1NWTA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitopentaose
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
total genus 126
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwtA01
3GH5A 3SUVA 5EBAA 4JCMA 1XCWA 3W81A 3QHMA 3T0DA 1GJWA 2YLLA 1XYFA 4GO8A 2CBJA 4PSRA 1DWIM 2VQUA 2ZX6A 3S6TA 1XSJA 4UOQA 4WF7A 5FL1A 1YQ2A 2V5DA 4EAMA 2D0GA 2FHBA 3T2QA 3CPUA 2ZE0A 4V28A 3WQ6A 3F5KA 3LMYA 1D3CA 3WNLA 3ARTA 4W84A 1E56A 2J7DA 3WKZA 2VT0A 2XVKA 1N82A 5D8ZA 5C8BB 1UZ4A 4MDPA 2O9PA 3WH5A 1VIWA 2YBUA 1MW2A 1BQCA 2NSXA 2BNJA 2BY1A 5A6LA 3G6LA 5I5RA 1CXFA 2PWFA 1C8XA 4GO9A 3WENA 4UFIA 4HMDA 4Z2LA 4W86A 1EO5A 3ZSSA 3CIVA 3BH4A 4PMOA 1JFHA 3VIJA 3CZGA 4H04A 2EPMX 3WUBA 4A4AA 1S46A 2WSKA 3U5YA 3VO0A 2A3HA 5CXPA 2YJQA 4AD1A 1VJZA 2DSWA 3AROA 1UYQA 2YKKA 4DWSD 4HOWA 4PMDA 3N12A 3WY1A 4K68A 4J3SA 2GJXB 2VUYA 4JFUA 4AZ5A 3ZMRA 3AIEA 1UZ1A 3NYDA 1TE1A 3AZSA 2G41A 1JAKA 3SCRA 2D22A 3N18A 4PMNA 3MUIA 3K8MA 1OD8A 2C7FA 2JF7A 2J7FA 1OT2A 2XJ7A 2XIBA 1ZBKA 1OCQA 2AOSA 4PEEA 3HN3A 4RE3A 3RM8A 1MVYA 3AS3A 3AHTA 2EPLX 3HJEA 1HKKA 3L4WA 2OWXA 1B90A 1QOXA 2DDXA 4MB5A 5D8WA 3VNZA 1HJWA 2VNCA 1TVPA 3M6DA 4DUWA 6A3HA 1NQ6A 3SIMA 3GYCA 2W61A 4AY1A 1GOQA 1IT0A 2JIEA 2RGMA 2A3EA 3CMGA 4JKMA 3F5LA 3AIUA 1VFMA 2VRJA 2V3GA 3SCUA 1FH9A 1FFRA 1GUVA 1E4LA 4HZ8A 3WQ4A 2J78A 4BCEA 3AFBA 2QPSA 1PX4A 4NSBA 1GOIA 2EXOA 1W9BM 5JBFA 1KQYA 3WH9A 5A8PA 3VTRA 3WIJA 2YIHA 5I2UA 2DH3A 4UCFA 4GI9A 3W37A 4BQ4A 2C0HA 3LPGA 5GPRA 3FHAA 1V6XA 5EFFA 4UFLA 4U3CA 1OGSA 4QLKA 1DWFM 1EHAA 1ODZA 2DQXA 3WEZA 2WYSA 1J01A 1AMYA 3VD4A 3AQUA 3VM5A 3WNNA 1WDQA 1Q6EA 1TVNA 4UFKA 3BLKA 3CLWA 3I3EA 2BS9A 4CUCA 4MADA 2YLAA 4J3XA 3GXDA 3T2OA 4IPLA 1QPKA 1X6LA 4AEEA 2WKGA 1J0ZA 1W9PA 1J11A 1EA9C 4FF5A 1E43A 3OB8A 3N15A 3WNMA 3VIKA 4H41A 4TVUA 1JF5A 1NOFA 4AZGA 4F8XA 3WD4A 4ATDA 1ZL1A 2FHFA 4QLJA 3K1DA 1E4NA 1LG2A 1WZLA 1FH8A 2Y8KA 1E73M 4J27A 1KCKA 4P8VA 1WZKA 1LL6A 3BMVA 5ABEA 3VD7A 1JI1A 3ZR5A 4ZEPA 1QBAA 3L4YA 4EKJA 2CHNA 3IAQA 5ABFB 3O6AA 1R7AA 1V0MA 3PZOA 1VRXA 3ZJ8A 3AZTA 2XYLA 1IZJA 1OSEA 1EDQA 3RM9A 3O9NA 4W89A 2VCAA 1KXQA 4DWSA 3WFLA 1UUQA 3WF4A 7CGTA 3GZAA 5BRPA 1ITXA 1JZ6A 2WCSA 4HMEA 3AHZA 3ZT7A 3ALGA 1UH3A 2XVGA 3VIIA 5JIWA 2NT0A 5IFPA 2X0HA 1WKYA 1O7AA 1PX8A 3BAJA 2PWDA 2XVLA 2JFEX 3AYSA 5LA0A 2CBIA 2XFFA 4MDOA 3WMBA 4PMUA 4NF7A 4JFWA 1QHOA 4PUEA 4D6FA 1JYNA 1OWQA 3UESA 2BXZA 4MB4A 2ZX7A 2OSXA 3UR8A 1WDSA 2WPGA 2DSKA 3CMJA 1QVBA 4CVWA 3AOFA 2C8NA 2WHMA 4NRSA 1EHNA 3CHFA 1HN1A 2CYGA 3QHNA 1JZ5A 1E6PA 4FLQA 4OKDA 5ABFA 2D23A 1J18A 4FLOA 3FW6A 4OBSA 1UQZA 4BQ5A 1BGAA 1GOWA 2BHYA 1JDAA 5ECUA 2J25A 3GBEA 3KZSA 2E9BA 4HOXA 1V3MA 1NOUA 3WMCA 5BRQA 4B3LA 2XGIA 1JZ7A 4WKAA 1BF2A 4W7WA 3EDDA 4RL3A 3ZJ6A 3RO8A 4AZHA 4Z2JA 3WH8A 2XVPA 3SCTA 3ARSA 1ZBCA 2WKLA 2JIWA 1Q6GA 3UG4A 2IXVA 2GJPA 1WZMA 1B31A 9CGTA 1CGUA 1XSIA 2WWDA 2CESA 2VX4A 1BYDA 2ZUNA 1G94A 2XIIA 1BTCA 1CDGA 4PMVA 3WMSA 1HJQA 4P7QA 2E4TA 1EQPA 3WH6A 1CGVA 3SUTA 4ZE5A 1CLVA 3U5UA 1RP9A 4CCDA 1UR2A 2D3LA 1KB3A 3F5JA 4AISA 2D0HA 4E4PA 3GNPA 1B3WA 1V0LA 5CSUA 5IHRA 1E71M 1C91A 4WLCA 4M1RA 2WMFA 3T08A 5GNXA 1EDGA 2YL5A 5CPQA 4PTMA 5A6SA 3PTKA 4AMCA 2OLHA 2ZX9A 2G3JA 1HNYA 4AZCA 2WC7A 2OSWA 2G3MA 1OGBA 1AQHA 4H7VA 1JIBA 4LX4A 1HJXA 1OIFA 4S3KA 1UKTA 4QDMA 4U33A 1TA3B 4CN6A 1NP0A 1MFVA 5AY7A 5CJ5A 4GKLA 4GPNA 1PJ9A 1VB9A 2VZVA 1J9YA 4P7RA 1KWGA 2E3ZA 3G6MA 2V3DA 2CHOA 3VD9A 2W66A 2E0PA 1HP5A 3GNRA 3ZM8A 5F7UA 1VF8A 1BG4A 1GW1A 1JGIA 3MANA 1H4PA 3WNKA 2E40A 5I78A 3W0KA 5EMYA 3AZRA 3VDBA 3K46A 1WPCA 1Z32X 2XPKA 2WLYA 1CYGA 2JEPA 3EMZA 3UETA 2F61A 3RJYA 3K8LA 3VDCA 2VQTA 4A3HA 4W5UA 2G8ZA 1OM0A 4LYPA 3GBDA 1B3YA 3LPPA 4ATWA 3BAYA 1EO7A 1E0XA 1KBKA 4OZOA 2X0YA 1VEPA 4W7VA 4ZXOA 1CTNA 1M03A 3VM7A 1DHKA 3L4UA 4YPJA 2GSJA 1VFOA 2E8ZA 1EOMA 1W9VA 3PZIA 4NI3A 2O9RA 5BWFA 2DEPA 2VCCA 5FKYA 4HZ6A 4QLLA 3MMUA 1C92A 4MNLA 3QR3A 4DM2A 3MUY1 4AEFA 1B3VA 4TUFA 2WZIA 1E5NA 1MXDA 3EDEA 4HZ7A 2YOCA 3BXWA 5BROA 3WDPP 2EBNA 1XH0A 2QF8A 1QW9A 4KRTA 4GQQA 2JALA 3MUZ1 1MQQA 5DMYA 2WVVA 3WEMA 4BQ3A 1BAGA 3WNOA 2VX7A 3VU2A 5JH8A 2WMKA 4P8WA 3FAWA 1GHSA 2B31A 1JZ2A 4PUDA 2CETA 4M80A 1XD1A 1MQPA 2YDQA 4JFSA 4Z2KA 2VRQA 5A6BD 2G3NA 2ZXQA 1TZ7A 2YL6A 1H0IA 1W2VA 1CGTA 3OBAA 5DF0A 2PI6A 1W9UA 1UHVA 3MSGA 2WMJA 4CKQA 1CEOA 4MB3A 3QHOA 1CGWA 3T09A 4BS0A 3SEPA 2J8FA 3DYOA 1RD6A 5I3DA 2DH2A 1BVNP 3N11A 1KGUA 1ECEA 2UWFA 2DPEA 1GJUA 3AIBA 4UOZA 3AXIA 3WQVA 4JKLA 2VR5A 1ZU8A 1QHPA 2FH8A 1US3A 5A3HA 1E72M 2Z1KA 3AS1A 4IM4A 1MFUA 1A47A 2CKSA 5I23A 4XUYA 3VDAA 4JFVA 1LQ0A 1R86A 2ZX5A 4JL1A 3OLDA 2TAAA 1WE5A 2X2YA 1V03A 2WZEA 3FNDA 1KWKA 4ACYA 3U57A 2Q8XA 2ESCA 5DFAA 2CXGA 3ARUA 2DT2A 1QNRA 3PHAA 1QNOA 2VX5A 3AHXA 5LYRA 3SCNA 1E4IA 3NSXA 3IK2A 3WDRA 4B3KA 3B8SA 2ZUMA 2D20A 4GINA 2OWWA 2BVDA 1JF6A 2GFTA 1H5VA 4H2CA 3WUEA 2YA2A 4PMQA 3TA9A 1J10A 3WQ8A 2J47A 2ZICA 2D3NA 5IFTA 3AJ7A 1UWRA 4W85A 4CU7A 1JG9A 2J77A 4OUEA 3CUGA 3N04A 4NRRA 3TTSA 3MO4A 2PWGA 4W8AA 1C7TA 4GZEA 4QCFA 4TVDA 1JYWA 1FOBA 3EDJA 1H0GA 2WHKA 4W93A 1EOKA 4H8HA 2W5FA 2E9MA 1ZS2A 1DWAM 2ZUWA 1DTUA 2W92A 5FCZA 5LA1A 1KXVA 3HMCA 3L4ZA 1UH2A 5BXTA 3KL3A 1UWSA 1HP4A 5A2BA 1PPIA 3II1A 1AQMA 3ARRA 4UQAA 4E2OA 1TMQA 1EIBA 3WUGA 1UA3A 2HISA 3S2CA 1E0WA 4XV0A 3KE0A 4M8UA 1M53A 3I3DA 3M7SA 4D6CA 1WO2A 3OGVA 1AQ0A 2XVNA 3MUAA 3VPLA 2WHJA 4PBGA 3W6LA 3WD1A 4NZCA 1HX0A 3RIKA 4Q22A 2ZUSA 3AXHA 4F9DA 4X0NA 1UR4A 1QNPA 1XH1A 4CGTA 3NJ3A 4J7RA 3AHYA 4PTVA 4XZBA 3AMLA 3FHQA 1LWHA 3ZO9A 2ZUVA 4S3JA 3WF2A 5E0CA 2EJ1A 3WUFA 1ISXA 1W9XA 2VOTA 3N17A 1C8YA 3VGHA 5A6BA 4P7NA 3DHPA 5I79A 1B3XA 5CPSA 2QLYA 1R7OA 2DSUA 3WDIA 1JNDA 1EH9A 3WL1A 2VVNA 1H09A 1UD8A 4EK7A 3AIRA 3GXMA 1G01A 1BLIA 3SCSA 1XCXA 5KEZA 2YDSA 4DWSB 4KGJA 1XRVA 2O9TA 1H41A 1Q6CA 1JXKA 1BPLB 3CZLA 2D24A 2G3IA 2EPOA 3ARWA 3VD5A 5JBEA 2PWHA 4P7OA 3WD3A 1B30A 2D1ZA 3VNYA 5I77A 4CCEA 1E70M 4E8DA 1LL7A 1UKQA 1JNEA 4HA4A 4WJXA 1KGWA 3QOMA 3VMPA 4UQ9A 2BHUA 2OYLA 5AYBA 3SURA 7A3HA 2XM2A 2E9LA 2WANA 4PMZA 2VRKA 1DP0A 4FLSA 5CZKA 4HU0A 3IANA 5E9AA 5FD0A 2QV4A 1JD9A 4JKKA 4MJ2A 1RH9A 3K4DA 1SYTA 4KMQA 6CGTA 1XH2A 1P6WA 4YHEA 2GK1A 3W6MA 1LL4A 4U5IA 5D9OA 1GONA 4LQ1A 1BHGA 2WMGA 1PAMA 1UR0A 1V6YA 4BF7A 1PZ3A 1GQJA 4JFTA 3WBEA 4MAZA 4M81A 3W26A 2VZOA 4DWSC 1R85A 3OZPA 2J4GA 3SCOA 1CXIA 1B9ZA 4J28A 3WNPA 5CPTA 1QBBA 3EMQA 6TAAA 3CUJA 4IISA 4TOQA 1WNOA 3VGFA 1F4AA 4X0VA 3VVGA 5IXEA 3N1AA 3WF0A 4WK9A 4D1IA 1XC6A 3E1F1 5E0FA 3RJXA 1CXLA 4IPNB 4D6IA 4W7UA 1FFQA 4MNMA 4L4OA 1W1TA 3VIMA 4MJ4A 1JI2A 1FH7A 4B15A 3WD0A 1UD2A 1B2YA 3CUHA 1VEOA 2A3BA 3NSNA 3VD3A 2Y24A 2VR4A 3HU7A 5I6SA 4D6JA 4M24A 5CQ1A 2UY3A 2PF0A 4D6EA 1HF6A 5TD4A 3W4RA 1UKOA 4UQDA 1IZKA 1KQZA 4AZCB 3AMCA 4YHGA 4C7FA 1VFUA 1I1XA 3VGDA 1PZ2A 3FXYA 3D3AA 1UQYA 3PZQA 4CD4A 5HPOA 1C8QA 1IV8A 5FIPA 1VAHA 1W3KA 2FHCA 3VGGA 4D6GA 1CPUA 4W87A 4ZE4A 1U30A 2UY4A 2IXUA 3GXFA 4QAWA 3KWXA 5CSYA 1K6AA 2WHLA 2ZWZA 4TTGA 1CNVA 1HIZA 2J62A 2WZHA 5A8QA 4TTUA 1CZ1A 3W53A 3TONA 2V3EA 4HPHA 3U7VA 1E15A 1ESWA 5E6ZA 5HXMA 3OLIA 2CKRA 3SCWA 1L0PA 5HPCA 3AIWA 3W28A 2J7CA 5CLTA 2XG9A 3M46A 1VFFA 2XGBA 4GI6A 2VZUA 3DYPA 1C93A 1HVXA 3OZOA 4GZIA 3ZIZA 2OYKA 4AXNA 1JL8A 4U5KA 5A6JA 1D7FA 2WNWA 2VMFA 2J79A 4M56A 1C90A 2OWCA 2W4XA 3MV01 2J75A 2JEQA 3CHCA 3MMWA 3VGEA 1WDPA 4WSJA 1BVZA 2ZUTA 2PWEA 2VX6A 3UERA 4UOJA 2HVMA 5EFDA 4AD2A 3WL0A 1SFSA 3WDHA 1I1WA 3VILA 3T0BA 1CWYA 1MW3A 4AD0A 4M29A 2WSPA 4R5EA 5JUVA 4Z2GA 1GQLA 3AMKA 3OIHA 4J3VA 1UWQA 1OD0A 4F9JA 3OLGA 1XHGA 2WVVB 3VKKA 3CZKA 1KR0A 1E6QM 3OGRA 1F4HA 5BXRA 1TFVA 4FMVA 1UOKA 2GUYA 4YN5A 5E70A 8CGTA 2CBUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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