1ZB5A

Recognition of peptide ligands by signalling protein from porcine mammary gland (spp-40): crystal structure of the complex of spp-40 with a peptide trp-pro-trp at 2.45a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGPQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGQEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGKSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLQGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Recognition of peptide ligands by signalling protein from porcine mammary gland (SPP-40): Crystal structure of the complex of SPP-40 with a peptide Trp-Pro-Trp at 2.45A resolution
rcsb
molecule keywords signal processing protein
molecule tags Signaling protein
source organism Sus scrofa
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1zb5A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1zb5A01
4TX6A 4PTVA 2DT0A 1E6ZA 1H11A 1MFVA 4AMCA 1W2PA 4GQRA 2E40A 3UG5A 4PMXA 2UY2A 3DECA 1KQYA 1VJSA 3BAWA 3MMWA 2A3EA 1UA7A 3GYCA 4C7FA 1M03A 3LPFA 2XM2A 2IUZA 1CIUA 3T2OA 2A3HA 1DWHM 3KZSA 4M1RA 4R5EA 1BAGA 3CZLA 3EDJA 1KR0A 3A4WA 1PAMA 1KFWA 4BQ3A 3WDIA 1OSEA 4PMUA 3DHUA 4E2OA 1JGIA 3WQ6A 4AD0A 3WF1A 2XJ7A 1LL7A 2W67A 5IFPA 3FHAA 4WSJA 2XIBA 2VX4A 4BQ2A 3CUIA 5A2BA 1J0HA 2NSXA 2ZWZA 3FN9A 4B3KA 3IAPA 2VR4A 2JE8A 4UFHA 5FL0A 1MXGA 3RJYA 3W28A 5EFFA 4MB3A 3QOMA 1KR1A 2WSPA 1M53A 3AZRA 3WF2A 1US2A 1W1TA 4OOUA 3SUSA 1KXVA 5JBFA 4HOXA 3PZIA 2PI6A 5HDRA 3EBVA 2J7BA 1U30A 5BYWA 5CXPA 3WDJA 1B3XA 4W7WA 2WMIB 4CN6A 4Z2IA 4MADA 3VNZA 1UYQA 4PMYA 4MDPA 3B9DA 1E5JA 3VTRA 3VIOA 1UD3A 1XH2A 3M7SA 4AZIA 2WWCA 3F5LA 3WH6A 2VI0A 1CECA 1PBGA 2OSYA 3WDHA 3TOPA 5C71A 3LPPA 3VIGA 4HTYA 4E4PA 1E3ZA 4AD5A 3EMCA 1WAWA 1FOBA 1VFFA 1JXJA 4PMZA 3VKKA 5ABEA 1MW0A 3W6MA 1XHGA 2A3BA 4GQQA 4LPCA 4QLKA 2CCRA 5D8ZA 5GPRA 1VJZA 2FHCA 3UG3A 1F4AA 4D1JA 3PZVA 4N0RA 3K4DA 2J75A 3ZSTA 2VJXA 1EDQA 1OB0A 3JUGA 2OYKA 1UKTA 5KEZA 1UOKA 3VIPA 3AOFA 2NT1A 1EDGA 1W1YA 2PBOA 4FMVA 1UHVA 5CSYA 2X05A 3T2QA 5BXSA 2Z1KA 1B3ZA 1GQLA 1PEZA 2E8YA 3NSNA 4KGJA 1HL8A 2FHBA 5A6MA 4MPKA 1TA3A 4AEFA 4CD6A 1W91A 1H5VA 5HBFA 3CZ8A 1KCLA 3BH4A 3BAKA 1EOMA 1HL9A 1BTCA 2XVLA 4B9YA 5KZ6A 3WQ8A 5IHRA 4OJYA 2CXGA 3ZJ8A 1UR8A 4PCSA 5FKYA 3E1F1 2J62A 1BYDA 1GUVA 3AHZA 2ZX9A 2V3DA 3OIHA 3ZQ9A 1W3LA 1ECEA 4L4PA 4J3TA 3VGBA 3CH9A 1E56A 3M07A 3ZOAA 2DDXA 3RILA 2XTKA 1CXIA 3VIJA 2QMJA 3VD5A 4PSPA 4Z2KA 2E0PA 5DFAA 5E6ZA 3CGTA 2DT2A 2ZUMA 2WHJA 3OZOA 2DIJA 1GOWA 1DHKA 5IHSA 2W5FA 4AISA 3L4TA 2BY3A 3N04A 4GI6A 3L4ZA 2ZUSA 2J7HA 1BPLB 4FLQA 5IDIA 4MJ2A 2CEQA 2QMKA 2WB5A 2GSJA 4HMEA 3SCPA 1G9HA 3GXMA 2Y2WA 1B1YA 1QNOA 4TTGA 4M24A 1JAKA 3CHEA 4ZXLA 1H09A 2FGZA 6A3HA 4WKAA 2C0HA 4CCEA 3MKKA 4M8UA 1VEPA 3AI0A 4UNIA 1ESWA 4E8DA 3CZGA 3ZMRA 1IZJA 2VR5A 1H49A 1I1XA 4MNJA 5DT7A 1WKYA 1M01A 4JFUA 5LA0A 3MUIA 2WZIA 2BVDA 1U2YA 1GPFA 1O7AA 1BQCA 3ZT7A 2XUCA 1PIGA 4FK9A 1UH4A 1LL6A 4UFLA 2BVYA 5A6SA 4D6HA 3T2PA 4IPLA 2X09A 3WNLA 1PZ2A 3MUAA 2ZUUA 4NSBA 3J7HA 3K8MA 2WANA 3PZMA 2CERA 1IV8A 1UD8A 3VIKA 4H7VA 3NDYA 2OSWA 3VD7A 2V3EA 8CGTA 1W32A 4HU8A 4J3VA 2YLLA 2EXOA 3W26A 5ABGA 2PWHA 3AISA 3PN8A 4HZ7A 3ARTA 2XGIA 4IUGA 4D1IA 2DSWA 5IFTA 2XG9A 2XFRA 3U7VA 1UH2A 3MV11 3S6TA 5D8WA 2OYMA 3SCWA 1E6QM 3ZJ7A 2E4TA 1MWOA 1TR1A 1JYWA 1EGZA 2YBTA 3L4XA 1BYCA 2YA2A 4UZUA 1JYXA 2WZHA 1LJYA 1XV8A 2BHZA 3AIEA 5ABFA 1B2YA 3IJ7A 1BHGA 5HOSA 4ACZA 2V3FA 2G3IA 4GI9A 3HN3A 3DYPA 1D2KA 4AEEA 1UR1A 3W81A 3ZT6A 4D6JA 2VQUA 5GNYA 2JF6A 4MNMA 3N11A 2DEPA 1VRXA 1U33A 1ISXA 5CPQA 2VNCA 1PPIA 4EAMA 4MB5A 2WZEA 1E43A 3MO4A 4XX6A 1E4MM 2YLAA 2W63A 4PUDA 1V02E 3T0BA 1JYNA 2FDMA 1TFVA 1QW9A 1QNPA 1XRVA 4Y7EA 3DHPA 2WMIA 1LWHA 3GNPA 1B9ZA 1CDGA 2AMGA 5E0FA 1JFHA 2D22A 2DSZA 3CUFA 1NH6A 3OGRA 5D9OA 1IT0A 1NWTA 3ZT5A 3OGSA 4HMDA 3AXXA 2D24A 2W91A 3T09A 3AS2A 2VZTA 4RE2A 1VF8A 2EPMX 2X2YA 3WQWA 1C8YA 4LYQA 3M6DA 1BVNP 2VT0A 1DTUA 4QCFA 4UCFA 3LPOA 4WKHA 4QDMA 5DMYA 1J01A 3ZR5A 4CD5A 3L4UA 1VBRA 4OIFA 3BAJA 1KQZA 1UH3A 1E6NA 3ZO9A 4UOJA 1WDPA 5FD0A 4CN1A 2VQTA 3SUVA 2G3MA 1G0CA 1JXKA 1JZ3A 1V6XA 2DGAA 3VX1A 1Q6CA 2D0FA 4A3YA 3VIHA 5A6JA 3KL0A 4W88A 4HPGA 1ITXA 3A4XA 4JZ5A 1XCWA 4S3KA 2W66A 4K68A 3HMCA 4HOZA 4AZGA 3PZQA 1V6VA 2BV9A 2E9MA 1J0IA 2WMFA 5CQ1A 1MXDA 1VIWA 2OWXA 3W25A 4PMDA 2CBVA 1XD0A 4M82A 4ATDA 4X0VA 4BQ4A 1B3VA 1V6WA 4GINA 1HJQA 4TUFA 4R27A 4CU6A 4JL2A 4JIEA 2YKKA 1JNDA 4KH2A 1ISYA 3TTQA 4LYPA 3GXDA 4JKKA 2WC4A 3OLIA 4ZENA 1XGZA 3QHNA 1GZJA 4OBSA 3VIFA 4WKFA 4AWEA 5EBAA 3WH5A 4OZOA 3NJ3A 3ZIZA 2PWGA 4J3SA 4RE3A 5JH8A 3ARPA 4P8WA 3U7BA 4PMRA 1E55A 4FLOA 3PTMA 1E73M 2Q8XA 1UWUA 1UR9A 4KRUA 5BROA 1VFUA 1C90A 1JDCA 1GOQA 4IISA 2PWEA 2VOTA 1LF1A 5CGTA 4WJXA 3SCUA 2HISA 2AAAA 5HXMA 2YL5A 4FF5A 1OGSA 1JD9A 2J8GA 2WXDM 1UG6A 4MNKA 5CSUA 2GJPA 2NW0A 1NP0A 1ZB5A 3U5YA 4ATLA 1E4IA 1NWRA 4V28A 3W4RA 5E70A 4GZEA 2QV4A 1ZJAA 3L4WA 4D6CA 2DT3A 4Z2HA 1NOUA 1CWYA 4HZ6A 3CZEA 3DYMA 3UR8A 1CLVA 1GCYA 1JF5A 1NWUA 4GO8A 2DT1A 4UOZA 4ZEPA 4LYRA 1EXPA 4QAWA 4JAWA 4PMQA 3KEHA 2BY0A 1UUQA 4UQBA 1G01A 3OLEA 1XD1A 2IXUA 4LQ1A 1CGVA 1UD6A 1GORA 3OLDA 4U2ZA 5M03A 3BAXA 1UD5A 4D71A 1ITCA 5A6KA 1YHTA 1ODZA 3FY1A 2O9TA 4XV0A 1HKMA 2XVGA 3W0KA 2VZOA 1WE5A 3WD1A 1TUXA 3CBWA 3SURA 2BHYA 3AMCA 2PWFA 4CUCA 1H0IA 4U31A 5FIPA 4HA4A 3IJ9A 4CD7A 2CIPA 4UR9A 1W9BM 2C8NA 1HJSA 3N1AA 5ABFB 3VM5A 1V6YA 4DUXA 1CBGA 3ZJ6A 1S46A 4ACZB 4JHZA 1MQQA 1UR4A 3VO0A 3VPLA 1WPCA 4AZHA 2CBUA 5A8QA 3AIRA 3MSDA 4AYSA 3ARZA 2JIEA 4MNLA 5BWFA 4HPHA 1EO5A 2D0GA 1WZMA 4XZBA 1LL4A 2QF8A 1L0PA 1VEOA 2Y8VA 3K1DA 3BLPX 3O2LA 3OLGA 1MVYA 4AZCA 5JUVA 3AIQA 1NOWA 4MAZA 3VGEA 4AZ6A 1Q6FA 4OUEA 1TCMA 1HJXA 1HJUA 4QCEA 2EBNA 4M81A 2J74A 2ZX5A 3A4AA 2WBKA 2V3GA 3F4VA 3WIJA 2WMJA 1VAHA 2VTFA 1CXLA 3HJEA 3NSXA 5DO8A 2J7CA 3AHXA 1K9EA 1CGWA 3AMLA 1UKPA 1WZLA 1G5AA 4D6GA 5FL1A 4PN2A 3TP4A 4A3HA 1XH1A 1J9YA 1M04A 5A6BA 4GIAA 2EJ1A 1C7SA 4F8XA 4AD1A 4TOQA 1JNEA 1B3YA 3SUWA 5JBDA 2WC7A 4HP5A 3WF4A 5CLTA 3GNRA 3ARRA 1CENA 3MSGA 1JF6A 3AMGA 1OBAA 2DSKA 2W61A 3WH8A 2FH8A 3AS0A 2J8FA 1QI2A 3WFZA 2DSUA 2X8RA 4P8VA 2VL4A 1BYBA 3NSMA 2WNWA 3U57A 2W62A 4ATWA 3WMBA 3VMOA 5AYIA 3PZNA 2JALA 3D5HA 3N15A 4CCCA 4FLRA 5A6AA 2OWCA 3VDBA 2EPKX 1MFUA 1MW1A 4YN5A 4PTWA 1JDAA 1QBBA 2E3ZA 3WUBA 4F9JA 3AHYA 4UQ9A 3WUFA 3AQUA 4S3JA 3GDBA 1V3MA 3BMWA 3WMCA 5D9NA 3VMNA 3UERA 1EQCA 1FP8A 3SCNA 4PYSA 2YA1A 1KXHA 3CUGA 5HNNA 3WN6A 3DYOA 4JKMA 5M5DA 1VEMA 2YBUA 2GK1A 4W85A 4BCEA 3VGFA 3ZR6A 1E6PA 2WM0A 3A6OA 1Q6EA 1WCGA 2BS9A 4EK7A 1GVYA 2BHUA 2CETA 2VX7A 1FFRA 1JYVA 1FA2A 3FNDA 1GOIA 3BAYA 4KRTA 1JAEA 5M3WA 1ISZA 3SCRA 4J3XA 4XB3A 3SCQA 5BRPA 5A1AA 4AXNA 3L4VA 1ZBVA 1ZL1A 1OWQA 3FHQA 1GJUA 4P7QA 5FCZA 2WAGA 3I3BA 3NIYA 3THCA 5AYBA 3WELA 1OIMA 1E0XA 2VO5A 1GVIA 1E4NA 1CXKA 3CHFA 4D6IA 2X0HA 2FH6A 2JEPA 3NUKA 1C8QA 3WD0A 1R8LA 1WDRA 1V3JA 1BFNA 3GNOA 2X0YA 2DIEA 4WIWA 4J3UA 4AY1A 1C93A 1GNXA 2D0HA 1W1VA 4W89A 1JZ5A 8A3HA 1UKQA 4FLSA 5A2CA 3CPUA 4U2YA 4CD4A 4L4OA 3IJ8A 3CIVA 5I78A 3VVGA 5E09A 1WZAA 5GQBA 4B16A 4TVDA 4AZ5A 4LGXA 2WCAA 1GW1A 4X9YA 2CKRA 3LPGA 4H8UA 5CG0A 3T0DA 3BSGA 1CZ1A 1HP5A 2D23A 4NF7A 2ZXAA 3FW6A 4ZE5A 2A3CA 4U5KA 2WYSA 1A3HA 1KGWA 3WEZA 1QHZA 3MUZ1 2B31A 1DWIM 4PBGA 1VBUA 3ALGA 2J7DA 1PX3A 4J28A 4ZXOA 1UA3A 2VX5A 3SCSA 4JCMA 1DWAM 3WNNA 1BVZA 5LYRA 1JI2A 1KB3A 2ZUVA 2VCAA 4J3WA 3AXHA 3BCFA 1UD2A 3ALFA 1H41A 4DM1A 3SCTA 4E8CA 4KGLA 3DC0A 5BCAA 2J79A 3I3DA 2CBIA 3CO4A 3W38A 2CYGA 1HNYA 5CPTA 2YIHA 4W93A 1MW3A 3VU2A 1EOKA 1BG4A 4HU0A 4W7UA 4AZCB 4AIOA 1V08A 2HVMA 4U5IA 2Y5EA 4J7RA 3VUPA 5I2UA 1ODUA 2VVSA 1CTNA 1AQ0A 2PBGA 9CGTA 2VMFA 5BXTA 2WHLA 1H3GA 4GO9A 1V0LA 2ZXDA 3G6LA 1PZ3A 2WWDA 4W7VA 2GUYA 3VD9A 3BC9A 1DEDA 3RM9A 1H0GA 5EMYA 2YL9A 2VC9A 1R7OA 1UR0A 1QI5A 1JZ7A 1JDDA 4PCTA 3VGDA 1E1EA 3AZSA 4V2XA 1OGBA 1G94A 5E0CA 1FH9A 1UR2A 4PEEA 1J0JA 2XIIA 2VX6A 3ARXA 2EEXA 1R7AA 5C70A 2QHAA 2C7FA 4H8HA 4Z2GA 2D1ZA 1H4PA 3N17A 2JFEX 1FH7A 4ACYA 4GPNA 4H8VA 2PWDA 1OGGA 1WDQA 3KL3A 2WKGA 1GHSA 3L2MA 1HJVA 4IM4A 2J25A 3VD4A 2XSBA 1IZKA 2V5DA 1EIBA 3N18A 1DWJM 4J27A 2CESA 3WF3A 2OLHA 1EHAA 1W3KA 2WKLA 2WMGA 4Z2LA 2F8QA 3IK2A 1CGYA 1CPUA 1XSIA 2VZSA 2BY2A 2QLYA 1E6XM 2J7GA 2J47A 3K8LA 4PMVA 1HN1A 1FHLA 4OOZA 4AD4A 1HJWA 5JIWA 1UWRA 3WNKA 3B8SA 2BXYA 1HKKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4TX6 A;  3O5Q A;  4PTV A;  2DT0 A;  1E6Z A;  1H11 A;  1MFV A;  4AMC A;  1W2P A;  4GQR A;  2E40 A;  3UG5 A;  4PMX A;  2UY2 A;  3DEC A;  1T11 A;  1KQY A;  1VJS A;  3BAW A;  3MMW A;  2A3E A;  1UA7 A;  1FKR A;  3GYC A;  1BL4 A;  4C7F A;  1M03 A;  3LPF A;  2XM2 A;  2IUZ A;  1CIU A;  3T2O A;  4QIB A;  2A3H A;  1DWH M;  2XP4 A;  3KZS A;  4W9O A;  4M1R A;  4R5E A;  1BAG A;  3CZL A;  3EDJ A;  1KR0 A;  3A4W A;  1PAM A;  1KFW A;  4BQ3 A;  3I6C A;  3WDI A;  1OSE A;  4PMU A;  3DHU A;  4E2O A;  1JGI A;  3WQ6 A;  3KAC A;  4AD0 A;  3WF1 A;  2XJ7 A;  1LL7 A;  2W67 A;  5IFP A;  3FHA A;  4WSJ A;  2XIB A;  2VX4 A;  4BQ2 A;  3CUI A;  5A2B A;  1J0H A;  2NSX A;  2ZWZ A;  3FN9 A;  4B3K A;  3IAP A;  3KAI A;  2VR4 A;  2JE8 A;  1Q6H A;  4UFH A;  5FL0 A;  1MXG A;  3UI6 A;  3RJY A;  3W28 A;  5EFF A;  4MB3 A;  3QOM A;  1KR1 A;  4ZS6 A;  2WSP A;  1M53 A;  3AZR A;  3WF2 A;  1US2 A;  4DRN A;  1W1T A;  4OOU A;  5HW6 A;  3SUS A;  1KXV A;  5JBF A;  4HOX A;  3PZI A;  2PI6 A;  5HDR A;  3EBV A;  2J7B A;  1U30 A;  5BYW A;  5CXP A; 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