1NWSA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitobiose
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 133
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwsA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwsA01
4F9JA 5LA2A 3VD4A 1GOIA 4OOZA 2WVTA 1VFOA 1JF6A 2WHMA 2W91A 1PZ2A 3FW6A 3L4TA 1LG1A 3L2LA 2DIEA 2YL9A 2D24A 3CTTA 5TD4A 2V38A 3AQUA 1A47A 5A8MA 4JKKA 2V3GA 1LJYA 3U5YA 2J8GA 1EA9C 1XRVA 1JYNA 2WMJA 4UQAA 3EYPA 5DT7A 3O9NA 3CUGA 1LF1A 2YA1A 2DT2A 4EKJA 1HJSA 1B9ZA 1HKMA 3WH5A 2BVTA 3QOKA 4FLOA 4UOQA 5I79A 2JIEA 3MSGA 3W26A 5I0DA 1GOWA 1EHNA 4AWEA 2IUZA 3WL1A 3FAWA 3WENA 5E09A 1V0MA 4AD0A 2W92A 4GXPA 4KWUA 1V0KA 4P7RA 1GCYA 4E8DA 4BS0A 3TONA 3SCWA 5A1AA 2ZUWA 4U31A 4QLKA 2WHKA 3EMCA 1BAGA 1EDQA 3OA5A 1B90A 1QHOA 4MJ4A 5A6AA 2JFEX 3N18A 1ZBVA 3ALFA 4HMDA 1HKIA 5KEZA 2BY1A 2E9LA 1ISVA 4DM1A 3KEHA 3HJEA 1WNOA 1IZJA 1GOQA 2CPUA 3CIVA 4JFUA 2YA0A 1JYVA 3WQ6A 1Q6DA 5DT5A 4F9DA 1JD7A 3DHPA 2OWXA 3VM7A 1I1WA 3FHAA 4CUCA 2D0GA 5I5RA 1B3ZA 4X9YA 2X8RA 1XCWA 2VZSA 3AIWA 1NP0A 2WPGA 1GVIA 1ZJBA 4HOXA 3AMLA 1XH0A 2YDQA 3GNOA 4QLLA 3AZTA 3GXMA 4FLQA 3UEQA 2XWDA 4BQ3A 1QBBA 2V3DA 2MANA 1E1EA 4HZ6A 3TTYA 1BG9A 3UCQA 1UA3A 4WSKA 5CGTA 3WEOA 2DSZA 4M24A 2JEQA 5LYRA 5E6YA 3WF0A 3LPOA 1OIFA 2WMIB 2XGBA 4XZBA 3UG4A 4GZIA 2F8QA 5ECUA 3T2OA 1BTCA 4H8HA 3QOMA 1JZ2A 2A3HA 4L4PA 2XVKA 4D6GA 3ARRA 4WK9A 3N13A 1US3A 3SUTA 4F79A 4FLRA 4M80A 5AYIA 4Z2GA 3IJ8A 4J7RA 1E5NA 4D72A 3AHZA 4PMUA 1V3JA 1MW3A 4MB3A 2IXUA 3MUAA 3ZJ6A 1JZ4A 3SUUA 2E40A 1XHGA 1QI0A 4AZGA 2ZWZA 3SCSA 1FP9A 2ESCA 1TZ7A 1E4MM 3FY1A 3FN9A 4P7LA 4HA4A 3LMYA 4U5IA 4FF5A 2GDVA 3GH5A 1C91A 2ZIDA 3N04A 1E56A 4TTGA 2ZWYA 5I2UA 4B9ZA 3SUSA 1NARA 3LPGA 2X0YA 4PYSA 3PZTA 3AHVA 1AQHA 2UY4A 2WC7A 1V03A 1J0YA 3BXWA 3CHDA 5BXSA 2G41A 4MNLA 1GQJA 2W62A 1MVYA 5FL0A 3O2LA 2FGLA 4CD5A 1MFUA 4MB4A 4A3YA 1JZ6A 4Z2JA 4HA3A 3BAXA 1BFNA 3KL3A 5JUVA 3WD0A 4PTVA 1KXHA 4BCEA 4AEFA 1H3GA 5BXTA 4Z2KA 3MS8A 5A8NA 3VKKA 1CXHA 3CH9A 3AISA 3SCNA 2EPKX 2YBTA 4QFUA 1E73M 1OCQA 4PN2A 1JNEA 2ZX8A 1KBKA 1MQQA 3NSNA 3T2PA 3VD9A 2CBIA 3T0DA 3MKKA 2PWGA 4CVUA 2WB5A 4ML4A 2IXVA 3SCUA 4W5UA 1C7TA 5F7UA 1E55A 3CHCA 2WBGA 1W32A 5BROA 4OZOA 1HP5A 1XSIA 5CJ5A 3SIMA 1H49A 4GI6A 4CN4A 4F8XA 2CKSA 3NSXA 5JBEA 2J79A 1LL4A 1JG9A 1YQ2A 3ARXA 1I1XA 3VIHA 3HN3A 3ARVA 1R87A 3F5JA 1EQCA 4XV0A 1W2PA 1GQIA 4PMNA 1E4IA 1MXDA 3CUJA 3IAPA 3VUPA 2WWDA 4WSJA 1UR2A 1NWUA 2X05A 1JDDA 3TTOA 1E6ZA 4IM4A 1CXKA 2J7BA 3VD5A 2YKKA 3VIPA 3DYPA 1XV8A 1QOXA 7CGTA 4AD2A 4PCTA 1HKJA 2CYGA 5A3HA 3AZSA 4N0RA 4JKMA 1L8NA 5D9PA 4UOZA 2CIPA 1NH6A 3B9EA 2D0FA 5D9NA 2WC4A 2XFYA 1UD2A 5HOSA 3CMJA 5E0CA 5GQBA 8CGTA 2EPMX 3VGBA 4CGTA 1UUQA 5I3DA 5A8OA 1BGAA 3VX1A 5HNNA 3CZJA 1O6IA 5KZ6A 4MPKA 3N12A 3UETA 2UWFA 3K46A 1ZB5A 5A6LA 2XVGA 1CGYA 1C92A 1JZ5A 2J25A 2WVVB 3TOPA 2YDRA 2OYMA 2CCRA 2CBUA 3RPMA 2OSYA 2Y8KA 4BA0A 4TVDA 4MNKA 5FL1A 1B30A 1HX0A 1WZAA 2CBJA 2PF0A 2DSVA 4AISA 1WZLA 1JYWA 3SUWA 4Z2LA 4LYQA 3SEPA 3ZSTA 2G3JA 5A94A 1HF6A 3W28A 3WH9A 3CUHA 1GORA 1GHSA 4S3JA 1MQPA 4DUVA 1HKKA 3L4UA 5D4YA 4UQCA 1M04A 4AZ5A 3AS3A 3N17A 5D9MA 3I3DA 3ARSA 4UFLA 5C70A 3VDBA 2CETA 4J3TA 4IISA 4UZSA 3WNMA 3QHNA 1NWTA 4UQEA 3SCOA 2XG9A 2WM0A 1WDSA 1TMQA 3VIFA 3CZ8A 1RPKA 3JUGA 4GKLA 1GOOA 2DSKA 3MV01 1M03A 5C8BB 4M82A 3PZMA 5IFPA 3CGTA 4M8UA 1S46A 1KGUA 1OT2A 2JIWA 3WUEA 3BAIA 3IK2A 5A6MA 1JDCA 2VR4A 4H04A 5A2CA 3GBEA 1EXPA 1KBBA 1GUVA 2VX7A 4DUWA 1EGZA 4PMQA 3MUIA 3DYOA 5AC4A 3WDQA 2WYSA 1AMYA 3W25A 5IHRA 3K8MA 3UG3A 2D3NA 1VB9A 1JI2A 1OD0A 1VF8A 4HA1A 1TA3A 1E15A 1SFSA 4D6FA 1JZ8A 1OWQA 1XC6A 2ZE0A 5CGMA 4AEEA 5A8QA 3G6LA 1B0IA 2Y5EA 4ATWA 2BVDA 2XWEA 2YA2A 5I77A 4HMEA 4CCEA 4P8VA 3AIBA 3N9KA 3AXXA 2EEXA 1H2JA 8A3HA 3ZSSA 1VEOA 1DHKA 2D23A 1FP8A 2E4TA 4J3SA 1J01A 1UWIA 1VIWA 4GQQA 3AFBA 1FH9A 1PIGA 3L4ZA 3RILA 4B3KA 1K9TA 1UR4A 4URIA 4HZ8A 1GPFA 2VUYA 3O6AA 1BLIA 3WN6A 2F61A 1V6XA 1EHAA 2UY3A 3EDFA 5ABHA 4PEEA 3PZGA 4R27A 1VFMA 1BYBA 3RDKA 3QR3A 2XFRA 1G9HA 5AC5A 3BCFA 6A3HA 4PMZA 1E72M 3VU2A 1QNOA 1V3HA 4GO9A 2PB1A 1XSJA 5D8WA 4ZE5A 1CLVA 3WY1A 3W37A 1PPIA 2XVPA 5D8ZA 1E9LA 3KZSA 2WLZA 4CN6A 4ZE4A 2BS9A 5E70A 3T0BA 4W7UA 2D3LA 2PWEA 3WMBA 1AVAA 4YPJA 3OBAA 1A3HA 3IANA 3T0AA 3T09A 1QBAA 1JDAA 3DECA 4CCDA 1E6NA 2C8NA 2WSKA 4TTUA 5A8PA 4J3XA 2WHLA 3CZGA 1RD6A 1H41A 3EDJA 2XM1A 4J28A 2D22A 1ZBWA 1UR1A 2J78A 3APGA 1VFUA 2DSUA 2DT1A 3M46A 4HZ7A 5GNYA 3ARQA 1HP4A 2WXDM 1EOMA 4S3KA 1E40A 3N1AA 1W9UA 3A3HA 2J77A 1SYTA 1JIBA 4C7DA 4PTMA 3BSGA 2WVVA 4QAWA 1WDRA 3ARWA 1MW2A 4EANA 1R8LA 4AYSA 1QHZA 2VZUA 1CBGA 5HDRA 1GOKA 1RP9A 2RGMA 3WH6A 2J74A 1IT0A 5A69A 4OIFA 5GNXA 1RP8A 4P8UA 3EBVA 1BF2A 2GDUA 4WF7A 4UCFA 3AHYA 5DF0A 4W85A 4NSBA 2X0HA 5I78A 4Q7NA 1DWGM 2QMKA 1G94A 1G5AA 5AYBA 2EO7A 1W3HA 2ZUNA 3S2CA 2CESA 2Q8XA 2DSWA 3LPFA 5E6ZA 1VEPA 1GNXA 1ISYA 5FKYA 3RO8A 2UY2A 4AD1A 3GNRA 4OBRA 1CXFA 2PWFA 1EOKA 2W67A 1W2VA 5C71A 5D9OA 9CGTA 3IAQA 5CSUA 3SCPA 3RJYA 3OLGA 5DEZA 2ZUSA 3MMDA 2J7DA 3ZR6A 1ISWA 1CEOA 1UKOA 2VJXA 3CUFA 4PBGA 4LQ1A 3NDYA 1Z32X 4H41A 4TVCA 3S6TA 5EFFA 1SMDA 3PTMA 4WLCA 4ZFMA 5LA0A 4MDPA 1N82A 2CBVA 3SURA 1DEDA 2OSWA 1H1NA 1CXIA 2GUYA 1NOWA 1HJVA 3G6MA 2VZVA 4U5KA 4GQRA 5AY7A 3GM8A 2YDSA 4AW7A 1HN1A 1W1PA 3AS0A 4C7FA 2NSXA 4GI8A 3THDA 1H0IA 4AY1A 3LPPA 3W53A 1UR9A 4C7GA 5CPSA 1X1NA 4U2ZA 4MDOA 1W9XA 2YJQA 1V6WA 2DEPA 3B8SA 3MSDA 2JF6A 3WNLA 2VNCA 3SCRA 3B9DA 3ECQA 5EBAA 4PMDA 1E6XM 3A4AA 1G1YA 4AD3A 2WBKA 2DH2A 1E0XA 1Q6CA 4OOUA 3RMEA 2J8FA 4W84A 3NIYA 1CGXA 2CEQA 4D6EA 1P6WA 1PAMA 3MU7A 1LLOA 1JF5A 4P7QA 4V2XA 3OB8A 4JKLA 1FA2A 4NF7A 2DT3A 4XZWA 3VINA 1WAWA 1CDGA 1CGTA 3WMCA 4ZENA 1MXGA 4M1RA 4W7WA 3WMSA 1V6YA 1TUXA 1H4PA 3ZM8A 2O9RA 1HVQA 1WPCA 2QMJA 1VFFA 1JFHA 2C0HA 3A4XA 2OYKA 3EMQA 2ZX7A 1B3YA 5GNZA 3ZT6A 1ZL1A 2V5DA 2G3NA 5FOOA 1MW1A 5CLWA 3BMVA 4M81A 3A6OA 4W8BA 2VCBA 2WNWA 4MAVA 4P8WA 1VAHA 5IFTA 1ODUA 2YL8A 4IPNB 1LWJA 1CECA 5E9AA 2J7EA 2GJXA 2XIIA 2ZXDA 5FD0A 2F2HA 5CPTA 3AMKA 2GJRA 1HJWA 1TA3B 2GK1B 1UD5A 1JZ3A 2VX5A 2WMKA 3BLPX 4B3LA 3VGGA 4Q22A 3D3AA 4JCLA 2QV4A 2XVNA 4P7NA 1B3WA 5EFDA 4MNJA 4JIEA 4D6IA 1GONA 3WD3A 2YLAA 4LYRA 1W3LA 1MQRA 3I3BA 1UD3A 3KWXA 2FDMA 1WB0A 2WANA 4IPLA 2J47A 1OM0A 3VMOA 3HMCA 1E6SM 4Z2IA 1ISZA 1QI5A 1V08A 3BSHA 2J7CA 1OT1A 4JAWA 1BYAA 3AZRA 3PZNA 3AIVA 3OLDA 1GQKA 4UOJA 2B31A 3PTQA 4UFHA 1R85A 1UH2A 2ZUTA 3VIIA 2E8ZA 2OWWA 2WK2A 2X1IA 5HPOA 1E3ZA 5ABFB 1LL6A 5A6JA 2XIBA 1Q6EA 4V28A 3AHTA 1KFWA 3BC9A 1UR8A 3AROA 1R86A 1DWIM 3ZIZA 1GHRA 4CD4A 4K68A 3ARUA 4UNIA 3WQ8A 1GVYA 1W9PA 3CBWA 1RH9A 3OGRA 2E8YA 4MADA 1PEZA 1KCLA 5M03A 3VVGA 4U3CA 1JL8A 4DM2A 4KH2A 4AC1X 4UFJA 1KR1A 3THCA 1J9YA 3VDAA 3WQ4A 4W89A 3DC0A 1LL7A 4M56A 2XSAA 3HU7A 2VRJA 1EDTA 1B3VA 1SMAA 1QW8A 3WIJA 1V02E 1QNPA 3K4AA 2VMFA 3F5LA 1JD9A 3CHEA 4UFKA 1XH2A 3VGDA 1LG2A 4WKFA 4MAZA 3W81A 3WQ5A 1BVZA 1OINA 3WFLA 2PBGA 3MO4A 4TXEA 2XUCA 3DHUA 3MUY1 3RCNA 1CGUA 2XSBA 2ZOXA 2Z1KA 2CITA 4RE2A 1KB3A 1WE5A 5M5DA 4JL1A 2ZXQA 5DMYA 1TVNA 3FXYA 5BWFA 1V6UA 2GJPA 4J3VA 3BMWA 2JF7A 2FH6A 2WZEA 1J18A 4NRSA 1JFXA 4D6HA 1E70M 2VQUA 3KL5A 4ATLA 1NWSA 3ARZA 5BYWA 1TCMA 1UD4A 3W0KA 3NSMA 3VIJA 4GO8A 4BF7A 2J62A 5JBDA 4LGXA 3QGVA 1UWTA 2D0HA 1JGIA 2X2YA 5E0FA 4BQ4A 3TTSA 2QLYA 1UOKA 2E0PA 2VCAA 1BPLB 2WWCA 1U2YA 5BXRA 4JHZA 5BXPA 2PI6A 2NT1A 1QI3A 1WKYA 3WEZA 4DWSD 2D2OA 4W93A 1E6PA 4LYPA 2WZHA 4HPGA 3BLKA 4TVUA 1SR0A 4D6JA 4KMQA 4L4OA 2WSPA 4U33A 3WNKA 1KXQA 1BSIA 4FMVA 1CYGA 4WKHA 4GIAA 2AOSA 1ECEA 3NJ3A 2EJ1A 4B16A 2V5CA 4WJXA 2CHNA 2HVMA 4HU8A 2EBNA 1OD8A 2HISA 3WUGA 2VTFA 4LPCA 3VIGA 1HL9A 3MANA 1I75A 1CGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GUU A;  4B5V A;  1US0 A;  1B9B A;  3H2O A;  5BOF A;  3NL2 A;  1JF6 A;  1FJD A;  1KV8 A;  2INZ A;  3IPW A;  2XZ7 A;  3L4T A;  2YL9 A;  1SZN A;  1A4M A;  1ENU A;  2QCG A;  5TD4 A;  2V3G A;  4ODP A;  3U5Y A;  2NSO A;  1O94 A;  2IQD A;  3L2I A;  2JGQ A;  1E9Z B;  3KM8 A;  1XRV A;  1TMH A;  3SR7 A;  1FBA A;  2QCE A;  1IIH A;  2WMJ A;  4UQA A;  1S2T A;  5DT7 A;  5HWN A;  3GC2 A;  3O9N A;  3S46 A;  3PJT A;  3V1H A;  1LF1 A;  2YA1 A;  3L7R A;  3S6D A;  2OLA A;  4JNM A;  1XRT A;  1HKM A;  2YFO A;  3M64 A;  2NQL A;  4FLO A;  3G3D A;  4UOQ A;  5I79 A;  3W26 A;  5CZ0 A;  2QV5 A;  2HTM A;  3UWY A;  1GOW A;  3G77 A;  1W5O A;  1OAB A;  4C1N B;  1QT1 A;  1EJV C;  1UUO A;  2HZG A;  4C6F A;  3VCC A;  3TON A;  2E25 A;  4Q8W A;  5DIU A;  2G95 A;  4HKP A;  1W56 A;  3EMC A;  1BAG A;  1P7T B;  1EDQ A;  2NLI A;  2E67 A;  2VHL A;  4KW2 A;  4GBD A;  3UI5 A;  2YW4 A;  3V4B A;  3E2Q A;  2V69 A;  4FA3 A;  3RX3 A;  3B8T A;  1HKI A;  3UVA A;  1FCQ A;  4ZVJ A;  2E9L A;  1YX1 A;  3RRA A;  4EPD C;  4B4H A;  4WQ6 A;  4ZCW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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