1VF8 | Genus

Total Genus 137

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	137
sequence length	373
structure length	373
Chain Sequence	YQLMCYYTSWAKDRPIEGSFKPGNIDPCLCTHLIYAFAGMQNNEITYTHEQDLRDYEALNGLKDKNTELKTLLAIGGWKFGPAPFSAMVSTPQNRQIFIQSVIRFLRQYNFDGLNLDWQYPGSRGSPPKDKHLFSVLVKEMRKAFEEESVEKDIPRLLLTSTGAGIIDVIKSGYKIPELSQSLDYIQVMTYDLHDPKDGYTGENSPLYKSPYDIGKSADLNVDSIISYWKDHGAASEKLIVGFPAYGHTFILSDPSKTGIGAPTISTGPPGKYTDESGLLAYYEVCTFLNEGATEVWDAPQEVPYAYQGNEWVGYDNVRSFKLKAQWLKDNNLGGAVVWPLDMDDFSGSFCHQRHFPLTSTLKGDLNIHSASC

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__924367278274522__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__924367278274522__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1VF8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__924367278274522__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"924367278274522","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1VF8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__924367278274522__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Immune system
publication title	The crystal structure of Ym1 at 1.31 A resolution pubmed doi rcsb
molecule keywords	secretory protein
total genus	137
structure length	373
sequence length	373
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2004-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	1vf8A02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1vf8A01

4AZCA 5A6KA 1LJYA 1J0YA 1Z32X 3POHA 3AS0A 3QOMA 2ZXBA 4R5EA 4CN1A 3W29A 3BAIA 2MANA 1UUQA 1PZ2A 3AHTA 2WMFA 3AROA 2XVPA 1HKMA 4PSPA 3WDQA 2YLLA 4PMOA 4H8VA 3AIVA 1IV8A 1MW1A 3AIQA 4CGTA 4MB3A 5A95A 4AMCA 1H49A 2XIBA 4D6EA 3ECQA 2J74A 1EQCA 3WDHA 3VU2A 1W3KA 4HP5A 4BZYA 3BC9A 2WCAA 4YN5A 1E4MM 3TTSA 2XVLA 2BHYA 3BSGA 1C7TA 5I77A 5HDRA 3WMBA 3A4XA 3UR7A 3WELA 3WENA 1C8YA 1W1VA 3WH7A 1CWYA 4K68A 1HX0A 3KZSA 5AYBA 3WUBA 3AOFA 2XJ7A 1UHVA 1PIGA 1WNOA 3AS1A 3NDZA 5DT7A 2PI6A 1GQJA 3AHZA 4D6HA 3SUWA 1UQZA 2VRKA 3RDKA 2PBGA 1E6PA 2ZE0A 3IAPA 2W4XA 3N12A 4F9JA 1JFXA 4UFJA 5A6MA 2WKGA 4A3YA 1C8QA 5IFTA 2VX4A 4HOZA 1XSKA 2QPSA 3F5KA 3VIKA 1G1YA 4AEEA 4CU6A 4AISA 3TP4A 2OLHA 1FOBA 2E9LA 3BLPX 1W2VA 5IXEA 1VENA 2RGMA 3U5UA 5ABHA 2OWXA 9CGTA 3VNZA 1XH2A 3SCVA 4A3HA 4HOWA 4D6CA 3WBEA 2JIEA 3WF0A 5BRQA 3T09A 3GXDA 4XZWA 1GONA 2D2OA 2O9OA 2WHKA 3AMKA 2CBUA 1ZJAA 2Y8KA 1UD6A 3AFBA 3CIVA 8A3HA 2VZTA 3IJ9A 1GZJA 2VI0A 3AISA 4C7GA 1B2YA 1MFVA 1GOOA 1WO2A 2CESA 3I3DA 2W91A 2YKKA 5IFPA 2YDQA 2VOTA 3AMGA 4JL1A 1NP2A 1QI4A 2XWEA 2WHJA 5BXRA 2VMFA 4AIEA 3T2QA 4PTXA 1TVNA 1VFOA 1JF5A 1F4HA 4W7UA 2X09A 2DPEA 4UZUA 3BAXA 2XG9A 1K9FA 4M80A 2XUCA 3WQ8A 1H2JA 4WSJA 5JUVA 3DHPA 1E0WA 2PWEA 3A47A 2VQTA 1E9LA 5AC4A 4PMVA 1JZ6A 3N1AA 2QV4A 2BXZA 1QNSA 4ACZA 2G3NA 2NW0A 4XV0A 4ZXLA 1V3LA 2C8NA 4JKLA 1UQYA 4GO9A 3T2PA 3AIUA 3QHOA 4W88A 1BGGA 2HISA 3E1F1 5AYIA 2ZXQA 4FMVA 3WEMA 4MAVA 1HJXA 4H41A 1MW3A 1DTUA 1BG9A 1UH4A 1VEMA 4E2OA 4ZE5A 2ZUUA 1WCGA 4D72A 4WKFA 1CEOA 3O6AA 1E5JA 3SCOA 4Z2IA 3PBGA 3CUJA 1NOWA 3W26A 5BROA 2XWDA 3BXWA 1CGWA 1NWSA 2PC8A 1QHPA 1I1XA 5EFFA 3AS3A 5D4YA 1EXPA 1J11A 3M46A 3BLKA 4AD1A 5IHSA 4JHZA 4GXPA 3ZM8A 4P8XA 5A2BA 3BH4A 2XFYA 3WNKA 2GK1B 2D3LA 3QGVA 5HBFA 3B9AA 3VIHA 1UD2A 2JEPA 1PX8A 1SR0A 4PMXA 2WZEA 1GQLA 1TZ7A 3WDRA 1KBKA 3VOCA 3WL1A 1N82A 3D3AA 3WBAA 5CQ1A 2D22A 2YA2A 3KL0A 1UZ4A 4PMNA 3AHYA 1NP0A 1XSJA 2GJXB 2ZX5A 4J3VA 4JFSA 4W7VA 1JXKA 3K8LA 4NZCA 3WKZA 1HJWA 2Y2WA 1W9PA 4UOJA 4J3UA 1PBGA 3ARPA 1SFSA 3UESA 1GJUA 1CLVA 3U57A 2WCSA 2QMKA 1E56A 2VX7A 4W86A 5LA0A 2ZWYA 2G41A 3CUHA 3MMDA 1PAMA 1H3GA 7TAAA 3T0AA 4ACYA 3UG5A 1VJZA 4W5ZA 3VM7A 3WNPA 1E3ZA 4LX4A 2IXVA 2DEPA 2VZSA 4IUGA 4JZ5A 2WBGA 4HOXA 4JFWA 4LPCA 1E1FA 3VUPA 4AD3A 1M53A 1CTNA 5E0FA 1CXIA 4M82A 4H8HA 3ZO9A 1VJSA 4D1IA 4EANA 4QLKA 1KXVA 1E6ZA 4UFLA 1XD0A 3WD0A 4KRTA 1HKJA 2VL4A 1B3ZA 1FHLA 2X0HA 2DT2A 1X6LA 2YIHA 1WP6A 3EYPA 1QNRA 1HT6A 2D3NA 1HL8A 1BG4A 4W93A 1GCYA 1BHGA 1XC6A 1CENA 1CNVA 4DUWA 1U30A 1W9XA 1D3CA 1JI2A 3WQWA 2PWGA 1GUVA 1C91A 2A3BA 5A6JA 4AZIA 1QNPA 3N9KA 1GJWA 3CUIA 3VD3A 4PBGA 4UFIA 1W9UA 4AZCB 3SCQA 2GVYA 7A3HA 3CZEA 3NDYA 1GOKA 2J8GA 3LPOA 3DECA 4HMDA 3RMEA 3OIHA 5C70A 4MPKA 1V6XA 1BYBA 3OLIA 4KGLA 1O6IA 4WKAA 1ODZA 2YOCA 3PZIA 3OZOA 2OWWA 1UH3A 3CHEA 3EBVA 1KGXA 3N04A 3N11A 1FP8A 1V3MA 5A8QA 2WCGA 1IT0A 3WEZA 2F2HA 4HA3A 1E6RA 1E0VA 5TD4A 2CBJA 1JXJA 4OBRA 1EOKA 4B16A 4MNLA 3QOKA 1NWRA 4MDPA 2NT1A 2D0HA 1XV8A 1LL6A 4PTVA 1SYTA 1CIUA 1OBAA 2GDUA 3W6LA 4M8UA 1K9DA 4PSRA 4B15A 5CSUA 4F66A 3VIJA 3L4UA 4LXFA 4TXEA 4M1RA 5JBDA 4S3KA 2J47A 1PX3A 4YPJA 3VIGA 2J7BA 1WDRA 4UQDA 4MNKA 2YJQA 4LYQA 5M17A 1LL4A 1ITCA 2W5FA 4GZJA 3WN6A 4E4PA 2CITA 3UEQA 2UY3A 1H5VA 1US3A 1HIZA 1EO5A 3VILA 5ABFA 1QVBA 3AZTA 3SEPA 5BRPA 4NRSA 2Y8VA 1ZU8A 3ARUA 2WMKA 3DYPA 5A6AA 3W53A 1ZJBA 5A3HA 1B3XA 1EO7A 1HKKA 3WH8A 3A4WA 4LYRA 1AMYA 1CGYA 3FAXA 2FHBA 3TOPA 4QAWA 3VMOA 3WF2A 2WM0A 4DUVA 1QI0A 3MMUA 1E6XM 4QP0A 1TR1A 1WZLA 4D6GA 2EEXA 3W6MA 2CXGA 5EMYA 1HJQA 4TOQA 3ZIZA 2FHCA 3CZLA 3WNOA 1OD8A 1JIBA 1M7XA 2VZOA 1ZBCA 1E15A 1XH1A 3BAYA 2EPOA 2J77A 2ZX9A 1K9TA 1JAKA 3PZMA 4HPGA 5E9AA 2VNCA 3UG3A 5HXMA 2CBIA 3N15A 1ISVA 3THDA 1J0JA 2B31A 1VFFA 2ZICA 2V5CA 2OSXA 2VURA 2XVKA 3GXIA 2QLYA 4MJ2A 1QHOA 2C7FA 1QBBA 4W89A 4HTYA 3J7HA 2J4GA 4MTVA 5ECUA 1V03A 1WPCA 2W92A 4CN6A 1CYGA 2WMGA 1JG9A 1WZMA 4ACZB 1H0GA 1FHDA 2J75A 2WWDA 1TA3B 4QCFA 4ATDA 3BAKA 3ZT5A 4S3JA 4IPLA 2NT0A 2J62A 2X8RA 2VVSA 1GHRA 3AXIA 1ZBWA 3BSHA 2GSJA 3AJ7A 2Z1SA 4OIFA 3VX0A 2JF6A 1QHZA 2J78A 4Y7EA 2CERA 4JKKA 3PZGA 3WNMA 5E09A 1ESWA 2A3CA 1JYVA 4YHEA 1HXJA 1CDGA 4ZXOA 4FLOA 3NCOA 4WK9A 4D6DA 4B3KA 2DIJA 2DSWA 4V28A 3WDJA 3VINA 4HZ7A 4FLQA 1NARA 1TFVA 4WKHA 2CEQA 2OYKA 4EE9A 3AMDA 5DO8A 1V3HA 3WUFA 1GPFA 2DSZA 3VIPA 4AC1X 3WD2A 3A4AA 1GOWA 1B90A 3THCA 3VMPA 3GTNA 2WLZA 2PWDA 3UETA 1JZ7A 1VFMA 4PTMA 2WNWA 5BXPA 1LG1A 2WW5A 2VUYA 3W27A 3VD5A 4J3SA 5D9NA 3VDBA 1JAEA 2WC7A 3SURA 3SUVA 2EBNA 4RL3A 4AIOA 4GZEA 1KFWA 1E1EA 2D0FA 1V0NA 3WD4A 1W9VA 4PEEA 2WMIA 1DWJM 4C7DA 3FHAA 1KR1A 3T2OA 1CXKA 1KXQA 3VMNA 4AYSA 1Y7VA 4KWUA 2YL9A 1OINA 1V6UA 5CPTA 1E4IA 2ZX8A 1JDDA 1ODUA 2CETA 5HPOA 1V0MA 1E70M 2YBTA 1KWGA 3MUIA 1UWSA 3RPMA 4GINA 4TVUA 1HF6A 3SCUA 4J27A 5FD0A 1R7AA 2VCCA 2WMJA 3CMGA 2WB5A 1B3YA 2VRQA 2JF7A 5I6SA 2YL8A 4BQ4A 3WDIA 1PX4A 3L4VA 1UR9A 5I23A 2G8ZA 2PWHA 2VO5A 1JI1A 1GW1A 1WE5A 4UTFA 4JHOA 2OYMA 2E4TA 3G6LA 4XUYA 2E8ZA 4AZBA 2WSPA 2ZX7A 4MNMA 4ATWA 1CGUA 4MADA 1YQ2A 5DEZA 3VM5A 4AXNA 2EO7A 3FN9A 2XGIA 1OCQA 2DSKA 3EMZA 3IJ8A 5D8WA 4UQEA 3BAJA 3VD4A 4QFUA 4CD6A 4CD5A 2WBKA 6CGTA 2CPUA 3A6OA 1J18A 3BMVA 2E9BA 3OGVA 3OBAA 3FXYA 2XPKA 2ESCA 5LYRA 2GFTA 4P7RA 2DSUA 1E5NA 4B9ZA 3EDEA 4R27A 1SMDA 1LWJA 2ZUNA 2J7HA 4CN4A 1V0LA 3KL3A 4JFVA 3GH7A 3RM8A 3CTTA 3WIJA 1ITXA 4TUFA 2EJ1A 5AY7A 1L8NA 2CIPA 3N13A 3GM8A 4FF5A 1TUXA 1KBBA 2BY0A 1J0IA 5I24A 1UKQA 2ZIDA 2XVGA 4GKLA 4NRRA 4U2YA 2XM2A 3VIFA 4WJXA 1AQHA 5CJ5A 2J7GA 2AAAA 3L2LA 2EPNA 2D0GA 1W3HA 1OB0A 4PUDA 5CG0A 4OJYA 4M56A 4CD8A 5DF0A 3MMWA 2D20A 1CGXA 3OLDA 4TVDA 2AMGA 4GPNA 2YL5A 3MUAA 1RP8A 3N18A 4U31A 2A3EA 1E73M 3ALFA 5A6BA 2BVDA 1MQPA 1KCLA 1V02E 1Q6GA 2J7CA 4HU8A 3ZMRA 3W37A 3PTMA 2V3GA 1UH2A 5LA1A 4HA4A 4ML4A 1V08A 2AOSA 1NM9A 2ZXDA 4P7OA 1WB0A 2TAAA 4MB4A 2X2YA 1EDTA 2XTKA 3WFZA 2PBOA 1E71M 4EAMA 3ARQA 1C92A 3ARWA 4DWSC 4GI6A 1O7AA 3SCRA 3CH9A 3EMQA 1MQQA 4GQQA 1L0PA 4D1JA 3WQ5A 1EOMA 5CGMA 1PPIA 1ZS2A 1J0KA 1UKTA 2WANA 1FH8A 3W38A 4BQ2A 3AICA 2WHMA 1JZ4A 4BQ5A 4U2ZA 1J10A 3POCA 4V2XA 3UCQA 1XYFA 1JL8A 1JZ8A 1US2A 4AZ7A 2WAGA 2FDMA 2DDXA 4BS0A 2G3JA 4D6FA 5HPCA 2FH8A 4MDOA 2WLYA 1H09A 3AIEA 3HJEA 4W5UA 3TTOA 1CXLA 4J7RA 4UQAA 1Q6DA 3EDFA 3SCWA 3DYOA 4DUXA 1LL7A 4WLCA 4AIUA 2D24A 3LPFA 1E40A 3AIRA 4BCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1VF8A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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