1W9U | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	395
structure length	395
Chain Sequence	ASSGYRSVVYFVNWAIYGRNHNPQDLPVERLTHVLYAFANVRPETGEVYMTDSWADIEKHYPGDSWSDTGNNVYGCIKQLYLLKKQNRNLKVLLSIGGWTYSPNFAPAASTDAGRKNFAKTAVKLLQDLGFDGLDIDWEYPENDQQANDFVLLLKEVRTALDSYSAANAGGQHFLLTVASPAGPDKIKVLHLKDMDQQLDFWNLMAYDYAGSFSSLSGHQANVYNDTSNPLSTPFNTQTALDLYRAGGVPANKIVLGMPLYGRSFANTDGPGKPYNGVGQGSWENGVWDYKALPQAGATEHVLPDIMASYSYDATNKFLISYDNPQVANLKSGYIKSLGLGGAMWWDSSSDKTGSDSLITTVVNALGGTGVFEQSQNELDYPVSQYDNLRNGMQT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__565228914586628__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__565228914586628__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1W9U/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__565228914586628__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"565228914586628","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1W9U/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__565228914586628__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Aspergillus fumigatus
publication title	Specificity and Affinity of Natural Product Cyclopentapeptide Inhibitors Against Aspergillus Fumigatus, Human and Bacterial Chitinases pubmed doi rcsb
molecule keywords	CHITINASE
total genus	145
structure length	395
sequence length	395
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	2004-10-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.50.10	Alpha Beta	Roll	Chitinase A; domain 3	Chitinase A; domain 3	1w9uA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1w9uA01

2J74A 1QBBA 5FKYA 3WNMA 5E70A 3WMBA 2D2OA 3VIOA 2XVNA 5C70A 2UWFA 5HXMA 2VCBA 1E70M 1VENA 3WSUA 4QAWA 3I3EA 3U7VA 5D8WA 1V02E 1FP8A 1D7FA 3I3BA 2J75A 3KWXA 1V02A 5A94A 3VPLA 3AMKA 4HMEA 3RM9A 4GZIA 2XFYA 3BSGA 3ZR5A 2E0PA 4R27A 3AS1A 3EDDA 3RCNA 1PZ3A 1HVQA 1HKMA 4PMUA 1WDQA 5EFDA 1B0IA 2HISA 3A3HA 3GBEA 2WKGA 4WIWA 2XVPA 3WD1A 3BMWA 1CLVA 1EOMA 3WDJA 2WZEA 3KE0A 1AQ0A 2D0GA 4YHEA 5IXEA 2GK1B 4GZJA 3RIKA 2PWDA 3L4UA 1PZ2A 1V3IA 3E1F1 1DWIM 1QNQA 2X1IA 3CUJA 3SUWA 4NF7A 4WSJA 2VL4A 1B3ZA 1XCXA 1WP6A 2E9MA 1UWIA 1CXLA 2D0HA 4NZCA 1VFOA 5A6KA 1EXPA 3M46A 4QDMA 1WDPA 2QHAA 3HU7A 2RGMA 3ZT5A 1XH2A 4F8XA 1G01A 4JCMA 3VNYA 3L4XA 1GQLA 3KZSA 2E9LA 2VZSA 3AS3A 1E15A 1DP0A 2XFRA 4U31A 4F9JA 3SCPA 4HOWA 2WHMA 4GKLA 3OLEA 2YL8A 1JG9A 1UKTA 1UZ4A 2BXZA 5GNXA 1S46A 5A8NA 5TD4A 1EQCA 3UR7A 3FNDA 3ALGA 4P8VA 1SMDA 3AS2A 2WAGA 4MB3A 4JFSA 3N1AA 2EEXA 4AIOA 3T0BA 1WDRA 1HKIA 1UR9A 4P8XA 1WZAA 1H1NA 2XYLA 3ARTA 1BTCA 3IJ7A 1WZLA 4W7VA 4DUVA 4W5ZA 1CXFA 2DT0A 4U3AA 1LL6A 2VRJA 2Y2WA 3VKKA 3CZEA 5EFFA 2WCGA 2DGAA 1SFSA 3QHOA 4PMQA 4XZWA 3N18A 4H04A 2O9PA 4ZFMA 1HJUA 4QLKA 2PWFA 3F5KA 5I0DA 1NOUA 4UQBA 3OLIA 1C91A 4PBGA 1ESWA 2ZX6A 1TMQA 1TCMA 3UR8A 3CH9A 1H0IA 2A3BA 1GOWA 2XUCA 3MUZ1 3K4DA 4RE3A 1JYNA 2ZX9A 2E40A 4B9YA 4DUWA 2YA0A 2XJ7A 4D6GA 4QLJA 5I5RA 2DEPA 3ARWA 4JFVA 4OOUA 4DWSB 1FHLA 1JXJA 2EPOA 1KXTA 2YBUA 1XSKA 1UD5A 1B3XA 1UH3A 4BQ5A 4PMDA 2RGLA 3GTNA 2YOCA 3A4WA 1UD6A 4W8AA 1UR2A 2D1ZA 4RE4A 1I1XA 2CHOA 4TTGA 2GJXB 3G6LA 1FP9A 4LYPA 5GQBA 2X0HA 4JZ5A 1DHKA 4EK7A 4W7UA 2QMKA 2WMGA 1B3VA 4NRSA 3VGDA 1LQ0A 1UR0A 3WF4A 4MB5A 4AEEA 2FHBA 5BXRA 2WVSA 4PUDA 1TUXA 3ARQA 4MDPA 2YA2A 4J3VA 3L2MA 2V5CA 3MMUA 5JBFA 3BMVA 2Y8VA 1CEOA 2FHFA 1TE1A 2GK1A 1HF6A 1GVYA 1CPUA 3SCOA 1XYZA 3GXFA 2EPMX 4JCLA 2WM0A 1UG6A 4AZHA 2MANA 2WMFA 1UWQA 1E0XA 4AD4A 1X6NA 1KGUA 2BVDA 1KGXA 1ODUA 2WCSA 5E0FA 1KFWA 2YLLA 3FY1A 1X6LA 4PN2A 1WZMA 1V3JA 3WMCA 4EKJA 4WKAA 1V3HA 3LPFA 4TOQA 2WK2A 3WH6A 2YBTA 2O9TA 2C7FA 1UR4A 1E6PA 1PBGA 4E8DA 2CBVA 3N17A 4Z2GA 5CPSA 5LA0A 4UZSA 2JFEX 3QHNA 4WK9A 4V28A 2VR5A 2Z1KA 4H8VA 1C93A 3D3AA 1V08A 4A3YA 1ISYA 1NWRA 2J4GA 1GCYA 2NSXA 1JI2A 4OIFA 3WNKA 3SEPA 1IZJA 4PCTA 4ZE4A 1H09A 4U3CA 9CGTA 5IFPA 4J7RA 2DT3A 3AIVA 5CZKA 4GO8A 2ZXQA 4PCSA 3ARZA 1ZBKA 3VIGA 1JFXA 2WMJA 4H41A 5LA2A 5CG0A 1NWTA 2X2YA 2UY3A 1NOFA 3W24A 3EYPA 2CPUA 4R5EA 2VZUA 2EPNA 1V0NA 4PMNA 3T2PA 1AMYA 5DO8A 3AHXA 5FL0A 2HVMA 2JF6A 4HZ7A 3MSDA 4J3SA 2V5DA 2VRQA 2J7EA 4GXPA 3T09A 2BVYA 1SYTA 2OYLA 3SCQA 1CLXA 4BQ4A 3OLDA 5IDIA 1LWJA 5I24A 1RH9A 3AMDA 4PSRA 2J47A 3W26A 4ZXLA 3SUTA 3L4ZA 1E6SM 4H8HA 3U5UA 2G4FA 1V6WA 1V0KA 1O7AA 4JKKA 2VX4A 3G6MA 1QI4A 5BRQA 4FF5A 1Q6FA 2WHLA 2WVVB 4S3KA 1M01A 1VFUA 1UD2A 3UG4A 3WH7A 1B9ZA 1TA3B 1E0VA 4MDOA 1JYWA 5D9OA 3K8MA 4KRUA 1IZKA 1WE5A 1R86A 5JUVA 2YL5A 3PZ9A 1E9LA 3PZTA 3W4RA 2XWEA 1JAEA 1CYGA 3B9DA 3DYMA 1K9DA 5JIPA 1C7TA 1J10A 1BVNP 1E55A 2QV4A 2PWGA 1UWRA 5A6MA 2BNJA 4AZCB 1JXKA 1UA3A 3SCWA 4C7FA 3W82A 1J01A 5I78A 1XC6A 4UQCA 5CGTA 1E6RA 3CZ8A 2JEPA 3WENA 5HBFA 1CXKA 3W25A 3CBWA 3WNLA 2VO5A 2FH6A 1G5AA 1DEDA 3BCDA 1OD0A 3AHZA 4CUCA 2ZX5A 1HKJA 3U5YA 1F4HA 2J7DA 3OA5A 2JIWA 2OYMA 1QW9A 1GVIA 4V2XA 3CUHA 5GPRA 1W2VA 2ZXDA 3WKZA 1KXHA 1AQHA 4LYQA 5BWFA 4JHOA 1WO2A 4MNLA 4HPGA 1QI0A 3K8KA 4K68A 3WQ6A 1E1FA 4GINA 3IJ9A 3S2CA 1JF6A 1PEZA 2WLYA 1UR8A 1BYCA 3VO0A 3CLWA 3PZMA 3RMEA 1OWQA 1GOIA 3AXXA 4TX6A 4W86A 2XSAA 4PSPA 2A3AA 3M07A 1XCWA 1Y7VA 5LA1A 1MW2A 4TVDA 1FOBA 2WHJA 1KXQA 3EMQA 1W1PA 4BF7A 1JZ5A 4DWSC 4GO9A 4XZBA 1FFQA 4GI8A 4CCEA 2GVYA 1UA7A 2J8GA 5IFTA 4AD0A 3CUGA 1UQZA 5KEZA 2OYKA 3AIUA 2DSUA 4XB3A 3WIJA 4UQAA 2PC8A 2EO7A 3AMLA 3CTTA 1V3KA 2BY1A 4M56A 1ZJAA 4CU8A 5M3WA 3WF1A 1OD8A 2JIEA 4QCEA 4OUEA 3BAXA 3VX0A 3TTOA 3EMZA 5D8ZA 5EMYA 1P6WA 3WQ8A 1UYQA 2BHUA 4CD4A 1QI3A 5BROA 5AC4A 1LJYA 2WMKA 2WPGA 2C0HA 1ZU8A 4BZYA 1E72M 3AZTA 5BYWA 5A6JA 1EO7A 2W63A 4D6FA 3VIPA 1OGBA 4W8BA 4M1RA 1U30A 1NH6A 3WDPP 3CHEA 3BLKA 4B15A 1W9VA 3SCTA 3K1DA 1TA3A 4AC1X 1JF5A 5CLWA 3PN8A 2YLAA 2ZX7A 1WNOA 3B9EA 4RE2A 2CCRA 3W6LA 1BPLB 3AMCA 3VD9A 3ARSA 1GOMA 3K46A 1MXDA 4PEEA 2VT0A 2PF0A 2WLZA 2VVNA 5CJ5A 1J18A 3AZRA 2J78A 2Y4SA 3BAWA 3SCRA 3OGRA 2ZXAA 1VFMA 4CU7A 2PBOA 1SR0A 4AZCA 1ZB5A 3L4YA 2WVUA 3W37A 2OWWA 1XYFA 2D0FA 2WSPA 2G3MA 5A2AA 4KMQA 4FLQA 1H41A 3VIIA 3O9NA 2DSZA 3A47A 3OZOA 2FH8A 1GOQA 1CGXA 4CU6A 1GPFA 1E4MM 2QLYA 2VRKA 3ZM8A 3RM8A 2V3EA 1G94A 3WUBA 1BF2A 2G3NA 2QMJA 4GI9A 3PZQA 5KZ6A 2XG9A 1OBAA 5FOOA 4KWUA 4BQ3A 1HJVA 5DEZA 1MFUA 2GSJA 3POHA 3I3DA 3SCUA 4A4AA 1FH8A 1VIWA 1XH1A 4P7QA 3FXYA 4ATDA 1GQIA 3CZLA 3WDQA 3AZSA 1ECEA 1E3ZA 1QBAA 3WQ4A 5JBDA 4ACZB 4ACYA 3PZVA 4UZUA 4AISA 3UESA 4EAMA 1W3LA 2OSYA 3BAKA 3UG3A 3WF0A 2CITA 1H11A 2VUYA 1QNOA 4LQ1A 2JEQA 1CGVA 1R87A 1TVPA 3KEHA 3AS0A 2BHYA 1XHGA 1CNVA 1OGGA 5A8MA 3WN6A 3WUGA 3ARXA 3UETA 3RO8A 1H3GA 3ECQA 1Q6DA 2WNWA 3GYCA 4KGLA 3SCNA 1ISVA 1GUVA 7A3HA 4HMDA 1LL4A 3PTKA 1EDTA 1W1TA 4OJYA 1UOKA 1EOKA 3VIKA 2BFGA 1ZBWA 2VZTA 2W61A 3ZJ6A 2YDSA 4GQRA 3DHPA 2BVTA 2JALA 3AFBA 4X0NA 2EBNA 1TG7A 5CQ1A 1G0CA 2WZIA 5DF0A 1V6VA 6A3HA 1QHOA 3N12A 3AJ7A 1B31A 1UZ1A 2EJ1A 3HN3A 5I2UA 4X0VA 1VJZA 1KXVA 3WD2A 4MNJA 4S3JA 1EHNA 3PZGA 3VD4A 3FAWA 5AY7A 1E3XA 3DC0A 2D23A 2WSKA 3FN9A 1ZBVA 1DWJM 1MW1A 1JDCA 3MKKA 3VVGA 3SURA 4JAWA 2V3FA 4AD3A 2Y5EA 4OBSA 3WMSA 4F79A 2BXYA 3A4XA 3WL1A 1OSEA 4PTMA 3CZKA 4P8UA 3LMYA 1PIGA 2X09A 3SUSA 4D6IA 2O92A 4FLOA 1V03A 3QR3A 3VD3A 1CGUA 1OCQA 1E5JA 3U7BA 3SCVA 2E3ZA 4WSKA 4D6CA 4GZEA 3BC9A 4LXFA 1H2JA 2PBGA 3VUPA 1YQ2A 2EPLX 1DTUA 3ZO9A 3PZNA 4UOZA 4UFJA 1FFRA 2J7FA 3EBVA 5IHRA 3VGHA 4N42A 1WB0A 4IPLA 5AYIA 1JIBA 5A2CA 4HZ6A 4UQEA 1HVXA 1M7XA 1LF1A 1QI2A 1UD8A 3VDHA 5D9PA 2DPEA 5A2BA 3VGBA 2DSWA 1UKPA 1R7AA 2WCAA 3GDBA 1WZKA 3OGVA 1OT1A 3AIEA 3ARRA 1W91A 4B3KA 3B9AA 1JZ7A 1AVAA 1W9DM 3AHYA 3ZJKA 3BAIA 3CHFA 4OBRA 1H5VA 1Q6EA 2W62A 1H0GA 1W9UA 1V6UA 2ZUNA 1BSIA 1V3MA 2CIPA 2CERA 3W53A 5EBAA 3ARVA 3N11A 5M03A 3SCSA 1HP4A 3WELA 2WW5A 2VCCA 2E8YA 5HDRA 3AYRA 4JHZA 7TAAA 3PBGA 4UCFA 3WD3A 1R8LA 5CPTA 1QPKA 4E8CA 2BHZA 1EIBA 1B1YA 4ACZA 4U2ZA 4EANA 5EB8A 5A6BA 2VZOA 1DWFM 3THCA 4UFHA 3PTMA 1KBKA 1HX0A 3WUEA 3WQVA 2VMFA 2UY2A 4XUYA 2WB5A 1R7OA 2QF8A 1OGSA 3GH4A 4W84A 1KWGA 3U57A 3N04A 2QPUA 4AD5A 4W5UA 2VOTA 3NDZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4IIS A;  4HA4 A;  2Y24 A;  2VNC A;  4QLL A;  4M29 A;  2IXV A;  1V3L A;  3CHD A;  2BY0 A;  1EQP A;  4FLS A;  4KRT A;  4W7W A;  3RM4 A;  2GFT A;  4MNM A;  4CN1 A;  1BAG A;  4M82 A;  2GDV A;  3VIF A;  3LPG A;  4J3T A;  2EXO A;  1K9F A;  3AIW A;  2ZUS A;  1B30 A;  3CMJ A;  3FHQ A;  3VNZ A;  4BA0 A;  2VX6 A;  3CZJ A;  4J3X A;  1E1E A;  3VOC A;  1GQJ A;  1TVN A;  5A3H A;  2NT1 A;  4CD8 A;  2NW0 A;  2CES A;  3EDJ A;  2W66 A;  4DM1 A;  1A47 A;  1EDQ A;  1BLI A;  3W29 A;  1LG1 A;  5BXS A;  4GI6 A;  1RD6 A;  3BCF A;  2VJX A;  4JKM A;  2QPS A;  2W91 A;  4H8U A;  3W0K A;  5C71 A;  3J7H A;  4MAZ A;  3KL5 A;  1W1Y A;  2DH3 A;  3HMC A;  3WEM A;  3PZU A;  1M03 A;  2OSW A;  1W32 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ITY A;  3L4X A;  1GQL A;  2GQ9 A;  1PXG A;  4J1O A;  1E15 A;  3IVT A;  4LEQ A;  2FDS A;  1QU4 A;  4ZQP A;  2EKC A;  3PB2 A;  3D6N A;  2WHM A;  4GKL A;  3E0L A;  2E09 A;  1JG9 A;  4H9V A;  1S46 A;  5BNK A;  2HSA A;  5E0K A;  3ALG A;  3UZW A;  5AC6 A;  2DOR A;  1YTD A;  4P8V A;  1SMD A;  4BY3 A;  2EEX A;  4MJM A;  4ODR A;  1SW0 A;  3LHW A;  1HKI A;  3W22 A;  1O5K A;  5I3K A;  1W37 A;  1WZA A;  1BTC A;  1XIC A;  1KM3 A;  1EX1 A;  3FJN A;  2XPB A;  3GXN A;  1XLH A;  1CXF A;  3FKK A;  1LL6 A;  3E0W A;  2VRJ A;  3CYJ A;  1PYF A;  5EFF A;  1XBZ A;  5XIN A;  1FXP A;  3QHO A;  3LQG A;  2VEL A;  1JUE A;  3H2F A;  3N2T A;  5MKG B;  2RUC A;  2A7P A;  2FFC A;  3S1G A;  3MCN A;  4PBG A;  4K8H A;  4RE0 A;  1TCM A;  4UTJ A;  3CWH A;  2NZL A;  2XUC A;  2ZX9 A;  3MJY A;  3O5L A;  2YA0 A;  5I5R A;  5AC8 A;  1EB3 A;  2W27 A;  3ATZ A;  3ARW A;  3KAH A;  4OOU A;  4DWS B;  2YBU A;  1XSK A;  1UD5 A;  1B3X A;  3GAK A;  1FKT A;  4LVG A;  2AQV A;  1UH3 A;  2PWU A;  4PMD A;  1NTH A;  2RGL A;  4CQD A;  3GTN A;  3MY9 A; 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 1F3X A;  3VOC A;  4NZ5 A;  5A3H A;  3CAS A;  1LQA A;  4L4L A;  2VKZ G;  4CD8 A;  2BX7 A;  3M47 A;  2NW0 A;  1JDF A;  4DM1 A;  1A47 A;  4L56 A;  1Z41 A;  3WLR A;  1BLI A;  5BXJ A;  3H4X A;  4JOM A;  5BXS A;  4GYJ A;  1QPL A;  1WBH A;  2VJX A;  3HUR A;  5C71 A;  3W0K A;  1T41 A;  4MAZ A;  3NFU A;  3SB0 A;  1I45 A;  4ONV A;  3R0K A;  2V82 A;  3PZU A;  4JQ4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1W9UA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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