1NWTA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitopentaose
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
total genus 126
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwtA01
4UFLA 3GXIA 3NCOA 2V5CA 1YQ2A 4EANA 1B0IA 5EBAA 1EO5A 5BCAA 3BAKA 1Q4NX 3N04A 1CNVA 3QGVA 4FLRA 1VEOA 2BHYA 1CGVA 3WBAA 2XWEA 3E1F1 2EQDA 3AZSA 3AIQA 3OBAA 1C92A 4MADA 3WNNA 4Z2LA 3VDCA 4N42A 5A1AA 3PZOA 2V5DA 4B3LA 2YL8A 1FH9A 1XC6A 1OT2A 3UEQA 2OWXA 3TONA 3L2MA 2YBUA 2GJRA 4AZHA 2YDQA 2XPKA 4UNIA 4JKLA 8A3HA 1JZ3A 1U33A 4NRRA 4D6EA 7A3HA 4P8XA 1B3XA 3W38A 2JFEX 1UH4A 3NIYA 5A6BA 4WK9A 1CIUA 1WB0A 2XSBA 6TAAA 1E6PA 1UR1A 2AAAA 3JUGA 1VFMA 4GZIA 2O92A 2NT1A 2DSZA 1SR0A 1V3IA 1OIMA 2PB1A 5CLTA 2NSXA 5GPRA 1MQQA 5CLWA 1UD4A 1TR1A 1CPUA 2CKSA 3GM8A 2GJXB 1MVYA 1BQCA 4PMOA 2DEPA 4KGLA 1GNXA 3WUEA 4U5IA 2GFTA 8CGTA 3OZPA 3W53A 4TTUA 1V6VA 4GKLA 2D24A 5BWFA 2ZXDA 5E09A 2YJQA 4YN5A 2UY2A 3MSGA 4JFSA 1BGGA 2GJPA 1AVAA 4M29A 2W5FA 3PHAA 1Q6EA 3KL0A 4BF7A 3F5LA 6A3HA 4GI6A 2W62A 2W63A 4ACYA 1GOKA 1QNOA 2TAAA 4XZWA 3WH7A 4CN6A 5A6AA 3BCDA 3WUBA 4FLOA 1C90A 4CCDA 2YLLA 2XVPA 2VX4A 4PSPA 3ZT5A 1KGUA 1L8NA 4BCEA 1U2YA 4HOWA 4JHOA 4M80A 1VF8A 4ZXOA 4NI3A 1CTNA 5AYBA 1XH2A 5M5DA 2J8GA 1ISXA 3O2LA 2WBGA 2X2YA 1C3FA 2QF8A 2QPUA 3M7SA 5KZ6A 4UZUA 1ZL1A 2CITA 4QLLA 1I1XA 3TTYA 1F4AA 1KQYA 1W91A 5AC5A 4BS0A 3MMDA 4QDMA 2C8NA 2VX6A 1HVQA 3VIJA 2CHOA 2FH6A 3OGRA 1EH9A 4C7DA 3AYSA 1V6UA 3J7HA 4PTVA 1E0XA 3PZTA 3WEOA 3N15A 4UFKA 1JF6A 3I3EA 1BLIA 3U57A 1PIFA 4ZE5A 4ML4A 3AXXA 4P8WA 2XFRA 3W81A 4ZFMA 4S3JA 4AIEA 4UCFA 1CGYA 3QHOA 3WMBA 3GXMA 1KFWA 3AIRA 2WMGA 1RP8A 2D22A 4KWUA 1EDGA 4OBSA 1OGGA 1WPCA 3AMCA 3FXYA 1JD7A 4C7GA 1QPKA 2CCRA 2BNJA 4HU8A 3POHA 4M82A 2YLAA 3WFZA 1R7OA 4FMVA 5CXPA 4CVUA 2A3HA 4AZCB 1DWAM 2VR4A 1ITCA 4UFJA 1E73M 2Z1KA 3N17A 3SUVA 4L4PA 1EOMA 3ARZA 2G4FA 1BVZA 1JZ2A 3A6OA 3CHFA 2ZICA 1B30A 4CCEA 5A6BD 2VUYA 2CXGA 3BAYA 4ATDA 5E70A 4ACZB 2BFGA 2DDXA 1GHSA 3WD0A 2CBUA 4RL3A 3VD9A 1GVIA 5AY7A 1UZ1A 2CEQA 3MKKA 3W6LA 3O6AA 3K1DA 3DYOA 4Z2IA 1E6SM 1R85A 1XCXA 1V3MA 4CVWA 4BQ3A 3GNPA 4BA0A 1PIGA 4UQDA 4ATLA 4CD4A 2VZTA 1X1NA 1W1VA 1V6WA 3FHAA 3T2PA 1UWQA 1NWUA 2X1IA 3EYPA 5D4YA 1UHVA 1MXDA 1UA3A 4W8BA 2OYKA 2XFYA 1WDPA 4P8UA 2WZHA 2BY0A 5A8OA 5C8BB 1OD0A 4DWSC 5I77A 2D3NA 1F4HA 1W1YA 1NOUA 1H0IA 1V6YA 4WLCA 3OLDA 3B9DA 2A3CA 1UR8A 1N82A 1XYFA 2ZUVA 4P7OA 3UG4A 1EQPA 3NUKA 3EDEA 2A3AA 1V6XA 3RPMA 1E1EA 4MDOA 1R7AA 2J7DA 2VNCA 4W7WA 5BRQA 1HX0A 2VRQA 3VNZA 2VI0A 1XRVA 4CU7A 4NSBA 1E6ZA 2FDMA 1B3VA 1E55A 3WNOA 4QCFA 2E3ZA 4S3KA 3PTKA 3W37A 3W6MA 5BRPA 5FD0A 1KGXA 5ABFA 4PUDA 3M07A 1B31A 3EBVA 3VM5A 5LA1A 1M01A 3AS3A 1FFQA 1G0CA 1Q6CA 1DWIM 1UUQA 1HKKA 3G6MA 3WF3A 3N18A 3ARPA 4HP5A 5F7UA 1KBKA 2PBGA 4D6JA 2VOTA 2X8RA 3EDFA 4K68A 1UD8A 4LX4A 3KEHA 2YA0A 3A4WA 4W7UA 4LXFA 2E9MA 3KL3A 1Q6FA 3NJ3A 1RH9A 1VRXA 5JBDA 3FY1A 2VJXA 3WEZA 4D72A 5BXSA 1KXQA 4D6IA 4PMYA 4UOQA 1UD2A 2DQXA 4W8LA 3OLIA 5CPQA 1HL8A 3KZSA 2YBTA 1QHOA 1H49A 2W66A 3WDRA 3W4RA 1HN1A 3MS8A 2QMKA 2CKRA 3ECQA 1Q6GA 1XH1A 5I78A 5LA2A 2PI6A 3GH4A 1I75A 2DGAA 4HA4A 3FAXA 4AD0A 1ZBCA 2ZXQA 2OLHA 5IHRA 1VIWA 1QVBA 3SCPA 1S46A 1KB3A 2XHYA 4QCEA 2GDUA 1KXVA 5EMYA 3PZUA 3MV01 3PZMA 1JAEA 2J7BA 4JHZA 1VFFA 3RO8A 2GVYA 5A6LA 4WJXA 1WO2A 4AEFA 2HISA 1Z32X 3RDKA 2AMGA 3BSHA 4UTFA 2ZOXA 2YDRA 1VBUA 3PBGA 2GJXA 5CG0A 3WKZA 4OKDA 1G1YA 4PN2A 1X6NA 3PTMA 1V3KA 2W92A 1BYAA 2CHNA 1B90A 2PWFA 5FIPA 1CDGA 1V08A 3BXWA 1HF6A 2J78A 4WIWA 4AW7A 3DECA 3VDBA 2BVTA 4W86A 1K6AA 4URIA 2CNCA 2FHCA 3WQ5A 2ZUSA 1G9HA 1JDCA 4XV0A 3MO4A 4J7RA 3IANA 3CO4A 3N11A 4J3TA 3T2OA 2D0GA 3WUFA 3ZT7A 2V3FA 4HU0A 4C7FA 1WDRA 3T08A 4DWSB 5FCZA 1WNOA 1WE5A 2XTKA 3GH5A 4MB3A 2A3EA 3CTTA 1Y7VA 4V27A 5D8WA 1VENA 4JL2A 4GINA 2PF0A 5GQBA 3L4XA 1CWYA 1GOIA 3PZQA 1BYCA 4PCSA 3CZEA 3WH6A 2QMJA 4AXNA 1ODZA 1R86A 3W0KA 1W2PA 2ZX8A 3UERA 5A8MA 2J74A 2XJ7A 2Y24A 2BXZA 3GYCA 3S6TA 3I3DA 2CPUA 1W9BM 1ZBWA 1Q6DA 4EK7A 3IJ7A 1V3HA 4GO8A 1CGUA 3VKKA 3ZJKA 5CGMA 3ARXA 2VT0A 4BQ2A 4YHGA 5DO8A 4QP0A 1E3ZA 1JIBA 2VR5A 2Y8VA 3VIFA 2W67A 1B3ZA 3SCUA 4E8DA 1V0KA 2RGLA 3S2CA 3WEMA 3MSDA 1CLXA 1KWGA 3ALFA 3GH7A 2XUCA 3KE0A 4FLSA 2VVSA 4ATWA 2W91A 5EB8A 1E3XA 2VRJA 1UWTA 2CERA 1JYVA 1ZJAA 2CYGA 4WSKA 1TFVA 3W26A 1UD6A 5BXPA 1L0PA 1HP4A 4CKQA 1AQHA 1BSIA 3SUTA 2J77A 2IXVA 4AZCA 1UA7A 2E40A 1FHDA 4ZE4A 1H3GA 4AYSA 3ZJ7A 2DIEA 1QNPA 4TVCA 1O7AA 2IXUA 1W32A 1NWTA 5D8ZA 2VZVA 3W82A 1DTUA 4KRUA 3WENA 5I0DA 4PBGA 4WKAA 3PZNA 5TD4A 2WANA 4D1IA 4GQRA 1XD1A 4ACZA 1BHGA 1XSIA 4GZJA 4LYRA 4PCTA 1UOKA 1XSJA 4AMCA 1V3JA 4CD7A 4AIUA 1EOKA 4MAVA 4U3CA 2ESCA 1M53A 3W24A 1TE1A 2J25A 4MAZA 2UY3A 3AS0A 3PZIA 4YPJA 3AXIA 4UQAA 1OCQA 3CUHA 3VVGA 1V0LA 1K9EA 2W61A 3ZM8A 4GZEA 3FNDA 3KL5A 1WZLA 3BMWA 5CQ1A 2WW5A 1J0JA 1JGIA 3BMVA 3W25A 4J28A 3GZAA 1QI4A 3G6LA 4BQ4A 1C8XA 3WD1A 2WWCA 3F5KA 2DSUA 3AOFA 2XWDA 3M6DA 3APGA 1JF5A 1WDQA 1CBGA 1FP9A 3UR8A 3WFLA 5IXEA 3II1A 3RM4A 2O9RA 1VBRA 1UQYA 1KQZA 5BROA 1HP5A 4TUFA 2WYSA 1LWJA 4UQBA 3IJ8A 3DHPA 2D0HA 4HA3A 4LQ1A 2Y2WA 4M81A 4KGJA 1EGZA 2VZUA 4CU8A 1MW2A 5A2AA 1LG1A 2V3GA 1J12A 1E4NA 1BG9A 1EIBA 1GQIA 1LJYA 3D5HA 5CZKA 1JXJA 4NF7A 2J7HA 1OWQA 1GQLA 1A47A 1X6LA 2D0FA 3SUUA 4JIEA 4AISA 4PTMA 1LL7A 1H5VA 1NWRA 1BTCA 2XVNA 2YL5A 4B16A 2DPEA 2XSAA 3VGBA 1JFXA 5A6KA 1FA2A 3GXDA 4M24A 3HJEA 2O9TA 3EDDA 1FP8A 5A8PA 4L4OA 1TG7A 1J18A 1HL9A 5JIWA 1JNDA 4Z2KA 2VURA 1UQZA 1E4LA 1NOFA 4AZIA 1XYZA 2E4TA 2VVNA 5ABEA 2D20A 3MMUA 2J47A 2WAGA 1GORA 3VGHA 2EPKX 4NRSA 5ABGA 1MW1A 2IUZA 1LLOA 1E1FA 4UFHA 1CXHA 4Y7EA 3VMOA 3ARVA 4AZ6A 5A94A 1H41A 1H11A 1V0MA 5CJ5A 4XB3A 4RE3A 1MYRA 2WHLA 1GZJA 1UWIA 1W9XA 3CMGA 3T0BA 1C8YA 4W7VA 4UFIA 3ARQA 2W4XA 4GPNA 3AMGA 1OGSA 3VD7A 3SURA 1VJSA 2Z1SA 5E0FA 4N0RA 4PYSA 5CGTA 4AWEA 1E71M 5GNXA 3AIWA 5BXTA 3GTNA 4UQ9A 4JCLA 4MJ2A 2E9LA 1O6IA 4W93A 2WZIA 1GHRA 3VMPA 5HNNA 4A4AA 3AHZA 1CENA 1J01A 3RMEA 3T2QA 1GOWA 2WXDM 1W1PA 1OINA 2ZX5A 3VIIA 3ZO9A 1LG2A 3NDYA 2DT3A 2WVSA 3WQ8A 4J3XA 3CMJA 1YHTA 3RM8A 5ABHA 1E43A 2WVVB 1UR4A 1U30A 3AXHA 3VD4A 3SCVA 3BLPX 1HJUA 1MW3A 1NQ6A 2ZUTA 5HPCA 1KCKA 1BG4A 4QFUA 4DM2A 5E6YA 1QNQA 3AHVA 1J0YA 5DMYA 3ARYA 3IAQA 5D9PA 2PWHA 3K8MA 4D6CA 2YL9A 4HZ8A 1DWFM 3WIJA 3SCQA 1DEDA 2BS9A 1E9LA 1MQRA 4AZ7A 1UWUA 3EMQA 2B31A 3EDJA 4H8VA 3CZGA 2JF6A 1W3LA 1PX4A 3WDIA 1KXHA 1ZJBA 1PBGA 1LL6A 1OGBA 3RJXA 3QOKA 3AHYA 3GNOA 3GNRA 3WNPA 1E5JA 4J3VA 2XG9A 3LMYA 3CUJA 1ZB5A 3PZGA 4ZEPA 1H4PA 4FK9A 4P7QA 3VIKA 3BSGA 1C93A 2WKLA 3AFBA 4DWSA 5FL1A 2JEPA 3SUWA 4WSJA 1UKOA 3UG5A 1MWOA 2VC9A 3AS1A 2XFFA 3W27A 2ZX6A 4D6HA 3B8SA 4GQQA 3ARWA 3AIEA 1VAHA 3AZTA 4W87A 5CPSA 3U7VA 1JYNA 1GONA 4P7RA 2WVUA 1ODUA 6CGTA 1GPFA 3SCWA 1M03A 2CESA 4ZENA 4GO9A 2CETA 1TVPA 2WMFA 2ZUMA 1CXIA 1E40A 3M46A 4H8HA 3WH9A 4M56A 9CGTA 5ECUA 2JALA 3FHQA 3CGTA 3MUY1 2AOSA 5HOSA 3WD4A 1JXKA 3ZQ9A 1WP6A 3MU7A 1IT0A 5E6ZA 4P8VA 4Q7NA 2FHBA 4U2ZA 2F61A 4AZBA 3POCA 5DT7A 1UD5A 1PZ2A 3QOMA 2VTFA 3ZJ8A 1EHNA 4OJYA 4TTGA 3VIGA 5A6JA 1JZ5A 2F8QA 1UZ4A 1W1TA 1WZKA 1ISVA 2WPGA 4XUYA 1RD6A 3TTQA 3UR7A 5A3HA 3SUSA 3UG3A 3A4XA 3ARUA 1AQ0A 4TOQA 4OIFA 3OLGA 2EPNA 3OB8A 4HPGA 4CUCA 2ZWZA 1AMYA 1UWRA 3HN3A 4BQ5A 1WZMA 2CIPA 5A6SA 4AC1X 2A3BA 2XYLA 5DT5A 3IK2A 4IUGA 1TA3B 4JAWA 3VPLA 1ISYA 1TUXA 4HZ6A 3VGEA 4BZYA 2BY1A 4OOZA 4W85A 1W9DM 1LWHA 2JIEA 5IHSA 1XCWA 4H8UA 4MJ4A 2ZUNA 3AHTA 3VILA 2G3JA 4PMVA 1J11A 2ZXBA 4PMRA 3TA9A 2DSWA 1QNRA 4JFUA 2VZSA 3L4WA 1DWJM 3RCNA 2WWDA 2PBOA 3BAJA 1NH6A 3CUGA 3WNKA 4DM1A 2ZE0A 5D9OA 1EXPA 2O9PA 1R8LA 1V0NA 3VU2A 1CECA 2OWWA 3OIHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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