1VF8A

The crystal structure of ym1 at 1.31 a resolution
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
YQLMCYYTSWAKDRPIEGSFKPGNIDPCLCTHLIYAFAGMQNNEITYTHEQDLRDYEALNGLKDKNTELKTLLAIGGWKFGPAPFSAMVSTPQNRQIFIQSVIRFLRQYNFDGLNLDWQYPGSRGSPPKDKHLFSVLVKEMRKAFEEESVEKDIPRLLLTSTGAGIIDVIKSGYKIPELSQSLDYIQVMTYDLHDPKDGYTGENSPLYKSPYDIGKSADLNVDSIISYWKDHGAASEKLIVGFPAYGHTFILSDPSKTGIGAPTISTGPPGKYTDESGLLAYYEVCTFLNEGATEVWDAPQEVPYAYQGNEWVGYDNVRSFKLKAQWLKDNNLGGAVVWPLDMDDFSGSFCHQRHFPLTSTLKGDLNIHSASC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Immune system
molecule keywords secretory protein
publication title The crystal structure of Ym1 at 1.31 A resolution
pubmed doi rcsb
total genus 137
structure length 373
sequence length 373
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1vf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vf8A01
2X0YA 4D6EA 1EO5A 2ZX9A 4W84A 1JZ2A 1LG1A 3M07A 1H2JA 3W26A 1UKSA 3AIQA 1B3VA 1FOBA 4BCEA 4UFIA 3MUY1 1PAMA 2VOTA 3VIPA 3WEMA 4W85A 2J8FA 3CPUA 3W53A 5D9MA 3NYDA 3WQVA 1DP0A 1JZ6A 1H3GA 3T2OA 4Z2HA 2JEPA 3W82A 1EOMA 1G9HA 5HPCA 3OGRA 3AHYA 1V0MA 3ZM8A 2VT0A 1V3IA 3F5JA 2XTKA 1KR0A 1W9PA 1V02E 2BVDA 4JCLA 2EPMX 2XIBA 3SUTA 2VL4A 5I23A 4UQ9A 2EPNA 2QHAA 1HT6A 3WH6A 4Z2GA 4TVUA 1E4LA 3BSGA 1LLOA 3ZR5A 1CXKA 4GKLA 3SEPA 4H2CA 2J4GA 5HDRA 1A3HA 4AYSA 4W8BA 1ZL1A 1B9ZA 4U31A 1KQZA 3TP4A 4TVDA 4B3LA 1O7AA 1UR4A 3OLDA 1M04A 1EDGA 4R27A 2DT0A 3B9AA 1B31A 2V3FA 3TA9A 1E55A 5ABFB 1HP4A 2OYMA 1L0PA 1KCKA 1XD1A 2ZUUA 4YN5A 3RILA 2FHCA 5A94A 4W7UA 3N17A 1AQ0A 2J7FA 1FA2A 2DDXA 1GCYA 1QHOA 2WMGA 4P7OA 2OSXA 4PMNA 4HP5A 3UETA 5DF0A 1NWUA 1E71M 4TVCA 3HMCA 1JAKA 5A6MA 5BRQA 3AICA 3WF1A 3SUSA 5M3WA 1RD6A 3VD4A 3EMZA 4JFUA 1NP0A 2YL8A 4AD3A 5I78A 1I1XA 1UUQA 1V08A 4GO9A 5JIWA 2BNJA 1Y7VA 1UA3A 2JFEX 4ATLA 1JZ7A 2DSUA 3KE0A 2CBIA 1BVZA 1EDQA 4LPCA 1H11A 2D3LA 3GH4A 4OIFA 1OIFA 3ARXA 1KB3A 5KZ6A 1WE5A 3ARPA 3SUUA 4Y7EA 5GQBA 2V5DA 1HX0A 5A8PA 4CCEA 4V2XA 2VCBA 1CPUA 3PZVA 4J27A 4U3CA 5DMYA 2E9LA 4PCSA 4CD4A 1LL6A 1ESWA 4CN4A 4UQBA 3U5YA 3ECQA 3L2MA 4MB5A 4A3YA 1VRXA 1TA3B 1BVNP 3WQ8A 2PI6A 2ZX6A 3BCDA 3SCWA 1HL9A 1XSKA 1OT1A 4XB3A 4EAMA 1H09A 1KWKA 2VUYA 1OGBA 2UY3A 1UR1A 1LJYA 2O9PA 1F4AA 1UR0A 2ZOXA 4J28A 4GZEA 3VM7A 1E0WA 2ZX7A 4AIUA 5M17A 5GNXA 4QAWA 5I77A 3M46A 1FH9A 3ARQA 1ZBVA 1ZJAA 4W87A 4ZE5A 1KXHA 1E70M 5JBFA 4U3AA 4UQAA 3OBAA 2WVTA 1BLIA 4W5ZA 2CYGA 1QHPA 3RM4A 1B3XA 1K6AA 4HZ6A 1GHSA 5LA2A 3WMSA 2BHZA 2E4TA 4GZIA 1OGGA 3CHEA 2EEXA 2E8ZA 4XZWA 1Q6GA 1W9VA 3IAQA 4D1IA 5FOOA 2ZICA 2WHKA 1R87A 1GW1A 3EMCA 3WL0A 1MW0A 4M82A 2FHBA 2AMGA 2YDRA 4E8DA 1UWQA 1NWTA 3AYRA 1QW8A 2CITA 3DYMA 4QP0A 5D9OA 3UCQA 5FL0A 1ISVA 1OD0A 4KRUA 4PMYA 4MNLA 4LGXA 4JL1A 1RP9A 4M80A 3VD3A 2WC3A 1B2YA 3W6LA 1R8LA 2YDQA 1DWFM 1ODUA 4KMQA 2ZWYA 4F79A 2YOCA 3K8LA 2NW0A 4JIEA 5AYBA 2VVNA 2GSJA 2J47A 4PMQA 1HN1A 1B30A 2PWGA 2XPKA 1E0VA 1R7OA 4XX6A 3NSNA 2J8GA 1PX3A 1W1YA 1DWJM 2YDSA 4BQ2A 1WZMA 2W63A 1QI5A 5CLTA 1SFSA 3LPPA 1ISYA 1XCWA 4FLOA 2DGAA 5E9AA 1E5NA 1VBUA 4J3WA 4NRSA 3VM5A 2VNCA 1M03A 1WP6A 2VZTA 1E56A 4IPNB 1J9YA 2WMJA 3LMYA 1E3ZA 2XM1A 1GONA 2BS9A 2ZXQA 3EMQA 2W61A 4URIA 2BY0A 2BVYA 3VGGA 4AD0A 2YL9A 4D1JA 1OWQA 3SCTA 2YBTA 2D0FA 3BAIA 5I6SA 1E43A 5M03A 1UG6A 4MAVA 1JNDA 3ARZA 1HJSA 3ARWA 2EBNA 4GI9A 3OZPA 5E0CA 1E73M 4MAZA 3N15A 4ZFMA 4QLKA 3SCSA 1WAWA 1OBAA 3BAXA 1CZ1A 4FLSA 1JNEA 5DO8A 5JH8A 3VINA 2WVSA 2WKGA 2O92A 1M53A 3MS8A 4ZEPA 2GJXA 4HU8A 3VTRA 4ML4A 4W86A 4CD6A 1E3XA 3WQ4A 3WY1A 3QOKA 3WFZA 1BG9A 4MNKA 3BAWA 3ZR6A 1NH6A 4P7LA 1FH8A 5EFDA 3SCOA 2OWWA 2DIJA 1CENA 2PBOA 4B9YA 4C7FA 4XZBA 3NDYA 4ATDA 1EGZA 1W1VA 2WLYA 1E6RA 1UKOA 3GH7A 4FLQA 2DSZA 3DYOA 1CTNA 3NJ3A 3AZRA 3MMUA 4MJ4A 3BCFA 5A6JA 2CBUA 1UR9A 1JDAA 1V6XA 1UD2A 1CLXA 4PMZA 3VGFA 5A95A 1HVQA 1K9FA 1FFRA 1GHRA 3VNZA 1W91A 3IJ9A 2GK1B 5ABGA 3F4VA 2VRJA 3MV01 1MW1A 5D8WA 1EQCA 3RDKA 1RH9A 3AIEA 4NSBA 4ATWA 1HKMA 3EDJA 3VIOA 3U7VA 1UD4A 3VIJA 3EDFA 4V27A 4OBSA 5D9PA 1UWRA 4D6IA 1GVYA 4U2YA 1E5JA 5E70A 5FCZA 3CGTA 2FH8A 3IAPA 2PWEA 1ITXA 2WLZA 2CKRA 1HJUA 3W29A 3OIHA 3ARYA 1EHNA 1C8QA 2Y2WA 1NARA 4F9JA 4NI3A 3U7BA 1JFHA 3VMPA 4AZHA 1UKQA 3G6MA 3PN8A 1NWRA 1HKKA 5FKYA 3WDRA 1IV8A 2V5CA 1B3ZA 2VMFA 1FH7A 4U5KA 4TUFA 5LA1A 3CTTA 1AVAA 2ZUWA 3K8MA 1VJSA 3T2QA 4LXFA 1QOXA 4E4PA 3WNPA 1B0IA 3KEHA 1J0ZA 3QHNA 4D71A 1C8XA 2E0PA 5JBEA 4WSJA 4C7GA 1CGTA 1TCMA 3AFBA 4XV0A 4PRWA 4GZJA 2ESCA 3EDKA 5DT7A 3CUHA 1W3LA 2VURA 4MTVA 1C91A 4WF7A 1H0IA 3FHQA 4HPGA 3CZEA 1G94A 2JIEA 4W89A 1HKJA 2C0HA 3A4WA 4BQ5A 2BY2A 3I3DA 1OB0A 2XJ7A 3J7HA 4J3UA 1DHKA 2QMJA 1Q4NX 4F66A 1WZAA 1ZU8A 1UQYA 4PMUA 2JIWA 3WNOA 1CGXA 4HZ7A 2VZOA 1QNPA 4GO8A 5IFTA 2A3AA 2W4XA 4QLLA 3VX0A 1PJ9A 2DSVA 2D3NA 5CXPA 1ZB5A 2DQXA 1W3JA 3ARRA 3AMGA 1CBGA 1XV8A 2J79A 4GQRA 1RPKA 3LPOA 3W28A 1M01A 1QPKA 3PZTA 1J12A 3DC0A 1MQQA 1CGUA 1HXJA 2PWHA 4WKFA 1VAHA 5FL1A 4GPNA 3O2LA 3QR3A 1US3A 5A6LA 4U2ZA 2V3EA 1J18A 2BY1A 3ZJ7A 2HISA 2D22A 4BZYA 4MB3A 3UESA 1KXQA 2VX4A 4AD1A 3D3AA 3OZOA 2DH2A 5A8QA 3VIMA 1J0HA 1OSEA 2YA1A 3CUJA 4JAWA 3WDPP 4HA4A 1VFMA 1W9UA 1GNXA 2NT1A 4WK9A 3NCOA 4CGTA 1VBRA 1EA9C 3W81A 3SCUA 2DT2A 3AZTA 4HA1A 1BFNA 2DIEA 3GBEA 2YIHA 3SUVA 1UKTA 5I24A 2X09A 2V3DA 4AXNA 3AHVA 2RGLA 3WELA 4CCCA 4F8XA 4D6FA 3GZAA 2IXUA 3L4YA 1P6WA 2DT1A 4UFLA 1EHAA 1CGYA 4YHEA 3VD5A 4UZSA 1EXPA 4KGJA 3MANA 1SYTA 2W5FA 3VVGA 1UWSA 2W67A 2WHJA 1OGSA 2WKLA 4WJXA 2NT0A 1W2VA 2VQUA 4IM4A 3WQWA 1G5AA 2YBUA 3CH9A 2BXZA 2JALA 2D24A 1FHDA 1NOUA 4RE4A 1MFVA 5BRPA 2DH3A 3FHAA 3WD2A 1JDCA 3VU2A 2EO7A 1LWHA 1TMQA 1GOWA 5E6ZA 3AI0A 4B9ZA 4J3TA 1F4HA 1V3HA 2YL6A 4MB1A 3TONA 1M7XA 3WH5A 2VX6A 4OKDA 3WF4A 3CUIA 3N1AA 2CXGA 2XFYA 4AW7A 3QOMA 1MVYA 1Q6FA 3BMVA 2YA2A 1KBKA 1S46A 3UG5A 3GM8A 3PZNA 2Y8VA 1PIGA 1JD7A 4S3JA 2G8ZA 3WSUA 1E0XA 3CZ8A 1XH2A 2VZSA 3WNLA 1J0KA 3POCA 4WKAA 4HPHA 4AZ7A 4PEEA 4AZIA 1BGGA 1UYQA 1CXLA 1J0IA 1JXJA 2DSKA 4MNJA 4TTUA 5E6YA 1NP2A 3VGHA 1XGZA 2A3BA 4E8CA 3BAYA 4IUGA 1Q6DA 4AD5A 1I75A 1V02A 1YHTA 3PTKA 4KGLA 1VEOA 5I2UA 1JD9A 4W8LA 1B3YA 5IFPA 1CECA 3AS0A 1N82A 4Q22A 2BVTA 4AZ6A 1JZ8A 1JF5A 5BXTA 2J75A 1ZBCA 4GINA 1HJXA 2OWCA 4KRTA 4JL2A 1GQKA 1GOIA 1UH4A 3WH9A 1W2PA 3ZO9A 2WSKA 1CXFA 3VIGA 4UCFA 1GZJA 3AISA 2GDUA 1HVXA 3ZOAA 1NOWA 4V28A 1UZ4A 3AIWA 3WBAA 3OLIA 2WBGA 5HXMA 4ZXLA 3HN3A 1QNOA 1K9TA 1MQPA 2ZWZA 3OA5A 4EKJA 1PIFA 2VRKA 3KZSA 1MXDA 2XSAA 4UOJA 2PF0A 4B3KA 4D6GA 4JKKA 4Z2IA 3RPMA 3N12A 3ZT6A 1CXIA 3GXMA 2J7GA 1HIZA 2OSYA 2X0HA 1SR0A 2ZX8A 1H41A 4E2OA 2XVKA 1BG4A 4BF7A 4CVWA 5E0FA 2VI0A 1A47A 4OZOA 4U5IA 4AZ5A 4EANA 5D4YA 1BF2A 5GNZA 6A3HA 1X6LA 1UD3A 3WD4A 5C70A 4GI8A 4P8UA 5A3HA 2WZEA 1UD6A 4OJYA 3VPLA 1GJUA 1UWIA 1UD8A 3ZJ8A 4ACZA 4BQ3A 4PTVA 1GOQA 1TVNA 2OYLA 1XYFA 2Z1KA 1WDQA 3NSXA 3VX1A 3VIIA 2WVUA 5CQ1A 3BLPX 3AIRA 1PEZA 2VR4A 3CZJA 1CNVA 1E6ZA 4AEFA 5CPQA 4AZGA 4TOQA 1W3KA 4NZCA 1PX4A 1UZ1A 1E4NA 1BYAA 1ZBKA 1E4MM 2ZUVA 4CU6A 3WBEA 1C8YA 4FK9A 1UOKA 2XSBA 1UD5A 1B1YA 1V3KA 1KGWA 5BWFA 3W25A 1VEPA 1V6UA 3U57A 1C90A 4DUVA 2F8QA 3VDBA 1LQ0A 1E6PA 2VJXA 2C8NA 4DUWA 1ZBWA 4W8AA 3L4XA 3OLGA 1WDSA 5E09A 1ISXA 2WMFA 5IHRA 3B9EA 4DWSB 1V3JA 2FGZA 2V38A 2XVNA 3TTOA 3AXIA 1OIMA 4LYQA 5DFAA 1CXHA 5JBDA 1WB0A 1E1FA 1FP9A 1NM9A 3N13A 4JKLA 4OUEA 4PBGA 1GOKA 5A6KA 4H04A 3WEZA 1CGVA 4PN2A 3SCQA 1IZKA 3L4WA 3K46A 1KXVA 5HOSA 1KGUA 3WFLA 1EIBA 2GUYA 3VIFA 4RE3A 1GOMA 1I1WA 1KQYA 3WEOA 4PTMA 2CHOA 5D9NA 1JF6A 5ABFA 3M6DA 3PZGA 4A4AA 1HP5A 2O9OA 2WCAA 3AJ7A 3L4VA 3THDA 1W9XA 1Z32X 3MSDA 1TVPA 2VZVA 5EMYA 5A2AA 2XWEA 3MUIA 2YL5A 1BYCA 2CKSA 3E1F1 2WVVB 1JIBA 3DHPA 4CVUA 3PZIA 2BV9A 1ECEA 2IUZA 2VX7A 4W93A 4UZUA 5JUVA 4QCFA 2UY2A 1DEDA 2J7DA 3GXDA 3VMOA 3T0AA 3WH7A 1CYGA 3GTNA 3CMJA 2PWFA 3BAKA 3N04A 1CXEA 3IJ8A 4HOWA 2O9TA 3A4AA 5AY7A 4CD8A 3W24A 1V0KA 1OT2A 4JFWA 1L8NA 4D6CA 1V0LA 4AC1X 1JZ4A 2XYLA 4MNMA 2WMIB 3ZQ9A 1V3LA 1VJZA 5ABEA 2WHLA 3GXIA 1UR2A 3G6LA 2WW5A 3WUBA 1QVBA 4MDOA 1UA7A 4AIOA 1OINA 4JZ5A 3UR7A 2D1ZA 4H8UA 1MW2A 1QNRA 5CSYA 4P8XA 5BXPA 1JFXA 3MUZ1 4AMCA 4HZ8A 3IK2A 4M1RA 2WHMA 4L4PA 4D6HA 4AZBA 2WPGA 3TTSA 2WZIA 4PUDA 3RJYA 1TA3A 1DWHM 3ARSA 2GFTA 2YJQA 5FD0A 1V3MA 3RM8A 1PBGA 4IISA 7A3HA 2VRQA 2WB5A 4GQQA 6CGTA 1JYNA 2FDMA 1GJWA 4J3SA 4LQ1A 4W88A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2ZUM A;  2X8R A;  2VX5 A;  1JDD A;  1SMD A;  2FHF A;  2BFG A;  3MO4 A;  3AMD A;  3OGV A;  3MUA A;  2GJR A;  2EPO A;  2G3I A;  3A3H A;  5IDI A;  1BAG A;  2ZID A;  4D6J A;  3L4T A;  2ZUN A;  1D7F A;  3SUR A;  2XVP A;  3WDQ A;  5DEZ A;  1LF1 A;  3IJ7 A;  3SCP A;  1WO2 A;  1DWI M;  3ARU A;  4QFU A;  4BS0 A;  1E6X M;  4UR9 A;  4JHZ A;  2YKK A;  1J10 A;  3JUG A;  4IPL A;  3RIK A;  1UR8 A;  2XM2 A;  5ECU A;  1FP8 A;  3VKK A;  4ACZ B;  1XYZ A;  2XHY A;  2HVM A;  4TX6 A;  3GNR A;  1WKY A;  1MQR A;  1K9D A;  4A3H A;  1ISZ A;  4TTG A;  2WYS A;  4M8U A;  3WMC A;  4JKM A;  4KH2 A;  2JF6 A;  1HJV A;  2EQD A;  2VTF A;  1HJQ A;  3CZG A;  1KFW A;  1BYB A;  1OD8 A;  3RCN A;  2XGI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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