1NWSA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitobiose
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
total genus 133
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwsA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwsA01
5A6BD 1VRXA 3AZSA 2WMIA 5LA0A 3SCRA 3VIPA 1BPLB 1JDDA 1NOUA 1UWSA 5I77A 3THDA 4HP5A 5GNYA 3FXYA 3UERA 1UR9A 5I79A 2VVNA 4M81A 1XYFA 3WMSA 3WF2A 4ACZA 3PZMA 8CGTA 1GOQA 1HJQA 4PMUA 2DSKA 1BF2A 3A4WA 3A4XA 3W0KA 2G3IA 4W8AA 1Q6FA 5GQBA 1P6WA 4IISA 3GBDA 1J0JA 1MVYA 1JDAA 3KL3A 1JG9A 3VMOA 1MQRA 1OBAA 2WNWA 4TUFA 3RO8A 2D20A 2XFFA 3VM5A 4PTMA 4AD5A 1KWKA 4GI8A 3K46A 1W1VA 4ACYA 1OIFA 4GPNA 1FOBA 1ISVA 4AD2A 1B90A 3M7SA 2V3EA 2WW5A 1MWOA 4NI3A 5A69A 4IUGA 5HPOA 3W37A 1E6XM 1WDPA 2QLYA 4D6FA 2VCCA 2XWDA 3VU2A 3T2OA 1NARA 4MPKA 3O2LA 2PBGA 3F5JA 3BLKA 4U2YA 1Q6EA 3HJEA 3GM8A 1K9DA 1EQPA 2J79A 2JIEA 4UNIA 3ZT7A 2DEPA 2BVTA 4PRWA 1HX0A 5C71A 3KZSA 3WH8A 4EANA 3KE0A 7CGTA 1M7XA 1QOXA 2ZX7A 1E55A 3CHDA 1MW0A 1R8LA 4MNJA 2CKRA 3MSGA 2D0HA 4M80A 5CGMA 4P7OA 3TONA 4UQCA 1GQIA 3EDEA 3M46A 4ZEPA 4QLKA 5A3HA 3FHAA 1V3JA 2WC7A 4Z2KA 2QMKA 4OJYA 2XTKA 3II1A 1UR8A 4K68A 3AHTA 1C93A 2Y8VA 3PZUA 3MV11 1E6SM 4HTYA 3VD5A 3W29A 1GZJA 3CBWA 3PZQA 1J0IA 4U5IA 3AS2A 2NW0A 1UKTA 1WZKA 2D3NA 2VCBA 1KWGA 1D7FA 5CQ1A 3ZSSA 1QW8A 3O9NA 4X9YA 3ZMRA 2ZIDA 1UOKA 5I6SA 3KWXA 3VO0A 1HKKA 1GNXA 1NWSA 4CVWA 4AEEA 2ZUVA 2Z1SA 1UWRA 2VCAA 2ZX8A 3BGAA 2GK1B 1TA3B 3VIOA 1WZMA 5CJ5A 5IFTA 1UH2A 1E4NA 6TAAA 1UUQA 4ZENA 1HL9A 2VX5A 1C7SA 3GBEA 5A6JA 3MS8A 1V03A 4U33A 1QNRA 4BQ3A 3VGEA 3ALFA 1KR1A 3WBEA 4W89A 2D0GA 3QHMA 1E6ZA 5M3WA 1GONA 3PBGA 4P7RA 1OWQA 4JL1A 1UD3A 2YDQA 2E8YA 3SCOA 3VIJA 4HPGA 4HZ6A 2WSKA 3GTNA 4LPCA 5IHRA 1W32A 3K1DA 4E8CA 1K9TA 4GKLA 2XVGA 3ZJ7A 4CKQA 4DM1A 2VRQA 3SCVA 3CZKA 2EPLX 2WANA 4AD4A 2UY3A 1X1NA 3WKZA 2JE8A 4UOJA 3ZOAA 5HOSA 1OD0A 5DFAA 1KBBA 3ARYA 4JHOA 1UWIA 2XWEA 1IZKA 1U33A 4IPLA 4F66A 1CXIA 2VRJA 3AIUA 5ECUA 1DTUA 2D0FA 2GK1A 1TA3A 4GXPA 1UD4A 3AIVA 4FLQA 2X0YA 4DWSC 3FN9A 3BAJA 1ZL1A 1EH9A 3DYMA 3QOMA 1V6UA 1WP6A 1EIBA 5KZ6A 1UWTA 3ZJ6A 3ARTA 1HP4A 4J3VA 3RDKA 4P8XA 4GQRA 2FH6A 1LL7A 1QHZA 3VVGA 2DSWA 1B3YA 4WSKA 1E6NA 1QI5A 2WXDM 4JKMA 1H1NA 4YHGA 4AEFA 5HXMA 3AI0A 3WFLA 2D24A 1ISWA 3BSHA 5EMYA 3ZJKA 2YJQA 3GH5A 1XH1A 4KGLA 4MADA 1UKOA 5CGTA 5AYBA 1GOWA 4OOUA 1GQKA 1ZU8A 2JIWA 3BH4A 3SEPA 3K4AA 3WQ4A 2ZWZA 2XYLA 1W9PA 3HMCA 9CGTA 3TA9A 3MMUA 5ABGA 3CZLA 3EMQA 5DO8A 1UWUA 2W63A 3POHA 3ARVA 1UH4A 1XCWA 4FLRA 1OCQA 5JH8A 1FFRA 4WSJA 2YL5A 1CECA 4AISA 5BXPA 2YA0A 4CCDA 5M17A 3AROA 2JALA 3ZT5A 4CCCA 3U7VA 1B31A 4CGTA 3ARUA 2WHJA 2OWWA 4DM2A 1XGZA 4B3LA 4V2XA 3W4RA 4W8BA 4PMNA 2A3BA 1KFWA 4JFTA 1ZJAA 3VIMA 4F9DA 3WDPP 2XG9A 4AZGA 1CXHA 2EQDA 3AYSA 3SCPA 2VNCA 2ZICA 1Q6GA 3B9AA 4QCEA 1JZ6A 2UY2A 2W61A 1EXPA 1CGUA 2E9MA 4AZ6A 4JKKA 1J0ZA 3FNDA 4UFIA 4E8DA 5A6MA 1KGUA 4H8VA 2EO7A 4J3XA 2DIEA 1HKIA 1KCKA 1UZ4A 3VILA 4W87A 1RH9A 1NM9A 3OGSA 1VEPA 2XJ7A 1LG1A 4LYRA 4F9JA 1U30A 4WF7A 3RPMA 5A1AA 5D9OA 3NYDA 3UG5A 3CTTA 4P7QA 3JUGA 3AIRA 1FA2A 4M1RA 1JZ5A 2XVNA 3KL5A 2VR5A 2G4FA 2GJPA 2WWDA 4L4OA 4XX6A 1PX4A 2JFEX 1SFSA 3IANA 4JCMA 3S2CA 1BGAA 1CDGA 1U2YA 2E0PA 3UR8A 4W7VA 1QHOA 1VFFA 1FH9A 4PSPA 1FHLA 2ZXBA 3VUPA 4M82A 4UQ9A 1R86A 3MV01 1VBUA 3AHZA 2AOSA 2IUZA 3QGVA 3U5YA 3B9DA 2IXUA 1BVNP 3UR7A 5ABEA 4BF7A 2VVSA 1E6PA 3AMGA 2WMFA 3ARXA 4WKFA 2C7FA 3AOFA 3ECQA 4BQ4A 4J3UA 1BAGA 5CG0A 1GQLA 3AIBA 4H8HA 1JFXA 4RE2A 3AFBA 5E70A 1LG2A 3MMDA 2W4XA 2WKGA 3D3AA 1J11A 1ODZA 3IJ7A 1UZ1A 1CTNA 2YLLA 4MNMA 3PZGA 4LGXA 4AXNA 1EOMA 2FHBA 4X0NA 3VIKA 1CXKA 4U2ZA 4PUDA 4E4PA 1HP5A 3VM7A 5A6AA 3FHQA 1E0XA 1CGXA 2XM2A 5CPQA 1UD6A 4ZXLA 4MJ2A 1NH6A 1L0PA 2Y4SA 3ZIZA 2OYMA 3RJYA 5A6LA 1M03A 3SCTA 1W1PA 4GO9A 2WVVB 3MO4A 3WDIA 4W93A 4UOQA 4PMDA 1QI4A 4HA1A 1PIFA 2CCRA 3WQ5A 1BYDA 5LA2A 5CLTA 5HBFA 1H0GA 1R7OA 4HU0A 2A3HA 1EHNA 1UHVA 1H4PA 4J7RA 1PX3A 2CXGA 2WBKA 1YQ2A 5AYIA 2J75A 4MDPA 3SUUA 3ZQ9A 3I3DA 5E6ZA 3WF0A 4U3CA 1W9DM 2FDMA 5BRPA 4AMCA 3WD1A 4S3KA 3VPLA 1CXEA 1MFUA 4BCEA 3SCUA 3N12A 1UQYA 1V6WA 1MXGA 3WEZA 3ZR6A 5FIPA 1B9ZA 2QPSA 1VENA 2JEQA 2F8QA 4XZWA 1OT1A 1HNYA 3VIIA 3WL0A 7A3HA 3OLEA 4U3AA 3AHYA 3NCOA 4FMVA 3WH5A 1AQHA 4Y7EA 3VGBA 4S3JA 4GZIA 1ITCA 1ODUA 1UKSA 3PZ9A 3WUBA 5CXPA 3AISA 2D2OA 1LQ0A 4NSBA 4GI6A 1F4HA 2C0HA 3IJ9A 1J18A 1BYAA 1JFHA 4MDOA 2WVVA 3NDYA 4GIAA 3B9EA 3KEHA 2E3ZA 5FKYA 1GPFA 4AYSA 3TOPA 2YKKA 3ZO9A 1W3LA 1OB0A 5I2UA 2QHAA 1C7TA 1K6AA 1XYZA 1JYWA 1NWUA 3WN6A 2GVYA 1QNOA 1Q6DA 1ZBWA 1JNEA 1H41A 2HISA 3CH9A 2BXZA 1DWFM 1O6IA 3IAPA 3L4YA 2O92A 2YOCA 4MAZA 3BLPX 3SCWA 4B9ZA 2UWFA 2VZVA 2MANA 2VO5A 1TR1A 1V0KA 1Y7VA 4HOZA 1MFVA 3I3BA 3SUVA 4E2OA 2XSAA 3CGTA 3VKKA 1V3IA 2W66A 3GXMA 1VJZA 4JL2A 2Y5EA 4JHZA 1A47A 1OSEA 1C8YA 1HIZA 2J7BA 2J78A 3TTQA 2NT0A 1TVPA 3AMLA 4PMVA 5FD0A 1BTCA 4CU8A 3BCFA 3WUGA 3VDHA 4R27A 2AMGA 3OLDA 3W53A 4HU8A 2W92A 3OZOA 5DEZA 4IPNB 3L4WA 1CLVA 3BAKA 4UQEA 5EFFA 2DH2A 5D8ZA 2DIJA 1W3JA 2DPEA 3WBAA 2NT1A 4TVDA 1IV8A 1YHTA 3WH6A 3UEQA 1MQQA 5CZKA 4KRUA 4JFVA 4CD4A 1UG6A 2CETA 1B1YA 4UQDA 5JUVA 2BY2A 1B3XA 1E56A 4CD6A 5C8BB 2X0HA 5BYWA 3WDJA 2CKSA 4TXEA 6A3HA 1MW3A 3RJXA 1EDTA 4W5ZA 1LJYA 5LYRA 3GXFA 2EEXA 1WZAA 1CLXA 2FGZA 1KXTA 3NIYA 4D6DA 3A3HA 2E4TA 2D22A 3WSUA 2BHZA 2BY1A 3TTOA 5CPTA 2EBNA 1SR0A 3OIHA 1EHAA 3L2MA 1JYVA 1BQCA 2VX6A 1JIBA 5DT7A 1B3ZA 2J7GA 4AIEA 2YA2A 4X0VA 1DHKA 4JFWA 1JZ8A 2WC3A 5A8QA 5I5RA 2DT0A 1EQCA 2VZTA 1M04A 1AMYA 4D6CA 2VZSA 3E1F1 2WVUA 4PN2A 1LWJA 3LPFA 3UG4A 3UG3A 1OGGA 4TVUA 3OGVA 2DQXA 3OG2A 4M29A 1B3WA 5A94A 1HJXA 5ABFB 2J62A 2WZHA 3BAXA 2CHOA 1CNVA 3VGHA 1W9XA 4AD1A 4BA0A 1VB9A 2ZX6A 2PI6A 1GQJA 2GUYA 1WAWA 2O9RA 1E4LA 5BXRA 4BS0A 5EFDA 4H04A 4NZCA 3SUTA 1E40A 3NSMA 1E0WA 3WD4A 5E6YA 3WQ6A 4KGJA 4HOXA 1BYBA 2JF6A 3VGDA 1NP2A 5BXTA 5CSUA 2YIHA 5LA1A 5IFPA 1TVNA 4ATLA 5BXSA 1G1YA 1QBAA 3DYPA 1OM0A 3GH4A 3CO4A 5FL0A 4CU7A 1CYGA 2ZWYA 4GI9A 3KL0A 1XSIA 1J01A 2Z1KA 1DWHM 1BFNA 4LXFA 4Q7NA 1J9YA 2EPKX 2QV4A 4D1JA 3W25A 2IXVA 2DT3A 1KXHA 1UD8A 1EO5A 1NOWA 4TTGA 4LX4A 3EMZA 2ZX5A 1W3KA 4YPJA 5BCAA 2WKLA 1C90A 4XB3A 2UY5A 4C7GA 5I23A 3TP4A 5GNZA 3SCQA 1EGZA 2PB1A 4RL3A 2XIBA 3EBVA 5IHSA 3RM8A 2WSPA 4J3WA 3W6MA 4MB4A 1KXVA 2VR4A 3AZRA 1UA7A 1X6LA 1KXQA 3A6OA 3ARSA 1KGXA 1OGSA 4UCFA 5I0DA 2ZOXA 3AHVA 4Q22A 1LLOA 2J7HA 2F61A 4QAWA 3TTYA 3VIFA 1E71M 4H7VA 2WCAA 4LQ1A 4AZHA 5JBDA 3L2LA 3FAWA 2FGLA 1JI2A 1QHPA 1TFVA 1VFOA 2FH8A 2GDUA 4BZYA 1E3ZA 4F79A 3QR3A 4WKHA 3NSNA 1VEOA 1GJUA 2WWCA 4ZE4A 4YN5A 1JDCA 1EDQA 3VNZA 4W86A 1KBKA 5F7UA 5A6BA 3VX0A 3PN8A 3AS0A 1UR4A 3FW6A 1WNOA 1GVIA 2QPUA 2W62A 4DUVA 4J3SA 1QBBA 2WMJA 4PSRA 2V5DA 1GVYA 3AHXA 3SURA 3VD7A 4P7NA 1HJVA 1M53A 3OB8A 3WQ8A 1FFQA 1HN1A 3EDKA 3WIJA 5DT5A 3T2QA 4C7FA 1C8XA 1S46A 1J0KA 2OYLA 1H09A 3CUHA 3CMJA 1XCXA 1BYCA 4UFJA 2HVMA 4W5UA 3CLWA 1VBRA 3NUKA 3VIGA 3W27A 3CPUA 5HDRA 4WK9A 1VIWA 5JBEA 4ATDA 3BSGA 2ZXDA 3WNNA 3AXHA 3MKKA 3CZ8A 2BXYA 4OZOA 4PTXA 3T0DA 2XVPA 3VD3A 1V08A 2X09A 2E40A 4EAMA 3VIHA 2RGLA 3VOCA 2CPUA 3RILA 2WZEA 4CD5A 1JNDA 1B0IA 1JAEA 1QW9A 3VGFA 3VD9A 2WHMA 5DF0A 1DP0A 2YL8A 1LWHA 2GDVA 2AAAA 2XSBA 1I1WA 1R85A 3K8LA 1CPUA 4ZFMA 2CIPA 1DWGM 2E9LA 3N04A 3RM4A 1TZ7A 4GQQA 4D6JA 4FK9A 4CU6A 4EKJA 4UFKA 3AMDA 3VTRA 4URIA 3EYPA 4WKAA 4HMDA 2BS9A 2WMKA 1GOOA 3AXXA 3ARWA 3FAXA 4AZCB 2DT1A 1QVBA 3IAQA 3WF3A 1D2KA 1WO2A 3T0BA 1IZJA 4PYSA 1HKMA 4MB5A 5A8MA 3IJ8A 5AY7A 4W8LA 1WDSA 1E4IA 1G94A 3MSDA 4NRSA 4MB3A 3GNPA 4KRTA 1RPKA 3OZPA 2WM0A 4W84A 2FHFA 4B16A 5JIPA 1W2VA 5E9AA 4OBSA 1KCLA 3CUFA 1O7AA 2DGAA 3MUZ1 4D6IA 3W81A 1KGWA 2VUYA 2WB5A 4QLLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3CHE A;  3EDF A;  1OT2 A;  2OYK A;  5C70 A;  3L4T A;  2WLZ A;  4A3H A;  4ACZ B;  3LMY A;  1MQP A;  1X6N A;  2XGB A;  3AIC A;  2PWD A;  3W28 A;  1W2P A;  2O9T A;  4CUC A;  2OSW A;  3ARR A;  1WDQ A;  3D5H A;  2WYS A;  2YDS A;  2ZX9 A;  1UKQ A;  1UWQ A;  2ZE0 A;  1ZS2 A;  1GOM A;  1HF6 A;  3CIV A;  1C8Q A;  3AYR A;  4OBR A;  1CZ1 A;  3QHO A;  5EB8 A;  1V3K A;  3ARZ A;  4AZ7 A;  2CEQ A;  1ISX A;  1QNS A;  3NJ3 A;  1Z32 X;  5A2A A;  5A95 A;  1TCM A;  4DUW A;  4EK7 A;  3WY1 A;  2JEP A;  1MW2 A;  4HA3 A;  1ZB5 A;  1PZ3 A;  2WLY A;  1B3V A;  1OD8 A;  4FLO A;  3ZT6 A;  2EPO A;  2WHK A;  2ZUW A;  1K9F A;  1QPK A;  2CYG A;  1FP8 A;  1E4M M;  1EO7 A;  3VMN A;  1DWI M;  4Z2J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZZ7 A;  1FWD C;  3MU7 A;  1IQ8 A;  1GQN A;  3JYM A;  1V0L A;  4UMC A;  3OLG A;  4NNB A;  2P3Z A;  1VP5 A;  1XW8 A;  5IOB A;  2OLS A;  2I57 A;  3L9C A;  1TPD A;  5FJR A;  4A3Q A;  1J8V A;  1LOL A;  4LAM A;  1HGY A;  3MWA A;  2YX0 A;  4KQN A;  3P80 A;  3IV8 A;  1Y0O A;  3R5E A;  4NAF B;  3TVA A;  5GJP A;  1KRC C;  3WLP A;  3MDW A;  1DIE A;  3B05 A;  1FRB A;  3QLL A;  4NF7 A;  3RG6 A;  3S1U A;  4F2B A;  4C1K A;  4UTL A;  2PBO A;  3RCN A;  3HPX A;  3FK4 A;  1Z69 A;  4KMQ A;  4OGZ A;  1NDZ A;  2PRH A;  2WCG A;  2VQT A;  2E5B A;  5D33 A;  3MKC A;  3R4I A;  1BKS A;  3C4U A;  3V3W A;  4X60 A;  1URO A;  3F4V A;  4C6J A;  2D9F A;  4ZZ9 A;  1F9C A;  1XV8 A;  3K8M A;  1R3Q A;  4QIB A;  4TX6 A;  3V1P A;  2N87 A;  1J2W A;  4MLJ A;  3GVQ A;  1F4A A;  3K13 A;  5HT1 A;  3D6N A;  2OYK A;  4FAM A;  3EXR A;  3VOJ A;  5C70 A;  4JYS A;  3EOE A;  3NO1 A;  4UDM A;  1MNS A;  3O5O A;  3EWW A;  3W28 A;  3VOI A;  2FYM A;  4LEQ A;  4JS3 A;  3ARR A;  5IBX C;  4GG9 A;  5K9D A;  4I9J A;  3GFZ A;  1MRQ A;  3PBY A;  2NUX A;  1HF6 A;  4PTD A;  4ZGY A;  3JU2 A;  3AYR A;  2QUN A;  1Q6Q A;  4NJG A;  5EB8 A;  4LEF A;  1TUF A;  3TJX A;  4C60 A;  2CEQ A;  4QR6 A;  3NJ3 A;  3V36 A;  4UTM A;  3H6O A;  4DUW A;  3WLK X;  1MO0 A;  1JPK A;  3WY1 A;  3SAD A;  1AJ0 A;  1ICP A;  4LAV A;  3G1Y A;  5TQL A;  3F2D A;  1ZB5 A;  1PZ3 A;  3LLX A;  3FKK A;  3SGZ A;  4EOU A;  1E4M M;  3NOY A;  4XVE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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