2AOSA

Protein-protein interactions of protective signalling factor: crystal structure of ternary complex involving signalling protein from goat (spg-40), tetrasaccharide and a tripeptide trp-pro-trp at 2.9 a resolution
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein-protein Interactions of protective signalling factor: Crystal structure of ternary complex involving signalling protein from goat (SPG-40), tetrasaccharide and a tripeptide Trp-pro-Trp at 2.9 A resolution
rcsb
molecule keywords Signaling protein from goat, SPG-40
molecule tags Signaling protein
total genus 115
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2aosA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2aosA01
2C7FA 1ODUA 4D72A 1XV8A 1UD3A 1TFVA 3WDPP 3AOFA 5D9NA 1ITCA 4WIWA 4UQCA 2W5FA 2VCCA 1NM9A 3VDHA 4HPHA 1JYVA 3WMSA 1CIUA 2ZXQA 3QHMA 4FK9A 2OWWA 1W1PA 2WW5A 5A3HA 1WDSA 2DSWA 1XYZA 2W63A 4JHZA 1LF1A 2YLAA 4UQBA 3ZJ6A 3TTSA 2D3LA 1MQQA 2X2YA 1HT6A 9CGTA 4S3JA 3WBEA 3VVGA 4IISA 1HJVA 2D0HA 4PMNA 7TAAA 4OOUA 2Y2WA 3MS8A 3T2OA 1KGWA 1DWJM 4W7VA 1OGSA 1GORA 2Y4SA 4MDOA 3WD3A 3RJXA 1EIBA 4PEEA 2BNJA 3ZJ7A 2RGLA 3BMWA 1TG7A 2ESCA 4E4PA 1DWGM 2VQTA 1X6LA 4HA1A 1MW1A 1S46A 1HKIA 4PMYA 4M29A 1UZ4A 3VGHA 4M81A 3TP4A 1B3ZA 3VKKA 5LA0A 2FHCA 2JF7A 1WB0A 1V6VA 2AOSA 2OYLA 5CPTA 3QHNA 2ZX9A 3GH4A 4IPNB 4PTMA 2WVTA 1Q6FA 2VR5A 3WF4A 1PZ3A 1UWTA 1HXJA 2WMJA 1V3HA 3VTRA 2DT1A 2VZVA 1KBKA 1VJSA 3CUIA 1QNRA 1EH9A 4NI3A 1UR4A 1VRXA 1UA3A 1WNOA 3ZR5A 1CGVA 4YHGA 2EPNA 3FAWA 3WMCA 4Z2JA 4N0RA 4GZIA 3DHPA 1C8XA 4PMQA 4HOWA 4P8XA 3VINA 1JYWA 1XD0A 4HTYA 2B31A 3T0AA 2WHJA 1IV8A 1EQPA 3A47A 1U33A 3L4YA 4MDPA 2BV9A 1GOWA 3BAWA 1OM0A 2FDMA 4UR9A 2CXGA 3NJ3A 4AZ6A 4P7LA 3SUVA 1V02A 4HOZA 4ZENA 3U7BA 3UG5A 1UWRA 2EQDA 4MAVA 4D1JA 2E4TA 3UR8A 2JF6A 3GNRA 1X6NA 3OGVA 2XWDA 1H11A 1CTNA 2BS9A 1PZ2A 2XVGA 1UA7A 3SCNA 1QNQA 2PBOA 2ZX5A 2WMHA 3DECA 1E15A 3FHAA 5AYIA 3OZOA 2XM2A 1E5NA 2FHBA 1EOMA 3CZJA 3K1DA 2E40A 1JF5A 3AS3A 1A47A 1PBGA 1TCMA 2WCAA 5A2CA 4UCFA 5I23A 4WSJA 1W1VA 2DIEA 2TAAA 3WDHA 4X0VA 3WH9A 2WLYA 2QPUA 4PSRA 1UD8A 4UFIA 3WMBA 3CTTA 1EDGA 1HVXA 1KQYA 2JEPA 3F5JA 4J3VA 4AIUA 2JEQA 1JD9A 1GJWA 3WF0A 4Z2IA 1CXEA 1R87A 1E55A 3WKZA 1C3FA 3WNMA 3PTKA 5HOSA 5KZ6A 2GDVA 1WP6A 2WXDM 1MFUA 4DWSD 2WHKA 3IAQA 2WC7A 5I3DA 5JIPA 1B0IA 5E6ZA 5CZKA 4D6IA 4M24A 3PN8A 1HN1A 1EOKA 3BH4A 4D6GA 2WWCA 1MQPA 4P7NA 3B9AA 5D9MA 1GHSA 1QBAA 1NP2A 3MV01 4RE2A 3S6TA 1HJQA 1OIFA 4KMQA 1JZ2A 1H1NA 3CBWA 3QR3A 5JBFA 1CZ1A 3GXFA 1CYGA 3VILA 4CCCA 2ZXAA 1B3VA 3TTYA 1R8LA 1H41A 2G41A 2WVVA 4OBRA 2DH2A 1HIZA 4W84A 1NWTA 4MB1A 5FCZA 4XB3A 2DQXA 1UR9A 1SFSA 2BY2A 4HZ7A 2V3EA 1ZBVA 2WMKA 3L4WA 1BLIA 2XHYA 2DSKA 4CD4A 4U33A 4OIFA 2VC9A 2G3MA 1BG4A 1ITXA 3B9DA 1BYAA 1SYTA 1JDCA 1HP4A 3ALFA 3PZOA 4PCTA 4W86A 3EDKA 3WF3A 4EE9A 3AIWA 4TTGA 1MXDA 4HP5A 4YHEA 3NYDA 4BF7A 1OD0A 4OZOA 3GM8A 5CXPA 4EAMA 2ZX6A 3L2LA 2Y24A 3CUGA 2WB5A 4QLKA 2PWDA 1QOXA 1J0YA 1XCXA 1J0JA 1E56A 3VX1A 4GI8A 1MW2A 3RPMA 4U3CA 2VVSA 1UHVA 1BHGA 1BQCA 3AYRA 3MV11 1LL4A 1BG9A 3BSHA 1VENA 4R5EA 4WKHA 1JL8A 4JKLA 4PMRA 4PMZA 3WNNA 4D6HA 2DSVA 3A4XA 6TAAA 1J0KA 1GOOA 3WFZA 1UQZA 2MANA 1QHZA 3K8MA 3ECQA 1E6PA 3SIMA 3VGEA 1YQ2A 2DIJA 3MUIA 1X1NA 1BFNA 3W24A 1V6XA 4MJ2A 3W28A 2O9TA 2W4XA 3ZIZA 4CGTA 1LL6A 2F61A 2DSZA 4J28A 2J25A 4J7RA 3W38A 1NQ6A 3L2MA 1UKOA 3PZVA 2VRJA 2VZOA 2BVDA 1BYCA 2CYGA 1F4AA 5FD0A 1PX4A 3J7HA 1HF6A 4P8UA 1E6NA 2YA1A 4CU8A 1WO2A 3GH7A 3EMCA 3VNZA 3CGTA 5JIWA 3VO0A 4HMEA 1CGUA 3W6MA 4UOJA 4UZSA 5A6BD 1G5AA 2VX7A 4BQ2A 3NUKA 4TX6A 2BVYA 2G3NA 4E2OA 1MFVA 2DH3A 1Q6EA 3VD4A 3CMGA 3I3BA 2WCSA 5A94A 1KGXA 1V03A 2VL4A 4CD7A 5E0FA 3AIRA 1W3HA 3AHVA 4C7GA 3EBVA 4CVWA 4Z2LA 4K68A 3O6AA 5A8MA 3WNLA 3FXYA 1GQLA 2CHNA 3T09A 3U57A 1VEOA 2DSUA 4W85A 2E8YA 2FGLA 4CVUA 3MMUA 4MPKA 1K9FA 1NWSA 3D3AA 3EDDA 1QI0A 1PPIA 4GI9A 2V3GA 3AISA 3WQ8A 2E3ZA 1GJUA 3T2PA 3W81A 5EFDA 3CH9A 2ZUVA 2GDUA 4IUGA 4PCSA 1CXIA 1OT1A 6A3HA 1D3CA 1TVNA 2CERA 2CIPA 3G6LA 4AD3A 4QCEA 4WLCA 4E8CA 3ARYA 3GZAA 1UG6A 8CGTA 3SUWA 2G3IA 1U2YA 2AAAA 3CIVA 4RE4A 2VRQA 3DYMA 1D7FA 2A3BA 4P7OA 1J01A 1WE5A 1LWJA 3N1AA 1UR8A 1W3KA 1AVAA 1CGTA 2IXUA 1N82A 2WSKA 1EO5A 5IDIA 3WL0A 1ZBWA 1JIBA 1MQRA 1DEDA 2CCRA 1JZ7A 3GXDA 4F9DA 1FA2A 3AIBA 1B3WA 2Z1SA 1BGAA 3OLGA 1GPFA 1NWUA 2WZHA 2FH6A 1GONA 1UR2A 4Y7EA 3ZOAA 3NDYA 4W8AA 3A6OA 4UZUA 3EDEA 3T2QA 3ARVA 2GJRA 4W8LA 1JDDA 2PWGA 2ZUSA 3ZT5A 1DWIM 1V3KA 1TZ7A 1QNPA 2PF0A 4JZ5A 1BVNP 2VO5A 1US3A 4LQ1A 4HZ8A 2QMJA 2J8FA 2BXYA 1G01A 5GPRA 2O92A 1AQMA 5A2AA 5CSUA 2C0HA 2VQUA 2OLHA 2A3HA 5EB8A 1KXVA 1W9XA 2WVVB 1ISWA 1JZ3A 1SR0A 5CLTA 5AC5A 1Q6CA 1HKMA 2CKRA 5LA2A 4MNJA 1L8NA 1W2VA 3GNPA 3U7VA 1V3IA 1J12A 3SCUA 5BRQA 2ZUUA 3IJ8A 2YDSA 3WH6A 5CPSA 3BCFA 2A3AA 2V3FA 5GNXA 5IFTA 1WDQA 2XIBA 2CHOA 1U30A 2HVMA 2RGMA 3KEHA 1J0IA 4JKMA 4UTFA 3BAIA 4GXPA 1LQ0A 5GNYA 1JXJA 2XVLA 2WMFA 3PHAA 2UWFA 5A8OA 4QLLA 4GINA 3F5KA 1JZ6A 1C93A 2J79A 2CNCA 4JFVA 4M8UA 1QI2A 2J7GA 3PTMA 4JKKA 3F4VA 1E6QM 3HJEA 1UKSA 1UZ1A 2BHUA 4CKQA 1BYDA 3ZSSA 4GI6A 1K9DA 2JFEX 1DP0A 3CMJA 4FMVA 1KR1A 2QPSA 2WMIA 5BXTA 5I5RA 3W6LA 2GJXA 2UY3A 3EYPA 3WDRA 5I77A 4GPNA 2ZOXA 3UETA 1E0XA 1V6WA 1UUQA 2D22A 5FIPA 4FF5A 2BY3A 1UH2A 4Q7NA 1BAGA 3HMCA 3OG2A 1OB0A 4H8HA 4ACYA 3OLDA 2BY1A 5LYRA 1ZL1A 2J8GA 3VD3A 5DEZA 3ZMRA 3OA5A 4UOQA 1JYXA 3BCDA 2X0HA 1OSEA 2JALA 3VMNA 5ECUA 1NOWA 3SCTA 3WQ5A 3ZM8A 2GFTA 5CSYA 1VF8A 4JAWA 4UQ9A 4JCMA 2OWXA 3F5LA 3POCA 4NSBA 4U3AA 5DFAA 3MUY1 2D20A 1OGGA 4PMVA 4W7WA 2WHLA 3ARTA 2YL5A 3ALGA 5A8QA 4GQQA 1GZJA 1ISXA 1V0LA 3VIPA 2CBIA 4C7DA 4D6CA 3ZJKA 4U31A 3VX0A 4B9YA 1ISYA 3B8SA 3W25A 2J75A 3M6DA 1UD4A 4HU8A 4GIAA 1XSIA 4PTWA 1R7AA 5JH8A 1GQIA 4AZHA 1EXPA 3RM9A 1OT2A 2ZXDA 1E6SM 1J11A 2Q8XA 5AC4A 1ZB5A 3AMGA 4AXNA 3FY1A 4WKFA 3QGVA 5HDRA 2PWHA 1JZ4A 1XRVA 1E70M 3MUAA 4AD5A 4AWEA 4PMXA 1OD8A 4LYRA 4FLRA 3VUPA 1QI4A 2WANA 3W82A 5I78A 3ARWA 4W8BA 1M53A 1LWHA 1VBUA 1RD6A 2UY2A 4CN6A 4WSKA 4AD1A 1CPUA 4PTVA 4OKDA 3L4UA 4KWUA 1BPLB 5ABFA 1XHGA 3AIQA 4AZ7A 1OIMA 1UKTA 2XFYA 4W93A 3AICA 2YBTA 1KWKA 3BC9A 1GOQA 1V02E 1CWYA 1KBBA 1V0NA 3RIKA 3PTQA 1W91A 3AMKA 3UG3A 1FH9A 4PSPA 2EPMX 2QV4A 2BFGA 4W7UA 3TTQA 1C8QA 3ZSTA 4MAZA 1H4PA 3EDFA 5BRPA 3MU7A 3M7SA 2EBNA 5TD4A 2ZX8A 1NARA 4B15A 2EPLX 1KGUA 5DT5A 3MUZ1 4LGXA 3W26A 4B16A 4TVCA 4D6DA 3RM4A 4BQ4A 5IXEA 2Z1KA 2W91A 3AIUA 3N11A 3WNPA 3W53A 1KB3A 3THCA 2GUYA 4XZBA 1LJYA 2CETA 3G6MA 4MNMA 2ZXBA 3WQWA 3ZT6A 4WK9A 5HNNA 5A95A 1FH8A 2YL6A 5E70A 4RL3A 5DT7A 3CUHA 1R7OA 3RCNA 1J10A 3K4DA 1C7SA 2VUYA 3OIHA 2E9MA 3WNKA 3GYCA 3FN9A 5M5DA 3CHDA 1WZMA 1EHAA 5IHRA 3CPUA 1J9YA 4NF7A 1HVQA 4UFHA 5BXRA 3RMEA 3SCQA 2DT0A 1GOMA 3TA9A 3BLKA 2XFRA 1B9ZA 4J27A 4DM1A 3N13A 4DWSC 1E72M 3WUBA 3BAXA 2VZTA 1G1YA 5M17A 4DUXA 4PUDA 1FP9A 2GJPA 1OINA 2IUZA 1JI2A 1DHKA 1QBBA 2J7CA 5JBDA 4QDMA 2XM1A 1A3HA 3SURA 1JG9A 1WZAA 3AHYA 3K8LA 2D24A 2VCAA 2YKKA 1W9DM 1E3XA 1EGZA 5E09A 1M03A 2CPUA 1JDAA 1C90A 4MNKA 4AY1A 1HL9A 2J78A 1ODZA 3IANA 4TTUA 1BGGA 3K4AA 3FNDA 5BXPA 1MVYA 3WN6A 4AD4A 1DWFM 4TUFA 4KGJA 2YL9A 1VFMA 4CD6A 1CXKA 2QF8A 2WMIB 2X1IA 2XVPA 4M82A 4NRRA 3DYOA 2GJXB 3VIOA 4M56A 1CBGA 1WKYA 4BCEA 4ZEPA 5A69A 2D23A 4FLQA 1K9EA 3AS2A 4GO8A 3PZNA 1UWUA 2XGBA 4R27A 1NWRA 3N12A 1EQCA 4P7RA 5HBFA 1B3XA 7CGTA 1TVPA 3LPGA 5DO8A 3N18A 5CLWA 4D6FA 1P6WA 2ZWYA 1QPKA 1QW8A 4MTVA 4Z2GA 4V28A 1NP0A 1FFRA 3PZMA 1KXQA 1GCYA 1ISZA 4PUEA 1WCGA 2HISA 4AZGA 2XSBA 1LLOA 5E0CA 3SCPA 3S2CA 5A8PA 1JZ5A 3II1A 5I6SA 3U5YA 3L4VA 3RM8A 4XZWA 2VVNA 2E9LA 5EFFA 3ZR6A 3KZSA 2VZUA 1HJXA 4QLJA 2EJ1A 1E43A 1VBRA 4H2CA 1W9VA 5I79A 2X09A 2EPKX 2V5DA 5CQ1A 1G0CA 3WQVA 1E73M 1HJSA 4GKLA 3VPLA 4YPJA 3WY1A 1XH0A 1JFHA 4LX4A 5AYBA 2VI0A 2VT0A 5D9PA 1M7XA 1H09A 4U5KA 3OGSA 3AI0A 1HX0A 2OSWA 1ZBKA 5HPOA 2YBUA 4P8VA 5I24A 1V3MA 4JHOA 4X9YA 3IAPA 3VIMA 3GXIA 3UG4A 3ARSA 1FH7A 1WPCA 5GNZA 4D6JA 3CZ8A 1WZKA 1UKQA 1UD2A 3SUTA 2J7DA 1PX8A 3PZQA 4HA3A 3NSMA 4D71A 1ZBCA 4PMDA 4P8WA 1JFXA 1QW9A 2PBGA 4AEFA 3VDCA 4URIA 1KCLA 4X0NA 1KXTA 3WD2A 1AMYA 3BAJA 1QI3A 3WENA 4M80A 2PWFA 1C8YA 1JNDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1W9U A;  1CGW A;  2W61 A;  1CXF A;  2Y5E A;  3WDJ A;  3SEP A;  2VJX A;  2BY0 A;  3AMD A;  4UOZ A;  5CJ5 A;  4AZ5 A;  2WKL A;  1FHD A;  4E8D A;  2YDQ A;  4UNI A;  2XSA A;  3KL0 A;  3WNO A;  4A4A A;  1OCQ A;  2BVT A;  3HN3 A;  1UYQ A;  1XCW A;  1RP8 A;  4AMC A;  3K46 A;  1C92 A;  3M46 A;  5D8W A;  3WF2 A;  2ZUM A;  1J0Z A;  5ABG A;  1W3L A;  5C8B B;  1E4M M;  3A3H A;  1HJU A;  4MNL A;  2Y8V A;  4QAW A;  4BQ5 A;  3HU7 A;  1E1F A;  2A3E A;  5AY7 A;  2O9O A;  3AMC A;  3ZJ8 A;  3WDQ A;  1JYN A;  3E1F 1;  4W5U A;  4TVD A;  1CGY A;  4MB3 A;  2WBK A;  5M3W A;  5DF0 A;  2J74 A;  1RH9 A;  3AIV A;  4ACZ B;  3IK2 A;  3THD A;  3MO4 A;  3VD9 A;  2XJ7 A;  5BRO A;  4CU7 A;  3A4A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 6REQ B;  1RK6 A;  1GOW A;  2ZTJ A;  1OM0 A;  2FDM A;  2PBC A;  5LGX A;  3SUV A;  4ZEN A;  1UWR A;  2EQD A;  4R3U A;  3N2B A;  4M6U A;  2CLK A;  3W7J A;  2ZC1 A;  4I6V A;  2ZZ5 A;  2GGG A;  1X1O A;  3OGV A;  4RDW A;  4NYY A;  4OU1 A;  2NV1 A;  2QS8 A;  1JUL A;  1LBM A;  3RLU A;  1TML A;  3GRI A;  2FHB A;  1EOM A;  2DVU A;  5T9B G;  1YLV A;  1ZQ5 A;  4WOQ A;  1YPF A;  1A47 A;  1TCM A;  3UYI A;  2YCL A;  4JIQ A;  3O5E A;  5RUB A;  2FKE A;  4PSR A;  1UD8 A;  5F2L A;  4KWW A;  4UFI A;  3WMB A;  3CTT A;  3ZZ1 A;  3TJ4 A;  1LQA A;  2JEP A;  4S23 A;  1CXE A;  3AXK A;  1J5T A;  3WKZ A;  4RZ6 A;  3WNM A;  3ZLH A;  4JYE A;  3ANY A;  1FDY A;  1WP6 A;  1EJU C;  3BMX A;  3MYP A;  2WC7 A;  1MUC A;  1OFQ A;  1JPD X;  5JIP A;  1B0I A;  5CZK A;  3WLI A;  3TW6 A;  3L23 A;  4HQV A;  1Q66 A;  4D6G A;  2FJU B;  4FNQ A;  3N2M A;  1F6P A;  4J4O A;  3MV0 1;  4GIR A;  1RY8 A;  1HJQ A;  4GIY A;  4UTI A;  3QR3 A;  3LTY A;  4CCC A;  3TTY A;  1R8L A;  4JR5 A;  1R3R A;  2WVV A;  4N6E A;  4OBR A;  2DH2 A;  2CLE A;  4W84 A; 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 1MO0 A;  3C6C A;  3EWB X;  4QE5 A;  1QWK A;  5D8W A;  3WF2 A;  3JZU A;  2VGI A;  4HPN A;  3SY8 A;  4IP5 A;  2PEV A;  3RCY A;  2Y8V A;  4QAW A;  4UNK A;  4BQ5 A;  1E1F A;  4OE7 A;  1EZ2 A;  1KV5 A;  4W5U A;  2Y5S A;  3TYB A;  2J74 A;  3HGS A;  3NQ2 A;  3PUE A;  1WXY A;  4ACZ B;  4H8N A;  4GJ1 A;  1KCX A;  3R8G A;  1Y65 A;  4CU7 A;  3A4A A;  2X16 A;  3UFY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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