1XRVA

Crystal structure of the novel secretory signalling protein from porcine (spp-40) at 2.1a resolution.
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGPQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGQEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGKSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLQGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the novel secretory signalling protein from Porcine (SPP-40) at 2.1A resolution.
rcsb
molecule keywords signal processing protein
molecule tags Signaling protein
total genus 116
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1xrvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1xrvA01
1QNSA 2FGZA 1KWGA 4W5ZA 3CZ8A 1ISXA 2NSXA 2XGBA 4DWSD 4PTWA 3RPMA 6CGTA 3WDHA 2A3BA 2WMKA 1UKTA 4GI8A 2DQXA 1HVXA 2D0HA 4EE9A 4AWEA 2WHKA 1D2KA 4QCFA 3PTKA 2J7CA 3WMSA 1JFXA 2Q8XA 3WNOA 4CCCA 4LX4A 4OIFA 2VCBA 3VU2A 3DYPA 5GNZA 3VIPA 3RJXA 2D3LA 4HA1A 5AYIA 1XC6A 4CD7A 4A3HA 3VIKA 2V38A 1E5JA 5E09A 1QHZA 4LPCA 4M24A 5HDRA 4Z2HA 1EDTA 5C71A 1C7SA 1EH9A 1V6UA 1OGBA 4YPJA 1H4PA 4P7RA 1R86A 3BAKA 3QHNA 1WB0A 1AQHA 2WWDA 3ALFA 4GPNA 3OB8A 3ARQA 3ZT7A 4GQQA 4QFUA 2O9PA 1JF6A 2UWFA 5FL1A 4OJYA 3W37A 4WK9A 4J7RA 2CHOA 1HN1A 4J3VA 1UH3A 2YLLA 3KZSA 4D6DA 2XIIA 1BTCA 3KL5A 4XZBA 1Z32X 4ATLA 2BHYA 1HJWA 1K6AA 3GH7A 1OD0A 1JDCA 4LGXA 3SUTA 1B0IA 1ODZA 4PTXA 1E9LA 1W1YA 4JZ5A 4M8UA 1E55A 4JFTA 1E70M 5I79A 2PWGA 2O92A 3RDKA 1ZL1A 2WKGA 3N1AA 3IJ9A 1LWJA 1UHVA 3WH5A 1UR8A 2WLYA 3MUY1 3NJ3A 3SCSA 4JFVA 1QVBA 3VMPA 4CGTA 1TVNA 5BRQA 1J0JA 3RJYA 2PI6A 1GCYA 4X9YA 4PTMA 5A6KA 1C91A 2OWXA 2B31A 3T0AA 3EDJA 3O6AA 4JKMA 4C7GA 3MMUA 1C93A 3QOKA 3A4AA 2WZEA 1JI1A 4P8XA 4PCSA 4E2OA 2XFYA 3CPUA 2VRKA 2WVUA 3WN6A 1QPKA 1CENA 3WEOA 4Z2LA 5JBEA 2VZSA 5BCAA 1DEDA 4PMRA 4JKLA 3WUBA 1UD3A 1ZJAA 4M29A 4BZYA 2BY1A 5IFTA 1FH9A 1TMQA 2ZX8A 1UR1A 2W63A 1E73M 3F5JA 1UH4A 2CBVA 4P8UA 1I1WA 4DUWA 1E6XM 1LQ0A 3THCA 3PZNA 1OT2A 1K9DA 1XSJA 2WKLA 4PMZA 1C92A 1PX3A 2ZX9A 1V0NA 3O9NA 1PZ3A 1ZB5A 2WB5A 2G41A 1NP2A 3CHEA 1XGZA 2CIPA 3QHMA 3W38A 4J3TA 3VD4A 1UR2A 4AD1A 3TTOA 1DWIM 1HNYA 2CBIA 3HMCA 4AISA 2BHZA 3ARZA 4GQRA 1LJYA 3NUKA 2ZUUA 3FHQA 5LA0A 2E4TA 3IJ7A 5E0FA 4E8CA 4ZFMA 1U2YA 2PWEA 1NP0A 3MUAA 2XVPA 2VC9A 3PZGA 1W91A 4CD5A 2DT3A 3CH9A 1GJWA 2VNCA 1ZBKA 1J18A 3SCPA 5A6SA 2XTKA 1KBKA 2DIJA 3VDAA 2GK1B 1E56A 1KGXA 2O9TA 3W6MA 3VKKA 4PMXA 3EMCA 4AYSA 4DWSB 5EFFA 3AS2A 3VD7A 3OLGA 1JAKA 5GNYA 1ZBWA 2BY0A 3CHCA 2D24A 4PTVA 4AD3A 3KWXA 6A3HA 2QF8A 3KL0A 1B3WA 1TE1A 4M81A 4FK9A 2EBNA 1EA9C 4PMYA 4UQBA 1GHSA 2X2YA 4FLRA 5HNNA 4U3CA 2QLYA 7A3HA 1RPKA 1J0KA 4J3SA 4HOWA 2WWCA 1V0KA 1IZKA 1CXIA 1TA3A 1UUQA 4JHZA 2EO7A 3N9KA 2FH6A 1MXGA 4B9YA 3WH6A 4OOZA 1K9TA 4H7VA 1G0CA 1UZ4A 1AVAA 1CXFA 4UFHA 3MMDA 1DTUA 2JIEA 2J77A 1J12A 1H1NA 2E9LA 3U7BA 1W1PA 2V3FA 1XCWA 2XUCA 1SFSA 1XH0A 5D8WA 3AFBA 2OSXA 3B9AA 3FY1A 4MPKA 3VTRA 3WF3A 3SIMA 1EXPA 1KQZA 2DSKA 2W5FA 4YHEA 4UNIA 4Z2JA 2VQTA 1TVPA 5CSUA 4M80A 1DP0A 5AC5A 1XD1A 2VCAA 3ARTA 4GZEA 2WM0A 2WZHA 3PN8A 3TONA 1KGUA 1R85A 3VD5A 3VIHA 1TFVA 2DSWA 2A3CA 5AY7A 1CGXA 5A69A 3CUFA 3OZPA 3UERA 4IPLA 2JIWA 2D0GA 2BFGA 3GXFA 2PWFA 1V0MA 3EDDA 1J11A 1G5AA 1CECA 2D20A 4HU0A 5ABGA 1W9PA 5D9OA 3AQUA 5DMYA 5D9MA 1KXHA 3MO4A 3W29A 1EO7A 3EYPA 1R8LA 1EOKA 1B3XA 4XV0A 4CVWA 1HVQA 3NDZA 2GJXA 4AY1A 4PMDA 1JIBA 1OB0A 2W67A 2X05A 4AXNA 2WBGA 4P8VA 1CIUA 1WDPA 2D2OA 2EPOA 1JDDA 1LWHA 2CPUA 1HJSA 2OSYA 2OWWA 3D3AA 2XPKA 2VZUA 5CPSA 2J7EA 2J7GA 3UG3A 4PYSA 1L0PA 1WZLA 4J3UA 4ZE5A 3CGTA 3N18A 3SURA 2XFRA 2VQUA 1HJVA 3AXIA 1UYQA 1DWAM 4XX6A 3E1F1 3L2LA 3WF4A 2YIHA 1CGVA 3MUIA 3I3BA 3ZJKA 5JUVA 4UZSA 2J79A 3TTYA 4WF7A 1UOKA 3WIJA 3VDHA 1EHNA 3VGGA 1B31A 3GBEA 4PRWA 1QI0A 2Y5EA 3BCDA 2WC7A 1RP9A 2CHNA 1MFVA 4P7QA 1EO5A 1HL9A 3CIVA 4CD4A 4CKQA 3ARVA 4W88A 1RP8A 3T2PA 1UR0A 3DC0A 4B15A 3GH4A 1GVIA 2EPLX 4LQ1A 1CEOA 3LPGA 1NARA 4JKKA 1MXDA 1SYTA 3B8SA 2WCSA 2YL9A 5HXMA 4UFLA 2J25A 3W0KA 4EANA 5BXPA 2FHFA 3WKZA 3UR8A 1EQCA 3VUPA 4AZIA 5CXPA 1PBGA 1WNOA 1V02A 2YBTA 4WKAA 4WKHA 1CYGA 3I3DA 3VM5A 3TTSA 3BAIA 4H8UA 4N0RA 2DH3A 5JIPA 1HX0A 4AIOA 5A8OA 4IISA 1E6RA 5BYWA 3AISA 5BXSA 2VZTA 4E4PA 3GYCA 1FFRA 4EKJA 2J8GA 3FAWA 4WSKA 1P6WA 1XD0A 4W8AA 4AIUA 3OGRA 4D72A 4EAMA 2PWDA 5BWFA 7CGTA 1UD5A 1JYVA 1QBBA 1X6LA 1ZBCA 2YLAA 3UESA 1VJSA 2G3IA 3OBAA 3M7SA 1V3MA 3AS1A 1CXKA 2AAAA 1E6ZA 1ISZA 1B1YA 2WVVA 2VO5A 1VF8A 3VIOA 2YA0A 4U2YA 3OLIA 2VL4A 2DGAA 3K46A 2NT1A 1JZ8A 3WH7A 1CGWA 5ABFA 4U31A 1V3IA 1NWTA 4CU7A 1ISYA 2NT0A 1HXJA 3MV11 3AIRA 4F9DA 2V5CA 2C7FA 4HU8A 5I5RA 4MAVA 4ZXOA 1XHGA 4KRUA 1MVYA 4YN5A 3L4ZA 1KCLA 5A6MA 1ISVA 3BAYA 3ZOAA 3OLDA 3WD4A 1V6YA 2VRQA 4ZE4A 3BSGA 1W32A 1I1XA 4TOQA 4AZGA 3L4VA 3OA5A 2V3DA 4GXPA 2X8RA 1XSKA 4Q22A 4HTYA 3SCVA 1UKSA 1O6IA 2E9BA 2D3NA 3ZR6A 4WIWA 1JZ7A 4AIEA 3WD2A 1WKYA 3CTTA 1V02E 2ZIDA 4RE3A 3WQ6A 3K8KA 3VINA 2JEPA 2J8FA 3GXDA 4BQ5A 3WNPA 3NYDA 3WDIA 1G94A 3BXWA 1OGSA 2VX7A 5GPRA 1H0GA 3ZJ8A 1VFOA 2BVTA 3SUUA 2CKSA 1MW3A 5D4YA 4CD8A 3WMCA 2C0HA 3VIFA 3N04A 2JF6A 1HKKA 1MWOA 1ODUA 4EK7A 2QMJA 1GVYA 2WK2A 3VIGA 2E40A 3AMLA 1W3HA 5EMYA 3VNZA 1UG6A 1V6VA 3LPOA 1JZ4A 2XYLA 4DUXA 1E72M 1H11A 4E8DA 2DIEA 1MW1A 3GZAA 1HP4A 4S3JA 1M53A 4TVDA 4MAZA 5E70A 1GPFA 3BLKA 3T0BA 3ZSSA 4GO9A 5ABEA 4J3XA 4RE2A 3VIJA 1JZ6A 3N15A 5A6BD 1DHKA 2GFTA 2O9OA 1M7XA 1TA3B 1MW0A 3SEPA 2WANA 1ZJBA 1US2A 3EDKA 1XYFA 3K4AA 3VD3A 4QLJA 5CZKA 3L4YA 1W9DM 3POHA 4PMVA 1E1EA 3BMWA 5AC4A 1FP8A 1UWTA 2W4XA 2XVGA 2F8QA 4TXEA 4ZENA 1W2PA 1MQQA 1NQ6A 1GORA 5I78A 1Q6GA 3ZMRA 3VGFA 1WP6A 2VR5A 4F8XA 1NOWA 1R7OA 5I2UA 4LYRA 4UFIA 4D6HA 1O7AA 2YBUA 3MSGA 4Z2KA 1JZ5A 2CBJA 3ARUA 4UFJA 1M03A 1UR9A 3PZQA 2G4FA 1HP5A 2XM2A 3G6MA 4LYQA 1UWQA 4QLKA 1G1YA 1VENA 3RIKA 2WMFA 3OIHA 3OZOA 4HMCA 1AQ0A 2WBKA 4P7OA 5CLTA 2GDUA 3ARYA 3CUGA 3WY1A 1WPCA 5FIPA 4AZHA 4X0VA 3AMCA 1QNPA 3S6TA 3QHOA 1FFQA 2EXOA 2Z1SA 3W24A 4CU8A 2WCAA 3AHZA 1G9HA 3W26A 3WELA 3U5UA 3I3EA 4LYPA 1XH2A 3L4WA 2WHJA 1QI2A 1D3CA 2GJXB 4AZCA 4KRTA 3W6LA 3WL0A 1PZ2A 4AZ6A 4D6IA 1D7FA 4F66A 2XSBA 4GO8A 4UFKA 3VMOA 4MNLA 2TAAA 2CITA 4D71A 3SUSA 1E6NA 3AICA 2HVMA 4N42A 1JF5A 1EGZA 1OCQA 1VJZA 3WFLA 1JD9A 4W5UA 1BG4A 5F7UA 4CCEA 2YDSA 2PB1A 4M1RA 4BS0A 2EEXA 1MYRA 2C8NA 2ZUVA 1UD6A 1H09A 1W3LA 1Y7VA 4U5IA 3L2MA 3ZSTA 5IFPA 3PTQA 4FLOA 1J0IA 1UD4A 2WMJA 3T2OA 3DYMA 4TVUA 5M5DA 3WUEA 1QOXA 2JALA 4ACYA 2Y8KA 2V3GA 1AQMA 4KH2A 2Y2WA 5BRPA 1YQ2A 4B9ZA 3WQWA 2ZXQA 4KMQA 1IV8A 2Z1KA 3FNDA 4K68A 1BSIA 3AMDA 4W86A 3GXIA 2FDMA 1G01A 3IANA 1CZ1A 2OYMA 2D0FA 1CGTA 4X0NA 3F4VA 1CGYA 2YDRA 3QR3A 2CBUA 3AMGA 1GOQA 4KGJA 1CGUA 1UH2A 1BF2A 4HOZA 5A8MA 4A3YA 4MTVA 1M01A 2IUZA 2WAGA 1UWIA 4BQ4A 4HMEA 1C7TA 3GM8A 3VMNA 4D1JA 4J28A 2IXUA 1OWQA 2WYSA 1LF1A 3POCA 1E4NA 2DT1A 3BAJA 3CMGA 1NOUA 1E71M 5I3DA 4JAWA 1QI3A 4H8VA 4BQ3A 2YL5A 3KL3A 2ZE0A 1WDSA 1BVZA 3BGAA 2XG9A 5LA2A 3GNOA 4AZ7A 4BCEA 1KBBA 4UQCA 4DUVA 2X0HA 3VO0A 5CSYA 1HJQA 5ABHA 1HJXA 3QGVA 4CVUA 3WDPP 1QNOA 1S46A 5HPOA 3ZT5A 4HOXA 1GZJA 2NW0A 2J62A 4TUFA 1JYXA 4LXFA 1TCMA 2VT0A 5FKYA 3MMWA 2VX4A 3SCNA 1E5NA 2XWDA 2QPUA 1QNRA 1VAHA 6TAAA 1W3JA 1PIGA 1UWUA 2CESA 3VILA 4BQ2A 4W8LA 1VEPA 1E6SM 1BYBA 4ACZA 2EPKX 1H49A 3BMVA 4JL1A 5D9NA 3D5HA 1QI4A 2YL6A 2YKKA 4NRRA 1US3A 1B3VA 4A4AA 4AD0A 1Q6EA 1VRXA 1GHRA 2VR4A 2PWHA 3RMEA 4ATWA 4MJ2A 1NH6A 4AD5A 3O2LA 1SMAA 2WMIA 3DECA 3NDYA 4OBRA 3G6LA 4KWUA 4XUYA 2VZVA 5E0CA 3CLWA 5A8NA 2QPSA 1CBGA 4D6FA 2E0PA 2YA1A 1E0XA 1GQKA 3EDFA 4R27A 5IHSA 4HP5A 4UQDA 2CETA 3RM9A 8A3HA 1UWSA 1B2YA 1OIMA 2O9RA 4WJXA 5A6LA 2PC8A 3AJ7A 3M07A 4UQAA 2G3NA 1GOKA 1TG7A 2D23A 5FL0A 2J78A 1UZ1A 1V6XA 3WQ5A 3A47A 1KXVA 3WDQA 5BROA 3WF1A 3RCNA 4GZJA 1J0ZA 2WVSA 3SUVA 4HA4A 1WDQA 2PBOA 4D6GA 5TD4A 3MV01 1E40A 3BC9A 1J9YA 3IK2A 2W92A 2RGMA 2J4GA 1F4AA 2BY3A 2V3EA 3EBVA 4WKFA 5A8PA 4F9JA 2ZUNA 3WEMA 2WSKA 4UOJA 5DT5A 4HPHA 2Y8VA 4AW7A 2D1ZA 3CHDA 5A95A 2CXGA 8CGTA 5HOSA 1OT1A 1QHOA 2GVYA 3MUZ1 4MDOA 5EBAA 1HT6A 5I77A 3FXYA 4PMOA 3DYOA 4U33A 5CG0A 1LG1A 1JD7A 2IXVA 4CCDA 5D8ZA 3PZVA 1QBAA 4UFMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1HKI A;  4PMU A;  4UR9 A;  2BS9 A;  4PSR A;  1C8X A;  3TP4 A;  4ML4 A;  1KXQ A;  5I24 A;  1VFU A;  3SCW A;  4MNM A;  1WAW A;  4URI A;  1UA3 A;  1W3K A;  3AMK A;  3AOF A;  5JH8 A;  1JYW A;  2VZO A;  2XVL A;  2A3A A;  4U3A A;  1LL4 A;  3WEZ A;  3FW6 A;  4C7F A;  3WFZ A;  3VX1 A;  1JG9 A;  1GOO A;  2VCC A;  5A3H A;  4TVC A;  2DT2 A;  4DM2 A;  2JE8 A;  3ZT6 A;  4WLC A;  3BSH A;  1TR1 A;  2VUY A;  3VGH A;  3VII A;  2BXZ A;  1E4L A;  4AD4 A;  1GQJ A;  3KEH A;  3WDJ A;  5FOO A;  5GQB A;  3K1D A;  1E3Z A;  2AMG A;  1OIF A;  3OGS A;  2VRJ A;  2J7H A;  1KWK A;  4MNJ A;  1J10 A;  3TOP A;  2ZX7 A;  1SR0 A;  4KGL A;  3VD9 A;  4P7N A;  1WE5 A;  1CLX A;  2EPN A;  1FH7 A;  3FN9 A;  1X6N A;  3PZ9 A;  4UTF A;  4H04 A;  3AS0 A;  1CPU A;  3VOC A;  3LPP A;  3ARW A;  2J7D A;  3GH5 A;  3ARO A;  3GDB A;  3TTQ A;  4MNK A;  4JFU A;  4CU6 A;  2CER A;  3ZQ9 A;  5IDI A;  4XZW A;  1ISW A;  3AIB A;  2YJQ A;  4GI6 A;  3VGE A;  2E8Y A;  3L4X A;  2A3E A;  5LYR A;  4TX6 A;  1R87 A;  3NSX A;  3WEN A;  4J3W A;  4J27 A;  1BHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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