1HJWA

Crystal structure of hcgp-39 in complex with chitin octamer
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
molecule tags Sugar binding protein
total genus 125
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjwA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjwA01
1BVZA 2VZSA 3LMYA 3RIKA 4Z2GA 2W67A 3VDHA 3S6TA 3ARVA 4JZ5A 2WC7A 1JNDA 4GPNA 2J8FA 4BZYA 1H1NA 4IISA 4U3CA 4PSRA 4AWEA 2DIJA 3T0BA 2J74A 2WANA 4UFHA 3SCUA 3AIBA 3AISA 1GZJA 1UA7A 3CUIA 3GNRA 4Z2LA 2F2HA 1UH4A 2OSWA 1Q6DA 3MU7A 1G5AA 2XIIA 3PZGA 3W81A 1MW3A 3BAWA 3WQ8A 3WH9A 4GO8A 1CXHA 1P6WA 1HNYA 1BG4A 1VIWA 1WZAA 3ZJ7A 5IHRA 1JZ8A 2Z1SA 2BHZA 1UG6A 5D8ZA 1LG2A 4UQEA 2WAGA 2E8YA 1UWUA 1CZ1A 2O9PA 3BCDA 3KL3A 2XWEA 1WZLA 4PMOA 3SCNA 3DYPA 4YHGA 3UETA 2DSZA 4UR9A 4BQ4A 2G3MA 1SFSA 3AHZA 3L4TA 1HN1A 3LPFA 2XFFA 2V5DA 2YLAA 1CPUA 4LYQA 4J3WA 1XCXA 2J47A 4MNMA 3HN3A 1BQCA 3EDDA 4TTUA 2V3DA 1DWAM 1DP0A 3ARXA 1PX8A 5A6JA 2XWDA 3ZT5A 1J0IA 1V3MA 3A3HA 3AS2A 4WLCA 3TTSA 1JDAA 2YKKA 1NM9A 1H2JA 1M7XA 1Q6EA 3KE0A 1E1EA 3GTNA 4TUFA 3VDCA 3MUZ1 2DT3A 3QHNA 2GUYA 3QOMA 3SUSA 3VGDA 1QHPA 2DGAA 3ARQA 3U57A 3K4AA 2G3JA 1VJZA 1L8NA 1GOIA 1UKSA 4UZSA 5AYBA 2VZVA 1KCLA 2G3IA 1K9DA 2E9LA 2W5FA 4OIFA 1UQZA 1PIGA 2E3ZA 1UWTA 5TD4A 3WH6A 2NW0A 4MAVA 1R7OA 3SURA 3WFZA 3VMPA 2PWFA 4J27A 1MW1A 1HJWA 1WP6A 5JBDA 3NJ3A 4FLSA 3L4YA 3WSUA 4B3LA 3RCNA 4Q7NA 3VIOA 3UG4A 2YL5A 4QLLA 4D1JA 2CERA 3WBAA 5A6BD 3FNDA 1B3XA 1BVNP 1MFUA 2J77A 3SCVA 5ABHA 5IFTA 4JFWA 4M80A 2YA2A 4OOZA 1FH7A 3PZMA 3CHEA 4HTYA 1DWGM 7TAAA 1M04A 5DMYA 2ZWYA 3TONA 1K9TA 5FKYA 3VGBA 5CG0A 1UD4A 1H4PA 1BTCA 3VGGA 5A8NA 3AIWA 2EQDA 1GONA 5A1AA 2VCCA 1HJXA 2D3LA 1M01A 2E9MA 3ARYA 1V02A 3CTTA 2WMHA 4A3HA 4PMXA 4J7RA 2EEXA 1MQQA 2VC9A 1WCGA 2EBNA 5A8PA 2WVSA 1EO5A 1V3JA 1VJSA 5KEZA 2C7FA 4W5ZA 4H8UA 5BXPA 5CPQA 3OLDA 3U7BA 4UNIA 1H09A 1EXPA 1A47A 4IPLA 3NSNA 3VTRA 1GHRA 2VVNA 4B3KA 1GUVA 1H5VA 4AZ7A 1OGGA 1X6NA 5ABEA 1J0YA 5I78A 3RJYA 5JH8A 3L4UA 3N11A 6TAAA 3WL1A 1X6LA 2XM2A 3SCOA 1BYAA 1UWRA 3OG2A 4D6GA 4L4OA 2J7EA 5CQ1A 3MUY1 8CGTA 1G0CA 4UCFA 3VD4A 2VZOA 1XCWA 1H3GA 5HBFA 1J0HA 2XYLA 5I24A 1TCMA 1W9UA 1J0KA 2W4XA 1LWJA 4P8UA 2YA0A 4CN6A 3W29A 3GXMA 4TX8A 2WMFA 1KQYA 3GM8A 4H2CA 1E6PA 4PTWA 5D4YA 1LQ0A 1M03A 3RILA 3WH5A 1V02E 1UZ1A 1H0GA 5E6ZA 3S2CA 1W1TA 2WZHA 5EFDA 2ESCA 1HT6A 2CNCA 3PZUA 4J3SA 7A3HA 1E55A 3OGRA 1EQCA 4D1IA 3CZ8A 4U2YA 1CXFA 1BG9A 4CCCA 2X05A 1PAMA 2ZUUA 4V2XA 1JD7A 3TP4A 1JG9A 4OBSA 5BYWA 1WDQA 1EOKA 3SUVA 3W37A 3TTOA 2PWDA 4M8UA 2GK1A 3PZOA 3FN9A 2A3AA 1TMQA 1VEPA 4GI8A 2WMIB 4W8BA 1OWQA 1WB0A 4NSBA 3HJEA 4IPNB 3I3EA 3WF3A 4ZEPA 2J7DA 1QI0A 4BA0A 5E9AA 3F5KA 5A95A 1QOXA 3GXFA 3AMDA 1GHSA 4YHEA 1UHVA 1JZ2A 1U30A 3FAXA 4D71A 1NOUA 4AZ5A 2ZICA 3W27A 2XFRA 1NOWA 1TUXA 1EGZA 4WIWA 3W4RA 4WJXA 2YL6A 4NF7A 2PBOA 1ODZA 3KL0A 4AW7A 1ZL1A 3VUPA 1SMAA 4MPKA 3WY1A 4AEFA 4FLQA 1E43A 4P8XA 3B9EA 4UQDA 5ECUA 4M56A 3ZJ8A 2JF6A 3WELA 3POHA 1K6AA 1E72M 4LGXA 4UQCA 3VU2A 1JI1A 2W62A 1V3LA 3WQ6A 1CXIA 3DYMA 2AAAA 3ARPA 3O9NA 1QNQA 4QDMA 4Z2KA 2W92A 3PTMA 1CGTA 1GVYA 2WXDM 1WAWA 3WBEA 1CNVA 3KEHA 4PTXA 2VL4A 2Y24A 1BYBA 4UQAA 1MYRA 5I79A 1TG7A 1HL9A 5D9OA 2UY5A 3ARZA 1JZ7A 3AS1A 4CVUA 2YIHA 5E09A 3VNZA 2XFYA 1HL8A 3NCOA 4W88A 4W85A 4RE4A 4XZBA 3CMGA 1CGXA 4W84A 1XD0A 1W9BM 1ZBWA 2GDVA 3VM7A 4W89A 2CPUA 4W8LA 1VF8A 3VGHA 2W61A 1XSIA 5CGTA 4S3JA 3L2MA 4E2OA 3PZNA 3J7HA 1CYGA 2EPNA 4Q22A 2BVDA 1LG1A 2ZUWA 3CZGA 2ZUTA 3UEQA 1FFQA 4PCSA 2GJRA 4UFIA 1JL8A 3VIFA 3B9DA 2FHFA 3II1A 4E4PA 4F79A 3FHQA 5GNZA 4HPGA 4MJ2A 5I2UA 1H11A 4N42A 3DECA 3SIMA 4P8VA 2WHKA 5JIWA 2DH3A 4N0RA 1B3VA 2CHOA 2BY3A 1J9YA 2ZIDA 4PMVA 4XUYA 1AQHA 2YDRA 4UFJA 3FW6A 4X0VA 4MB1A 1QBAA 1V03A 4V28A 3MSGA 3PBGA 4CCEA 3SCWA 2PC8A 5CLTA 2XSBA 6A3HA 4CU6A 3OZPA 1KGXA 4OUEA 4URIA 4AZCA 3NIYA 1LLOA 4KMQA 4AZBA 4BQ2A 3VD9A 2CCRA 1FP9A 1RP9A 4LPCA 1ZJBA 1VFUA 3ARWA 4LQ1A 1GW1A 2WKLA 5CSUA 2DQXA 4QP0A 1HVQA 4W7WA 4Y7EA 4D6EA 3PZVA 1BFNA 5CGMA 5D9MA 4NRSA 7CGTA 1VBRA 3WMBA 1VB9A 4D6CA 1A3HA 1E3XA 5CLWA 3BCFA 1D7FA 2PWEA 1PPIA 3WF1A 2EO7A 1J01A 3GBDA 3WF0A 5M17A 3NSMA 1NQ6A 1QPKA 3AS0A 3GDBA 5LYRA 5JIPA 4HZ8A 3WKZA 1CGYA 1NP0A 2V3GA 3CHFA 2JF7A 4K68A 1C92A 4U3AA 3IAPA 1C90A 1J12A 1MXDA 2OWWA 2OYLA 2GSJA 3ZOAA 2HVMA 5BXRA 5CPSA 2GJPA 4A3YA 2DSWA 4IUGA 1S46A 3AIQA 2WC4A 5AC4A 3CUJA 1XC6A 4DWSA 1V0MA 2WVTA 1UKTA 1RH9A 1JYXA 2QPUA 1WE5A 2DIEA 1UKOA 3UESA 1OSEA 5I77A 1EDQA 1GQJA 1K9FA 4PTMA 1QNOA 2BFGA 8A3HA 2WHMA 4H8VA 1W1PA 5I5RA 3T08A 1OD0A 3RO8A 1TVPA 1KBBA 4EKJA 1W9XA 1NWUA 3VNYA 4BCEA 2QHAA 4W8AA 4GZEA 2WZEA 1ITXA 1WZMA 2J62A 1HJVA 3AXHA 4X9YA 4P7LA 3BSGA 1OIFA 1DWJM 3EDFA 3UR8A 2WC3A 4UTFA 1J18A 1FHLA 2YDSA 3DC0A 1VBUA 3VDAA 2YLLA 1XH1A 3N1AA 2ZXQA 3WUBA 4W5UA 1O6IA 3WD3A 2XHYA 2W66A 1GVIA 5GQBA 4B9YA 4XV0A 4HOZA 2ZX9A 1WDPA 2GFTA 2OSXA 4AIUA 3WNLA 2PWGA 1XSKA 3BAYA 4H41A 1LL4A 4AD1A 1RP8A 1OINA 1AVAA 3M46A 5BXSA 4CN4A 5D9NA 3ZSSA 4TVDA 5M3WA 3UG5A 2JEPA 3BH4A 5A3HA 1GOKA 1FOBA 4JFTA 3EMZA 2XPKA 3WDIA 1VENA 1KR1A 3VVGA 3W6LA 2Q8XA 4RE2A 5CSYA 1DWIM 2OYMA 2ZXDA 1J11A 1UWSA 3WEZA 4ZE4A 3W28A 1QI3A 4GZJA 3CIVA 3ZQ9A 2ZX7A 4CVWA 3OB8A 5IFPA 1E3ZA 1JD9A 3RM8A 3VIIA 1Q6FA 2J7HA 2UWFA 4BQ3A 4ML4A 1LL6A 3KWXA 1E4LA 1GCYA 4TTGA 2ZUSA 4V27A 3IANA 3MV01 2BY2A 3VIPA 1BGAA 2E8ZA 3BAJA 2CKRA 1OIMA 1UUQA 4UOZA 3A4AA 2D24A 4AZHA 2W91A 1WDSA 2IXUA 3OIHA 3BLPX 3AMCA 3U5YA 1IZKA 3AROA 1BYDA 1C7SA 2WSKA 3BMVA 3AQUA 4LX4A 2BVTA 4FMVA 3TOPA 3MMUA 4U5KA 4PCTA 4HOWA 3APGA 3IAQA 5A2AA 2XVNA 2NSXA 3BXWA 3WENA 4P7NA 1E6NA 2IUZA 4PMDA 5A6SA 3IK2A 2FH6A 3OGSA 1HXJA 3BLKA 1UR2A 1RD6A 3WL0A 4UFMA 1E0XA 4AY1A 1E5JA 4F66A 3AIVA 2W63A 1QVBA 1E1FA 3VILA 3WDJA 1E6RA 1KWGA 2WCGA 2BXZA 2ZX6A 3WF4A 1MVYA 3QHOA 1TFVA 4ZENA 1WO2A 3WNOA 4M24A 4MNKA 1FP8A 2VI0A 4DUWA 5AC5A 5HNNA 3BSHA 1LF1A 4QFUA 4CU7A 2D22A 1TA3B 4MADA 3UR7A 4P7OA 1FFRA 4GQQA 1IT0A 2WK2A 4X0NA 5CJ5A 1CLVA 3T0DA 2ZX8A 4PMYA 1E6XM 2WLZA 2E40A 2D23A 4HMDA 3CZLA 1EHNA 2X09A 2WMGA 2D0HA 2X0HA 2GVYA 2VZTA 2VURA 4TVUA 3BGAA 1R85A 4ACZA 4J3UA 2VZUA 3L2LA 3SUWA 1GQLA 3HMCA 4KWUA 4WF7A 4MB4A 3AZTA 3WF2A 2FGZA 1E5NA 4JKLA 1HF6A 2J4GA 2WM0A 1KXHA 1B31A 5JUVA 1OB0A 3A6OA 4PTVA 1LJYA 1GPFA 6CGTA 1W9PA 4GI9A 5DEZA 4NZCA 2E4TA 3W24A 3VIMA 3BMWA 1FA2A 2X0YA 1E0WA 1GOOA 1J0ZA 1OGSA 2CYGA 3AS3A 2VR4A 5EBAA 3AXXA 5KZ6A 1QI2A 2GJXB 2UY3A 1W3KA 1JAEA 1BSIA 4S3KA 3VIGA 4RE3A 3L4VA 2VR5A 1B2YA 3CZKA 2VX6A 3WDQA 1DWFM 2CBVA 1RPKA 1BAGA 3FHAA 1KGUA 3NUKA 3CO4A 3N04A 4UFLA 3ARSA 1JXJA 1V6VA 1HKJA 1QHZA 1Y7VA 4OOUA 4JAWA 3IJ7A 2OLHA 1G94A 3TTQA 2WWDA 1HKMA 4AD2A 2XIBA 2C0HA 4AZIA 1KXVA 2QLYA 2WZIA 3UG3A 1UD8A 3L4WA 3AHYA 3PZ9A 2WCSA 2TAAA 3VGEA 4CU8A 1AQ0A 2O92A 3EMQA 2WHJA 3ZT6A 1ISYA 1UR0A 5C70A 3B8SA 1CEOA 3K8KA 1W1VA 2A3CA 1KFWA 3WFLA 4AISA 1HIZA 3GXIA 5D9PA 1MWOA 1NWTA 5BRPA 1O7AA 3PHAA 2GDUA 3VKKA 3FY1A 1ISZA 3AHVA 2EPMX 3VOCA 1DEDA 3EYPA 2VCAA 4JL2A 4D72A 3PZIA 4M82A 2ZWZA 4CD7A 1GOWA 1UD2A 3LPGA 1V08A 1U2YA 4W86A 1KB3A 2WYSA 1GOMA 1CLXA 4L4PA 5A6KA 4HA1A 2X2YA 5C71A 3WDRA 3VGFA 2CXGA 5ABFB 3T2QA 4C7DA 5EB8A 4D6JA 4GQRA 1NARA 4J3TA 2FHBA 3VIKA 3OLEA 4TXEA 4U2ZA 2V5CA 4FLRA 2J7BA 1J10A 3UCQA 2WKGA 3CMJA 3WUGA 3AIEA 1UYQA 2JIEA 3WNMA 2WMJA 1OBAA 2E0PA 2QPSA 1VRXA 4F9DA 1GQIA 1ESWA 2V3EA 2YBUA 2VX4A 4HA4A 1UR9A 5AY7A 3ALGA 1MFVA 1AMYA 3GH4A 4XX6A 4DWSD 2EPOA 3N18A 3EBVA 4GINA 2WVVB 3AMGA 4PMNA 1W32A 4AYSA 4QLKA 5HOSA 4AD0A 2WMIA 2O9TA 3O6AA 3ARUA 2ZUMA 2F61A 1R86A 3WNNA 1FH8A 2BY0A 2VTFA 1BGGA 4OJYA 4PRWA 1UH3A 4J28A 4AC1X 4P7QA 2WSPA 3AZRA 4MNLA 2B31A 4UOQA 4PMZA 2BVYA 4BQ5A 4ZXOA 4AD5A 3AYRA 1VEOA 1R87A 1UZ4A 3B9AA 5DFAA 4GKLA 3WNPA 1V6WA 1ZBVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4DM1 A;  4D6H A;  2G4F A;  1JI2 A;  1UR4 A;  5FL0 A;  1X1N A;  3IJ9 A;  2CET A;  5A94 A;  4XB3 A;  4EE9 A;  1JF6 A;  4D6F A;  4XZW A;  1E4N A;  2PF0 A;  1DTU A;  2QF8 A;  1L0P A;  1EDG A;  1PX3 A;  2WVV A;  3WD0 A;  2J8G A;  3N15 A;  3EDJ A;  3T2P A;  1PBG A;  4DUV A;  1ZB5 A;  5IXE A;  3GZA A;  1ISW A;  1VFM A;  4UZU A;  3AI0 A;  3K8M A;  2XM1 A;  1MW2 A;  4KGJ A;  3SCR A;  1E0V A;  1CBG A;  4DWS C;  3VMN A;  3F5L A;  1BF2 A;  2V3F A;  5GPR A;  2ZXB A;  2HIS A;  3SCS A;  5DT5 A;  2G8Z A;  3JUG A;  3NSX A;  5BRO A;  2PBG A;  2AOS A;  4YN5 A;  3ZO9 A;  3W25 A;  3BAX A;  4AMC A;  2DH2 A;  1V0N A;  1NP2 A;  4NI3 A;  1UQY A;  2YJQ A;  5JBF A;  2VMF A;  2D1Z A;  1NWS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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