The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
129
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sequence length |
373
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structure length |
373
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Chain Sequence |
RLDFGLLGPLQMTIDGTPVPSGTPKQRAVLAMLVINRNRPVGVDALITALWEEWPPSGARASIHSYVSNLRKLLGGAGIDPRVVLAAAPPGYRLSIPDNTCDLGRFVAEKTAGVHAAAAGRFEQASRHLSAALREWRGPVLDDLRDFQFVEPFATALVEDKVLAHTAKAEAEIACGRASAVIAELEALTFEHPYREPLWTQLITAYYLSDRQSDALGAYRRVKTTLADDLGIDPGPTLRALNERILRQQPLDAKKSAKTTAAGTVTVLDQRTMASGQQAVAYLHDIASGRGYPLQAAATRIGRLHDNDIVLDSANVSRHHAVIVDTGTNYVINDLRSSNGVHVQHERIRSAVTLNDGDHIRICDHEFTFQISA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Molecular structure of EmbR, a response element of Ser/Thr kinase signaling in Mycobacterium tuberculosis
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transcription
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source organism |
Mycobacterium tuberculosis
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molecule keywords |
Probable regulatory protein embR
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total genus |
129
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structure length |
373
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sequence length |
373
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2005-12-17 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00486 | Trans_reg_C | Transcriptional regulatory protein, C terminal |
A | PF00498 | FHA | FHA domain |
A | PF03704 | BTAD | Bacterial transcriptional activator domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain | ||
Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
Mainly Beta | Sandwich | Tumour Suppressor Smad4 | Tumour Suppressor Smad4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LVA A; 3GLX A; 3P9K A; 2JQJ A; 4A1S A; 3R60 A; 1NA0 A; 5FFZ A; 1HW5 A; 4P9F A; 1J4K A; 2PN6 A; 2L4A A; 1E96 B; 5TRD A; 2Z9O A; 1CF7 B; 2CO5 A; 3LY9 A; 5IT3 A; 4XI0 A; 1JHF A; 2UY1 A; 2M30 A; 5LLQ A; 1Y8M A; 5CVR A; 3PE4 A; 3WU0 A; 3AS4 A; 2KRF A; 3E6M A; 2O8X A; 3RIB A; 2IFU A; 2J9Q A; 2PG4 A; 1D8J A; 2E1N A; 2JQL A; 1W5T A; 4KN7 X; 5ICC A; 3AAF A; 2FEZ A; 1YW7 A; 2LSO A; 1BI1 A; 4OMY A; 3GO5 A; 5D8K B; 4ZZD A; 3F8B A; 3OXG A; 3QWV A; 1QZY A; 4M9S A; 4UVC A; 2XAJ A; 1NA3 A; 3UOT A; 3CLO A; 3DPL C; 4I09 A; 4KIF A; 3V8K A; 4ENM A; 3V7S A; 2A6E F; 3KD7 A; 4ENN A; 2XKP A; 3MEK A; 2HZT A; 5DUK A; 1JGS A; 2EWN A; 1QZ2 A; 1B9N A; 1ZBP A; 2BGC A; 3C18 A; 2VOO A; 3KT9 A; 3H3Z A; 2XGS A; 1OKR A; 1KLX A; 5JI6 A; 1C0W A; 5CCL A; 3QPT A; 4EQQ A; 4CGZ A; 4G23 A; 2XAS A; 1XGM A; 3F8F A; 2HS5 A; 1YJ5 C; 4BXU A; 3JTG A; 5EX0 A; 1TNS A; 4L0Y B; 5ERI A; 4I2Z A; 3MAJ A; 3OV8 A; 4EGZ A; 2G9W A; 4AM9 A; 1KQ8 A; 4LMY A; 2Z3Y A; 3CVQ A; 1ZLJ A; 3DP7 A; 5LCW C; 4IXA A; 4O6J A; 1XB4 A; 3K1P A; 2XUB A; 2ZJ2 A; 2MLG A; 2XRO A; 2IA1 A; 3V4G A; 2DK5 A; 1R58 A; 4KMU X; 1D8K A; 3TDZ C; 5E17 F; 3IEG A; 3QOP A; 2O0Y A; 4N3B A; 1YS7 A; 4BNC A; 4P96 A; 5JJ7 A; 2XAH A; 2L02 A; 4CDG A; 3WG9 A; 4UQY A; 4H7Y A; 1I1G A; 3RYP A; 4N3C A; 3ULQ A; 2FML A; 2E7X A; 2F2E A; 4AIK A; 1DDN A; 2O3F A; 2VQ2 A; 3H3U A; 1WV3 A; 4Y6W A; 2O61 A; 1U5T C; 4HF2 A; 3JYS A; 2V6C A; 2KJB A; 2EFW A; 1XD7 A; 1FHQ A; 4KXK B; 1K3N A; 5LBQ A; 3SHF A; 1H0M A; 4HOS A; 4ETS A; 4CGV A; 4HQM A; 3QWP A; 3MZY A; 3M1E A; 4CO8 A; 1SFX A; 2JRT A; 2K27 A; 1HXD A; 3GFL A; 1KU9 A; 4U0U A; 4YND A; 4XRF A; 1HZ4 A; 3VEP A; 1R1T A; 3D0S A; 2HYF A; 1ZRC A; 2DU9 A; 2FBH A; 3VA4 A; 3FWE A; 1FLI A; 2ZME B; 4KDP A; 2DAO A; 1HXI A; 1TBX A; 1YLF A; 3F8M A; 4DQ2 A; 3S7F A; 1G4D A; 3GZ6 A; 4FX0 A; 4CIC A; 4A5M A; 2HDC A; 1S6L A; 3KEQ A; 2D45 A; 2G7U A; 1Z05 A; 4EGX A; 1UHW A; 2P7V B; 2VBW A; 1IN7 A; 3V7R A; 3JW4 A; 1LEA A; 5L3G A; 3K1N A; 2KIM A; 2R3S A; 2GAU A; 3RI4 A; 1KT1 A; 3ULQ B; 2FQ3 A; 2P7C B; 3ML6 A; 3RPU A; 1GXC A; 2YU3 A; 5TJJ A; 2KIU A; 3ZFW A; 4N39 A; 2VYI A; 3VA1 A; 4RB0 A; 1XDU A; 1RI7 A; 2DO7 A; 2GXB A; 1YIO A; 3WTZ A; 1Z9C A; 5F64 A; 3ABU A; 1IYG A; 3TOA A; 3OUN A; 3J80 K; 4IHT A; 5E50 A; 4EJT A; 2EV6 A; 2YPR A; 5FTP A; 1YFH A; 2CYY A; 4JA7 A; 3PFI A; 1LDK B; 4OIP F; 3T0Y A; 5AYW D; 5EEH A; 4ESJ A; 3I0T A; 3F3X A; 4WX9 A; 3V8L A; 4NHJ A; 2MHK A; 4WXD A; 1QNT A; 2MBF A; 3TO7 A; 1SD6 A; 3F8N A; 1W3B A; 5BW8 C; 1LGP A; 4N9H A; 4O6F A; 4OIN F; 2HQN A; 5G04 C; 3JSO A; 4D0P A; 2D2W A; 2A68 F; 3WU1 B; 5JJT A; 4HQE A; 3FHZ A; 3LQR A; 5HOO A; 4RB1 A; 3ERE D; 3ISP A; 4P9U A; 2BYV E; 3Q9S A; 2HKO A; 4HF1 A; 1ZHF A; 5ICE A; 5LGU A; 1DPU A; 2XKO A; 3IKV A; 1R00 A; 3WE2 A; 3Q47 B; 5HS7 A; 2IPQ X; 3CK9 A; 1U8R A; 4HF0 A; 4U04 A; 3IRQ A; 4FX4 A; 2Q0O A; 1T38 A; 4UXN A; 4KUM A; 1U6G A; 2ESN A; 1T98 A; 2FXA A; 1J2X A; 4ABN A; 6PAX A; 1FT9 A; 1UFM A; 2L6J A; 3QDN A; 2FBK A; 5CHE E; 1FC3 A; 4UI9 C; 4HX4 A; 4NB5 A; 1XGN A; 5C1D A; 4APO A; 4YIF A; 2QBY A; 3KP5 A; 2ACJ A; 4IN3 B; 5K5O A; 1AWC A; 1Z7U A; 3QP6 A; 5HI7 A; 3L9F A; 4YFN F; 1FOK A; 3E4B A; 3ZMT A; 3B02 A; 1IXS B; 2XAF A; 4KA4 A; 2CWE A; 3N4M A; 1G3W A; 1UB9 A; 3ABT A; 4IPA A; 4RAZ A; 4G8X A; 3O2P E; 2EV5 A; 1I6X A; 1IW7 F; 1MZB A; 3T8R A; 4L18 B; 5LEJ A; 4G26 A; 4M9X A; 1HSJ A; 2XEV A; 2IA2 A; 3F23 A; 2J5P A; 1STZ A; 2OND A; 4RG6 A; 3GYZ A; 2NYX A; 3E97 A; 5FD5 A; 5KJN A; 2BV6 A; 2KAT A; 2B0L A; 3M7G A; 4AIF A; 4A0E A; 2UZK A; 1TQM A; 4WUY A; 2VC1 A; 3IHU A; 3QWW A; 2CGP A; 1YA0 A; 4GYI A; 3VTX A; 2OQR A; 4KT5 C; 3Q5M A; 2YQ8 A; 2HR2 A; 2STT A; 4M71 A; 2RGV A; 3NF1 A; 5HLH A; 3CUQ C; 4G2V A; 3RPQ A; 1RZ4 A; 3BRO A; 4EJQ A; 2DW4 A; 1R5G A; 3QRF F; 5LGT A; 5LHH A; 2QBY B; 4GPK A; 1U5T A; 1IN5 A; 3E6B A; 2FE3 A; 1D5V A; 2GIV A; 3E6D A; 3CJN A; 2A07 F; 2PLY A; 5CJ9 A; 2H27 A; 4LB6 B; 1RNL A; 1O3T A; 3KS2 A; 1ZYR F; 1GXQ A; 1AOY A; 4HLY A; 3EYY A; 3B73 A; 1BI2 A; 5ED4 A; 3RKW A; 2YX7 A; 4A12 A; 1XGS A; 3QU6 A; 3GWZ A; 2K4J A; 4B94 A; 3TG4 A; 1FCH A; 1OR7 A; 1QBJ A; 2K7L A; 3LCA A; 4GYY A; 2DTR A; 3FXQ A; 2YX4 A; 1OMI A; 2HFH A; 2AXL A; 1IUY A; 3L7W A; 3P7N A; 5FO5 A; 4MHG A; 1B6A A; 3RJP A; 2JT1 A; 4ZYH A; 2JQI A; 3J80 Z; 1SD4 A; 2YHC A; 2O03 A; 5ILS A; 1I1S A; 1J4O A; 4I0A A; 3K9I A; 4AWX B; 2A5Y B; 1QPM A; 1KU2 A; 2MA3 A; 3ECH A; 4A6D A; 3HUE A; 3MZH A; 4OU0 A; 2GZW A; 3W6K B; 1KU7 A; 4U0Y A; 4N2Q A; 2UXN A; 4GA0 A; 4L9J A; 3HSE A; 3L09 A; 1ZGJ A; 3ASF A; 1R1V A; 2W85 A; 3NRV A; 3LAJ A; 4PGH A; 3RO2 A; 3F8C A; 4P5O A; 3S7D A; 3LQQ A; 5K1Y A; 1UHT A; 5E1X A; 4UV9 A; 3TQN A; 1KA8 A; 1KU3 A; 4GYG A; 3HOT A; 5IT9 Z; 3WTW C; 1S7A A; 3I54 A; 1QO0 D; 3O48 A; 3S2W A; 2IW5 A; 3FMQ A; 4D9V A; 4HAM A; 4U7B A; 1S7O A; 1J4Q A; 3TDU C; 2FBI A; 2MH9 A; 4HA8 A; 2HR3 A; 3HYI A; 2BEO A; 4QLC U; 2IRF G; 2Z5U A; 4XSX F; 4I98 B; 3DQV C; 5CVI A; 4EVI A; 2RKH A; 4N2S A; 4M6Y A; 4EJO A; 3N97 A; 3MQ0 A; 4FT8 A; 1SAX A; 3NQO A; 3WTT C; 3CV0 A; 2HTS A; 2NC9 A; 3GVA A; 2KCL A; 3S7B A; 1FYL A; 3I4P A; 4IVN A; 3TGN A; 4A2U A; 4IRH A; 3G3Z A; 2L4M A; 2HWV A; 1REP C; 4N3A A; 1O3S A; 2RQP A; 4ESB A; 5DUI A; 2FO7 A; 4U88 A; 4LFU A; 5ARF A; 1K3Q A; 4EM2 A; 5H20 A; 4EJV A; 4U0V A; 3WGI A; 3LY8 A; 5H6R A; 2O6G E; 4LK0 F; 2QM3 A; 3BY6 A; 5L3E A; 4GZ5 A; 1JHH A; 1XMK A; 2ETH A; 1DPR A; 1GVJ A; 1ZGA A; 1BN5 A; 3LYA A; 2DBB A; 2HGC A; 4GXO A; 5K5Q A; 4L5J A; 2EH0 A; 2YSR A; 4G94 A; 3K69 A; 3TOB A; 3GUD A; 2XGO A; 3FM5 A; 3BZ6 A; 1KQ9 A; 1TQP A; 1R22 A; 2XAG A; 1F5T A; 4GGG A; 4LJZ F; 1ZG5 A; 5ICG A; 1HKS A; 1L3L A; 3R61 A; 2GW1 A; 3J81 K; 3LFK A; 3K0L A; 1SMY F; 1UHM A; 4ZZL A; 2MC3 A; 5LEK A; 2Q8K A; 2KKO A; 4HBL A; 3EQL F; 2QQB A; 2RNJ A; 2UY1 B; 1JXS A; 3PQK A; 2Z33 A; 2A3S A; 4FHT A; 5LHG A; 2DPU A; 2XHK A; 1ONV A; 1U2W A; 2WPV A; 2Y4U A; 3LY7 A; 2XCB A; 1ULY A; 1XSX A; 1FBU A; 4Z2Y A; 2FSW A; 4I9C A; 1HH8 A; 4KBQ A; 3KP3 A; 4Y6C A; 4LG0 A; 2FNA A; 5FZR A; 4CXF A; 2RN7 A; 1T39 A; 3KP7 A; 3QOU A; 3QAH A; 3KEO A; 1HW2 A; 2ZNZ A; 2C2L A; 4BYY A; 1D3Y A; 3M8F A; 2A69 F; 2PBI A; 3SZ7 A; 1IRF A; 2CG4 A; 5CYV A; 5G05 J; 1ODD A; 3CDH A; 4Y13 A; 2I6H A; 4HOT A; 1WM5 A; 3RKY A; 3MKR A; 3LWF A; 2WWY A; 3CKB A; 1YTY A; 3RKX A; 2V1X A; 4XLP F; 2KB3 A; 1P5Q A; 4CYD A; 4PGG A; 3POA A; 5A6C A; 5DCF A; 1BOA A; 2Y48 A; 3ZMU A; 1IXR C; 3VFZ A; 3I6W A; 3Q9V A; 1K2M A; 1FYK A; 1P4X A; 2ISY A; 2C0L A; 3CEQ A; 4I2O A; 5D5X B; 2DPD A; 2OAZ A; 1Z6R A; 4UNO A; 2ZXJ A; 4UQZ A; 4M74 A; 3RYR A; 1HQC A; 3P9I A; 1Q1H A; 3HSR A; 5DEQ A; 5FFX A; 1YW9 A; 2VXZ A; 5DYM A; 4CGW A; 1ZH5 A; 3BDD A; 4EMS A; 1R21 A; 4AY5 A; 4LG0 B; 2H6C A; 3OOP A; 2XCC A; 2C0M A; 2Y0M A; 5DBK A; 4M9Z A; 1UST A; 1MGT A; 3LPZ A; 5FJY A; 1Z6T A; 3I53 A; 5HVQ C; 3BOQ A; 3S7J A; 1XGO A; 3BPV A; 2C6Y A; 3GZ2 A; 3R0A A; 1SMT A; 3GW2 A; 4MNU A; 4HOQ A; 2F5E A; 1EH8 A; 1HW1 A; 2QLZ A; 2JPC A; 3TO6 A; 3BPX A; 4XIF A; 3VPY A; 1ON2 A; 3QP5 A; 5DIZ A; 3U2R A; 3KE2 A; 1SFU A; 2K4B A; 4DNC A; 3UMZ A; 2JLB A; 5DV5 A; 3T5X A; 2JTV A; 2EK5 A; 4GZ6 A; 3BP8 A; 1IN8 A; 2P5V A; 3VOE A; 2X4H A; 2KKL A; 3D5L A; 3KFW X; 2ZO4 A; 4W9R A; 3CTA A; 1S3J A; 4KIB A; 1RUN A; 3CO6 C; 4WXH A; 4JL0 A; 3L00 A; 2ESH A; 5FD6 A; 4ZYG A; 2QEN A; 3IL2 A; 2DQR A; 1RIO H; 2FI7 A; 3KZY A; 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