1TFV | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	361
structure length	361
Chain Sequence	YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__270161363540915__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__270161363540915__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1TFV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__270161363540915__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"270161363540915","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1TFV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__270161363540915__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Signaling protein
publication title	CRYSTAL STRUCTURE OF A BUFFALO SIGNALING GLYCOPROTEIN (SPB-40) SECRETED DURING INVOLUTION rcsb
molecule keywords	mammary gland protein 40
total genus	107
structure length	361
sequence length	361
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-05-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	1tfvA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1tfvA01

1H5VA 3AOFA 3APGA 5D8WA 3WNMA 2RGLA 6TAAA 2A3AA 1UD5A 4YHGA 4J3SA 4TX8A 1Q6EA 5IHSA 4J3XA 3EDJA 3AIQA 3L4UA 4MNJA 4FLRA 2VX6A 2O9OA 1GJUA 2VCAA 2WZHA 2V3GA 4UQAA 3KZSA 5BXPA 4GXPA 4P7LA 2YL6A 2QV4A 3CH9A 3AI0A 1KQYA 4W7UA 4P8WA 2XSAA 3L4YA 5GPRA 5DEZA 3VM5A 3DYMA 3U5YA 2VURA 1E4LA 3UG5A 3W6MA 1VBUA 1P6WA 2J7BA 1TVPA 4HOXA 2FGLA 4HPGA 4PMXA 4PEEA 3ZJ6A 4W5ZA 4W5UA 3WNNA 5A95A 3EDEA 1UD8A 1Q6CA 4ATDA 5GNYA 2O9TA 3OLIA 2ZOXA 4MNMA 1DWHM 4OKDA 4QP0A 5IDIA 3TONA 1J0JA 1CXLA 2W92A 5GNZA 5M03A 1H1NA 3SCWA 5AYIA 2YBTA 3BXWA 5D8ZA 4BQ3A 2DSKA 1CZ1A 2VO5A 3W53A 1B3XA 3ARPA 3CHCA 2YL8A 3BSGA 5E09A 1UD4A 2WZIA 1EOKA 2BXYA 3CZJA 2VR5A 3WFLA 2VCBA 1M01A 2UY3A 3LPGA 4N0RA 4TX6A 1UD2A 1NOUA 1GOOA 2O9PA 1JZ3A 3AS3A 3WD3A 1ISVA 1FP8A 1C8XA 4NSBA 1XSJA 2WBKA 3AICA 2EPNA 2BY1A 2PB1A 1MW0A 1LL6A 2WM0A 3VOCA 4CUCA 4EAMA 1UR9A 3VGGA 1KXQA 3AHTA 4PMRA 2E9BA 2CHOA 1CGXA 1TVNA 1XH2A 3BC9A 3SUVA 2DSWA 3SUWA 2J47A 2W67A 3WF4A 3DYOA 3WH7A 1GOQA 1UHVA 4ZEPA 1GQKA 4PMNA 3RJYA 1JIBA 3MKKA 1UG6A 4ZXOA 1BGAA 1D7FA 3N17A 2VX4A 4D6IA 1VAHA 2ZX9A 1RP9A 4AXNA 3QOMA 2J62A 1VFFA 2ZUVA 1V3IA 3AMLA 3L4XA 4HMEA 1XH0A 3SCNA 1V3LA 4J3VA 4U2ZA 1LLOA 4AY1A 4W8AA 3AIUA 2E8ZA 3SCQA 4JHZA 3IANA 3WDQA 2X2YA 3AXHA 1HIZA 1VEOA 2WMKA 3FXYA 4NI3A 2GJRA 1QW9A 2V3DA 4HA4A 4EK7A 5A6MA 5FL0A 4MNLA 1HX0A 3W27A 2ZWZA 4W8LA 1E5NA 2D2OA 2DIJA 4KMQA 3UR7A 3CZLA 1E0WA 5CPSA 1C7SA 3HMCA 2E0PA 4NF7A 3GTNA 3ALFA 2Y24A 3M6DA 3EBVA 2BFGA 4AIUA 3VIPA 2BXZA 5A6SA 5A2BA 1ZBVA 1OWQA 1UWTA 1UH4A 5I3DA 2WVTA 1LL7A 3LMYA 3WY1A 1B30A 1W91A 3G6MA 3WF2A 1E73M 2PWEA 3OG2A 1E6XM 1CEOA 5E70A 2BV9A 4NRRA 4CKQA 4E8CA 2EEXA 2E9MA 1WZKA 4GI8A 5A6LA 2WAGA 1FH7A 1EOMA 2V3EA 2ZICA 4GQQA 1BYBA 4UNIA 2GJXA 1C7TA 5I78A 4MDOA 1PX8A 1WDPA 3N04A 1F4AA 3POHA 4MADA 3WEMA 1NM9A 3OGVA 1G1YA 2CKRA 1VF8A 4B9ZA 2CXGA 1EQCA 1HJQA 5HXMA 3SEPA 3VTRA 1M53A 1KCLA 1PEZA 5M3WA 3VIIA 2E8YA 2ZXBA 4AYSA 4N42A 4JHOA 2WLYA 1V02E 5EBAA 3IJ8A 3EMZA 5E6YA 3VX0A 3E1F1 3WD1A 1JNDA 4P7NA 4M29A 2XVPA 2CBUA 2X1IA 4W84A 3VMOA 2J74A 4H2CA 3VIKA 2CPUA 1G94A 1UZ1A 4AD3A 4J3UA 1W3HA 4S3JA 1FA2A 3UR8A 1J01A 2V38A 4GO9A 2WPGA 3PZIA 4DWSA 2WCAA 2GDUA 3BAJA 2JEQA 4DWSB 1E15A 1ZJAA 3VIGA 1XCWA 1UWSA 4OBSA 3VD5A 2DSVA 5D9MA 3PN8A 1GONA 5BROA 1VIWA 1W9VA 4MNKA 1MQPA 2WC4A 1FOBA 4PMOA 3RJXA 4D6JA 1UYQA 1E43A 1WDRA 1GQJA 2CHNA 3PZQA 3ARWA 2YJQA 1UWRA 5IHRA 3VD7A 2YOCA 3D5HA 4ACZA 1PPIA 3GH4A 2XFFA 1ZBKA 4PMDA 4ACZB 1W2PA 3GXFA 1XD0A 3GXDA 3FHAA 1RH9A 4BA0A 1E71M 3KL3A 3GH7A 2ESCA 3I3EA 1CXFA 1QNPA 4W85A 3WNLA 3F5KA 2JEPA 3OGRA 3SIMA 2C8NA 1GQLA 1CWYA 3NIYA 3MO4A 3MU7A 4BQ2A 2O92A 1OD8A 3PTQA 2YL9A 2VZVA 4LGXA 1JF5A 3GM8A 1QOXA 1JDDA 4ZE5A 5A6KA 2CERA 4CD8A 3WUBA 5JIWA 5JH8A 4MPKA 1JZ2A 4LPCA 1B2YA 2VCCA 4CVWA 2J4GA 1S46A 5BXTA 2D0HA 4B16A 2WLZA 1CTNA 5KZ6A 3TTOA 1UWIA 3L4ZA 3SUSA 4IISA 4Z2IA 1E6RA 2ZUTA 1NOFA 1ZJBA 1H11A 4RL3A 1CXIA 4D72A 1GOWA 1I75A 3CLWA 2VRJA 1XV8A 4D6EA 5ECUA 1PX3A 4QCEA 1J0KA 2GUYA 3TTSA 5BWFA 1CGYA 3HU7A 2XJ7A 2J7GA 3BGAA 2V3FA 2WVVA 1B1YA 4M81A 1QBAA 2XM1A 3NSMA 2XGIA 3AHXA 2WVVB 1X6LA 2WWDA 1TCMA 4Z2LA 4WSJA 4BZYA 1TFVA 3SCSA 1B0IA 1E0XA 5E6ZA 3N11A 5BXRA 3KE0A 1HXJA 2FHFA 3POCA 5A2CA 4E8DA 4HMDA 3RM4A 4AEEA 3K8KA 4CD4A 2XG9A 3CO4A 4Y7EA 3FNDA 2EQDA 3A4WA 3VVGA 4AZGA 4WKAA 1O6IA 1OB0A 1V08A 2HISA 2J7HA 1X1NA 1W9XA 1G5AA 2CESA 3ALGA 4AZ7A 4Q22A 2FHCA 7TAAA 1V6XA 2DH2A 1IZKA 2DIEA 1ZU8A 4M1RA 1U33A 3PZMA 1JD9A 1VEPA 2WVUA 3W24A 4WKFA 1JZ4A 1W1VA 1SMAA 4MDPA 3WDJA 3WD2A 1V03A 1WAWA 1GPFA 1E55A 1FH9A 1B31A 1MXDA 3N9KA 2G3IA 4Z2HA 3CUFA 1HT6A 3AJ7A 3CUHA 1FHDA 3SUUA 1GORA 4HOWA 5I6SA 3D3AA 3GNRA 3CUGA 4F66A 4LXFA 1XYZA 4TVCA 3BAYA 5CPQA 4OBRA 4WK9A 3AIEA 1JF6A 1Q6GA 2WCSA 1NOWA 3WD0A 1MFVA 5BCAA 3HJEA 3PZUA 1FHLA 4H8HA 4BCEA 5AC4A 3CHFA 1X6NA 1QI2A 1NWSA 1K9TA 3SCUA 4GIAA 3VGBA 4AISA 4CCEA 4E4PA 3JUGA 3KL0A 4AZ6A 2YDRA 1VBRA 1AQHA 1BTCA 2MANA 1E3XA 1NP2A 4KH2A 4TTGA 1GHSA 4J28A 2G3MA 4V28A 1UWUA 4UOJA 4QCFA 2CNCA 3EYPA 3GYCA 4F8XA 4ATWA 3FN9A 3NSNA 1UD3A 2J25A 1D3CA 1V3KA 4MB4A 4KRUA 3N15A 3IAPA 1JDCA 2JF7A 3BMVA 4XB3A 4V27A 1AQ0A 2VJXA 1ZBWA 5CZKA 2J77A 2X0YA 4KGJA 1CNVA 7A3HA 2ZX5A 4DUXA 4MB1A 2BHUA 2JE8A 3WH8A 2DGAA 3PHAA 1W32A 1E40A 4GKLA 1RPKA 2VX5A 3BH4A 3AROA 3UESA 4C7FA 4B3LA 4XUYA 3K4DA 3WQ8A 2J75A 5F7UA 4AZ5A 4B3KA 3AXIA 4PMQA 2XWDA 4XZWA 3RIKA 2C0HA 4D1JA 2VZUA 4HMCA 1OSEA 4QDMA 1RD6A 3T2PA 5CG0A 1DWFM 1J0HA 1JFHA 1DTUA 2F8QA 4DWSC 1GOMA 3ZM8A 1HL9A 1YQ2A 3WH9A 1JAEA 2WWCA 2YIHA 2XM2A 3FAXA 4AZCA 3B9DA 3S6TA 1QBBA 4AZCB 4RE4A 2PWGA 1LWJA 1YHTA 1PAMA 4D6DA 4HZ7A 4P7RA 4LQ1A 4F79A 1WDQA 1EH9A 1JGIA 3W38A 2WSPA 3AZTA 3I3DA 1J12A 3WEOA 3TTQA 5DO8A 3VDAA 2PBGA 2A3HA 3AQUA 3S2CA 1KBKA 1BHGA 4CU7A 1R7OA 4AD2A 4OOUA 1JYWA 4W87A 1PZ2A 2JF6A 2BY2A 1Q6FA 3U7BA 3VDHA 1CGVA 3BCFA 2WSKA 3EMCA 3SURA 1OINA 5EB8A 5M17A 2WBGA 4EE9A 1EA9C 4H7VA 1QNQA 3AHVA 5A3HA 3DHUA 5CQ1A 1HJSA 3GZAA 5FKYA 1TR1A 4AC1X 2UY5A 2DH3A 4QLLA 3TOPA 3ARTA 4WIWA 2YDSA 2DT1A 1HVQA 2ZX6A 4W7VA 3OZOA 4C7DA 1HKMA 3ZJKA 2OSWA 3B8SA 1UKSA 4PRWA 1W3LA 2X0HA 2QLYA 4IPLA 1E72M 4UFHA 2IUZA 4JFSA 4AD1A 3AFBA 5JBEA 4CD5A 2ZXAA 2ZWYA 2WKLA 4U5KA 1C93A 4BF7A 4AMCA 1EIBA 1FFRA 3VIMA 1BSIA 4JZ5A 1LF1A 4DUVA 4TTUA 4M56A 3I3BA 3CBWA 2VVNA 1A3HA 5A8PA 1C3FA 3QOKA 4PYSA 2OYKA 3MV01 1EHAA 4ZFMA 2W66A 4JL1A 4P7QA 1WKYA 3VUPA 5D9PA 1JI2A 2ZUMA 2GSJA 4U2YA 1JXJA 4CGTA 3WL1A 2EPKX 2QF8A 1Z32X 5JUVA 1UR2A 5JBDA 2XSBA 1ISWA 1J11A 1ODUA 2VC9A 1VJZA 4M80A 5GQBA 3F5LA 1G01A 4PTWA 1M04A 1BYAA 1XYFA 1WNOA 1B90A 1QPKA 1SYTA 1JZ6A 3WQ4A 1JZ5A 1KBBA 1WO2A 2WYSA 2VQTA 4X0NA 1BG4A 3AYSA 3WN6A 3CUJA 3ZJ7A 3VNZA 3TTYA 1E5JA 2PF0A 4W89A 9CGTA 3VIHA 5A8NA 4DUWA 4MB5A 3WF3A 1GHRA 2XGBA 2ZUSA 1KXTA 2CYGA 2RGMA 1C8YA 1DWJM 1KGXA 3PBGA 1VFUA 3WL0A 3AISA 2AOSA 2BVDA 3K8MA 1LL4A 3O6AA 4YHEA 4KGLA 2ZX8A 2J7DA 3M46A 2PI6A 2NSXA 3WDIA 2CBIA 2G4FA 2GJXB 1QI4A 3W37A 1HJVA 1E4MM 3VMNA 1BQCA 5AC5A 4GINA 3A6OA 1NWUA 1QNSA 1GOIA 3VD4A 2G3JA 4CCDA 2OWCA 4AIEA 3ARSA 2VZSA 1FH8A 3BSHA 1L8NA 2QMKA 4ZENA 4JFUA 4F9DA 4FLQA 3RO8A 3PZ9A 1KXHA 2GDVA 1MVYA 1XGZA 1F4HA 2E4TA 2ZE0A 1ESWA 4EKJA 1JG9A 1G0CA 2PBOA 4U5IA 1LQ0A 2OWWA 1UD6A 3B9AA 2XTKA 4Z2KA 1WB0A 4HPHA 3AMKA 2NT0A 3WNPA 3PTKA 2GK1A 3RPMA 1RP8A 1TA3A 3VGEA 3ZT6A 5ABEA 2GK1B 1TA3B 3G6LA 8A3HA 2UY2A 4CN6A 1ISYA 3PZVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2VDG A;  1UR8 A;  3KUM A;  4N6E A;  4RUB A;  3Q67 A;  1EWD A;  2J9Z A;  3GHU A;  4D6H A;  3WQW A;  4JTC A;  3MKC A;  1GJP A;  3Q65 A;  2DZX A;  5T8G A;  2X42 A;  2BWG A;  1LRQ A;  1UOK A;  1ALD A;  4QE5 A;  1A5A A;  1VC4 A;  4HNC A;  2LGO A;  4TMB A;  5KZD A;  5H8M A;  4NL1 A;  2QCL A;  5I23 A;  4NKC A;  4B91 A;  1CLV A;  2WVS A;  1WZM A;  4ZOC A;  2NLI A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1TFVA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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