1SR0 | Genus

Total Genus 116

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	361
structure length	361
Chain Sequence	YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__123023284343506__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__123023284343506__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1SR0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__123023284343506__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"123023284343506","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1SR0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__123023284343506__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc0984c642c33d9434905a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc0984c642c33d9434905a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc0984c642c33d9434905a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc0984c642c33d9434905a/pdb.gz): 229 ms

reading 361 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

361 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:360});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Unknown function
source organism	Ovis aries
publication title	Crystal structure of signalling protein from sheep(SPS-40) at 3.0A resolution using crystal grown in the presence of polysaccharides rcsb
molecule keywords	signal processing protein
total genus	116
structure length	361
sequence length	361
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-03-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	1sr0A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1sr0A01

2VCCA 4H8UA 2VMFA 3MSGA 1Q6CA 3FAXA 3GM8A 5FCZA 1ITCA 1GJUA 4CD8A 3W26A 2PWGA 1E6QM 4UQBA 1AMYA 1QW8A 2YLAA 4UQ9A 2NSXA 2O9OA 4MAVA 4CGTA 2FGZA 3KEHA 1GCYA 3WD1A 1B30A 1JGIA 3M6DA 3RM8A 2V3GA 1NWSA 1FH9A 5A2CA 3SCQA 2OLHA 3T2OA 2X05A 4QAWA 5C70A 5EFDA 2FHFA 3W29A 3AZTA 5ECUA 2FGLA 2A3AA 1J0IA 4CD5A 2GUYA 2ZXBA 3GH7A 4RE4A 4AXNA 3ARYA 4LGXA 1MYRA 1AQMA 3N9KA 3OZPA 2QHAA 3VM7A 5A8QA 6CGTA 5HPCA 2J47A 2Z1KA 2FDMA 4W84A 3BXWA 4GXPA 2ZIDA 5AC4A 5D4YA 2XIBA 1V02A 5IDIA 2WSKA 4NF7A 2WCSA 1XSKA 1GOOA 4WLCA 3EDFA 3AS3A 1E3XA 3WBEA 2EEXA 3WUFA 5TD4A 5HNNA 2NW0A 4UOJA 3ARTA 4PCTA 4MB3A 3WIJA 1KCKA 1CXHA 2Q8XA 1JYNA 1LF1A 8CGTA 5A6KA 2OSWA 3BCDA 1JZ4A 3WMCA 1HN1A 5A8MA 1PPIA 5JIWA 3WMBA 3O6AA 2WKLA 3LMYA 1VJSA 2AOSA 2WMFA 3FXYA 2GVYA 1E1FA 2G3IA 4AD2A 2XJ7A 2EPKX 3K46A 5I77A 2BXZA 1G5AA 1TFVA 1ZU8A 1QHZA 2W67A 1DEDA 4RE2A 1VF8A 2Y24A 1HVQA 3GNRA 4PCSA 5I0DA 2OYLA 1QNOA 2J7CA 3GZAA 4W7VA 5M5DA 4UFIA 1W9UA 3ARWA 3WEMA 1TUXA 4M29A 3ALFA 1HL8A 3VIGA 2W92A 3CBWA 2J78A 3OB8A 1KWGA 1BPLB 4AEFA 3A6OA 1JNEA 4AW7A 1B3WA 1EO7A 4D6DA 1NOWA 4NRRA 4KRUA 4JFUA 3I3DA 1UD5A 3OGSA 1E0XA 5D8WA 4D6IA 1NOUA 2FH8A 4HA3A 3E1F1 1HP5A 1GNXA 4JIEA 4Z2IA 2W62A 3OIHA 3MANA 1JZ7A 3VIFA 1BHGA 3MUIA 1E6ZA 1KR0A 3MSDA 4C7DA 1E55A 3TOPA 3BGAA 4GQQA 4UOQA 1B3ZA 3AISA 3VILA 1ISYA 2EPLX 1TG7A 3AICA 4PTMA 2Y5EA 2DGAA 4UZSA 2AMGA 4JFWA 4D6HA 5AYBA 1MWOA 3U7BA 4OKDA 1W9VA 4LPCA 1OT1A 1ZS2A 2OSXA 3AS1A 2PWDA 1GOMA 1D2KA 1GOKA 5A94A 1H5VA 1AQ0A 2WWCA 1SMDA 1GONA 3N12A 1GQKA 4F9DA 1JZ6A 2WNWA 1C90A 3FY1A 1OD0A 4TVCA 1BYAA 3T0AA 3WELA 3MMWA 3N04A 4TVUA 1W3KA 5GNZA 3ZMRA 4MDPA 4UQAA 3PZQA 1BTCA 1EDQA 3W6MA 1HJSA 1UWRA 1UQZA 4PTVA 4UZUA 3EDEA 3G6LA 5CJ5A 1R86A 3VIJA 3WKZA 4MJ4A 4GO9A 2G8ZA 3BAJA 5A1AA 4AC1X 3NSXA 3GYCA 3PTQA 3PZGA 2C8NA 4W8AA 5E09A 4TTUA 4E4PA 5D9OA 1G94A 1TMQA 3A4AA 1HJUA 1KBKA 3FHQA 1E4MM 4GPNA 4QLLA 1VJZA 2F61A 1XYFA 3WH7A 5A6BA 3UG4A 1VENA 1W1TA 1UD6A 5CG0A 4E8CA 1UR8A 4TX6A 1HNYA 5M17A 5A3HA 3ARSA 4GKLA 3VD3A 1KXHA 5CPQA 4MAZA 2WLYA 3BH4A 2RGMA 4DWSA 2VCBA 3CUJA 3EDDA 3ZO9A 3QHNA 1HP4A 1ODUA 5F7UA 1GQLA 2VT0A 1B90A 2C0HA 3OLEA 3WNOA 1V0NA 1E15A 5A69A 4UNIA 2QV4A 4N0RA 4J3UA 2XUCA 1UR4A 3CMJA 4BCEA 1TVNA 1HXJA 1V0KA 2HVMA 4OBSA 1D3CA 1JDDA 4JKLA 1CGYA 4EK7A 1RD6A 3RCNA 1ESWA 4Z2HA 1MFVA 3WEZA 2VVNA 3VNYA 4IISA 2XFFA 1KQZA 3OLIA 4PMOA 1CNVA 2J25A 2GJPA 3WENA 4QDMA 4D6FA 1QI4A 4FLQA 3LPPA 4ZE5A 3VKKA 4JZ5A 4BA0A 1J0ZA 2DSWA 3PZMA 4XV0A 1H0IA 1QI5A 1XH0A 3QHMA 4TUFA 2VO5A 4LYPA 3VOCA 3PZOA 1E4LA 2ZXAA 1JNDA 5E70A 5LYRA 1GZJA 2WHMA 1S46A 3FNDA 4W8BA 4AIUA 5FL1A 1UA7A 2WZHA 5E6ZA 3AIQA 4EE9A 1H2JA 1BYCA 2XWDA 2Y8KA 3W82A 2WZEA 6A3HA 3CIVA 4J3TA 1E43A 1PX3A 4PEEA 1QW9A 1PZ3A 4J7RA 2CETA 4PMZA 4D1IA 3GBEA 2PI6A 1G9HA 2WYSA 3VIKA 3W0KA 2OSYA 2CHNA 2GDVA 3DYOA 4E2OA 1MW2A 3CZ8A 1GOWA 3RJXA 1N82A 2YA1A 3VIIA 4A4AA 1W1PA 5BWFA 3VDCA 3AQUA 3VD5A 4CCCA 1RP9A 2PWFA 2J77A 1CLXA 1W2PA 2B31A 3BCFA 1WDQA 4KRTA 1V3IA 1H11A 2VX4A 3ARUA 4HMEA 1V03A 1LWHA 3GXFA 2UY2A 2G3JA 1NARA 5A6SA 1X1NA 4PMVA 2CNCA 1WZAA 1UKTA 4ACZA 1QHOA 4W7UA 3KWXA 3SEPA 3T08A 2XHYA 3N15A 3CHDA 1A47A 4NI3A 3POHA 2DSKA 1EDTA 2WVSA 1G0CA 3K8LA 2W4XA 1CTNA 2J7GA 2V3FA 5A8OA 2BY1A 2WXDM 2XIIA 3POCA 1PJ9A 2EXOA 2BFGA 1GOIA 3L4YA 3IJ8A 3WNLA 3APGA 3JUGA 1M53A 4OOUA 1JF5A 2IUZA 4J3VA 1KB3A 1UKPA 3U5YA 2JEQA 2W91A 4CD4A 3QOKA 3RIKA 3CO4A 2DSVA 1V3LA 3VD4A 1OB0A 2CCRA 2JEPA 2W61A 5C71A 4N42A 1W9BM 3FW6A 1LL6A 4AWEA 2F8QA 2A3BA 1QNPA 1CYGA 3AXXA 4CN1A 3NCOA 5LA0A 2D2OA 4KGJA 1EOKA 2BVYA 2WC4A 1H1NA 4PRWA 2J7EA 1J01A 4M81A 1UZ1A 2XGIA 5KEZA 1V6XA 1OCQA 1CDGA 2VOTA 4AZ6A 3WF0A 1PEZA 1JI2A 1QNQA 2ZX9A 3W24A 1J0KA 3W53A 3ALGA 1JDCA 3VIOA 1M04A 3ZOAA 3M7SA 5BRQA 1JF6A 5ABGA 2UY5A 4J3XA 1CGVA 3L4XA 3CZJA 1JXJA 2J7FA 3ZR5A 2D22A 3T0DA 1E6PA 3PTMA 2XPKA 5BCAA 1XHGA 3N13A 4TVDA 2DT0A 6TAAA 3VDHA 2CBUA 3VU2A 2VCAA 1DWJM 3MO4A 4PMNA 1UHVA 4URIA 1ZJBA 1KCLA 2DT1A 1L0PA 3RO8A 2PWEA 3FAWA 1J0YA 4RE3A 4PUDA 3WD4A 4W85A 4V2XA 1UWSA 3ARRA 4HMDA 2YL8A 2CYGA 4ATDA 4S3KA 3MUAA 1LJYA 1KQYA 1XGZA 2FH6A 5DFAA 4CKQA 2BNJA 1WE5A 2GFTA 1BYBA 3I3EA 4CU8A 2YL6A 5E0CA 3WFZA 3VIHA 2QPUA 3UR8A 1JZ5A 5IFPA 3AIWA 2VNCA 1MQPA 2ZWZA 3A4WA 3PZVA 7A3HA 1WZKA 4J27A 5CXPA 1P6WA 3RDKA 1DWIM 2ZUMA 1E71M 2OYMA 5IXEA 2PBGA 4WJXA 2YIHA 1QPKA 4AZGA 1V0MA 3F5JA 2O9RA 1GVIA 2WC7A 5HOSA 5A2AA 2BHYA 2VTFA 3TTQA 1B31A 4B3KA 1NQ6A 4W89A 1KGWA 4QFUA 1W3JA 1VBUA 4WK9A 1MQRA 4BQ3A 4Q7NA 3PZ9A 4M1RA 4MNLA 1J10A 4B15A 2MANA 3PZIA 1JI1A 1QBAA 1ISXA 2J74A 3GH4A 5FIPA 4AD5A 1HJWA 1HKJA 4NZCA 1MW1A 1E56A 3SIMA 3W38A 5FOOA 3MUY1 1WPCA 3MMDA 1DTUA 1PIGA 4JKMA 4AEEA 3CZEA 3U57A 1KXTA 1US2A 4H7VA 4V27A 5BXPA 1KGXA 1H3GA 2VC9A 3D5HA 2ESCA 3VMPA 2WKGA 1G01A 1ODZA 4WKAA 1E6XM 1FHLA 2ZX8A 2WVUA 1Y7VA 4AZ7A 3HJEA 3VMOA 5A8NA 1YQ2A 5I24A 4YN5A 1E5NA 1JZ3A 4A3YA 3I3BA 1L8NA 3K4AA 3WQ5A 3SURA 1C7TA 4WKHA 4Z2JA 5ABHA 4B9ZA 4BQ5A 2PB1A 1B3VA 4W5ZA 3AYSA 1OT2A 3GNOA 4CVWA 3BSHA 3UERA 3EYPA 3RMEA 4HPGA 3W4RA 4YHGA 3UG5A 2PBOA 5LA1A 1TA3A 1SFSA 1GHRA 2WMJA 1TA3B 4DM2A 4UQEA 3WF2A 4QCEA 2QMKA 1V6VA 5IHSA 4MPKA 2E9LA 1QOXA 2XSBA 1F4AA 3CTTA 3IANA 1OD8A 1HX0A 3SUTA 3W37A 3WQWA 3BMVA 4F79A 4HTYA 1LL7A 4AD3A 3AIUA 1JZ8A 2WPGA 2CXGA 2VR5A 2X2YA 4UQCA 3IAQA 3L2MA 1CIUA 3EBVA 1UR1A 4B3LA 1JAEA 2D3NA 2Y2WA 3II1A 1J0HA 4CU7A 3CH9A 4GI6A 1KGUA 1HKMA 3VGHA 4DUWA 2DEPA 2EO7A 4AIOA 1GOQA 1QI0A 1HKIA 1TR1A 2BVDA 3BLPX 3WF1A 2YDSA 5JUVA 4TTGA 1GHSA 4FMVA 1X6LA 2CBJA 3ZJ6A 1HJXA 1E6SM 3DYPA 4D6EA 1E9LA 3WNNA 1AQHA 5DEZA 1BVNP 3OA5A 3VMNA 2ZICA 1EO5A 3D3AA 1C8YA 2GDUA 5KZ6A 1IZJA 2HISA 3GXDA 4FLOA 4M24A 4P8VA 3FHAA 1UA3A 1V3KA 4KWUA 2CERA 1MW3A 1WP6A 1CXFA 2VURA 1WAWA 3BSGA 3BMWA 3NSMA 4AZIA 1UKOA 5ABFA 3N17A 5ABFB 3MS8A 3RILA 4PMYA 3K1DA 2NT0A 1HIZA 1XV8A 4XX6A 1EQPA 2YOCA 1QI2A 5FD0A 1TVPA 4ZFMA 2VL4A 2WHLA 4ZENA 4GIAA 5HDRA 3WF4A 1CLVA 5A95A 1NWTA 1HF6A 4U2ZA 4HOWA 4H8HA 2ZX6A 3ZT6A 4XUYA 3LPGA 3THDA 1IT0A 4A3HA 3WSUA 3ZT7A 3EMZA 4PTXA 1E40A 3BAYA 3K8KA 4HA1A 2WC3A 4U2YA 4UFMA 1W3HA 4R27A 3DC0A 5LA2A 1CECA 2BHZA 1UD4A 2QPSA 3WEOA 1VFFA 5M3WA 3W25A 3B9EA 2WMKA 1JFHA 1U30A 2OWCA 1BGGA 2ZXQA 2YA2A 1CXKA 3SCSA 3MU7A 4DWSB 1UR9A 4JL1A 2XVNA 2VRKA 3WH6A 1WDRA 5ABEA 3RPMA 1GUVA 1HVXA 3GXMA 3ZIZA 4P8WA 1DWHM 1V6YA 4U3CA 4Z2GA 5EBAA 5JBFA 3RM4A 1RH9A 1PX8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4PUE A;  3ZR6 A;  2UY3 A;  2A3E A;  4D6J A;  3MV1 1;  2YL9 A;  2PF0 A;  5HXM A;  2J75 A;  1VEO A;  2ZXD A;  4HZ8 A;  3ARQ A;  3K8M A;  3AML A;  1NWR A;  1CGW A;  4MAD A;  1V3J A;  1TZ7 A;  2V3D A;  4GIN A;  4Z2K A;  2VZT A;  2XVK A;  4U5K A;  2XVL A;  4W7W A;  5AY7 A;  3ZM8 A;  3EMC A;  3WH9 A;  1OIF A;  1V02 E;  3VUP A;  1JIB A;  1EQC A;  3WH8 A;  3PZN A;  4YHE A;  2WK2 A;  1FP9 A;  1NP2 A;  3GBD A;  1E5J A;  5EFF A;  5CSY A;  1EA9 C;  1J11 A;  3SUS A;  4DWS C;  4ATL A;  3KL5 A;  2WHK A;  1J18 A;  1SR0 A;  1U33 A;  4PSR A;  1HKK A;  3UG3 A;  4W5U A;  1O6I A;  3VX0 A;  1FFQ A;  1XD1 A;  3J7H A;  2DT3 A;  3KL3 A;  4DWS D;  2VZS A;  1C8Q A;  5CGT A;  4UTF A;  3IJ9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2WMF A;  3NL5 A;  3UZJ A;  2V2H A;  1W37 A;  1FCU A;  2FZB A;  4DZ3 A;  2ONE A;  2XJ7 A;  4UNL A;  2EPK X;  1TQX A;  4R9O A;  2BXZ A;  3DFH A;  4LU0 A;  4NIL A;  1G5A A;  2QII A;  2W67 A;  4JTK A;  4KWW A;  2XGZ A;  4UR8 A;  1F9C A;  3W7I A;  1HVQ A;  5I0D A;  2FTP A;  4AUB A;  4HIB A;  2J7C A;  2V82 A;  3UZ5 A;  4FAL A;  3JR2 A;  5M5D A;  4S2B A;  4UFI A;  1X97 A;  1W9U A;  1HL8 A;  3BTN A;  1ZUA X;  5TAO A;  2FB3 A;  2W92 A;  2C91 A;  2J27 A;  4DO6 A;  5PTD A;  1P0B A;  4K8G A;  4R7W A;  3I4E A;  1IEI A;  1B3W A;  3LDV A;  3W9Z A;  4D6D A;  3W1R A;  2NWS A;  3I3D A;  1C29 A;  4QIB A;  1XIE A;  3LD5 A;  4ECL A;  4OBT A;  4D6I A;  4DZA A;  3UZZ A;  3CUZ A;  1HP5 A;  5D04 C;  4TYO A;  1R2T A;  1GNX A;  3GDK A;  2ANU A;  1M7P A;  3VAB A;  4L6O A;  4IFO A;  1Z41 A;  3OIH A;  1X8F A;  1BXC A;  4Q6J A;  3MC5 A;  5EML A;  3MUI A;  4TW7 A;  3IJQ A;  3MSD A;  3NZR A;  2DU2 A;  1VFT A;  4X2R A;  1M68 A;  4S38 A;  2M2A A;  3Q2D A;  5FEZ A;  3QM3 A;  3AIC A;  4PTM A;  3A23 A;  1UC4 A;  2PPN A;  2Q3R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1SR0A

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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