1NWUA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitotetraose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 132
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwuA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwuA01
2BHUA 1JAEA 2CYGA 3THDA 4W5ZA 4IUGA 2V3FA 3WH6A 2CESA 5LYRA 4HA4A 1W32A 1E0VA 3AYSA 1D2KA 4QFUA 4BS0A 1CXHA 2G3JA 2W63A 2ZIDA 3SCNA 1RPKA 3UERA 1M03A 3ARVA 1KB3A 2DDXA 3GXFA 2A3EA 4C7GA 5DEZA 2WMHA 3A4WA 5A1AA 5IHRA 2X0YA 2DT2A 4AYSA 2OWCA 3CIVA 4ATDA 1OGSA 3VMNA 3PZTA 3CTTA 1E40A 4QCEA 4AC1X 1NP2A 3GXMA 1OD0A 1E0XA 2YBTA 1LF1A 4D6IA 3EMQA 2NSXA 3HN3A 4CCCA 4D6HA 4P8XA 1V3JA 3SCPA 1OB0A 4XUYA 3TP4A 2UWFA 3SUTA 2E8YA 1MVYA 1E3ZA 1H0GA 1B3YA 3QHNA 1J0JA 3PZQA 1BHGA 5GNZA 4WF7A 4N0RA 2XGIA 5ABHA 5JBEA 2BY2A 1E72M 1V3KA 3POCA 7CGTA 1UD2A 6CGTA 1EO5A 3O9NA 5C8BB 1B1YA 5JUVA 5D9MA 2DPEA 2WVUA 2XVPA 3GTNA 4CD8A 4P8UA 4UTFA 2WZHA 1O6IA 1C8YA 4HZ7A 4C7FA 5I23A 1E0WA 4H8VA 5AC5A 3K46A 1VB9A 1W9XA 1MW2A 2VZOA 3VIKA 1TUXA 2CERA 3SCUA 4UOJA 4GI9A 2GJRA 2BVYA 3T2OA 1UR1A 1E1EA 2E9BA 2W91A 4Z2JA 2J7HA 2VT0A 3VX0A 3WEMA 3WF3A 4Z2HA 3VDAA 3WH9A 3AIEA 5BYWA 1JXJA 4M80A 4X0NA 3JUGA 4J7RA 2G4FA 1E6QM 3WQ4A 8A3HA 1I1XA 3F5LA 5IFPA 1V02A 3VINA 5A6LA 1TA3A 1KWGA 2MANA 1H0IA 2GJXA 2Y24A 3SUUA 2AOSA 3RJYA 3THCA 1DWIM 1TCMA 1YQ2A 4UFJA 2VX4A 3J7HA 4NRSA 3AHTA 3OA5A 2J8FA 4JFVA 1TR1A 3NYDA 3T2QA 4MPKA 3RMEA 5M17A 1GZJA 4P7LA 1UWRA 3EDFA 3ZJ6A 3AIVA 5BXSA 1ITCA 3VDHA 3VD7A 3WF4A 2ZXAA 2DH2A 1BYBA 3UG5A 4AIUA 1OD8A 2YL5A 2OSXA 2PBGA 2DIEA 1UWSA 4CN6A 4JCMA 3U7BA 1BTCA 2ZUVA 2WMFA 2XUCA 2BHYA 1AMYA 2D2OA 4PSPA 3AROA 5BCAA 5JIPA 3ZR6A 5M03A 1BVZA 4HZ6A 1UR2A 1DHKA 3WH7A 1GHSA 3AHXA 1WCGA 1MQRA 4S3JA 4XB3A 2XVGA 5FL1A 4JKLA 1W9UA 1W1YA 1UD5A 2GDVA 1BYAA 2JEPA 3OGRA 1J11A 3AFBA 4R27A 3L4VA 2G41A 3IAPA 4KGLA 3WELA 2CBUA 2X0HA 1I75A 2FHBA 1J10A 2WC4A 2IXUA 4PMRA 5I2UA 3VGEA 3BMWA 1SR0A 2G3NA 1BQCA 4KRUA 3VMOA 4HMEA 5D8WA 3WF0A 3WDPP 2VTFA 2VZUA 4BQ5A 1E56A 2Y8KA 3SCWA 4CVUA 3BLKA 3B8SA 2DIJA 1N82A 3PZGA 4WIWA 1E4IA 1MFVA 1GQJA 2W5FA 2IUZA 4OBSA 4BCEA 2YIHA 1V3HA 3SURA 2W92A 1GQIA 2J7FA 1V3MA 4HOXA 1BF2A 1Q6CA 1BYCA 1GQLA 4B3KA 1IT0A 1IV8A 3A4XA 2XWEA 4LQ1A 1JZ2A 2G3IA 4QLJA 3WY1A 1OSEA 1UH4A 1KGXA 5I24A 4W7VA 2WXDM 2WNWA 2WMGA 5A95A 2QMJA 4HP5A 3D5HA 4E4PA 5M5DA 1UKQA 1HJUA 3VVGA 3RPMA 1VJZA 4LGXA 3VD9A 5EBAA 2DSVA 1DWAM 3BH4A 4E8DA 4CD5A 3KE0A 1RP9A 3W25A 1UOKA 2EPKX 3WEZA 3UCQA 1OT2A 4AZ6A 3ZT7A 2D0GA 4M81A 1GVIA 4J3TA 3VM5A 1G5AA 1GOMA 2EPMX 3VO0A 1Q6EA 3NIYA 3BCDA 3WD3A 1K9DA 4UQBA 4FLQA 3AZRA 2A3BA 5C70A 3AIBA 3I3EA 4MNLA 3WD1A 1EIBA 4MNMA 4AD1A 1XRVA 3N17A 4CN1A 4PMVA 2VX5A 4UFMA 3KWXA 1E6ZA 1U33A 4KRTA 3LPPA 4DWSC 4F66A 3VIOA 2VURA 1FH7A 4GZEA 4J3XA 4MB5A 1GNXA 2J7EA 1H41A 1H49A 3GNPA 5TD4A 2WBKA 1WB0A 3BAJA 3ARYA 1CGVA 8CGTA 1QNPA 2CBVA 2V38A 4PTWA 4OBRA 1D7FA 1R87A 2QF8A 5JBFA 2ZXBA 1J18A 3A47A 3WDQA 1NWRA 5DMYA 4MTVA 4F8XA 1R7AA 2FH6A 2PBOA 3WDRA 1UA7A 3ZJ7A 1NWTA 1XD0A 1W2VA 1JZ8A 3AIQA 4XZBA 4TOQA 2CETA 4CN4A 3B9DA 2JF7A 5FIPA 4UQEA 2OSWA 3ARUA 3WEOA 4J3SA 1P6WA 2VJXA 2VRKA 3EMZA 3ARSA 2O9OA 1NQ6A 1MQPA 2X1IA 4WJXA 3AS0A 3DC0A 2YL6A 4MB4A 2WAGA 3L2LA 2CKRA 1OBAA 1B3VA 4V2XA 1ZBVA 2DT3A 1VBRA 4AEEA 4H2CA 4PYSA 1KFWA 3UESA 2AAAA 1QHZA 1GUVA 2W61A 3E1F1 3IAQA 2BXZA 4GZJA 1V6YA 4MAZA 1QBBA 1M7XA 2VRJA 2JIEA 3CZKA 2YL9A 2PC8A 4AY1A 1VENA 1VBUA 5CPSA 2WBGA 2G8ZA 2VZVA 1UA3A 2BS9A 3FAXA 5D9PA 4CUCA 3CZLA 1EQCA 1WDRA 3L4WA 4PCSA 3UETA 4C7DA 5A8PA 3MSDA 3BMVA 5D9OA 2XVNA 1E4MM 4OOUA 5CXPA 3DHPA 4GINA 1VFUA 4Z2KA 1V08A 2VX7A 3RJXA 2QHAA 2OSYA 1FH9A 1HP5A 1JF5A 1K9EA 1UD8A 2FHFA 1FP8A 4H7VA 3WQ5A 1EDQA 3D3AA 5HOSA 3ARZA 3AHYA 1G1YA 3PBGA 2X09A 4XX6A 1ZBKA 2CCRA 3OZPA 3BLPX 4QDMA 1G0CA 3PTKA 1UR0A 2DT1A 1JF6A 1RH9A 1GOOA 4QLKA 2W67A 4GXPA 4J27A 4PRWA 1R7OA 1XCWA 2C7FA 4MADA 3W37A 3BSHA 5I77A 1F4AA 1OINA 1LWHA 1MWOA 3BC9A 2EO7A 3WL0A 1ZJBA 4RL3A 3N18A 1J9YA 4GIAA 4LYRA 4U2YA 3VPLA 3ARRA 1MXGA 1KQYA 2D23A 4LXFA 2V3GA 3KEHA 1PAMA 1WPCA 3N04A 2W66A 1U30A 1CYGA 4WKHA 4PSRA 3GXIA 1HJWA 5E9AA 1V0LA 3OB8A 5I5RA 3CZGA 5KEZA 5ABGA 2F61A 2XWDA 1MW1A 1V6WA 3GM8A 1C92A 3AISA 1TMQA 4H04A 1CZ1A 2XSBA 5D8ZA 3WMCA 1UQZA 3APGA 4RE2A 5HBFA 3VOCA 1HN1A 3PZVA 4D6EA 4EE9A 1XYZA 2E40A 2WPGA 3UR8A 3VIGA 3AZTA 3LPFA 1ISVA 2VZSA 1TFVA 1WKYA 2W62A 3LMYA 1GOIA 5A2AA 2ZWYA 4E2OA 1BLIA 3IK2A 5AY7A 3VNZA 4UOZA 4CKQA 2NW0A 5A6BA 3AMCA 2WCAA 4DM1A 3FNDA 1YHTA 4UFLA 3NCOA 3WH5A 2J75A 2JFEX 4U33A 5CQ1A 3ZT6A 1MW3A 3UG4A 1QVBA 5BXTA 3EBVA 2AMGA 3FY1A 3OG2A 1KGUA 1QPKA 1UD4A 2BXYA 3FHQA 3L4YA 3W28A 3TA9A 5CZKA 4CD6A 3ARTA 2EPLX 4IPNB 1QNRA 4W7WA 2XSAA 4W88A 5ABEA 3L4TA 1FP9A 4RE3A 3VNYA 3ZO9A 2VNCA 2WM0A 3F5KA 1E6RA 4X0VA 1NARA 5EFFA 1HKJA 5HXMA 3VX1A 2J79A 3WF2A 3PZOA 1GOKA 1UKOA 4P7RA 1EO7A 3VIFA 1JL8A 4D6FA 2ZE0A 2ZUMA 1JNDA 5DF0A 3VD3A 1ESWA 4WK9A 2ZOXA 3ZSTA 2VL4A 1ISZA 2J78A 5A6JA 2YA0A 3AICA 1PX8A 3W81A 3QHOA 5A6BD 2BV9A 2DSUA 3M07A 1XSJA 3CMGA 5JBDA 4W84A 2Y2WA 1IZJA 3GDBA 1ZS2A 1W9VA 5BWFA 4UFHA 1WO2A 3FXYA 3AMKA 5IFTA 1G94A 1J0IA 2VVSA 1O7AA 2VCCA 3T09A 4J3WA 1X6NA 2DSZA 2ZUTA 1E55A 4H41A 1LL7A 3ZT5A 3EDJA 4TTUA 3AS1A 3VGGA 2EPNA 1JYXA 3ZQ9A 1UR4A 1UZ1A 4HPHA 2WK2A 5A8NA 1AVAA 1LL6A 1ODUA 3GH7A 2ZUSA 3TTOA 1E6NA 3T0AA 2WHMA 3RM9A 1UUQA 5EFDA 3NDYA 3ZJ8A 1Q6GA 1BG4A 1K6AA 4U5KA 2ZX5A 4OOZA 2BHZA 4HU0A 5FCZA 5GNXA 4NRRA 4KH2A 4PMNA 1C90A 1M53A 2JEQA 1V03A 1C7SA 1U2YA 1JZ4A 2BFGA 3NUKA 5CLTA 3MMUA 1BVNP 6A3HA 1XCXA 3AHZA 3SCSA 1LJYA 3EDEA 3WNOA 2X8RA 2WZIA 2XIIA 4PCTA 2E9LA 3ZOAA 1QI3A 4JL2A 3VGFA 4U31A 4Z2LA 2WWDA 3K4AA 1XC6A 3WQVA 3GH5A 4UNIA 1AQHA 3O2LA 4Z2GA 1J01A 1TE1A 2YJQA 3GNRA 2YA1A 1PPIA 2D0FA 1KCLA 3CLWA 2WLYA 1ISXA 5A8MA 5A6AA 2E3ZA 1AQMA 1MQQA 3G6MA 3AIWA 4AD3A 5CSYA 5BXRA 1A3HA 2VUYA 3VDCA 5CG0A 3WBEA 3DHUA 1QBAA 1CXIA 1UKSA 3UEQA 2GK1B 3TTQA 2E8ZA 2O9TA 4HA3A 2DGAA 3ARWA 2WZEA 3RDKA 2YDSA 3BAWA 4M8UA 4M56A 3G6LA 3AIRA 1XV8A 3S2CA 3NDZA 2J74A 3N9KA 3CHDA 1JFHA 2V5CA 1SMAA 1HJQA 2WSKA 5M3WA 3WF1A 2YKKA 1KCKA 1HT6A 1XH1A 3BSGA 5LA2A 4AWEA 1E71M 2Y8VA 4UOQA 2XM1A 3WUBA 4TVDA 1CLXA 3QGVA 2O92A 3U7VA 2O9RA 1B3ZA 4U3AA 5D9NA 3QHMA 3WENA 7A3HA 1PEZA 3WMBA 1GHRA 3ARPA 3RM4A 1E4NA 2Z1KA 1EH9A 4D1JA 1HVXA 3CO4A 3ZMRA 2QLYA 1UWQA 1XD1A 3ZIZA 3A3HA 2Z1SA 3F4VA 4HTYA 2XVKA 2ZXQA 4W7UA 4A3YA 3II1A 1QI2A 2EJ1A 2YLAA 1KXQA 2BY3A 3ALGA 2BY0A 2CIPA 2V3EA 1EOKA 2D3LA 3TTSA 3KZSA 1CGXA 2D0HA 5IDIA 5E09A 3AHVA 2C8NA 2UY4A 1VIWA 1LLOA 1US3A 1ZB5A 2D1ZA 1VF8A 5HPOA 1J12A 4BQ3A 1ZJAA 1QW9A 1CXLA 4J28A 4NSBA 1CTNA 3WL1A 2WVVB 4WSKA 3L4UA 4PTMA 1DP0A 4CCEA 3WN6A 1GVYA 4WLCA 2EPOA 4W5UA 2OLHA 3BAKA 1VFFA 2XTKA 3F5JA 2XFFA 3FHAA 4PN2A 3CUHA 3WNKA 1PIFA 2ZICA 2XJ7A 3VIMA 3VU2A 1HX0A 4H8HA 4JCLA 5A6SA 3VIIA 2EEXA 4K68A 4DM2A 4CCDA 3OIHA 4B15A 4D72A 1JAKA 1LWJA 4FF5A 1GOWA 5DO8A 4PMZA 1W3JA 1VEOA 2Y4SA 1CNVA 4UR9A 2WHLA 3BXWA 4UQ9A 4W85A 4RE4A 3VGDA 3N1AA 2WCSA 1UG6A 1JNEA 3T08A 4P7NA 1XH0A 3KL5A 1JD7A 2GJPA 4AD0A 1W1TA 1ZBWA 1WE5A 1JIBA 2X05A 3W0KA 1R85A 2GSJA 2ZUUA 4XV0A 2TAAA 2Q8XA 3B9AA 4EANA 1C7TA 3IJ7A 1JYVA 2WC7A 5GPRA 4ACZB 4NI3A 4FLSA 4IM4A 1V0KA 1J0YA 3AI0A 3CGTA 4MAVA 2CBIA 2GUYA 3WDHA 2YOCA 5D4YA 1OT1A 1KR0A 2CHOA 3WIJA 1F4HA 1BAGA 2XIBA 1DEDA 3OLIA 4WKFA 5A94A 5A2CA 1JDCA 4PEEA 3TOPA 1V3IA 1W3HA 5E6ZA 2VCBA 3AMGA 3CZ8A 1NWUA 3AXIA 2GK1A 3U5YA 1CXFA 2J77A 1S46A 3N15A 4AD5A 4UCFA 1CIUA 1UHVA 1E73M 2HISA 3GBDA 1DWFM 1W3LA 4GO9A 3TONA 3L4ZA 3K1DA 2WMIB 1EGZA 3MMDA 3CZEA 3L2MA 5I3DA 1Q4NX 4UFIA 5BXPA 2O9PA 1MXDA 3NSMA 3CUFA 1QNQA 1Q6DA 4UQAA 2FGZA 3IANA 3PTQA 5A69A 2A3CA 1EDTA 4UQCA 4S3KA 4CU8A 1C93A 1PZ3A 1V0NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MW2 A;  1MNS A;  3UWE A;  2CER A;  3SCU A;  4R33 A;  2BVY A;  2E9B A;  2W91 A;  1I0B A;  3R10 A;  1BTM A;  3VUS A;  5I3K A;  3VDA A;  3TYZ A;  4C6O A;  1LOS A;  4IIC A;  5G4H C;  1A5A A;  1H61 A;  4O2T A;  3Q58 A;  2PAJ A;  3JUG A;  3WQ4 A;  4C6L A;  2PDQ A;  3USB A;  1V02 A;  4YVP A;  4NYU A;  1KWG A;  1LOR A;  3SUU A;  3RJY A;  2BG5 A;  5HUO A;  3MSY A;  1TCM A;  3VDG A;  1YQ2 A;  2PGW A;  2GVE A;  2R9R A;  3LDV A;  3MMT A;  3VOJ A;  5CEW A;  2VX4 A;  2RHG A;  4US5 A;  3MYP A;  5FJP A;  4JFV A;  3NA8 A;  3P93 A;  3T2Q A;  4MPK A;  3RME A;  4DRJ A;  5CZ0 A;  1GZJ A;  1JVN A;  3W7O A;  1Q8J A;  2JGY A;  3K30 A;  3ZJ6 A;  1E1C A;  1EYE A;  2C18 A;  3KBS A;  2M08 A;  1GT8 A;  3LD5 A;  2ZXA A;  3WF4 A;  2DH2 A;  3L68 A;  4CNN A;  2YL5 A;  2VYO A;  2PPG A;  4UDM A;  3FDK A;  2ZTK A;  3N6H A;  3QEZ A;  1FX6 A;  2PBG A;  3GKA A;  1UWS A;  3NPU A;  2ZVI A;  3GR7 A;  3ELF A;  2D2O A;  2VDG A;  3MCM A;  2ANU A;  3C5Q A;  2IKI A;  3BJT A;  5JIP A;  5M03 A;  3WFA A;  3PAO A;  4GX8 A;  4HHL A;  1KNW A; 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 1W17 A;  3N29 A;  2CXE A;  1FWR A;  1WUE A;  4TX6 A;  5FL0 A;  4DWS A;  1P5Q A;  4X63 A;  3BW3 A;  2EXO A;  4JFU A;  1U5H A;  2HCV A;  1ZL1 A;  3MT1 A;  1US2 A;  2GGJ A;  1QOX A;  2HBX A;  1A47 A;  1TML A;  1FH8 A;  1GJW A;  3M7S A;  1S5V A;  1BF6 A;  4IPI A;  4NZC A;  4M24 A;  1JEZ A;  3W83 A;  3VNM A;  1FA2 A;  3M47 A;  3H2F A;  5A6K A;  1KBJ A;  4RJE A;  1VIZ A;  2LKN A;  2X2G A;  2JE8 A;  3RLG A;  2D24 A;  4HNO A;  3PBU A;  1FDJ A;  2TMD A;  4GO8 A;  4OT7 A;  1AW5 A;  5G4W A;  3CHC A;  5I09 A;  1UBS A;  3UCC A;  2JKP A;  4QG8 A;  2DG4 A;  2X1T A;  3OZM A;  3BE7 A;  2A0N A;  1BGG A;  3L9C A;  3VCN A;  5C2X A;  3HU7 A;  5LIK X;  4AG0 A;  2VEK A;  4HB7 A;  3RCY A;  3WDJ A;  4M51 A;  3LRM A;  3FA4 A;  3REQ A;  3G3D A;  5MF5 A;  1RD6 A;  5AC7 A;  1KBK A;  4X2R A;  3A23 A;  4XKY B;  4YNG A;  1PCK A;  4WDW A;  3F4N A;  3SCO A;  2C19 A;  2NUY A;  3ABQ A;  4RNI A;  3UVA A;  3C2Y A;  4JTT A;  1JNT A;  4L9X A;  3LS9 A;  2CKS A;  3T0T A;  4K6A A;  3PUL A;  1KGW A;  3HJE A;  2VFH A;  1OFP A;  1EX1 A;  3DEC A;  4MY1 A;  2PDM A;  2DT0 A;  2P8B A;  1E9Y B;  1KKR A;  3UG3 A;  3SCQ A;  1NM9 A;  1FOB A;  3BLI A;  3ZM8 A;  2L5H A;  4CCZ A;  1W54 A;  4XQ6 A;  3INP A;  3OLG A;  2C16 A;  3MU7 A;  4JX4 A;  1U5V A;  3TLQ A;  3OTR A;  1GCY A;  2JBM A;  1FBA A;  1Q6H A;  4DJD A;  1TTP A;  3PJX A;  4XD6 A;  5ABT A;  2CLM A;  4LCS A;  2ZX9 A;  1LQ0 A;  1ESW A;  2ASH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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