1HJWA

Crystal structure of hcgp-39 in complex with chitin octamer
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
molecule tags Sugar binding protein
total genus 125
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjwA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjwA01
2V5DA 3CZ8A 1TG7A 1CGUA 4U2ZA 4L4PA 1XD1A 1SMAA 3OZOA 3CH9A 2DSVA 1ISZA 2W5FA 1QW9A 3WUEA 2ZIDA 2PWFA 3WEZA 1XV8A 1C91A 1A3HA 4S3KA 1G5AA 1J10A 3WBEA 4QFUA 2VO5A 1JXKA 1OT2A 3AQUA 3IJ9A 4U5KA 1M53A 2ZX7A 1C8XA 1V3MA 2F2HA 4H8VA 3FHAA 1V6VA 3W0KA 4AD1A 3OLEA 2X0YA 3RPMA 5CGTA 2E4TA 1R85A 1CGTA 4TUFA 1OWQA 4CD4A 1KXHA 1J0ZA 1BQCA 2ZXAA 1CXEA 2VCAA 2D0GA 2E8YA 2J7HA 1CEOA 1C7SA 1OCQA 2PBOA 5I77A 4UFHA 3W29A 5CLTA 3K46A 4AZIA 2GSJA 4ATWA 1E3ZA 1NQ6A 2G3MA 1GNXA 2CBUA 2WW5A 4DM1A 1ZBVA 4E4PA 5C71A 3ARZA 2XIIA 5EFFA 3VO0A 3O2LA 5ECUA 4ZE4A 1EIBA 1E0XA 3U5UA 2A3HA 1OB0A 4D6GA 3BMWA 4H2CA 5CGMA 5KEZA 2WWCA 3VX1A 2XVLA 4QP0A 1E43A 4UQEA 4D6IA 1J0KA 3WH7A 1V6XA 3AS1A 1HP5A 3GH5A 1VFFA 3ZMRA 4HMEA 1P6WA 4B9YA 2J62A 4DUVA 1W1TA 5BCAA 2DPEA 1BYAA 1R8LA 1B3ZA 3F4VA 5JIPA 4HU0A 4HU8A 3ARRA 1KGXA 4OJYA 5E70A 1NM9A 3VIKA 4QLJA 2BV9A 1LJYA 5E6ZA 2D1ZA 3BXWA 1UQYA 1GJUA 1JDCA 3QR3A 2QLYA 3CUJA 3VTRA 3GTNA 1JFHA 2WMIA 1W1YA 1B2YA 1TR1A 4TX6A 1Q6GA 2DSWA 3FAWA 2UY5A 2GK1B 3AYSA 3FXYA 4QCEA 1I1WA 1R7AA 1NWRA 3VGGA 4W5UA 3AIBA 1H41A 1GORA 3WH9A 4JAWA 2CETA 1W9UA 2CXGA 1OSEA 5A6AA 2OSXA 1HKJA 3WQ6A 1ISVA 4MDPA 2VRJA 3VMNA 2WC7A 1V6WA 3UCQA 3MSGA 3W4RA 5E0CA 1H5VA 2XG9A 3WQVA 4W89A 2VZUA 2XVPA 1KQYA 1DWFM 4RL3A 3WDRA 1PEZA 4NI3A 1V0MA 3WDHA 1OT1A 4AZ5A 3VMOA 5JBFA 4EK7A 1DWJM 1A47A 2B31A 1B3WA 4BQ3A 3SIMA 1U2YA 4U2YA 2YDQA 3AS2A 2ZX9A 1CIUA 4JFUA 4P7OA 3PHAA 3CBWA 3QHNA 5HNNA 2WLYA 1KR0A 2CIPA 2WZEA 3AXHA 1DWAM 2JEPA 1C93A 3CMJA 1XSJA 1NWTA 1ZL1A 1CXFA 2O9RA 2XYLA 2DIEA 4ZXOA 3PZNA 3WMSA 2XWDA 3W37A 1HJVA 2X2YA 2YDRA 1J9YA 4CD5A 3MMUA 4UZSA 2EPLX 4M82A 4JL1A 5FL1A 1JAEA 2A3EA 1QI3A 4CCDA 3SCWA 1UD2A 5I24A 1XSKA 2JFEX 3JUGA 2XSBA 2Z1SA 1SFSA 2V3GA 3ARVA 4LYPA 2OYLA 1R87A 3VIHA 3W27A 1ZBKA 1CDGA 1WDQA 2CITA 2J7CA 1RH9A 1E5NA 4ZENA 3POCA 4HA1A 4MAZA 3W24A 3T0DA 3WL0A 2UY4A 3SCPA 3MU7A 2W61A 3DYPA 1UA3A 1NOWA 3MMDA 4AIUA 3W26A 3CHDA 3ALGA 3ARWA 2NT1A 4GI9A 4DWSA 2E40A 2ZX5A 1OM0A 2VT0A 3A47A 4F79A 1ZBCA 3CUHA 4GQQA 1EGZA 2D24A 5EFDA 3WDJA 2CESA 3SUTA 3B9DA 3N11A 2OLHA 2EBNA 3BSHA 3IJ8A 5IHRA 3AROA 2Y8VA 3VGDA 3WKZA 3AYRA 4W88A 3VIGA 1C8YA 2BNJA 1HL8A 3ALFA 4ZXLA 3WF2A 2WVVB 5A6BA 1W9DM 1OGBA 1VBRA 2J7DA 3T08A 5A6KA 2WSKA 1UD5A 4TOQA 4PRWA 2G3JA 4UTFA 2XGIA 3UETA 1H49A 5A8NA 2J8FA 5AYBA 1D2KA 4CKQA 1X6LA 5LA1A 1E6ZA 2VNCA 4R5EA 3J7HA 4MNMA 2VQTA 1JYVA 2FGLA 4H8UA 5A6JA 3U7VA 4WIWA 1UWTA 2IXVA 1V03A 2ZUUA 3DHUA 3NJ3A 1BAGA 3N12A 2WVSA 1J0JA 4QLKA 5A8MA 5A1AA 2CHOA 2WMKA 1TVNA 1XCWA 4WKHA 5JBDA 4A3YA 1MQPA 1AQMA 4IUGA 2YA1A 4LPCA 2YL8A 1VEMA 5I6SA 1DWGM 1Q6CA 1IZJA 2BVDA 3AISA 3AOFA 4YHEA 3SUWA 3AZSA 4NRSA 4K68A 3TA9A 3T0BA 4D6HA 1ECEA 3B9AA 2Y5EA 1GOIA 1UR9A 4MB4A 2GJRA 3L4YA 1CGWA 4Z2JA 4RE3A 3PZOA 4CN1A 4L4OA 1E40A 8CGTA 3VGFA 2WBKA 1JDAA 5DT5A 1K9TA 2X0HA 2XIBA 1EOMA 4GXPA 3UR7A 1TFVA 1GW1A 4PMNA 1UKPA 2O9OA 1MQRA 3MMWA 2VZTA 1E1EA 2ESCA 4KMQA 1WE5A 4HPHA 2W4XA 4XV0A 1VB9A 2YLAA 4V27A 1LG1A 3AICA 5CZKA 4ACYA 5A95A 1HJXA 5AY7A 5JIWA 1NH6A 3PZGA 3F5JA 4AW7A 3BAWA 3B8SA 4E8DA 2O92A 4J28A 3QOMA 3BH4A 5A8PA 2WKLA 4AIOA 5CJ5A 1GOQA 1UKOA 1GVIA 3FNDA 3VPLA 5D8ZA 4OZOA 3PZMA 3BC9A 3UERA 4UR9A 4W84A 3LPFA 3GDBA 1UWRA 1MQQA 1V0LA 3VGBA 4HOZA 3EDEA 1LL6A 5IFTA 4AD3A 4OBSA 5A6LA 2E0PA 3VIOA 5CPSA 4MNKA 1TUXA 4P7RA 3SUVA 5DEZA 2GUYA 3SCTA 4GIAA 3VILA 3VD3A 3AMGA 3D5HA 1OIMA 2XSAA 1AVAA 1VAHA 1CENA 3CZLA 1QNOA 1TCMA 3VIFA 5GQBA 3AHZA 2DIJA 2GFTA 3TTYA 1XRVA 4LYRA 1X1NA 3POHA 4UCFA 2D0FA 3NDZA 1V3KA 1W2VA 3RDKA 1RP9A 4GKLA 5CSUA 2PC8A 3VU2A 2DDXA 2E3ZA 1JFXA 1HXJA 2EPKX 1WAWA 3O9NA 3AMCA 1G01A 1QI0A 2D0HA 6A3HA 2J8GA 5FL0A 1V0NA 3BCFA 3NIYA 4CCCA 1EOKA 5IXEA 4MTVA 4PMZA 3VVGA 3KWXA 5CG0A 1LL7A 4UQDA 3GBEA 4Y7EA 1EXPA 2W62A 1G0CA 1K9EA 1UZ4A 2V3EA 3L4XA 2VL4A 3HU7A 1E6XM 3N04A 1E4NA 3K4DA 3PZUA 4M29A 4U31A 1PZ3A 3WH8A 3WN6A 3I3DA 5CPQA 5C8BB 1FP9A 1Y7VA 3GZAA 3FHQA 2GJPA 1XD0A 2WYSA 1B3XA 1J01A 2PF0A 4CD7A 4HPGA 2OWCA 1TA3B 4QLLA 3W38A 5A2CA 5A2BA 3AHTA 1BF2A 3WQ5A 1JI2A 3WF1A 3HJEA 5CQ1A 3KL3A 5GNXA 5KZ6A 1J0IA 1XSIA 2NW0A 4PUDA 4AXNA 4KRTA 3K4AA 1VJZA 3CUGA 2EPMX 1JIBA 1OGSA 3GH7A 5LYRA 4D71A 2MANA 1D3CA 1GOOA 1V6UA 1MFUA 4XUYA 4B3LA 5JBEA 2ZXDA 3AIWA 4PMQA 3EMZA 2OYMA 5FCZA 2DSUA 3OGRA 1E73M 3T2PA 3A4XA 2WMHA 2W66A 4UFIA 1MW0A 3LMYA 3I3EA 3AIQA 3EDDA 1CWYA 1LWJA 2XFYA 4JL2A 4WSJA 1EQCA 1H4PA 5FOOA 5EBAA 1WDRA 3A4WA 2ZE0A 2XTKA 4DUWA 1UWIA 3THCA 3K8KA 1MW1A 4LGXA 3GNRA 5M5DA 1CLXA 3TOPA 1UD6A 2WBGA 1QNRA 5HOSA 4MPKA 2DSZA 4GO8A 1WDPA 4N42A 3VIPA 1LLOA 4PTWA 1B31A 4UFMA 4U3AA 3TONA 2O9TA 5AYIA 1GCYA 3MO4A 1ODUA 2ZUWA 4AZHA 1LWHA 3WENA 3DC0A 2EJ1A 3ARYA 1UR1A 5DFAA 4C7DA 2A3CA 2VZOA 2X1IA 2YLLA 1KGUA 4HA3A 4F8XA 3ZT7A 4AEFA 4P8VA 4URIA 4ATLA 5BYWA 4N0RA 4AWEA 5A8QA 2VVSA 3QOKA 1HF6A 2ZUTA 1E56A 3A3HA 1R7OA 1GHRA 1J0YA 1FP8A 1UOKA 4MB1A 1QI4A 4FLSA 3WIJA 2CERA 4MADA 4F9JA 5BXSA 3AHVA 1MXDA 1NOFA 2IUZA 5IHSA 3WUGA 4AYSA 2HVMA 3T0AA 1D7FA 1M01A 2WHLA 3WMBA 1C7TA 3PZQA 2XJ7A 3WQWA 2YDSA 4OOZA 4TVCA 2D2OA 4BA0A 1UD3A 1UKQA 4EANA 4HOXA 3FAXA 4M8UA 5DMYA 5ABFA 1MYRA 1BVZA 2XWEA 3FN9A 2WMIB 3I3BA 4GPNA 3OLDA 4UFLA 1PJ9A 1CXIA 1PX4A 3RJYA 3BGAA 5BROA 3VKKA 4EE9A 1DHKA 1EA9C 3AXXA 2E9MA 2CKRA 4JZ5A 2DSKA 4JKKA 1US3A 4D6EA 2OWWA 1OD0A 1O7AA 2VCCA 3GXDA 3SUSA 1E6NA 1EH9A 3VOCA 5F7UA 2BVTA 5IFPA 4TTUA 2EPOA 3IAPA 1I75A 4XX6A 2E9BA 3AIRA 2Q8XA 1F4HA 5E0FA 2JF6A 1QPKA 1EDQA 4MB5A 4NF7A 3W6MA 1K9DA 1JXJA 1VJSA 2QHAA 2UY2A 4J3UA 3WNKA 3ZT6A 4E8CA 3ZJKA 1KBKA 5LA0A 2DT3A 1H3GA 2CCRA 4TX8A 3SURA 2FHCA 4MAVA 2ZXQA 3BLPX 3VNZA 1MWOA 3ARTA 4JIEA 2ZUSA 4F66A 1E9LA 5I0DA 1V3LA 3M7SA 1J11A 5E09A 4ACZA 1Q6EA 4FMVA 4W93A 2Y24A 1JZ4A 4LX4A 4DWSC 2EQDA 1ZJAA 1BFNA 3LPPA 4BS0A 5DF0A 2J7BA 2WMJA 1XH0A 2RGMA 4M80A 6TAAA 5CXPA 1LF1A 3AIEA 1L0PA 3SCNA 4IM4A 3EBVA 1KR1A 4B9ZA 3MUY1 5CSYA 1XYZA 2CBJA 2XVNA 2XFRA 4J3WA 3U5YA 4Q22A 2QF8A 3IAQA 2RGLA 4GZIA 3LPOA 3NDYA 4CVWA 4MDOA 3K1DA 1FFQA 1J0HA 3OIHA 1FA2A 3TP4A 4AZCA 1EO7A 1H0IA 5E9AA 4LYQA 4EKJA 3CPUA 1SMDA 1RD6A 4DM2A 3WY1A 4GI6A 3GH4A 5D9MA 4KGJA 1CGVA 3WH6A 4U5IA 1UR8A 4GQRA 1PX3A 2GDUA 5IDIA 2A3AA 4AD4A 2FHFA 2WPGA 2FH8A 4CUCA 1KQZA 4FF5A 5M03A 2D20A 3ZIZA 1B90A 2VQUA 3F5KA 4BZYA 2PWHA 5GNZA 2Y2WA 1CGXA 1RPKA 4DWSB 3VDAA 1OINA 1KCKA 5D9OA 2VX7A 1KWKA 5ABGA 4AIEA 3AJ7A 2V38A 2C8NA 3CO4A 4BQ2A 1MW3A 3MV11 4GI8A 3AS0A 4XZBA 3WF4A 4D6JA 2J25A 3BAJA 3CZJA 3KE0A 3VD9A 2G3NA 3SCSA 1DWHM 3M07A 1GZJA 4AC1X 2F8QA 1JYNA 4D72A 4X9YA 2WCSA 1CNVA 2QMJA 1WPCA 3VD5A 2VOTA 1UR4A 1BGAA 1QNPA 3WNNA 5I2UA 1O6IA 1BGGA 1KXTA 5E6YA 1CECA 4A3HA 1BG9A 1WZLA 2G4FA 3VIJA 1G94A 3VDBA 4PMYA 1C92A 1UG6A 1NP0A 3N13A 5I79A 4V2XA 1VEPA 3WD0A 2VX6A 5A3HA 4AZBA 1UYQA 1DP0A 2YL6A 1UWUA 1C90A 1Q6FA 1UUQA 4FLRA 1JYXA 3NCOA 4CGTA 2J47A 3T2OA 4MNJA 1QI5A 5A94A 4MJ4A 3UR8A 2WKGA 1EHAA 3VM5A 2ZUVA 1GJWA 1X6NA 1CGYA 4H8HA 3BAIA 3MANA 4V28A 1CZ1A 4JFSA 3KL5A 4CN6A 3VDCA 4JKLA 3OZPA 3AMKA 3OGVA 3WFLA 2IXUA 1UD4A 2ZWYA 3KZSA 3VDHA 2PWDA 5BXTA 1H09A 2GVYA 3G6LA 4KGLA 4BF7A 3NSMA 1XCXA 4XB3A 1JI1A 2WMFA 5EMYA 2PBGA 3U7BA 2ZOXA 1E0VA 2OWXA 3L4WA 4FK9A 2FDMA 2D22A 2FGZA 5AC4A 4HMDA 4DWSD 2EEXA 4OKDA 1XH1A 2TAAA 1GOWA 4Z2HA 3NUKA 2VMFA 2J78A 1W91A 4ZE5A 5GPRA 3ZOAA 1JZ2A 1E4MM 2ZX8A 1GQIA 1C8QA 3K8LA 4UOQA 3WBAA 1OBAA 4IISA 4PTXA 4YHGA 4D1JA 3HMCA 2GDVA 5A6BD 3L2MA 3O6AA 1QBBA 1V02A 2JALA 1DEDA 1TZ7A 1QI2A 4FLQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1W3H A;  4P7N A;  4HMC A;  4OIF A;  1C3F A;  4ATD A;  4H41 A;  2YBT A;  4OUE A;  4JHZ A;  1SYT A;  1NP2 A;  3UG5 A;  3MS8 A;  5I23 A;  4OOU A;  4WK9 A;  3BAY A;  1JG9 A;  1ZBW A;  5DO8 A;  4PN2 A;  2WLZ A;  1ZU8 A;  2WB5 A;  1E0W A;  4F9D A;  2BXZ A;  3WUB A;  2DT2 A;  3BCD A;  4ML4 A;  1GOM A;  3UG3 A;  1QVB A;  2WCA A;  1UKT A;  4ZEP A;  2WSP A;  3PTM A;  3ZJ7 A;  4GO9 A;  1HKI A;  1JD7 A;  3EDJ A;  2OYK A;  5CLW A;  1NAR A;  4DUX A;  1EQP A;  1U33 A;  4UQ9 A;  4CD6 A;  4CN4 A;  3CUF A;  2CNC A;  3A4A A;  2X8R A;  1LQ0 A;  2XHY A;  4M81 A;  5HXM A;  4HZ6 A;  2JE8 A;  1XYF A;  3DYM A;  2W92 A;  2VRK A;  4PMU A;  1QHZ A;  2O9P A;  4PCS A;  5A8O A;  1TA3 A;  1E4I A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1Q1C A;  1GYM A;  2ZE3 A;  3QPE A;  3DG6 A;  1UKT A;  3E49 A;  3EX1 A;  4W9Q A;  4C5Y A;  3SY1 A;  3KAD A;  4UTH A;  1K7E A;  3NQA A;  1X6U A;  2X7W A;  1VC4 A;  3W88 A;  4V1Y A;  4CD6 A;  3KLL A;  4S1F A;  3A4A A;  5DAN A;  2OO0 A;  3VC5 A;  5L9F A;  3DFH A;  1PTG A;  5HQL A;  2LJ4 A;  4HZ6 A;  2W92 A;  3S1W A;  1QHZ A;  2Z1X A;  5A8O A;  1TA3 A;  1E4I A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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