1HJX | Genus

Total Genus 130

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	130
sequence length	361
structure length	361
Chain Sequence	YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__937435756116616__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__937435756116616__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HJX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__937435756116616__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"937435756116616","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HJX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__937435756116616__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Sugar binding protein
publication title	Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes pubmed doi rcsb
molecule keywords	CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
total genus	130
structure length	361
sequence length	361
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2003-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	1hjxA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1hjxA01

4MNJA 5I6SA 3F5KA 1CZ1A 2PWHA 2HVMA 2Y24A 4GZJA 7CGTA 5GPRA 5A2AA 3ARYA 3EMQA 4MDOA 1D7FA 4U5KA 4AZCB 2ZX7A 3VIMA 1MFVA 1V3MA 3CBWA 1E43A 1XHGA 2VCCA 1G5AA 3AS2A 1HP4A 2CXGA 4PEEA 4PRWA 3N12A 1O6IA 2UWFA 4UFHA 1UKTA 3WNOA 3CTTA 4D1IA 1FHDA 2IXVA 4CGTA 2XJ7A 4UZUA 2E9LA 2IXUA 5CPSA 1SFSA 1IV8A 1E6QM 5A3HA 2YLLA 4RE3A 2DT0A 3AYSA 1VEPA 4MJ2A 1VFMA 1VFOA 1B31A 3W29A 2FDMA 1ZBCA 5GNYA 2A3EA 3SCTA 3TA9A 3CMGA 2ZUNA 1C93A 3MANA 1FHLA 1YQ2A 1CXFA 5IXEA 3NJ3A 3WIJA 1JL8A 1Q6CA 4F8XA 3WQ5A 2Y4SA 3F4VA 2OWWA 2A3AA 3WUFA 3WFZA 3BSGA 1EO5A 2YL6A 1NM9A 1W9VA 1E55A 2NT1A 4J27A 1UD5A 4W84A 5ABFB 1E6NA 4P7LA 1E70M 4P8WA 4URIA 4PTXA 2XVNA 2CYGA 3I3EA 1XGZA 1VFFA 5M03A 3WQWA 5BXSA 1KXTA 4Q7NA 3WNNA 4LQ1A 5CZKA 4HMEA 2DT3A 4EANA 3CGTA 3WNMA 5BCAA 4XZBA 1RD6A 4B3KA 1US3A 2E3ZA 3KL3A 3WMCA 4QDMA 2G3IA 1UKQA 1H2JA 1HVXA 3MMDA 1WZLA 2WC3A 4MTVA 5AC5A 1RH9A 1UWQA 4AZHA 1MVYA 1DEDA 4GI6A 4W87A 2CEQA 4AEEA 1PJ9A 1CXHA 3N04A 9CGTA 3GM8A 2Y8KA 4AD4A 1UD8A 2WLZA 4MAZA 5M5DA 1NWRA 3RIKA 4X0VA 4S3JA 3ZIZA 4CD7A 4QAWA 4FLQA 2WANA 4JFTA 4DWSC 3UESA 3WD0A 3SCRA 3VDBA 2XSBA 3WMBA 1OCQA 2E8ZA 1K9DA 2AAAA 1PBGA 3AOFA 1PPIA 3LPGA 3B9DA 4OOZA 1UR2A 2X0YA 4W7VA 1TVPA 1W1YA 2E40A 3HU7A 4PMRA 4YHGA 3FY1A 1H0IA 1C7SA 1A47A 3VIKA 2VR4A 4PMNA 4AD5A 1CYGA 1MW2A 2XVGA 4LXFA 1ZBVA 3PTKA 3SUSA 5IDIA 1XH1A 4QP0A 4S3KA 4H8HA 1US2A 5HBFA 2WWCA 4A3YA 4E8CA 2D0GA 1GONA 3VVGA 2WW5A 1HL9A 1X6LA 5A95A 1TE1A 2JIWA 2W63A 4W85A 2ZX5A 3L2MA 4P8UA 5HNNA 3L4TA 2WSKA 3BC9A 2RGLA 3HN3A 3BMWA 1M01A 1W1PA 4JFSA 5A2BA 4PTWA 5LA2A 3AIRA 4HOXA 3PZIA 2PBOA 2E9BA 3ZO9A 5JBDA 1V0KA 5BXTA 1CEOA 2V3FA 1NWTA 4P8VA 4P8XA 1UR1A 2PI6A 4W89A 4TOQA 3GYCA 4UQ9A 1NOFA 1V6WA 4CD6A 4IPLA 4NI3A 1VEOA 3BSHA 4D6HA 3AMKA 2DSWA 1M03A 3RM8A 5E0CA 3SCPA 3K4DA 3EBVA 3PZNA 2O9PA 1RP8A 1W1VA 2ZIDA 3VX0A 1CLVA 1MYRA 3MO4A 2WCSA 4PUEA 3JUGA 5D9OA 2ZWYA 4CCEA 1BF2A 2J7FA 1B3ZA 3WQ6A 1VBRA 4Z2JA 1JFXA 3GXDA 2YA1A 3WDRA 1AQHA 4IM4A 3WD2A 2WKGA 5D4YA 4U2ZA 2W66A 5A6KA 4D6IA 3VDHA 1LG2A 3WDIA 3LPFA 1JYNA 4UQCA 1I1WA 3PZMA 4LGXA 1UH2A 2FHCA 3W28A 4OJYA 3ZSTA 3ZM8A 4MADA 5LA1A 3AFBA 4P7QA 2WHKA 3QOMA 1W3LA 3MV01 2GDVA 1QI0A 1WPCA 2Q8XA 5JBFA 1V03A 2X09A 1JYXA 2XVLA 2F2HA 1Z32X 3UR8A 1V02E 3W27A 2VURA 1GNXA 2OSYA 3O2LA 1BVNP 4EK7A 1J0HA 3MUAA 1B3VA 1E5JA 1KCLA 3AMDA 3WKZA 1EOMA 4TX8A 3SCUA 3SCQA 1HIZA 1G1YA 1ESWA 1EGZA 2WVUA 3K8MA 4DUXA 1OT2A 4AZIA 1NP2A 3AYRA 4CU8A 2YBTA 3DC0A 3CO4A 1WNOA 4ATLA 5A69A 4HTYA 3SUTA 1VBUA 5FL1A 3CZGA 2OSWA 2YL8A 4FLOA 1UHVA 1JZ7A 3FXYA 2ZICA 1DWHM 3FHAA 3AS0A 3PN8A 4OKDA 4RE2A 1RP9A 5DF0A 1UWTA 2BY2A 2XGIA 1B3XA 1R87A 3N1AA 1DP0A 1C7TA 4MJ4A 1ZU8A 3QGVA 2YDSA 3SCOA 3AIQA 2EPKX 2YIHA 3WQVA 3GH5A 6A3HA 3PZVA 2XHYA 2XWEA 2WPGA 1OBAA 2DQXA 1JI2A 3AZTA 1FH8A 3CHCA 4GKLA 3RO8A 4PUDA 4W93A 3W0KA 2OWCA 3VU2A 3I3DA 5E0FA 3WF4A 5D9MA 3UG4A 1UWIA 4FMVA 6TAAA 2WB5A 3A4WA 2D20A 3VMNA 3NSNA 3MV11 5HDRA 1R85A 3MUY1 2DIJA 1XCWA 3APGA 2AOSA 4MPKA 1WDPA 1XSIA 1WP6A 3RCNA 1W2PA 4EAMA 3D5HA 3VMPA 4MB4A 3VTRA 2ZUUA 2GJRA 3RM9A 3WUBA 3M7SA 2J8GA 1CTNA 1CIUA 1AQ0A 2DSVA 2DIEA 4J3WA 3QHOA 4HA3A 4PCSA 4ML4A 1ISVA 3WH6A 5DT5A 1E73M 1R7OA 4JKKA 3N13A 3ARQA 1KXHA 1I1XA 4W5UA 4PBGA 1N82A 2WVVA 3VO0A 3FNDA 2J7CA 4AIUA 1WCGA 1WAWA 4K68A 4P7NA 2D3LA 2VRJA 1KCKA 2QLYA 3OBAA 3SUUA 3MSGA 1E4NA 5JBEA 2G4FA 3AHVA 4AZ6A 2WLYA 1UG6A 4QLKA 1H1NA 3MUZ1 3MMUA 4QLJA 1ODUA 1JZ3A 1UUQA 3BLPX 1JZ2A 1SMAA 3POCA 1WZKA 4GQQA 1BGAA 1E6PA 1ZJBA 1GHSA 1LJYA 1Q4NX 5CQ1A 2CNCA 1OIMA 4JHOA 3BGAA 4WIWA 3OG2A 3AHZA 3O6AA 1UA3A 1JD7A 3W37A 2WMIA 2QV4A 1LLOA 1UD3A 2DEPA 1QW8A 3N11A 5EB8A 1UQYA 2ZUSA 1W1TA 4H7VA 4PMDA 1VIWA 2J79A 3WN6A 3EDKA 4J3TA 3RPMA 4TVDA 3I3BA 4M82A 3VIIA 4MNLA 2D1ZA 4JCMA 2ZXAA 3VPLA 5I77A 3VIHA 3GNOA 1UZ1A 3J7HA 1HN1A 3WUEA 3IAPA 3OZPA 4M24A 2ZUVA 1ZJAA 3ALFA 4TTUA 4DM1A 3POHA 1XRVA 2VZTA 1CDGA 1UR0A 2WCAA 3ALGA 2BY3A 7TAAA 2BHUA 3CUFA 3N9KA 3PZTA 1V6UA 3KZSA 3MUIA 2ZX9A 2WMHA 3ARXA 3FW6A 2ZUMA 1JFHA 3AZRA 1VB9A 4V2XA 5IHSA 2VNCA 4X0NA 5AY7A 4MDPA 3TONA 3W82A 2D22A 2WVVB 2IUZA 1J11A 3EMCA 5DT7A 1TVNA 2EQDA 1QVBA 2NT0A 2WC4A 1JAEA 5DO8A 3AZSA 4BQ3A 1B3WA 1U30A 3A4AA 3B8SA 1PX8A 2QPSA 2C0HA 2CESA 1Q6GA 3GXFA 1UH4A 1H41A 5ABGA 2JIEA 3OB8A 1FOBA 1JZ6A 4CD4A 2WYSA 2XTKA 4TX6A 4KH2A 4D6DA 4D6EA 3ZR6A 1ITXA 1W3HA 2QF8A 2GFTA 1UD2A 1UD4A 1Q6EA 1WDRA 4WK9A 4PYSA 2CBVA 2D2OA 3A3HA 3WELA 2XG9A 3WD1A 2A3BA 1OB0A 4W7UA 1BGGA 3WENA 1H0GA 1PX4A 2JF7A 1E56A 3WH5A 5JIWA 3W6LA 3NIYA 7A3HA 2ZOXA 4AD2A 1CGTA 4LPCA 3BH4A 1CWYA 1C90A 3L4XA 5HXMA 1Y7VA 4HA4A 3EYPA 2EPOA 1V08A 4CVUA 2A3HA 1BHGA 2V38A 4QCEA 1CGUA 1EA9C 4CN6A 2NW0A 8A3HA 2CBIA 3GTNA 4CVWA 1V02A 4UCFA 2GK1A 4B16A 2ZUWA 4AXNA 3WF0A 4PSPA 3DHUA 1S46A 3WNPA 2FGLA 4ZE5A 3KL0A 3IJ7A 2G8ZA 3K4AA 4AZBA 3ZR5A 1GOOA 3ZJ6A 2YBUA 1E40A 3BAIA 5BROA 1OM0A 2GJXB 1B30A 1D2KA 1R86A 3SCWA 1BPLB 2J75A 1XYFA 2WWDA 3IJ8A 1JD9A 2G3NA 2OYKA 2J7DA 4UFLA 1ZL1A 1GOKA 4XX6A 3TOPA 4GINA 2Z1KA 4UQDA 1LG1A 3W24A 4GZIA 2JEQA 3AI0A 2BY1A 2ZWZA 5CSYA 4JL2A 4B9YA 1KGWA 2O92A 3RJXA 4D6JA 2VVSA 1SYTA 2EPNA 2VC9A 3VOCA 2UY4A 3MS8A 3PHAA 1QI4A 1BG4A 3LMYA 3ZJ7A 5M3WA 4L4PA 5LYRA 4H41A 1B1YA 1ISXA 1EHAA 1EH9A 1FP9A 1GPFA 2PWDA 1UD6A 5FCZA 4JFVA 3WUGA 1J10A 3K8LA 1JZ8A 1BFNA 4KRUA 3L2LA 3UEQA 4JZ5A 4F66A 2OSXA 1W9DM 1JF6A 2JFEX 1OINA 2YLAA 2VX6A 1M7XA 1PZ3A 1XC6A 3GZAA 2WBKA 1FP8A 1VJSA 2W4XA 5TD4A 4TUFA 1J9YA 1V3LA 3L4YA 4GO9A 3L4UA 1KXVA 3VGEA 5HPOA 3OGSA 1G01A 2CCRA 1NWUA 2QPUA 1MFUA 1QNSA 2ZE0A 2C8NA 1PIGA 3PTQA 4HU0A 5AC4A 3WNLA 3CUGA 1H49A 4V27A 4J3UA 1VEMA 3HJEA 3W53A 4W8LA 5HPCA 1UR9A 2JF6A 2CPUA 2UY3A 1LF1A 3MSDA 4HZ6A 1CGXA 4WKHA 2VVNA 2WM0A 1BYCA 1JYVA 2BXYA 3VINA 4V28A 4F9JA 1W3JA 5FOOA 4AWEA 2EPMX 4Y7EA 3SEPA 2DSKA 4LYQA 3LPOA 3N18A 3T09A 3AMGA 2BVDA 4R5EA 4EE9A 4FLSA 4NZCA 3AISA 3UETA 3ARPA 3BLKA 3BAYA 2B31A 3BCDA 2WHMA 4MNKA 3OLDA 1KBKA 4BZYA 4AIOA 4AEFA 4B9ZA 4CU6A 4N42A 3BAWA 2XM2A 3AIVA 1KWGA 1W9PA 5A8NA 1HNYA 4XV0A 4W8AA 1M53A 1XH0A 2GVYA 3L4WA 3RJYA 4J28A 1KB3A 4TTGA 2V3DA 4WF7A 4MB3A 4W7WA 5CPQA 1J0ZA 3W81A 1HF6A 3ARTA 2W91A 1YHTA 1E4LA 1KFWA 1EQPA 4D1JA 1OD8A 3TP4A 3BAXA 1E1EA 5CLWA 4PTVA 5EMYA 2WK2A 4UOZA 2UY2A 1MQRA 3U7VA 1V0MA 1NOUA 1CGWA 2CIPA 1QHZA 2G3MA 2Y5EA 2YDQA 2JEPA 4GI8A 5C8BB 4A4AA 2PF0A 2XWDA 4IPNB 4J3VA 1J0JA 2X8RA 3U7BA 1L8NA 5A1AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HJXA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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