1HJXA

Ligand-induced signalling and conformational change of the 39 kd glycoprotein from human articular chondrocytes
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
molecule tags Sugar binding protein
total genus 130
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjxA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjxA01
3O2LA 5BXPA 2E4TA 1JDCA 1C92A 2WHLA 5CXPA 4CVWA 1C91A 1BSIA 5ABGA 4P7OA 3W38A 2XGBA 3CZ8A 2XIBA 1UR8A 4FK9A 4PMNA 2HISA 3CO4A 2PWHA 2EPKX 2DH2A 1CXHA 2WMFA 2VCAA 1F4HA 1BTCA 5A6BA 1G9HA 2D0FA 1QPKA 2BHYA 2XVNA 3D3AA 1EDGA 5BROA 3CHEA 3VM5A 1E6PA 1VBUA 1DWGM 1MXGA 1C8YA 3T0DA 3AJ7A 2E3ZA 1TVNA 2YL9A 2WHJA 5A8PA 3OLGA 3MUAA 3AIVA 2UY4A 3VUPA 3CH9A 1NQ6A 1KCKA 1DWFM 1K9EA 3CZLA 2X0HA 4D6IA 3WD3A 3M6DA 4H8VA 2C0HA 2EJ1A 4WLCA 2XGIA 5I79A 4JFWA 3CHCA 1X1NA 3AI0A 4XB3A 4U5IA 2CKRA 4MNKA 2WBKA 4P8VA 1JZ3A 3IAPA 1BYCA 3UESA 4F8XA 4X0NA 4FMVA 3ZT6A 4J3SA 3VGHA 5I78A 3W53A 4PYSA 1E5NA 5EFDA 3SEPA 5JH8A 2XWDA 4PUEA 3KWXA 1AVAA 2VT0A 3CHFA 1E55A 5HBFA 4M1RA 5BYWA 1H2JA 3CUHA 2O92A 3ZR6A 1W2PA 3HMCA 3WDJA 3MUIA 3QOMA 4WF7A 4UOZA 1UYQA 1SR0A 3AYRA 2ZXBA 5BXSA 1ODUA 3SCUA 2WVTA 3VMNA 3MS8A 4MNJA 1JYWA 1HNYA 1WCGA 1HL8A 2JIEA 3IANA 2DDXA 3BSGA 2WK2A 3NDZA 1GPFA 2BV9A 1GVIA 2CBJA 1VFUA 5FKYA 1LL4A 3SIMA 2QMJA 1H49A 1V0LA 1NOFA 4DUVA 3M46A 2NT0A 4NI3A 1N82A 4DUXA 3CZKA 1XSIA 1CXLA 2BVYA 1G1YA 1OWQA 4AIEA 4DWSA 2XPKA 3AISA 1PAMA 1UWIA 2J8FA 3TA9A 1XC6A 2VRJA 5BXTA 1ODZA 1MYRA 2F2HA 1NH6A 5EMYA 3CMGA 1IT0A 1U2YA 2J75A 3AFBA 1GQIA 1VJZA 4AZCB 3K8KA 4D1JA 4AWEA 3POCA 4JZ5A 1WPCA 1HJVA 3WQWA 4W87A 4HU8A 4OBSA 5JIWA 3B9DA 4HA3A 3WF3A 4AEEA 3E1F1 2WMKA 3A4WA 3AROA 2ZX6A 2YDRA 3EBVA 3VX1A 1LLOA 4HOWA 3LMYA 4H04A 2OSXA 5E9AA 1ISXA 3EDDA 1KWGA 1HL9A 1B3VA 2PWFA 2W92A 1L0PA 2TAAA 1CZ1A 4E8DA 1BQCA 1PX4A 2JIWA 2J77A 1EHNA 1CXIA 1FP8A 2YIHA 2YKKA 2CYGA 4MJ2A 4Q22A 3VGBA 2PB1A 3CUGA 3ECQA 3TTYA 4UZSA 1UD3A 1PIGA 1W3KA 4ZE5A 4E8CA 3WN6A 2G3NA 3EYPA 1QHZA 4UCFA 4AC1X 1PZ3A 4GKLA 3DYPA 3PTMA 2ZX5A 4JCMA 1UR1A 4W93A 3CUFA 4CD5A 4HZ6A 3OA5A 1UWUA 1WZKA 3VIIA 2CXGA 4CD7A 4CCDA 5CPQA 3CPUA 2WMIA 4A3YA 3SUVA 4M80A 3WH5A 2BVDA 4FLSA 1W9XA 4M29A 4BA0A 3QHOA 1GOKA 1J12A 2E9MA 1UKQA 3A4XA 5DF0A 1BHGA 4PMUA 7A3HA 3VIFA 5A6JA 3L2MA 1JF6A 1R85A 4QAWA 2ZUTA 5A2AA 4PMVA 1BAGA 1XH0A 2JALA 3RJXA 3GTNA 4FLOA 1JXKA 1UZ1A 4JFSA 3A47A 1LG2A 1HKMA 4H8UA 3HJEA 1H4PA 1E4IA 5D4YA 5JUVA 4D6DA 3W25A 1KBKA 3MV11 5A8NA 4HP5A 4TTGA 3WNOA 1CGXA 1L8NA 2GVYA 2CCRA 2J79A 3OIHA 1I1WA 2CITA 4P8XA 1B9ZA 4V28A 4GI8A 3ZJ6A 4BZYA 2YLAA 1O7AA 3AS1A 2WVUA 4OJYA 3WUBA 1V0MA 2ZUWA 5E70A 4BCEA 3GXFA 5A2BA 3N15A 3L4YA 3SCOA 4Z2IA 3EMQA 3VMPA 2G3IA 1WKYA 1AQHA 4BQ4A 3GDBA 3T09A 5AYBA 1OT1A 3FAWA 4P7RA 1W1TA 1X6LA 3ALGA 2VOTA 2V5DA 4KRUA 4MB3A 1CECA 2GJXA 2PC8A 2GK1A 2YBUA 3F5KA 4D6CA 2ZUNA 2YA1A 1J9YA 3T2PA 1H11A 1KXVA 4HA4A 1G94A 4OBRA 4W89A 3UCQA 5E0FA 2VTFA 2VQTA 4GZIA 3AHZA 1PBGA 3D5HA 3PZUA 3VIKA 1R86A 1CPUA 1TMQA 2E8ZA 2G3JA 1FP9A 1XGZA 4H8HA 3WUFA 2O9PA 4PCTA 1ZJAA 1AQMA 1HXJA 2VL4A 3WL1A 1EGZA 2GJRA 4UQ9A 3SUWA 1CTNA 2XVPA 2WHMA 3NSNA 3WSUA 3AZSA 3BLPX 1HP5A 1TE1A 4RL3A 2FHBA 1M03A 5C8BB 1XH1A 5BXRA 1CLXA 4V2XA 4CD4A 2CETA 3ZT7A 4F66A 3ZSTA 1J0YA 3BAWA 3BH4A 4AISA 3KL5A 5IFPA 1XHGA 5A3HA 5BRQA 4P7LA 2QPSA 2C7FA 3AIEA 2ZX7A 4GINA 2WANA 4AEFA 3AMKA 3WQ5A 1G5AA 3W82A 2Z1SA 4UQCA 3VIJA 1C90A 1JDDA 2J74A 2XJ7A 1B1YA 1E40A 3CGTA 1C3FA 3FY1A 4XX6A 2CEQA 1OBAA 2J8GA 2ZWZA 5CPTA 4ZFMA 2WZIA 4MDPA 3NCOA 4WSJA 1GZJA 1SMAA 3WH8A 4UFIA 2DT2A 4HOZA 1JAEA 2PF0A 1E6RA 5HPCA 1ISZA 2DH3A 4F9DA 1MW0A 5CLWA 2VCBA 5A6AA 2V5CA 2XVLA 3FW6A 4W8LA 4YPJA 2VZTA 3DHUA 4B9ZA 1OT2A 2VJXA 4MDOA 5DEZA 3WMCA 2WVVB 3EDFA 4ML4A 5C71A 1FHLA 1V6XA 5A6KA 4WKAA 2PBGA 1TA3A 1UWSA 2WMJA 4W84A 4TXEA 3VDHA 3SCPA 2WKLA 4YHEA 2XSAA 1H1NA 3DYOA 3EMZA 1BLIA 2DT3A 5CSYA 3WDIA 2GDVA 2IUZA 1EXPA 1OGGA 4W5UA 1QI2A 2ZOXA 4J3VA 3K8LA 4JL2A 4AD2A 4ZXLA 2WC3A 3O9NA 3OLEA 4QP0A 4YHGA 3WDQA 5D8WA 4ATWA 1JFHA 2VUYA 3ALFA 1E4LA 2ZXDA 5IDIA 4NRRA 4XUYA 3TP4A 1E3XA 5M03A 1TFVA 1W1YA 2J78A 3WUGA 4CN1A 1CBGA 5E09A 3S6TA 1BYBA 1DTUA 3BXWA 4DM1A 2WCAA 4PRWA 5EBAA 4NF7A 2ZX9A 3VDCA 2A3HA 1OSEA 2O9RA 4TVDA 1DWHM 3VNYA 1W3JA 3CMJA 1BF2A 1JDAA 4W8BA 4X9YA 1HVQA 2ZXQA 5ABEA 1KGXA 3AZTA 3VTRA 1HX0A 3AS2A 1XD1A 1GHSA 3WFZA 3AIUA 1O6IA 4U2YA 1QI3A 4NZCA 4GPNA 1BVZA 1QBBA 4AD5A 4KWUA 3ARVA 5I77A 3VDBA 1MW3A 3CUIA 1SFSA 3CZGA 3QR3A 1W9VA 5A6LA 1KQZA 1BYAA 1JNDA 3NSMA 5CQ1A 1PPIA 3I3EA 3AMDA 4OZOA 2PI6A 1KXTA 4J27A 4WSKA 3THDA 1OIMA 3FAXA 2CBUA 5I5RA 1LQ0A 1TUXA 4CU7A 2E9LA 1E5JA 2XIIA 4URIA 2YDSA 2ZE0A 3MUY1 3L4XA 1JD7A 4Z2LA 1GQJA 4IPNB 1QHOA 2WC4A 3K1DA 2D23A 1UD4A 3TOPA 2XFYA 2OYKA 1J0ZA 4D72A 5CGTA 4UQEA 3K4DA 3WH9A 5A6BD 3PZIA 1B3WA 2F61A 3QOKA 4D6EA 2BY3A 3KEHA 3TTQA 3IK2A 2GUYA 2PWEA 2VVNA 1KR0A 3B9AA 2VO5A 4BQ3A 3WF4A 4J3XA 2ZUMA 4PN2A 3VX0A 1IV8A 2W66A 1JZ6A 2XVKA 3N13A 5A8MA 5D8ZA 4U3CA 1UKPA 4JFTA 5D9MA 5M3WA 3M7SA 4D6HA 3WMBA 1QHPA 4WIWA 3L4UA 3DYMA 3L4ZA 4MJ4A 3IAQA 2J62A 3VGDA 1R7OA 1WDRA 1RH9A 2WCSA 4JIEA 2VCCA 1PZ2A 3CBWA 4GO9A 3DECA 3WF1A 4W5ZA 1XRVA 1NWSA 3LPOA 1XD0A 3PZNA 1VAHA 4UOQA 4MPKA 4XZBA 3U7VA 1UD8A 1HVXA 4MAZA 5DO8A 2BVTA 2XFRA 2W63A 1HT6A 1VEMA 2FHFA 2A3EA 5GPRA 2XUCA 2NSXA 4DWSC 5HOSA 1VF8A 1JI1A 3SUSA 3L4TA 1V6VA 4B9YA 1JZ7A 3W28A 1HKIA 1W9DM 1QVBA 4OUEA 1E0XA 2XG9A 1LWJA 1UOKA 1EIBA 4PCSA 2YDQA 3AIWA 2QF8A 2GJPA 3MV01 4JHZA 3WIJA 3AOFA 3WQVA 1D2KA 5JBDA 1UWQA 3AHTA 2AOSA 4UFHA 2UY2A 2E0PA 5E6YA 1W91A 3ZR5A 2G4FA 3NSXA 5JBFA 1K9TA 4D71A 1XSKA 3N18A 4ZENA 2OSYA 1BFNA 1FA2A 4AZ7A 1SMDA 1UKOA 1JNEA 4PMDA 4MNMA 3SCVA 1W3LA 2Y4SA 1V02E 5GNZA 3VM7A 2EBNA 1I1XA 1UR9A 3M07A 4HMEA 4DWSD 1C93A 3W6MA 3K46A 2GSJA 4IUGA 3T0AA 1Q6EA 3CIVA 2WNWA 2WC7A 3BGAA 1XCWA 3BSHA 3WELA 2OSWA 1GJWA 2BY1A 3VIMA 2AAAA 4AZBA 4J7RA 4WKFA 3VD7A 1EOKA 2O9TA 4CN6A 1C7TA 3ARQA 1KWKA 2WVSA 2CPUA 2VURA 4TOQA 1Q6DA 4Q7NA 2DEPA 3WDRA 2XM2A 4TVCA 1KQYA 3MMUA 3PTQA 3BAXA 3KL0A 3RIKA 1JYXA 2VRKA 2D2OA 3WKZA 2DSKA 2QPUA 2VC9A 3FHQA 4AZ6A 1GOQA 4M56A 2G3MA 1UD2A 1WE5A 2XSBA 2YL6A 4QFUA 3KZSA 2G8ZA 2E8YA 4V27A 2RGLA 1V03A 5CJ5A 4RE2A 1Q6GA 2DQXA 1V08A 2X2YA 4LX4A 4J3TA 4Y7EA 5AC4A 4UFKA 1CXFA 4YN5A 4P8WA 1TVPA 2WVVA 1GOMA 4Z2KA 1VEOA 3FXYA 4AZHA 2C8NA 4GZJA 2WWDA 1M01A 1E4MM 4WJXA 5C70A 4AD3A 1BG4A 1IZJA 3FNDA 1MFVA 2VVSA 4DM2A 1E1FA 4JFUA 1RPKA 4CD8A 2YOCA 1HJUA 2D22A 4UNIA 3MO4A 3GXIA 1NOUA 2JEPA 4PTWA 4MB5A 5FD0A 3W37A 2ZUVA 1GUVA 1JD9A 3I3BA 3LPPA 4L4PA 2J25A 2W5FA 4GXPA 1JF5A 3T2QA 5AYIA 1W3HA 2V3GA 3QGVA 3TONA 1AMYA 1CXKA 3NDYA 4RE4A 4ACZA 4M24A 3AHXA 3F5LA 1X6NA 3DHPA 3VKKA 5JBEA 1EO7A 1Z32X 4AYSA 1V6WA 1CIUA 1NWTA 1KXHA 3L4VA 3MMWA 4JAWA 6A3HA 5CGMA 4CU6A 3AMCA 3ARYA 2VZOA 3T2OA 1TG7A 5HNNA 4C7GA 4KRTA 3VIOA 1GOOA 2RGMA 2CBIA 4N42A 3B8SA 3II1A 3W26A 3WH7A 3GNOA 1GHRA 4H41A 1ZU8A 2D0HA 3OLIA 2MANA 3OG2A 3CTTA 4GI9A 4H2CA 5IFTA 1V3HA 2X0YA 3RJYA 2BHUA 2WB5A 3AS3A 6CGTA 2YA0A 2D20A 2JEQA 3B9EA 3A4AA 2Y24A 3GBDA 1EDTA 1ITXA 1EDQA 1ZBCA 2VMFA 5M5DA 1OD0A 2DSZA 4NSBA 1E4NA 3OZPA 2EQDA 4CCCA 4PSPA 5DMYA 1V6UA 1CWYA 1Q6CA 3GYCA 1XH2A 3AIQA 1M7XA 4IISA 2A3BA 1G01A 1GNXA 3ARXA 4R5EA 1QI5A 1PJ9A 1ITCA 1B30A 3OGVA 1Q6FA 1ECEA 1K9DA 3VU2A 3N17A 3BMVA 2FGZA 3SURA 1VFMA 2XM1A 1UR0A 3NYDA 1ZBVA 5A94A 3WF0A 1ZJBA 9CGTA 5LA0A 2DT0A 5KZ6A 4LXFA 4HA1A 1FH7A 1H5VA 4ATLA 3WD0A 4GIAA 2OWCA 3PN8A 1DEDA 1YQ2A 3MKKA 3AZRA 1TCMA 2FH8A 3UG5A 1QNQA 1U30A 3OZOA 4JFVA 1OD8A 1W32A 3SCWA 4BS0A 4OIFA 1E56A 5E0CA 4AMCA 5DFAA 4UOJA 5I2UA 4DWSB 4AXNA 8A3HA 2B31A 4F79A 2BXZA 3DC0A 3TTOA 2J47A 3WY1A 1G0CA 3W0KA 5HXMA 4QLKA 2WYSA 1LL7A 2EPNA 3U57A 4CKQA 1MQPA 5D9OA 2UY5A 2AMGA 4AZGA 1V02A 5FL1A 1JYNA 1GVYA 4Z2GA 3GH5A 1US2A 1MQQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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