1ZBVA

Crystal structure of the goat signalling protein (spg-40) complexed with a designed peptide trp-pro-trp at 3.2a resolution
Total Genus 114
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
O2 (279-343)S1 (2-8)TIV2 (30-33)S5 (113-117)O1 (5-30)TI1 (8-11)TI2 (9-12)S2 (32-41)AH1 (51-61)EMPTYTI3 (10-13)TI16 (332-335)TI4 (11-14)3H1 (16-18)TI18 (337-340)TI5 (26-29)TVIII1 (64-67)S4 (70-76)AH2 (82-90)AH3 (92-109)S3 (44-46)TI6 (66-69)TI7 (77-80)AH4 (125-145)S6 (152-157)TIV4 (118-121)AH5 (161-167)TI9 (174-177)TIV5 (177-180)TIV6 (183-186)AH6 (170-174)TI12 (229-232)S7 (179-182)S8 (233-238)TIV8 (197-200)S9 (240-246)TIV7 (189-192)S13 (295-300)AH9 (310-323)TIV11 (290-293)TIV9 (208-212)AH7 (216-226)S11 (272-274)TII2 (269-272)TII'1 (300-303)TII1 (252-255)S14 (303-307)TI14 (264-267)AH8 (275-282)TII3 (282-285)S12 (286-290)TI15 (291-294)S15 (327-331)TI17 (333-336)AH10 (350-361)TIV13 (347-350)3H2 (22-24)3H3 (62-64)TI8 (122-125)TI10 (204-207)TI11 (210-214)TIV12 (340-343)S10 (257-260)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Signalling protein
publication title Crystal Structure of the goat signalling protein (SPG-40) complexed with a designed peptide Trp-Pro-Trp at 3.2A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
total genus 114
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1zbvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1zbvA01
3ZIZA 3WD2A 2VURA 3ECQA 4QCFA 1E43A 1JXKA 3RM9A 5D9PA 1FH8A 2E9LA 3AMGA 1XD1A 5ABGA 1L8NA 2VMFA 4UR9A 1QHZA 1W32A 1UD8A 1JAKA 4U2YA 1EO7A 1E6RA 1VEOA 5E9AA 1C8XA 4J3UA 1WZAA 3WBAA 1JYVA 2B31A 3U7BA 1HF6A 2XGBA 4JL2A 3UEQA 1A47A 5EBAA 3BGAA 4BQ5A 1WDRA 3IAQA 1EOKA 1ZJBA 3THDA 1UWIA 4JKLA 1XYFA 4HA3A 3K8MA 4CD6A 4J3WA 1N82A 5F7UA 3UCQA 3VIKA 3WDJA 1W3JA 2D23A 2D3LA 1W9UA 2W92A 3VUPA 1UQZA 1FH7A 2D0HA 5CXPA 2BVTA 3WN6A 4PMUA 1QVBA 1UA3A 4AC1X 1H49A 4AZ7A 2UWFA 4WKHA 4RL3A 3WENA 1TVNA 5FOOA 3VGGA 4AD5A 2G3NA 2VCAA 1DWFM 3DYOA 4J3XA 3L2MA 1SMDA 4JCMA 1ODUA 3EMQA 3WDHA 4WLCA 2WHLA 3AJ7A 1VEMA 3A4AA 2ZUWA 1GVIA 1M04A 4C7DA 2VT0A 2YL9A 3ARWA 4MJ4A 3LPGA 2YDSA 3MU7A 4DUVA 3AISA 3S6TA 1KGXA 3D5HA 1UR1A 2YOCA 4MNLA 4MB3A 3VIIA 1OB0A 3GXDA 1BYBA 1OWQA 1CECA 3HN3A 4RE2A 1PX4A 4C7GA 1KXTA 1Q6EA 1BPLB 1J11A 4RE3A 4FMVA 1JD7A 2ZUVA 3CZGA 3CUIA 4MDPA 2VNCA 1ECEA 3FHAA 1EXPA 1QW8A 1W2PA 3AIQA 4HMDA 4CU8A 3MUY1 4D6DA 3MV01 1KB3A 4H41A 1B3WA 4W88A 5M03A 2Y24A 4GXPA 1E4LA 2CIPA 1DWAM 4U2ZA 2EXOA 4MNKA 3QR3A 4KGLA 1OM0A 4H8HA 1UQYA 1W2VA 1UH3A 1J0KA 9CGTA 1XC6A 2YJQA 1QI0A 3BAIA 3TTQA 4HP5A 1B1YA 2HISA 4JKMA 3CIVA 4IUGA 1OT2A 1UD4A 3IJ9A 4UQAA 3W27A 4W86A 1GVYA 2J7BA 5I6SA 5A6MA 4CKQA 1E0WA 4M80A 1GHRA 1E55A 3BAXA 1QNOA 1BVZA 2WKLA 1E73M 1C92A 4LXFA 1GQIA 1BFNA 1KCLA 5A8PA 4B9ZA 1JI1A 1B3YA 2O9RA 3WNLA 3U7VA 4AZGA 2PWDA 1E4NA 2JE8A 2BHYA 1CXHA 2BVDA 1UA7A 3BSGA 1GQLA 5CJ5A 3W0KA 1GPFA 1G01A 1H1NA 1JZ5A 3T08A 1I1XA 5DEZA 4JIEA 5I5RA 2G3MA 4UFMA 4JAWA 1QHPA 3SCNA 1BYDA 2J79A 3AHYA 1CGWA 5E0CA 3WF0A 1OBAA 1JZ3A 5E0FA 2VRJA 1BG9A 3UG4A 2O9TA 4ACZB 4R27A 4KGJA 1ZL1A 2X09A 3TP4A 4HOWA 3EDDA 2EPNA 3VU2A 1CPUA 1UD3A 1CYGA 3U5UA 3AZSA 2CESA 1WE5A 3TTOA 1E4IA 4CCEA 3K8LA 2XFFA 2WMHA 4AZHA 4BA0A 3F5LA 3NSNA 1V3KA 2JEPA 2XSBA 4AZIA 5AY7A 1JZ6A 1E72M 3EDFA 3MMWA 3RJXA 2CBUA 2WYSA 4XZBA 3VGBA 2WVVB 3KZSA 1UWQA 1J18A 4AW7A 4AYSA 4GINA 4Q7NA 1KXHA 1KGUA 2DH2A 2GJRA 4P8UA 1AQHA 2WBKA 3AMCA 2XG9A 4KWUA 3F4VA 1B3VA 4W8AA 5M5DA 5JUVA 5HPCA 5EFFA 3GNPA 1CXEA 3GTNA 4KH2A 1TVPA 2E8YA 2VCBA 3CUJA 4KRUA 4HOXA 3A4WA 4W93A 4JKKA 4WKAA 1WDPA 1GNXA 1QI3A 2D2OA 5BYWA 3T09A 4D1IA 4LYQA 3WD4A 4AISA 1V3LA 2GK1B 5D9MA 5IFTA 1ZBCA 1CWYA 4YN5A 3W29A 1ZU8A 1HNYA 3VX0A 2E3ZA 1OIMA 4PMOA 1PEZA 1GW1A 1KXVA 3VM5A 2F8QA 3SCVA 1J0HA 3IAPA 1UOKA 5HXMA 2WSKA 3WUBA 2XPKA 1RD6A 3A4XA 2CITA 1D2KA 4D6EA 4TVDA 5JBFA 2X8RA 2XVLA 3SURA 2J74A 3W6MA 3W25A 1UHVA 2YIHA 4QLJA 1CENA 4J3TA 2CHOA 5E09A 1GOMA 3WMBA 1LG1A 3O9NA 2WVTA 3VD7A 1EQPA 1NH6A 4D71A 2ZX9A 4WK9A 3K4AA 3GZAA 4M56A 1UR4A 1VBRA 3POHA 4ZXLA 3I3EA 4CD5A 1GOKA 4PEEA 4W84A 3WH8A 2CBJA 3L4TA 2A3HA 1DP0A 4H8VA 1UKPA 4WF7A 1NWUA 3T2QA 2BS9A 2GDUA 1DWIM 5BXSA 3VD4A 4U31A 1B2YA 2X1IA 2EPOA 1CXLA 1BGGA 3PZOA 4D6GA 3N13A 3II1A 2WZIA 2VRQA 3BSHA 5A69A 1YHTA 1NP0A 1E1FA 1GQKA 4FK9A 3NDZA 1IZKA 3EMCA 5A6AA 3GH4A 1E6ZA 1VJSA 3CH9A 3WQWA 1V6VA 4AIUA 4YHGA 1HIZA 1WO2A 3WUGA 4BQ3A 1HX0A 3GNRA 3AXIA 1UKSA 3EDKA 1UR8A 1E6QM 3AROA 3F5JA 1BSIA 2D20A 3AIRA 1W1TA 4B15A 4CD7A 5AYBA 4TX8A 4DWSB 2EBNA 4PMVA 1R85A 2VX4A 1HKJA 1QNPA 4M1RA 4PMNA 4V28A 1Q6GA 4TX6A 2VZVA 5E70A 2WMFA 2J7CA 1NWTA 2VL4A 1LWJA 2WLYA 2GDVA 1MFVA 4IPLA 2DT2A 3T2PA 3NCOA 1EA9C 1GORA 3PN8A 2PWFA 1TFVA 5KEZA 1PZ2A 3WBEA 3MS8A 4GZIA 3BXWA 2UY4A 4X0NA 4NF7A 2W91A 2WLZA 3ARUA 1CGYA 1V3HA 1E0VA 5A6SA 2XVPA 5KZ6A 3VDHA 1UR9A 4PTWA 1CXIA 2YKKA 3WELA 3VIJA 1M01A 3WIJA 3VIFA 4E8CA 3ZR5A 3BAWA 5BXRA 2WBGA 1V3JA 2XYLA 7TAAA 1BG4A 4YPJA 3W24A 2DSZA 3OZOA 3A47A 2VR4A 3B9EA 1CIUA 2ZXAA 1JDCA 5JIPA 3GBDA 1JDDA 4PMZA 1UH2A 4CN1A 1WPCA 2WC4A 3AQUA 3U5YA 5LYRA 2VZSA 3RCNA 4E2OA 2VC9A 4X0VA 2GJXB 1UD6A 5DFAA 5A94A 1JIBA 2IXVA 4Z2JA 1B9ZA 1V0NA 2F61A 4UQ9A 3VMOA 3PZQA 2GUYA 4TVCA 1BGAA 2VVSA 3ARZA 4ZE4A 2WCSA 1E6XM 3WKZA 2FH8A 1QOXA 2BHZA 4AZ6A 5ABEA 4BS0A 1Q6DA 4TTUA 4AWEA 4XX6A 1C3FA 1DHKA 3OLDA 3SUUA 4HPHA 1WZKA 4B3LA 3VGHA 1Q6FA 1QBAA 4XUYA 1W3KA 4S3KA 1H0IA 1KWKA 2WMKA 2RGLA 4EKJA 4J27A 2DIEA 3K46A 2BY0A 3OGRA 1XSKA 1ESWA 2JALA 4AZ5A 1W1YA 5A8QA 1WDSA 3M6DA 1UR2A 1W9XA 3ALFA 4JL1A 2ZXQA 3N04A 4PMDA 2BY2A 4GQQA 2WMIA 3N11A 4AMCA 4HMEA 4A3YA 1RP9A 1OGGA 2PB1A 3CHDA 4NI3A 3WNPA 4BQ2A 3TTYA 2CKSA 1UG6A 2DSKA 5IHSA 3W38A 4GKLA 1BF2A 3JUGA 3N9KA 1F4AA 4LX4A 4UOZA 1GHSA 1JZ8A 1E5NA 4JFWA 4UNIA 1OT1A 1OD0A 3GH5A 4OZOA 4Q22A 2BV9A 4M24A 2WB5A 4QCEA 5TD4A 4PTXA 2CNCA 4N0RA 4W89A 1R86A 2ZX7A 4OOZA 4Z2IA 4MJ2A 5BXPA 2J7HA 3QHMA 3VD5A 4AD4A 1B0IA 2ESCA 3NYDA 1H5VA 2Y4SA 4DM2A 3AIEA 2VUYA 3M07A 3EYPA 5ABFB 1MFUA 1RPKA 4JZ5A 4GQRA 4H7VA 4JFSA 4PUEA 4D6CA 4KRTA 1NWSA 4QDMA 1E15A 1MYRA 3AIUA 5D8ZA 2DIJA 1UZ1A 5A8MA 2EJ1A 1V0LA 2WM0A 3M46A 2V5CA 4HA1A 3NJ3A 3ARPA 1Q4NX 4W7VA 2TAAA 2ZX8A 3MUZ1 1CZ1A 1UD5A 1QW9A 4WSKA 4H8UA 2E9MA 5FL1A 2FGLA 3CGTA 4J7RA 3L4UA 3POCA 4W87A 1BYCA 4P7NA 3CHEA 3B9DA 2DSWA 3EBVA 1J0IA 4MB4A 2PBGA 1BTCA 4UZSA 4W85A 1NP2A 2XFYA 3NDYA 2G41A 5A6LA 1U33A 4FLOA 4QP0A 1KWGA 2XFRA 1J0YA 5E6ZA 3VMNA 4ZEPA 1UR0A 2J7GA 3UR8A 2Y2WA 3AICA 6CGTA 5D9NA 3WMCA 5HDRA 4WJXA 4OJYA 3MKKA 3PZMA 2OSXA 1EOMA 7CGTA 1EHAA 4BCEA 1ISZA 3MV11 3BCDA 3QOMA 2BY3A 2J25A 3WL0A 1DWGM 5FKYA 2OWWA 5I24A 4ZE5A 1G9HA 4EK7A 2OWXA 2AAAA 1UH4A 4AD2A 1A3HA 1VENA 2FGZA 3BAJA 2Y8KA 4HA4A 2OYLA 3VDCA 2OLHA 2YA1A 2VQUA 1LF1A 2YLLA 3N1AA 4M81A 2WK2A 2EPKX 2WZHA 1PIFA 2DT3A 3S2CA 3ARRA 4CUCA 3OZPA 1FFQA 2C0HA 1JNEA 4EE9A 2WXDM 2WC7A 4FLRA 3HJEA 3T0BA 3I3DA 4D6IA 2UY2A 1MQRA 3GDBA 2VR5A 1PX8A 3OB8A 1UUQA 4ZFMA 1MW1A 1TA3B 2V3EA 1HN1A 1UWSA 2V5DA 2J8GA 1LL4A 4S3JA 2WVSA 2XGIA 5FL0A 4UFJA 3OLGA 4PUDA 1W9DM 3VNZA 2W61A 4L4PA 5IHRA 3WH5A 1HP4A 3PZIA 4UQBA 3MSDA 1IT0A 1EGZA 1PPIA 2PWEA 4PMRA 5CG0A 3WQVA 1VFOA 2BXZA 3MANA 1ISWA 4J3SA 3ZT7A 1H3GA 1V6WA 3VD3A 2WW5A 2ZE0A 2NT1A 3GM8A 3WF1A 4DWSD 1LWHA 2WCGA 4GI8A 3TA9A 2E8ZA 3WF2A 4AEEA 1MW2A 3WQ4A 4MAZA 4P7OA 1XGZA 1K9EA 2MANA 4LYPA 2NW0A 4UFLA 4AZBA 2G3IA 5EB8A 3BH4A 3CUFA 4A3HA 4OOUA 2O9PA 1J0ZA 2V3FA 1E3ZA 2C8NA 1B3ZA 1OGBA 1QPKA 5GNYA 5IDIA 3ZQ9A 2E9BA 5FD0A 1LQ0A 4MNJA 1R7AA 1HXJA 4ACZA 1VFFA 1E56A 3ALGA 1UZ4A 2OYMA 1G1YA 2FHBA 2WNWA 3GYCA 4PRWA 1NOFA 2WAGA 4D1JA 4B3KA 3AYRA 4JFTA 1MW0A 1VFUA 4B9YA 1HJUA 2A3CA 5GPRA 1AMYA 2BXYA 3U57A 3AYSA 1MQPA 2WANA 3SEPA 2DEPA 3KE0A 3W81A 4UFHA 5CSUA 2VVNA 1U30A 2XVNA 2WVVA 3UG3A 3GNOA 5DF0A 1JG9A 2BVYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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