3GIPA

Crystal structure of n-acyl-d-glutamate deacylase from bordetella bronchiseptica complexed with zinc, acetate and formate ions.
Total Genus 177
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
474
structure length
474
Chain Sequence
EKLDFKITGGWIIDGTGAPRRRADLGVRDGRIAAIGELGAHPARHAWDASGKIVAPGFIDVHGHDDLMFVEKPDLRWKTSQGITTVVVGNCGVSAAPAPLPGNTAAALALLGETPLFADVPAYFAALDAQRPMINVAALVGHANLRLAAMRDPQAAPTAAEQQAMQDMLQAALEAGAVGFSTGLAYQPGAVAQAAELEGLARVAAERRRLHTSHIRNEADGVEAAVEEVLAIGRGTGCATVVSHHKCMMPQNWGRSRATLANIDRAREQGVEVALDIYPYPGSSTILIPERAETIDDIRITWSTPHPECSGEYLADIAARWGCDKTTAARRLAPAGAIYFAMDEDEVKRIFQHPCCMVGSDGLPNDARPHPRLWGSFTRVLGRYVREARLMTLEQAVARMTALPARVFGFAERGVLQPGAWADVVVFDPDTVADRATWDEPTLASVGIAGVLVNGAEVFPQPPADGRPGQVLRA
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Bordetella bronchiseptica
publication title Annotating enzymes of uncertain function: the deacylation of D-amino acids by members of the amidohydrolase superfamily.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acyl-D-glutamate deacylase
total genus 177
structure length 474
sequence length 474
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.5.1.82: N-acyl-D-glutamate deacylase.
pdb deposition date 2009-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07969 Amidohydro_3 Amidohydrolase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.40.10 Mainly Beta Roll Urease, subunit C; domain 1 Urease, subunit C, domain 1 3gipA01
3.20.20.140 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Metal-dependent hydrolases 3gipA02
3.30.1490.130 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Dna Ligase; domain 1 D-aminoacylase. Domain 3 3gipA03
3LGGA 3PAOA 3E3HA 1KRMA 4DZIA 3SO7A 4M51A 1JGMA 3GU2A 4J35A 3MSRA 3LA4A 1RJQA 2VHLA 4PCPA 4NG3A 3QY7A 4HA0A 1POKA 2Z26A 3FDKA 3F4DA 4B90A 2RAGA 1YRRA 2EG6A 3E0FA 4LALA 4IFOA 4WHBA 4EPKA 1A4MA 3TN4A 3URBA 3UBPC 2Z4GA 4H9TA 3FDGA 1NDWA 4RDVA 1V77A 2ADAA 4KEZA 2HBXA 2HQAA 4LAOA 3OOQA 4DI8A 1RAKA 2HPIA 4GBDA 3DCPA 3UR5A 2FVKA 3KM8A 5HMEA 3LY0A 3MVTA 4F0SA 3T1GA 3E38A 3EWDA 4CEUC 1P6BA 4LANA 4XD3A 2R1KA 1A5LC 2R1LA 2Z28A 4GZ7A 3LSBA 1A5NC 3GTXA 2GOKA 3UF9A 1RK5A 2Z2BA 1W1IE 2P9BA 2Z29A 4XD5A 2Y1HA 3ORWA 4XD4A 4GYFA 4KEUA 4H00A 4C6BA 3R0DA 4ERIA 3O7UA 2GZXA 2XIOA 4JOMA 2IMRA 4P5UA 1HZYA 3ISIX 1YMYA 2Z24A 4C5YA 2PGRA 3GUWA 3S2NA 1K1DA 1RA5A 4GXWA 1ZZMA 2OODA 2AMXA 3PBMA 4L9XA 4KESA 1I0BA 3WZ0E 2I9UA 4QROA 2YZ5A 4AQLA 4PCNA 4B91A 3OVGA 4DLMA 4H9YA 4CNSA 1R9ZA 2P53A 4L6DA 2BB0A 1GKRA 1NDVA 3UR2A 1O5RA 3URAA 4LFYA 1GKQA 1A5OC 1PTAA 4ZSUA 2F6KA 4B92A 4Z42C 3MVIA 2PAJA 4INFA 1NFGA 2VUNA 2FTWA 3GG7A 2DVUA 3TNBA 4YIWA 1NDYA 1QW7A 1FWHC 4RE0A 3GRIA 2QVNA 2FVMA 2Z7GA 2OGJA 4XAFA 4PBEA 2GWGA 4WGXA 2D2HA 3F4CA 3B0YA 5HMDA 3GTIA 3IARA 1EF2A 1V51A 4QS6A 4AC7C 1NDZA 2G3FA 2PLMA 4LH8A 1FWBC 4J2MA 1GKPA 2EG8A 4R85A 1BF6A 3S2JA 4GY1A 4H9ZA 1EJXC 2YB1A 3CAKA 4LCSA 3OODA 3HM7A 4I6KA 3IJ6A 3S4TA 3K5XA 3IRSA 2VM8A 2O4QA 1XRTA 3E0LA 3QY6A 3IACA 1FWJC 4GX9A 1A5MC 2P50A 1FWFC 1UIOA 2DVTA 4QS5A 3A3XA 2CZVA 1A5KC 3K4WA 4V1XA 4DLFA 4KF1A 1EJUC 3URNA 4CQCA 4GOAA 2Z25A 2OB3A 4C6FA 1EJRC 4GK8A 3GU9A 1FKWA 2O4MA 5LXXA 1UMLA 4IFRA 1ADDA 2OQLA 3MTWA 3GIPA 3LGDA 4HK6A 1KRBC 3N2CA 3T81A 3ID7A 3GIQA 2W9MA 1S3TC 2PUZA 4LAMA 1ONXA 2ICSA 1J5SA 1KRCC 1RK6A 1M7JA 4KQNA 1V4YA 1WXYA 3S2LA 2GWNA 3B40A 2HPMA 1PSCA 1P1MA 1EZ2A 1O12A 3TN6A 4H01A 1M68A 1FKXA 3T8LA 1FWDC 1RJRA 1K70A 1KCXA 4UBPC 4DYKA 4LAKA 3GU1A 4CNTA 4NP7A 4LCQA 4R88A 3A3WA 5G4HC 4B3ZA 4KIRA 1PB0A 4H9XA 3UPMA 2VC7A 3PNUA 5HMFA 1FWAC 2DVXA 3EGJA 4C65A 3ITCA 4HJWA 3E74A 4D8LA 1EJWC 4C6DA 3QGAC 2HBVA 3F2CA 4IQJA 4KERA 2R1PA 2WJFA 3MDUA 1I0DA 3IGHX 4IH3A 5E5CA 4XD6A 4UB9A 4WVXA 2D2GA 2Z00A 2ZC1A 4PE8A 2I5GA 1P6CA 4C6KA 4DI9A 4MUPA 1V7AA 4C6JA 4DNMA 3K2GA 3BE7A 3IV8A 5A6TC 1E9ZB 3LU2A 4C6CA 5FSEC 2ANUA 4EP8C 2A3LA 3RYSA 4F0LA 2YXOA 2UBPC 3TN5A 2FTYA 4IG2B 1POJA 2OOFA 3RN6A 4V1YA 4DIAA 1YBQB 3FEQA 3GGMA 4QSFA 2Q09A 4RZBA 4GX8A 4LCRA 4IGMA 4G7EA 4BKNA 3EWCA 4RDWA 4DO7A 4C6NA 3O0FA 2Q01A 3C86A 4KETA 4EPDC 3MKVA 1M65A 3OJGA 4OFCA 1EYWA 2QT3A 1KRAC 4HK5A 4E3TA 1FWCC 3GTFA 3NEHA 3RCMA 5CH9A 1UBPC 3DUGA 3ICJA 1FWGC 3SFWA 3PANA 4F0RA 2AQVA 1PO9A 4C6LA 1FWEC 2E25A 4HK7A 4IG2A 1UIPA 4H9UA 1YBQA 4ZSTA 3WYZA 4DZHA 3HTWA 1IE7C 2EG7A 1ONWA 2Z27A 4CQBA 3CS2A 3QY8A 2KAUC 3V7PA 4ERGA 4G2DA 3OQEA 4CEXC 4CQDA 3F2BA 4NI8A 3E2VA 1ITQA 1V79A 4C6IA 3WMLA 2WJDA 4XAGA 3NURA 3NQBA 2QPXA 1J79A 3AU6A 4BY3A 3G77A 4TQTA 1EJVC 4XAZA 2WJEA 4GY7A 3JZEA 2VC5A 4IF2A 4C6PA 3GTHA 1J6PA 4CNUA 3IPWA 4IFKB 3PNZA 1YNYA 4H9MA 2HNHA 2WM1A 1EJTC 3HPAA 3LNPA 1QXLA 4GC3A 2UZ9A 4EPEC 1K6WA 4H9VA 3MJMA 4C6OA 1EJSC 4RDYA 4C5ZA 4ICMA 1R9YA 3LS9A 2R1NA 1XGEA 3A4JA 2QS8A 1DPMA 4G7EB 1ITUA 2Z2AA 3F2DA 3AU2A 3CJPA 4LEFA 4PBFA 2R1MA 2E1WA 3RHGA 4C6MA 3DC8A 1FWIC 3TN3A 4R7WA 2D2JA 1R9XA 4ERAA 3D6NA 4GY0A 3AUOA 3OU8A 3MPGA 1XRFA 1WXZA 3URQA 2BGNE 4BJHA 2YB4A 1RA0A 4XAYA 1XWYA 1RJPA 4C60A 2AQOA 4EPBC 1A4LA 4I6VA 4QTGA 4C6EA 4QRNA 4RDZA 3S2MA 4IFKA 3B0XA 2GSEA 3QGKC 1YIXA 1VFLA 1E9YB 4J5NA 5AKQA 1J6OA 2PGFA 2FFIA 3LSCA 2VR2A 3MDWA 4IGNA 4C6QA 4KEVA 5FSDC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4S3EA 2ACQA 3BSGA 3CH9A 3J81W 4J35A 2DWCA 3L7RA 2YZNA 4DLKA 4J27A 2QCNA 5BRPA 1WDRA 2VGIA 1OWTA 5FAGA 3SCQA 3OIXA 2B7PA 1RQHA 1XC6A 1TWFA 1H7RA 4UOZA 2WWDA 3UA3A 2PD9A 1YRRA 4BBRG 5HR7A 4ED8A 3CZLA 1WDPA 1GUVA 3GH7A 5F2MA 1UKSA 5FJTA 2X1RA 3T4WA 3P8IA 5KETA 2ZDQA 4ENLA 1MFVA 1ZBWA 3LB0A 3F4NA 3TAOA 1PX4A 5JIPA 3NQAA 3P8JA 5JVDF 3GIMA 4WOQA 1U5HA 1XD1A 3DH7A 4GJJA 4O50A 1V02E 3V4ZA 3EEZA 4F0SA 4LANA 3GVQA 1GVYA 1Q66A 4ATDA 1W32A 4JHMA 2PLCA 1PIFA 3I6TA 1UZ4A 2JA5G 2X41A 3LBOA 4DM2A 3KOXA 2QUUA 4A2BA 4NQ1A 1F3EA 3AYHB 4FA3A 2UWFA 4I5XA 3C0SA 1LORA 2ZDHA 4B15A 1MUMA 3AIQA 1KFKA 2PC4A 4IR1A 4K38A 3VM7A 5C2GA 1YMYA 1DIDA 3W1XA 1R2TA 4MPKA 3SJNA 1WZKA 2KZHA 4Q8WA 5DG7A 4QXIA 2OODA 1EBHA 4EBCA 1Q6RA 4I7WA 3AFBA 5HV6A 4LAUA 1HKWA 2PDIA 4UFKA 3XIMA 1ZS2A 3PWIA 9XIMA 3IIVA 1J0ZA 4QAIA 4EXAA 4DXVA 1H7OA 3PG9A 1TA8A 3UR2A 2QCMA 2FPVA 4DV3H 3UESA 4GUIA 5LIUX 4KRZA 3GG7A 1ZU8A 3H22A 2FMOA 3KZPA 4NXSA 3R10A 1QU4A 3ITVA 3M5XA 3E2SA 3C56A 3PZUA 5FEPA 1B9ZA 1GVRA 5GNZA 4UCUA 1RQEA 1ECQA 1DTUA 1H51A 4F0MA 2IKHA 3TIMA 5CPNA 3WLOA 2VX5A 3GLCA 4LH6A 2A21A 3QXBA 1ISVA 3MW7A 4BQ4A 1EJXC 4NZ3A 2PVPA 2YA2A 9CGTA 4YAJB 4UCGA 3V16A 5TD4A 3CQ0A 2FHBA 1KJQA 4J1OA 4BF7A 2MCTA 3M41A 4RJEA 3LRLA 2FJKA 4GYPC 3IACA 4DUYH 2DT2A 3MMTA 4I7HA 5HK4A 4M29A 2AGOA 1LROA 3II1A 4DLFA 1JF6A 2PBGA 1UP3A 4MKNA 5L1KA 3MWDA 3G5EA 2NX1A 3VAVA 2PWGA 4PUDA 5CPQA 1M6VA 4DBWA 2BP1A 1NWRA 4EACA 4RLIA 4QWBA 3W75A 1F6KA 4ZQCA 3SRFA 2Q2UA 1VHCA 4R8UB 4KWOA 2Y6ZA 1G0CA 5MHBA 3ID7A 3S6TA 3ORQA 2JK2A 7TAAA 4X65H 2ABAA 1XSJA 4NX0A 2ZZ2A 3TDFA 4DO5A 4WY0B 4PMJA 1TV5A 3ZWSA 2SCUB 3PZIA 3EB2A 1DYSA 1PSCA 1DIEA 1F3TA 3EOSA 4RB0A 5D9PA 3TXVA 4PUMA 4IPJA 5HUOA 1FKXA 1LOLA 3OBEA 4OZOA 1JR1A 1KCXA 4DJED 4A8NA 2X05A 2OELA 4F4YA 1QNVA 3S1GA 1QI0A 3OHMB 1I6NA 4A3KG 2D0FA 4MWAA 1IM4A 4Q44A 3RB0A 4NJKA 4YTUA 3W71A 2PU1A 1P0BA 2C00A 5GPRA 3V4BA 3A5VA 5IHRA 3W02A 2Q71A 3ANUA 4Z1CA 1AD4A 1LBMA 4MJZA 2ZZ6A 1VFSA 2ZXQA 5CPSA 2WXDM 2IW0A 4DR4H 1B90A 4CN1A 4E2VA 1WCGA 4FEZA 4NF7A 1WE5A 1NELA 3ES8A 1Q6OA 4ZOAA 4Q8VA 2FHCA 1TPWA 4LUYA 4C6CA 3AIRA 4F0LA 1W9BM 3TK7A 5GJPA 4P7RA 2YA1A 5LNVA 1YBQB 5AHNA 1BXNA 4O1EA 1IOVA 5KT6A 2EBNA 1OFBA 2ZXAA 2VVNA 4FLQA 3J80W 3NEVA 3U5YA 3GTPA 4H2CA 1VLWA 1Y1VG 1L0PA 3RCMA 3OG2A 4H19A 3QRHA 4XKYB 4EE9A 2W7OA 3Q2OA 1W1TA 1FCQA 1W1ZA 1O4UA 1V6WA 1DWIM 2PRLA 5B7YA 4XO6A 1M0TA 1X39A 3CS2A 1SO6A 1J5EH 2JBMA 1Z3NA 3C0LA 4CC5A 3SN0A 1FRBA 4G2DA 4X22A 5FAJA 2ASJA 3E2VA 3MBFA 5IWAH 1V79A 1Q6FA 3GAKA 1TPFA 1GOIA 5CZJA 1AH0A 2ZRXA 3HOXG 1XDJA 2J7EA 1KFBA 3AU6A 3RCYA 2BX7A 4JEJA 3BTNA 3UZYA 2J6TA 4GACA 2DUZA 2Z1VA 1IEWA 2PBZA 1MI3A 4NYYA 1KWGA 3RF9A 3PNZA 4AZHA 1E9LA 3FN9A 3N25A 3PTKA 3LNPA 1REQB 1UPPA 1CQJB 4ICMA 1VIZA 2QS8A 3LHZA 1Q2SA 1UHVA 1OZQA 3RFAA 1A47A 3IK2A 2BY0A 3AU2A 2QJHA 3TTYA 1D7FA 4C7DA 5ABTA 1CXFA 4HKPA 2VNCA 5GNYA 2P8BA 5AYBA 4JN6A 1W91A 2J7GA 2BGNE 2YB4A 1PIIA 3T1HH 5KFDA 1UZ1A 1D8CA 2QF7A 4C6EA 4A8IA 1K7FA 2Y0SE 5I07A 3MC5A 3WUEA 4OTKA 2XG9A 3SGUA 2GLKA 3MSDA 3RV4A 3T07A 2R7MA 1XLLA 3OZYA 1WR2A 3GAYA 1QPKA 1ZAIA 4HZ8A 1JFXA 3DAQA 5D05A 4I4TF 1UA3A 2VUGA 2Z26A 4MSSA 4Q43A 3CV1A 2XSBA 8TIMA 4U5KA 3B0PA 4QEEA 3WNMA 4IPLA 3TA6A 3UFXB 2Y7GA 1S46A 3PW7A 1A4MA 1WOBA 3WJZA 2POZA 4HBKA 5KZMA 2PBOA 1TWSA 2PGEA 2YZRA 2O7QA 1S2AA 1H60A 4O10A 2ZRYA 3A23A 1EOMA 3MYPA 2FVKA 4MF4A 4P8UA 3KALA 1TPDA 1NSJA 1W31A 4ZOEA 4D6DA 1SMAA 4ED1A 2PPGA 2ASDA 3H4BA 2HROA 2REQA 2QNEA 3CV6A 2OFJA 4IMAA 3UF9A 1OC5A 2G41A 2YRXA 5LA2A 2BNJA 2OSXA 3RBDA 4Y9PA 3W7KA 5LMUH 3L2IA 3O7UA 4GXPA 1UR0A 3BJYA 1Y14B 3VGFA 5BMVF 3KAOA 5FOOA 1X7FA 2PGRA 4UOJA 4RZQA 3TJXA 1DVJA 3WK1A 3SFKA 4C1KA 4OOUA 2WNWA 3WD4A 4KFOA 3GTQA 2ZIDA 4ZE5A 1I0BA 5DMYA 1O5KA 4O2BF 3LHVA 3WQGA 4AYBE 4GZEA 4EXBA 4W4QA 2BXYA 3HQOA 1HIZA 4ZQRA 3W1NA 3WH8A 3D3AA 1JCJA 4H8NA 4R5EA 3BPWA 1CBGA 4E4UA 7TIMA 2YPIA 4B92A 2B7QA 3S5ZA 3NQ6A 4S38A 4DBUA 1F3WA 3QTGA 2DSVA 1KBKA 4DBEA 1P4CA 4UOQA 3S5NA 4NILA 4WRHA 2ZDSA 4DYJA 3SCRA 2RGRA 1MNSA 4OBTA 3THQA 3L4VA 1ZHAA 2BMBA 1UP2A 1PZ1A 3A64A 2NQ5A 3R8HA 1HL2A 1XNRH 3IARA 3N43B 1J12A 1GHRA 3HGRA 3CIWA 4S3BA 3ARSA 1XIIA 3QMTA 4RNJA 1KJ8A 3FAXA 2CBIA 4HCLA 4DAIA 3KL5A 3L2PA 1EXPA 3W72A 4QR6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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