1HKK | Genus

Total Genus 132

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	364
structure length	364
Chain Sequence	AKLVCYFTNWAQYRQGEARFLPKDLDPSLCTHLIYAFAGMTNHQLSTTEWNDETLYQEFNGLKKMNPKLKTLLAIGGWNFGTQKFTDMVATANNRQTFVNSAIRFLRKYSFDGLDLDWEYPGSQGSPAVDKERFTTLVQDLANAFQQEAQTSGKERLLLSAAVPAGQTYVDAGYEVDKIAQNLDFVNLMAYDFHGSWEKVTGHNSPLYKRQEQSGAAASLNVDAAVQQWLQKGTPASKLILGMPTYGRSFTLASSSDTRVGAPATGSGTPGPFTKEGGMLAYYEVCSWKGATKQRIQDQKVPYIFRDNQWVGFDDVESFKTKVSYLKQKGLGGAMVWALDLDDFAGFSCNQGRYPLIQTLRQEL

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__378014180648624__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__378014180648624__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HKK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__378014180648624__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"378014180648624","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HKK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__378014180648624__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystal Structures of Allosamidin Derivatives in Complex with Human Macrophage Chitinase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	CHITOTRIOSIDASE-1
total genus	132
structure length	364
sequence length	364
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2003-03-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	1hkkA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1hkkA01

4GI9A 1WE5A 1KWKA 2WMGA 3W25A 3WDIA 3GNPA 4J27A 2ZXDA 2VVNA 2YL6A 4DWSA 3W37A 1K9TA 3GBDA 1RD6A 3NDYA 3O9NA 3AZTA 4HZ8A 2BVDA 3A4WA 3KL3A 2XJ7A 4PTXA 1W1PA 1CNVA 1XCXA 2JEPA 2WHMA 4OJYA 1UQYA 5BWFA 3AMKA 5CLTA 2BY1A 5ABHA 1XHGA 1OGSA 1UR2A 3WSUA 1JI2A 2CBIA 4AEEA 4JFVA 3AI0A 1W3KA 2ZXQA 3FW6A 1JIBA 1QW8A 1BYBA 1LQ0A 2YKKA 2EO7A 2BY2A 1CZ1A 1BG9A 4MB4A 1JYNA 1W1YA 4CCDA 3WH8A 2D1ZA 4FLOA 4U3AA 1ISXA 1VIWA 4URIA 4TUFA 2JF6A 3ZJ7A 1C7SA 3RO8A 1NP0A 1PBGA 2DEPA 2ZXBA 3QOKA 3AZRA 1C92A 1E6XM 5D4YA 2VCCA 1JAKA 1BVZA 1NWUA 4DWSB 1CBGA 4H04A 1BLIA 1W1VA 4W88A 2OYLA 4PMOA 5BXSA 4AZIA 1Q4NX 2VVSA 3VD9A 1HKJA 1U33A 2XGBA 4AIEA 1WDPA 3WUGA 4UFMA 5AY7A 2AMGA 4TXEA 3AQUA 4W86A 3AYSA 3VKKA 1X6LA 1QI4A 1ZJBA 2XM1A 3I3EA 4WKFA 1QI3A 2XWEA 1I1XA 1KXHA 3L4TA 1EQCA 4S3KA 5I78A 4HOZA 3AS3A 1D3CA 5JBEA 4H2CA 3WUFA 3BC9A 5ABFB 3PN8A 1W1TA 2OSXA 1AQMA 1JFXA 3CMGA 1H09A 3GXMA 1ZBKA 3BLKA 1J0KA 2WNWA 2G3NA 1US2A 4UCFA 1E6NA 4UOQA 1J9YA 4GINA 4DUVA 4BS0A 4GPNA 3PZOA 4UR9A 2UY5A 3ARZA 1Q6CA 2J77A 1I75A 3VIPA 1VAHA 2ZE0A 3AZSA 4UOJA 2WSKA 1FH7A 2QF8A 3GH7A 2WCAA 1EDQA 3GH4A 3I3DA 2J8GA 2G3JA 2J7FA 5JBFA 4Q7NA 4MNKA 4OBSA 2E40A 2WLYA 1XRVA 1E6ZA 2QHAA 3WNPA 4PMUA 2WWDA 4AD5A 4PTMA 3VUPA 1PJ9A 3EDDA 1BTCA 3W28A 3RM4A 1H0IA 4MDOA 3ZO9A 4YHGA 1CGVA 3RJYA 1M7XA 3EMCA 4AD4A 1RH9A 4J3XA 5FCZA 4V2XA 3WKZA 3QHOA 1L8NA 2J25A 4PMNA 2YBTA 2EPKX 2J78A 3WF1A 1JZ4A 1KXVA 5FL0A 5FKYA 3WFZA 1VRXA 3BCDA 1VEPA 3W81A 1MFUA 2OYKA 2AAAA 3VDHA 2XWDA 4KGLA 4A3HA 1JGIA 2WSPA 1QNQA 2BVYA 2WCSA 3WBEA 1RP9A 4E8DA 4J7RA 1M03A 4AWEA 2JFEX 1QI5A 5A69A 3WH6A 3PTMA 1V0KA 4M81A 3OLEA 4LYQA 3B9DA 2ZX7A 4JFWA 2WMIA 4P8XA 1QW9A 4W5ZA 1LG1A 4U2ZA 3EDEA 3T08A 3AHVA 3VNZA 3PZ9A 1V3KA 1E1EA 5BXRA 3AICA 1CDGA 2ZICA 3MSGA 3WNOA 1GPFA 1UR4A 4P7OA 4YHEA 1ZB5A 1ZBVA 2GDVA 1HL9A 3M6DA 4J3SA 1UA3A 4MJ4A 1EHNA 5A3HA 1V3MA 3MMDA 2MANA 2J8FA 3SCVA 3B8SA 4L4PA 2XFRA 3BAYA 1O6IA 1KR0A 1OIFA 2WZIA 1B2YA 1GHSA 1JF5A 3BCFA 4IUGA 5EMYA 4U31A 3BH4A 1C90A 1HVQA 1UKOA 4Z2JA 2VQUA 4MPKA 1A3HA 1AMYA 4M56A 1WNOA 2J62A 3MSDA 4GO8A 3EDFA 3B9AA 3FAWA 5A95A 3VGGA 2WMIB 1HN1A 3GTNA 2VURA 1HJUA 4HA3A 4OBRA 3WY1A 3VNYA 1SFSA 2ZUUA 4F9JA 3MANA 5DFAA 4UFHA 4UQAA 1FOBA 3AMDA 1U30A 4OIFA 1HXJA 3APGA 4Z2GA 3VGHA 1E6RA 1CENA 2E0PA 3ALGA 3W82A 1B1YA 1V02E 2ZUTA 1DTUA 2W91A 4HPHA 3OGRA 4P8UA 4QAWA 2CYGA 2UY3A 2Y2WA 1GOWA 4TVUA 1VFMA 1AQ0A 3AHTA 3ARUA 2WC4A 3OLGA 2QLYA 3WELA 1IV8A 4BQ3A 4PMXA 1UZ1A 3AS0A 1EO5A 1CPUA 1JAEA 4MADA 2J7GA 1NP2A 4U33A 4XZBA 2O9PA 2WLZA 5E9AA 3WFLA 2CKRA 5A6JA 4GIAA 1E56A 4PMQA 2VR4A 3GXIA 2XFYA 3WDPP 4HA4A 2FHCA 5A8PA 4JKKA 2WVTA 1WDQA 1JNDA 1J0JA 3GBEA 4MB3A 1E4LA 5DO8A 2F8QA 3BAJA 3WH7A 5HDRA 1W32A 1E72M 3WH5A 4B9YA 1GJWA 2E8ZA 2WAGA 1MYRA 2XVNA 2D3NA 3GH5A 4Z2LA 2C0HA 3LPGA 4P8VA 1MXDA 1J0IA 4MAVA 3WDRA 3ARWA 4CD8A 1H0GA 2DIJA 3UG4A 4P7QA 2G3MA 1OINA 1QHOA 1EHAA 1XD1A 3IK2A 4GKLA 1BPLB 5C71A 1CGXA 3HMCA 4FLQA 3L2LA 5BRQA 1JZ3A 3SCUA 4ML4A 2WKLA 3LMYA 4OOUA 1KXQA 3MKKA 2VZVA 4UOZA 1ECEA 4PCSA 4HOWA 4IISA 3WD1A 3RCNA 1OSEA 3VIMA 4ZE5A 2GFTA 4XZWA 3ZIZA 2ZUNA 2CERA 1JL8A 1ITXA 4TTGA 2J75A 3MUZ1 1NOWA 3L4VA 1V3IA 1UKSA 1Q6DA 3VTRA 1BAGA 2G41A 4ACZA 4QDMA 5D9PA 2XVGA 2W92A 3B9EA 2CHOA 3NIYA 5HPCA 3POCA 3CZ8A 1E43A 3WL1A 3WBAA 1QBAA 4UZSA 1HX0A 1ISVA 7CGTA 1QNSA 4TX8A 2JF7A 3CUGA 4R27A 4CUCA 4V28A 3SUTA 3PHAA 4CN6A 3RM9A 2Y24A 3TP4A 4AW7A 3DYMA 1TG7A 4GZEA 1TR1A 1TZ7A 4CU8A 1GQKA 1G01A 3W24A 5AC5A 4U5KA 1UWUA 4L4OA 4UQDA 1TVPA 1TMQA 2DQXA 3U7VA 5JIWA 3WDJA 2VJXA 5LA2A 2J47A 2EXOA 1US3A 3WEZA 5CXPA 2XVLA 1MFVA 2PI6A 2CPUA 8A3HA 4AIUA 1LG2A 2DT2A 2ZX9A 1EXPA 4S3JA 3VMPA 1CXHA 3K46A 1DEDA 5DT7A 5AYIA 1CXFA 3OB8A 7A3HA 1WB0A 1AVAA 4PRWA 4ATDA 1B9ZA 2VCBA 4HMEA 3RMEA 5C70A 1B31A 4H8VA 3K4AA 3WUEA 1EIBA 1OGBA 5E6YA 4D1JA 1HP4A 3EBVA 4ACZB 1X6NA 1UD4A 1XV8A 3PZNA 5GNYA 3AYRA 3CPUA 2HISA 1W9XA 1UD8A 3G6MA 2WMJA 3N13A 4KGJA 1HJWA 1UOKA 1R85A 3ZJKA 3MMWA 1MXGA 1UR0A 1UR1A 4AD3A 5BYWA 1KGUA 1BSIA 4PEEA 4DM1A 2FGZA 1E15A 3AISA 4H8UA 4AXNA 3SCSA 4AZBA 2DH2A 4GQRA 1VEOA 3SEPA 1LL4A 4CKQA 4UZUA 1C8QA 4WF7A 4NZCA 1UH3A 5LA0A 3BLPX 4OZOA 1J01A 2Y8KA 2YL5A 4D6FA 1B3YA 4XV0A 1KQZA 4PMVA 1BQCA 2EPNA 1GNXA 3WF2A 2CBVA 2JALA 1FHLA 3POHA 2UY4A 3VIGA 4UQEA 3AIUA 3PZVA 3TTQA 4BF7A 4XB3A 3ZT7A 5CGMA 2W4XA 2ZX8A 1H41A 1WAWA 1U2YA 3E1F1 2G4FA 1NWSA 1M53A 3CO4A 1W2VA 1K6AA 8CGTA 1V6WA 1PZ2A 1HKIA 2GJXA 3W29A 2V3FA 2X0YA 4LYRA 1G94A 2D20A 1GW1A 3NYDA 3T0AA 5A1AA 4PMYA 2FH8A 4MDPA 5FL1A 1DWJM 2NT0A 1KBBA 3ARPA 4KH2A 3BAWA 5CPTA 2VNCA 3NSNA 4H7VA 3F5KA 3TTSA 1J0HA 2XFFA 3OA5A 1FFRA 2VMFA 3QGVA 2YA1A 4OUEA 5I5RA 1K9DA 3FHQA 5A6AA 2WK2A 3VIHA 1E3XA 2PF0A 4FLRA 5I24A 1GVYA 1C8XA 1J0YA 3SUSA 3U5YA 2DPEA 1UYQA 3AXHA 3WF0A 1HKKA 1E55A 3BSGA 3UG3A 3N04A 3NSMA 2DT3A 4QCEA 4QLKA 4MNJA 3T09A 1IT0A 2A3CA 5JH8A 5D9NA 2JIEA 2WW5A 3AHXA 2GJXB 2VRQA 4TOQA 3WQ6A 1JDDA 2F2HA 2VUYA 4P8WA 1UKPA 1FA2A 2ZX5A 1VJZA 2VL4A 1CXKA 4BCEA 3EDJA 2GDUA 5JIPA 2GSJA 3FNDA 2YIHA 3ZOAA 3WQVA 4RE3A 4B15A 5FIPA 2X05A 2VTFA 1WCGA 1TE1A 5HBFA 4X0NA 5E6ZA 3SCOA 5EFFA 1R87A 1HJXA 3VMNA 2BVTA 1UH4A 1CXIA 2D2OA 4UQCA 2VC9A 3VIOA 5JBDA 1KR1A 1OBAA 3WDHA 3QHNA 1PX4A 1LF1A 1GCYA 1NWRA 3CZEA 3M07A 2Q8XA 3PTKA 1KB3A 3IJ9A 3UR8A 2ZXAA 3WF4A 1ISZA 2J7BA 3WD2A 3WEMA 4W89A 3N12A 1ODZA 2WKGA 1UZ4A 3L4ZA 4D6DA 5A2BA 3MS8A 1E0VA 1MVYA 2EQDA 4B3KA 1OGGA 1N82A 4AY1A 4QCFA 3M7SA 1PPIA 1B30A 4PCTA 4ZENA 2WMKA 4FMVA 3UEQA 3ECQA 4B3LA 2GJPA 2QMJA 3WH9A 4J3UA 3SIMA 4GQQA 1D2KA 1E6SM 4F66A 1MW0A 3CLWA 4B16A 3BSHA 1NOUA 1IZJA 2CXGA 2PWDA 5HXMA 2CETA 3WNNA 1XH0A 4N0RA 1SYTA 3ARVA 3KEHA 3CUIA 4KRUA 5A6SA 4PMDA 1LWHA 4H41A 3F5JA 5A6KA 4KWUA 3L4UA 1Z32X 4W87A 4D6CA 5BROA 4NRSA 3K8LA 3DHPA 3VILA 3ZSTA 3PZQA 4P7LA 1W9BM 3T0BA 2BFGA 1JXJA 1V3HA 2A3HA 2XVPA 1JNEA 3OZPA 2XG9A 2OLHA 2BXYA 4U3CA 4R5EA 5I23A 2A3EA 1UD2A 1HL8A 1E5NA 3RDKA 3VO0A 2QPUA 3OIHA 3VIFA 2ZWZA 4Z2HA 1WO2A 1F4HA 5EB8A 4AMCA 3VM5A 2YA2A 1FH9A 1ZS2A 3OG2A 3AXXA 2XSBA 3AIVA 3VIJA 3UR7A 2NSXA 2WPGA 3SURA 4CCEA 3T2QA 5LYRA 4A4AA 1CGWA 1TA3A 3MUY1 1SMDA 4JAWA 2X0HA 4GXPA 3CGTA 3A4AA 3WN6A 3FXYA 1PIGA 2J7EA 4IPNB 4CD7A 3CZJA 3W4RA 3AOFA 2XSAA 1VB9A 1OT1A 3WMSA 3THDA 1E71M 1KCLA 2BY0A 1JYXA 5ABEA 1JDCA 2JEQA 1CIUA 1G5AA 4UQ9A 3DYOA 1J11A 1DWHM 2PWEA 4E8CA 4AZHA 4AISA 1E0XA 3PZUA 5KEZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1WZA A;  1XSI A;  4J28 A;  1G9H A;  4GI8 A;  3CZK A;  4AC1 X;  5A6B D;  1BYC A;  1I1W A;  1E4N A;  1VBU A;  2PWH A;  3K1D A;  2CBJ A;  3S6T A;  3AFB A;  1NH6 A;  5IXE A;  2JIW A;  4NRR A;  3RIL A;  1NQ6 A;  3VIK A;  5C8B B;  2DSZ A;  5CPS A;  5BXT A;  4CD5 A;  5AYB A;  5A6L A;  3I3B A;  5I79 A;  2GUY A;  3BAK A;  5D8W A;  1J12 A;  4PTV A;  1V6U A;  4X0V A;  1OB0 A;  4EK7 A;  4MB1 A;  4V27 A;  5D8Z A;  1W3L A;  4LX4 A;  1GUV A;  2DSU A;  2O92 A;  3KZS A;  4HTY A;  1VBR A;  5KZ6 A;  2ZUS A;  4TVC A;  1LJY A;  2XUC A;  2Y4S A;  3GNO A;  4JHO A;  1BGG A;  3O6A A;  4W7U A;  3GM8 A;  4PMZ A;  4EAN A;  1MW3 A;  4PSP A;  3VX1 A;  4ACY A;  4Z2I A;  3TON A;  2WMF A;  3AIQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HKKA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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