2AOSA

Protein-protein interactions of protective signalling factor: crystal structure of ternary complex involving signalling protein from goat (spg-40), tetrasaccharide and a tripeptide trp-pro-trp at 2.9 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein-protein Interactions of protective signalling factor: Crystal structure of ternary complex involving signalling protein from goat (SPG-40), tetrasaccharide and a tripeptide Trp-pro-Trp at 2.9 A resolution
rcsb
molecule keywords Signaling protein from goat, SPG-40
molecule tags Signaling protein
total genus 115
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2aosA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2aosA01
1V3KA 1GVIA 1Q6CA 1BLIA 4J3XA 3AHZA 4Z2IA 3AZTA 2BV9A 3BH4A 2BHUA 5E70A 2FGLA 2DGAA 4R27A 3KWXA 4W86A 1V02E 2ZXAA 2XM1A 1E0XA 1UR8A 1E4MM 3WN6A 4Q22A 3SCNA 5ABFB 4H7VA 4FLRA 2IXVA 2GSJA 2E8YA 1KWGA 1IZKA 3OLIA 4A3YA 1E70M 4DWSA 1XH0A 2XYLA 1E4IA 1JNEA 1W2PA 3KE0A 2V3DA 3PZVA 2VCAA 3AYRA 5BRPA 3RM4A 5LA1A 1H0IA 1VIWA 1EDGA 5BXTA 1UD4A 2CKSA 1ZBVA 1XD1A 1A3HA 1W9BM 1XCXA 1KQYA 4QFUA 4JHOA 1W3JA 2ZUNA 2BY0A 2CERA 2QPSA 5KZ6A 3AROA 2UY3A 1V6UA 2ZUVA 3NDZA 1HX0A 1HKJA 2DSWA 1VEPA 4MDOA 1AVAA 3EDEA 3T2OA 4QLLA 1D7FA 4F79A 2Z1KA 4GZJA 3SCOA 4TXEA 5A6JA 3ZMRA 1JD9A 2VNCA 4PMDA 5EFFA 1HJUA 2Y24A 3MUY1 3IAQA 1PX8A 4JL2A 1I1XA 2JIWA 2CYGA 5JBFA 5A6BD 4AD5A 5BXSA 2E3ZA 2Y8VA 1RP9A 2QV4A 5C8BB 1R86A 3UR8A 3PHAA 3MSGA 1R87A 2GFTA 4QLJA 1UKTA 3SUSA 2YBUA 2VX6A 4ATLA 1UWRA 1CIUA 3W24A 1N82A 5LA0A 1VBRA 3BMVA 5I78A 1WB0A 3IAPA 4P8VA 3SURA 4AISA 3APGA 3L4UA 1HVXA 3ARQA 3CZ8A 4WSJA 5D4YA 3EBVA 1TA3B 2YIHA 2GK1B 3FHAA 3W28A 1JZ2A 3VD4A 1J18A 2G3NA 1KR0A 2VTFA 3PZIA 3NJ3A 1BYCA 1B3ZA 4NI3A 3TP4A 5FKYA 1EXPA 3GM8A 4HMEA 2VRKA 3W25A 3L4VA 2IUZA 3QHNA 2XM2A 2EPOA 3VMNA 2VQTA 1TVNA 5IHSA 2PF0A 3VIJA 3ZQ9A 3PZUA 4PCSA 2WWDA 3WDHA 2CXGA 1ISYA 5CSYA 3AHTA 5HNNA 4M56A 3U7VA 5M5DA 9CGTA 1BYAA 1V08A 2QLYA 4LYQA 1GCYA 2EPMX 5I77A 5I6SA 1V03A 4YHGA 3W0KA 3IJ9A 2WVTA 2VX5A 1CBGA 1B2YA 1OD8A 3AHYA 1GHRA 3AXHA 4AD0A 1UQYA 1B0IA 2WW5A 3NYDA 4C7GA 5I24A 2HVMA 2C7FA 3D5HA 4BQ4A 3GXDA 5E0FA 2VL4A 5JIWA 1CYGA 1C91A 4DWSD 2W67A 3AISA 1E9LA 3WFLA 1RH9A 1WDQA 4TX8A 3CUFA 1JFXA 2AAAA 3WF4A 2XTKA 3WNMA 2OYLA 2PWFA 2VCBA 2Y8KA 3BSHA 4MTVA 2XPKA 1EA9C 3TTOA 1UQZA 4ZFMA 2EPLX 3KL5A 4DM1A 3W37A 5ABFA 2JFEX 4D6GA 1GOIA 4AZIA 2YL6A 2VCCA 1CPUA 5FL1A 2E8ZA 3FAWA 1PEZA 2EEXA 5A95A 5JBDA 4M1RA 2VZOA 3UERA 4A4AA 5A6AA 3W6LA 1XSJA 1M7XA 4F9DA 3FXYA 4ZENA 3K4AA 1QI3A 1JDAA 1KCLA 4B3KA 3THCA 2EO7A 1EQPA 4D72A 4IUGA 4UOJA 2VZUA 1LJYA 1H4PA 3CPUA 4AEFA 2D0HA 2ZICA 2VRQA 4AZCB 5I5RA 1LL6A 3TA9A 3AXXA 4E4PA 2VURA 5IFTA 4PSRA 3SIMA 5FCZA 1HKKA 1V6WA 2E4TA 2WAGA 4TOQA 1WDSA 1KXTA 1EGZA 2E9MA 2W61A 5GQBA 3PN8A 1UZ4A 2PWDA 4D6HA 3B8SA 1FH9A 1V02A 2D3NA 2J74A 4KRTA 5CPTA 3VNZA 2WPGA 2OSXA 3VX0A 4PMUA 3UR7A 3WNOA 1D2KA 3OA5A 1HP4A 3VD9A 2XGBA 3EMQA 1UD3A 5A2CA 2WVSA 4WIWA 4UCFA 1C90A 2O9TA 4AXNA 2ZUMA 3WH8A 2WCSA 3SUVA 2OWXA 1TFVA 4PTXA 4K68A 2PC8A 2ZX8A 4JHZA 4FLOA 2CCRA 3VGBA 1UH3A 3VX1A 1E40A 2XIBA 1E4LA 3WUBA 1UD5A 3L4TA 1E0VA 4D6FA 5A8OA 4E8DA 4ZE4A 2J4GA 4CU7A 1BF2A 2WB5A 1YHTA 5AC5A 3AOFA 1NH6A 3OGRA 1E71M 1K9DA 3AQUA 5IFPA 4BF7A 2VZSA 4OJYA 1OWQA 1NWTA 2D3LA 3CTTA 4CN6A 1LG1A 3WFZA 3NIYA 2AOSA 2DH3A 3PTMA 3DHUA 2BNJA 4UNIA 1TA3A 5BXPA 3DC0A 2GK1A 4P7QA 3VILA 3LPOA 1GJWA 2Y2WA 4JFUA 1UUQA 2XFYA 4ATWA 3VMOA 3CHEA 1VBUA 2WANA 1G0CA 1QNQA 1B3WA 1OIMA 4AZHA 1KGWA 4P8XA 1W2VA 2ZIDA 5ABEA 1Q6EA 1FP9A 2A3AA 3WF1A 1MFVA 1HJWA 1K6AA 4GQQA 4ACZB 4PTWA 2FDMA 4JCLA 3B9AA 5F7UA 2D2OA 3CZLA 1C92A 5DEZA 1V6XA 2C8NA 2XVNA 1O7AA 1C3FA 2G3JA 4D71A 3OGVA 4JCMA 1U30A 2WC3A 2BHYA 1PZ3A 1L8NA 3AMGA 4MNKA 3VNYA 5I79A 1EDQA 2JF7A 3WF2A 2GJXB 4J27A 4L4OA 1GHSA 3HMCA 3OGSA 3WD4A 2CKRA 1HT6A 4DUXA 4XUYA 1H3GA 2VX7A 4M24A 3ZJ7A 1CGVA 2XVPA 3RM8A 4AD2A 5C71A 3K1DA 2WXDM 3MO4A 1JYVA 4CUCA 4IPNB 1WO2A 1US3A 4PTMA 1E6PA 3OG2A 1BG4A 2ZOXA 4AZ7A 2WMJA 2D0GA 1HKMA 2ZWZA 4CD5A 4Z2GA 1BAGA 2WHJA 4P7NA 1NOFA 1JF5A 1UWSA 4KGJA 2QMKA 3T0DA 4UR9A 5HOSA 2XSBA 3AIRA 2D0FA 2J8FA 1NM9A 3HN3A 4KMQA 1B1YA 2O9RA 1FH7A 4H8HA 1EO5A 4C7FA 3RJXA 2XVLA 3U5UA 5ABHA 2UWFA 1XHGA 1KBBA 2W66A 3D3AA 4ZXLA 2VZTA 2V38A 3AMDA 3MUZ1 3RDKA 3MUAA 3ARSA 1FH8A 1ZS2A 3KZSA 3QOMA 4AZCA 1UR1A 4CKQA 2DH2A 1E1FA 1E6ZA 3NSNA 5A3HA 3F5KA 4YN5A 2CEQA 1V3LA 3WMCA 3WD0A 2ZX9A 2ZX7A 4HZ8A 4UFIA 3W38A 3CGTA 3JUGA 4MB3A 1EHAA 4S3JA 3II1A 3J7HA 5FD0A 4CN1A 3PTKA 5A6MA 1J01A 4XV0A 2E40A 2ZXBA 5D8WA 3M7SA 4AMCA 4AC1X 1KWKA 1VF8A 4D6DA 3G6LA 1UKPA 4TVCA 4B9YA 4PYSA 2PWEA 1AQ0A 1H0GA 2CBUA 3WH6A 5CSUA 5M17A 1CWYA 4AY1A 3K8LA 4W8AA 3A3HA 3PZMA 5BCAA 2X05A 3ZR6A 4R5EA 3POCA 1G5AA 1GPFA 1QBAA 5FOOA 3FAXA 1SMDA 2A3CA 2J7BA 1B3YA 4PMXA 2BXYA 1M53A 1U2YA 1H41A 2XIIA 1JD7A 3OIHA 3EMCA 4HTYA 2CITA 4KGLA 4LPCA 3NSXA 1AMYA 1KGUA 4TTGA 2VT0A 3ARPA 2X0HA 2D22A 1Q6DA 2PB1A 1WNOA 4WJXA 1V0NA 3AMKA 3WDIA 2O9OA 1V3HA 2JEPA 4NF7A 1ODZA 2GDUA 1W9VA 2D24A 1NQ6A 2WVUA 2Z1SA 4CCEA 2GDVA 4ZEPA 1MXDA 2WVVB 4BZYA 4TX6A 3UEQA 2PBGA 4OBRA 1JIBA 3F5LA 8CGTA 5CQ1A 2DIEA 3AMLA 4GZIA 4HA4A 1B30A 1E72M 1JNDA 2VZVA 5BRQA 2W91A 4GPNA 2VR4A 6A3HA 1QNSA 3NSMA 4GO9A 2E9BA 3BAXA 4ACZA 5AYIA 2V5CA 4AIEA 4F66A 2UY4A 4CU8A 3DHPA 2GJRA 3L2MA 3VIFA 4GINA 4KH2A 5GNYA 1QI2A 3SCRA 4MPKA 3FHQA 4HU0A 5A8PA 4W7UA 5A8QA 1HJVA 5DF0A 2CIPA 4FLQA 3WELA 4U2ZA 5DO8A 4W7VA 1K9TA 1HKIA 3AHXA 3SCQA 4P7LA 2YA2A 4NZCA 3ARUA 1X6LA 3M6DA 2FHFA 4RE3A 2QF8A 4PMNA 1FFRA 2UY2A 3ALGA 2YL9A 2ZUUA 5IDIA 2GJXA 4URIA 5CG0A 2A3EA 4W87A 1GOOA 2F61A 4RL3A 1BYBA 2BFGA 3BSGA 3BAJA 3O9NA 1OGGA 4CD6A 3BAKA 1VEMA 2DSVA 1QNRA 1JZ8A 4M80A 1RD6A 4HMCA 2WZHA 1EO7A 1UR0A 2VX4A 1S46A 2W63A 1W9UA 4B3LA 2WM0A 3AS3A 3CH9A 4J7RA 3WMSA 2WZEA 4QCEA 3RIKA 3U57A 3OB8A 4V2XA 2W5FA 2ZX5A 4JIEA 1J0HA 1KQZA 2BS9A 3N18A 3O6AA 5IHRA 4B9ZA 1UD2A 3N04A 2GUYA 2EPKX 2WHMA 4CGTA 2YLLA 1HIZA 1HVQA 3WDJA 3IJ7A 5BROA 3AIQA 3L4WA 3SUWA 4BQ2A 3CZEA 4JKLA 4AD1A 2G3MA 2ZUSA 2D23A 4E2OA 4A3HA 2DSZA 5HDRA 4S3KA 3MSDA 4D6EA 5C70A 1JGIA 1MW2A 4JZ5A 1PPIA 2J78A 3WKZA 1QHPA 3WL1A 2VR5A 4PRWA 1OSEA 4PMYA 4CD8A 3SUTA 1JZ3A 4MJ4A 1XC6A 3CIVA 5E09A 4TUFA 2EQDA 4HOWA 1QVBA 1IV8A 1UOKA 3WDQA 1GNXA 4HOXA 3BC9A 1NOWA 4MNJA 1WPCA 3SCWA 1V0MA 3VTRA 1VFMA 1OB0A 7CGTA 1W1VA 2GJPA 4EE9A 4JKKA 1PAMA 1BG9A 1B90A 3VDAA 1XH1A 3WDRA 2JALA 3WF3A 4U3CA 2CHOA 3WNNA 1ISWA 1E0WA 4H8UA 4PMQA 2O92A 3MU7A 3W27A 2DPEA 2YDQA 1VJZA 2PWHA 5HBFA 3A4WA 3UESA 3MMUA 4WKFA 2G8ZA 1GOMA 3VOCA 1R7AA 1HNYA 1OCQA 4UFLA 3PZQA 2AMGA 3SCPA 5D9MA 3SEPA 2FH6A 4ACYA 8A3HA 2WCGA 2A3BA 1UKQA 4EAMA 1AQMA 2ZUWA 3BMWA 4UOZA 1QNPA 1C8XA 1B31A 2J7FA 4MDPA 3EYPA 3VGEA 1CGXA 2TAAA 1QBBA 4GO8A 1HF6A 3GNPA 2J77A 4HPGA 3VIPA 3NUKA 3G6MA 1OT1A 2XG9A 4OUEA 3E1F1 2WVVA 3AYSA 3WENA 5D9NA 3VM7A 1O6IA 4W8LA 5FL0A 5E6YA 4FLSA 4WKAA 5CPQA 1UA7A 4Q7NA 1XGZA 2DDXA 3WNKA 1WDPA 1EIBA 3AIEA 4MB5A 3TOPA 1QHZA 3GTNA 3MKKA 3GH4A 2Q8XA 1J0KA 2BVDA 1CXLA 1JYXA 5KEZA 2WSPA 1JL8A 4KWUA 3SCUA 3W26A 1NP2A 1MYRA 1HL9A 2YJQA 4U33A 4YPJA 2NSXA 5I3DA 3WUEA 4JFTA 1F4HA 5E6ZA 5A8MA 3T2PA 4LGXA 2VVSA 1MFUA 4W8BA 1VJSA 3T08A 1WZMA 5CLTA 3GBEA 1UD6A 5CLWA 3B9DA 5I2UA 3A47A 2V3FA 3RM9A 2ZXDA 2WMIB 2O9PA 1CXKA 3WMBA 5DT5A 1W1PA 1UKSA 4P8UA 1W9XA 5BXRA 1W9DM 2VQUA 3N15A 3GZAA 3GDBA 3ARRA 1OM0A 3SUUA 3I3EA 2NT0A 1UH2A 3VM5A 4U31A 3N13A 4RE2A 1NWRA 5A8NA 3S6TA 2A3HA 5A6LA 1JFHA 3LMYA 4JL1A 1GW1A 1V0LA 4AIUA 4LYPA 5JIPA 2CBJA 2YOCA 1W3LA 2DT3A 1ISXA 1CXEA 1E6SM 2DSUA 3L4XA 2G4FA 2BXZA 2WC4A 2DEPA 1QI4A 3QGVA 4BS0A 1XYFA 3WUGA 3ARXA 1BYDA 4GZEA 5CXPA 1JI2A 2CPUA 3CZGA 3WD1A 3VU2A 4FK9A 2Y5EA 4UQCA 1MQPA 5JUVA 1H1NA 3TTYA 5BYWA 4PMRA 2PBOA 1XV8A 3RMEA 3KL0A 3B9EA 2J7GA 1UHVA 1W3KA 3A4XA 1C7SA 2WK2A 1VFFA 5A6KA 1SMAA 4FMVA 1JAEA 1UZ1A 3AIUA 4B15A 1WZAA 3QR3A 4OOZA 4J3TA 3FN9A 4ZE5A 4MB1A 5AC4A 1OINA 1FHDA 4JFWA 1NWUA 2EBNA 4AW7A 4AWEA 1PJ9A 5DT7A 3VDBA 1KXVA 1XCWA 4QCFA 1CGUA 6CGTA 3I3DA 1JZ5A 3M46A 2ZUTA 3W6MA 4HMDA 2OYMA 2ZE0A 4NRSA 1P6WA 1W91A 1E15A 2VUYA 1J0YA 1EOMA 3K4DA 1KCKA 2QPUA 3VGHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FEP A;  3F5J A;  2BVT A;  2FZB A;  4UQD A;  2D1Z A;  3NDY A;  1EH9 A;  2XGI A;  3E0I A;  3VIM A;  3ZM8 A;  4KW2 A;  3CBW A;  3T0A A;  3P84 A;  4RR4 A;  4MYA A;  1XYZ A;  3PTD A;  3R94 A;  2SFP A;  1ZJA A;  3WEO A;  1OFQ A;  4IXX A;  4FF5 A;  3AZS A;  1H09 A;  4TMB A;  3QZ6 A;  3QY7 A;  3RCN A;  4CLM A;  1LL4 A;  2BGN E;  2WO5 A;  2Y6Z A;  2CES A;  1B4E A;  4AZG A;  4H3D A;  4JAW A;  4JOM A;  3WF0 A;  1MQQ A;  3ABR A;  4J5N A;  4O19 A;  4IP5 A;  4EPE C;  4Q8Q A;  1GUV A;  5A8G A;  2WHL A;  2E5D A;  1B3X A;  3LRL A;  1NFG A;  1JPD X;  2BOF X;  4EPB C;  1DHK A;  4TW8 A;  4ML4 A;  2PDX A;  3EXR A;  1OT2 A;  3N9R A;  3RU8 X;  4WSK A;  4PL1 A;  3GVW A;  3WEM A;  4H6R A;  4XVD A;  2JEQ A;  1ISV A;  1IT0 A;  3AXI A;  1SGJ A;  2DG4 A;  1F7B A;  4M81 A;  5MKG A;  1URO A;  2G3I A;  3LRM A;  1TCM A;  2ZQT A;  3I6R A;  3OVR A;  3ANU A;  4K39 A;  4C6K A;  2O56 A;  3UNT A;  1KFC A;  3PWI A;  5HWN A;  3EWW A;  1PX3 A;  3PFM A;  3VCR A;  3QH2 A;  3WQ8 A;  1B54 A;  4QS6 A;  3B06 A;  4W7W A;  1AW5 A;  5GNX A;  4QAI A;  4PN2 A;  1DXE A;  3WH5 A;  3ARW A;  3U5Y A;  5XIM A;  5HMS A;  1HP5 A;  2ZZ2 A;  3N9S A;  4F4R A;  4U4M A;  5I3K A;  3UWE A;  1SR0 A;  3AYT A;  3ZST A;  2GOK A;  2X0Y A;  4QSH A;  1MW1 A;  4U5I A;  3G1V A;  1QXL A;  1TZZ A;  3PJT A;  4Y7E A;  2FIQ A;  1QOX A;  4UNL A;  1XIS A;  2BG5 A;  1BHG A;  1V7A A;  3BGA A;  4HT3 A;  4XX6 A;  5MHB A;  1W1A 1; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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