1NWSA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitobiose
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 133
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwsA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwsA01
3U7BA 1DHKA 3AIRA 3WNPA 1E6ZA 2DPEA 1NOUA 4GQRA 1JAKA 4BQ3A 1WP6A 3W26A 1MQQA 1Q6DA 4WF7A 1BQCA 2VJXA 2PF0A 1UR8A 1QOXA 1JZ2A 5HPOA 2Y8KA 4HZ6A 4UZUA 1LQ0A 2NT0A 3BAYA 1HL8A 1X6LA 5CLWA 4JFTA 3F4VA 1E43A 4QLJA 1ZB5A 4RE4A 1JZ4A 1UD5A 1X1NA 1UOKA 1VJZA 1LWJA 5A1AA 4P8XA 1MQRA 3EBVA 5A2CA 2D22A 1GOMA 2CHOA 3EMQA 3VD7A 3B8SA 2J7BA 4ZXLA 2WANA 1UKOA 2QMJA 1GQLA 2WSKA 3VIGA 2J8FA 2XVKA 1ISVA 2PC8A 1JDCA 1S46A 5CPTA 1WDRA 3ZJKA 4FLOA 2FDMA 3VDHA 1V6XA 3HN3A 2C0HA 4ML4A 1IZKA 3CHDA 1BYCA 3WF3A 4AEEA 1R7OA 3MKKA 1L8NA 1GQJA 2BHUA 4U2YA 3BMWA 1B2YA 4CD5A 3ZT5A 4S3JA 2GJRA 2ZXDA 5DFAA 3WF2A 4W8BA 1UR0A 5LA0A 3AS1A 4JL2A 3WL0A 5DT7A 1WCGA 1AQ0A 1UD3A 2JEQA 2VT0A 4KH2A 4LXFA 4Z2LA 4J3TA 3WL1A 6CGTA 1OWQA 2WMFA 4F9DA 1MW3A 1CZ1A 3ZJ7A 3POCA 1M7XA 3G6MA 2WHLA 2XVNA 4QLKA 1E3ZA 3AXIA 5JH8A 1B3XA 2GK1B 1QPKA 4V27A 2YJQA 2WAGA 2EPMX 4IUGA 4J28A 4IM4A 2OLHA 5A8MA 3NYDA 3WQVA 3SUTA 5GPRA 4AY1A 4HOWA 3KZSA 2QPUA 3EMCA 1SMAA 2PWHA 1F4AA 1EIBA 3AMLA 1ISZA 2ZXAA 3AHVA 3K4AA 1CXIA 1OBAA 3WQWA 3GH7A 1JL8A 4EE9A 3CTTA 4HU8A 1J18A 3LPFA 1J0KA 1DWAM 3EYPA 4HZ7A 2C7FA 4NRSA 3OIHA 1W1PA 1VFOA 1NARA 1OT2A 1OIMA 4JFSA 1JZ3A 1UQYA 3WSUA 1W9DM 3N04A 4JKKA 3THDA 5I77A 5ABFB 4CCCA 1LJYA 2WHMA 4MTVA 4BQ2A 1W2VA 4P7NA 3WF0A 1JFXA 3VIMA 2GSJA 1SMDA 4AD4A 4J3WA 1BG9A 3LPGA 4KGLA 4U31A 3K1DA 2PBOA 1H11A 5A69A 1K9EA 4GI8A 1JDAA 4N42A 3OGSA 1J0ZA 4DUXA 2YL6A 2G4FA 4CU8A 3VX1A 1FH7A 4PMZA 2EBNA 5IHRA 2WLYA 4MJ2A 1DWHM 3FAXA 2VVSA 4BF7A 1OB0A 1J10A 3HJEA 1GNXA 4P7QA 3T08A 2G3NA 3BGAA 1WZAA 3CMJA 3EDJA 1Z32X 3ZM8A 1JAEA 1TVPA 3IANA 5M3WA 1HJVA 3WKZA 1XH2A 1CGYA 4M29A 3WQ8A 3W53A 3UG4A 2WYSA 4GI6A 2MANA 1EOKA 2D0FA 2G41A 1CGUA 5HNNA 1UH4A 1CLXA 4J3SA 1PZ2A 2X1IA 2WMKA 3AMDA 1ISXA 2OWXA 1UKQA 1V3MA 4PMQA 2PWGA 1CXFA 3CGTA 4UFLA 3L4UA 3AHZA 3HMCA 2GK1A 4AIUA 1G94A 2VX6A 3RM8A 4F8XA 1Q6GA 3A6OA 3L4VA 1J0YA 2E9LA 3RDKA 4IPLA 5M5DA 4AXNA 3SUWA 3CZ8A 2GJPA 1N82A 5HOSA 1Q4NX 2WMGA 4B16A 3GXMA 1H0IA 1IT0A 4CD7A 2PB1A 3MS8A 1CGTA 1E1EA 3AFBA 4GKLA 1HJSA 4NF7A 5ABGA 1CXEA 4PCTA 2VR4A 1W9PA 3WEOA 2AOSA 5A6SA 3W37A 1E6NA 3GDBA 2BVDA 3K4DA 1E0XA 1VIWA 1VEMA 2VUYA 4GZJA 1FH8A 4U5KA 5ABFA 1CGWA 1HJUA 7TAAA 5CSYA 1I1XA 2WM0A 2VRQA 3ZOAA 1WDSA 1B30A 1E4LA 1WKYA 2TAAA 2XM1A 1D2KA 1UWQA 4MB4A 2J7HA 2D3LA 2EQDA 4MB5A 1PIGA 3L4WA 1HF6A 1RP8A 2FH6A 1EDGA 1LL6A 1VF8A 3PZTA 1VBUA 4TX6A 3O9NA 3S6TA 2O9TA 5AY7A 2F8QA 4LQ1A 1HN1A 4OOUA 2DH3A 1M03A 1E15A 5C8BB 5FL1A 4AEFA 4W5ZA 4XZWA 2DSKA 2PWDA 4PUEA 3L4ZA 2OSWA 4ZEPA 4PEEA 1ISYA 4U2ZA 3PN8A 1LG2A 1BYBA 3FXYA 2XYLA 4M1RA 5KZ6A 4D1JA 3WDQA 3QOMA 2VX4A 1BG4A 3MUZ1 3AMGA 3VINA 2WCSA 3VTRA 2X2YA 3KL3A 3MUIA 1BLIA 3ARPA 2YA0A 2E40A 3A4XA 4Z2KA 1RD6A 2XVGA 2FHBA 1QI4A 1JZ7A 1E72M 1UWIA 5HBFA 2W92A 2O9PA 1XD0A 1EDTA 1EQCA 3G6LA 1XSJA 3WDRA 1EH9A 1CNVA 3VIJA 4ATWA 2YLLA 4UOQA 4PMNA 4X0NA 2Y24A 1WNOA 4UTFA 4CCDA 3ARZA 1XV8A 1WZLA 3J7HA 3U57A 2V5CA 3QGVA 5A8NA 1YHTA 1K9FA 4HMEA 1PZ3A 1V0NA 3ARWA 5DMYA 2YBUA 2QHAA 1OGGA 3BLKA 1UD2A 3VILA 1W9BM 4NSBA 3SCQA 1BYDA 4UQEA 4UFHA 3SCWA 1MW0A 2WCAA 5IFPA 3QHNA 1UQZA 1EGZA 4PN2A 3QHMA 4OOZA 2CBVA 3SCSA 1CENA 3II1A 1BVZA 1K9TA 2BY1A 4MNMA 1W32A 2YBTA 2A3HA 4JFWA 4H2CA 4OJYA 1J0IA 2Z1KA 4KRUA 1B1YA 1XSKA 4AZGA 3VNYA 3N17A 4DUWA 1W2PA 2YDQA 3W27A 4TVCA 5A6JA 3WF1A 3A47A 3W6MA 4DM2A 1ZBCA 3FY1A 1G9HA 1XC6A 2X0YA 2J62A 4OKDA 5BWFA 4BS0A 5FOOA 4AYSA 4A4AA 4OBSA 2XSBA 4AD2A 4P7RA 1QBAA 2UY5A 1OGBA 2Y8VA 1E71M 3FW6A 4D6FA 3WDPP 5AC5A 1JDDA 4YN5A 5D8ZA 2XHYA 4CU7A 3WFZA 3WD2A 1O7AA 5KEZA 1JYXA 3NDYA 4W86A 1J01A 4J3UA 3GNPA 1KQZA 2XUCA 4C7FA 3RM9A 1KFWA 2WMHA 3LPOA 2DT2A 5BXRA 3AHYA 1RP9A 2G8ZA 4CN1A 3WD3A 4P8UA 3CPUA 3KL0A 3EDDA 3UETA 4TTGA 1VB9A 3EMZA 4BQ4A 3UCQA 4JL1A 3AJ7A 3LMYA 2QLYA 4AD5A 1PIFA 3VDCA 4AZ7A 2VR5A 3GBDA 1ISWA 3VD5A 4P8WA 5A8PA 3WDJA 1M53A 4XB3A 4MDOA 4NRRA 2JIEA 1GJWA 1TG7A 4Z2HA 2Y5EA 3ZO9A 4MB3A 2VQUA 2XPKA 2VZTA 3N13A 1C8YA 1H49A 6TAAA 3DYMA 4W7VA 3WDIA 1GQKA 2DQXA 1JNDA 4WKAA 4PCSA 1JI1A 3MV11 2RGMA 3CO4A 2EEXA 2QV4A 3VDAA 3AI0A 2XGBA 2GDUA 5BCAA 1ZU8A 4CD4A 4AMCA 3M46A 1M04A 1KCKA 1V3LA 2PBGA 5IFTA 4KGJA 3W81A 3RO8A 3RJYA 3BH4A 3M07A 3GBEA 5BRPA 2CHNA 2WZIA 1G5AA 1C8XA 1HT6A 2CPUA 1CXLA 4B3KA 2JALA 3AMCA 4BCEA 1BVNP 4R27A 1E6QM 3VIKA 2CBIA 2VURA 1UD4A 1E55A 1HP4A 3ARTA 4MJ4A 4QAWA 1ESWA 1OD8A 4PTWA 2BFGA 1LF1A 4U33A 4IPNB 3VUPA 2VQTA 2W67A 4AD1A 2A3CA 3ALGA 3VIPA 4JFVA 2YLAA 1RH9A 2BY3A 4W7UA 4TUFA 1BTCA 2FGLA 1KR0A 2VCCA 1GOOA 5D4YA 3NSNA 5LA2A 4H8VA 2ZXQA 3VM5A 5HDRA 2YA2A 1B90A 1KXQA 4LX4A 1ODZA 5D9MA 3UR7A 4E2OA 2O9RA 1X6NA 4UOZA 2BXYA 2XVLA 1JZ5A 5BRQA 4JZ5A 1V02E 3F5LA 4W8AA 1WZKA 4M82A 3WNNA 4QLLA 3AIEA 3MUAA 3TTYA 4Z2GA 3OG2A 1MXDA 2WZHA 2EPOA 4PMYA 1C7TA 1HVQA 1WO2A 2F61A 1WAWA 5E0FA 1HP5A 3WMBA 1C3FA 1EQPA 4L4OA 2E0PA 5CPSA 2D0GA 1A47A 3GYCA 2XFYA 1CDGA 1HVXA 2XWEA 3WIJA 5E6YA 3SUVA 4UZSA 5I5RA 1VAHA 4MPKA 4CKQA 1KB3A 2CCRA 1Y7VA 2CETA 2VZUA 2WKLA 3IJ9A 1I75A 2V3DA 2J7GA 3BC9A 4H8HA 4HMCA 2WVVB 2VZVA 2ZUUA 4FMVA 3QOKA 2CEQA 2X8RA 1VRXA 4UQCA 4HMDA 3VU2A 2IUZA 1E5JA 3VM7A 3IAQA 2ZX7A 1EOMA 4PSPA 4H7VA 1VEPA 2J77A 2J7CA 1C92A 4A3HA 4HZ8A 2WVTA 1JG9A 3W24A 5A6KA 1EDQA 4D6GA 4AISA 3ZJ6A 1E4NA 1CGVA 3B9DA 2O92A 4V2XA 3TOPA 4W8LA 1XCXA 1IZJA 1UWSA 1K6AA 2A3AA 3AOFA 3AISA 4QCEA 1UUQA 1TVNA 1R8LA 1CECA 1LL4A 2V3EA 4OUEA 1PBGA 3U5YA 3ZR6A 3T0BA 4D6IA 4UFIA 1QI5A 3L2LA 3M6DA 3AZSA 3BAKA 2E9MA 3WELA 2DT1A 2W62A 5IHSA 4WSJA 2J4GA 4MAVA 3VD3A 1UWRA 3T09A 5CG0A 3PHAA 1GVYA 3W29A 3MU7A 3VGBA 4JHZA 1H4PA 3WNLA 2CNCA 3CZEA 3VIFA 4GXPA 1V0MA 3WUGA 3N12A 2A3BA 4TTUA 2J8GA 1V6WA 1J0JA 2ZE0A 5BROA 3VVGA 4NI3A 1UYQA 3ZQ9A 2ZUMA 2DEPA 5BXTA 5A6AA 3IJ7A 4Z2JA 1MXGA 3PZ9A 3PZQA 5FKYA 2JF7A 3KL5A 2JE8A 3GNRA 1VEOA 3ALFA 1E6SM 1XYZA 1WDPA 1E0VA 2UWFA 3CUGA 5A8OA 3FAWA 3N1AA 1UKSA 1XH1A 4W87A 5A95A 1V3KA 3PZVA 1KGXA 2VMFA 7A3HA 1ECEA 3NUKA 2ZXBA 1QHZA 1BFNA 2E4TA 1W9UA 3AIWA 5EB8A 3OA5A 2PWFA 3OZPA 4OIFA 1UZ1A 1DTUA 1A3HA 4JKLA 1JD7A 1UR9A 1NP0A 2CERA 3CUHA 1HJXA 2ZUVA 1TUXA 3T2PA 3WUBA 1MFUA 1NOWA 3A4WA 2WNWA 2WVVA 3IAPA 4OBRA 1OCQA 3GXFA 2D24A 3GZAA 4GZIA 1K9DA 2WC3A 1GOQA 3N18A 5A8QA 1HJWA 4RL3A 2WSPA 3VNZA 2HVMA 1CWYA 1DWFM 3IK2A 1DP0A 4W7WA 4DWSB 1V02A 1C8QA 3WMSA 4XV0A 1WPCA 1JYWA 3BCDA 4P7LA 1JFHA 2FGZA 4PMVA 2WW5A 1UR1A 3AZTA 3VX0A 4AZBA 5GNXA 2CESA 3CMGA 3AMKA 1OINA 2WBGA 4AZCB 1QW9A 2WCGA 1H2JA 4HP5A 2VI0A 3WNMA 4ATDA 1W9VA 4AZHA 4B3LA 4D6DA 3CZLA 1U30A 1PJ9A 4LGXA 4UQ9A 1VFUA 4BA0A 2B31A 3WNKA 1E6PA 1CBGA 2JEPA 4HPHA 1FA2A 3E1F1 1CTNA 4ZE4A 5AYIA 1KWGA 3RCNA 2JIWA 3WH8A 4CU6A 4AD3A 4UQAA 3K8LA 3RMEA 4JAWA 1XYFA 2EJ1A 3MANA 4DUVA 1DEDA 1FHDA 4WLCA 2D20A 1CIUA 2BHZA 3U7VA 1H0GA 1UKPA 9CGTA 2CKRA 5LYRA 4C7GA 3AHXA 1TA3B 4URIA 4K68A 1V6UA 3UG5A 4KWUA 5I24A 1CLVA 4FLSA 3CZJA 3LPPA 3WUFA 1KXTA 1H1NA 2W5FA 3WQ5A 4PMOA 5FL0A 1JIBA 2WKGA 1GCYA 2J78A 4HA1A 1B31A 2E8YA 3EDKA 1W1VA 1PAMA 4MNKA 6A3HA 5I6SA 3CHFA 1PX8A 2BY0A 4AIEA 2ZWYA 5EFDA 1MYRA 2EPLX 3D5HA 2VC9A 1W3KA 4QFUA 4D6EA 5HPCA 2J25A 1KCLA 3MUY1 5CGTA 3FNDA 2VCBA 2WVUA 1US2A 5JBDA 3AYSA 4X9YA 1JXKA 4MAZA 1QHPA 1KR1A 1B0IA 7CGTA 2FHFA 3AIUA 1W9XA 1OIFA 4ZENA 3W25A 2XIIA 4AIOA 4RE3A 3AS0A 4W85A 3WFLA 4E8CA 5I23A 1PEZA 1V6VA 3POHA 5JBFA 1Q6EA 2CITA 5BYWA 4UFMA 4FK9A 1GOWA 4M81A 3WQ4A 2G3MA 1NM9A 4H04A 2EPKX 2W4XA 3AIVA 1KGWA 4PTVA 1H5VA 1B3VA 4PMXA 4A3YA 1IV8A 1E4IA 4KMQA 2GVYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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