1NWTA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitopentaose
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 126
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwtA01
2CBIA 1WB0A 1V3LA 1E71M 5CPSA 4Z2LA 2YIHA 1LL7A 2A3AA 3OA5A 1WZAA 4K68A 4UQBA 2VZTA 1K9DA 3VGBA 1GUVA 1E15A 1HT6A 4CGTA 2WMKA 2JEPA 3GNPA 4IPLA 3CUFA 1W9UA 3NSNA 2VRJA 1KBBA 3AIVA 3WQ6A 4HA3A 4FLSA 2GK1A 1CGWA 1BAGA 1KXQA 2PWHA 1F4HA 4XUYA 1QI2A 3B9DA 3NDYA 5I2UA 1M7XA 3II1A 4CU8A 3M07A 3BAYA 3WD3A 1VRXA 3AMKA 4W8BA 3SUVA 4M8UA 2ZUMA 4U2ZA 1LJYA 2WC7A 2XVGA 3W24A 5GNXA 4ZEPA 1D3CA 2ZUUA 2VCBA 1VAHA 1MQRA 1D7FA 4CVWA 3ZSSA 4AZ6A 3F5KA 1HXJA 2DIJA 2CIPA 5LA0A 1PPIA 1GONA 3T0AA 2G4FA 3LPPA 3QR3A 1OGBA 5GQBA 3TOPA 1M03A 3VNZA 7A3HA 2HVMA 3CBWA 1W3JA 3S6TA 1JFXA 1S46A 2VRQA 3W4RA 1PIGA 2X1IA 2XSBA 1JFHA 4GPNA 3JUGA 1NWTA 4AC1X 2CEQA 4M82A 1JF6A 3SCVA 5E0CA 3GH7A 1QNOA 1WO2A 1BVNP 1RP9A 3PZ9A 2OSYA 4H8VA 3A47A 4BQ5A 1Q6EA 4C7GA 1CGVA 1ZBWA 2FGZA 3VOCA 1U30A 1J11A 3OG2A 2WLYA 1UD8A 4S3JA 2WMJA 1XCXA 2VZUA 1CLXA 1QHZA 3VNYA 3POHA 2GUYA 1CYGA 1QI3A 2BHYA 3T08A 3PZIA 5BXPA 4PMDA 3UR7A 3O2LA 4UOZA 3EDKA 2DT0A 3AHVA 2A3HA 2F2HA 3A3HA 2ZWZA 2J25A 4AXNA 1W32A 1FH8A 1WAWA 1MYRA 2DT2A 3BSHA 4GQRA 3F5LA 3BAIA 1MQPA 2PBGA 2YA0A 3SCWA 3SCNA 4YN5A 3GXFA 2WVVA 3SCTA 5CXPA 3WBEA 1EH9A 2ZXQA 4X0VA 1ISZA 1NM9A 3TTQA 3EDEA 3W81A 2PWDA 1Y7VA 4R5EA 1R87A 3WF1A 2DQXA 4Z2HA 1FFQA 1FA2A 1GNXA 2E3ZA 2DGAA 3VGDA 2JE8A 2E9LA 3BXWA 1QBBA 4LGXA 4PUDA 4U3AA 3A6OA 3VIKA 5CLWA 1U2YA 3W27A 4XZBA 2ZICA 3BCDA 2WK2A 5JBFA 1US3A 4MNLA 3FAWA 4AEFA 3SCSA 1DWAM 4F8XA 2EPOA 3WENA 4OBSA 4KGLA 3ZM8A 4ATDA 3WH7A 5A6SA 3WD2A 2VX6A 2X2YA 2WVUA 1UWSA 5IHRA 2WVSA 1H0GA 2YL5A 2VQTA 2XSAA 3AHZA 4D1IA 3ARWA 1VFOA 1RPKA 1QHOA 3W29A 4AZGA 3W25A 2OWWA 2X05A 2WMIA 1HKMA 4PEEA 1EO5A 3WUGA 1G9HA 3WUEA 4GI8A 5C71A 2FH6A 4LYPA 1HVQA 2J7GA 4DWSB 2YL8A 3ZR5A 1E55A 1SR0A 3M7SA 1JZ3A 3B9EA 1CDGA 3SURA 2PB1A 1XH2A 2Y24A 2XWDA 3WQ8A 1QW9A 1QI4A 3EDDA 4WK9A 3VD9A 1V0NA 1W9DM 4HU0A 1HJUA 2WCAA 3VKKA 3AS0A 1C8YA 3UETA 3O9NA 3IANA 3MKKA 5BROA 3EMCA 3TTYA 1K9FA 4ZE4A 2YJQA 3CHEA 1HJWA 2YL6A 2PWEA 3CHFA 2DEPA 4HPGA 3AS2A 3ZO9A 5FD0A 4PMNA 2X0YA 3MUAA 5KEZA 1E0XA 1FP9A 1UH2A 2D22A 3RMEA 1I1XA 1RH9A 3KEHA 2UY5A 1E1FA 1W2VA 1V6VA 1HP4A 3AHYA 2DH2A 2G3MA 3ZJ6A 4W89A 4E2OA 1UD3A 3MO4A 4DWSD 2BV9A 2CPUA 2DSWA 1TG7A 4NF7A 1KXTA 1UD2A 3RILA 4A3YA 3WF0A 2VQUA 1EA9C 1UUQA 1UZ1A 2FHCA 1KCKA 3GH5A 4PMUA 1QI0A 3ZOAA 3L4ZA 2BY3A 1K9EA 2YBTA 5CGMA 2BFGA 5I79A 1C8XA 4TVDA 4Q7NA 3GBDA 1HKKA 4WKAA 3AIBA 2DDXA 5ABFA 2XFFA 4EAMA 3EDJA 3N13A 1B3WA 1J18A 1KR1A 4AYSA 3VGGA 4CCDA 2WMIB 2XFRA 4BQ4A 4CCCA 1GVIA 3ZR6A 1UH4A 1MXGA 2J7CA 1PAMA 2WBGA 3VMPA 3L4TA 3PZNA 2B31A 5BYWA 3AFBA 4JCLA 5ABEA 1E6ZA 4DUWA 1FFRA 3NCOA 2Y5EA 5HXMA 1E6PA 5M03A 2J7BA 1WDQA 1UKPA 2PWGA 3ZJKA 2ZUVA 4D6CA 1LF1A 3WL0A 1E6XM 1KXVA 4AZIA 3WFZA 2QLYA 3QOKA 4HMCA 3ARQA 1XV8A 2WWCA 1JYNA 3GM8A 2CITA 2YLLA 4E8CA 1H3GA 2G3NA 3AMGA 3CO4A 4AZHA 3WMCA 2ZXBA 4FLQA 1CEOA 5DEZA 3ARVA 3N12A 3CHCA 4W5UA 2VMFA 5A2CA 1HJXA 4LYRA 5D4YA 3EYPA 1ZJAA 4LYQA 3LPFA 4DUVA 1R8LA 3KE0A 4FLRA 3CZGA 4V28A 4CD7A 1KQZA 4IISA 5AYBA 4P8WA 4JL2A 2D2OA 2GDUA 3ARPA 3GXMA 2NSXA 1I75A 3W0KA 2CCRA 1X6NA 2J8FA 3K4AA 4H41A 3ARRA 4PYSA 4PUEA 3N15A 3RO8A 4UZSA 4P8VA 2VL4A 4EANA 4OKDA 4LXFA 3WDQA 2DT3A 5M3WA 3WSUA 3VD4A 1UG6A 2WAGA 1JD7A 5IDIA 1G5AA 1HX0A 1V0KA 3N17A 3HN3A 3AS3A 1EIBA 5D9PA 4P7LA 2J7HA 2E9MA 5D9NA 4TTGA 4J3XA 2VURA 4P8XA 2VX4A 3WN6A 4NRRA 1GPFA 1W9PA 1HN1A 1C7TA 2ZWYA 2EPMX 3PTQA 4OJYA 2NT1A 3TTOA 4BQ3A 3VILA 5AC5A 4W85A 3UERA 4YPJA 3AIEA 3CUIA 1ZS2A 1WKYA 2XVLA 3L4XA 1HJVA 2WZEA 1QNQA 2E9BA 2J4GA 1TE1A 1YHTA 1VENA 1CLVA 1KR0A 2VJXA 1YQ2A 1BF2A 5DT5A 1XHGA 8CGTA 2WXDM 1IT0A 1ZB5A 4NSBA 2VZOA 4AD0A 1GQIA 5EFFA 3KL0A 2WM0A 2VCAA 3G6MA 3LPOA 3WQ5A 4AZCA 4AZ7A 1J0JA 2O9OA 2WC4A 3SCOA 1OGSA 3SCUA 2VZVA 2PC8A 1TZ7A 1B3VA 3PZOA 4BS0A 2Z1KA 3AXXA 1OM0A 1OSEA 2AAAA 4C7FA 2D23A 1HVXA 1W9BM 3OLEA 2WHLA 5I0DA 3WELA 1K9TA 2J7DA 2YA2A 2BNJA 3PBGA 2QF8A 2YKKA 3RIKA 3BMVA 4CN6A 2E8YA 1NOWA 5FOOA 4CCEA 4P8UA 2VR4A 4XB3A 2V3DA 1UH3A 2YA1A 3WL1A 4PRWA 2W91A 1XSJA 1M01A 5C70A 4J7RA 5A6KA 5I5RA 1HL8A 2V38A 9CGTA 1JZ8A 4H8UA 2C0HA 4DUXA 1Q6FA 3FW6A 4DM1A 3VIFA 3ALGA 3OZOA 1J10A 2ZX8A 2WZIA 1DWIM 2NT0A 2ZX6A 1MFVA 4BQ2A 2VOTA 4J3VA 1HKJA 2EJ1A 4Z2GA 3DECA 1ISVA 3BMWA 4W7WA 3IAQA 3WF3A 3K8MA 1KFWA 3ARXA 3RJYA 4B3LA 5A95A 4QLKA 2C8NA 5EBAA 1V02E 3CHDA 2VX7A 4M81A 4D6GA 3THCA 4JFWA 1UKSA 4AY1A 3LMYA 1GVYA 1UKQA 3PZUA 3VIPA 4AZCB 2BVTA 3WD0A 3U57A 2ZOXA 1GOQA 1J9YA 1Q6CA 2IXVA 3IAPA 4JKKA 4L4PA 1DP0A 4PMZA 4B3KA 4BA0A 1HKIA 1GZJA 1EDGA 2Y2WA 1CGYA 1JZ7A 1OIMA 1BFNA 2ZXDA 1QNSA 3MMUA 4MDOA 1ZBKA 5A6LA 2BVDA 2D3NA 4UFHA 3ZT6A 1TFVA 2XVKA 3EBVA 5DO8A 4F79A 1OB0A 1ODUA 1LG1A 4C7DA 2OSXA 1JDDA 3MUY1 3SCPA 4HOWA 3BAWA 4ATWA 1DTUA 3UESA 1ZL1A 4EKJA 3UR8A 2XM1A 4HA4A 2OWCA 2YBUA 2VT0A 1BYCA 1W1YA 5I23A 1D2KA 1R7OA 1G94A 3OLGA 1WNOA 4ZXLA 2F61A 3D3AA 1CGTA 2YDQA 5I6SA 2CBVA 3FXYA 4MNKA 3CZKA 2Y4SA 1E5NA 4UFJA 3J7HA 3OBAA 1O7AA 5CG0A 1NH6A 3VGHA 4ATLA 2ESCA 1ISWA 4GI9A 5DMYA 1ESWA 1TA3B 2DSVA 2UWFA 4MB4A 5EB8A 3ARYA 3WUBA 1M04A 4M80A 3AZSA 4W8LA 3WQ4A 2JF7A 2J8GA 3CZJA 3WNPA 2XG9A 1MW3A 3EMQA 3I3DA 2OSWA 1V6WA 2RGLA 4TOQA 4JFTA 2UY2A 5FIPA 4RE3A 2W5FA 1BLIA 1EOKA 1IZJA 1XGZA 2DIEA 3CZEA 4A3HA 4WKHA 4V27A 5M17A 1AQMA 3LPGA 4AD5A 3POCA 3A4AA 4PMQA 3L4WA 3FN9A 1R86A 4DWSA 4WJXA 1E73M 3HJEA 4E4PA 1EHAA 4D6DA 4H04A 3VDHA 3VVGA 1JF5A 3VIMA 2X0HA 4OOUA 3PZVA 1XD1A 4PTWA 5EFDA 3T0DA 1XYZA 1VBUA 1C8QA 3NSXA 2JALA 4GINA 3VIJA 4JL1A 2W61A 4MTVA 3SUWA 1FHLA 2D1ZA 1J12A 2OYLA 1VEMA 1VF8A 5IFTA 1E1EA 3G6LA 3W28A 4P7RA 4MB3A 1WZLA 1J0HA 3W53A 1UWQA 1L0PA 1CXEA 3HU7A 1W9VA 1GW1A 4DM2A 3O6AA 2V3EA 5HDRA 3WD1A 2O9PA 3KZSA 5D9OA 2HISA 4LQ1A 2CYGA 3QGVA 1UKOA 4PCSA 3T2QA 4AIUA 2XYLA 4JCMA 4U33A 4AD4A 4AIEA 4CN4A 1E56A 2ZX7A 3BH4A 3CIVA 2FHFA 1DWGM 1AMYA 1V0MA 1FHDA 3RCNA 3AJ7A 1Q6DA 2EEXA 4XV0A 4LX4A 4AIOA 1H2JA 3ECQA 4B16A 2VCCA 4CU6A 2CHNA 3DYMA 3FHQA 4TXEA 2WZHA 1E6SM 1E6NA 1JXJA 3U7BA 1IZKA 3RM9A 1XSIA 2X8RA 2XJ7A 1US2A 3VIIA 3WNKA 2ZUSA 3T2OA 3ZT7A 1GQLA 3NDZA 3DYOA 4JKLA 2OLHA 4PMVA 4J3TA 3QHNA 1JAKA 1OD0A 2XHYA 3F5JA 1V03A 4GI6A 3TP4A 5I3DA 1QOXA 3FHAA 4HTYA 2JFEX 3VX0A 2WMGA 1HJQA 2OYKA 1C3FA 4AEEA 1ISXA 1E4NA 2Y8VA 1V6YA 1WE5A 2ZE0A 3BC9A 5DF0A 4R27A 4CD5A 3T0BA 3OGSA 2V5DA 2CBJA 2D0GA 1W9XA 2XFYA 3WD4A 4Y7EA 5A8PA 4PTMA 3A4WA 3AOFA 1SYTA 2EPLX 2XWEA 1CNVA 1OBAA 1G1YA 2IUZA 3CPUA 5IHSA 4ML4A 5BWFA 1EQCA 2XPKA 2J75A 5ABHA 1BYDA 2ZXAA 1W2PA 2FDMA 3M6DA 2WC3A 1CENA 4QCFA 1JXKA 2WKLA 3K4DA 2GFTA 1JZ4A 3L4UA 4FK9A 4H2CA 1QNPA 2D0HA 2YDRA 3CTTA 1GORA 1G0CA 4M29A 1E9LA 2PWFA 1HNYA 1GOOA 1EXPA 5AC4A 4TX6A 1OGGA 1XC6A 5BXTA 1ZBCA 2G8ZA 1XCWA 1OT1A 3WNOA 4CKQA 1WCGA 1DWJM 3AHXA 4EK7A 4GIAA 3W37A 3VDAA 3WH9A 4AZ5A 3DC0A 1UA7A 5E6YA 5JUVA 5A8OA 5EMYA 4X9YA 2QHAA 3MUIA 1C92A 1UR4A 2E8ZA 1UD4A 5I24A 1JYVA 3CZLA 4HZ7A 1GHRA 2XGIA 3SUSA 2CXGA 3AISA 2E0PA 5TD4A 3VD3A 3IJ9A 5FL0A 3GH4A 3B8SA 1NP0A 4UOJA 1O6IA 3MV11 4N0RA 4AD2A 4ZENA 2WCSA 1E6RA 2YOCA 4JIEA 1HP5A 4KMQA 4WLCA 5BCAA 7TAAA 1QW8A 4M1RA 3WNNA 4W86A 3KL5A 5IFPA 1SMDA 4B9YA 4WSKA 2CNCA 2BHUA 1B9ZA 2XVPA 5A8QA 4NI3A 5HOSA 3ZJ8A 4JHZA 3CMJA 4QFUA 5I77A 1FH7A 1QI5A 4F66A 3WDRA 3MS8A 5A2BA 5GNYA 1E3XA 3ZIZA 1AVAA 2V5CA 4W88A 5LYRA 5GPRA 5AYIA 1EO7A 2W67A 5GNZA 1BQCA 3DHUA 3WY1A 1VBRA 1OIFA 4M56A 3VO0A 4L4OA 3DYPA 4GO8A 1JYXA 3MMDA 5A6JA 1W1TA 4P7NA 1GJUA 4H8HA 3OGRA 4CD6A 4U5KA 2WCGA 1ITXA 4OZOA 2G41A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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