA 4HA0A 1YNYA 4KETA 1A5NC 4RDWA 4HJWA 4B91A 1RJQA 4HK6A 2EG7A 4LAKA 3GU2A 1GKQA 4V1XA 2OODA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FGCA 3TQPA 3B4UA 3O06A 4C1NB 4O0QA 2KX9A 1JX4A 3CMGA 1VB9A 3GLKA 4MV9A 1MW2A 4MA0A 2INFA 3WQ5A 1J0YA 3H6OA 2Y89A 4GUFA 3GH7A 3O07A 4H6RA 4O0KA 4DV5H 2A2IA 3JAMW 2SFPA 3WEMA 3VTRA 4D6HA 3L2LA 3HTWA 1PYFA 3ENLA 2V58A 3F03K 3F5LA 1SU5A 2ZM6H 4DI8A 2B7NA 2R8WA 4JX5A 2MCTA 2C79A 3OQ8A 3OLGA 3GDLA 4DR1H 4K8GA 1XF0A 3H20A 1K7XA 2GSJA 2XGBA 4KHPH 3LV6A 4ECYA 1JQVA 3MR5A 3BUVA 3LM3A 3J80W 3K5HA 4G7FA 2XVKA 4HZ8A 5GPRA 4A3LG 4YTQA 5T9BG 4DBSA 3KHDA 3N4EA 1VFLA 2WANA 4AU0A 1ZQ7A 2V5AA 1P6CA 2EPMX 4UC5A 5I09A 2NVDA 3NGJA 2YW4A 1VBRA 4MADA 5CPMA 3EOEA 3H4XA 1VC4A 1FHLA 1R38A 1OK4A 1YE6A 1YTDA 3NG3A 1NQ6A 1BEUA 3H26A 5HR7A 3N6QA 4QWEA 2J9GA 3WH9A 3UA4A 1V02E 3KL0A 3O63A 2R93A 4PCNA 2WMIA 2HJPA 1JDCA 1EOMA 1NSJA 4BBRG 3I4NG 2YYUA 1QNVA 2KAUC 5GONF 3Q37A 3B9OA 3W71A 1UR0A 3VK5A 5HR6A 3HV9A 5M2FX 2J78A 1ZAJA 2AGKA 4E5TA 1OCNA 1KXHA 4AQYH 2ZUWA 3WF1A 2YZNA 3CPRA 1N8WA 4ZQIA 1BWLA 1KXVA 3IIOA 4QQUA 3MVTA 1PZ1A 2VDHA 1UMLA 1H63A 3MWAA 3F4VA 3FXYA 4RB3C 1X8FA 1NDYA 1MO0A 3MUAA 2NX3A 1K02A 9RUBA 1KV5A 5L1KA 3UNDA 3VD9A 3MCMA 4YBZB 3LI1A 1UZ1A 5C2XA 4YVVA 1W3IA 3B40A 3OLDA 1AODA 2NZLA 2R6OA 4XTDA 2B63G 4LU0A 1SO3A 1TB3A 4PB5A 3WUFA 2VCCA 2OEKA 1T6MA 3QXBA 3FDGA 4WGXA 3G5EA 2FZ9A 3MY9A 4Z2KA 3D6NA 1PL9A 4LC6A 1BG9A 1ICQA 1WDDA 2NVYA 1V4YA 2DPJA 3MHGA 4ZOCA 5CQ1A 4MPQA 2E28A 3RMEA 3VNLA 4S3AA 4UTUA 4S3DA 3W2NA 2ZUTA 4PTNA 2GOKA 2PBGA 4Q0YA 4B3KA 4BCEA 5KFQA 2LLEA 1P6BA 1E51A 4P8VA 4C6DA 4Q8VA 1DPMA 4YYFA 1XV8A 4MUPA 4WCJA 3FKIG 4AWUA 1KCKA 2E5LH 1KBKA 4JEQA 5F4XA 1ISXA 2Q3RA 5BMXA 3G6XA 2WC3A 3M0XA 2OOFA 2VELA 7PTDA 3QC0A 5LYRA 1LOSA 1TWGA 7CGTA 1VJZA 3BICA 5E9XA 4ZB0A 1ME9A 3R1ZA 3KRUA 3S46A 1LG1A 4M8UA 3PW2A 1N8FA 2CZFA 1NF0A 2XISA 4AW7A 2BY1A 2YZMA 3N17A 3LRMA 4NNCA 1E6XM 4OOUA 1TG7A 4ALDA 1I3QA 1B6SA 1S3TC 3TR2A 3NXLA 4AQLA 2F7FA 5BOFA 4O57A 4FU0A 4XK2A 3VM5A 3CYJA 1ONRA 2QUTA 2J7CA 2VPQA 4RAYA 1RD6A 1EF3A 3P5YA 2WMHA 4MZ1A 1YDOA 5D9PA 4N6EA 2VQTA 1BRLA 3DKLA 2ADAA 2CC0A 4JKMA 3CS2A 3ZOAA 4U4MA 4ICCX 1W9UA 3RILA 4WDUA 4BWLC 3WQWA 1LL4A 3AXMA 3CMFA 2XGIA 4DV4H 1ALDA 4JOMA 2BXYA 3EEGA 4RZBA 3T8LA 3ECQA 3PJTA 1W3KA 2QYZA 4NX5A 4JV2A 4XD6A 3TA6A 4YCPA 4J4KA 3C3NA 1VJIA 5I02A 4XZNX 3SGUA 2PLKA 3B0VC 1TTPA 1MUWA 3MWDA 2CZ5A 4NAFA 2W6PA 3RX2A 1FUYA 3KCJA 1E1CA 1XLKA 4GCXA 2G37A 5DLFA 4O1DA 4RE4A 2Z25A 3RJYA 3IUHA 4YCOA 3PC0A 3ITCA 3A9BA 7XIMA 1AQMA 2CBVA 3PTDA 1LQ2A 3WLSA 2GGEA 5KFYA 2NU6B 3SGGA 4JI3H 3R6IA 1V6TA 2VR2A 2C2DA 5HATA 1V3MA 1ITCA 4DXVA 3NPWA 4L7ZA 3M16A 1DJIA 3KS5A 2IP4A 3WNKA 1EJUC 4PMXA 1FBAA 3U2OA 1YXCA 2WB1E 2CLKA 1CT5A 5FEXA 1A5BA 4YWIA 2VC5A 4M7EA 3EKLA 3PTQA 1NWSA 1DTUA 1TV2A 3MJYA 2OX1A 4H8UA 2ZXBA 3ARUA 1HP5A 2VFGA 3NO3A 4J9JA 4AAJA 1OBAA 5EFFA 4A3HA 2W7PA 4ZE5A 1Y5WA 2ZX9A 2XVLA 5KMYA 1MRAA 1LM1A 1NDWA 3ORWA 3IV3A 4UTWA 3UXAA 3URNA 4GGBA 2J4GA 3TE9A 2ZRUA 3HKZA 3TN5A 3N41B 3L4UA 3O0KA 5HUOA 4YP3A 1OX6A 3P7YA 4ZSTA 1MEHA 2FK3A 1FWRA 1XDNA 2Y8UA 4LT9A 4B4HA 2AGTA 3T0BA 3VDAA 1CS0A 3WH8A 1C9DA 4HZ6A 3DYOA 3GUWA 1N48A 3IJ6A 1I0DA 4OJYA 4GLEA 2X0HA 4JL1A 3E0WA 4MUZA 2ZRWA 3H0GG 3VFCA 4X65H 2YIHA 2QLYA 2YJQA 1E6NA 4EAMA 2R87A 5EU9A 5IHSA 2F61A 2E68A 2BXVA 5A2BA 4F66A 2EG7A 3NJ3A 5HMEA 1KFLA 1DWJM 3PPHA 5H8UA 3WLKX 3GVVA 3UXLA 3T2OA 1K1DA 3M9YA 1LTDA 2BHZA 2VZSA 4GIYA 3H2CA 5E93A 5C0QA 9CGTA 1RV8A 5DQIA 3RCNA 6TAAA 3CUJA 3D0CA 4ZOAA 3EAUA 9XIAA 5DY3A 4AD3A 1DHKA 2P50A 2R6FA 2ZDGA 1CB2A 5CEWA 5KKNB 3E96A 4ZZ9A 3Q94A 3N2BA 4L1KA 5L9FA 2QCNA 4H3DA 1UWRA 3C4UA 3WLQA 4G5DA 5CPTA 2B7OA 1WKFA 1OIMA 4CNNA 4B90A 1UD4A 1IF2A 2DORA 3SE7A 3W7CA 1X6NA 4LUTA 2W27A 4IR9A 3GVQA 3SJ3A 4DLMA 4Y8VB 3S2MA 1HR0H 3WBYA 2GJRA 3W01A 3IJ7A 2WPBA 3NPUA 2L5HA 2Z1WA 1PIFA 1UKQA 4DV6H 1FWFC 1A3XA 1ITXA 1DP0A 1LRNA 5HNRA 4D8AA 5JIWA 3IVSA 2Y5EA 1Q6CA 2POZA 3WO1A 4QXIA 5DLCA 4DF2A 4LOCA 1VIWA 1XPYA 1QNSA 2E77A 1NWTA 3AIEA 1OCBA 1UQZA 4ZR8A 2OZ3A 1UWIA 5IDIA 2OELA 4UFKA 3V75A 4K6AA 1C7TA 3J7HA 1UJQA 3CO8A 2YU9A 2JBMA 4P5UA 4C6QA 4JI0H 1R7AA 2RDTA 2FHBA 4JPGA 3LCHA 3M9MB 4QCEA 2HCVA 5I07A 3WMSA 4H8VA 1PB0A 1ZTVA 3ARPA 5FESA 2DIJA 5D03A 5KFOA 1HNYA 5A6BD 3ARRA 3AALA 1CXFA 2BNJA 2W6QA 1W1VA 3A13A 3LSCA 3HKZE 1GKRA 1TV5A 4GC4A 3SGZA 4ZO8A 4LVFA 3V5OA 1SFOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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