2DPEA

Crystal structure of a secretory 40kda glycoprotein from sheep at 2.0a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a secretory signalling glycoprotein from sheep at 2.0A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dpeA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dpeA01
1V6UA 2EJ1A 4PTXA 4J7RA 2OLHA 4FK9A 1VEPA 3S2CA 2DIEA 2WVVB 3L2MA 2CEQA 1CGWA 2WZHA 3LPFA 4JL2A 3WDHA 4J3WA 1UR9A 1JYVA 5I77A 2EEXA 1GOMA 1GCYA 1H4PA 5A6SA 1OWQA 1V0NA 2E8ZA 1HP5A 4DWSB 3T08A 4IPNB 4CVUA 3CHDA 3WDPP 1H41A 4AXNA 4H04A 2A3HA 2Y4SA 5FOOA 5I3DA 3GNRA 1NOUA 1W9VA 2YIHA 2VVSA 2ZXDA 2DQXA 2XFFA 4AIOA 1CDGA 1LQ0A 5CLTA 4WK9A 3F4VA 3U5UA 3T2PA 1UR0A 1EO5A 3PZ9A 1E6PA 3QOMA 1OGSA 4Z2HA 3B9EA 1UD4A 4ZXOA 3M6DA 4P7RA 1PX8A 1UD5A 4ATLA 1A47A 1NOWA 1W91A 3WF0A 3SURA 3ZJKA 4GZJA 3SCPA 2OYKA 1VFUA 3VGEA 1B9ZA 1KXQA 1SMDA 5D9NA 4WJXA 2ZIDA 1UD2A 1OGBA 5E0CA 2OWCA 2CHNA 3AXXA 5LA1A 2XVNA 2X8RA 5JIWA 2WMJA 2WVVA 1WNOA 2WK2A 4CN4A 2VX5A 2Z1KA 3W26A 4W89A 1V6WA 5GNYA 4H8VA 1NP2A 1J0YA 3WUFA 4AEFA 1V0MA 1ISVA 4AD1A 3WNKA 2CITA 3BLKA 2GFTA 3MUAA 3OBAA 4DUVA 4DWSA 1BAGA 4MB1A 1LF1A 1WE5A 4JHOA 1UQZA 3EYPA 1CWYA 3BSGA 2CCRA 2VCBA 3VGDA 1Q6FA 4AZBA 3OLDA 1KGUA 4CU8A 1KXTA 2XM2A 1K9DA 2DIJA 4MJ2A 3A4WA 1JZ2A 5E0FA 2VC9A 3WQ4A 4AZ5A 2F8QA 3GYCA 3QHOA 3CMJA 4CU6A 3K4AA 3PTQA 3VM5A 1CEOA 1GZJA 3LPOA 2Y5EA 5C8BB 2RGMA 1V3IA 4ACZA 3PBGA 4J3UA 1HKIA 4JFSA 1EXPA 1EA9C 3BAKA 3KE0A 4W5UA 2XVKA 3O9NA 2D1ZA 1HF6A 3QHMA 2XWEA 1E6ZA 4QLLA 3AMKA 2DSKA 4OBSA 4DWSC 4UQ9A 5BCAA 2V5CA 3AZTA 4UR9A 4CD7A 4K68A 5CPQA 3ARXA 2F61A 2CNCA 3DECA 3EDEA 3F5LA 1RP8A 3UG3A 2ZUUA 1MFVA 1V6VA 1I75A 3CHCA 3SCUA 1BVZA 5BROA 2DEPA 1XD0A 3WBAA 1E4MM 1LL6A 3B8SA 4W8BA 1HJXA 2WC3A 4W8AA 4A3YA 3W38A 3ZT5A 3PZNA 5I5RA 1JZ6A 1LWJA 1KGXA 1GOQA 1AQHA 3O6AA 4GO8A 1W2VA 1KBBA 2IXUA 4PMYA 1FH9A 2OSWA 3RCNA 3AYRA 3WBEA 3UESA 4PMVA 3A47A 3SCWA 4JFUA 2FH6A 4PSRA 1Y7VA 5A6MA 2D3NA 2O9PA 3W37A 1QNPA 2VR5A 4UFLA 3PTKA 2J7FA 1XRVA 1UOKA 4HU8A 4GO9A 1EOMA 2J7EA 4CN6A 2J4GA 3NUKA 1B2YA 1CECA 1KQZA 2W66A 2JIWA 1B3WA 1QHPA 1J10A 1OIMA 2EO7A 1ZBCA 3WQ8A 4H41A 5AC4A 2ZE0A 2BS9A 3N18A 4N0RA 3B9AA 2C0HA 1VB9A 3ZM8A 5EFDA 1US3A 3IAQA 2CKSA 4UFIA 3CLWA 4FF5A 4NSBA 4FLRA 4GQQA 3U7BA 3AISA 5CXPA 4U2YA 3VVGA 2MANA 4PTMA 5KZ6A 2YDRA 3MO4A 5DEZA 3M07A 3OGVA 1DWGM 4AISA 2G3MA 3WH8A 3RJYA 2PF0A 2CETA 4P7OA 1GHSA 3WFZA 1W3LA 3ZT6A 2WMGA 1ZBVA 1QBAA 1V6XA 4JKKA 3F5KA 3BAJA 4QAWA 5I6SA 1ODUA 4UZUA 2VT0A 5DO8A 2ZXQA 3GDBA 2PI6A 3GTNA 1KCLA 3SUWA 4LPCA 3AHXA 3MS8A 1UH2A 3DYPA 1E43A 2J62A 2XGIA 1XH1A 3N11A 2D2OA 2UY5A 5A8OA 3GXIA 2D3LA 4WSJA 1JL8A 3AHZA 3W25A 1GVIA 2BVYA 3AIWA 3GXFA 4P8VA 5BXTA 1TVNA 5E6YA 3WH9A 1B30A 2G3IA 2WHKA 2BFGA 1Q6GA 1UH3A 2WM0A 1ZJBA 3RILA 3U57A 1BYBA 1P6WA 1GQJA 4PMDA 1UWQA 1HT6A 5D8WA 1ITCA 3VX1A 1WDPA 4MNLA 5FCZA 3L4YA 4JFVA 4GPNA 1G01A 1JXKA 3HN3A 4LYPA 3OGRA 3RM9A 2DT0A 2VQTA 5IXEA 3ZIZA 2D23A 5HDRA 2ZUNA 2CIPA 2GJPA 1KQYA 6A3HA 2A3AA 1BFNA 1B3XA 4R5EA 3PZVA 5AYIA 1JFHA 2AOSA 1ODZA 4X0NA 2CPUA 3AYSA 3VD4A 1N82A 1X1NA 2VX4A 5BRQA 2YOCA 1PIGA 1WCGA 1VFMA 1OM0A 3OA5A 4LGXA 3NSXA 2YBUA 1IZJA 3CH9A 1EHAA 1QOXA 3VDHA 2PWEA 1EIBA 2E9MA 2BY0A 4PTWA 3MMUA 1X6LA 3PZOA 3MUY1 1ITXA 2EPLX 1BYAA 3AS3A 1MXGA 1HVXA 2DDXA 5CJ5A 2FHCA 4BA0A 3B9DA 1F4AA 2RGLA 3RM4A 1VEMA 5F7UA 4N42A 4HZ6A 1XSIA 3VIGA 4DUWA 4JIEA 3FHAA 4NF7A 5A1AA 1B90A 3VDBA 1K9FA 2OWWA 5DF0A 3W82A 1CGXA 1OB0A 2WWDA 2WZEA 3W0KA 1JZ3A 3AMCA 4Z2KA 4YHGA 3FXYA 1HJVA 3ALGA 3FHQA 5FIPA 8CGTA 1W3JA 3SCNA 1U2YA 1BG4A 3WQVA 1VJZA 4HMCA 1BG9A 3CTTA 3VIHA 5A6BD 1BGAA 1TR1A 4LQ1A 2W91A 3VGBA 1G1YA 3CZ8A 3VIKA 1GVYA 2VUYA 2NT1A 1SR0A 3CZEA 2XIBA 3RMEA 3POCA 4D1JA 1R7AA 4FLSA 6CGTA 4V28A 3KWXA 1IT0A 1CGTA 4L4PA 5D9OA 3ARUA 2WHLA 1JNDA 4JCLA 2DT2A 1GQIA 1LL4A 5HOSA 1EDGA 2VQUA 3O2LA 1ESWA 1XH0A 3A4AA 1ZJAA 4M80A 1I1XA 3WNOA 2JE8A 3N04A 2WSKA 4CUCA 1WKYA 4PN2A 4IPLA 1SMAA 2E9LA 1W1PA 2Y24A 3WDIA 2XVGA 1GW1A 4QCFA 1K9EA 2VZUA 4AD5A 3CZGA 4U5IA 5M17A 3LPGA 2JEQA 1NWTA 1ZS2A 3I3DA 4AIEA 3WNPA 3EMCA 3AHVA 2XFRA 1E6SM 1TFVA 1WAWA 4A4AA 2XUCA 2QMJA 1H2JA 3G6MA 4TOQA 3N17A 1MYRA 3LMYA 2NW0A 2IXVA 4TXEA 4JHZA 4UFJA 4MNKA 4HPHA 3VUPA 3BCFA 4KMQA 3UR7A 1HKMA 5IDIA 1BHGA 3VU2A 5JBDA 5DFAA 1AMYA 2GUYA 3WSUA 1CXIA 2XWDA 1K6AA 1SYTA 3AZSA 1WZLA 2PC8A 4RE4A 1W9UA 1W1VA 1JDCA 2BY2A 5ECUA 2WBGA 1E6NA 1OT2A 4JKLA 1H5VA 1V3KA 2X09A 2VR4A 1QNSA 3VINA 4GINA 4AWEA 4Z2LA 3VTRA 4PUDA 4W7UA 1WDRA 2X2YA 1V6YA 3CMGA 4M24A 4AMCA 5BWFA 1VIWA 4U5KA 3WH6A 3WMBA 5M03A 2BY1A 5GQBA 2WANA 4PMUA 3L2LA 4WLCA 3GBDA 2W92A 4NI3A 1UZ1A 3BC9A 4UTFA 1XH2A 1GUVA 2UY3A 3SCRA 5AY7A 3CBWA 4D6EA 5I2UA 1CGYA 2WWCA 1W3KA 5A6JA 3WD3A 3PZMA 5CQ1A 4EK7A 2VZVA 1L0PA 2PWHA 3MSDA 1ZU8A 4AZ6A 3WQ5A 1I1WA 2DT1A 1CTNA 2WMKA 4P7QA 4MAVA 2E0PA 3VGFA 3VILA 1J9YA 1KXVA 1FOBA 3T0AA 3WH5A 3WNLA 3D3AA 4B9YA 2QHAA 1MQPA 3GXMA 2XM1A 1NQ6A 3PHAA 1H0GA 2ZX8A 1AQMA 1V02E 1J0ZA 1UD3A 1Q6CA 5D9MA 1H1NA 3APGA 3PTMA 1UUQA 4CN1A 2XVPA 1JAKA 5LYRA 2Y2WA 2BXZA 3N9KA 3WNNA 3WF3A 5GPRA 1KWGA 5FL0A 1J01A 1H3GA 2WAGA 1EQCA 2YA2A 2Q8XA 1E73M 3AHYA 1B31A 3M7SA 4IM4A 1WO2A 4W7WA 4Q22A 5CG0A 2BXYA 2V3DA 3KL5A 3AIVA 2DPEA 4GIAA 1U33A 4HP5A 3AMDA 3FY1A 3QOKA 4PBGA 1PAMA 3RJXA 4P8WA 2J7GA 1TE1A 1US2A 7TAAA 1ZBKA 1EQPA 3A3HA 1E0WA 1HJWA 3MV01 1E3ZA 2FGZA 3NSMA 2C7FA 3W24A 3GM8A 3W6MA 2YL6A 3CO4A 4HA3A 3POHA 1R87A 2G3NA 3CZKA 2WMFA 1JYWA 1OSEA 1PZ2A 1E4LA 2DSVA 1YQ2A 5CGTA 1UWRA 1WZAA 4GZIA 5JBFA 2W67A 3II1A 1BPLB 3NJ3A 3WKZA 1UG6A 3WQWA 4ZE5A 3N15A 1ISYA 2BHUA 4MB4A 3THCA 1E4IA 3ZR5A 1CZ1A 1E4NA 4P8XA 4S3KA 3WELA 4XV0A 2E3ZA 4MJ4A 5BXSA 4BQ5A 3KEHA 4XZBA 1FA2A 1UYQA 3L4WA 1GOOA 3ALFA 3VMPA 4L4OA 5JH8A 3SUTA 5A94A 2F2HA 1R8LA 1JDDA 2YDSA 3AMGA 3RIKA 1UWIA 2J77A 1KCKA 3CPUA 1JIBA 1EDQA 3AIEA 3OLEA 4QCEA 3SCOA 4AIUA 1PEZA 6TAAA 3M46A 1HXJA 4PEEA 1MW3A 2W62A 1V0KA 3GXDA 1NP0A 1LL7A 4MDOA 5EMYA 2E9BA 4E8CA 5A3HA 1ZL1A 2ZUSA 4Y7EA 4C7FA 2PB1A 4HMDA 1HVQA 4BZYA 1UWTA 3TONA 2QF8A 1TCMA 3L4TA 1V02A 2Z1SA 3W4RA 3ARTA 4TUFA 2WNWA 2WVSA 2WCSA 1XGZA 5BXRA 2GJRA 1KBKA 1XHGA 4ZENA 3I3BA 3AIBA 2X0YA 5I24A 1W9BM 1C7SA 1E55A 1W9PA 4AD0A 1BYCA 1FHDA 3VPLA 2J78A 2CERA 2ZUVA 4HTYA 4KGLA 4RE2A 1C7TA 1GOKA 2ESCA 4TVDA 4GXPA 2D0FA 3WEMA 4HOWA 2JF7A 2YLLA 4CCDA 1W1YA 4V27A 2GDVA 1C91A 1EDTA 3CUFA 4WKAA 2ZICA 4TTGA 1VF8A 1E71M 2WPGA 4M82A 1OD0A 3MUZ1 4C7DA 1G94A 5A69A 2O9RA 3A4XA 5A8NA 4R27A 2J7DA 2ZOXA 3EDJA 1E70M 3ZOAA 4AZCB 4X9YA 2WCAA 5FL1A 5E09A 1FHLA 4YHEA 3WN6A 1EH9A 5IHRA 4J3VA 2GSJA 1OT1A 3KL3A 2VOTA 1GJWA 4EANA 3VIMA 3AOFA 1PX3A 3GH7A 1UA3A 1VBRA 4OOZA 4OJYA 1E6XM 1NWSA 3DYMA 1MW1A 2ZX6A 5IHSA 3BAYA 1HJUA 3ZQ9A 2VRKA 4MB3A 4MNJA 2DH3A 2XIIA 4DWSD 2WHJA 4BCEA 1OIFA 4H8UA 2CBVA 4WIWA 1GOIA 1E6QM 5A8QA 4MNMA 1HNYA 2HVMA 2X1IA 3MSGA 4PUEA 1C8XA 2QLYA 3DYOA 4GZEA 3FW6A 2VURA 2GJXB 3FNDA 1KFWA 3PZUA 2VX7A 4UQDA 5LA2A 3VD9A 3UR8A 1MQQA 3AIRA 4WSKA 1W32A 3W28A 2ZUMA 2JALA 2XJ7A 3L4VA 1M03A 1Q6DA 4U2ZA 2UY2A 5ABEA 4AZCA 1UA7A 2DSWA 4PTVA 2FGLA 1UR4A 5EFFA 3W81A 1E56A 4UOZA 5CSYA 1LLOA 2J7BA 1M01A 4GI9A 3WD1A 1GJUA 4CCEA 2C8NA 1CGVA 1GOWA 3WD4A 5DT7A 1JI2A 1EOKA 1JFXA 1H09A 2VNCA 2ZWYA 1TG7A 4HZ8A 4BQ2A 1JZ8A 5HNNA 4CCCA 5A95A 1W9XA 3VD5A 4UZSA 3VM7A 1GHRA 1PIFA 3G6LA 2W63A 4UOQA 3EMQA 2EPMX 4NZCA 1UKQA 3OLGA 2JIEA 2HISA 2V3EA 3N12A 3WD2A 2GJXA 4BQ3A 3NIYA 4QDMA 2JEPA 2UWFA 4NRRA 1J12A 1BGGA 3EBVA 3UEQA 4YPJA 2DSZA 4W85A 2ZUWA 1J0IA 3OZOA 1TUXA 2E4TA 3VIPA 3ARRA 3OLIA 5DT5A 2WCGA 2W4XA 1HL8A 1UWUA 3DC0A 4ATDA 1W3HA 3AXHA 2OWXA 4TTUA 3VD7A 4U31A 1XV8A 4ZE4A 1KR0A 4BF7A 2JFEX 4B3LA 4ACYA 4AD2A 2WMIB 3ZO9A 5A6AA 2JF6A 1PBGA 1ISXA 1CENA 5A8MA 5JBEA 4CVWA 1F4HA 4Q7NA 3FAWA 3VDAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1OIN A;  2DH2 A;  2WC4 A;  1PX4 A;  3MKK A;  3UG5 A;  2UY4 A;  5CGM A;  4IUG A;  1CIU A;  4QLK A;  3JUG A;  4MTV A;  1HN1 A;  1JYN A;  3WFL A;  2PBG A;  4AW7 A;  3VMO A;  3SCS A;  4LYR A;  3WH7 A;  3AJ7 A;  4Z2G A;  3ARO A;  3RDK A;  5D4Y A;  1GQK A;  2VI0 A;  2VL4 A;  1CBG A;  3IJ7 A;  1BSI A;  3OIH A;  1M04 A;  5C71 A;  1RPK A;  1UD8 A;  2GVY A;  5AC5 A;  3DHU A;  1DWF M;  4F66 A;  4MPK A;  3AI0 A;  1W9D M;  2B31 A;  3BH4 A;  1GOR A;  1AQ0 A;  1FP8 A;  1E40 A;  4KH2 A;  3ARQ A;  1C8Q A;  3VMN A;  1ZBW A;  3K4D A;  1BQC A;  2VCC A;  5HPC A;  2NSX A;  4W8L A;  1UH4 A;  4H7V A;  1XYF A;  1J11 A;  3EDD A;  4TVU A;  3BAX A;  3WNM A;  1QHZ A;  1CYG A;  2FHF A;  3ARZ A;  3WDJ A;  3K8M A;  1W1T A;  2CBU A;  4GQR A;  4OIF A;  2G8Z A;  4MAZ A;  1QPK A;  2WLZ A;  2V3F A;  5TD4 A;  3BXW A;  4TX8 A;  4F79 A;  3PZT A;  5BXP A;  1UR1 A;  3WDQ A;  2EPN A;  3AQU A;  2J47 A;  1TVP A;  5A2C A;  1NM9 A;  2EPO A;  1EHN A;  3A6O A;  3WD0 A;  2XSA A;  4CKQ A;  1CGU A;  1QI5 A;  3ZST A;  1Q4N X;  2YA0 A;  2XYL A;  2J25 A;  2FH8 A;  4ZFM A;  2YBT A;  4B15 A;  1KGW A;  1B3Z A;  4UQB A;  4PMO A;  3SCQ A;  4Z2J A;  1KB3 A;  3GZA A;  4HA4 A;  3RPM A;  5IFP A;  1OCQ A;  3NCO A;  3FAX A;  2X05 A;  2WMH A;  3PZI A;  4JFW A;  4UQE A;  1E5J A;  3KL0 A;  3PN8 A;  3UET A;  3ZSS A;  2YLA A;  1VBU A;  4KGJ A;  2V3G A;  4PMR A;  1E0X A;  1G0C A;  4OOU A;  1E6R A;  2OSX A;  1E72 M;  4CGT A;  2A3E A;  4OZO A;  4OUE A;  3UER A;  3TTS A;  4JFT A;  2J79 A;  3N1A A;  3WL1 A;  3GBE A;  2ZX7 A;  2BVT A;  5CLW A;  1G9H A;  2BHY A;  2J7H A;  4W86 A;  4GI6 A;  5E6Z A;  1UR8 A;  3LPP A;  1S46 A;  4ZXL A;  3ARY A;  3VD3 A;  4AZG A;  1JF5 A;  2VRQ A;  1HKJ A;  2XPK A;  2FDM A;  3VGH A;  3T2O A;  2WW5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4MLR A;  1GYL A;  4Y9M A;  3KOF A;  3BLK A;  3BL3 A;  4DUV A;  4DWS A;  1LWI A;  5C55 A;  1WE5 A;  4NAF B;  4G5D A;  4JHO A;  1VBG A;  2W3Z A;  2NQH A;  2QCM A;  3BSG A;  2ZRW A;  3MZN A;  4Q33 A;  3VGD A;  1LOQ A;  1KGU A;  3B05 A;  4IX0 A;  4S39 A;  2VC9 A;  3U0H A;  2OKT A;  3GYC A;  3O5G A;  3CMJ A;  3PTQ A;  4EPB C;  1GZJ A;  3NPU A;  3ENL A;  2Y5E A;  5C8B B;  4J3U A;  3W2M A;  3TTE A;  1KT0 A;  1EA9 C;  4HNO A;  2C1G A;  3G0X A;  2HXT A;  4W5U A;  3LM3 A;  1ZEN A;  2XVK A;  3QHM A;  2XWE A;  1DKW A;  4GQG A;  4QLL A;  1VCG A;  3ZFH A;  1ENU A;  4OBS A;  3EA2 A;  4UQ9 A;  4Q4S A;  3AZT A;  2QIW A;  1T99 A;  4K68 A;  5CPQ A;  3TYB A;  5FAC A;  2ZUU A;  1XLB A;  4DBS A;  3SCU A;  4FX7 A;  5BRO A;  4EF8 A;  3VNL A;  4F4R A;  2DZA A;  1HJX A;  4JBR A;  1FUY A;  3K2G A;  4MOZ A;  4LAO A;  3K1G A;  1JPK A;  4CQ9 A;  4HTB A;  4W8A A;  2NQL A;  1GKR A;  3FGC A;  4I8Y A;  3GKA A;  3REQ A;  3ZT5 A;  4B5V A;  1S2V A;  4TV5 A;  4DI9 A;  1ZZM A;  1LWJ A;  2GGG A;  4NJH A;  1W5O A;  3O6A A;  2Y78 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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