1LJYA

Crystal structure of a novel regulatory 40 kda mammary gland protein (mgp-40) secreted during involution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDGSSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDGGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Novel Regulatory 40 kDa Mammary Gland Protein (MGP-40) secreted during Involution
pubmed doi rcsb
molecule keywords MGP-40
molecule tags Signaling protein
total genus 111
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1ljyA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ljyA01
1B2YA 1NP0A 1RP8A 2QMJA 3CHFA 1JZ6A 1UWIA 2BHYA 4JIEA 4M80A 4U3AA 2VNCA 1U33A 6TAAA 1B3WA 4PBGA 2WXDM 1C3FA 3QOKA 1SFSA 1E0WA 1PX4A 4J7RA 5CLWA 1HJXA 1C93A 3N12A 1Q6DA 1B3XA 1TR1A 3WIJA 3BAIA 3VILA 1SR0A 2WLYA 3AI0A 4B3LA 3ZT5A 1E6XM 4U5IA 4PMNA 4U31A 5LA0A 4GKLA 5I23A 3MO4A 1W9VA 2BY0A 1ZS2A 2DIJA 1CXKA 1B3VA 2X1IA 4W87A 2Y8KA 1B30A 5A2CA 1E0XA 1EGZA 1HNYA 2CERA 4XV0A 1MFUA 2VO5A 1C7SA 4PUDA 3UG3A 3FHAA 2E3ZA 3W82A 1NARA 2EPLX 4CU7A 4LXFA 2RGMA 3VGFA 1NOWA 1O7AA 3WSUA 3IJ8A 1E5NA 3BAXA 1W91A 1W3HA 3FAWA 3E1F1 3PZGA 2VZSA 5HDRA 4F79A 4GZIA 4WKAA 3F5KA 1UR9A 1J0YA 2O9RA 2BY1A 4UR9A 2W4XA 4W93A 4V2XA 4WIWA 3GYCA 3PBGA 1YQ2A 2PF0A 2OYMA 4CN1A 2GK1B 4LQ1A 3WMBA 3VIIA 1E4LA 1B0IA 4C7GA 4JCLA 4NRSA 5E0CA 2ZWYA 3RO8A 1B90A 1H1NA 3HN3A 2G41A 3O2LA 4M81A 5GQBA 3BH4A 4X0NA 1VFMA 1E0VA 3AIWA 2J74A 2ZUSA 1XV8A 1UQYA 2EJ1A 1QHPA 2YA2A 4UZSA 4AIEA 2EBNA 2J8GA 2W61A 3APGA 3WEOA 1OGBA 5EMYA 1UKSA 3I3BA 4FF5A 4FLSA 4PMZA 4WKHA 1ZBVA 2VRKA 3AS0A 2WC4A 3EDKA 2XJ7A 2BY3A 2Y4SA 3F5LA 2PBOA 4UFIA 1E56A 2V5CA 2X8RA 3AZTA 5FIPA 3B8SA 1DEDA 4DWSB 1ZU8A 1UKQA 3FY1A 1BYCA 5CGTA 2YA1A 1LQ0A 2GFTA 3SCTA 4BF7A 4W5UA 2UY3A 3N17A 1X6LA 4MPKA 3CUHA 1E72M 3LPGA 5IHSA 1LG1A 1KGWA 4OZOA 2F61A 1VBRA 1V3IA 2WMIA 3AIVA 3N15A 3EBVA 2D2OA 1X6NA 2XIBA 1D7FA 3BAKA 5AYBA 1HF6A 1GUVA 2O9TA 3N18A 4OUEA 2O9PA 4V28A 1DWHM 3VVGA 4IISA 2F8QA 5FL0A 1TCMA 2DSZA 2EQDA 3RMEA 5M17A 1AQ0A 3DYOA 2IXVA 2WAGA 4M8UA 1DWJM 3RM8A 1OSEA 2FHCA 3A3HA 3ARWA 1CGYA 1CYGA 1ZL1A 2NT0A 2VRQA 1CPUA 3BCDA 3MUAA 3EYPA 1I1WA 2YL9A 4UFLA 1C90A 3WUEA 1BYAA 3VTRA 2DEPA 1FFQA 2WHMA 2YJQA 4P8VA 4U2ZA 4Z2JA 5GNYA 3T2PA 3VD4A 3AOFA 1KXHA 3WY1A 3FXYA 4D72A 3BLPX 1IZKA 2JALA 4L4PA 3AS1A 3ARVA 4S3JA 1GQJA 1N82A 3O6AA 1OIFA 3OG2A 4ZXLA 1KBKA 5FOOA 1GONA 3PN8A 4EK7A 3M7SA 3LMYA 3BXWA 5BXRA 1JDDA 5E70A 3PZNA 3AFBA 2XTKA 4PUEA 1HJQA 4KRTA 4KRUA 3VD7A 4BA0A 3MSGA 5HNNA 4D6HA 4JHOA 4AZCB 1WPCA 2YDSA 2VQUA 1UA3A 3VMNA 2WHLA 4P8XA 3LPFA 2X0YA 4MTVA 3WKZA 1OT1A 1I1XA 1UD6A 2E9BA 1TG7A 1ZBCA 4BCEA 7A3HA 2VCBA 4UTFA 3ARUA 5BRQA 2BVDA 3B9DA 3OBAA 4OBSA 5I3DA 3THDA 2G4FA 1FP9A 4QCEA 3WDRA 1MW1A 3A4WA 5AYIA 4KGLA 3NSNA 1IV8A 4TVCA 4AW7A 1RPKA 2AOSA 3GNRA 4JAWA 2FGZA 1E71M 4MDOA 4CD4A 3RCNA 2YDRA 2JF7A 5HPOA 1TE1A 1CNVA 2GJXB 3WD0A 1J10A 2VT0A 4J3TA 3T2OA 1E4MM 2ZOXA 1JD9A 3WDHA 5LYRA 3WQ6A 1WO2A 1UD8A 3VX0A 3DC0A 2XG9A 2WHKA 2VVNA 2CESA 4QP0A 1J0IA 4IM4A 2D0GA 1BHGA 4UFKA 1GOOA 3VIMA 4GZEA 3WEMA 4DWSC 3CZEA 4PMUA 2QLYA 1GOQA 4JKLA 2J47A 1WDRA 3SEPA 4JCMA 3L4XA 1AVAA 2W63A 3CZJA 4BQ5A 3TTYA 4TX8A 1W1TA 3IANA 3ARPA 4AD1A 2XUCA 4BQ4A 3KE0A 3IJ7A 1W9PA 2CITA 4JKMA 4P8WA 1OM0A 3GNOA 1MVYA 4PCSA 2W91A 3PZOA 2OLHA 3II1A 1IT0A 5JUVA 1QOXA 2WWCA 1FOBA 3ZJ8A 2WHJA 4AIOA 2D0FA 1GHSA 3SCWA 3WD3A 1JZ2A 1QW8A 3AISA 2VVSA 4F66A 2PC8A 3RJYA 4CD6A 1KR1A 3EDFA 3T08A 1ESWA 2CBIA 2D20A 3U5YA 5M5DA 3U57A 1E9LA 1HJSA 3T09A 5BROA 4IPLA 4D1IA 1V0NA 1E40A 4FMVA 4HMDA 2J79A 4UFMA 1JF6A 2WBGA 2BXZA 2G3NA 4GQRA 3WF1A 5BWFA 5I5RA 1C92A 3FN9A 4B9YA 4LYPA 1FHDA 2B31A 3VIHA 2VL4A 5I6SA 3CHDA 3VGGA 3VOCA 4JFUA 3NSMA 4FLOA 4B15A 1PJ9A 1MQRA 3UESA 4Z2IA 3TTQA 4TXEA 1ITXA 3SUSA 4Y7EA 3ZOAA 3M6DA 5HBFA 2X0HA 1W1PA 1L8NA 4EE9A 3FW6A 1I75A 4IPNB 2DPEA 1V3HA 2J7GA 2V5DA 4OOZA 5EFDA 1A47A 2ZXBA 3WBAA 2VR4A 1K9TA 1ZBKA 2D3LA 4GI6A 1K9DA 3UR8A 5IFTA 2BFGA 3L2LA 1VFOA 4CU8A 4ZE4A 3SCOA 1VF8A 2JEPA 3CPUA 1BFNA 1CXHA 2WMFA 4WF7A 1TVNA 1FH8A 1DHKA 4DM1A 2CBUA 2E8YA 3OGVA 3T0DA 2D24A 1HIZA 4NSBA 1KGUA 1JDAA 3NYDA 3VGDA 2F2HA 3VD5A 4DM2A 4P7QA 1BG9A 3W6LA 3AIQA 4W7UA 2ZUNA 2CHOA 1L0PA 3WELA 4KWUA 1LWJA 3GDBA 3AMLA 2WYSA 4HMCA 4YN5A 5I24A 1CWYA 1ZBWA 1OD8A 4BS0A 2XVKA 2D23A 3VIGA 2QPSA 3IAQA 1OT2A 3NUKA 1XHGA 3ZO9A 4MAVA 1JG9A 4HU0A 2Y2WA 1GOWA 3UEQA 4ACYA 3CUIA 3K1DA 3FHQA 4LGXA 2WK2A 1WB0A 1H0IA 1PPIA 3K8LA 3VM5A 4F9DA 1HVQA 1EH9A 3VDCA 1XRVA 5A2BA 1BYDA 3G6LA 1O6IA 1UD3A 4AZCA 5FL1A 5A8NA 2PWDA 4TOQA 1QPKA 3ARYA 1VEMA 1OCQA 5CSYA 1YHTA 2AMGA 3WN6A 1XD0A 1JYXA 5A6BA 3WH9A 3VU2A 3RILA 1JYNA 2OSYA 1JI1A 4ACZB 5JIWA 2WBKA 2YL6A 4DUXA 3WNLA 1VB9A 1B3ZA 5LA1A 4QFUA 1CZ1A 1V08A 2ZX6A 3WL0A 3WDJA 2WCGA 4BQ2A 1VENA 2G3IA 4JL1A 1W3KA 2G3MA 3WMCA 3AYSA 1RP9A 3BLKA 5IFPA 5KEZA 5JBDA 2V3GA 4XZBA 2J77A 4X0VA 1A3HA 3GH4A 1ODZA 4M56A 1M04A 1K9FA 2BHZA 3AS2A 1MFVA 3ARZA 4DUWA 1ISWA 3SUUA 2XVNA 3CGTA 3OGSA 4JZ5A 1NWUA 1WZAA 3BAJA 3TA9A 1WDQA 5CG0A 1OB0A 1NOUA 1XSJA 2FHFA 1XD1A 4CD5A 1VJZA 1KWGA 1B9ZA 3JUGA 4Z2LA 4TX6A 1CXIA 1H09A 3GZAA 1CLXA 1TVPA 2O92A 4AZ7A 1JNDA 4H2CA 2D1ZA 1W2VA 3HMCA 4LYRA 4TVUA 5ABHA 1EXPA 3M07A 4WLCA 3WDPP 2J78A 4W88A 4HOZA 2EEXA 3OA5A 3CH9A 5ABFB 3ZM8A 1CXEA 1EO5A 3QHNA 1PZ2A 1E3XA 1WE5A 5CPTA 4NI3A 3L4UA 1UKTA 3AIUA 1BTCA 1BSIA 1P6WA 5C70A 5IXEA 2XGBA 2J25A 2XVLA 3WUBA 1XCXA 1S46A 4MB1A 1HX0A 1W32A 4XUYA 1VFUA 4IUGA 2J8FA 1KBBA 5D4YA 3VIJA 1KWKA 1ZJAA 5CQ1A 3SIMA 2GDUA 3CBWA 2V3EA 4EKJA 4UQCA 1UD2A 4CGTA 1BVZA 4C7FA 2VZUA 1OINA 3VDAA 1XH0A 1BYBA 4UOQA 5BXSA 2XWEA 2QHAA 1E4NA 1HVXA 4OBRA 3GH7A 5CXPA 2FH6A 1KCKA 3WQWA 2QF8A 4YPJA 1CGVA 3CUJA 2WVVA 1EHAA 4PMQA 5LA2A 3WD2A 5JBEA 4NF7A 4AZGA 2CKRA 1QI2A 3VDBA 3UG5A 1HKIA 1UD5A 4D6JA 1CXFA 2HISA 4AEEA 1JDCA 4JL2A 4P7RA 4CCCA 1UA7A 9CGTA 3PZUA 4TVDA 5BRPA 5GNXA 2CNCA 1EQPA 2PWFA 1E6QM 5A6JA 1FHLA 4AY1A 1OD0A 2VX4A 4J3SA 2XFRA 3ARQA 1W9BM 4AZHA 4JFWA 3VMOA 1VEOA 2V3FA 2A3AA 3RDKA 2XFFA 3IJ9A 1KQYA 4QCFA 3TONA 4HP5A 1HXJA 3GXIA 3PZMA 1WZLA 3UCQA 2YBTA 4KGJA 5AC4A 2G8ZA 3WQ8A 4OOUA 4HZ8A 4JHZA 1EDTA 3TTSA 2XVGA 1CGXA 4AD4A 3VX1A 1TA3B 1J0JA 2AAAA 2YL8A 2YIHA 3QGVA 1R7OA 4OJYA 4ML4A 1JAEA 3RJXA 3POHA 1TZ7A 4W8LA 3BSGA 4PMRA 3W81A 1J11A 1H41A 4GO8A 4CN4A 3CO4A 1GOIA 3VKKA 2ZUMA 2OWCA 1QHOA 3SCVA 3RIKA 1JNEA 1XC6A 3L4VA 1AMYA 1GCYA 3GTNA 5CZKA 5BCAA 1JZ3A 3ZIZA 3RM4A 3VIFA 1ECEA 3L4ZA 4AMCA 4UOZA 1XH1A 2A3EA 1LF1A 3QR3A 4WK9A 1ISXA 1WDPA 5A6SA 3DHUA 3MV01 2E9MA 3WQ5A 3POCA 2CYGA 2E8ZA 1AQHA 3L4YA 1LG2A 3ARSA 2GUYA 3WUFA 5ECUA 1Q6CA 1UR8A 1WZMA 1E6ZA 4D6EA 3GXFA 1F4AA 1LWHA 4OIFA 2ZIDA 4Z2HA 2CIPA 1EO7A 1KFWA 4UNIA 3PZQA 1QBAA 2WCSA 4RE2A 3THCA 2BV9A 1UWSA 1IZJA 2WB5A 3A6OA 1WP6A 4ZFMA 3WNOA 3IK2A 4PEEA 1KCLA 2PWGA 2FGLA 1W3LA 1G0CA 5EFFA 1ISZA 3OLIA 3MUZ1 4J27A 1J0ZA 1GPFA 2PI6A 4MB4A 1V3LA 1JFHA 2BXYA 1AQMA 1U2YA 2XM2A 1CGUA 1OGSA 3KL3A 3T0BA 2QMKA 4GI9A 2VC9A 5JBFA 1EDGA 5C8BB 1EHNA 3GXDA 3WEZA 3N04A 2VRJA 1W9XA 3WD1A 4UQDA 1H5VA 1LJYA 1QI4A 5DO8A 2WC3A 1HP4A 1D2KA 3CHCA 4W89A 4FK9A 5FCZA 2ZX9A 2A3BA 1BPLB 5M3WA 1WNOA 4CKQA 5E0FA 3CZLA 5E9AA 3WF2A 2WC7A 3I3EA 2E9LA 3T2QA 4CD8A 1C8YA 1E6SM 2GSJA 4CCDA 4ZENA 3VM7A 5DT5A 2CBJA 3OLGA 2WSPA 1FH7A 3SCNA 4AD5A 1US3A 3ZJ7A 1V0LA 8A3HA 2CHNA 2W92A 1QI0A 4AYSA 2DSVA 3CUFA 5A2AA 3GBDA 3VDHA 4WJXA 2OSWA 4MB5A 1QBBA 3VPLA 2W5FA 3AROA 1CECA 3ALGA 3VGBA 1FP8A 4D6FA 1E15A 2DT1A 3KL5A 4PTVA 5I79A 1QNPA 2WW5A 2G3JA 2EPMX 2GK1A 5DT7A 5DMYA 1R8LA 1UHVA 5DFAA 3W28A 5I77A 1UUQA 3WD4A 4E4PA 2W67A 2WVTA 4GXPA 4HPGA 3VIPA 1QNSA 5BXPA 1ODUA 1E1FA 2C7FA 3MMDA 3EDJA 3LPPA 1UKOA 4AEFA 5HXMA 1Y7VA 1R85A 2E40A 4GZJA 3AICA 3MV11 1JF5A 2ZX7A 3U7BA 4UQBA 1UR1A 1W2PA 4HTYA 2VX7A 4N0RA 1ZB5A 5E6ZA 3AMGA 3ARTA 3UETA 4DWSA 1XYFA 1C7TA 3QOMA 1V0MA 1PAMA 1TUXA 3WMSA 3WNNA 1GORA 1JL8A 1WKYA 3S6TA 4A3YA 1VJSA 4XZWA 1CGWA 1DWGM 5A6BD 2WZEA 2VZOA 2DGAA 3WENA 2ZICA 2CEQA 3QHOA 5F7UA 4UFHA 2ZE0A 4GQQA 1UZ1A 4BZYA 1W9UA 1E73M 1JFXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3AIR A;  3A47 A;  1QNO A;  1J01 A;  7TAA A;  1JD7 A;  4HOW A;  2Y5E A;  2DSW A;  1K9E A;  3PZV A;  4PMO A;  4J3X A;  3AQU A;  1J0K A;  1FFR A;  4P7O A;  2WZH A;  1SYT A;  4PMD A;  1EOM A;  3CHE A;  2C0H A;  4GPN A;  5ABG A;  2VUR A;  4GO9 A;  4WSJ A;  3G6M A;  3SUR A;  3ZJ6 A;  2CKS A;  5ABE A;  4KMQ A;  4PSP A;  2DT0 A;  1NP2 A;  3AXX A;  2DH3 A;  4UQ9 A;  1WZK A;  3ZT7 A;  4W8B A;  3FND A;  4UOJ A;  4H8V A;  5CLT A;  4CUC A;  2OWW A;  1OGG A;  3WH5 A;  5I78 A;  5E09 A;  1TMQ A;  3W6M A;  4U2Y A;  4CVW A;  5EBA A;  1GQI A;  1R86 A;  2YOC A;  1ZJB A;  2VCC A;  4B9Z A;  2J7H A;  1CLV A;  2CXG A;  2Q8X A;  3VUP A;  1G1Y A;  1FH9 A;  1V02 A;  4MNL A;  1PIF A;  2YLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QLL A;  3KS5 A;  4PSP A;  4O10 A;  4RPP A;  1Q6O A;  3A9I A;  4QT2 A;  3AXX A;  2Z6I A;  4IQ2 A;  4UCG A;  2VC6 A;  3OOQ A;  2CW6 A;  3RHG A;  4ZPW R;  2DZT A;  4WCJ A;  1HUV A;  1PS9 A;  3A3W A;  4CUC A;  1OGG A;  3WH5 A;  2VGI A;  3GTH A;  3MQT A;  1TMQ A;  1GQI A;  1RY0 A;  2VCC A;  1JCL A;  4M3P A;  1XII A;  2CLF A;  2Q3O A;  1V02 A;  2Z28 A;  2YLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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