1HJWA

Crystal structure of hcgp-39 in complex with chitin octamer
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
molecule tags Sugar binding protein
total genus 125
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjwA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjwA01
4M1RA 1D2KA 3ZOAA 5I78A 1UZ1A 4YPJA 3BXWA 1EA9C 2ZUSA 4BS0A 1RD6A 1XRVA 1B2YA 1VFFA 3W38A 3TOPA 1HF6A 3UCQA 1BTCA 1SMDA 3CMGA 3WNPA 3VX1A 2QLYA 3W26A 1PAMA 1SFSA 3W6LA 3OZPA 4J28A 3AXXA 4TVCA 1KFWA 2XVPA 1R7OA 5A6SA 3SCWA 2DSKA 2G4FA 5ABGA 5CGTA 1PEZA 4AC1X 1MW0A 1V3LA 3WUEA 4DWSB 2WHMA 3K8LA 4W8AA 3EMZA 1TE1A 4F9DA 1I75A 3RIKA 4GO9A 4QLJA 3POCA 3FAXA 3CZJA 3RO8A 2GJPA 5C70A 3VILA 1ISZA 3W82A 2VX5A 3WH6A 5IFPA 4XZBA 5DT7A 3PZTA 2BY1A 1OGGA 1UOKA 1EDGA 2VTFA 1G5AA 1OD8A 3WDPP 2WWDA 4W7UA 3AHYA 1C90A 2J78A 3EDFA 2B31A 3BSHA 1BGGA 1JD7A 1QNRA 4PMYA 3VIHA 2WKLA 1WZLA 1NWUA 1EIBA 4F79A 4PTWA 2PBGA 3W29A 4HPGA 1ISVA 3QHOA 3WD1A 3WDIA 1JDDA 1Q4NX 5JUVA 1UD3A 1Q6FA 2BS9A 3G6LA 3WNOA 3QOMA 1KXVA 3LPPA 1ITCA 5I0DA 2XTKA 3GXDA 4HP5A 3ZJ8A 4E2OA 3MV11 1C93A 1R7AA 3VMOA 2O92A 5DO8A 3SUUA 1WAWA 2DH3A 3PZVA 1J9YA 3W6MA 5CSUA 4UTFA 4L4OA 5CJ5A 4PEEA 2CXGA 1TA3B 3N18A 3CZKA 2VCBA 2Y2WA 1BLIA 1D3CA 4JKLA 1TA3A 4NZCA 5FL0A 2YIHA 3L4YA 4GZIA 1B0IA 1GQIA 4NI3A 1ZBKA 3N13A 3HN3A 3VD3A 3MV01 1TCMA 2D0HA 2EPLX 4MB3A 1G9HA 3W0KA 3VINA 2WM0A 5FL1A 2ZUWA 5LA2A 1V3MA 1VIWA 1KCLA 1CXLA 4W7WA 1XCWA 3U7BA 4LYRA 3WDJA 1E1EA 4AIEA 1UH2A 1C7SA 1A47A 4GZEA 4YN5A 5LA0A 4HZ8A 2A3HA 1QI2A 1GOMA 4RL3A 3VO0A 4AZHA 4HMCA 3VGDA 1QI5A 3GM8A 1E3ZA 3GH5A 3NIYA 4GIAA 5LA1A 5HXMA 1Q6GA 4ZXOA 1V02A 1ECEA 1F4HA 3GXFA 2XPKA 4A4AA 1UD6A 4OJYA 1EHAA 1W9XA 5A95A 1VB9A 3NSNA 2J4GA 5HNNA 3RM4A 1JYVA 5DT5A 2FGLA 1ITXA 2CEQA 3A47A 4ATLA 1H2JA 1TZ7A 3T2PA 1W1VA 3AIVA 1H49A 3OIHA 1MFVA 4AMCA 4AZCA 1UR1A 2VOTA 1G01A 2XIBA 2WZIA 1GCYA 3NJ3A 5D8WA 1HJQA 4MDPA 2PWDA 4H2CA 3PZMA 2Y8VA 3T09A 3T2OA 2DSUA 4XV0A 1HJVA 1ZL1A 3AMKA 3WNNA 3I3DA 3UERA 1JIBA 2J8GA 1ZBCA 1TR1A 1QW8A 1J0YA 1CXEA 1U30A 1UWQA 3A3HA 3GXIA 2YL6A 1E1FA 3AHTA 3WQWA 4P7LA 5FCZA 2V5CA 1HX0A 4AD0A 4H8UA 3OGRA 7A3HA 4UR9A 1UYQA 4PMRA 1WKYA 3CUFA 1S46A 1SMAA 5FOOA 4OBSA 3BAWA 1DWGM 4A3YA 2MANA 2YA2A 3OLIA 3W81A 1EO7A 4PMDA 3FAWA 5JBDA 2D3NA 3VGFA 2JIEA 1C8QA 2A3BA 2OYLA 1XCXA 2CESA 4FMVA 1NWTA 1CYGA 1BYDA 3WUBA 4M82A 4JFSA 3ZIZA 2OSYA 4H7VA 3WMCA 3WH8A 5EMYA 4KGLA 5EFFA 2X8RA 4N0RA 1OINA 1J0IA 1VENA 1M53A 1CEOA 1OWQA 4Z2HA 1B3YA 2BXYA 1KGXA 2F8QA 4YHEA 1HT6A 1C92A 4AW7A 2J75A 1JAKA 4PMUA 1M03A 3WH5A 3NSXA 4H04A 1G0CA 2WMIB 4HPHA 3LPOA 1NH6A 4U2ZA 5D8ZA 2W91A 4V27A 3CIVA 1VFMA 4MTVA 3POHA 2WMIA 3WENA 2W67A 3EDKA 2JEQA 1WNOA 4NRRA 5GNZA 1DTUA 3ARQA 1KCKA 4WSJA 2ZUNA 4UFHA 3BH4A 3GTNA 5CSYA 1H09A 1H3GA 1J0HA 3L2LA 1GONA 3N15A 1E4IA 3BAKA 1GOKA 3BAYA 4FLRA 4GXPA 4HA1A 2HISA 3A6OA 1UQZA 2A3CA 3WL1A 1Q6EA 2X09A 1BYAA 1MW3A 3WKZA 3TTOA 1VEMA 2OSWA 4W8BA 3AMCA 1PIGA 2WLZA 1CDGA 2XM1A 4W5ZA 2WHJA 3B9DA 1PX3A 3MS8A 3OB8A 1J0ZA 1TG7A 8CGTA 3B9EA 1GZJA 2J25A 3PZOA 1GQJA 1W32A 4DM2A 2VL4A 3T0DA 1WO2A 2VQTA 3AHXA 2WAGA 2YJQA 4W7VA 2C0HA 4A3HA 3CHFA 1H41A 3VKKA 4C7FA 1Q6DA 2G3NA 5AC5A 3AHZA 5EBAA 2VZSA 4JCMA 1K9TA 1IT0A 3A4XA 1J18A 1WPCA 1VEPA 1H0IA 4ZEPA 1GVYA 7TAAA 3PZGA 5CZKA 1HL9A 1CBGA 4CCDA 1TVNA 3B8SA 4B9YA 4E8DA 3VIGA 4UOZA 1ZB5A 1XHGA 2GDVA 3SCRA 2D22A 3WH9A 1EXPA 1QNSA 1UWRA 1EOKA 3F4VA 5FKYA 1LWHA 3W25A 5BYWA 3WIJA 5ABEA 2XJ7A 2E0PA 4PTXA 1VAHA 4QDMA 3WNKA 4BF7A 1TMQA 1MVYA 3TTYA 2CERA 2WHKA 3M46A 1JNDA 1UKOA 2YDRA 3WY1A 2ZWZA 1BPLB 1WDQA 3HU7A 3APGA 3LPGA 1RH9A 3WFZA 1W3KA 4EE9A 1V03A 2W61A 1RPKA 1UH3A 4UCFA 1DWAM 3TTSA 3AIEA 1UD8A 2WW5A 3CBWA 5E9AA 1CGTA 1UA7A 4X0NA 4OKDA 4TTUA 1KR0A 3IJ9A 1UR8A 3AIQA 4JHOA 3BLKA 1W9VA 4YHGA 2WSPA 4GINA 2ESCA 1HNYA 1XSJA 2JEPA 1EH9A 2WMFA 4IISA 4LPCA 3VOCA 2WBKA 1KR1A 5A94A 4GKLA 1E71M 1GPFA 1V6VA 3K4AA 2VJXA 3WF0A 2JF7A 3ZO9A 4QLKA 4JFVA 4U3AA 2VRQA 4MDOA 2XGBA 3BC9A 1QBBA 3FY1A 4CGTA 4AZGA 2YA0A 4QP0A 1GW1A 3F5KA 2JALA 2J74A 2V3DA 4CCCA 1FHDA 3VGGA 3ARSA 4JL2A 1DWFM 2X1IA 2QMKA 1UA3A 3GZAA 2BY2A 2D0GA 3VIFA 2W66A 4UNIA 4D6DA 5ABHA 2Y4SA 3MSDA 2GJXB 3WNMA 1GHRA 1BG4A 3M6DA 1P6WA 2VNCA 2J7GA 2E8ZA 2W4XA 3W27A 3HJEA 3WEZA 4UFLA 6A3HA 1PX8A 2GJXA 3AS2A 2PI6A 3FN9A 3SCTA 4DM1A 1WDPA 3DHUA 4ML4A 5D9OA 3WD2A 3KWXA 4GPNA 1QHPA 2DQXA 2IXUA 4AIOA 1RP8A 1C8XA 2AMGA 1L0PA 3AICA 4FLQA 3CTTA 1XH0A 1J01A 1FFRA 2NW0A 3PZUA 3CPUA 2BNJA 5FD0A 1QHOA 3W53A 1UUQA 2VMFA 4W86A 1HJXA 4QAWA 3VU2A 5DMYA 4PMNA 3VM7A 2D3LA 2VZOA 2BHZA 4DUXA 4U33A 2J7HA 5I3DA 1XYFA 4S3JA 1H5VA 1NOFA 4BCEA 1E0XA 2ZUMA 1JNEA 2VUYA 4H8HA 4ATWA 1US2A 4PSRA 3G6MA 3K8KA 2J7EA 1AMYA 4CN4A 1E3XA 2A3EA 1CLXA 5DF0A 3O6AA 3U57A 4D6CA 3U7VA 2CHNA 3ARXA 2VRJA 5JBEA 3RJXA 2EJ1A 4D1IA 1VEOA 2CKSA 3KZSA 3K8MA 1E4NA 5EFDA 3WSUA 2JF6A 1KXQA 4MNMA 2BVYA 3NUKA 1KGUA 3CUGA 4WSKA 2BHYA 4TUFA 4UFJA 3WF2A 4HU8A 4RE3A 5BRPA 4KH2A 2VC9A 1ISYA 1V08A 3AS1A 4TXEA 5CGMA 1JD9A 1FH8A 3AS3A 3VTRA 2WMJA 2V3GA 3MMDA 2BXZA 4AZBA 1K9DA 3VD7A 4J3XA 2J7DA 4RE4A 4ZENA 3VUPA 2PWGA 2Y5EA 1NP0A 3N11A 2DSZA 1JGIA 4TOQA 1WE5A 3FHAA 4KWUA 1PBGA 1CXFA 5GPRA 3PTMA 2ZICA 3BSGA 3MUZ1 1CNVA 5AC4A 1JZ8A 5A1AA 3VIPA 2ZXDA 2XVLA 3KE0A 4J3VA 4GI8A 2WMGA 1UZ4A 3IK2A 4CD4A 4FK9A 1E6ZA 2XFYA 3WDQA 5A6KA 1JZ4A 2XHYA 1DWIM 3A4WA 3VIJA 3WD4A 4CVWA 3OLEA 2VT0A 3SCUA 3DYOA 3OLGA 4TVUA 1UHVA 1QNPA 3D5HA 2ZX9A 1AVAA 3WUFA 3WEMA 1QVBA 2CPUA 3N12A 4P7OA 2O9OA 5E09A 4J3SA 1QOXA 4BQ2A 2BV9A 2YA1A 3RDKA 3SUSA 2OWCA 3ZR6A 1DWJM 3VIIA 3CZGA 4P7QA 4NSBA 4NF7A 4QLLA 5CLTA 6TAAA 2F2HA 1W3JA 4MNKA 1KWKA 5CXPA 1BSIA 5E0CA 4D6JA 5IXEA 1BF2A 3AROA 3GNOA 1PPIA 2WVTA 3WFLA 1AQHA 3RCNA 3WF4A 2WZEA 2WMHA 3ZJKA 4PCSA 4JAWA 1KXTA 1NP2A 2XVKA 2GVYA 5E6YA 1NOUA 1SR0A 5LYRA 3CZLA 4CD5A 3U5UA 2BY3A 2DSWA 3T2QA 2DH2A 1HKIA 2BVTA 4KMQA 1LL6A 1GOQA 1M7XA 2Z1KA 2X0HA 2XWEA 4AZCB 1UD4A 3ECQA 4CCEA 2Y24A 2WCGA 2EPNA 2FHFA 5A8OA 4WJXA 1K9FA 1W91A 2ZXQA 3VDBA 2AOSA 3WD0A 4XB3A 1PZ2A 1PJ9A 2XSAA 2WC7A 4HA4A 3WDHA 4UQBA 2EO7A 3ZSSA 1FFQA 4AD5A 4CD6A 3VGHA 4B3KA 3CUIA 4ZFMA 2FGZA 3TP4A 2QHAA 2X2YA 2E9MA 4GZJA 1B31A 3AMGA 3MKKA 4MAZA 2YDQA 1GNXA 1HIZA 5ABFB 1V6XA 4D6HA 1E73M 1GOIA 4IPLA 4UZUA 3AYRA 2DEPA 3OGSA 4UFIA 4U31A 3S6TA 5ABFA 1DHKA 2IUZA 4HA3A 1XV8A 4W8LA 2DT3A 2WC3A 1L8NA 1VFUA 1WCGA 3MMWA 2J77A 5HOSA 4M56A 3BLPX 4MNJA 3ZSTA 3GNPA 4P8VA 3ZT6A 3QR3A 3WBEA 1FP9A 2GSJA 1PZ3A 3QGVA 4QCFA 4DUVA 1B3ZA 2WKGA 3L4TA 4CUCA 4BQ3A 4CU8A 1W1YA 2VI0A 3T0BA 4RE2A 3EDEA 5HPCA 2PB1A 3WF1A 3RJYA 2XYLA 3AZTA 3GBDA 1B3VA 1OD0A 2WBGA 2WVVA 2CBUA 4HZ7A 1HN1A 1HJWA 4OBRA 3W4RA 3ZJ6A 1VF8A 4UQAA 5AYBA 3WF3A 1HP5A 3AMDA 3PTKA 3PN8A 1BFNA 1EOMA 1VRXA 2GJRA 2J8FA 4KRTA 1NWSA 2CETA 4J7RA 3ZR5A 1W9PA 3PZ9A 1JAEA 3OZOA 1KXHA 2RGMA 4EANA 2ZX8A 1UQYA 1W9UA 4GQQA 3KL5A 1NOWA 4Z2IA 1J10A 4PUEA 3WUGA 4UFKA 5I5RA 1H11A 3CHDA 4ACZB 4P7RA 1G94A 3CHEA 1ISXA 2D0FA 3VMPA 1V3KA 1Q6CA 2JIWA 3M07A 2YDSA 1OB0A 1ISWA 2E9BA 3BAIA 4LYPA 4ACZA 3PZIA 4GI9A 1VJSA 5IHRA 2XIIA 2FHCA 4U2YA 4E8CA 1O6IA 1FH9A 4IUGA 2E8YA 1W2PA 2VURA 2YKKA 2OYMA 4P8XA 2E3ZA 1LWJA 1UR2A 1CWYA 1CLVA 5EB8A 1WZAA 4MB1A 3CUHA 2NT0A 3MSGA 4MNLA 1V0NA 5E0FA 1FHLA 4TX6A 5M03A 3O9NA 5F7UA 3KEHA 4JHZA 2XVNA 3ARPA 3ARUA 4CVUA 2ZXAA 1WP6A 1MXGA 3VM5A 3UR8A 4UFMA 1BAGA 4LYQA 3OLDA 3ZT7A 4B16A 3IAQA 1GHSA 5I77A 4MJ4A 1X6LA 1E55A 1HVQA 3GNRA 4PTVA 3PTQA 2OLHA 4PCTA 3AIRA 3VGEA 3WQ5A 1YHTA 2PBOA 3UESA 5A2CA 3IJ7A 1B9ZA 1OT1A 1V0MA 4M29A 4EKJA 1GJWA 2GUYA 2VRKA 3ZJ7A 1EQCA 3OGVA 1E15A 2O9RA 1UD2A 3NSMA 3UG4A 2J7FA 3WL0A 2V3FA 4R5EA 1KBBA 1R86A 3CUJA 3ARYA 1TFVA 3ARZA 4AYSA 3WNLA 3II1A 1E4MM 2CKRA 4W84A 3UG5A 1BYCA 4AZ7A 1C8YA 3GBEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3K4D A;  3I3B A;  3MMU A;  1W1T A;  2BFG A;  4J3W A;  4U3C A;  3MU7 A;  3VPL A;  3L4W A;  3UEQ A;  1X1N A;  2WMK A;  4BA0 A;  1US3 A;  3AI0 A;  5M5D A;  3S2C A;  3WQV A;  1J0K A;  2VR4 A;  2FHB A;  3LMY A;  3ZQ9 A;  2VX6 A;  5CLW A;  1OGS A;  3EDJ A;  1CGV A;  2DIJ A;  5GNY A;  5I23 A;  4WKA A;  4GI6 A;  1BG9 A;  1HL8 A;  2VZU A;  1E70 M;  1V0L A;  4AD2 A;  1KB3 A;  3IJ8 A;  4ACY A;  1TUX A;  2BY0 A;  3L4Z A;  2BHU A;  3I3E A;  4B15 A;  5M3W A;  3TTQ A;  4HOZ A;  3ZMR A;  3RM9 A;  1JZ5 A;  2ZWY A;  1V6Y A;  2E9L A;  2CBJ A;  1CGY A;  2WPG A;  4AXN A;  4W93 A;  1JZ6 A;  3VVG A;  3AZR A;  1GOW A;  3F5J A;  4R27 A;  1JZ2 A;  4AIU A;  5BRQ A;  1JYN A;  3FHQ A;  5A69 A;  2WAN A;  4J27 A;  1W2V A;  5A2A A;  3U5Y A;  4W5U A;  4P7N A;  4PRW A;  4Z2J A;  3ZM8 A;  5IFT A;  2EPO A;  1CZ1 A;  3J7H A;  3NCO A;  3DYM A;  2WWC A;  1BVZ A;  2VZT A;  1QNO A;  9CGT A;  3GYC A;  4Q22 A;  1B1Y A;  2VCA A;  4IM4 A;  4K68 A;  1M01 A;  2UY2 A;  3WMB A;  4FF5 A;  2HVM A;  1UG6 A;  1X6N A;  2YBU A;  1XD1 A;  3AIS A;  4DUW A;  4PMQ A;  2FH8 A;  4AZ5 A;  4HME A;  3WBA A;  2VZV A;  2Y8K A;  1W3L A;  1JYX A;  2VQU A;  3AIB A;  4S3K A;  5CPT A;  2WK2 A;  1NAR A;  1XGZ A;  4CD7 A;  6CGT A;  4J3T A;  3VIK A;  3AOF A;  3ARV A;  3WH7 A;  1UR4 A;  3NDZ A;  5BXP A;  4HZ6 A;  2CCR A;  1XC6 A;  2J7B A;  1H4P A;  1ODU A;  2DPE A;  4L4P A;  4M81 A;  2F61 A;  2PWE A;  1BYB A;  4QFU A;  2J79 A;  3CZ8 A;  3KL3 A;  1XH2 A;  3FND A;  2PWH A;  3VDA A;  4D71 A;  4AD4 A;  1LG1 A;  1C91 A;  4HTY A;  4HU0 A;  3L4V A;  1ESW A;  2ZUV A;  1UH4 A;  4UQD A;  3SUR A;  3A4A A;  4Z2L A;  1UKS A;  1VFO A;  2YL9 A;  5A8Q A;  1OBA A;  3VMN A;  2CBI A;  5E6Z A;  3BGA A;  3SCO A;  1CXH A;  3AML A;  4BQ5 A;  4IPN B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2DH3 A;  1J9Y A;  1SZF A;  1VCG A;  4NIL A;  1TTI A;  2PDF A;  4ROP A;  3KDN A;  3CZK A;  3E12 A;  1G69 A;  2VCB A;  4UTH A;  3CUX A;  2QJN A;  4GKT A;  1D3C A;  2L5H A;  4UCG A;  2PV1 A;  3IS4 A;  4HZM A;  1OFD A;  3NGJ A;  2CLH A;  2YIH A;  3FA4 A;  1B0I A;  1QU4 A;  3AYV A;  4U10 A;  3MV0 1;  1SO6 A;  3QQ0 A;  4C02 B;  1PDY A;  2NUY A;  3NI6 A;  2ITK A;  2XDF A;  3G1Y A;  1XCW A;  4LYR A;  1SJD A;  4JTJ A;  4I5X A;  1CT5 A;  5CGQ A;  4L9X A;  3O5Q A;  5MHB A;  1RY8 A;  1QWK A;  1UH2 A;  4DXV A;  4GZE A;  3O6C A;  3H2A A;  5K3V A;  3MP5 A;  1GOM A;  1DJY A;  3THA A;  5DIV A;  1T11 A;  2PDL A;  1QI5 A;  3R0D A;  3S9Z A;  3BLD A;  3IUI A;  1V51 A;  1SR9 A;  3TQ0 A;  4P2V A;  3BG3 A;  4DBD A;  1F4H A;  1BVW A;  3LTP A;  1OFR A;  4OJY A;  1EHA A;  3PB2 A;  5HNN A;  3BG5 A;  1ITX A;  2GVG A;  3TTE A;  3GXN A;  3EWB X;  8RUC A;  1FHV A;  3SGU A;  4GVH A;  3AIV A;  5I7G A;  3OIH A;  3UWU A;  2V9D A;  2J6X A;  2VOT A;  3QRH A;  4C90 A;  4IT1 A;  2XIB A;  5DLC A;  5BOO A;  1HJQ A;  4DT4 A;  1IWP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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