1NWSA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitobiose
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
total genus 133
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwsA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwsA01
3PZOA 1DWFM 2W63A 4TVUA 3AZRA 4W7WA 1CGUA 4YN5A 4AIUA 3VIGA 2YLLA 4UOZA 1TFVA 3AS2A 1LWHA 1UH4A 1ZS2A 2J7CA 1ISVA 4PCTA 4ATLA 1TG7A 5CQ1A 1JZ4A 3AMLA 1EDTA 4D6IA 1WDRA 6CGTA 2ZX9A 4AMCA 2QHAA 2XIIA 2CHNA 2YIHA 1M04A 3LPGA 3GBEA 1X6LA 4UR9A 5ABHA 3ZIZA 1UQZA 5A6AA 3SUSA 3WF2A 1Q4NX 2VRKA 1HP5A 4JZ5A 3WNOA 1QI5A 3SCUA 3VOCA 5HPOA 3VX1A 3AISA 4DM2A 2WHMA 4MB4A 4AWEA 4GI8A 4QLJA 5HBFA 3W53A 2PWFA 3DYPA 3SCNA 4XB3A 4HOXA 1HNYA 5CGMA 4P8UA 3WELA 1R86A 1B3VA 4HU8A 3VGGA 1PPIA 3OGRA 5I79A 1GPFA 3RJXA 4CN6A 1WNOA 5IFPA 4W87A 2E9BA 1EIBA 3POHA 1BVNP 3CH9A 3RDKA 1B3YA 1K6AA 1HKIA 4ZEPA 2J78A 1E6XM 3BCFA 2J7BA 4CN1A 4DUXA 1BGGA 2XSBA 5ABEA 2ZUWA 1U2YA 5D9OA 3FAXA 4U2ZA 1SYTA 5C70A 2PC8A 2XYLA 1FP8A 1E3XA 1UR1A 3ARYA 4J7RA 1ECEA 3RILA 4P7LA 1CXEA 2Q8XA 2ZUVA 4GIAA 3U7BA 3WD4A 4KRUA 2OSXA 1JYXA 1VBRA 1V3JA 1JL8A 1WZAA 3VD3A 1WZMA 3PZ9A 3A4XA 2WLZA 4TUFA 2DPEA 2QPSA 4MAVA 2J4GA 4JKKA 3KL3A 1ODUA 3QR3A 1H3GA 2PB1A 1CTNA 3W37A 3LPPA 3TTQA 4JFTA 2JIEA 2O9OA 5BRPA 2O9RA 1W9XA 2X09A 2D20A 4V2XA 3UG5A 3PBGA 4JFUA 1CLVA 4PBGA 1Q6CA 2BHUA 4HZ7A 2X2YA 3VNZA 1J0ZA 1BFNA 1J0HA 3FW6A 1XCXA 1E5JA 2CERA 1J18A 3MV01 2J75A 5ABFB 1OGGA 2Y8KA 1G94A 1H5VA 1NOUA 2BXZA 3VILA 3WUBA 5BXPA 1DWAM 1E0WA 1V02E 1XSIA 4D6JA 1D3CA 1CGVA 2UY4A 4J28A 3VIMA 4AISA 2WK2A 1TR1A 1F4HA 4AD1A 4F66A 1MW1A 1JXJA 1IT0A 5D9MA 3VDBA 1X6NA 1G1YA 1QVBA 4D72A 3FXYA 2O9PA 3WEZA 4GQRA 3WBEA 3MS8A 3W0KA 1W1TA 3RO8A 1E40A 1E4IA 1UWIA 3II1A 3ZMRA 1HVQA 1V3KA 1GZJA 2VZUA 3RMEA 4D6HA 1M01A 2WC4A 2VO5A 2VQTA 1UR9A 1XD1A 2WCAA 1LL6A 2V3FA 2D24A 1UD6A 1KQZA 2VT0A 3AHVA 4CCEA 2J25A 1LQ0A 4GO9A 3CIVA 2WNWA 4JKMA 5JBFA 4HA3A 4KGJA 4AIOA 1XRVA 1JZ7A 4EAMA 5BYWA 3M07A 5I78A 3CZ8A 4FLOA 1ZBCA 4QFUA 3IAQA 1UA7A 1FFQA 1GOOA 4N0RA 1UKTA 3CHCA 1LF1A 5HPCA 4CD6A 1QOXA 4OBSA 3UG4A 4AY1A 4DWSD 1L8NA 4P7OA 1UWTA 1CGYA 1CPUA 1B3ZA 1BAGA 3WQ8A 7CGTA 1US2A 2DIJA 3NSMA 2YA0A 3WDIA 3SUVA 5I0DA 1JXKA 2YL8A 2FHFA 3WF1A 4DWSB 1KGXA 2FHBA 2VNCA 3PTKA 5JUVA 1V6YA 3A47A 1D7FA 4D1IA 1GQLA 1BTCA 2XGBA 2QPUA 2XM1A 3O2LA 1NH6A 2DT1A 2C8NA 2ZX7A 2JE8A 1LLOA 1MFUA 4W88A 3NUKA 3AZTA 4OBRA 4MTVA 3NJ3A 3U5UA 1KR0A 1HP4A 2DH2A 2E9MA 2WVVA 1CLXA 4W89A 2GJPA 1XHGA 5E0CA 3VIOA 4F9DA 4R27A 1H0GA 3BSHA 3ZSSA 3CGTA 2NSXA 4E8DA 4CVUA 3WD1A 4AZCB 1PZ3A 2VMFA 3CBWA 4UFJA 4BQ3A 2JEPA 1RP9A 4PYSA 4P7QA 1B9ZA 1V6WA 2G3IA 4AEEA 4AZ7A 2B31A 1M03A 4UQBA 3AROA 4PTVA 3MUIA 1WPCA 3QGVA 5BCAA 1QHPA 3WD2A 1H49A 9CGTA 2IUZA 3ARWA 3AICA 2ZXQA 2DSWA 4JL1A 1GUVA 4D6DA 5DEZA 5GPRA 1W3HA 2YL6A 1OIMA 4C7GA 1VBUA 1E71M 2BY2A 4PMXA 1Z32X 2A3HA 1KB3A 3B9DA 1KXTA 5D8WA 2VL4A 2ZUTA 2X8RA 5E9AA 4D1JA 4JCLA 4CU7A 2XWEA 2ZX6A 2A3AA 3EMZA 5TD4A 3VTRA 3WEOA 2ZXAA 3IK2A 1NP2A 4ZE4A 5GNYA 3THCA 1CDGA 1RP8A 3WNNA 1GVIA 1E55A 3FN9A 5CSUA 1E43A 1G9HA 4UFMA 3ZJ7A 3W27A 3OB8A 2DDXA 4TXEA 3W29A 1SMAA 1FFRA 1GOWA 4X9YA 1KXQA 2XG9A 1E4MM 3WF4A 1ZL1A 3BLKA 1NOFA 3VGFA 3PZVA 4PUDA 4TVCA 3T09A 4XZWA 1DWHM 2IXUA 2G3JA 1XSKA 3WDJA 3L4UA 4UFLA 4NF7A 4GINA 4ZENA 1HF6A 3F5JA 1CIUA 4CVWA 3AIBA 4W5UA 3FHAA 1PX4A 3CZJA 1QNSA 1MQRA 3TTOA 3QOMA 1WDQA 1J0IA 1DWIM 3EDJA 2JF7A 4MNMA 3VD7A 1GVYA 1JAEA 3WD3A 1NQ6A 4QCEA 2YJQA 1BG4A 3PTMA 1HJSA 4P7RA 1XYZA 2WBKA 2WC7A 1RH9A 3K8LA 5BWFA 1VF8A 3PZQA 1OCQA 4JHZA 1QPKA 2CKRA 2F61A 4HZ8A 4AC1X 4RE2A 1V0NA 5EFDA 5A8MA 3ZSTA 4MDOA 5E09A 3MMWA 1VJZA 4RL3A 4MAZA 3ZM8A 1UKSA 2J7HA 2WSPA 1W1PA 3A4AA 4PUEA 4FMVA 4AD4A 3ZT5A 3AIUA 1I1XA 1MW2A 4MB5A 3FAWA 1V03A 4Q22A 1BGAA 2WVTA 3ARUA 3MSGA 5HXMA 2DT3A 3BC9A 1DHKA 1KR1A 4DWSC 1MXGA 1TUXA 1V0LA 3AIVA 4A3HA 1J10A 1CXLA 1BYCA 4XV0A 3NSXA 3D5HA 3VKKA 2WANA 3CZKA 4CD5A 5A6BA 1BSIA 2VX5A 2WWDA 1DP0A 4U3AA 1EHNA 2WMIA 5CLTA 3EDKA 2DSVA 4UQCA 1NM9A 1WZKA 4DM1A 1EH9A 2XVNA 1V6XA 3VD9A 3L4WA 5LYRA 1MYRA 2VVSA 1AQ0A 1EXPA 1S46A 1JZ6A 4H8HA 3UCQA 1L0PA 2OWWA 1B1YA 1H11A 1PX8A 4IM4A 5FL0A 2GJXA 2ZXDA 2ZWZA 2FHCA 2F8QA 4OZOA 1IZJA 2XGIA 2BHYA 1B3XA 2IXVA 4LXFA 4MNKA 3AOFA 1JZ2A 5M17A 1UD4A 3GH5A 5DMYA 4JFSA 2OWCA 4DUWA 2HISA 1C8QA 3SCQA 1VAHA 2GUYA 4W8LA 3SEPA 1MWOA 3N04A 5JIWA 5M03A 4XUYA 1JZ3A 1UZ1A 4ATDA 2BNJA 2MANA 1UG6A 3U5YA 4JFVA 4LX4A 1PIGA 2CBJA 1H0IA 1GHRA 4F9JA 1XH1A 2JIWA 3T0AA 1C7TA 4D71A 1UKOA 4NRSA 1C93A 1C91A 2ESCA 3AIEA 5DT5A 1V3HA 4LYRA 1TA3A 3VDAA 3AIRA 2OYLA 3JUGA 3AS1A 1LL4A 1QHOA 4YPJA 5F7UA 3WF0A 2AOSA 1QBBA 3OLGA 4HU0A 1ITXA 1B2YA 4WLCA 1SR0A 2ZXBA 1CYGA 3WH5A 2WZHA 1R8LA 4MB1A 3WH7A 4H41A 2J74A 3TTYA 4MDPA 1DWGM 5FD0A 5A8NA 2AMGA 4CUCA 2XTKA 3KL5A 3M7SA 4CD4A 5A94A 1SFSA 3W28A 2GJRA 2OSWA 4TVDA 1E15A 4W86A 1UKQA 4R5EA 2DSZA 1MW3A 2V38A 5LA2A 2CPUA 3BH4A 3GDBA 4NZCA 3WMCA 1W91A 1OINA 4W7UA 1VFOA 2V3EA 3L2LA 3SCWA 4GZIA 5CSYA 5A6MA 3CTTA 5A69A 4P7NA 3VMNA 3KE0A 1PBGA 1CNVA 3EDDA 4Z2HA 3VD5A 3MU7A 5EBAA 5A6LA 3APGA 2C7FA 3CUJA 1OD8A 3EBVA 5CJ5A 1GQIA 2BY3A 1HJUA 2WKGA 2WPGA 1ISWA 5A2CA 3WH9A 2EPKX 2YBTA 5EMYA 4E8CA 1H41A 5D9PA 3VMPA 2ZE0A 3WKZA 3OZPA 2WHLA 1XGZA 1W32A 2EBNA 2VVNA 4FLQA 5BXRA 2F2HA 4AD3A 2XIBA 5DT7A 3AYRA 1HL9A 3IANA 1QI2A 2EQDA 3VGEA 4AEFA 3ARSA 4JKLA 2G3NA 4HMEA 3PZIA 1XH2A 2VX7A 2CIPA 3VM7A 1PJ9A 1DEDA 2J7GA 2VX6A 4W5ZA 1E72M 2J62A 4JL2A 1JYNA 3AI0A 4ACZB 5E0FA 4KWUA 2GSJA 1EO7A 2DIEA 4PMNA 4D6FA 1FH9A 3GBDA 4QLLA 3NCOA 4M29A 5IHRA 4EK7A 3MSDA 1AQHA 2XJ7A 3T0BA 5CLWA 5C8BB 4ZFMA 3ALFA 3AMGA 3GXIA 3VIPA 1UWUA 3TTSA 2BVDA 1ITCA 4H04A 3WUGA 1VEPA 5CPSA 3F4VA 2YDQA 4CCDA 3N9KA 5IFTA 1OGSA 1QNOA 2WZEA 4PSRA 3VU2A 1UZ4A 3CLWA 2EPLX 1MQQA 2UY3A 3OGSA 4M82A 4H2CA 5FKYA 4HOWA 4PCSA 2VRJA 3UR7A 1RPKA 4FF5A 5FOOA 2QLYA 4QDMA 1ZBKA 2WKLA 1AMYA 2VQUA 4ML4A 1XYFA 1D2KA 2E3ZA 4K68A 4PMQA 3ZOAA 3EMCA 3AQUA 2GK1B 2CKSA 2VTFA 3WEMA 3MUY1 1VJSA 4UQDA 3GZAA 1V02A 4GI6A 4PMZA 4HPHA 3HJEA 3B9EA 1V08A 3ARRA 1BYDA 1E6ZA 2GVYA 4GQQA 1W3LA 2CEQA 2YKKA 1C92A 4UOJA 1CBGA 2WMKA 3S2CA 2Y4SA 2W91A 1E73M 2PWHA 3KWXA 3L4YA 1OIFA 3N15A 1WE5A 5ECUA 4PMVA 1WO2A 5A6SA 3BLPX 1BG9A 3N1AA 5KZ6A 2PWGA 2CESA 4CN4A 1BPLB 1U33A 3ZR5A 1U30A 4FLSA 3EDFA 4PMYA 1FHLA 2WW5A 4AW7A 1CXFA 2EPMX 4PN2A 3WBAA 1QI4A 1AQMA 1RD6A 2ZOXA 3MUZ1 4ZE5A 4HPGA 1UD5A 1E5NA 3L2MA 4J3SA 3NIYA 2Z1SA 4W93A 4CCCA 1DTUA 3GH4A 1PEZA 3F5LA 3CHDA 1C8YA 4UTFA 1XD0A 4WKAA 5A8OA 4V27A 3VD4A 5BXSA 5I5RA 3S6TA 1CENA 2BVYA 4HP5A 1ZBVA 4Q7NA 3OIHA 4UFIA 3IJ7A 2G4FA 4FLRA 3WDPP 2W67A 1F4AA 4NSBA 5IHSA 1UUQA 3CUIA 3AMCA 1LWJA 5IDIA 5ABFA 3CZGA 1AVAA 2G41A 3UESA 1E6QM 3MMDA 3WQ4A 1UR4A 5AC5A 2VR5A 1CWYA 2CCRA 1R7OA 3O6AA 4WJXA 3W24A 2CITA 4CGTA 3GXFA 3W6LA 1JDAA 4F8XA 1JG9A 5I23A 1VB9A 4B15A 4B3LA 1UH3A 1W9DM 1GW1A 1GJUA 7A3HA 3WDRA 5A8QA 1GCYA 6TAAA 3ARPA 4W8BA 4M56A 1H4PA 5A6KA 4HOZA 4B16A 4OOZA 1IV8A 1JGIA 3A4WA 1EGZA 3CHFA 3DC0A 5JBEA 3VPLA 5A3HA 2J7EA 3WNMA 3TOPA 2E4TA 1W1YA 4Z2IA 1KFWA 1OBAA 4ZXLA 4Z2KA 2WSKA 5A6BD 1OWQA 4PEEA 5A6JA 4AD0A 2YBUA 3RM9A 1K9TA 3NDZA 4P8WA 1UHVA 1V3LA 4U33A 1OGBA 3I3EA 1JYVA 3GXDA 1MVYA 3TA9A 4JHOA 2D3NA 3ARVA 1SMDA 2CBVA 5CGTA 3CO4A 3AMKA 1BYBA 4GO8A 4U5KA 4QCFA 1ODZA 2WMGA 2DQXA 2XFYA 3SUTA 1OM0A 3M46A 2PWDA 3TP4A 4DWSA 2YOCA 3ZR6A 3BAYA 1EHAA 2OYMA 1E0VA 5KEZA 4JFWA 5I6SA 1EA9C 4BCEA 1W2PA 1HJXA 1I75A 2OSYA 4J3WA 2WVUA 1B0IA 5M5DA 3VIFA 4M24A 3MKKA 1V0MA 2WCSA 1J12A 4XX6A 1PZ2A 4JAWA 3RM4A 2QMJA 2ZX5A 1MQPA 3SCPA 3GNOA 1UKPA 3HN3A 2PI6A 1KBKA 1V6UA 2D0GA 3ZT7A 1JDDA 2BVTA 2VZVA 5FIPA 4URIA 3AIWA 1KXHA 4AZCA 1GJWA 4IPNB 4A4AA 2W5FA 3T08A 3BAIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HKM A;  2WLY A;  4AZG A;  4BZY A;  4AXN A;  1HJW A;  2J7F A;  5AYI A;  3N11 A;  3GXM A;  3WQ6 A;  2WXD M;  2V3D A;  2PF0 A;  2X0H A;  2PBG A;  3VIH A;  1CXI A;  1CXH A;  2ZIC A;  1P6W A;  4ACY A;  2VR4 A;  2D0H A;  1Q6D A;  3W82 A;  4CD8 A;  2A3E A;  3KEH A;  3W6M A;  2NW0 A;  5AY7 A;  1V6V A;  4AZB A;  3K46 A;  5CZK A;  3SIM A;  3MO4 A;  2UY5 A;  1VRX A;  3CUF A;  4YHG A;  2DH3 A;  4M1R A;  1H1N A;  1J9Y A;  1UD2 A;  1W9U A;  2BV9 A;  2CXG A;  3WEN A;  5DFA A;  3GM8 A;  1ISX A;  1MFV A;  1CGW A;  4EKJ A;  1HJQ A;  5EB8 A;  1GQK A;  3BSG A;  4GKL A;  2QMK A;  1PAM A;  3AXI A;  4LPC A;  1LG1 A;  1BYA A;  2DSU A;  1JZ8 A;  5LA1 A;  1QNP A;  2FDM A;  2A3C A;  4PMR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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